合成生物学相关文章
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当前共找到 4588 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-03-14 |
Plant-derived bioactive compounds modulate the gut microbiota in Alzheimer's disease: Metabolite signaling, neuroimmune circuits, and systems-level regulation
2026-Apr, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2026.157919
PMID:41678917
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综述 | 本文综述了植物来源的生物活性化合物如何通过调节肠道菌群及其代谢物，影响阿尔茨海默病的病理生理过程 | 提出了一个系统层面的框架，将植物干预与肠道菌群重塑和代谢物信号联系起来，并强调了肠道菌群作为植物源治疗活性的核心介质作用 | NA | 阐明植物来源的生物活性化合物如何通过微生物群依赖的代谢和神经免疫机制调节阿尔茨海默病的病理生理学 | 植物来源的生物活性化合物（如植物化学物质、多糖、复方草药）、肠道菌群及其代谢物 | NA | 阿尔茨海默病 | 文献综述、多组学整合分析 | NA | 文献数据 | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 2 | 2026-03-14 |
Systems-level understanding of plant immune networks through single-cell and spatial omics
2026-Apr, Current opinion in plant biology
IF:8.3Q1
DOI:10.1016/j.pbi.2026.102870
PMID:41719893
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综述 | 本文综述了通过单细胞和空间组学技术系统理解植物免疫网络的进展，包括受体激活、基因调控回路、蛋白质互作中心和染色质动态如何共同影响免疫结果 | 整合单细胞和空间组学揭示植物免疫异质性，识别了专门的“PRIMER”细胞和“旁观者”细胞，并探讨了系统与合成生物学方法在作物抗病工程中的应用 | NA | 系统理解植物免疫网络，以指导作物更持久和广谱的抗病性工程 | 植物免疫系统，包括PTI、ETI、SAR层，以及NLR受体、PRIMER细胞和旁观者细胞 | NA | NA | 单细胞组学、空间组学、结构分析、蛋白质组学、互作组学 | NA | 组学数据 | NA | NA | 植物 | NA | 农业 |
| 3 | 2026-03-14 |
Super-enhancer-mediated transcriptional regulation of gene clusters in plants
2026-Apr, Current opinion in plant biology
IF:8.3Q1
DOI:10.1016/j.pbi.2026.102871
PMID:41719895
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研究论文 | 本文探讨了植物基因组中超级增强子如何调控基因簇（特别是生物合成基因簇）的转录，以协调基因的共表达，从而影响特化代谢物的产生 | 揭示了超级增强子在植物生物合成基因簇共表达中的核心作用，并展示了通过CRISPR/Cas技术破坏超级增强子可以改变整个基因簇的表达 | NA | 研究超级增强子介导的基因簇转录调控机制，以促进合成生物学、代谢工程和作物改良 | 植物基因组中的基因簇，包括同源基因簇和生物合成基因簇，特别以拟南芥为例 | 合成生物学 | NA | T-DNA插入、CRISPR/Cas诱导删除、组织特异性染色质可及性数据集分析 | NA | 基因组数据、染色质可及性数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 拟南芥 | NA | 农业, 工业生物技术 |
| 4 | 2026-03-14 |
Chromosome-Level Genome Assembly of the Allotetraploid Gynostemma pentaphyllum Provides Novel Insights Into the Biosynthesis of Ginsenoside and Gypenoside LVI
2026-Mar-13, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70598
PMID:41821502
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研究论文 | 本研究通过组装绞股蓝染色体级别基因组，揭示了其皂苷类成分生物合成差异的机制，并鉴定了一个关键的双功能P450酶 | 首次组装了绞股蓝的染色体级别基因组，揭示了其异源四倍体起源，并鉴定了一个在绞股蓝和五加科植物中独立进化、具有双功能（C-12和C-2羟基化）的关键P450酶GpCYP88AB3 | NA | 阐明绞股蓝不同地理种群间达玛烷型人参皂苷和绞股蓝皂苷LVI积累差异的分子机制 | 绞股蓝（Gynostemma pentaphyllum），特别是来自遂宁（SN）和南宁（NN）的种群 | 基因组学与合成生物学 | NA | 染色体级别基因组组装、多组学分析（基因组、转录组、代谢组）、系统发育分析、染色体进化分析、体内外酶功能验证 | NA | 基因组序列数据、多组学数据 | NA | NA | NA | NA | 医药、合成生物学 |
| 5 | 2026-03-14 |
Decoding Cdk1 control: from mitotic thresholds to meiotic specificity
2026-Mar-12, Chromosome research : an international journal on the molecular, supramolecular and evolutionary aspects of chromosome biology
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s10577-026-09796-4
PMID:41817770
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综述 | 本文综述了Cdk1在细胞周期控制中的定量与定性模型，探讨了其从有丝分裂阈值到减数分裂特异性的调控机制 | 整合了合成生物学和磷酸化蛋白质组学进展，利用Shokat系统解码Cdk1的磷酸化逻辑，并扩展至减数分裂研究 | 主要基于芽殖酵母和裂殖酵母等单Cdk模型，可能不完全代表其他真核生物的复杂性 | 探讨Cdk1活性在细胞周期控制中定量水平与定性功能的作用机制 | 真核细胞周期，特别是Cdk1激酶及其与细胞周期蛋白的复合物 | NA | NA | 化学遗传学、质谱分析、磷酸化蛋白质组学 | NA | NA | NA | Shokat系统（模拟敏感Cdk1等位基因） | 芽殖酵母、裂殖酵母 | NA | NA |
| 6 | 2026-03-14 |
The disputed identity of Pseudomonas putida KT2440: when taxonomists rename your favorite microbe
2026-Mar-11, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.03390-25
PMID:41589905
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评论 | 本文讨论了假单胞菌KT2440菌株的分类学重命名问题，强调社区实践和历史连贯性应优先于不断变化的分类学正统 | 提出在微生物命名中，对于标志性菌株如KT2440，应基于社区共识和实际效用而非单纯系统发育分析来决定名称 | NA | 探讨微生物分类学重命名对科学社区和实践的负面影响，并倡导社区参与命名决策 | 假单胞菌KT2440菌株及其分类学身份 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 假单胞菌KT2440 | NA | 环境微生物学, 生物技术, 合成生物学 |
| 7 | 2026-03-14 |
Synthetic overlapping genes stabilize genetic systems
2026-Mar-11, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.02725-25
PMID:41649272
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研究论文 | 本文提出了一种名为OAFI的新方法，用于创建合成重叠基因，以稳定基因系统并限制抗生素抗性基因的水平转移 | 开发了OAFI（重叠、交替框架插入）方法，通过将编码在交替框架中的“内部”基因插入“外部”基因的灵活区域，创建合成重叠基因对 | 未明确说明该方法在不同宿主或复杂基因系统中的普适性，也未讨论长期进化稳定性 | 开发一种创建合成重叠基因的方法，以稳定工程基因并限制抗生素抗性基因的水平转移 | 基因报告因子、细菌毒素和抗生素抗性基因 | 合成生物学 | NA | OAFI（重叠、交替框架插入）方法 | NA | NA | NA | OAFI | 细菌（未指定具体种类） | 合成重叠基因对，其中内部基因（如毒素）编码在抗生素抗性基因的交替阅读框架中 | 工业生物技术, 环境 |
| 8 | 2026-03-14 |
Engineering chaperone/usher pathway pili for surface display: Structural constraints, design principles, and biotechnological potential
2026-Mar-10, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2026.108865
PMID:41819295
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综述 | 本文综述了利用伴侣/菌毛组装（CU）途径的菌毛作为细菌表面展示平台的工程化潜力，基于结构约束和设计原则进行分析 | 通过整合高分辨率结构信息和蛋白质结构预测进展，重新解释并系统化CU菌毛展示的结构约束与设计原则，提出可扩展的工程化策略 | NA | 评估和指导CU菌毛作为合成生物学工具箱中表面展示平台的理性工程化 | 大肠杆菌、沙门氏菌和鼠疫耶尔森菌的CU菌毛 | 合成生物学 | NA | 蛋白质结构预测、高分辨率结构分析 | NA | 结构数据 | NA | NA | 革兰氏阴性细菌（如大肠杆菌、沙门氏菌、鼠疫耶尔森菌） | 表面展示平台 | 生物技术 |
| 9 | 2026-03-14 |
Overcoming hydrophobicity-driven aggregation: An integrated expression strategy enables high-yield soluble production of recalcitrant starch synthases in Escherichia coli
2026-Mar-10, Protein expression and purification
IF:1.4Q4
DOI:10.1016/j.pep.2026.106917
PMID:41819303
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研究论文 | 本研究开发了一种整合表达策略，用于提高疏水性淀粉合成酶在大肠杆菌中的可溶性表达产量 | 结合结构分析、MBP融合标签、优化诱导条件和密码子优化，系统性解决了疏水性酶的可溶性表达难题，并验证了该策略对多种不同来源淀粉合成酶的普适性 | 研究主要针对原核表达系统，未在真核宿主中验证；酶活性提升的具体分子机制有待进一步阐明 | 提高疏水性淀粉合成酶在大肠杆菌中的可溶性表达产量，以支持无细胞化学酶法淀粉合成 | 嗜热绿菌门细菌的淀粉合成酶（CtSS）及其他四种植物来源的淀粉生物合成酶 | 合成生物学 | NA | 蛋白质异源表达、结构分析、MBP融合标签技术、密码子优化 | NA | 蛋白质序列与结构数据、酶活性数据 | 5种淀粉合成酶（CtSS、GmPGM、ZmAGP、OsSS、MeSS） | MBP融合表达系统 | 大肠杆菌 | 淀粉生物合成途径的异源表达优化 | 工业生物技术 |
| 10 | 2026-03-14 |
Post-translational modifications of silk proteins
2026-Mar-05, RSC chemical biology
IF:4.2Q2
DOI:10.1039/d6cb00012f
PMID:41822872
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综述 | 本文综述了丝蛋白的翻译后修饰（PTMs）如何赋予其化学多样性，影响高级组装、水合和共价连接，并探讨了这些修饰对蛋白质结构稳定性和机械性能的贡献 | 整合了蛋白质组学、合成生物学和生物正交化学的最新进展，揭示了低丰度PTMs，并实现了可编程修饰以调控物理化学性质，为下一代蛋白质基材料的预测性设计提供了基础 | NA | 探讨丝蛋白的翻译后修饰及其在化学生物学和材料科学交叉界面中的应用，以设计新型蛋白质基材料 | 丝蛋白及其翻译后修饰，包括羟基化、糖基化、磷酸化和共价交联 | 材料科学 | NA | 蛋白质组学、合成生物学、生物正交化学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 材料 |
| 11 | 2026-03-14 |
Pelecyphora chihuahuensis (Britton & Rose) D. Aquino & Dan. Sánchez: A Review on Its Taxonomy, Ecology and Conservation of an Endemic Mexican Cactus Species with Biotechnological Perspectives
2026-Mar-03, Biology
DOI:10.3390/biology15050413
PMID:41823840
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综述 | 本文综述了墨西哥特有仙人掌物种Pelecyphora chihuahuensis的分类学、生态学、保护现状及其生物技术应用前景 | 首次系统整合了传统分类学与现代生物技术工具（如分子标记、NGS、CRISPR-Cas和合成生物学）来解决该特有仙人掌物种的保护问题 | NA | 通过整合生物技术、生态学和分类学知识，促进该特有仙人掌物种及其相关濒危仙人掌的可持续管理与保护 | 墨西哥特有仙人掌物种Pelecyphora chihuahuensis | NA | NA | 分子标记，下一代测序，基于GIS的物种分布模型，组织培养，低温保存，CRISPR-Cas，合成生物学 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas | NA | NA | 环境 |
| 12 | 2026-03-14 |
Versatile 2-Oxoglutarate-Dependent Dioxygenases Catalyze Radical-Mediated Multifunctional Skeleton Reconstructions and Oxidation Modifications of Taxoids
2026-Feb-26, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.6c01169
PMID:41746272
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研究论文 | 本文鉴定了两种新型的2-酮戊二酸依赖性双加氧酶TcOGD1和TcOGD2，它们能催化紫杉烷类化合物的骨架重构和氧化修饰，揭示了紫杉烷结构多样性的形成机制 | 首次报道了具有催化多功能性的2-酮戊二酸依赖性双加氧酶，能实现从6/8/6到5/7/6、-5/7/6和6/12框架的骨架重构，以及多个位点的氧化修饰，拓展了紫杉烷二萜的化学空间 | NA | 探索紫杉烷二萜类化合物的化学多样性和生物合成途径 | 紫杉烷二萜类化合物，特别是5/7/6框架的紫杉烷如taxuspine J | 合成生物学 | 癌症 | 酶促反应、NMR光谱学 | NA | 化学结构数据 | 通过放大酶促反应鉴定了多种紫杉烷化合物，包括taxuspine J和15种-5/7/6紫杉烷 | 酶工程 | NA | NA | 医学 |
| 13 | 2026-03-14 |
Protein-inducible ribosomal frameshifting enables programmable translational control for genetic circuit design in Escherichia coli
2026-Feb-07, Journal of biological engineering
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13036-026-00629-w
PMID:41654819
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研究论文 | 本文介绍了一种名为PIRF的合成翻译调控平台，通过整合适配体-蛋白质相互作用与-1移码基序，实现了在大肠杆菌中可调控的翻译 | 开发了蛋白质诱导的核糖体移码平台，将适配体-蛋白质相互作用与-1移码基序结合，实现了可编程的翻译调控，突破了传统移码设计的严格序列和结构限制 | 观察到可测量的基础移码水平，未来可能需要额外策略进行进一步优化 | 开发可编程的翻译调控工具，用于遗传电路设计和合成生物学应用 | 大肠杆菌中的翻译调控机制和遗传电路 | 合成生物学 | NA | 蛋白质诱导的核糖体移码 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | 大肠杆菌 | 逻辑门操作、多层调控、融合蛋白表达控制、蛋白质聚集和膜周定位 | 生物传感、生物治疗 |
| 14 | 2026-03-14 |
"Microbial metabolites in cardioprotection: an immune-engineered framework for heart failure and post-ischemic remodeling: a narrative review"
2026-Feb, Annals of medicine and surgery (2012)
DOI:10.1097/MS9.0000000000004529
PMID:41675890
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综述 | 本文是一篇叙述性综述，探讨了肠道微生物代谢物通过免疫工程化框架在心力衰竭和缺血后心脏重塑中的心脏保护潜力 | 提出了一个整合微生物代谢物、分子通路和合成生物学工具的“免疫工程化框架”，用于靶向调控肠道-心脏轴，并强调了后生元制剂和新型递送系统等创新干预策略 | 存在显著的转化障碍，包括药代动力学差异、微生物群异质性以及临床验证和监管标准化不足 | 客观评估肠道微生物代谢物的心脏保护潜力，探讨其分子通路、治疗选择及转化障碍 | 肠道微生物代谢物（如短链脂肪酸、尿石素、吲哚、氧化三甲胺、硫化氢）及其对心脏保护、炎症、纤维化和免疫代谢的影响 | NA | 心血管疾病 | 系统文献检索（PubMed, Scopus, Web of Science），叙述性综合分析 | NA | 文本（文献数据） | NA | 合成生物学 | NA | NA | 医学 |
| 15 | 2026-03-14 |
Biosynthesis of Two Types of Exogenous Antigenic Polysaccharides in a Single Escherichia coli Chassis Cell
2025-05-26, Life (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/life15060858
PMID:40566513
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研究论文 | 本研究在单个大肠杆菌底盘细胞中同时引入Wzy/Wzx依赖型和ABC转运蛋白依赖型两种抗原多糖生物合成途径，实现了两种结构不同多糖的共表达，为疫苗开发提供了一种简化且可扩展的策略 | 首次在单个宿主细胞中同时构建并表达两种不同生物合成途径的抗原多糖，并实现体内生物偶联生成糖蛋白，简化了多价结合疫苗的生产流程 | 共表达水平有所降低，诱导初期存在弱竞争相互作用，可能源于膜空间竞争或活化单糖前体的共享使用 | 开发一种合成生物学平台，用于在单个细菌宿主中共同表达多种多糖，以设计和生产针对耐药病原体的多价结合疫苗 | 大肠杆菌W3110细胞，两种抗原多糖（Wzy/Wzx依赖型和ABC转运蛋白依赖型） | 合成生物学 | 抗菌素耐药性感染 | Wzy/Wzx依赖型和ABC转运蛋白依赖型生物合成途径，体内生物偶联，全细胞蛋白质组学分析，MFUZZ聚类，基因本体分析 | NA | 蛋白质组学数据 | 工程化大肠杆菌菌株 | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly | 大肠杆菌 | 双途径生物合成系统，用于同时生产两种抗原多糖，并偶联至载体蛋白形成糖蛋白 | 医学 |
| 16 | 2026-03-14 |
Discovery of bacterial terpenoids by genome mining
2025, Methods in enzymology
DOI:10.1016/bs.mie.2025.01.078
PMID:40651831
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综述 | 本文概述了利用基因组挖掘方法从细菌中发现新型萜类合酶和萜类天然产物的策略 | 强调基因组挖掘作为传统天然产物发现方法的补充，专注于细菌中未开发的萜类合酶基因资源 | 未提及具体实验验证或数据限制，主要侧重于方法概述 | 探索细菌中萜类天然产物的发现潜力，以应用于药物和工业领域 | 细菌中的萜类合酶基因和萜类天然产物 | 合成生物学 | NA | 下一代测序，基因组挖掘 | NA | 基因组数据 | NA | NA | 细菌 | NA | 药物，工业，商业 |
| 17 | 2026-03-14 |
Expanding the synthetic biology toolbox of Cupriavidus necator for establishing fatty acid production
2024-Jan-09, Journal of industrial microbiology & biotechnology
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/jimb/kuae008
PMID:38366943
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研究论文 | 本研究扩展了Cupriavidus necator的合成生物学工具箱，通过验证启动子、设计RBS库和优化密码子，以促进脂肪酸生产 | 首次在C. necator中系统验证和表征诱导型和组成型启动子，设计并测试了RBS库实现50倍表达范围，并研究了密码子优化对基因表达的影响 | 文中提到仍需克服进一步障碍才能广泛用于生物合成过程，具体限制未详细说明 | 建立和优化Cupriavidus necator的合成生物学工具箱，以支持脂肪酸等化学品的高效生产 | Cupriavidus necator细菌及其基因表达元件（如启动子、RBS、密码子优化） | 合成生物学 | NA | 基因表达验证、RBS库设计、密码子优化、GFP和mCherry报告基因表达 | NA | 基因表达数据、荧光蛋白测量数据 | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | Cupriavidus necator | 生物传感器、代谢途径 | 工业生物技术 |
| 18 | 2026-03-13 |
Programmable AND-gate strategy to reduce false positives in rolling circle amplification
2026-Jun-15, Biosensors & bioelectronics
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.bios.2026.118515
PMID:41707426
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研究论文 | 本文提出了一种基于AND门布尔逻辑的多键滚环扩增策略，用于降低核酸检测生物传感器中的假阳性率 | 引入AND门布尔逻辑创建Multi-Key RCA，通过检测多个核酸序列作为扩增前提，显著减少假阳性，并实现高特异性单核苷酸多态性检测 | NA | 提高生物传感器的特异性，减少假阳性，特别针对即时诊断应用 | 滚环扩增技术及其在核酸检测生物传感器中的应用 | 合成生物学 | NA | 滚环扩增，等温扩增，侧向层析检测 | NA | 核酸序列 | NA | NA | NA | AND门逻辑电路，多输入生物传感器 | 医学 |
| 19 | 2026-03-13 |
Molecular Dialogue Across Kingdoms: The Role of Trans-Kingdom Peptides in Plant-Associated Interactions
2026-Apr, Plant, cell & environment
DOI:10.1111/pce.70378
PMID:41527218
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综述 | 本文提出并定义了跨界肽（TKPs）的概念，总结了其在植物与微生物相互作用中的功能，并探讨了其在农业和生物医学等领域的应用潜力 | 首次提出并系统定义跨界肽（TKPs）作为跨物种生物活性肽的新概念，整合了植物、微生物、病毒和昆虫来源的肽在多种生态互作中的作用 | NA | 探讨跨界肽在植物相关相互作用中的生物学功能和跨物种通讯机制 | 植物、微生物、病毒和昆虫来源的跨界肽及其在共生、寄生和免疫调控中的作用 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 农业, 生物医学, 合成生物学, 环境可持续性 |
| 20 | 2026-03-13 |
From sequence to structure: A comprehensive review of deep learning models for RNA structure prediction
2026-Apr, Current opinion in structural biology
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.sbi.2025.103216
PMID:41650708
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综述 | 本文全面回顾了从传统物理方法到当前深度学习模型在RNA二级和三级结构预测中的演变 | 系统梳理了三种深度学习范式：基于语言模型的方法、端到端结构预测器以及几何距离预测方法，并提出了针对数据稀缺和模型可解释性的未来研究方向 | RNA结构预测仍面临训练数据有限、复杂非规范相互作用和构象灵活性等独特挑战 | RNA结构预测，以理解基因调控、药物设计和合成生物学 | RNA的二级和三级结构 | 计算生物学 | NA | 深度学习 | 语言模型、端到端结构预测器、几何距离预测模型 | RNA序列和结构数据 | NA | NA | NA | NA | NA |