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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-08-29 |
The role of gut microbiome in aging-associated diseases: where do we stand now and how technology will transform the future
2026-12-31, Gut microbes
IF:12.2Q1
DOI:10.1080/19490976.2025.2607076
PMID:41454672
|
综述 | 本文综述了肠道微生物组在衰老相关疾病中的作用,并探讨了多组学、合成生物学和人工智能等技术如何推动该领域的未来发展和临床转化 | 提出了一个名为PRIME的五阶段路线图,整合了功能多组学、合成生物学、人工智能分析、生物样本库和自体粪便微生物移植等前沿技术,以促进精准医学和健康老龄化 | 未明确提及具体局限性 | 总结肠道微生物组与衰老相关疾病的关联,并探讨新兴技术如何改变研究格局和干预设计,最终促进精准医学和健康老龄化 | 肠道微生物组及其与衰老相关疾病(如感染性疾病、自身免疫病、神经退行性疾病、癌症、代谢性疾病等)的关联 | 微生物组学、合成生物学、人工智能 | 衰老相关疾病 | 多组学、合成生物学、人工智能分析、生物样本库、自体粪便微生物移植 | NA | 文本和概念性数据 | NA | 合成生物学 | 人类肠道微生物组 | NA | 医学 |
| 2 | 2026-08-29 |
Miniaturized CRISPR: Ultra Compact Systems for In Vivo Delivery and Portable Diagnostics
2026-Sep, Annals of biomedical engineering
IF:3.0Q3
DOI:10.1007/s10439-026-04046-4
PMID:41712125
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综述 | 本综述总结了紧凑型CRISPR系统在体内递送和便携式诊断中的应用进展,包括小型核酸酶、引导RNA优化和递送载体小型化,并探讨了其面临的挑战与未来机遇。 | 聚焦于超紧凑CRISPR系统(如Cas12f、CasX及迷你Cas9)在解决传统SpCas9递送和尺寸限制方面的创新应用,并引入AI辅助蛋白设计和合成生物学的前景。 | 讨论了脱靶活性、递送障碍和监管要求等当前问题,但未提供具体的实验数据或解决方案。 | 总结紧凑型CRISPR系统的工程化进展,评估其在治疗性基因编辑和便携式诊断中的应用潜力。 | 紧凑型CRISPR系统,包括小型核酸酶(Cas12f、CasX)和迷你Cas9变体。 | 合成生物学、基因编辑 | NA | 基因编辑、蛋白工程、RNA优化 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9、CRISPR-Cas12f、CRISPR-CasX | NA | 紧凑型CRISPR系统,用于基因编辑和诊断 | 医学、诊断 |
| 3 | 2026-08-29 |
Advances in prime editing: Molecular innovations, Large-fragment engineering, and AI-driven design
2026-Sep, Biodesign research
DOI:10.1016/j.bidere.2026.100104
PMID:42662231
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综述 | 本文全面综述了引导编辑技术的最新进展,包括核心组件的分子创新、大片段编辑平台的开发以及人工智能驱动的设计工具,并讨论了其在医学、农业和合成生物学中的广泛应用 | 文中重点突出了三类创新:Cas蛋白变体和逆转录酶工程等核心组件的迭代优化;TwinPE、PASTE和PrimeRoot等大片段编辑平台的扩展;以及AI驱动设计工具在pegRNA优化和系统选择中的应用 | 摘要中未提及该综述文章的局限性 | 全面概述引导编辑技术的最新分子创新、大片段编辑策略和计算方法,推动其作为可编程和可扩展平台的发展 | 引导编辑技术及其核心组件、编辑平台和设计工具 | 合成生物学 | NA | 引导编辑 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学、农业、合成生物学 |
| 4 | 2026-08-29 |
Functional amyloids as molecular switches: emerging roles in diverse signalling pathways
2026-Aug-26, Biochemical Society transactions
IF:3.8Q2
DOI:10.1042/BST20250193
PMID:42638611
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综述 | 本文综述了功能性淀粉样蛋白作为分子开关在多种信号通路中的作用,强调其组装机制、结构特性及生物学功能 | 系统阐述了功能性淀粉样蛋白如何通过成核依赖性聚合和模板化自传播实现信号转换,并提出基于淀粉样的可编程开关设计前景 | 未提供具体实验数据,仅基于已有研究进行理论总结 | 探讨功能性淀粉样蛋白在信号转导中的调控机制及其在治疗和合成生物学中的潜在应用 | 功能性淀粉样蛋白及其参与的信号通路,包括RIPK1:RIPK3坏死体、真菌朊病毒和朊病毒样调控系统 | 分子生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 基于淀粉样蛋白的分子开关 | 治疗, 合成生物学 |
| 5 | 2026-08-29 |
Programmable Domestication: CRISPR, Pan-Genomics and System Level Engineering for Next-Generation Crops
2026-Aug-26, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70749
PMID:42643124
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综述 | 本文综述了可编程驯化的最新进展,探讨如何利用CRISPR基因组编辑、泛基因组学、合成生物学和人工智能辅助育种等技术,将作物野生近缘种和未充分利用的种质资源转化为适应气候变化、可持续的下一代作物系统 | 提出一个基于轨迹的可编程驯化框架,包含适应性拯救、农艺改良和新底盘工程三种路径,并系统整合多路复用基因组编辑、泛基因组变异发现、AI驱动的基因组预测和预测性表型组学,用于精准设计关键驯化性状 | 主要讨论系统层面挑战,如隐性遗传变异、上位效应、基因调控网络复杂性、基因型-表型可预测性、生物多样性保护和监管问题,但未提供具体的实验验证或案例研究 | 旨在将传统作物改良转变为系统级工程,以应对气候变化、粮食安全和农业可持续性挑战,提出可编程驯化的战略框架 | 作物野生近缘种和未充分利用的种质资源,以及下一代作物的设计 | 机器学习、合成生物学、基因组学 | NA | CRISPR基因组编辑、泛基因组学、AI辅助育种、预测性表型组学 | AI驱动的基因组预测模型 | 基因组数据、表型数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 作物植物 | 涉及驯化性状的基因调控网络工程,如植物结构、产量潜力、抗逆性和营养质量 | 农业 |
| 6 | 2026-08-29 |
Predicting transcriptional regulators in plants in the era of artificial intelligence
2026-Aug-26, Current opinion in plant biology
IF:8.3Q1
DOI:10.1016/j.pbi.2026.102955
PMID:42648065
|
综述 | 本文综述了在多组学和人工智能时代,预测植物转录调控因子的方法进展,包括网络级基因发现及机器学习、深度学习等技术的应用。 | 强调多组学整合与人工智能(特别是基础模型)在植物转录调控预测中的新兴作用,提出这些方法可能重塑调控关系预测并应用于作物改良和合成生物学。 | 未具体讨论现有方法的局限性和挑战,如数据复杂性、模型可解释性等。 | 总结植物转录调控预测的进展,并探讨人工智能如何推动该领域的发展。 | 植物中的转录因子及其靶标,以及调控网络。 | 人工智能,机器学习 | NA | 多组学测序数据,基因表达分析 | 机器学习,深度学习,基础模型 | 多组学数据(如基因组、转录组等) | NA | NA | 植物 | NA | 作物改良,合成生物学 |
| 7 | 2026-08-29 |
Cross incompatibility restricting genome exchange and diversification of primary gene pool in plants: challenges and opportunities
2026-Aug-25, TAG. Theoretical and applied genetics. Theoretische und angewandte Genetik
DOI:10.1007/s00122-026-05347-x
PMID:42642494
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综述 | 本文综述了植物初级基因库中种间杂交不亲和性(CI)的障碍,包括合子前和合子后屏障,并探讨了克服这些障碍的生物技术方法及合成生物学在重编程生殖屏障方面的潜力。 | 强调利用合成生物学方法将交叉不亲和性转化为可控性状,以促进作物野生近缘种的利用。 | 未详细讨论具体实验数据或案例研究,可能缺乏实证支持。 | 探讨植物种间杂交不亲和性的机制,并评估克服这些障碍以利用作物野生近缘种遗传多样性的策略。 | 作物野生近缘种(CWR)及其与栽培作物的种间杂交。 | 植物遗传学 | NA | 体细胞杂交、胚胎拯救、合成生物学 | NA | 文献综述 | NA | 合成生物学 | 植物 | NA | 农业 |
| 8 | 2026-08-29 |
Integrating Machine Learning and Transcriptomics to Enhance β‑Carotene Production in Saccharomyces cerevisiae
2026-Aug-25, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.6c06012
PMID:42662202
|
研究论文 | 通过机器学习指导的组合工程和转录组分析,优化酿酒酵母中β-胡萝卜素的异源生产 | 结合XGBoost机器学习和转录组洞察,在DBTL循环中快速优化MVA途径基因表达,并通过铁补充进一步提高产量 | 未明确提及限制,但可能受限于特定菌株和培养条件 | 增强酿酒酵母中β-胡萝卜素的产量,通过组合工程和转录组分析优化非天然生化生产 | 酿酒酵母菌株,用于β-胡萝卜素异源生产 | 合成生物学 | NA | 转录组分析 | XGBoost | 转录组数据 | 未明确,涉及DBTL循环中的多个菌株变体 | CRISPR-Cas9 | 酿酒酵母 | MVA途径的启动子和终止子组合工程 | 工业生物技术 |
| 9 | 2026-08-29 |
Rheological Characterization of Yeast Protein-Sanxan Composite Hydrogels via SAOS, LAOS and Thermal Analysis
2026-Aug-20, Gels (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/gels12080747
PMID:42644991
|
研究论文 | 本研究设计并表征了酵母蛋白-三赞胶复合水凝胶,通过SAOS、LAOS和热分析评估其流变学特性和热稳定性,发现其具有弱凝胶特性和非线性粘弹性行为,适用于功能性食品和生物医学应用。 | 首次将酵母蛋白与三赞胶复合制备水凝胶,系统研究了其线性和非线性流变学行为及热稳定性,揭示了酵母蛋白增强凝胶网络和结构刚性的机制,并为未来食品和生物医学材料提供了新型蛋白基水凝胶。 | 未提及具体局限性,如生物相容性、体内降解性、长期稳定性或实际应用中的加工条件等未涉及。 | 开发具有可调流变性和优异热稳定性的酵母蛋白-三赞胶复合水凝胶,以满足未来食品和生物医学应用对可持续蛋白资源的需求。 | 酵母蛋白-三赞胶复合水凝胶 | 材料科学 | 不适用 | SAOS(小振幅振荡剪切)、LAOS(大振幅振荡剪切)、热分析 | 不适用 | 流变学数据、热分析数据 | 不适用(未提及具体样本数量) | 不适用 | 酵母(用于生产酵母蛋白) | 不适用 | 食品、生物医学 |
| 10 | 2026-08-29 |
Advances in Key Genetic Elements and Strategies for High-Yield Heterologous Protein Expression in Komagataella phaffii
2026-Aug-15, Journal of fungi (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/jof12080612
PMID:42646139
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综述 | 本文综述了Komagataella phaffii中实现高产异源蛋白表达的关键遗传元件和策略的最新进展,强调从经验性修改向系统级工程的转变。 | 强调系统级工程视角,整合转录调控、蛋白分泌和UPR调控等模块,并引入AI辅助的预测性工程方法。 | 未提及具体的实验数据和定量比较,仅限于文献总结和展望。 | 总结并推动Komagataella phaffii作为细胞工厂在异源蛋白生产中的理性设计和系统级工程优化。 | Komagataella phaffii中的异源蛋白表达系统,包括启动子、信号肽、分子伴侣和UPR调控元件。 | 合成生物学 | NA | 启动子工程、信号肽工程、分子伴侣共表达、UPR定量调控、AI辅助设计 | NA | 文献数据 | NA | NA | Komagataella phaffii | 分泌途径优化、启动子架构重设计、信号肽替换、UPR调控 | 工业生物技术、医药、食品 |
| 11 | 2026-08-29 |
Biological and synthetic biology strategies for polystyrene degradation: mechanisms, microbial advances, and circular economy perspectives
2026-Aug-13, Biodegradation
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s10532-026-10356-0
PMID:42593685
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综述 | 本文全面综述了利用生物学和合成生物学策略降解聚苯乙烯的研究进展,涵盖新型降解微生物、酶学机制、降解评估方法及循环经济视角下的生物升级回收 | 系统整合了昆虫肠道微生物组和极端环境来源的新型PS降解微生物,并区分了真正的生物降解与表面氧化、碎裂及重量减少,同时探讨了合成生物学在PS降解和循环经济中的应用 | 未明确提及具体研究的局限性 | 探讨聚苯乙烯生物降解的机制、微生物进展及其在循环经济中的应用潜力 | 聚苯乙烯降解微生物,包括细菌、真菌及昆虫相关微生物 | 环境微生物学、合成生物学 | NA | 酶工程、代谢工程、微生物组分析 | NA | 文献数据 | NA | NA | NA | NA | 环境、工业生物技术 |
| 12 | 2026-08-29 |
Uniform Microscale Thermoresponsive Liposomes for Controlled Release Above Body Temperature
2026-Aug, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.74496
PMID:42434866
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研究论文 | 本文介绍了一种利用电晕放电处理PDMS双乳液装置生成单分散热响应脂质体的可扩展方法,实现高于体温的受控药物释放。 | 首次提出可扩展策略,利用电晕放电处理的PDMS双乳液装置生成单分散热响应脂质体,并优化提取过程,使释放温度在41-45°C时突然触发。 | 未明确提及,但可能涉及体内稳定性和生物相容性的进一步验证。 | 开发一种可扩展方法,生产在生理温度下稳定、高于体温时触发释放的均匀热响应脂质体。 | 热响应脂质体,含DPPC的油酸壳及Pluronic F-127界面稳定剂。 | 合成生物学 | NA | 双乳液微流控、溶剂萃取 | NA | 实验数据(药物释放曲线) | NA | PDMS双乳液装置 | NA | 热响应释放系统(脂质体) | 医学 |
| 13 | 2026-08-29 |
Reimagining Lignin Valorization: Synthetic Biology-Enabled Sustainable Aromatic Carbon Biomanufacturing
2026-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.76698
PMID:42474033
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综述 | 提出将木质素增值从孤立的催化步骤转向集成的解聚、转化和调控框架,强调合成生物学在实现可持续芳香碳生物制造中的核心作用 | 提出以调控控制而非仅通路完整性作为木质素生物转化效率、稳健性和可扩展性的决定因素,并整合光酶催化和化学-生物杂合等新兴技术 | 未提供具体实验数据或定量分析,主要基于概念框架和路线图 | 为木质素增值提供路线图,确立合成生物学启发的调控作为可持续芳香碳生物制造的统一定理 | 木质素及其衍生物,微生物细胞工厂 | 合成生物学 | NA | 光酶催化,化学-生物杂合,全局转录调控,动态生物传感器控制 | NA | NA | NA | NA | 微生物(具体未指明) | 生物传感器、代谢通路、生长-生产解耦系统 | 生物制造,工业生物技术 |
| 14 | 2026-08-29 |
Adaptive Responses of Tropical Crops: A Multi-Scale Omics Integrated Perspective
2026-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.76735
PMID:42505031
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综述 | 本文综述了热带作物(如甘蔗、香蕉、木薯、橡胶和油棕)适应极端和变化环境的策略,整合基因组特征、结构变异、驯化与育种的多尺度组学视角 | 创新性地整合多尺度组学视角,系统阐述热带作物适应性机制,并提出利用合成生物学和基因编辑将热带适应机制应用于其他作物 | 未提及具体局限性 | 阐明热带作物适应性策略及其分子机制,为气候适应性可持续热带农业提供理论和实践策略 | 热带作物(甘蔗、香蕉、木薯、橡胶和油棕) | 多组学整合 | NA | 多组学(基因组学、结构变异分析、驯化与育种基因组学) | NA | 基因组数据 | NA | 基因编辑、合成生物学 | 热带作物 | NA | 农业 |
| 15 | 2026-08-29 |
Quantitative and Targeted Regulation of Ferroptosis in Bladder Cancer: Preclinical Study
2026-08, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.71333
PMID:42644396
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研究论文 | 本研究利用CRISPR-dCas9系统定量调控膀胱癌细胞中的铁死亡相关基因BECN1和OTUB1,并验证了其对癌细胞的特异性影响及抗肿瘤效果 | 首次采用受hTERT启动子控制的CRISPR-dCas9系统,实现对膀胱癌细胞中BECN1和OTUB1的定量上调或下调,而不影响正常细胞,并建立了基于合成生物学原理的定量模型来描述基因调控关系 | 摘要未明确提及研究的局限性 | 探讨通过定量调控BECN1和OTUB1基因诱导膀胱癌细胞铁死亡的可能性,并验证该系统对癌细胞的靶向性及抗肿瘤疗效 | 膀胱癌细胞系(UMUC-3和T24)以及正常膀胱细胞 | 数字病理学 | 膀胱癌 | CRISPR-dCas9 | 定量模型 | 基因表达数据、蛋白质表达数据、细胞功能数据、体内肿瘤生长数据 | 涉及两种膀胱癌细胞系(UMUC-3和T24)及异种移植小鼠模型 | CRISPR-dCas9 | 哺乳动物细胞(膀胱癌细胞)和小鼠(异种移植模型) | 基于hTERT启动子的CRISPR-dCas9系统调控BECN1和OTUB1表达,影响下游GPX4和SLC7A11 | 医学 |
| 16 | 2026-08-29 |
A hybrid system enables plasmid copy number control in yeast
2026-Jul-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-75973-y
PMID:42660886
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研究论文 | 本文开发了一种基于内生2μ质粒的可编程质粒拷贝数控制平台,实现了在酿酒酵母中的动态拷贝数调控,并展示了其在多种生物技术应用中的广泛用途。 | 首次在真核生物中实现了质粒拷贝数的动态调控,通过结合CEN元件和Leu2d选择实现可切换和高拷贝数控制,并提供了跨DNA、RNA和蛋白质水平的基因剂量控制。 | 摘要中未提及明显的局限性。 | 在酵母中建立可调质粒拷贝数的调控平台,以解决多拷贝带来的不稳定性问题,并实现基因剂量控制。 | 酿酒酵母(S. cerevisiae)及其2μ质粒。 | 合成生物学 | NA | 质粒构建,CEN元件添加,Leu2d选择 | NA | 实验数据 | NA | 无(未提及CRISPR等工具) | 酿酒酵母 | 质粒拷贝数控制平台,包括p2μ-Cir系统、CEN元件和Leu2d选择 | 工业生物技术,医学(GLP-1前体生产),食品(β-胡萝卜素、麦角硫因生产),农业(可能涉及,但未明确) |
| 17 | 2026-08-29 |
AI-Assisted Spatial Metabolic Engineering in Plants: Integrating Flux Design, Spatial Omics, and Synthetic Biology
2026-Jul-23, Metabolites
IF:3.4Q2
DOI:10.3390/metabo16080519
PMID:42646258
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综述 | 本文综述了机器学习方法与植物代谢工程在空间工程四个层面的融合,并讨论了空间组学作为验证层的作用及未来自动化工作流的发展方向 | 提出了将预测性机器学习与空间工程整合以设计复杂生物合成途径的策略,并分类评估了各技术的证据水平 | 植物特异性训练数据集不完整、组织异质性和体内验证有限,限制了AI生成设计的转化 | 探讨机器学习与植物空间代谢工程融合的现状与未来方向 | 植物合成生物学中的空间工程层级(亚细胞、细胞/组织/器官、发育或诱导、基因组水平) | 机器学习 | NA | 空间组学 | 机器学习模型(如生成算法、约束型代谢模型) | 空间组学数据 | NA | NA | 植物 | 生物合成途径设计 | 农业, 工业生物技术 |
| 18 | 2026-08-29 |
Bioengineered bacteria in cancer immunotherapy: mechanistic advances, therapeutic strategies and clinical potential
2026-Jun-24, Archives of microbiology
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s00203-026-05030-1
PMID:42340392
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综述 | 本文综述了生物工程细菌在癌症免疫治疗中的进展,涵盖机制、治疗策略和临床潜力,并讨论了其面临的挑战。 | 系统总结了合成生物学、基因工程和理化修饰在细菌设计中的应用,强调了多模态协同治疗和下一代活体疗法的前景。 | 临床转化仍受限于免疫清除、遗传稳定性、毒性风险和肿瘤微环境变异性等问题。 | 探讨生物工程细菌在癌症免疫治疗中的设计原则和临床应用潜力。 | 生物工程细菌及其在肿瘤微环境中的免疫调节和治疗应用。 | 合成生物学 | 癌症 | 基因工程、合成生物学、理化修饰 | NA | 文本(综述性文献) | NA | CRISPR-Cas9、TALEN等(根据文本推断,未明确列出) | 细菌(未具体指定) | 群体感应电路、缺氧响应启动子等(未详细描述) | 医学 |
| 19 | 2026-08-29 |
Integrative frameworks for plastic biodegradation in insect-microbiome systems: mechanistic insights, emerging multi-omics and enzyme engineering perspectives
2026-Jun-08, Biodegradation
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s10532-026-10316-8
PMID:42257753
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综述 | 本文综述了昆虫-微生物组系统中塑料生物降解的综合框架,重点探讨宿主与肠道微生物互作的机制、多组学进展及酶工程策略 | 将昆虫宿主生理与肠道微生物组整合为生物降解平台,提出多步骤降解机制并强调从相关性数据向酶工程验证的转化 | 现有数据多为相关性分析,缺乏对特定酶功能的直接实验验证,且真实生物降解程度与部分转化之间的界限尚未明确 | 总结昆虫-微生物组系统在塑料降解中的机制,并指导开发基于酶的可持续塑料废物管理策略 | 昆虫幼虫及其肠道微生物组,重点涉及聚乙烯和聚丙烯等聚烯烃塑料 | 生物降解 | NA | 多组学分析 | NA | 组学数据(如宏基因组、宏转录组等) | NA | 酶工程 | 昆虫幼虫 | NA | 环境 |
| 20 | 2026-08-29 |
Protein-free membrane fusion: A refined view of the delicate fusogenic properties of calcium
2026-Apr-21, Biophysical journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1016/j.bpj.2026.03.040
PMID:41863074
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研究论文 | 本文利用微流控捕获平台结合共聚焦显微镜,定量研究了钙离子在无蛋白质条件下介导巨型单层囊泡融合的机制,揭示了其融合效率对膜组成和机械张力的敏感性 | 首次在细胞尺寸的巨型单层囊泡上直接定量钙离子介导的膜融合,并同时测量脂质混合、内容物混合和融合结果,克服了以往实验中囊泡尺寸的不一致性 | 研究仅限于无蛋白质的合成膜系统,可能无法完全反映生理条件下的融合过程;另外,融合效率对膜组成高度敏感,参数空间狭窄 | 阐明钙离子在无蛋白质条件下驱动细胞尺寸膜融合的机制,并提供设计规则以应用于合成生物学和膜重构研究 | 巨型单层囊泡和大型单层囊泡 | 生物物理学 | 不适用 | 共聚焦显微镜、微流控捕获平台 | 不适用 | 图像 | 数百个单个囊泡 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 合成生物学 |