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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-07-03 |
Chemical Synthesis of Mirror-Image Proteins Reveals Chirality-Dependent Cellular Uptake Mediated by a Cell-Penetrating Peptide
2026-Jun-17, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.6c03792
PMID:42307060
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研究论文 | 通过化学合成镜像蛋白质,揭示了由细胞穿膜肽介导的细胞内化过程对手性依赖性的差异 | 首次系统研究了货物手性在细胞内化中的作用,通过保持恒定递送载体(cR10细胞穿膜肽)直接评估手性对摄取效率的影响 | 未明确讨论体内环境对手性依赖摄取的潜在影响,且研究仅限于体外细胞系实验 | 探究镜像肽和蛋白质在生物医学应用中,手性对细胞内化效率的影响 | 在L-和D-构型下合成的三种不同大小和结构复杂性的货物蛋白,并与细胞穿膜肽cR10偶联 | 合成生物学 | NA | 化学合成 | NA | 流式细胞术、凝胶分析、共聚焦显微镜图像 | 多种哺乳动物细胞系,具体样本量未说明 | NA | 哺乳动物细胞 | NA | 医学, 合成生物学 |
| 22 | 2026-07-02 |
Cell-free synthesis and characterization of Salmonella, Escherichia coli, and Shigella-specific bacteriophages
2026-Jun-30, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-026-03049-z
PMID:42380887
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研究论文 | 利用基于大肠杆菌的无细胞基因表达系统成功合成并表征了七种针对沙门氏菌、大肠杆菌和志贺氏菌的噬菌体 | 首次报道了五种噬菌体在无细胞系统中的成功合成,并展示了使用无内毒素菌株生产感染性噬菌体的能力,以及完全体外组装噬菌体基因组的可行性 | 无细胞合成噬菌体与宿主来源噬菌体在宿主依赖性感染效率上存在显著差异,可能限制了其在某些应用中的直接替代使用 | 评估基于大肠杆菌的无细胞平台合成多种与食品安全和合成生物学应用相关的噬菌体的能力 | 七种来自四个不同科、针对沙门氏菌、大肠杆菌和志贺氏菌的噬菌体 | 合成生物学 | NA | 无细胞基因表达系统 | NA | 噬菌体滴度、感染效率、热稳定性数据 | 七种噬菌体,涉及多个沙门氏菌、大肠杆菌和志贺氏菌宿主菌株 | NA | 大肠杆菌、ClearColi | NA | 食品, 医学 |
| 23 | 2026-07-02 |
Evaluation of Ogataea polymorpha DUR31 TPP riboswitch as a tool to downregulate gene expression in the yeast Komagataella phaffii
2026-Jun-29, New biotechnology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.nbt.2026.06.009
PMID:42372865
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研究论文 | 评估 Ogataea polymorpha 的 DUR31 TPP 核糖开关在 Komagataella phaffii 中作为下调基因表达工具的功能 | 首次在毕赤酵母中评估异源TPP核糖开关的功能,并发现剪接效率受局部序列上下文显著影响 | 核糖开关存在基础渗漏表达,不能作为严格的分子开关使用 | 研究在毕赤酵母中利用TPP核糖开关调控基因表达的可能性 | Komagataella phaffii 酵母细胞 | 合成生物学 | NA | 流式细胞术, RT-PCR | NA | 荧光数据 | NA | NA | Komagataella phaffii, Ogataea polymorpha | TPP核糖开关,GAP启动子驱动的报告基因系统 | 工业生物技术 |
| 24 | 2026-07-02 |
Evolution-guided high yield production of potent Gαq/11-signalling inhibitors FR900359 and YM-254890
2026-Jun-29, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2026.102497
PMID:42373013
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研究论文 | 通过进化引导的合成生物学策略,开发了高效生产Gαq/11信号抑制剂FR900359和YM-254890的微生物系统 | 首次采用进化引导的合成生物学策略,利用非可培养来源的伯克霍尔德菌属宿主和高GC含量生物合成基因簇的强启动子,实现了FR900359和YM-254890的高产,并通过基因簇复制进一步提高了产量至迄今最高水平 | 未明确提及文章局限性 | 开发高效、可持续的微生物生产系统,用于生产Gαq/11信号抑制剂FR900359和YM-254890 | FR900359和YM-254890两种环状缩酚肽抑制剂及其生物合成基因簇 | 合成生物学 | Gα突变肿瘤 | 合成生物学、异源表达、基因簇复制 | NA | 产量数据 | 多个工程菌株和基因簇复制实验 | CRISPR-Cas9(推测用于宿主基因编辑),启动子工程 | 伯克霍尔德氏菌(Burkholderia gladioli) | FR900359和YM-254890的生物合成途径 | 医学、药物开发 |
| 25 | 2026-07-02 |
A Comprehensive Review on Metabolomics-Guided Metabolite Production in Plant Tissue Culture: Integrating Omics and Synthetic Biology for Enhanced Yields
2026-Jun-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.6c00352
PMID:42301185
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综述 | 综述代谢组学引导的植物组织培养中代谢物生产,整合组学和合成生物学以提高产量 | 将植物组织培养从试错实践重新定义为预测性系统工程领域,通过结合代谢组学、合成生物学和多组学框架,使代谢组学成为连接代谢表型与理性途径设计、遗传干预和过程调控的核心决策层 | 分析覆盖度、培养稳定性和代谢可预测性方面仍存在挑战 | 整合代谢组学与合成生物学,实现植物组织培养中代谢物生产的预测性系统工程 | 植物组织培养中的次级代谢产物 | 机器学习 | NA | 代谢组学、多组学整合 | 数字孪生模型 | 代谢组学数据、多组学数据 | NA | CRISPR-Cas9, 合成启动子, 模块化遗传回路 | 植物细胞 | 代谢途径、模块化遗传回路 | 医药, 食品, 工业生物技术 |
| 26 | 2026-07-02 |
A genetic manipulation tool based on the GP35 recombinase for targeted gene editing in mycoplasmas of ruminants
2026-Jun, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2026.113096
PMID:42055338
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研究论文 | 介绍了一种基于GP35重组酶的质粒方法,用于实现对反刍动物支原体(如牛支原体)的靶向基因编辑 | 首次将噬菌体SPP1的GP35重组酶用于支原体的长单链DNA重组工程,实现精确的基因插入和缺失,规避了随机脱氨风险,且编辑率高达77.78%-100% | 未明确提及限制条件,可能需进一步验证在其它反刍动物病原中的通用性 | 开发有效的遗传操作工具以促进反刍动物支原体的致病机制研究和疫苗开发 | 反刍动物支原体(如牛支原体Mycoplasma bovis) | 基因编辑 | 牛支原体病、羊支原体病 | 重组工程、质粒构建 | NA | 基因序列、突变体数据 | 牛支原体突变体系列(含代谢与毒力基因),编辑率样本覆盖77.78%-100% | GP35重组酶(来自噬菌体SPP1) | 牛支原体(Mycoplasma bovis) | 质粒介导的长单链DNA重组路线 | 农业、医学 |
| 27 | 2026-07-02 |
Enabling Clinical Translation of Oral Probiotics Through Formulation Engineering and Scalable Manufacturing
2026-Jun, Biotechnology journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/biot.70253
PMID:42226613
|
综述 | 系统综述口服益生菌通过制剂工程和规模化制造推动临床转化的策略 | 强调以功能输出而非单纯结构保护为核心治疗驱动,并整合先进涂层技术与合成生物学工程 | 各平台技术(如微流控封装)的工业可行性和靶向效率尚未完全优化,多技术融合仍处于初期阶段 | 探讨口服益生菌制剂工程和规模化制造以克服胃肠道降解及定植不足,促进临床转化 | 口服益生菌制剂、先进涂层技术、合成生物学工程菌株 | NA | 结直肠癌、炎症性肠病、代谢性疾病、神经炎症疾病 | 合成生物学驱动的菌株工程、高密度发酵、微流控封装 | NA | NA | NA | 合成生物学 | NA | 基于合成生物学的工程菌株设计 | 医学 |
| 28 | 2026-07-02 |
Tumor-Mimic Artificial Cell Integrated With In Situ Synthetic Biology for Testing of Antitumor Drug Sensitivity
2026-Jun, Exploration (Beijing, China)
DOI:10.1002/EXP.20240134
PMID:42382689
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研究论文 | 通过结合细胞膜仿生技术和原位合成生物学,构建了一种用于评估多种抗肿瘤药物疗效的类肿瘤人工细胞 | 首次将人工细胞技术与原位合成生物学相结合,设计了一种核糖酶可在细胞内催化分子信标裂解产生荧光信号,直接指示药物疗效,并利用3D编码人工细胞分类细胞特异性特征 | 未明确提及,但可能涉及人工细胞与真实生物系统之间的差异以及临床转化的挑战 | 开发一种有效且低成本的人工细胞平台,用于抗肿瘤药物的敏感性测试和药效分析 | 类肿瘤人工细胞,携带药物抗性蛋白的细胞膜,以及3D编码人工细胞 | 合成生物学,生物医学工程 | 肿瘤 | 细胞膜仿生技术,原位合成生物学,荧光成像 | NA | 荧光信号,细胞特征数据 | NA | 人工细胞技术 | NA | 核糖酶催化分子信标裂解的合成生物回路 | 医学 |
| 29 | 2026-07-01 |
Bioinspired Artificial Bioenergetic Organelles: Design Principles, Nanofabrication and Therapeutic Translation
2026-Jun-30, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.73889
PMID:42377939
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综述 | 综述了人工生物能量细胞器的设计原理、纳米制造方法及其在疾病治疗中的应用 | 提出人工生物能量细胞器作为自主代谢模块,通过整合代谢恢复与多靶点治疗作用来重塑病理微环境,区别于仅作为递送载体的纳米系统 | 面临靶向递送、免疫相容性、功能持久性、生物安全性和长期代谢命运等关键转化挑战 | 探索人工生物能量细胞器在通过精准代谢调控重新定义疾病干预中的潜力 | 人工生物能量细胞器(线粒体和类囊体工程化而来) | 合成生物学 | 肿瘤、心肌疾病、神经疾病、炎症性疾病 | 纳米制造 | NA | NA | NA | NA | NA | 生物能量回路(ATP生成、氧化还原平衡调节、氧气供应) | 医学 |
| 30 | 2026-07-01 |
Microbial Metabolic Strategies for Environmental Detoxification: From Enzymatic Mechanisms to Synthetic Biology and Omics
2026-Jun-29, Applied biochemistry and biotechnology
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s12010-026-05797-5
PMID:42371328
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综述 | 探讨微生物利用代谢途径降解污染物的酶学机制及合成生物学与组学技术的应用 | 整合合成生物学、代谢工程与多组学方法,系统分析微生物群落协同作用及生物修复策略的优化路径 | 环境限制因素、监管问题及可持续性挑战被重点讨论 | 阐明微生物代谢用于环境解毒的机制与工程化策略 | 微生物酶系统、生物修复策略、微生物群落及组学方法 | 微生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学, 代谢工程 | 微生物 | 生物修复代谢通路 | 环境, 工业生物技术 |
| 31 | 2026-07-01 |
Spontaneous Non-Catalyzed Molecular Reactions and Interactions in the Human Body: Biomedical Implications
2026-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202524277
PMID:42183827
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综述 | 综述了人体内自发非催化分子反应与相互作用及其生物医学应用 | 系统总结生理条件下无酶介导的自发非催化反应,并探讨其在疾病诊断、药物递送和再生工程中的新兴机会 | 未提及具体实验验证或定量分析,可能缺乏对反应动力学和选择性的深入讨论 | 探讨非催化分子反应在生物医学中的潜在应用 | 人体内的小分子、蛋白质、细胞等组分间的非催化反应与相互作用 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学, 合成生物学, 免疫工程 |
| 32 | 2026-07-01 |
Genome mining and phylogenomics reveal diverse biosynthetic gene clusters in desert Actinobacteria
2026-Jun, Microbial genomics
IF:4.0Q2
DOI:10.1099/mgen.0.001764
PMID:42376834
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研究论文 | 通过基因组挖掘和系统发育基因组学方法,研究从埃及西奈沙漠分离的放线菌中多样化的生物合成基因簇 | 首次系统分析西奈沙漠放线菌的基因组,发现多个与已知参考序列相似度低的未知生物合成基因簇,揭示其作为新型抗菌和抗肿瘤代谢物来源的潜力 | 仅为基因组分析,缺乏实验验证和化学表征 | 探索沙漠放线菌中新型生物活性化合物的生物合成潜力 | 从西奈沙漠分离的放线菌菌株 | 天然产物发现 | NA | 基因组测序, 系统发育基因组学, 基因组挖掘 | NA | 基因组序列 | 多个来自西奈沙漠的放线菌菌株 | NA | 放线菌 | NA | 医学, 合成生物学 |
| 33 | 2026-06-30 |
Engineered diazotrophs with host-inducible nitrogen supply systems: Transforming rice farming through innovative nitrogen biofertilizers
2026-Jun-29, Journal of integrative plant biology
IF:9.3Q1
DOI:10.1111/jipb.70320
PMID:42367143
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综述 | 本文综述了通过合成生物学工程改造固氮菌,使其具备宿主诱导的供氮系统,从而减少水稻对工业氮肥依赖的潜力 | 提出了将工程化固氮菌与合成微生物群落结合,以及筛选对微生物干预响应敏感的水稻品种的策略 | 未提供具体的实验结果或数据验证,仅基于现有研究提出未来方向 | 探索利用工程化固氮菌实现生物固氮,以补充植物氮营养并推动可持续农业 | 固氮菌和水稻品种 | 合成生物学 | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | 合成生物学工具(如基因编辑、基因回路设计) | 固氮菌(如β-变形菌、α-变形菌等) | 氮输出回路,即工程化固氮菌中设计使其持续输出氮的合成生物学回路 | 农业 |
| 34 | 2026-06-30 |
Gnotobiology: from 19th-century global foundations to 21st-century omics - six decades of Czech contribution to microbiome research
2026-Jun-29, Folia microbiologica
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s12223-026-01536-9
PMID:42371248
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综述 | 本文回顾了捷克六十年来的无菌生物学研究,从1962年启动项目到21世纪与组学技术结合,探讨了无菌动物模型在微生物组研究中的关键作用 | 首次系统梳理了捷克无菌生物学的发展历程及其对全球微生物组研究的贡献,特别是结合高-throughput测序和代谢组学等技术,将研究重点从微生物组编目转向宿主-微生物相互作用的机制解析 | 未提及 | 追溯捷克无菌生物学六十年发展,并探讨其与组学技术整合后对宿主-微生物相互作用研究的影响 | 无菌猪、大鼠、兔和小鼠等动物模型,以及人类代谢、免疫介导、肿瘤和神经精神疾病的模型 | 微生物组研究 | 免疫疾病、代谢疾病、肿瘤、神经精神疾病 | 高通量测序、代谢组学、组学技术 | NA | 微生物组数据、代谢组数据 | 未提及 | NA | 猪、大鼠、兔、小鼠 | NA | 医学、个性化医疗、合成生物学 |
| 35 | 2026-06-30 |
CREAT: A CRISPR-Based Genome Trimming Strategy for Systematic Identification of Dispensable Regions and Rapid Genome Reduction
2026-Jun-29, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.76042
PMID:42371672
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研究论文 | 提出一种基于CRISPR的基因组修剪策略(CREAT),用于系统鉴定可删除区域并快速缩减基因组 | 整合CRISPR靶向基因组切割与同源臂步进法,实现一次分类必需与非必需基因亚区域,并设计合成基因盒进行一步替换,从而简化最小基因组构建流程 | 未详细说明在不同微生物中的通用性验证范围及潜在脱靶效应 | 开发一种可扩展且通用的方法,快速构建多种微生物的最小基因组 | Saccharolobus islandicus、枯草芽孢杆菌、大肠杆菌 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9、λ-Red重组酶 | NA | 基因组序列 | 八轮CREAT修剪实验 | CRISPR-Cas9, λ-Red重组酶 | Saccharolobus islandicus, 枯草芽孢杆菌, 大肠杆菌 | 合成基因盒 | 合成生物学,微生物工程 |
| 36 | 2026-06-30 |
Live-cell imaging of enhancer-promoter dynamics reveals transient contact-driven gene activation
2026-Jun-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.21.733446
PMID:42367879
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研究论文 | 通过活细胞超分辨率成像技术,揭示增强子与启动子通过瞬态接触(约25-42纳米)在秒级时间尺度上介导基因激活 | 首次结合合成生物学平台与超分辨率活细胞成像,在纳米级空间和秒级时间分辨率下直接观测增强子-启动子动态相互作用,并量化其与转录激活的因果关系 | 暂未提及在体内复杂组织环境中的验证,以及不同细胞类型间机制的普适性 | 阐明增强子与启动子在空间(接触 vs. 远程作用)和时间(瞬态 vs. 稳定)维度上的相互作用机制及其对转录的调控 | 增强子-启动子相互作用及其与基因转录激活的关系 | 数字病理学 | NA | 超分辨率活细胞成像 | NA | 图像 | 多个细胞系中的互补实验(具体数量未说明) | NA | 哺乳动物细胞 | 增强子-启动子合成生物学平台 | 医学 |
| 37 | 2026-06-30 |
Rational assembly of synthetic marine biofilm community with chitinase production
2026-Jun-04, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-9419003/v1
PMID:42282017
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研究论文 | 本文提出了一种自上而下的组装方法,利用天然海洋细菌设计具有几丁质酶生产功能的多物种生物膜群落 | 通过营养条件调控和竞争排除策略,成功构建了高物种多样性且具有目标功能的生物膜群落,并发现多物种群落能增强生物膜的入侵抵抗力和稳定功能输出 | 研究仅限于17种初始分离菌株,且未探索长期生态稳定性及大规模应用中的潜在问题 | 设计并组装具有几丁质酶生产功能的合成海洋生物膜群落 | 天然海洋细菌群落及多物种生物膜 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 17种海洋细菌分离株 | NA | 天然海洋细菌 | 几丁质酶生产途径 | 海洋生物技术, 环境工程 |
| 38 | 2026-06-30 |
Coupled intracellular redox and extracellular respiration sensing for quantitative oxidative stress profiling
2026-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.30.727573
PMID:42282784
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研究论文 | 开发了一种结合基因编码氧化还原生物传感器和光学氧传感器的双荧光传感平台,用于工业酵母系统中细胞内氧化还原状态和细胞外呼吸活性的并行定量检测 | 首次将细胞内氧化还原生物传感器与细胞外氧气传感器集成在一个平台上,实现了对工业酵母氧化应激的实时、非侵入性测量,并揭示了不同酵母的氧化还原-呼吸表型差异 | 未在摘要中明确提及研究限制 | 实现细胞氧化应激的定量评估,需要同时测量细胞内氧化还原状态和细胞外呼吸活性,并开发集成的传感方法 | 工业酵母系统,包括Crabtree阳性酵母和专性呼吸酵母 | 机器学习和生物学交叉应用 | NA | 基因编码氧化还原生物传感器,光学氧传感,荧光成像 | NA | 荧光强度,氧气消耗率 | 两种酵母菌株(具体数量未提及) | NA | 工业酵母(Crabtree阳性酵母和专性呼吸酵母) | 双荧光传感平台,包含roGFP2 Tsa2ΔC氧化还原生物传感器和嵌入式氧传感器 | 生物制造,合成生物学 |
| 39 | 2026-06-30 |
Nitrogenase regulation in Vibrio natriegens differs from other γ-proteobacteria
2026-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.30.728972
PMID:42282805
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研究论文 | 本文研究了固氮弧菌中固氮酶的调控机制,发现其与其他γ-变形菌存在差异 | 首次揭示固氮弧菌中NifA可不依赖NtrBC直接激活固氮酶表达,且P蛋白GlnB和GlnK对NtrBC的冗余抑制更接近非固氮大肠杆菌 | 仅关注NH4与N2条件下的调控,未探索其他环境因素对固氮酶调控的影响 | 阐明固氮弧菌固氮酶的调控网络,为利用廉价氮源生产铵提供基础 | 固氮弧菌中的固氮酶调控蛋白 | 合成生物学 | NA | 功能基因组学、靶向突变、报告基因检测 | NA | 基因表达数据 | 涉及多种突变株(如ΔntrBC、ΔglnBΔglnK等) | NA | 固氮弧菌 | 固氮调控通路(NtrBC-NifA固氮酶体系) | 工业生物技术、农业 |
| 40 | 2026-06-30 |
Combinatorial and Inducible CRISPRa/i Enables Canalized hiPSC Forward Programming and Iterative Refinement via Single-Cell Genomics
2026-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.31.729073
PMID:42282825
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研究论文 | 开发了一种名为CIRI的组合型可诱导CRISPRa/i平台,用于人类诱导多能干细胞的前向编程和通过单细胞基因组学的迭代优化 | 在人类诱导多能干细胞中建立了可编程的合成基因调控逻辑,通过模块化RNA适配体实现正交CRISPR激活和干扰,并利用组合双向导RNA的单细胞RNA测序筛选识别肌肉分化成熟的关键调控因子 | NA | 在人类诱导多能干细胞及其衍生细胞中建立可编程的合成基因调控框架,实现前向编程和迭代优化 | 人类诱导多能干细胞、hiPSC来源的心脏类器官、骨骼肌细胞 | 合成生物学 | NA | CRISPRa/i, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 人类诱导多能干细胞 | 四环素响应型单导RNA与模块化RNA适配体组合,形成正交CRISPR激活和干扰回路 | 医学, 再生医学 |