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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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1 | 2024-11-02 |
Systematic review on marine carbon source-mannitol: Applications in synthetic biology
2024-Dec, Microbiological research
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.micres.2024.127881
PMID:39241502
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综述 | 本文综述了海藻碳源甘露醇在合成生物学中的应用 | 探讨了甘露醇作为碳源和基因电路诱导剂在合成生物学中的创新应用 | 讨论了利用甘露醇的困难和未来研究方向,特别是缓解葡萄糖和甘露醇之间的碳分解代谢物抑制关系 | 旨在深入了解甘露醇这一海洋碳源,并将其应用于合成生物学以提高生物合成过程的竞争力 | 甘露醇在合成生物学中的应用,包括作为基因电路的诱导剂和生物制造高价值化学品的碳源 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
2 | 2024-11-02 |
Photodynamic therapy: An emerging therapeutic modality in dentistry
2024-Nov-15, Bioorganic & medicinal chemistry
IF:3.3Q1
DOI:10.1016/j.bmc.2024.117962
PMID:39442490
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综述 | 本文全面探讨了光动力疗法(PDT)在牙科中的应用,包括其原理、在牙周病、根管治疗、口腔癌、牙科植入物和龋齿中的应用,以及未来的发展方向 | PDT具有选择性靶向、广谱抗菌效果、不易产生耐药性及其与其他治疗方法的协同作用等独特优势 | PDT面临光敏剂输送、光穿透、氧气可用性及标准化协议等挑战 | 探讨PDT在牙科中的应用及其未来发展 | PDT在牙周病、根管治疗、口腔癌、牙科植入物和龋齿中的应用 | NA | 口腔癌 | 光动力疗法(PDT) | NA | NA | NA |
3 | 2024-11-02 |
Fused radical SAM and αKG-HExxH domain proteins contain a distinct structural fold and catalyse cyclophane formation and β-hydroxylation
2024-Nov, Nature chemistry
IF:19.2Q1
DOI:10.1038/s41557-024-01596-9
PMID:39294420
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研究论文 | 研究揭示了一种融合了自由基SAM和αKG-HExxH结构域的蛋白质,具有独特的结构折叠,并催化环芳烃形成和β-羟基化 | 发现了一种新的αKG-HExxH蛋白质家族,扩展了α-酮戊二酸非血红素铁酶的种类 | NA | 研究融合了自由基SAM和αKG-HExxH结构域的蛋白质的结构和功能 | 融合了自由基SAM和αKG-HExxH结构域的蛋白质 | NA | NA | 晶体结构测定 | NA | 蛋白质结构 | NA |
4 | 2024-11-02 |
Minimisation of metabolic networks defines a new functional class of genes
2024-Oct-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52816-2
PMID:39482321
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研究论文 | 本文设计了一种新的合成生物学管道,用于构建最小代谢网络(MMNs),并定义了一类新的功能基因——网络效率决定因子(NEDs) | 提出了一个新的功能基因类别NEDs,并展示了其在代谢网络中的重要性 | NA | 通过构建最小代谢网络,理解代谢的起源并提高生物技术过程的效率 | 基因组规模的代谢模型中的酶和转运蛋白编码基因 | 合成生物学 | NA | 合成生物学管道 | NA | 基因组数据 | NA |
5 | 2024-11-02 |
Evolution shapes and conserves genomic signatures in viruses
2024-Oct-30, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-07098-1
PMID:39478059
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研究论文 | 研究探讨了2768种真核病毒的基因组特征,揭示了病毒基因组特征的特异性和进化压力 | 首次系统研究了大量真核病毒的基因组特征,发现病毒基因组特征的特异性及其与宿主细胞基因组特征的差异 | 研究主要集中在真核病毒,未涵盖所有病毒类型 | 揭示病毒基因组特征的特异性和进化压力 | 2768种真核病毒 | NA | NA | NA | NA | 基因组数据 | 2768种真核病毒,来自105个病毒科 |
6 | 2024-11-02 |
Elucidating the metabolic roles of isoflavone synthase-mediated protein-protein interactions in yeast
2024-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.24.620109
PMID:39484494
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研究论文 | 研究了酵母中异黄酮合酶介导的蛋白质-蛋白质相互作用在代谢中的作用 | 开发了一种基于酵母的合成生物学方法,用于阐明异黄酮合酶与其他酶在异黄酮代谢中的蛋白质-蛋白质相互作用的代谢作用 | NA | 阐明异黄酮合酶介导的蛋白质-蛋白质相互作用在酵母中的代谢作用 | 异黄酮合酶(GmIFS2)与其他酶在异黄酮代谢中的相互作用 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA |
7 | 2024-11-02 |
SEGUID v2: Extending SEGUID checksums for circular, linear, single- and double-stranded biological sequences
2024-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.28.582384
PMID:39484537
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研究论文 | 本文提出了一种扩展的SEGUID校验和算法SEGUID v2,用于处理线性、环状、单链和双链生物序列 | SEGUID v2扩展了原始SEGUID算法,使其能够处理线性和环状的单链和双链DNA及RNA序列,并使用Base64url编码SHA-1哈希,确保校验和在不同平台和URL中的兼容性 | NA | 开发一种能够处理不同类型生物序列的校验和算法,以确保数据完整性和快速查找相关注释 | 线性、环状、单链和双链DNA及RNA序列 | 生物信息学 | NA | 校验和算法 | NA | 序列数据 | NA |
8 | 2024-11-02 |
Orthogonalized human protease control of secreted signals
2024-Oct-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.18.576308
PMID:39484520
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研究论文 | 开发了一种名为hDIRECT的平台,通过使用人类来源的蛋白质来控制细胞因子活性,以支持基于细胞的治疗 | 首次开发了完全使用人类来源蛋白质的平台,避免了非人类来源的免疫原性风险 | NA | 开发一种新的平台,用于控制细胞因子活性,以支持基于细胞的治疗 | 人类细胞中的蛋白质分泌和细胞因子活性 | 合成生物学 | NA | 蛋白质工程 | NA | 蛋白质 | 涉及IL-2、IL-6和IL-10三种细胞因子 |
9 | 2024-11-02 |
Viscosity Regulation of Chemically Simple Condensates
2024-09-09, Biomacromolecules
IF:5.5Q1
DOI:10.1021/acs.biomac.4c00623
PMID:39166772
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研究论文 | 研究了不同长度的聚精氨酸链(R)和柠檬酸(CA)衍生物形成的生物分子凝聚物的粘度和液固转变行为 | 通过调整支架分子的组成,展示了一种简单的方法来调节凝聚物的性质,揭示了分子组成在控制凝聚物粘度和转变动力学中的作用 | NA | 深入理解生物分子凝聚过程,并为未来在合成生物学和疾病治疗领域的应用提供策略 | 不同长度的聚精氨酸链和柠檬酸衍生物形成的生物分子凝聚物 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
10 | 2024-11-02 |
Peptide-Based Biomimetic Condensates via Liquid-Liquid Phase Separation as Biomedical Delivery Vehicles
2024-09-09, Biomacromolecules
IF:5.5Q1
DOI:10.1021/acs.biomac.4c00814
PMID:39178343
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研究论文 | 本文综述了通过液-液相分离形成的基于肽的仿生凝聚物作为生物医学递送载体的最新进展 | 本文介绍了通过液-液相分离形成的基于肽的仿生凝聚物,这些凝聚物可以模拟生物分子凝聚物的相分离行为和生物物理特性,并具有作为生物医学递送载体的潜力 | NA | 探讨基于肽的仿生凝聚物的设计和构建,以及其在生物医学递送中的应用前景 | 基于肽的仿生凝聚物及其在生物医学递送中的应用 | 合成生物学 | NA | 液-液相分离 | NA | NA | NA |
11 | 2024-11-02 |
Variation in tropical reef symbiont metagenomes defined by secondary metabolism
2011-Mar-22, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0017897
PMID:21445351
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研究论文 | 研究了热带珊瑚礁共生体中次生代谢的基因组和化学多样性 | 发现了次生代谢基因簇在相同基因组位置上的随机存在或缺失,并观察到导致新化学物质的离散突变 | 研究对象仅限于Prochloron didemni这一种共生蓝藻 | 探讨次生代谢在生物学、药物开发和合成生物学中的复杂进化 | 24株未培养的Prochloron didemni蓝藻及其宿主热带海鞘 | 合成生物学 | NA | 基因组比较分析 | NA | 基因组数据 | 24株Prochloron didemni蓝藻 |
12 | 2024-10-30 |
Positions of cysteine residues reveal local clusters and hidden relationships to Sequons and Transmembrane domains in Human proteins
2024-10-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-77056-8
PMID:39468182
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研究论文 | 研究了半胱氨酸残基在人类蛋白质中的位置,特别是与N-糖基化位点和跨膜结构域的关系 | 发现了半胱氨酸残基在蛋白质中的频率与长度相关,并提出了CC间隙可以作为区分具有特殊结构和功能的蛋白质的分类器 | 主要依赖于计算预测,缺乏对蛋白质结构动态的实验验证 | 探讨半胱氨酸残基在人类蛋白质中的位置与N-糖基化位点和跨膜结构域的关系 | 人类蛋白质中的半胱氨酸残基、N-糖基化位点和跨膜结构域 | 生物信息学 | NA | NA | NA | 蛋白质序列 | 整个人类蛋白质组 |
13 | 2024-10-30 |
Application of a Cell-Free Synthetic Biology Platform for the Reconstitution of Teleocidin B and UK-2A Precursor Biosynthetic Pathways
2024-Oct-29, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00560
PMID:39469830
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研究论文 | 本文报道了在无细胞合成生物学平台上成功重建两种不同复杂性和结构类别的天然产物生物合成途径 | 首次在无细胞系统中成功合成UK-2二醇,并展示了烟草BY-2系统和麦胚无细胞蛋白合成系统在重建生物合成途径和鉴定未知基因功能方面的潜力 | NA | 探索无细胞合成生物学平台在重建复杂生物合成途径中的应用 | teleocidin B和UK-2A前体生物合成途径 | 合成生物学 | NA | 无细胞蛋白合成(CFPS) | NA | NA | NA |
14 | 2024-10-30 |
A generic cell-based biosensor converts bacterial infection signals into chemoattractants for immune cells
2024-Oct-28, Biofabrication
IF:8.2Q1
DOI:10.1088/1758-5090/ad8bf4
PMID:39467389
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研究论文 | 设计并探索了一种基于合成生物学的细胞生物传感器,用于检测和对抗细菌感染 | 开发了一种通用且超敏感的细胞生物传感器,能够感知多种类型的感染并增强内源性免疫系统 | NA | 开发一种能够检测和对抗细菌感染的细胞生物传感器 | 细菌感染及其与植入物的关联 | 合成生物学 | 细菌感染 | 基因工程 | NA | 细胞培养 | 多种革兰氏阳性和革兰氏阴性细菌 |
15 | 2024-10-30 |
Quantitative Characterization of Gene Regulatory Circuits Associated With Fungal Secondary Metabolism to Discover Novel Natural Products
2024-Oct-28, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202407195
PMID:39467708
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研究论文 | 研究利用微流控平台和数学模型,在单细胞水平上精确表征真菌基因调控回路,以发现新的天然产物 | 结合微流控平台和数学模型,首次在单细胞水平上精确表征真菌基因调控回路 | 研究主要集中在两种代表性真菌基因调控回路上,未来需扩展到更多种类和复杂度的真菌 | 揭示微生物基因调控机制,推动真菌合成生物学应用和新天然产物的发现 | 真菌基因调控回路及其在次级代谢产物合成中的作用 | 合成生物学 | NA | 微流控技术 | 数学模型 | 基因表达数据 | 30个转录因子-启动子组合,来自两种代表性真菌基因调控回路 |
16 | 2024-10-30 |
Transcriptomic data reveals an auxiliary detoxification mechanism that alleviates formaldehyde stress in Methylobacterium sp. XJLW
2024-Oct-28, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10923-w
PMID:39468441
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研究论文 | 研究了Methylobacterium sp. XJLW在甲醛胁迫下的转录组变化,揭示了一种辅助解毒机制 | 发现了RS27765基因簇与代谢旁路基因共同构成的新辅助途径,增强了菌株对甲醛胁迫的耐受性 | 实际应用受到甲醛耐受性等限制 | 探索XJLW菌株在甲醛胁迫下的具体机制 | Methylobacterium sp. XJLW菌株在甲醛处理下的转录组变化 | NA | NA | 转录组分析 | NA | 转录组数据 | 100个可能与甲基转移相关的基因 |
17 | 2024-10-30 |
Differential amino acid usage leads to ubiquitous edge effect in proteomes across domains of life that can be explained by amino acid secondary structure propensities
2024-10-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-77319-4
PMID:39462053
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研究论文 | 研究分析了5590个物种的蛋白质组,发现氨基酸使用差异导致跨生命域的蛋白质组中普遍存在边缘效应 | 揭示了跨生命域蛋白质组中普遍存在的边缘效应,并提出这种效应源于蛋白质二级结构的约束 | 研究主要集中在氨基酸使用模式上,未深入探讨其对蛋白质功能的具体影响 | 探讨跨生命域的氨基酸使用模式及其潜在机制 | 5590个物种的蛋白质组 | 生物信息学 | NA | NA | NA | 蛋白质组数据 | 5590个物种 |
18 | 2024-10-30 |
Reconstitution of the Mevalonate Pathway for Improvement of Isoprenoid Production and Industrial Applicability in Escherichia coli
2024-Oct-11, Journal of microbiology and biotechnology
IF:2.5Q3
DOI:10.4014/jmb.2408.08053
PMID:39467704
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研究论文 | 本文通过在Escherichia coli中重构甲羟戊酸途径,提高了异戊二烯类化合物的产量和工业应用性 | 引入了来自生物安全等级1(BSL 1)生物的新基因组合,重构了甲羟戊酸途径,提高了类胡萝卜素和番茄红素的产量及细胞特异性生产力 | NA | 通过代谢工程和合成生物学手段,提高微生物生产高附加值异戊二烯类化合物的能力 | Escherichia coli中的甲羟戊酸途径和异戊二烯类化合物 | 合成生物学 | NA | 代谢工程 | NA | NA | NA |
19 | 2024-10-30 |
Microbial remediation of petroleum-contaminated soil focused on the mechanism and microbial response: a review
2024-May, Environmental science and pollution research international
DOI:10.1007/s11356-024-33474-9
PMID:38709405
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综述 | 本文综述了微生物修复石油污染土壤的机制和微生物响应 | 本文提出了合成生物学和新技术组合的独特视角,为研究趋势提供了见解 | 本文未详细讨论具体的实验数据或案例研究 | 探讨微生物修复石油污染土壤的机制和未来发展方向 | 石油污染土壤的微生物修复方法及其影响因素 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
20 | 2024-10-29 |
Synthetic Biology-Driven Microbial Therapeutics for Disease Treatment
2024-Oct-28, Journal of microbiology and biotechnology
IF:2.5Q3
DOI:10.4014/jmb.2407.07004
PMID:39233526
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综述 | 本文综述了合成生物学驱动的微生物疗法在疾病治疗中的应用 | 利用合成生物学技术,工程化微生物能够生产并递送治疗药物,检测生物标志物,并管理疾病,为传统治疗方法提供了新的替代方案 | NA | 探讨合成生物学驱动的微生物疗法在多种疾病治疗中的应用和最新进展 | 工程化微生物在治疗胃肠道疾病、癌症、代谢疾病、感染和其他疾病中的应用 | 合成生物学 | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA |