合成生物学相关文章

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当前共找到 5791 篇文献,本页显示第 1 - 20 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 工程工具 宿主生物 回路设计 应用领域
1 2026-10-06
Advances and perspectives in genetically encoded biosensors for biomarker detection and theranostic circuits
2027-May, Synthetic and systems biotechnology IF:4.4Q1
综述 本文综述了基于转录调控的基因编码生物传感器(主要利用变构转录因子和双组分系统)在生物标志物检测中的应用,并探讨了其与治疗执行基因耦合构建闭环诊疗基因回路的进展与前景 聚焦于微生物底盘而非哺乳动物系统,强调其作为自主活体益生菌用于原位诊疗的独特潜力,并提出将传感模块与执行基因耦合构建闭环诊疗遗传回路,实现实时诊断与自主局部治疗干预的个性化剂量自适应精准医学 未涉及哺乳动物系统,微生物底盘在临床转化中仍面临挑战,如生物安全性、定植控制、长期稳定性等 总结基因编码生物传感器平台的最新进展,探索其在靶向疾病干预中的应用,并讨论临床转化面临的挑战与未来前景 基因编码生物传感器、变构转录因子、双组分系统、微生物底盘、治疗执行基因、诊疗基因回路 合成生物学 NA 基因编码生物传感器、转录调控工程 NA NA NA NA 微生物底盘 闭环诊疗基因回路,整合传感模块与执行基因 医学
2 2026-10-06
Evaluating Malat1-derived 3'end sequences for functional transgene expression in human cells using synthetic mRNA delivery
2026-12, RNA biology IF:3.6Q2
研究论文 本文评估了基于Malat1衍生的3'端序列元件替代poly(A)尾的策略,通过合成mRNA递送在人类细胞中实现功能性转基因表达 首次系统比较Malat1衍生的3'端基序与经典poly(A)尾在合成报告RNA中的翻译效率,并探索三螺旋结构作为poly(A)替代方案的可行性 测试的Malat1衍生基序虽然能支持报告mRNA的翻译,但其效率始终低于经典poly(A)尾;未来需要优化三螺旋序列和折叠、测试更多三螺旋结构并探索小分子调控含三螺旋RNA的稳定性和翻译 评估基于Malat1衍生3'端序列替代poly(A)尾的策略,以探索其在合成生物学和RNA治疗中的应用潜力 编码绿色荧光蛋白的合成报告RNA,包含Malat1衍生的3'端基序或经典poly(A)尾 合成生物学 NA 合成mRNA递送 NA NA NA NA 人类细胞 NA 医学,合成生物学
3 2026-10-06
The grammar of the pangenome: terms, concepts, methods, and emerging patterns-a general framework for comparative genomics and genome biology
2026-Oct-05, Microbiology and molecular biology reviews : MMBR IF:8.0Q1
综述 本文综述了泛基因组研究的基本概念、术语、方法和新兴模式,并提出了比较基因组学和基因组生物学的通用框架 提出了修订的泛基因组标准、标准操作流程以及提高分析可重复性的进一步目标,并基于249个分类群和17,858个基因组序列的分析展示了主要模式 泛基因组分析采用多种不同流程,不可避免地引入了可重复性挑战 综述泛基因组研究的基本概念,比较计算平台和算法,提出提高可重复性的标准操作流程和框架 泛基因组研究的概念、方法、计算平台、算法以及249个分类群的基因组序列 比较基因组学 NA 泛基因组分析 NA 基因组序列 249个分类群,17,858个基因组序列 NA NA NA 医学,合成生物学,生物技术
4 2026-10-06
The ferroptosis-cuproptosis crosstalk in hematological malignancies: multi-omics insights into gene-regulated cell death and emerging therapeutic opportunities
2026-Oct-03, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1
综述 本文综述了血液系统恶性肿瘤中铁死亡与铜死亡之间的交叉调控网络,并探讨了基于多组学的治疗策略 提出铁死亡-铜死亡轴作为金属氧化还原网络的新概念,整合多组学方法揭示调控细胞死亡景观,并提出人工智能、合成生物学和类器官相结合的精准细胞死亡工程展望 生物标志物缺乏标准化,临床试验设计困难,患者动态分层挑战 探讨血液系统恶性肿瘤中铁死亡与铜死亡的交叉调控机制及新兴治疗机会 血液系统恶性肿瘤 机器学习 血液系统恶性肿瘤 基因组学, 转录组学, 蛋白质组学, 代谢组学, 金属组学, 单细胞分析, 空间分析 NA 文本 NA NA NA NA 医学
5 2026-10-06
Research progress of Rumen microbes utilizing lignocellulose for high-value chemical production
2026-Sep, Biodesign research
综述 系统总结了瘤胃微生物降解木质纤维素及其代谢途径用于高值化学品生产的机制、策略与瓶颈 聚焦瘤胃微生物组作为木质纤维素转化平台,整合过程、群落与遗传层面策略,并提出多组学与合成生物学提升群落稳定性与代谢可控性 未涉及具体实验验证,瘤胃微生物群落不稳定、代谢通量难控制及工艺放大困难等瓶颈仍待解决 为基于瘤胃微生物的可持续木质纤维素高值化转化工艺提供理论与技术指导 瘤胃微生物及其木质纤维素降解与化学品合成代谢网络 合成生物学 NA 多组学分析,合成生物学 NA 文本 NA NA 瘤胃微生物 NA 工业生物技术,能源,材料
6 2026-10-06
Programmable living therapeutics for cancer immunotherapy
2026-05-21, Cell chemical biology IF:6.6Q1
综述 该综述将合成生物学驱动的活体疗法在肿瘤免疫治疗中的应用划分为工程化CAR-T细胞、溶瘤细菌和溶瘤病毒三大模态,并系统梳理了各模态的合成线路设计与临床转化挑战 首次将工程化CAR-T细胞、溶瘤细菌和溶瘤病毒三大活体治疗模态统一纳入合成生物学框架进行系统分类比较,并综合提出线路复杂度、靶向精度、底盘优化和跨平台协同四大转化瓶颈 作为综述性文章,未提供原始实验数据,缺乏对所述合成线路的定量性能比较与标准化评估,且临床转化可行性分析主要停留在理论层面 系统梳理可编程活体疗法在肿瘤免疫治疗中的合成生物学设计策略,总结三大模态的最新进展,并探讨临床转化面临的关键挑战与未来方向 工程化CAR-T细胞、溶瘤细菌、溶瘤病毒等活体治疗平台 合成生物学 癌症 合成生物学线路工程 NA 文本 NA NA CAR-T细胞, 细菌, 病毒 小分子响应开关, 物理信号响应开关, 肿瘤标志物响应开关, 群体感应线路, 肿瘤微环境响应逻辑门, 肿瘤选择性启动子, miRNA靶向模块, 衣壳/配体重靶向 医学
7 2026-10-06
Breaking the Degeneracy of Sense Codons - How Far Can We Go?
2024-Sep, Israel journal of chemistry IF:2.3Q3
综述 本文综述了通过打破有义密码子的简并性来扩展遗传密码的研究进展,探讨了正交翻译系统在体内和体外实现密码子重新分配的策略与挑战 聚焦于打破有义密码子冗余而非传统的终止密码子重新分配策略,提出未来64个密码子可编码超过30种单体的可能性 体内正交系统面临与内源翻译机器的竞争问题,有义密码子重新分配的效率和正交性仍需进一步提高 探讨如何通过打破有义密码子的简并性实现遗传密码扩展,并评估其可行性与发展前景 有义密码子、正交氨酰-tRNA合成酶/tRNA/氨基酸系统、无细胞翻译系统、基因组重编码 合成生物学 NA 正交翻译系统、基因组重编码、无细胞翻译系统、mRNA展示文库 NA 文本 NA NA NA NA 医学, 工业生物技术
8 2026-10-05
Critical review of artificial intelligence in synthetic biology: DBTL cycle applications, challenges, and design rules for microbial strain engineering
2026-Oct-03, World journal of microbiology & biotechnology IF:4.0Q2
综述 本文综述了人工智能(包括机器学习、深度学习和语言模型)在合成生物学设计-构建-测试-学习(DBTL)周期中的应用、挑战及微生物菌株工程的设计规则 系统分析了AI工具在DBTL周期各阶段的应用,评估了其验证和证据水平,并提出了微生物菌株工程的设计规则 模型行为存在不确定性,数据验证和透明度有限,数据分析和解释困难,模型预测不确定,以及安全和伦理问题 分析人工智能在合成生物学中的应用,识别AI工具在DBTL周期中的应用方式,评估其验证和证据水平 合成生物学中的基因线路设计、蛋白质工程、代谢通路优化和多组学数据分析 机器学习 NA 机器学习, 深度学习, 语言模型 神经网络, 深度学习, 语言模型 多组学数据 NA NA NA 基因线路设计, 代谢通路优化 医学, 能源, 环境生物技术
9 2026-10-05
Biomedical Applications of Antimicrobial Peptides: Multifunctional Mechanisms, Engineering Strategies, and Therapeutic Development
2026-Oct-03, International journal of antimicrobial agents IF:4.9Q1
综述 该综述全面概述了抗菌肽的来源、结构特征、主要抗菌机制,探讨了细菌可能产生耐药性的机制,并重点介绍了增强抗菌肽设计的最新方法,如自组装纳米结构、联合疗法和靶向修饰,以及在药物递送、伤口敷料和智能材料等生物医学领域的应用前景。 系统整合了抗菌肽的多功能机制、工程改造策略与治疗开发进展,特别强调了AI驱动设计、纳米技术和合成生物学等新兴技术对抗菌肽临床转化的推动作用。 抗菌肽的临床应用仍面临稳定性有限、潜在毒性和高制造成本等障碍。 综述抗菌肽的多功能机制、工程策略和治疗开发,以应对日益严重的抗生素耐药性问题。 抗菌肽(AMPs) 机器学习, 数字病理学 感染性疾病 NA NA 文本 NA NA NA NA 医学, 材料
10 2026-10-05
Replicon engineering-driven modular synthetic biology toolkit for efficiently iterative genome editing in Fusarium venenatum
2026-Oct-01, Metabolic engineering IF:6.8Q1
研究论文 本文通过复制子工程建立了一套模块化合成生物学工具包,实现了在Fusarium venenatum中的高效迭代基因组编辑和基因表达精细调控。 首次在F. venenatum中鉴定并表征了线粒体DNA来源的稳定和可治愈复制子;利用可治愈复制子MT07将CRISPR/Cas9系统的质粒治愈时间从22天缩短至8天;鉴定出6个中性基因组整合位点;利用稳定复制子MT071建立了稳定游离表达系统,并表征了大量模块化转录和翻译调控元件,实现了662.9倍的基因表达动态范围;成功构建了HMB生物合成途径,实现了微生物蛋白和HMB的高效共生产。 摘要中未明确提及研究限制。 建立基于复制子工程的模块化合成生物学工具包,以促进F. venenatum的迭代基因组编辑和基因表达调控,用于可持续食品生物制造。 Fusarium venenatum(丝状真菌) 合成生物学 NA CRISPR/Cas9基因组编辑、复制子工程、模块化转录和翻译调控元件表征、2A肽介导的多顺反子表达 NA NA NA CRISPR-Cas9 Fusarium venenatum 3-羟基-3-甲基丁酸(HMB)生物合成途径 食品、工业生物技术
11 2026-10-05
Decoding the Minimal Translation System of the Plasmodium falciparum Apicoplast: Essential tRNA-modifying Enzymes and Their Roles in Organelle Maintenance
2025-08-15, Journal of molecular biology IF:4.7Q1
研究论文 本研究通过比较基因组学和顶质体蛋白定位预测,鉴定了16个核编码的tRNA修饰酶,并实验证实其中14个定位于顶质体,进一步敲除12个基因后发现6个对寄生虫存活必需,且均催化tRNA反密码子环修饰,其缺失导致顶质体破坏 首次系统定义了疟原虫顶质体最小翻译系统所需的tRNA修饰酶集合,发现必需酶集中于反密码子环修饰,并揭示顶质体翻译系统依赖极简tRNA修饰 有两个基因无法敲除,其中一个可能具有顶质体外的必需功能,另一个可能承担代谢旁路无法绕过的关键角色,其具体机制尚未完全阐明 解析恶性疟原虫顶质体最小翻译系统中的tRNA修饰酶组成及其在细胞器维持中的作用 恶性疟原虫顶质体及其25种完整tRNA同功型 合成生物学 疟疾 比较基因组学、顶质体蛋白定位预测、基因敲除 NA 基因组序列、蛋白质序列 16个预测的tRNA修饰酶,14个实验验证定位,12个成功敲除 基因敲除工具 恶性疟原虫 NA 医学, 合成生物学
12 2026-10-05
Advancing the scale of synthetic biology via cross-species transfer of cellular functions enabled by iModulon engraftment
2024-03-15, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本文利用机器学习分解细菌转录组数据识别iModulon,实现跨物种转移细胞功能,并通过适应性实验室进化优化转移的功能 基于iModulon的工程策略能够识别并转移包含无功能注释基因在内的完整细胞功能基因集,同时结合适应性实验室进化优化功能,揭示了宿主中的突变 未明确提及 推进合成生物学规模,通过iModulon移植实现跨物种细胞功能转移 多种假单胞菌属物种和大肠杆菌 合成生物学 NA 机器学习、转录组学、适应性实验室进化 iModulon分解(独立调制子) 转录组数据 NA NA 大肠杆菌 NA 医学、工业生物技术
13 2026-10-05
Synthetic bionanotechnology: synthetic biology finds a toehold in nanotechnology
2019-Nov-11, Emerging topics in life sciences IF:3.4Q1
综述 本文综述了合成生物纳米技术领域的最新进展和未来挑战,重点讨论了RNA纳米器件在基因表达调控和计算中的应用。 将核酸纳米技术与合成生物学相结合,利用可编程RNA纳米器件在活细胞内实现基因表达精确控制和复杂计算 体内核酸网络合成策略有待改进,网络功能需要增强,体外与体内系统之间存在复杂性差距 探讨合成生物纳米技术领域的最新发展和未来挑战 RNA纳米器件、核酸纳米技术、工程化细菌 合成生物学 NA 核酸纳米技术、RNA纳米技术 NA 文本 NA CRISPR-Cas9 细菌 RNA纳米器件、自组装RNA网络、生物传感器 医学、工业生物技术
14 2026-10-04
Gram-scale production of forskolin in yeast through biosynthetic network elucidation and pathway optimization
2026-Dec, Bioresource technology IF:9.7Q1
研究论文 本研究阐明了佛司可林的生物合成网络,并在酵母中重建了高效合成途径,通过多维工程策略实现了克级生产 阐明了涉及三个P450介导多位点氧化的佛司可林生物合成网络,并通过多维工程策略在酵母中实现了迄今为止最高产量的佛司可林(2.7 g/L) 下游途径中细胞色素P450的低催化活性以及复杂代谢网络的调控仍是挑战 在酵母中实现佛司可林的可持续、高效生产 佛司可林生物合成途径及酿酒酵母生产菌株 合成生物学 骨质疏松、心血管疾病、代谢综合征 合成生物学、代谢工程、发酵优化 NA NA NA NA 酿酒酵母 佛司可林生物合成途径 医药、营养保健品
15 2026-10-04
Engineering programmable floating wetlands: synthetic biology, sensing, and AI control for water quality
2026-Dec, Bioresource technology IF:9.7Q1
综述 本文综述了漂浮处理湿地(FTWs)的生物强化证据,并提出了通过合成生物学、传感和人工智能控制实现可编程漂浮湿地以改善水质的转化路线图 提出了可编程漂浮湿地的概念,整合合成生物学、传感和AI控制,强调近期决策支持而非全自动控制,并提出了报告和治理指标 对于某些化合物(如PFAS),破坏性转化很少被证实;存在冲刷、群落逆转、抑制性中间产物和不确定的长期生态效应等失败模式 综合FTWs及相关湿地中营养物质、金属、碳氢化合物、药物、抗生素、微塑料和新兴污染物(如PFAS)的生物强化证据,并规划可编程FTWs的转化路线图 漂浮处理湿地(FTWs)及相关湿地,包括植物-微生物伙伴关系、根际工程和生物膜 环境生物技术 NA 多组学、合成生物学、传感、AI控制、电化学增强(如湿地微生物燃料电池、电氧化、电混凝) NA 文本 NA NA NA NA 环境, 医学
16 2026-10-04
Engineering Naematelia aurantialba as a Robust Synthetic Biology Chassis: Stable Episomal Vector Construction and Metabolic Optimization for Enhanced Polysaccharide Synthesis
2026-Dec, Bioresource technology IF:9.7Q1
研究论文 本研究为金黄银耳(Naematelia aurantialba)建立了稳定的附加体遗传平台,通过鉴定微小点着丝粒核心元件实现自主附加体复制,并结合密码子优化和VHb异源表达提升多糖产量 首次在金耳中鉴定了一个475 bp的微小点着丝粒核心元件,实现了稳定的自主附加体复制,解决了转化子遗传嵌合和荧光异质性问题;同时完成了全基因组密码子偏好性分析并进行密码子优化 研究主要基于单一菌株NX-20,该附加体系统在其他金耳菌株或其他非模式担子菌中的通用性尚需进一步验证 为金黄银耳建立高效的遗传操作平台,解决缺乏遗传工具的问题,并通过代谢工程提升多糖产量 金黄银耳(Naematelia aurantialba)NX-20菌株 合成生物学 NA 原生质体转化、全基因组密码子偏好性分析、附加体载体构建、搅拌罐生物反应器发酵 NA 基因组序列、发酵产量数据 NA NA 金黄银耳(Naematelia aurantialba) 含475 bp微小点着丝粒核心元件的附加体型表达载体,用于VHb异源表达 工业生物技术、医药
17 2026-10-04
Engineering phage therapeutics with intrinsic biocontainment
2026-Oct-02, Trends in biotechnology IF:14.3Q1
综述 本文综述了工程化噬菌体疗法的基因组工程方法、监管框架以及生物防护策略,并提出了评估生物防护严格性、进化稳健性、治疗效果和转化可行性之间权衡的框架。 提出了一个评估生物防护严格性、对逃逸突变体的进化稳健性、治疗效果和转化可行性之间权衡的框架。 未提及 综述工程化噬菌体疗法的现状,评估生物防护策略,并提出评估权衡的框架。 工程化噬菌体疗法 合成生物学 细菌感染 噬菌体基因组工程 NA 文本 NA NA 噬菌体 NA 医学
18 2026-10-04
A Lambda Red Recombinase-Assisted CRISPR/Cas9 System for Efficient and Precise Genome Editing in Agrobacterium tumefaciens
2026-Sep-30, Plant biotechnology journal IF:10.1Q1
研究论文 本文开发并优化了一种λ Red重组酶辅助的CRISPR/Cas9系统,用于在根癌农杆菌中高效精准地进行基因组编辑,包括点突变、插入、缺失和大片段替换 首次将λ Red重组酶辅助的CRISPR/Cas9系统应用于根癌农杆菌,实现了在染色体和Ti质粒上的高效精准编辑,编辑效率达26.7%–100%,并整合了SacB反向筛选标记用于编辑后质粒消除,成功构建了抗生素敏感菌株EHA105-S和逃逸EFR识别的工程菌株 摘要中未明确提及该系统的局限性 开发一种高效、精准、可扩展且用户友好的根癌农杆菌基因组工程工具,以推动下一代菌株设计和植物合成生物学应用 根癌农杆菌(Agrobacterium tumefaciens)不同菌株的染色体和Ti质粒 合成生物学 NA CRISPR/Cas9基因组编辑,λ Red重组 NA NA 18个靶位点 CRISPR-Cas9 根癌农杆菌(Agrobacterium tumefaciens) NA 农业,医学
19 2026-10-04
EMBED: Ensemble MATCONT-Based Detection and Classification of Bifurcations in Dual Phosphorylation-Dephosphorylation Reaction Networks
2026-Sep-29, ACS omega IF:3.7Q2
研究论文 本文提出了EMBED,一种基于MATCONT的集成方法,用于对双磷酸化-去磷酸化反应网络进行大规模分岔分析,以弥合合成生物学中的设计-构建-测试-学习(DBTL)差距 将MATCONT与大规模参数采样和自动延拓相结合,实现了高通量和可重复的集成分岔分析,将MATCONT从局部分析工具转变为全局动力学映射的可扩展平台 研究主要基于双磷酸化-去磷酸化系统的理论建模和计算分析,实验验证有限,且未涉及其他类型的反应网络 从机制性的动力系统视角解决合成生物学中持续存在的DBTL差距,通过全局分岔分析识别既功能可取又实验可实现的参数区域 双磷酸化-去磷酸化反应网络 机器学习, 系统生物学, 合成生物学 NA 大规模参数采样, 自动延拓, 分岔分析 集成模型, 动力系统模型 数值模拟数据 NA NA NA NA 医学, 工业生物技术
20 2026-10-04
Identifying paths to ammonium production in Vibrio natriegens by characterizing nitrogenase regulation
2026-Sep-25, Metabolic engineering IF:6.8Q1
研究论文 本文通过功能基因组学、靶向突变和报告基因实验,表征了Vibrio natriegens中固氮酶调控蛋白在铵与氮气条件下的作用,揭示了NtrBC、NifA、GlnB和GlnK的调控层级 首次系统表征了Vibrio natriegens的固氮酶调控网络,发现NifA足以激活固氮酶基因表达而NtrBC非必需但影响表达时效性,且GlnB和GlnK对NtrBC的冗余 repression 更类似于非固氮大肠杆菌而非其他固氮γ-变形菌 摘要未提及具体局限性 解析Vibrio natriegens固氮酶的调控机制,为利用廉价氮气生产铵等应用提供理论基础 Vibrio natriegens(需钠弧菌)的固氮酶调控蛋白及其调控网络 合成生物学 NA 功能基因组学、靶向突变、报告基因实验 NA NA NA NA Vibrio natriegens NA 工业生物技术
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