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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2026-02-07 |
Engineering lignin pathway, plant cell wall modification, and genome editing for advanced renewable bioenergy and material applications
2026 Mar-Apr, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108772
PMID:41325824
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综述 | 本文综述了木质素生物合成、调控与工程化研究的最新进展,重点关注其在可再生生物能源和可持续生物材料应用中的潜力 | 整合了CRISPR/Cas基因组编辑、合成启动子、代谢重布线等新兴工具,并提出了结合多组学、单细胞技术、机器学习和田间验证的未来研究方向 | 从实验室到田间的转化应用仍然有限,且存在单木质醇运输、代谢通量控制和物种特异性调控差异等未解决的挑战 | 通过工程化木质素途径和植物细胞壁修饰,开发先进的生物能源和生物材料,推动循环生物经济发展 | 木质素生物合成途径、植物细胞壁、相关遗传与代谢网络 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas基因组编辑、合成启动子、代谢工程、多组学分析、单细胞技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, 合成启动子 | 植物 | 木质素生物合成途径工程、代谢重布线 | 能源, 材料, 医药, 环境 |
| 142 | 2026-02-07 |
Geminivirus vectors: From gene silencing to synthetic biology
2026 Mar-Apr, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108771
PMID:41325825
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综述 | 本文综述了双生病毒作为载体在基因沉默和合成生物学中的应用,包括其基因组结构、复制蛋白功能、历史应用及未来展望 | 强调双生病毒载体在病毒诱导基因沉默(VIGS)和合成生物学中的突出作用,如通过自主复制促进高水平蛋白表达和增强CRISPR/Cas基因组编辑效率,并展望其跨王国应用潜力 | NA | 探讨双生病毒载体在植物基因工程、作物改良和生物制造中的实用创新 | 双生病毒(双生病毒科植物DNA病毒)及其衍生的功能复制子(GVRs) | 合成生物学 | NA | 病毒诱导基因沉默(VIGS)、CRISPR/Cas基因组编辑、基因工程 | NA | NA | NA | CRISPR/Cas | 植物 | 双生病毒复制子(GVRs)作为类质粒DNA,支持植物合成生物学中的多样化设计,包括组织特异性启动子和基因表达增强序列 | 农业, 工业生物技术 |
| 143 | 2026-02-07 |
Building an expanded bio-based economy through synthetic biology
2026 Mar-Apr, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108775
PMID:41360191
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综述 | 本文探讨了合成生物学在扩展生物基经济中的作用,包括资源利用、底盘生物开发以及相关技术挑战与机遇 | 系统性地提出了构建未来生物基经济的综合框架,整合了微生物与植物合成生物学的协同发展路径 | NA | 探讨如何通过合成生物学技术推动生物基经济的扩展与发展 | 生物基经济的资源、底盘生物及合成生物学技术 | 合成生物学 | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 微生物, 植物 | NA | 能源, 工业生物技术, 环境 |
| 144 | 2026-02-07 |
Synthetic biology strategies for engineering probiotics and commensal bacteria for diagnostics and therapeutics
2026 Mar-Apr, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108782
PMID:41421426
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综述 | 本文综述了利用合成生物学工具和策略改造益生菌和共生细菌,用于人类疾病诊断和治疗的最新进展 | 系统总结了合成遗传回路如何显著提高疾病诊断和治疗的精确性与可靠性,实现实时监测、治疗甚至预防性干预 | NA | 开发用于人类疾病诊断和治疗的工程化益生菌和共生细菌 | 益生菌和共生细菌 | 合成生物学 | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | 益生菌, 共生细菌 | 生物传感器, 逻辑门, 振荡器, 切换开关 | 医学 |
| 145 | 2026-02-07 |
Geometric deep learning assists protein engineering. Opportunities and Challenges
2026 Mar-Apr, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108790
PMID:41456696
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综述 | 本文全面评述了几何深度学习在蛋白质工程中的应用、机遇与挑战 | 系统整合了GDL在蛋白质工程中的方法论原理、架构多样性和性能趋势,强调了其在增强可解释性和泛化能力方面的作用,并提出了将可解释AI与结构验证结合的统一框架 | NA | 探讨几何深度学习如何变革蛋白质工程的计算设计流程 | 蛋白质工程中的稳定性预测、功能注释、分子相互作用建模及从头设计 | 机器学习 | NA | 几何深度学习 | 几何深度学习模型 | 非欧几里得域数据(空间、拓扑、物理化学特征) | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 146 | 2026-02-07 |
A review on squalene production by engineered yeasts: Current advances and perspectives
2026 Mar-Apr, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108792
PMID:41475586
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综述 | 本文综述了工程酵母生产角鲨烯的当前进展与前景,包括生物合成途径、代谢策略、基因工程工具及新兴酵母潜力 | 首次系统总结工程酵母生产角鲨烯的综合策略,涵盖代谢工程、先进遗传工具和新兴酵母宿主 | NA | 探索通过合成生物学策略利用工程酵母生产角鲨烯的替代方法 | 工程酵母 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、基因工程 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 酵母 | 角鲨烯生物合成途径 | 工业生物技术 |
| 147 | 2026-02-07 |
Spatial engineering for biocatalytic cascade control through biomolecular compartmentalization
2026 Mar-Apr, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108786
PMID:41475588
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综述 | 本文系统评估了通过生物分子区室化实现生物催化级联控制的空间工程平台,包括支架化区室和无支架组装体 | 提出了一个理解不同空间控制原则的框架,用于调控途径效率和通量再分配,并展望了多功能空间组织工具和仿生平台的未来发展 | 当前在机制阐明、动态调控和跨系统兼容性方面存在局限性 | 探讨空间工程在生物催化过程控制中的应用,以优化代谢通量和途径效率 | 支架化区室(如脂质体、DNA折纸、聚合物囊泡和细菌微区室)和无支架组装体(如无膜细胞器和凝聚层) | 合成生物学 | NA | 生物分子区室化、空间工程 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学、细胞工程 |
| 148 | 2026-02-06 |
Adaptive laboratory evolution optimizes an engineered phosphite utilization pathway in Synechococcus elongatus PCC 7942
2026-Mar, Journal of bioscience and bioengineering
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.jbiosc.2025.11.006
PMID:41390308
|
研究论文 | 本研究通过长期传代培养优化了在Synechococcus elongatus PCC 7942中构建的磷酸盐利用途径,提高了工程菌株的生长和磷酸盐消耗速率 | 发现长期传代培养可诱导htxBCDE转运蛋白基因发生点突变,从而增强磷酸盐转运活性,优化工程代谢途径而不改变其底物特异性 | 研究仅针对单一菌株和特定代谢系统,未评估在其他宿主或代谢途径中的普适性 | 优化工程微生物的磷酸盐依赖代谢系统,以平衡代谢负担与生物安全控制能力 | Synechococcus elongatus PCC 7942工程菌株RH714及其传代演化群体 | 合成生物学 | NA | 适应性实验室演化、长期传代培养、基因序列分析、基因敲除 | NA | 生长曲线数据、磷酸盐消耗速率数据、基因序列数据 | 原始工程菌株RH714及其传代演化群体 | CRISPR-Cas9 | Synechococcus elongatus PCC 7942 | 磷酸盐依赖代谢系统,包含htxBCDE转运蛋白基因和ptxD基因簇 | 环境、工业生物技术 |
| 149 | 2026-02-06 |
Automated strain-to-peptide conversion: a high-throughput proteome analysis platform empowering rational design of microbial cell factories
2026-Mar, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2026.134010
PMID:41539624
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研究论文 | 开发了一种名为'菌株到肽段转换'的高通量蛋白质组分析平台,用于微生物细胞工厂的理性设计 | 通过自动化工作流程整合细菌裂解、磁性固相烷基化蛋白富集、污染物去除和快速消化,将96个样本处理时间缩短至1小时,相比SP3方法减少94%处理时间,并提高膜蛋白定量28% | NA | 克服微生物工程菌株蛋白质组分析中的样本制备瓶颈,实现高通量蛋白质组分析 | 工程化微生物菌株(如大肠杆菌)的蛋白质组 | 合成生物学 | NA | 质谱蛋白质组学、磁性固相烷基化 | NA | 蛋白质组数据 | 96个大肠杆菌样本 | NA | 大肠杆菌 | NA | 工业生物技术 |
| 150 | 2026-01-24 |
Bioelectrochemical energy conversion and wastewater treatment in microbial fuel cells: a review of progress, limitations, and future developments
2026-Mar, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2025.133903
PMID:41475609
|
综述 | 本文综述了微生物燃料电池(MFC)在生物电化学能量转换和废水处理方面的最新进展、局限性与未来发展 | 系统总结了合成生物学与微生物工程在增强生物膜稳定性及促进胞外电子传递方面的最新进展,并分析了纳米结构电极相较于传统碳电极在提升电流输出方面的优势 | 面临材料成本高、电极污染、长期稳定性有限及规模化困难等挑战,阻碍了其工业化应用 | 探讨MFC在环境可持续性与可再生能源生产框架下的技术进展、挑战与应用前景 | 微生物燃料电池(MFC) | NA | NA | 生物电化学能量转换、废水处理 | NA | NA | NA | 合成生物学、微生物工程 | 微生物(具体种类未指定) | NA | 环境, 能源 |
| 151 | 2026-01-24 |
Pheromone-mediated quorum sensing enables dynamic regulation of cordycepin biosynthesis in Cordyceps militaris
2026-Mar, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2025.133915
PMID:41478417
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研究论文 | 本研究在蛹虫草中重构了信息素介导的群体感应系统,实现了对虫草素生物合成的动态调控 | 首次在蛹虫草中构建了基于信息素群体感应的动态调控系统,实现了细胞密度依赖的虫草素合成调控 | NA | 开发高效的虫草素生物合成动态调控策略 | 蛹虫草(Cordyceps militaris)及其虫草素生物合成途径 | 合成生物学 | NA | 系统发育分析、保守结构域分析、2A肽介导的多基因共表达 | NA | NA | NA | Gibson Assembly, BioBrick | 蛹虫草(Cordyceps militaris) | 信息素响应型合成回路:α-信息素(mfα1)受色氨酸响应启动子P控制,激活关键生物合成基因cns1和cns2 | 医药 |
| 152 | 2026-01-18 |
Reprogramming AraC-type transcriptional factor to respond to new ligands 1,3-propanediol and 1,4-butanediol via directed evolution
2026-Mar-15, Biosensors & bioelectronics
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.bios.2025.118359
PMID:41485247
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研究论文 | 本研究通过定向进化改造AraC家族转录因子PocR,使其能够响应新配体1,3-丙二醇和1,4-丁二醇,并开发了基于生长偶联筛选和流式细胞分选的高通量生物传感器筛选平台 | 开发了结合生长偶联筛选与流式细胞分选的生物传感器筛选平台,并通过定向进化成功重编程了AraC家族转录因子的配体特异性,实现了对非天然二醇类化合物的响应 | NA | 开发可响应新配体的生物传感器,用于代谢工程和高产菌株筛选 | 肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)中的AraC家族转录调控因子PocR | 合成生物学 | NA | 定向进化、结构分析、动力学引导的半理性设计、非理性方法、流式细胞分选、微流控共培养系统 | NA | NA | 160万个微滴 | 定向进化 | 肺炎克雷伯菌 | 二醇类生物传感器 | 工业生物技术 |
| 153 | 2025-11-21 |
Engineering heterologous core promoters to optimize the SES expression system for Pichia pastoris
2026-Mar, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2025.10.005
PMID:41245009
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研究论文 | 通过工程化异源核心启动子优化毕赤酵母SES表达系统 | 首次从解脂耶氏酵母中筛选214个候选启动子,成功构建41个性能提升达5.4倍的SES系统,并结合CRISPR/Cas9多拷贝整合策略 | 未在更广泛的工业应用场景中验证系统稳定性 | 优化毕赤酵母合成表达系统(SES)的转录调控能力 | 毕赤酵母表达系统及其异源核心启动子 | 合成生物学 | NA | RNA-seq, CRISPR/Cas9, 荧光筛选 | NA | 基因表达数据, 荧光强度数据 | 214个合成启动子,54个功能验证,41个性能提升系统 | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly | 毕赤酵母 | 合成表达系统(SES), 核心启动子工程 | 工业生物技术, 医药 |
| 154 | 2025-11-14 |
Harnessing synthetic biology for tetraterpenoid astaxanthin production: Recent advances and challenges
2026-Mar, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2025.08.005
PMID:41208949
|
综述 | 本文综述了利用合成生物学技术生产四萜类虾青素的最新进展与挑战 | 提出从'点'(关键酶活性调控)、'线'(途径空间协调)和'面'(系统代谢平衡)三个维度系统分析合成生物学在虾青素生产中的应用 | 未涉及具体实验验证,主要基于文献综述分析 | 探讨利用合成生物学技术实现虾青素可持续生产的策略 | 虾青素及其微生物细胞工厂 | 合成生物学 | NA | 基因组编辑、代谢重编程 | NA | 文献数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 微生物细胞 | 代谢途径工程、人工细胞工厂 | 医药、营养补充剂 |
| 155 | 2025-11-14 |
CRISPR-based synthetic biology toolkit development in Candida viswanthii and functional analysis of the stress responsive Ena1-like protein
2026-Mar, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2025.09.021
PMID:41208948
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研究论文 | 本研究开发了针对维斯瓦尼假丝酵母的CRISPR合成生物学工具包,并分析了应激响应蛋白g144的功能 | 结合CRISPR/Cas9和Cre/loxP系统建立了高效基因组编辑策略,实现100%编辑效率并在6天内完成快速迭代编辑 | NA | 开发维斯瓦尼假丝酵母的合成生物学操作工具并研究应激响应蛋白功能 | 维斯瓦尼假丝酵母工业菌株及其Ena1-like蛋白g144 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas9, Cre/loxP, 基因组编辑 | NA | 基因组数据, 表型数据 | NA | CRISPR-Cas9, Cre/loxP | Candida viswanthii | 多重编辑和多拷贝基因整合系统 | 工业生物技术 |
| 156 | 2025-10-30 |
An efficient CRISPR-Cas12a tool for iterative genome editing, streamlined minimization, and payload engineering of Pseudomonas phage S1
2026-Mar, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2025.09.019
PMID:41141487
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研究论文 | 开发了一种用于假单胞菌噬菌体S1的高效CRISPR-Cas12a基因组编辑工具 | 实现了近乎完全效率的基因编辑,完成了噬菌体领域最大的基因组缩减(13.9 kb) | NA | 推进噬菌体生物技术和治疗开发 | 假单胞菌噬菌体vB_PaeM_SCUT-S1 (S1) | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas12a基因组编辑 | NA | 基因组数据 | NA | CRISPR-Cas12a | 假单胞菌噬菌体 | 双质粒系统,支持基因删除、点突变、基因插入和替换 | 医药, 工业生物技术 |