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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-02-17 |
Application of Biotechnology in Marine-Derived Fermented Foods: Technological Evolution and Future Prospects
2026-Mar, Comprehensive reviews in food science and food safety
IF:12.0Q1
DOI:10.1111/1541-4337.70422
PMID:41693674
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综述 | 本文综述了现代生物技术在海洋源发酵食品中的应用进展、技术演变及未来展望 | 系统比较了新型生物技术与传统发酵技术的差异,并为海洋生物发酵产品的产业化提供了创新视角 | 讨论了生物技术在海洋源发酵食品应用中面临的挑战与限制 | 探讨现代生物技术在海洋源发酵食品领域的应用轨迹与发展方向 | 海洋生物资源(如鱼类、甲壳类、贝类、大型藻类)及其发酵食品 | NA | NA | 微生物组学、多组学分析、合成生物学、基因组编辑、精准发酵、测序技术、智能发酵控制 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 食品, 工业生物技术 |
| 2 | 2026-02-17 |
Radical enzymatic peptide cyclization in natural product biosynthesis
2026-Feb-16, Chemical Society reviews
IF:40.4Q1
DOI:10.1039/d5cs00585j
PMID:41697225
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综述 | 本文综述了天然产物生物合成中自由基酶介导的肽环化反应,重点介绍了其催化机制、结构多样性及其在药物发现和合成生物学中的应用潜力 | 系统总结了多种自由基酶家族(如rSAM酶、细胞色素P450、BURP结构域氧化酶等)在肽大环化中催化位点选择性C-C、C-S、C-N和C-O键形成的机制多样性,并突出了基因组挖掘和机制酶学的新进展 | NA | 探讨自由基酶在天然产物生物合成中肽环化反应的作用机制与应用前景 | 环肽类天然产物(如万古霉素、芳基霉素、替洛西丁、链肽、诺西肽等)及其相关的自由基环化酶 | NA | NA | 基因组挖掘、机制酶学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 药物发现、合成生物学、肽工程 |
| 3 | 2026-02-17 |
Microbial lipids for a sustainable future: the growing potential of synthetic microbial engineering for consumer oils
2026-Feb-15, Critical reviews in biotechnology
IF:8.1Q1
DOI:10.1080/07388551.2026.2615047
PMID:41692578
|
综述 | 本文概述了利用合成微生物工程生产可持续消费油脂的新方法,以推动向微生物生物制造经济的转型 | 提出了利用合成生物学和自动化生物铸造平台开发微生物作为可持续油脂来源的新策略,以应对传统作物依赖带来的环境问题 | NA | 探讨如何通过合成微生物工程实现消费油脂的可持续生产 | 微生物油脂及其在食品、营养品、塑料、化妆品、药品和燃料等产品中的应用 | 合成生物学 | NA | 合成酵母基因组学、自动化生物铸造技术 | NA | NA | NA | NA | 酵母 | NA | 食品, 营养品, 塑料, 动物饲料, 化妆品, 药品, 燃料 |
| 4 | 2026-02-17 |
An Easy-To-Use and Field-Deployable Cell-Free Bioreporter for Environmental Detection of Tetracyclines and Macrolides
2026-Feb-15, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.5c04800
PMID:41693084
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研究论文 | 本文开发了一种基于合成生物学的无细胞生物报告系统,用于环境中四环素和大环内酯类抗生素的检测 | 该系统整合了抗生素响应转录因子、RNA聚合酶和工程化DNA转录模板,通过体外转录反应产生可见荧光信号,无需活细胞,消除了生物安全顾虑,并可冻干保存,适合现场部署 | NA | 开发一种便携、高灵敏度的环境抗生素检测方法 | 四环素和大环内酯类抗生素 | 合成生物学 | NA | 体外转录反应 | NA | 荧光信号 | 真实水样 | 合成生物学设计 | 无细胞系统 | 抗生素响应生物传感器,包含转录因子、RNA聚合酶和DNA模板 | 环境监测 |
| 5 | 2026-02-17 |
The dual role of teichoic acids in gram-positive bacteria: Structural diversity dictates pathogenic and probiotic functions
2026-Feb-13, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2026.150925
PMID:41692204
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综述 | 本文综述了革兰氏阳性菌中磷壁酸的结构多样性如何决定其作为病原体和益生菌的双重功能 | 系统阐述了磷壁酸精细化学结构(如多元醇骨架、D-丙氨酰化和糖基化)形成的分子编码,如何调控其与宿主的双重相互作用,并探讨了合成生物学方法在重新设计磷壁酸合成中的应用 | NA | 阐明磷壁酸在革兰氏阳性菌中的结构多样性与其致病和益生功能之间的关联,并探索其转化潜力 | 革兰氏阳性菌中的磷壁酸,包括壁磷壁酸和脂磷壁酸 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学方法 | 革兰氏阳性菌 | NA | 医学, 农业, 食品 |
| 6 | 2026-02-17 |
Peimine: A comprehensive review of its botanical distribution, biosynthesis, pharmacological effects and pharmacokinetics
2026-Feb-13, Fitoterapia
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.fitote.2026.107140
PMID:41692275
|
综述 | 本文全面综述了贝母碱的植物分布、生物合成、药理作用及药代动力学研究进展 | 总结了贝母碱的物种特异性分布、多靶点药理活性及基于合成生物学的生产潜力 | 口服生物利用度低且药代动力学特征不明确,限制了其临床应用 | 支持贝母碱的合理开发与利用 | 贝母碱(一种主要存在于贝母属植物中的甾体生物碱) | NA | 呼吸系统疾病 | 基因组学、酶表征 | NA | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | 医药 |
| 7 | 2026-02-17 |
Toehold-VISTA: a machine learning approach to decipher programmable RNA sensor-target interactions
2026-Feb-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkag097
PMID:41693568
|
研究论文 | 提出一种名为Toehold-VISTA的机器学习方法,用于快速设计和优化可编程RNA传感器与靶标RNA的相互作用 | 结合生物物理建模与机器学习(偏最小二乘判别分析),通过高通量实验数据训练预测模型,实现对RNA传感器性能关键决定因素的捕捉 | 未在摘要中明确说明 | 加速RNA传感器的设计与工程化,应用于生物技术和诊断领域 | RNA传感器(以toehold开关为模型)与靶标RNA(如SARS-CoV-2 RNA)的相互作用 | 机器学习 | NA | 高通量实验测量、序列-结构特征提取 | 偏最小二乘判别分析(PLS-DA) | RNA序列与结构数据 | NA | NA | NA | toehold开关(RNA传感器) | 生物技术, 诊断 |
| 8 | 2026-02-17 |
Design prokaryotic cis-regulatory elements using language model
2026-Feb-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkag122
PMID:41693567
|
研究论文 | 本研究介绍了一种名为PromoGen2的语言模型,用于设计原核生物的顺式调控元件,无需先前的实验数据,并在多个物种中验证了其有效性 | 开发了基于语言模型的PromoGen2平台,首次实现了无需实验数据即可为数千种原核生物设计功能启动子,提高了跨物种预测准确性并减少了参数数量 | NA | 开发一个广泛适用的平台,用于为原核生物设计功能性的顺式调控元件,以满足合成生物学和微生物学研究的需求 | 原核生物的顺式调控元件,特别是启动子,涉及物种包括大肠杆菌、枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、根癌农杆菌以及新分离的嗜盐细菌Jejubacter sp. L23 | 自然语言处理 | NA | 语言模型 | 语言模型 | 序列数据 | 基于17,000个原核生物基因组的顺式调控元件进行预训练 | NA | 大肠杆菌, 枯草芽孢杆菌, 地衣芽孢杆菌, 根癌农杆菌, Jejubacter sp. L23 | 顺式调控元件设计,特别是启动子,用于驱动番茄红素过量生产 | 合成生物学, 微生物学 |
| 9 | 2026-02-17 |
Mining the Hidden Pharmacopeia: Fungal Endophytes, Natural Products, and the Rise of AI-Driven Drug Discovery
2026-Jan-29, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27031365
PMID:41683797
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综述 | 本文综述了真菌内生菌天然产物的化学与生物合成多样性,并探讨了人工智能如何将天然产物发现从经验筛选转变为具有直接工业应用价值的预测性学科 | 将真菌内生菌这一进化优化的天然产物宝库与人工智能、机器学习及多组学整合技术相结合,实现了对隐蔽生物合成基因簇的预测、激活及从头设计,推动了药物发现向预测性、工程化方向转型 | NA | 探讨人工智能如何加速真菌内生菌天然产物的发现、设计与工业化应用,以应对生物医学和可持续性挑战 | 真菌内生菌产生的天然产物(如聚酮、生物碱、萜类、肽类)及其生物合成基因簇 | 机器学习 | NA | 多组学整合、基因组挖掘、代谢组学注释 | 深度学习、生成式AI、扩散模型 | 基因组数据、代谢组数据、生物合成基因簇数据 | NA | NA | NA | NA | 医药、合成生物学 |
| 10 | 2026-02-17 |
Phage Therapy in Plant Disease Management: 110 Years of History, Current Challenges, and Future Trends
2026-Jan-24, Plants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/plants15030368
PMID:41681534
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综述 | 本文回顾了噬菌体疗法在植物病害管理中110年的发展历史,分析了当前面临的挑战,并探讨了未来的发展趋势 | 全面梳理了噬菌体疗法在植物病害管理领域的完整历史脉络,并前瞻性地讨论了合成生物学、先进递送系统与人工智能等前沿技术的整合潜力 | NA | 回顾噬菌体疗法在植物病害管理领域的发展历程,并展望其未来趋势 | 噬菌体及其在植物病害管理中的应用 | NA | 植物病害 | 噬菌体疗法 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 农业 |
| 11 | 2026-02-17 |
T cell immunotherapy for solid tumors: limitations, progress, and future prospects
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1755751
PMID:41694348
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综述 | 本文全面概述了针对实体瘤的T细胞免疫疗法的当前进展、挑战与未来前景 | 系统总结了CAR-T、TCR-T和TILs在实体瘤治疗中的最新进展,并重点讨论了克服抗原异质性、肿瘤微环境抑制等障碍的新兴策略,如组合抗原靶向和合成生物学工具 | 作为一篇综述,未提供原始实验数据,且实体瘤治疗仍面临临床疗效有限、毒性风险等挑战 | 探讨T细胞免疫疗法在实体瘤治疗中的限制、进展及未来发展方向 | 实体瘤及其相关的T细胞免疫疗法,包括CAR-T细胞、TCR-T细胞和肿瘤浸润淋巴细胞 | NA | 实体瘤 | 基因编辑技术、合成生物学工具、多组学数据整合 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9(提及基因编辑技术,但未明确指定工具) | NA | NA | 医学 |
| 12 | 2026-02-17 |
Elucidation of the pramanicin biosynthetic pathway reveals a DUF2306 family membrane protein involved in terminal epoxidation
2026, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2026.1765828
PMID:41695960
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研究论文 | 本文阐明了真菌代谢物pramanicin的生物合成途径,并首次揭示了DUF2306家族膜蛋白在终端环氧化反应中的作用 | 首次鉴定了pramanicin的生物合成基因簇,并发现DUF2306家族膜蛋白PraC在天然产物生物合成中的功能,扩展了合成生物学的酶工具箱 | NA | 解析pramanicin的生物合成途径,以促进其药物开发和合成生物学应用 | 真菌代谢物pramanicin及其生物合成基因簇 | 合成生物学 | NA | 异源表达、组合表达、喂养实验 | NA | NA | NA | 异源表达 | 真菌、Aspergillus nidulans | pramanicin生物合成途径,涉及PKS-NRPS杂合酶、单加氧酶、短链脱氢酶/还原酶及膜蛋白催化的环氧化反应 | 医药 |
| 13 | 2026-02-17 |
KmPred: prediction of Michaelis constants (Km) using an integrative machine learning framework
2026, Frontiers in artificial intelligence
IF:3.0Q2
DOI:10.3389/frai.2026.1711471
PMID:41696044
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研究论文 | 本文介绍了一个名为KmPred的集成机器学习框架,用于预测酶-底物亲和力的关键动力学参数米氏常数(Km) | 结合了最先进语言模型的蛋白质序列嵌入与底物SMILES描述衍生的分子描述符,并采用LSTM和Transformer进行特征提取,XGBoost作为主要回归模型,实现了跨数据集的稳健且可泛化的Km预测 | NA | 开发一个计算预测框架以替代传统耗时费力的体外测定方法,用于预测米氏常数(Km) | 酶-底物亲和力的关键动力学参数米氏常数(Km) | 机器学习 | NA | NA | LSTM, Transformer, XGBoost | 蛋白质序列数据,底物SMILES描述数据 | MPEK数据集和Kroll等人组装的独立数据集 | NA | NA | NA | 生物技术,合成生物学,药物发现 |
| 14 | 2026-02-17 |
Integrating chemical artificial intelligence and cognitive computing for predictive analysis of biological pathways: a case for intrinsically disordered proteins
2025-Jun, Biophysical reviews
IF:4.9Q1
DOI:10.1007/s12551-025-01286-x
PMID:40727659
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研究论文 | 本文探讨了将化学人工智能与认知计算相结合,用于生物通路预测分析,特别是针对内在无序蛋白的应用 | 提出通过化学人工智能整合生物分子相互作用到认知计算中,以模拟人类思维过程并增强决策,为蛋白质工程和药物发现等领域提供新方法 | 生物数据复杂性和规模大,整合生物过程与认知计算仍面临挑战 | 旨在连接认知计算与生物知识,以开发更精确的蛋白质相互作用、基因调控和代谢通路模型,促进个性化治疗和早期疾病检测 | 内在无序蛋白及其在大脑功能和信息处理中的关键作用 | 生物信息学 | NA | 机器学习、自然语言处理、语音识别 | 认知计算模型 | 生物数据 | NA | NA | NA | NA | 医学、蛋白质工程、药物发现、合成生物学、非传统计算 |
| 15 | 2026-02-16 |
Causes and consequences of experimental variation in Nicotiana benthamiana transient expression
2026-Feb-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-69458-1
PMID:41690913
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研究论文 | 本研究通过分析本氏烟草瞬时表达实验中的变异来源,建立了变异模型并提出了减少变异性的实验设计指南 | 首次对本氏烟草农杆菌浸润瞬时表达系统的实验变异进行了全面建模分析,并基于三年纵向数据提出了量化实验设计指南 | 研究主要针对本氏烟草系统,结论可能不直接适用于其他植物瞬时表达系统 | 探究本氏烟草瞬时表达实验中的变异来源并建立减少变异性的实验设计方法 | 本氏烟草(Nicotiana benthamiana)农杆菌浸润瞬时表达系统 | 合成生物学 | NA | 农杆菌浸润瞬时表达技术 | 变异模型、功效分析 | 实验数据 | 1915株植物(三年纵向数据) | 农杆菌介导的基因递送 | 本氏烟草(Nicotiana benthamiana) | 瞬时表达系统 | 农业、工业生物技术 |
| 16 | 2026-02-16 |
Microbial medicines: Unlocking the therapeutic potential of the microbiome in cancer treatment
2026-Feb-12, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society
IF:10.5Q1
DOI:10.1016/j.jconrel.2026.114720
PMID:41690480
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综述 | 本文综述了工程化微生物作为癌症治疗剂的应用,重点探讨其在检测疾病标志物和精准递送治疗载荷方面的潜力 | 利用合成生物学和基因工程技术开发工程化微生物,以靶向肿瘤微环境并增强抗肿瘤免疫力,为癌症治疗提供新策略 | 存在个体间变异性、安全性问题以及监管障碍等挑战 | 评估微生物作为治疗剂在癌症治疗中的应用潜力 | 工程化微生物及其在胰腺癌、乳腺癌、肺癌和结直肠癌等癌症治疗中的作用 | 合成生物学 | 癌症 | 基因工程、合成生物学 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | 细菌 | 生物传感器、逻辑门 | 医学 |
| 17 | 2026-02-16 |
Microbial electrochemical synergy: A mechanistic framework for enhanced bioelectrochemical remediation of halogenated organic pollutant in soil-water matrices
2026-Feb-09, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2026.141415
PMID:41690271
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综述 | 本文提出了一个名为“微生物电化学协同”的概念框架,用于系统解析生物电化学系统在修复土壤-水基质中卤代有机污染物的性能 | 提出了一个整合性的机制框架,将机器学习、多组学和合成生物学工具协同起来,以指导下一代生物电化学技术的理性设计和精确调控 | NA | 提升生物电化学系统在复杂土壤-水基质中修复卤代有机污染物的可扩展性和可持续性 | 生物电化学系统及其在修复卤代有机污染物中的应用 | NA | NA | 机器学习,多组学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 环境 |
| 18 | 2026-02-16 |
Machine learning-optimized long single-stranded DNA synthesis technology empowers high-precision diagnostic-therapeutic integration in living cells
2026-Feb-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkag131
PMID:41674382
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研究论文 | 本研究开发了一种名为Ouroborosyn-ssDNA的NEAR平台,通过酶工程与计算优化相结合,实现了长单链DNA的高纯度合成,并应用于活细胞的高精度诊疗一体化 | 结合phi29 DNA聚合酶和Nb.BbvCI切口酶于甲酸盐缓冲液中,显著提升了ssDNA的合成长度(达15000 nt)和产率(提升4.73倍),并利用机器学习优化了镁离子动态和热调制等关键参数 | NA | 解决当前DNA纳米技术在合成长单链DNA时面临的高纯度与均质性不足的挑战 | 长单链DNA(ssDNA)的合成技术及其在活细胞诊疗一体化中的应用 | 合成生物学 | 宫颈癌 | 切口酶辅助复制(NEAR)、固相合成、机器学习优化 | NA | NA | NA | CRISPR | 宫颈癌细胞 | 六螺旋束DNA折纸-CRISPR复合物,用于核仁素靶向的基因组编辑 | 医学 |
| 19 | 2026-02-16 |
LINC00973/DTX3L Axis Promotes Non-Small Cell Lung Cancer Progression and Serves as a Therapeutic Target
2026-Feb, Smart medicine
DOI:10.1002/smmd.70029
PMID:41684454
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研究论文 | 本研究揭示了长链非编码RNA LINC00973在非小细胞肺癌中通过稳定DTX3L蛋白并激活AKT信号通路促进肿瘤进展的机制,并开发了基于外泌体递送siRNA的靶向治疗策略 | 首次发现LINC00973/DTX3L轴在非小细胞肺癌中的致癌作用,并创新性地采用RGD修饰外泌体和合成生物学策略实现靶向治疗 | 未明确LINC00973在肺癌亚型中的特异性表达差异,临床前模型的长期安全性尚未验证 | 探究LINC00973在非小细胞肺癌中的生物学功能及治疗靶点价值 | 非小细胞肺癌组织样本、肺癌细胞系、小鼠肿瘤模型 | 肿瘤生物学 | 肺癌 | 高通量测序、功能获得/缺失实验、外泌体递送技术、合成生物学 | NA | RNA测序数据、临床病理数据、体内外实验数据 | 配对的NSCLC肿瘤组织与癌旁组织样本(具体数量未说明) | 合成生物学技术 | 小鼠模型、肝脏细胞(用于外泌体生产) | 基于肝脏生产携带靶向siRNA外泌体的合成生物学系统 | 医学 |
| 20 | 2026-02-16 |
Membrane and proteome allocation constraints in Escherichia coli models during overflow metabolism
2026-Jan-23, Biophysical journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1016/j.bpj.2026.01.028
PMID:41580894
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研究论文 | 本研究开发了膜相关约束通量平衡分析模型,以探究大肠杆菌在溢流代谢中膜资源分配的关键作用 | 引入了可调节的膜蛋白质量约束,首次在基因组尺度模型中整合膜分配限制,提高了溢流代谢预测的准确性 | 模型可能未涵盖所有膜相关生物物理因素,且主要基于大肠杆菌,在其他微生物中的普适性有待验证 | 探究膜资源分配如何与整体蛋白质组限制共同调控细菌生理和溢流代谢 | 大肠杆菌的代谢策略和膜蛋白表达 | 代谢工程 | NA | 通量平衡分析 | MAFBA | 基因组尺度代谢模型数据 | NA | NA | 大肠杆菌 | NA | 工业生物技术 |