合成生物学相关文章
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当前共找到 5678 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-09-15 |
Engineering a genetic construct to express soluble proteins tethered to the cell membrane
2026-Sep-16, Bioscience reports
IF:3.8Q2
DOI:10.1042/BSR20260216
PMID:42619223
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研究论文 | 通过计算模拟与实验验证相结合，设计了一种可将可溶性蛋白锚定在细胞膜上的遗传构建体，并用绿色荧光蛋白验证了其成功锚定及纯化 | 开发了一种通用、模块化的遗传构建体，能够将可溶性蛋白锚定在细胞膜上，并证明了锚定后的蛋白可被整合到聚合物脂质纳米盘中并通过组氨酸标签纯化 | 目前仅使用绿色荧光蛋白作为模型蛋白进行了验证，尚未在其他目标蛋白中测试其通用性和功能影响 | 设计并验证一种能够将可溶性蛋白锚定在细胞膜上的遗传构建体，以填补该领域缺乏通用模块化工具的空白 | 可溶性蛋白（以绿色荧光蛋白为模型）及细胞膜 | 合成生物学 | NA | 计算模拟、实验验证、聚合物脂质纳米盘、组氨酸标签纯化 | 计算模拟 | NA | NA | NA | NA | 将可溶性蛋白锚定在细胞膜上的遗传构建体 | 医学、工业生物技术 |
| 2 | 2026-09-15 |
GAPEK: A General Framework for Multiparameter Enzyme Kinetic Prediction with Adaptive Learning
2026-Sep-14, Journal of chemical information and modeling
IF:5.6Q1
DOI:10.1021/acs.jcim.6c02546
PMID:42734558
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研究论文 | 该文章构建了大规模酶动力学数据集Kinetic-DB，并提出了GAPEK及GAPEK+框架，用于多参数酶动力学预测，通过自适应数据增强、双信息探索模块和自适应密度加权损失函数提升预测性能 | 1. 构建了大规模、格式统一的Kinetic-DB数据集；2. 提出自适应数据增强模块丰富酶和底物序列多样性；3. 设计双信息探索模块解耦模态特异性和跨模态信息；4. 引入自适应密度加权损失函数处理数据不平衡；5. 提出GAPEK+整合SERA函数重新配置学习目标，校准模型对极端值的敏感性 | 未在摘要中明确说明 | 解决酶动力学参数预测中数据集有限且不一致、多模态信息利用不充分、以及动力学参数分布不均匀导致极端值预测精度低等问题 | 酶-底物对及其动力学参数（转化数、米氏常数和抑制常数） | 机器学习 | NA | NA | 预训练模型（ESM-2、Mole-BERT）、深度学习 | 序列数据（酶序列和底物序列）、文本 | Kinetic-DB大规模数据集，具体样本量未在摘要中说明 | NA | NA | NA | 医学, 工业生物技术 |
| 3 | 2026-09-15 |
The multifaceted significance of phosphoinositides in endocytic trafficking
2026-Sep, FEBS letters
IF:3.0Q3
DOI:10.1002/1873-3468.70268
PMID:41496670
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综述 | 本文综述了磷酸肌醇在细胞内吞运输中的多种作用，包括内吞、内体分选、降解和回收，以及特定激酶和磷酸酶参与的过程 | 文章整合了荧光生物传感器、超分辨率显微镜、光遗传学和合成生物学等新技术对磷酸肌醇动态研究的推动，并探讨了磷酸肌醇代谢紊乱与癌症和神经退行性疾病的关联 | 文章未具体说明所综述研究的样本量或实验细节，且作为综述，缺乏原始实验数据 | 阐明磷酸肌醇在内吞运输中的功能及其在疾病中的作用，并探讨潜在治疗靶点 | 磷酸肌醇及其在内吞运输中的相关蛋白和通路 | 细胞生物学 | 癌症, 神经退行性疾病 | 荧光生物传感器, 超分辨率显微镜, 光遗传学, 合成生物学 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 4 | 2026-09-15 |
Host-aware Identification of Intrinsic Gene Expression Biopart Parameters using Combinatorial Libraries
2026-Aug-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-76332-7
PMID:42717201
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研究论文 | 该文章提出了一个宿主感知的框架，利用组合文库定量表征质粒型组成型表达构建体中的生物元件参数，通过结合大肠杆菌数字孪生和模型在环参数识别，分离生物元件属性与宿主依赖效应 | 引入了宿主感知的框架，整合大肠杆菌数字孪生与模型在环参数识别，从组合文库中识别机制可解释且可转移的参数，定义了内在翻译起始能力，并揭示了模块化的局部失效 | 未明确说明 | 解决合成生物学中基于模型的设计受限于生物元件相对指标在不同遗传和生理背景下变化的问题，实现生物元件的定量表征和预测性设计 | 质粒型组成型表达构建体中的生物元件，包括质粒复制起点、启动子和核糖体结合位点 | 合成生物学 | 不适用 | 组合文库构建、模型在环参数识别、数字孪生 | 数字孪生 | 实验测量数据 | 未明确说明 | 不适用 | 大肠杆菌 | 质粒型组成型表达构建体 | 医学、工业生物技术 |
| 5 | 2026-09-15 |
Ultrasound-Responsive Mammalian Cell Synthetic Biology
2026-Apr, IEEE transactions on ultrasonics
DOI:10.1109/TUFFC.2025.3570813
PMID:40378033
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综述 | 该综述总结了超声响应哺乳动物细胞合成生物学（声遗传学）的最新进展与挑战，包括超声与基因工程效应器的耦合、声学造影剂（微气泡和气体囊泡）的应用以及未来方向 | 系统整合了超声与合成生物学在哺乳动物细胞中的交叉应用，重点阐述了微气泡和气体囊泡等声学造影剂如何增强超声对细胞的机械效应，并明确了该领域在标准化参数和机制理解方面的关键瓶颈 | 参数缺乏标准化，对超声调控细胞过程的底层机制理解不足 | 综述超声响应哺乳动物细胞合成生物学（声遗传学）的研究进展、挑战与未来方向 | 哺乳动物细胞、超声响应基因工程效应器、声学造影剂（微气泡和气体囊泡） | 合成生物学 | NA | 超声、声遗传学、光遗传学 | NA | 文本 | NA | NA | 哺乳动物细胞 | NA | 医学 |
| 6 | 2026-09-15 |
Assetizing Diversity: Microbial Culture Collections in an Age of Biotechnology, Biodiversity, and Speculative Value Generation (1972-2022)
2026-03, Journal of the history of biology
IF:0.7Q2
DOI:10.1007/s10739-026-09853-y
PMID:42118395
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研究论文 | 本文追溯了1972年至2022年间微生物菌种保藏中心的历史，探讨了微生物多样性保护与生物技术价值化的演变 | 从资产化角度分析微生物资源的价值演变，揭示了全球微生物公地的圈占过程，并综合分析了欧洲、美洲、亚洲及WFCC的菌种保藏中心 | 未涉及具体的实验数据，主要基于历史文献和案例分析，可能缺乏定量分析 | 探究微生物菌种保藏中心在生物技术、生物多样性和价值生成方面的历史演变 | 欧洲、美洲、亚洲的微生物菌种保藏中心以及世界菌种保藏联合会（WFCC） | 生物技术 | NA | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学, 工业生物技术 |
| 7 | 2026-09-15 |
Governing synthetic biology and artificial intelligence (AI) convergence: emerging biosecurity priorities for Africa
2026, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2026.1834976
PMID:42729550
|
综述 | 本文探讨了合成生物学与人工智能融合对非洲生物安全治理带来的挑战，提出了结构性暴露点的概念，并给出了适合非洲情境的治理优先事项和适应性治理方法 | 引入了结构性暴露点这一概念，将其定义为增加新兴技术能力超越监管可能性的系统性治理条件，并从监管扩展转向制度整合，提出了适合非洲情境的务实治理路径 | 文章主要为概念性和分析性讨论，缺乏实证数据验证，且未提供具体的治理实施时间表或量化评估指标 | 识别非洲生物安全治理中的结构性暴露点，并提出务实的治理优先事项和适应性治理方法，以应对生物-数字融合带来的新兴风险 | 非洲生物安全监管机构和国家框架 | 生物安全治理 | NA | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学, 环境 |
| 8 | 2024-12-28 |
Targeted Activation of Programmed Cell Death Pathways by Optogenetics
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4047-0_5
PMID:39724344
|
研究论文 | 本文介绍了一种利用光遗传学技术激活三种主要程序性细胞死亡（凋亡、坏死性凋亡和焦亡）的协议 | 开发了新的合成生物学工具，通过化学或光遗传学方法在选定的细胞中特异性诱导程序性细胞死亡 | 目前难以在不影响邻近细胞的情况下，在细胞群或复杂组织中靶向和诱导选定细胞的死亡 | 研究如何利用光遗传学技术激活程序性细胞死亡 | 细胞和组织 | 合成生物学 | NA | 光遗传学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 9 | 2026-01-03 |
Alternating Cellular Functions by Optogenetic Control of Organelles
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4047-0_13
PMID:39724352
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研究论文 | 本文介绍了一种通过光遗传学调控线粒体-溶酶体接触（MLCs）的方法，以动态控制细胞器功能 | 利用光遗传学技术实现对活细胞中细胞器功能的动态调控，为细胞工程和合成生物学提供创新范式 | NA | 开发一种光遗传学方法来调控细胞器功能，特别是线粒体-溶酶体接触 | 真核细胞中的细胞器，特别是线粒体和溶酶体 | 合成生物学 | NA | 光遗传学 | NA | NA | NA | 光遗传学 | 真核细胞 | 光遗传学调控的线粒体-溶酶体接触（MLCs） | 医学 |
| 10 | 2026-09-13 |
MutaT7GDE: A Single Chimera for the Targeted, Balanced, Efficient, and Processive Installation of All Possible Transition Mutations In Vivo
2024-09-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00316
PMID:39190860
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研究论文 | 该研究通过改造底物宽泛的通用脱氨酶，构建了单一嵌合酶MutaT7GDE，可同时靶向脱氧腺苷和脱氧胞苷，实现体内所有可能转换突变的高效、均衡、靶向和持续安装 | 利用新工程的底物宽泛型通用脱氨酶（GDEs）建立了基于单一嵌合酶的简化系统，可同时靶向脱氧腺苷和脱氧胞苷，实现所有可能转换突变的高效安装，比现有更繁琐的MutaT7工具更高效 | 摘要中未明确提及该研究的局限性 | 开发一种简化、高效、均衡且持续的体内靶向基因多样化工具，用于定向进化过程中目标基因的多样化 | MutaT7嵌合蛋白、通用脱氨酶（GDEs）、T7 RNA聚合酶、目标基因 | 合成生物学 | NA | 脱氨酶-T7 RNA聚合酶融合技术、定向进化、体内诱变 | NA | NA | 四种不同的MutaT7构建体 | NA | NA | 脱氨酶-T7 RNA聚合酶融合嵌合酶（MutaT7GDE） | 医学、工业生物技术 |
| 11 | 2024-08-07 |
Revealing the grammar of small RNA secretion using interpretable machine learning
2024-04-10, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2024.100522
PMID:38460515
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研究论文 | 本文介绍了ExoGRU机器学习模型，用于预测小RNA从初级RNA序列中的分泌概率，并通过实验验证了其性能 | 开发了ExoGRU模型和exoCLIP技术，揭示了小RNA分泌的cis和trans因子，包括已知和新发现的RNA结合蛋白 | NA | 揭示小RNA分泌的生物学机制，并探索其在治疗和合成生物学中的应用 | 小RNA的分泌机制及其相关的RNA结合蛋白 | 机器学习 | NA | 机器学习 | ExoGRU | RNA序列 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 12 | 2026-09-14 |
Elucidating the Requirements for microRNA-Mediated Upregulation Enables Reengineering of Upregulatory Sites
2026-Sep-14, ACS chemical biology
IF:3.5Q2
DOI:10.1021/acschembio.6c00503
PMID:42728713
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研究论文 | 利用miRFluR双荧光报告系统，系统研究miRNA介导的蛋白表达上调所需的序列和结构条件，并实现上调位点的重新设计 | 揭示了miRNA上调蛋白表达需要特定序列元件和RNA二级结构，且该效应依赖于局部UTR结构背景；首次证明上调位点可被重新设计以响应替代miRNA | 研究仅以miR-891b调控B3GLCT为模型系统，上调机制在其他miRNA和靶标中的普适性尚待验证 | 阐明miRNA介导蛋白表达上调的分子要求，并探索上调位点的重新设计可能性 | miR-891b及其靶标B3GLCT的3'UTR上调位点 | 合成生物学 | NA | 双荧光报告基因检测（miRFluR assay）、定点突变、截短分析 | NA | 荧光信号数据、序列数据 | NA | NA | 哺乳动物细胞 | 双荧光报告基因系统（miRFluR） | 医学, 工业生物技术 |
| 13 | 2026-09-14 |
Advances in CRISPR-Based Genetic Engineering of Bifidobacterium
2026-Sep-12, Biochimie
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.biochi.2026.09.003
PMID:42731613
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综述 | 本文综述了基于CRISPR的基因编辑技术在双歧杆菌工程化改造中的进展，涵盖从传统同源重组到CRISPR/Cas系统、CRISPRi/a和碱基编辑的应用。 | 系统总结了内源和外源CRISPR系统在双歧杆菌中的应用，并强调了CRISPR技术与合成生物学整合以开发下一代工程化双歧杆菌平台的潜力。 | 菌株特异性差异和限制-修饰屏障仍然是主要制约因素，同时存在生物安全方面的担忧。 | 概述双歧杆菌基因组编辑技术的发展，特别是CRISPR相关技术，并探讨其在临床前和食品生物技术中的应用前景。 | 双歧杆菌 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas, CRISPRi/a, 碱基编辑 | NA | 文本 | NA | CRISPR-Cas9 | 双歧杆菌 | NA | 医学, 食品 |
| 14 | 2026-09-14 |
Sulfated polysaccharides and their utilization mechanisms by microorganisms: A review
2026-Sep-10, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2026.154431
PMID:42722257
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综述 | 本文综述了硫酸化多糖（SPS）的来源、结构、生物活性以及微生物对其的降解机制，重点探讨了肠道微生物（特别是拟杆菌门、乳酸菌和微球菌）降解SPS的策略和相关酶的作用 | 系统比较了不同微生物对硫酸化多糖的降解策略，并强调了微生物自身合成的SPS在其生存发展中的作用 | 摘要中未明确提及 | 总结硫酸化多糖的研究进展，探讨其微生物降解机制及应用潜力 | 硫酸化多糖（肝素、硫酸软骨素、岩藻多糖、磺达肝癸钠）及降解它们的微生物（拟杆菌门、乳酸菌、微球菌等） | 合成生物学, 代谢工程 | NA | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学, 合成生物学, 代谢工程, 医疗保健 |
| 15 | 2026-09-14 |
Engineering Bacillus Subtilis for Efficient Biosynthesis of Riboflavin: Current Knowledge and Future Perspectives
2026-Sep, Applied biochemistry and biotechnology
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s12010-026-05755-1
PMID:42207417
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综述 | 本综述全面总结了近年来通过代谢工程策略增强枯草芽孢杆菌核黄素生物合成的研究进展，并展望了未来发展方向 | 系统整合了合成生物学工具（如核糖开关工程、调控元件设计、高通量筛选）与多组学数据和机器学习驱动预测建模，提出了构建智能枯草芽孢杆菌细胞工厂的前瞻性框架 | 精确调控控制、多基因表达优化和基因组整合效率仍面临挑战；过量生产的代谢负担和缺乏可跨工业规模预测菌株性能的通用调控模型限制了实际应用 | 总结增强枯草芽孢杆菌核黄素生物合成的代谢工程策略，并探讨未来发展方向 | 枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis）核黄素生物合成途径 | 合成生物学, 代谢工程 | NA | 代谢工程, 适应性实验室进化, 组学分析, 13C代谢通量分析, 核糖开关工程, 高通量筛选 | 机器学习预测模型 | 多组学数据 | NA | NA | 枯草芽孢杆菌 | 核黄素生物合成途径, 核糖开关调控元件 | 医药, 食品, 工业生物技术 |
| 16 | 2026-09-14 |
Vesicle-Templated Self-Assembly of Programmable Freestanding Multi-μm DNA Shells
2026-05-27, Nano letters
IF:9.6Q1
DOI:10.1021/acs.nanolett.6c00402
PMID:42130031
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研究论文 | 本文介绍了一种简单且广泛适用的方法，通过先在巨型单层囊泡上组装DNA壳，再经表面活性剂介导去除脂质体，获得保留膜模板几何形状的独立DNA壳 | 首次实现了独立、膜模拟的DNA壳，通过囊泡模板化自组装及表面活性剂去除脂质体，利用两种不同DNA构造（复杂桶状DNA折纸和简单11寡核苷酸纳米星基序）展示方法的普适性，并通过DNA折纸的位点特异性可寻址性实现多层壳的可控形成 | 摘要中未明确提及 | 开发一种简单、广泛适用的方法，构建独立、膜模拟的DNA壳，用于自下而上的合成生物学中可调谐的DNA-only区室化 | 巨型单层囊泡、DNA折纸结构、11寡核苷酸纳米星基序、DNA壳 | 合成生物学 | NA | DNA折纸、囊泡模板化自组装、表面活性剂介导脂质体去除 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学、材料 |
| 17 | 2026-09-14 |
An in vitro approach for simulating divergent Golgi O-glycosylation of tumor-associated MUC1 from normal MUC1
2026-Apr-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-72151-y
PMID:42020444
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研究论文 | 本文建立了一种体外一锅法合成生物学方法，模拟正常与肿瘤相关MUC1的分歧O-糖基化途径，以解析肿瘤相关抗原的合成机制 | 首次通过体外一锅法合成生物学方法模拟MUC1分歧糖基化途径，证明GALNTs向ER的癌症相关重定位导致Tn抗原完全占据，并揭示ST6GALNAC1专一性驱动α-2-6唾液酸化且严格偏好T13位点 | 该研究为体外模拟体系，可能无法完全反映体内复杂细胞环境中的糖基化过程 | 阐明癌症中异常糖基化的分子机制，特别是MUC1肿瘤相关抗原的合成途径 | MUC1蛋白的O-糖基化过程及相关糖基转移酶（GALNTs、ST6GALNAC1） | 糖生物学 | 癌症 | 体外一锅法合成生物学、动力学模拟、计算机反应动态模拟 | 动力学模型、计算机反应动态模拟 | 动力学数据、模拟数据 | NA | NA | NA | 模拟分歧糖基化途径的体外合成生物学体系 | 医学 |
| 18 | 2026-09-14 |
Programmable Synthesis of DNA Networks in Giant Vesicles via Rolling Circle Amplification
2026-04-15, Nano letters
IF:9.6Q1
DOI:10.1021/acs.nanolett.6c00726
PMID:41919686
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研究论文 | 本文提出了一种通过滚环扩增（RCA）在巨型囊泡内可编程合成DNA网络以增强囊泡力学性能的仿生微反应器平台 | 利用RCA信号在巨型囊泡内部构建长DNA链并组织成内部网络，使合成囊泡的刚性比原始囊泡提高一个数量级，首次将分子尺度生化活性与介观尺度力学行为耦合，并通过DNA折纸纳米孔实现囊泡内外环境的分子运输与可控扩增 | 摘要中未明确提及该研究的局限性 | 构建具有功能调控和机械反馈能力的合成细胞，推动合成生物学、生物制造和仿生材料领域的发展 | 巨型囊泡（giant vesicles）内的DNA网络及DNA折纸纳米孔 | 合成生物学 | NA | 滚环扩增（RCA）、DNA折纸（DNA origami） | NA | NA | NA | NA | NA | 基于滚环扩增的DNA网络自组装通路，结合DNA折纸纳米孔形成具有分子运输功能的合成区室 | 医学, 材料, 工业生物技术 |
| 19 | 2026-09-14 |
Late Stage Mannan Metabolism in Cellvibrio japonicus Requires the Combined Action of a Mannosyl-Glucose Phosphorylase and a Mannobiose Epimerase
2026-02, Molecular microbiology
IF:2.6Q3
DOI:10.1111/mmi.70043
PMID:41525168
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研究论文 | 该研究对Cellvibrio japonicus中参与甘露聚糖代谢后期阶段的甘露糖基-葡萄糖磷酸化酶（Mgp130A）和甘露二糖差向异构酶（EpiA）进行了生理学和生物化学表征 | 首次对C. japonicus中甘露聚糖代谢后期阶段的Mgp130A和EpiA进行了功能突变分析和生化测定，构建了新质粒pJKN5用于互补分析，并发现了缺乏epiA基因的菌株中半乳糖取代的甘露寡糖具有意外的毒性效应 | 研究主要聚焦于C. japonicus这一特定菌株，未验证这些酶在其他细菌中的普适性，且对毒性效应的分子机制未深入探讨 | 阐明C. japonicus中甘露聚糖代谢后期阶段甘露糖基-葡萄糖磷酸化酶和甘露二糖差向异构酶的生理重要性和生化活性 | Cellvibrio japonicus中的甘露糖基-葡萄糖磷酸化酶（Mgp130A）和甘露二糖差向异构酶（EpiA） | 合成生物学 | NA | 功能突变分析，生化酶活测定，质粒互补分析 | NA | NA | NA | NA | Cellvibrio japonicus | NA | 医药，工业生物技术 |
| 20 | 2026-09-14 |
Bacteriophage research in India and its implications for human health: A scoping review
2026-Feb, The Indian journal of medical research
DOI:10.25259/IJMR_2923_2025
PMID:41949138
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综述 | 该文章通过范围综述系统梳理了印度噬菌体研究的现状，并重点分析了其对人类健康的意义 | 首次对印度噬菌体研究进行系统性的范围综述，按照应用领域、研究类型和结局进行分类，并明确指出了印度在噬菌体研究转化领域的关键缺口 | 纳入研究大多来自实验室环境，临床和转化研究极少，缺乏临床试验、药代动力学-药效动力学研究、合成生物学方法以及One Health综合监测系统 | 系统调查和分类印度开展的噬菌体研究，重点评估其对人类健康的影响 | 在印度环境中开展的噬菌体或噬菌体治疗相关原创研究，涵盖人类、动物和环境 | 医学 | 抗菌药物耐药性感染 | NA | NA | 文本 | 111项研究（来自5个数据库共4756篇文献筛选后纳入） | NA | NA | NA | 医学 |