合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-18	De novo biosynthesis of Asperosaponin VI in Saccharomyces cerevisiae 2025-Dec, Synthetic and systems biotechnology IF:4.4Q1 DOI:10.1016/j.synbio.2025.08.007 PMID:40951686	研究论文	本研究首次在酿酒酵母中实现了Asperosaponin VI的从头生物合成	首次在酿酒酵母中通过模块化合成生物学策略完整重建ASA VI生物合成途径	产量仍处于痕量水平（395 ng/L），下游糖基化步骤和UDP-Ara供应可能是主要限速因素	建立微生物底盘用于ASA VI及相关阿拉伯糖基化皂苷的可持续合成	Asperosaponin VI（ASA VI）生物活性化合物	合成生物学	NA	模块化合成生物学策略、LC-MS分析、异源表达	NA	代谢物分析数据	NA
2	2025-09-18	Microreactors derived from water-in-water pickering emulsions for Bacillus amyloliquefaciens proliferation and synthesis of 4-methyl-5-thiazoleethanol 2025-Dec, Bioresource technology IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.biortech.2025.133231 PMID:40882929	研究论文	开发了一种基于水包水Pickering乳液的微反应器，用于提高4-甲基-5-噻唑乙醇的生物合成产量并减少挥发性损失	结合合成生物学与胶体组装技术，构建新型微反应器平台，并通过酶工程改造关键突变体	NA	提高4-甲基-5-噻唑乙醇的生物合成效率并解决挥发性损失问题	解淀粉芽孢杆菌及其工程化突变体	合成生物学	NA	酶工程、水包水Pickering乳液、甲基纤维素/羟丙基甲基纤维素双水相分离	NA	实验数据	NA
3	2025-09-18	Integrated study on the genome, transcriptome, and metabolome of Gelsemium elegans and mining of related enzyme genes involved in koumine biosynthesis 2025-Oct, Plant physiology and biochemistry : PPB IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.plaphy.2025.110069 PMID:40450816	研究论文	本研究对钩吻进行了基因组、转录组和代谢组的整合分析，挖掘了参与钩吻碱生物合成的相关酶基因	首次对钩吻进行全基因组测序和组装，结合多组学数据鉴定了20个钩吻碱生物合成候选基因，并初步验证了两个基因的功能	研究仅初步验证了两个候选基因的功能，尚未完全解析钩吻碱的生物合成通路	解析钩吻中钩吻碱的生物合成途径，为通过育种或合成生物学提高产量提供分子基础	钩吻植物（Gelsemium elegans）的不同组织和激素处理样本	合成生物学	NA	PacBio测序、液相色谱-质谱联用技术	NA	基因组序列、转录组数据、代谢组数据	331.82 Mb基因组数据，10.9 Gb亚读长转录组数据，29种生物碱鉴定
4	2025-09-18	Accurate prediction of thermoresponsive phase behavior of disordered proteins 2025-Oct, Protein science : a publication of the Protein Society IF:4.5Q1 DOI:10.1002/pro.70284 PMID:40944421	研究论文	开发了一种名为Mpipi-T的残基分辨率模型，用于预测蛋白质的热响应性LCST型相变行为	整合原子尺度溶剂化自由能数据与实验浊点测量，参数化短程非键相互作用以捕捉加热驱动的熵驱动相分离，并解析缩放长程静电相互作用作为温度函数	NA	定量预测蛋白质的LCST型相行为并探索其在热应激响应中的潜在机制	无序蛋白质，特别是hTau40、Pab1和ELF3三种关键蛋白质	计算生物学	阿尔茨海默病	原子尺度溶剂化自由能计算，实验浊点测量	Mpipi-T（残基分辨率模型）	蛋白质序列数据，热力学数据	三种关键蛋白质（hTau40、Pab1、ELF3）的分析
5	2025-09-18	DNA Flipping as Facile Mechanism for Transmembrane Signaling in Synthetic Cells 2025-Sep-17, Journal of the American Chemical Society IF:14.4Q1 DOI:10.1021/jacs.5c09188 PMID:40923324	研究论文	本文报道了一种基于胆固醇修饰单链DNA的跨膜信号传导机制，用于合成细胞中的内部信号处理	发现胆固醇修饰单链DNA可通过成核驱动、缺陷介导的过程自发翻转跨越合成细胞膜，实现高效的跨膜信号传导	NA	开发合成细胞中的跨膜信号传导机制	巨型单层脂质囊泡（GUVs）和胆固醇修饰单链DNA	合成生物学	NA	荧光显微镜、核酸酶降解实验、膜通透性实验	NA	实验数据	NA
6	2025-09-18	Pathway crosstalk enables degradation of aromatic compounds in marine Roseobacter clade bacteria 2025-Sep-17, Applied and environmental microbiology IF:3.9Q2 DOI:10.1128/aem.00978-25 PMID:40793766	研究论文	本研究通过多组学分析和CRISPR-Cas基因组编辑技术，揭示了海洋Roseobacter分支细菌中芳香族化合物的降解途径及其途径交叉对话机制	发现了β-酮己二酸途径与β-氧化途径在最终硫解步骤的独特交叉对话，并建立了新型海洋平台用于系统水平研究和生物勘探	NA	解析海洋细菌中芳香族化合物的生物降解途径，促进对海洋碳循环的理解及生物修复和碳循环利用技术的发展	海洋Roseobacter分支细菌及其对芳香族化合物（以4-羟基苯甲酸为代表）的降解代谢	合成生物学	NA	多组学分析, CRISPR-Cas基因组编辑	NA	基因组数据, 代谢组数据	NA
7	2025-09-18	Secure biosystems design in Saccharomyces cerevisiae establishes effective biocontainment strategies and mechanisms of escape 2025-Sep-17, Applied and environmental microbiology IF:3.9Q2 DOI:10.1128/aem.00741-25 PMID:40801494	研究论文	本研究在酿酒酵母中开发了一个高分辨率分析平台，用于评估生物防护逃逸模式并建立杀伤开关系统的设计规则	系统评估了杀伤开关拷贝数和倍性差异对生物防护效果的影响，并揭示了cam-TA和RelE毒素突变驱动的逃逸机制	多拷贝整合虽能大幅减少逃逸，但不足以实现持续生物防护	建立安全的生物系统设计规则和有效的生物防护策略	实验室和工业酿酒酵母菌株	合成生物学	NA	CRISPR介导的整合、基因组重测序	NA	基因组测序数据、表型数据	实验室和工业酵母菌株，包含不同拷贝数和整合位点的测试样本
8	2025-09-18	Engineering Nicotinamide Adenine Dinucleotide Oxidase for Regeneration of Oxidized Non-natural Cofactor 2025-Sep-12, Chembiochem : a European journal of chemical biology IF:2.6Q3 DOI:10.1002/cbic.202500254 PMID:40400447	研究论文	本研究通过工程化改造NADH氧化酶，实现了非天然辅因子NCDH向NCD的高效转化	首次设计出能够选择性氧化非天然辅因子NCDH的突变酶，催化效率和选择性分别提高14倍和107倍	NA	开发用于氧化反应的非天然辅因子再生工具	NADH氧化酶（EfNOX）及其突变体	合成生物学	NA	酶工程、分子对接分析	NA	酶学数据、分子模拟数据	NA
9	2025-09-18	A Pipeline for Screening Small Molecule-Enhanced Protein Stability in A Bacterial Orphan Receptor 2025-Sep-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.03.663076 PMID:40631274	研究论文	本研究开发了一种筛选小分子增强细菌孤儿受体蛋白稳定性的流程，并鉴定出三种有效配体	首次将微量热泳动、微流控调制光谱和饱和转移差示NMR技术整合用于孤儿PAS蛋白的配体筛选与验证	研究仅针对单一模型蛋白CU228，配体结合亲和力处于微摩尔级别（片段水平）	开发蛋白质-配体相互作用分析工具并设计合成化学遗传变体	Candidatus Solibacter usitatus来源的PAS-HTH转录因子CU228	合成生物学	NA	差示扫描荧光法(DSF), 微流控调制光谱(MMS), 饱和转移差示NMR(STD-NMR)	NA	生物物理检测数据	约760种化合物片段库筛选
10	2025-09-18	Synthetic C1 metabolism in Pseudomonas putida enables strict formatotrophy and methylotrophy via the reductive glycine pathway 2025-Sep-10, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.01976-25 PMID:40824035	研究论文	通过合成生物学和适应性实验室进化改造恶臭假单胞菌，使其能够通过还原甘氨酸途径严格利用甲酸盐和甲醇作为唯一碳源和能源	首次在任何假单胞菌物种中实现严格的合成甲酸营养和甲醇营养，扩展了C1底物利用的细菌宿主范围	研究局限于实验室环境，尚未在工业规模验证其稳定性和效率	开发能够高效利用甲酸盐和甲醇作为唯一碳源的细菌宿主，用于生物技术应用	恶臭假单胞菌（Pseudomonas putida）	合成生物学	NA	适应性实验室进化（ALE）、代谢工程、基因编辑	NA	微生物生长数据、基因序列数据	工程化菌株（包括rG·F和rG·M突变株）
11	2025-09-18	Engineering chimeric polyhydroxyalkanoate synthases for enhanced copolymerization of poly(3-hydroxybutyrate-co-3-hydroxyhexanoate): A promising biotechnological approach 2025-Sep-10, Bioresource technology IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.biortech.2025.133307 PMID:40939657	研究论文	通过工程化嵌合PHA合酶增强聚(3-羟基丁酸酯-co-3-羟基己酸酯)共聚能力的研究	通过交换N端结构域构建嵌合酶，实现高3HHx掺入与可控颗粒形态的结合，并避免β链干扰的历史难题	NA	开发高性能生物可降解共聚物的生物技术方法	聚羟基脂肪酸酯(PHA)合酶	合成生物学	NA	结构预测、蛋白质工程	NA	酶活性数据、颗粒形态数据	多种嵌合酶变体（具体数量未明确说明）
12	2025-09-18	DNA Vaccines in the Post-mRNA Era: Engineering, Applications, and Emerging Innovations 2025-Sep-07, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26178716 PMID:40943636	综述	本文探讨DNA疫苗在mRNA疫苗时代的技术进展、应用领域及创新方向	提出合成基因电路、自扩增DNA和DNA编码单克隆抗体等创新技术，显著提升免疫原性与精准性	NA	评估DNA疫苗的技术基础、临床潜力及在全球疫苗战略中的未来角色	DNA疫苗技术及其在传染病预防、癌症免疫治疗等领域的应用	合成生物学	传染病与癌症	合成基因电路、电穿孔、冻干技术	NA	NA	NA
13	2025-09-18	Design principles of gene circuits for longevity 2025-Mar-12, Trends in cell biology IF:13.0Q1 DOI:10.1016/j.tcb.2025.02.006 PMID:40082090	综述	本文探讨影响长寿的基因回路及其反馈机制在维持细胞稳态中的作用	从基因回路和反馈环路的角度系统解析衰老机制，并提出通过合成生物学策略稳定回路以延长寿命	主要基于酵母模型，哺乳动物系统的直接适用性尚需验证	揭示基因回路设计原则及其在调控衰老过程中的作用	基因调控网络（GRNs）、反馈环路、酵母SIR2-HAP回路	合成生物学	衰老相关疾病	系统生物学与合成生物学策略	NA	理论分析与模型推导	NA
14	2025-09-18	Characterization of Rationally Designed CRISPR/Cas9-Based DNA Methyltransferases with Distinct Methyltransferase and Gene Silencing Activities in Human Cell Lines and Primary Human T Cells 2025-02-21, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00569 PMID:39898483	研究论文	本研究通过理性设计CRISPR/Cas9基础的DNA甲基转移酶变体，在人类细胞系和原代T细胞中实现了差异化的甲基化与基因沉默活性	通过在DNMT3A催化核心引入突变，稳定了dCas9-DNMT3A/3L融合蛋白表达而不牺牲功能，并首次在原代人类T细胞中成功应用	研究主要局限于特定细胞类型（Jurkat T细胞和原代T细胞），尚未在更广泛细胞类型或体内环境中验证	开发新型表观遗传编辑工具，用于可编程DNA甲基化和基因沉默调控	人类细胞系（包括Jurkat T细胞）和供体来源的原代人类T细胞	合成生物学	NA	CRISPR/Cas9, DNA甲基化编辑	dCas9-DNMT3A/3L融合蛋白变体	表观遗传数据（DNA甲基化谱），基因表达数据	多种人类细胞系和供体来源的原代人类T细胞
15	2025-09-18	Exploring the diversity and antimicrobial potential of actinomycetes isolated from different environments in Saudi Arabia: a systematic review 2025, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2025.1568899 PMID:40207161	综述	本文系统回顾了沙特阿拉伯不同环境中放线菌的多样性及其抗菌潜力，探讨了其在应对抗菌素耐药性中的价值	聚焦沙特独特生态系统（如极端环境）中放线菌的多样性，并整合基因组挖掘、AI生物信息学等前沿技术挖掘新型抗菌化合物	培养稀有菌株困难、基因组表征有限以及生产成本高	探索放线菌的多样性及其抗菌潜力，以发现新型抗菌剂应对抗菌素耐药性	沙特阿拉伯不同环境（陆地、水生、极端环境等）中的放线菌	微生物学与生物技术	抗菌素耐药性相关感染	基因组挖掘、宏基因组学、AI驱动的生物信息学、CRISPR基因激活、质谱、液相色谱、NMR	NA	微生物多样性数据、基因组数据、化合物结构数据	NA（系统综述，未指定具体样本数量）
16	2025-09-18	Yarrowia lipolytica as a promising cell factory for microbial production of value-added nutraceuticals 2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2025.1673169 PMID:40948964	综述	本文综述了利用解脂耶氏酵母作为细胞工厂生产高附加值营养保健品的近期进展和工程策略	强调了细胞器区室化和生物传感器驱动筛选等先进工具在提高反应效率和加速菌株开发中的应用	NA	探讨解脂耶氏酵母作为微生物生产高价值营养保健品的有前景的细胞工厂	解脂耶氏酵母及其代谢工程改造	合成生物学	NA	代谢工程、合成生物学、多组学数据分析	NA	多组学数据	NA
17	2025-09-18	Reprogramming cancer immunity with next-generation combination therapies 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1652047 PMID:40950404	综述	本文全面分析下一代癌症免疫联合疗法的多模式策略、机制基础和临床整合	整合免疫学、合成生物学和系统医学创新，提出从转化性干预向跨恶性肿瘤治愈范式过渡	免疫相关不良事件和治疗反应变异性需要预测性生物标志物和改进的患者分层	克服癌症免疫治疗耐药性，通过多层面免疫调节策略提升疗效	恶性肿瘤患者及免疫微环境	肿瘤免疫学	癌症	多组学分析、纳米技术、免疫工程、AI驱动建模	NA	生物标志物数据、多组学数据	NA
18	2025-09-18	Digital switching in a biosensor circuit via programmable timing of gene availability 2014-Dec, Nature chemical biology IF:12.9Q1 DOI:10.1038/nchembio.1680 PMID:25306443	研究论文	本研究通过编程控制基因可用性时间，利用位点特异性重组酶减少多基因电路中的泄漏效应，显著提升生物传感器性能	首次使用位点特异性重组酶实现基因可用性的可编程时序控制，有效解决多基因电路部署中的去同步化问题	NA	开发通过时序控制基因可用性来优化合成生物学基因电路性能的新方法	内源性microRNA的生物传感器电路和细胞类型分类	合成生物学	NA	位点特异性重组酶技术	NA	基因表达数据	NA
19	2025-09-17	Arboviral Diseases in a Changing World: Evolutionary Dynamics, Host-Vector Interactions, and Novel Control Strategies 2025-Sep-16, Vector borne and zoonotic diseases (Larchmont, N.Y.) DOI:10.1177/15303667251376450 PMID:40955762	系统综述	本文系统综述虫媒病毒病在变化世界中的进化动态、宿主-媒介相互作用及新型控制策略	整合基因组分析、元流行病学综合与预测建模，强调CRISPR基因驱动和RNAi抗病毒等创新控制方法	基因编辑和微生物干预存在伦理、生态及监管问题需审慎考虑	理解虫媒病毒的进化机制、宿主-媒介相互作用及疾病控制策略	虫媒病毒（如登革热病毒、寨卡病毒、基孔肯雅病毒、西尼罗河病毒）及其传播媒介（蚊、蜱等）	传染病学与公共卫生	虫媒病毒性疾病	基因组分析、预测建模、CRISPR基因驱动、RNAi技术	预测模型	基因组数据、流行病学数据	从16,320条记录中筛选出12项高质量研究
20	2025-09-15	Synthetic Biology for Designing Allostery and Its Potential Biomedical Applications 2025-Oct-15, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.169225 PMID:40409706	综述	本文探讨了利用合成生物学原理设计变构调控及其在生物医学领域的应用潜力	整合人工智能生成式蛋白质设计方法开发新型变构调控策略	NA	通过合成生物学方法实现蛋白质功能的变构调控	蛋白质变构调控机制与合成生物学设计策略	合成生物学	NA	结构域插入、从头蛋白质开关设计、工程化变构机制	AI生成式蛋白质设计	蛋白质结构数据	NA