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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2026-07-10 |
Cell-free systems for production of therapeutics
2026, Progress in molecular biology and translational science
DOI:10.1016/bs.pmbts.2025.10.004
PMID:41688141
|
综述 | 探讨无细胞系统(CFS)在治疗性生物分子生产中的概念、技术、工程和应用 | 通过合成生物学、代谢工程、冻干制剂和系统优化等进展,显著提升了无细胞平台的性能和适用性,使其适用于高通量筛选、快速原型设计和按需生物制造 | 可扩展性、成本效益和翻译后修饰问题仍需解决 | 评估无细胞系统在治疗性生物分子生产中的潜力及其未来发展方向 | 无细胞系统(CFS),包括大肠杆菌、小麦胚芽和哺乳动物细胞来源的系统 | 合成生物学 | NA | 无细胞表达系统 | NA | NA | NA | 合成生物学、代谢工程、冻干制剂 | 大肠杆菌、小麦胚芽、哺乳动物细胞 | 无细胞生物合成系统 | 医学 |
| 62 | 2026-07-10 |
Live biotherapeutics: Emerging trends and future directions in microbial therapy
2026, Progress in molecular biology and translational science
DOI:10.1016/bs.pmbts.2025.12.001
PMID:41714074
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综述 | 综述活体生物治疗产品的研究现状、作用机制、临床进展及未来发展方向 | 系统分析活体生物治疗产品从单菌株到工程菌群、天然制剂的新兴趋势,并整合精准医学、合成生物学、CRISPR基因组编辑和多组学技术对其设计的影响 | 临床开发面临菌株筛选、复杂制造、易感人群安全性问题及监管框架不确定等挑战 | 全面概述活体生物治疗产品的当前应用、作用模式、监管差异及未来在代谢、神经和免疫介导疾病中的拓展潜力 | 活体生物治疗产品(包括单菌株、工程微生物群落及天然制剂) | NA | 胃肠道疾病、代谢性疾病、神经系统疾病、免疫介导疾病 | CRISPR基因组编辑,多组学技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | NA | NA | 医药 |
| 63 | 2026-07-10 |
Advancements in technology for developing recombinant live biotherapeutics
2026, Progress in molecular biology and translational science
DOI:10.1016/bs.pmbts.2026.01.006
PMID:41714076
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综述 | 综述用于开发重组活体生物治疗剂的技术进展 | 整合合成生物学、基因工程、多组学和人工智能/机器学习方法设计重组活体生物治疗剂,以提升疗效、监管接受度和临床转化 | 规模化生产、安全性和临床应用方面仍面临重大挑战 | 概述重组活体生物治疗剂的发展现状、挑战与机遇,推动其作为下一代治疗剂的转化 | 重组活体生物治疗剂,包括基因和代谢工程改造的微生物物种 | NA | NA | 合成生物学、基因工程、多组学、人工智能/机器学习 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 64 | 2026-07-10 |
The human reproductive tract microbiome: A novel source of live biotherapeutics
2026, Progress in molecular biology and translational science
DOI:10.1016/bs.pmbts.2026.01.027
PMID:41714081
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综述 | 探讨人类生殖道微生物组作为新型活体生物治疗剂的来源,分析其组成、功能及治疗潜力 | 首次系统性地将人类生殖道微生物组作为活体生物治疗剂的新型来源进行探索,突破传统益生菌仅维持健康的概念 | 未提及具体局限性 | 研究人类生殖道微生物组作为活体生物治疗剂候选源的潜力及其治疗方法 | 人类生殖道微生物群落,特别是阴道微生物组 | 微生物组学 | 细菌性阴道病、性传播感染、不孕症、早产 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学、基因工程 | 人类阴道微生物组 | NA | 医学 |
| 65 | 2026-07-10 |
Recent advances of microbial medicine to prevent and treat cardiovascular disease
2026, Progress in molecular biology and translational science
DOI:10.1016/bs.pmbts.2026.01.028
PMID:41714082
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综述文章 | 综述微生物医学在心血管疾病预防和治疗中的最新进展,重点阐述肠道微生物群作为关键调节因子的作用及相关干预策略 | 系统整合了益生菌、益生元、后生元、粪菌移植及合成生物学工程菌等多种微生物干预策略,并强调其向精准、整体和个体化治疗范式的转变 | 面临菌株特异性、递送系统和监管框架等挑战,且多数干预仍处于临床前或早期临床阶段 | 探索微生物医学在心血管疾病管理和治疗中的应用前景 | 肠道微生物群及其代谢物(短链脂肪酸、TMAO、吲哚衍生物)与心血管健康的关系 | 微生物组学 | 心血管疾病 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学 | 人体肠道微生物 | 工程菌递送治疗分子 | 医学 |
| 66 | 2026-07-10 |
Recombinant live biotherapeutics and synthetic biology: Recent advancement and perspective
2026, Progress in molecular biology and translational science
DOI:10.1016/bs.pmbts.2026.01.004
PMID:41714087
|
综述 | 综述合成生物学在重组活体生物治疗产品开发中的应用进展与前景 | 系统阐述了活体生物治疗产品(LBPs)的设计原理、宿主-微生物互作机制及合成生物学在精准调控中的应用 | 未提及具体实验验证数据或临床转化中的技术瓶颈 | 探讨合成生物学在活体生物治疗产品开发中的关键作用及未来发展方向 | 活体生物治疗产品(LBPs)及肠道微生物群落 | 合成生物学 | 代谢疾病、感染性疾病、炎症性肠病、癌症 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学基因工程工具(未具体指定工具) | 工程微生物(未具体指定宿主) | 基于合成生物学的遗传回路设计 | 医学 |
| 67 | 2026-07-10 |
Live biotherapeutics in cancer therapy
2026, Progress in molecular biology and translational science
DOI:10.1016/bs.pmbts.2026.01.002
PMID:41714084
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综述 | 综述活体生物治疗药物在癌症治疗中的应用、优势与挑战 | 系统阐述了整合微生物学、免疫学、合成生物学和肿瘤学的跨学科方法,以及工程化细菌和病毒作为下一代癌症治疗策略的潜力 | 安全性、制造工艺、监管及个性化方面仍存在挑战 | 探讨活体生物治疗药物在癌症治疗中的机制、应用现状及未来发展 | 活体生物治疗产品(包括天然和工程化细菌及病毒) | 合成生物学 | 癌症(结肠癌、胃癌、胰腺癌、肝癌) | 合成生物学、组学技术 | NA | NA | NA | 合成生物学工具 | 细菌、病毒 | 抗肿瘤载荷递送系统(如免疫调节剂、毒素、癌症抗原) | 医学 |
| 68 | 2026-07-10 |
Design of Conditional Guide RNAs for the Logical Regulation of Gene Expression
2026, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-5304-3_5
PMID:42420725
|
研究论文 | 本文介绍条件向导RNA(cgRNA)的设计方法,用于逻辑调控基因表达 | 通过设计强发夹结构阻断gRNA活性,直到特定触发RNA存在时才激活,实现逻辑门控信号处理和大动态范围调控 | 主要在大肠杆菌中进行体内表征,未提及在其他宿主或体内的广泛验证 | 描述cgRNA的设计并提供体内表征的详细方案 | 条件向导RNA及触发RNA | 合成生物学 | NA | CRISPR干扰 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 大肠杆菌 | 条件向导RNA逻辑门控电路 | 工业生物技术 |
| 69 | 2026-07-10 |
Reimagining the Synthetic Biology DBTL Cycle with Machine Learning
2026, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-5304-3_1
PMID:42420721
|
研究论文 | 探讨机器学习在合成生物学DBTL循环中的应用,并介绍CLASSIC平台构建电路库和训练模型的方法 | 提出通过高通量建库和测序生成高质量数据集,结合机器学习/人工智能加速合成电路工程,并定义将ML/AI整合到设计/构建/测试/学习循环中的通用原则 | 目前缺乏高质量训练数据集是限制ML/AI用于电路设计的主要瓶颈 | 阐述如何利用机器学习克服合成生物学中电路工程的不可预测性,并推进数据驱动设计 | 合成生物电路工程中的设计-构建-测试-学习循环 | 机器学习 | NA | 下一代测序, ONT, RNA-seq | 机器学习模型 | 文本 | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick | NA | 合成调控电路 | 工业生物技术, 医学 |
| 70 | 2026-07-10 |
A Golden Gate-Compatible CRISPR-Associated Transposon Tool for Multiplexed Bacterial Genome Editing
2026, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-5304-3_2
PMID:42420722
|
研究论文 | 提出一种名为pSPIN-GG的改进型CRISPR相关转座子工具,用于简化细菌基因组的多重编辑 | 包含Golden Gate兼容的启动子、引导和负载模块,以及用于快速验证引导替换的绿色荧光蛋白剔除盒,并测试了大肠杆菌BL21染色体上的多个位点以支持基因剂量调控 | NA | 简化基于CAST系统的细菌基因组工程,提高多重编辑的可及性 | 大肠杆菌BL21菌株 | 合成生物学 | NA | CRISPR相关转座酶(CAST)、Golden Gate组装 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas12, Golden Gate Assembly | 大肠杆菌(E. coli) | RNA引导的DNA插入工具(pSPIN-GG系统),包含启动子、引导和负载模块 | 工业生物技术 |
| 71 | 2026-07-10 |
Synthetic Biomolecular Condensates: Design Principles and Applications
2026, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-5304-3_6
PMID:42420726
|
综述 | 本文综述了合成生物分子凝聚体的设计原理及其在细胞控制中的应用 | 提出利用合成内在无序蛋白构建可编程凝聚系统,为合成生物学提供新的细胞调控层级 | 未涉及在哺乳动物等复杂宿主中的应用验证及长期稳定性评估 | 设计可调控的合成生物分子凝聚体以实现细胞过程的空间组织与调控 | 合成内在无序蛋白和基于合成基因回路的大肠杆菌系统 | 合成生物学 | NA | 基因合成、蛋白质表达纯化、生物物理表征 | NA | NA | NA | NA | 大肠杆菌 | 合成基因回路(调控转录和翻译) | 合成生物学 |
| 72 | 2026-07-10 |
Cell-Free Genetic Circuits: Extract and Template Preparation
2026, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-5304-3_9
PMID:42420729
|
综述 | 详细描述无细胞基因回路的细胞提取物和DNA模板制备方法 | 系统总结了无细胞系统在合成生物学中的方法学优化,特别是标准化提取物和模板制备策略 | 未提及具体实验数据验证或跨实验室比较的局限性 | 优化无细胞合成基因回路的可靠性和效率 | 无细胞系统、细胞提取物、DNA模板 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 实验方法 | NA | NA | NA | 无细胞合成基因回路 | 合成生物学 |
| 73 | 2026-07-10 |
Characterization of Synthetic Gene Circuits with Absolute Quantification in Continuous Culture
2026, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-5304-3_8
PMID:42420728
|
研究论文 | 提出一种结合数学建模、连续培养和绝对定量方法,用于表征合成基因回路行为的方法 | 通过绝对定量技术结合连续培养和数学模型,解决了合成基因回路表征中缺乏标准化方法和长期行为难以复现的问题 | 未详细讨论该方法在不同细胞背景或复杂回路中的通用性及潜在局限性 | 开发标准化方法以可重复地表征合成基因回路在复杂细胞环境和长时间尺度上的行为 | Chi.Bio生物反应器平台上的简单小RNA回路 | 合成生物学 | NA | 绝对定量、数学建模、连续培养 | 数学模型 | 蛋白质和细胞数量的绝对定量数据 | 未明确提及样本数量 | Chi.Bio生物反应器 | 未明确提及宿主生物 | 小RNA合成基因回路 | 工业生物技术 |
| 74 | 2026-07-10 |
Programming RNA Trans-Splicing for Versatile Gene Regulation and Complex Cellular Logic Computation
2026, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-5304-3_10
PMID:42420730
|
研究论文 | 介绍利用分割内含子介导的反式剪接核糖调节器进行基因调控和复杂细胞逻辑计算的方法与策略 | SENTR具有低泄漏表达、宽动态范围、高可预测性和正交性,并可与分割内含子等调控模态组合,实现单个调控基因处理多达六个输入的复杂细胞逻辑计算 | 文中未明确提及限制,但可能受限于对多种基因和应用的验证范围 | 实现高效基因调控和复杂细胞逻辑计算 | 十种基因,包括荧光蛋白、转录因子和ncRNA | 合成生物学 | NA | 反式剪接核糖调节器、分割内含子、机器学习预测 | NA | NA | 十种基因 | NA | NA | 反式剪接核糖调节器遗传电路 | 医学、生物传感 |
| 75 | 2026-07-10 |
From Negative Feedback to Integrated Control: Recombinase-Based Strategies for Mitigating Resource Competition
2026, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-5304-3_14
PMID:42420734
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综述 | 本文讨论了基于重组酶的调控策略,包括负反馈控制器和集成了负反馈与前馈的双重控制器,以应对合成生物学中由资源竞争导致的模块间干扰 | 提出利用重组酶介导的启动子翻转实现负反馈和前馈联合调控,平衡资源分配并提高系统可预测性 | 未涉及具体实验验证或实际应用中的局限性,如控制器的复杂性和宿主细胞代谢负担 | 开发基于重组酶的调控策略以减轻合成生物学中的资源竞争问题 | 重组酶控制器及合成基因电路 | 合成生物学 | NA | 重组酶介导的启动子翻转 | NA | NA | NA | 重组酶 | 宿主细胞(未具体指定) | 负反馈控制器(Re-NF控制器)和集成了负反馈与前馈的控制器(Re-NF-FF控制器) | 合成生物学,生物工程 |
| 76 | 2026-07-10 |
Coupled Perturbations of Gene Circuit Dynamics by Resource Competition and Growth Dilution
2026, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-5304-3_19
PMID:42420739
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研究论文 | 提出一个实验流程,研究大肠杆菌中基因电路动力学如何受资源竞争和生长稀释的耦合影响 | 通过实验解耦并定量分析资源竞争与生长介导稀释对抑制性基因级联电路动力学的联合效应 | 仅限于抑制性级联电路,未涵盖其他电路类型,且实验在E. coli中完成,可能无法直接推广到其他宿主 | 探究合成基因电路中资源竞争和生长稀释两种上下文因素的耦合效应对电路行为的影响 | 抑制性级联电路 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 荧光强度数据 | 未明确提及 | Golden Gate Assembly, Gibson Assembly | E. coli | 抑制性级联电路(含可调启动子强度、核糖体结合位点强度和质粒拷贝数) | 工业生物技术 |
| 77 | 2026-07-10 |
Nanotechnology-based cytokine delivery strategies in gastrointestinal cancers
2025-12, Cytokine & growth factor reviews
IF:9.3Q1
DOI:10.1016/j.cytogfr.2025.11.002
PMID:41242181
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综述 | 本文综述了基于纳米技术的细胞因子递送策略在胃肠道癌症免疫治疗中的应用 | 系统总结了脂质体、聚合物纳米颗粒、外泌体、水凝胶及智能纳米载体等纳米平台在细胞因子靶向、可控和持续递送中的创新设计,并探讨其与免疫检查点抑制剂、化疗、放疗及细胞治疗的协同作用 | 面临生物屏障、细胞因子不稳定性、免疫原性和制造复杂性等挑战 | 探讨纳米技术驱动的细胞因子递送能否克服传统细胞因子疗法的局限性并提升胃肠道癌症免疫治疗效果 | 胃肠道癌症(结直肠癌、胃癌、食管癌)中的细胞因子免疫治疗 | 数字病理学 | 胃肠道癌症 | 纳米递送技术 | NA | 文献综述资料 | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 78 | 2026-07-10 |
The growth benefits and toxicity of quinone biosynthesis are balanced by a dual regulatory mechanism and substrate limitations
2025-09-10, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.00887-25
PMID:40788026
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研究论文 | 本研究揭示了乳酸菌中甲萘醌前体DHNA的合成受遗传、酶学和代谢的联合调控机制,平衡其生长益处与毒性 | 首次阐明微生物中醌类水平通过可逆通量与别构反馈抑制的相互作用实现两相调控模式,并发现MenF与MenD的相对表达比例决定调控酶的角色 | 研究仅限于乳酸菌中的DHNA合成途径,未探索其他醌类或微生物系统中的普适性 | 探究微生物调控醌类水平的机制,为代谢工程优化醌类生产提供理论基础 | 乳酸菌中甲萘醌前体1,4-二羟基-2-萘甲酸(DHNA)的合成调控 | 合成生物学 | NA | 合成生物学方法、数学模型 | NA | NA | NA | 合成生物学方法 | 乳酸菌 | 甲萘醌前体DHNA的生物合成途径 | 工业生物技术 |
| 79 | 2026-07-10 |
Synthetic C1 metabolism in Pseudomonas putida enables strict formatotrophy and methylotrophy via the reductive glycine pathway
2025-09-10, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.01976-25
PMID:40824035
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研究论文 | 本研究通过代谢工程和适应性实验室进化,使工业相关土壤细菌恶臭假单胞菌能够利用甲酸和甲醇作为唯一碳源和能源,实现严格的一碳代谢 | 首次在任何假单胞菌物种中实现严格的合成甲酸和甲醇营养型生长,通过线性还原性甘氨酸途径和进化工程拓展了该菌株的底物利用范围 | 初始菌株在混合营养条件下培养,进化后菌株的倍增时间较长,甲酸和甲醇的生长速率仍有优化空间 | 构建能高效利用甲酸和甲醇作为唯一碳源的恶臭假单胞菌菌株 | 恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida) | 合成生物学 | NA | 代谢工程,适应性实验室进化 | NA | 基因组数据 | 多个工程菌株,包括rG·F和rG·M菌株,具体数量未提供 | CRISPR-Cas9 | 恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida) | 线性还原性甘氨酸途径 | 工业生物技术 |
| 80 | 2026-07-10 |
Bioremediation of complex organic pollutants by engineered Vibrio natriegens
2025-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-08947-7
PMID:40335686
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研究论文 | 利用合成生物学改造费氏弧菌,使其能够生物修复含盐废水和土壤中的复杂有机污染物 | 通过插入tfoX基因增强DNA吸收和整合能力,并结合酵母组装和迭代自然转化方法,成功向费氏弧菌中转移五个总长43kb的降解基因簇,实现对联苯、苯酚、萘、二苯并呋喃和甲苯等多种有机污染物的同时降解 | 未提及 | 开发能够高效降解复杂有机污染物且耐盐的工程菌株,用于含盐废水和土壤的生物修复 | 费氏弧菌菌株Vmax | 合成生物学 | NA | 合成生物学、酵母组装、迭代自然转化 | NA | NA | 实验室废水样品(来自氯碱厂和石油炼厂) | CRISPR-Cas9 | 费氏弧菌(Vibrio natriegens) | 代谢途径(降解基因簇) | 环境 |