合成生物学相关文章
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当前共找到 5543 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-08-20 |
Rare functional groups and unique scaffolds in Streptomyces natural products
2026-Aug-19, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/d6np00012f
PMID:42300430
|
综述 | 本文综述了链霉菌天然产物中稀有官能团、独特骨架和非典型修饰的结构特征，并探讨其生物合成酶机制与合成生物学应用的联系 | 聚焦于链霉菌天然产物中罕见官能团和独特骨架，系统分析其生物合成酶机制，以桥接生物合成多样性与合成生物学应用 | 未提供具体实验数据或案例，可能缺乏对实际应用的深入讨论 | 展示链霉菌天然产物的结构多样性，为药物设计和合成生物学提供灵感 | 链霉菌产生的天然产物及其稀有官能团和独特骨架 | 天然产物化学 | NA | NA | NA | 文本 | NA | NA | 链霉菌 | NA | 医学, 工业生物技术 |
| 2 | 2026-08-20 |
Metabolic engineering of Komagataella phaffii for enhanced production of heterologous proteins and small molecules: key strategies and future directions
2026-Aug-19, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.00110-26
PMID:42461011
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综述 | 本文综述了Komagataella phaffii代谢工程的最新进展，包括表达系统开发、核心优化策略以及挑战与未来方向 | 系统总结了代谢通量控制、动态控制、系统建模应用、底盘细胞优化等策略在K. phaffii中的应用 | 未具体说明实验验证，仅基于现有文献进行综述 | 总结K. phaffii代谢工程策略以提升异源蛋白和小分子产量 | Komagataella phaffii（产朊假丝酵母） | 合成生物学 | NA | 代谢工程 | NA | 文献资料 | NA | NA | Komagataella phaffii | 代谢通路优化 | 工业生物技术 |
| 3 | 2026-08-20 |
Fuel-Driven Coacervates: Design Principles, Dissipative Dynamics, and Life-like Functions
2026-Aug-19, Nano letters
IF:9.6Q1
DOI:10.1021/acs.nanolett.6c02653
PMID:42504573
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综述 | 本文综述了燃料驱动的凝聚液滴系统的最新进展，重点探讨了不同类别的燃料如何直接或间接控制其形成、演化和解组装，并讨论了这些耗散性、瞬时性区室如何产生类生命功能及其在递送、生物和共价催化及信号放大中的应用。 | 通过燃料驱动的耗散过程实现凝聚液滴的动态组装和拆卸，赋予其类生命功能，如化学通信和适应性功能，为理解非平衡细胞组织提供了框架。 | 未提及具体局限性。 | 综述燃料驱动凝聚液滴的设计原理、耗散动力学和类生命功能，以推动合成生物学和系统化学的发展。 | 燃料驱动的凝聚液滴系统，即无膜细胞器模型。 | 系统化学, 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 药物递送, 催化, 信号放大 |
| 4 | 2026-08-20 |
Self-sufficient killing of malignant tumors by an engineered cancer-selective gene circuit
2026-Aug-18, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2026.102936
PMID:42492518
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研究论文 | 通过机器学习指导的随机森林方法设计了一种癌症选择性基因回路，能够识别具有ETS转录因子致癌性增益功能突变的肿瘤细胞，并在体内实现肿瘤限制性病毒复制和长期肿瘤抑制。 | 首次利用机器学习指导的随机森林框架开发癌症选择性启动子，该启动子仅在ETS过表达或基因融合事件时激活，而在正常生理信号或快速增殖的健康组织中保持无活性。 | 未在更多癌症类型和临床样本中验证，且递送方式依赖腺病毒载体，可能面临免疫原性和肿瘤特异性不足的挑战。 | 开发一种能够选择性识别并杀死肿瘤细胞的基因治疗策略，克服癌症特异性难以严格实现的问题。 | 表达ETS转录因子异常的肿瘤细胞，包括具有基因融合或过表达的癌细胞。 | 合成生物学 | 癌症（特定为肺癌） | 机器学习 | 随机森林 | 基因表达数据 | 未提及 | NA | 小鼠 | 癌症选择性启动子驱动的基因回路，实现肿瘤限制性病毒复制 | 医学 |
| 5 | 2026-08-20 |
Photodictated Programmed Orthogonal DNA Microdroplets Enable Molecular Communication between Transient Self-Sorting Membraneless Artificial Cells
2026-Aug-18, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.6c05486
PMID:42611219
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研究论文 | 本文报道了一种光引导策略，用于编程两种正交DNA液滴群体的液-液相分离，并实现瞬态融合、分子通信和自分类，基于此构建了多读自重写分子消息加密平台 | 首次通过光引导策略选择性编程两种正交DNA液滴群体的相分离，并实现瞬态融合与耗散性分子通信，展示了内在自分类能力，以及多读和自重写的分子消息加密应用 | 未明确提及局限性，可能限于体外人工细胞模型，尚未在活细胞中验证 | 构建能够展现动态分子通信、空间自分类和耗散信号传导的人工细胞模拟系统 | 两种正交DNA液滴群体，由DNA Y-motif组装而成 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 正交DNA液滴群体通过光引导液-液相分离，瞬态融合后实现分子交换和自分类 | 分子通信、信息加密 |
| 6 | 2026-08-20 |
Synthetically engineered probiotic suppresses colorectal cancer via inhibition of Wnt/β-catenin signaling
2026-Aug-18, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2026.102913
PMID:42612617
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研究论文 | 本文开发了一种合成工程化益生菌，通过抑制Wnt/β-catenin信号通路来治疗结直肠癌，并具备非侵入性诊断能力 | 首次将鸟氨酸响应性生物发光报告系统与治疗性DKK3释放结合于同一益生菌平台，实现结直肠癌的诊断与治疗一体化 | 摘要未提及具体局限性，可能包括临床转化中的安全性、长期效果和个体差异等问题 | 开发一种兼具非侵入性诊断和靶向治疗的工程化益生菌平台，用于结直肠癌的管理 | 结直肠癌小鼠模型、患者样本、患者来源的类器官和异种移植模型 | 合成生物学 | 结直肠癌 | 粪便代谢组学分析 | NA | 代谢组学数据 | 结直肠癌小鼠模型、患者样本、患者来源的类器官和异种移植模型（具体数量未说明） | 合成生物学 | 大肠杆菌Nissle 1917 | 鸟氨酸响应性生物发光报告系统和DKK3释放系统 | 医学 |
| 7 | 2026-08-20 |
Synthetic biology strategies for engineering microbial therapeutics in metabolic diseases and cancer
2026-Aug-14, Microbiological research
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.micres.2026.128682
PMID:42612398
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综述 | 本文综述了合成生物学在代谢疾病和癌症微生物治疗中的工程策略，包括底盘选择、电路架构、应用及临床转化挑战。 | 系统性地总结了微生物从被动载体到可编程活体治疗剂的转变，强调了传感、计算和执行功能在代谢疾病和肿瘤治疗中的应用，并指出了临床转化的关键瓶颈。 | 临床转化仍受限于体内存活和功能活性可变、定植不一致、代谢和遗传不稳定、生物封闭要求、制造复杂性和剂量控制不确定等问题。 | 探讨合成生物学在微生物治疗中的应用，以改善代谢疾病和癌症的治疗效果。 | 工程化细菌菌株和其他微生物平台，如大肠杆菌和肿瘤定植细菌。 | 合成生物学 | 代谢疾病, 癌症 | 合成生物学工程 | NA | NA | NA | NA | 大肠杆菌, 其他微生物平台 | 代谢通路、基因电路（如用于降解有毒代谢物、表达治疗分子） | 医学, 工业生物技术 |
| 8 | 2026-08-20 |
Metabolic engineering of Candida yeasts for biotechnological applications
2026-Aug-12, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2026.102522
PMID:42580625
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综述 | 本文系统总结了假丝酵母属代谢工程在工业生物技术中的应用进展，包括遗传工具扩展、可再生碳源利用和高价值化合物合成，并提出了生物安全导向的分类框架 | 提出了生物安全导向的分类框架以支持假丝酵母的安全工业应用，并强调了合成生物学与人工智能驱动设计的协同作用 | 未提供具体的实验数据或案例验证，主要基于文献综述 | 评估假丝酵母作为微生物细胞工厂的代谢工程进展，并探讨其工业应用潜力与挑战 | 假丝酵母属（Candida species） | 代谢工程、合成生物学 | NA | 功能基因组学、基因组编辑、系统代谢工程 | NA | 文献数据 | NA | 基因组编辑工具（如CRISPR） | 假丝酵母（Candida species） | 代谢通路设计（用于生产化学品、燃料和蛋白质） | 工业生物技术 |
| 9 | 2026-08-20 |
Integrative quantum and systems biology of cancer: From molecular fluctuations to ecological outcomes
2026-Aug-12, Bio Systems
DOI:10.1016/j.biosystems.2026.105923
PMID:42586472
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综述 | 本文是一篇专家叙述性综述，将癌症视为多尺度自适应系统，评估整合量子与系统生物学框架的预测能力。 | 提出量子生物学与系统生物学整合框架，强调将量子贡献视为基线之外的残余，并区分吸引子与转录组簇。 | 非系统性综述，依赖专家叙述，且部分量化指标间缺乏直接横向比较。 | 评估整合量子与系统生物学框架在癌症研究中的价值，并明确其可验证的预测与局限性。 | 癌症多尺度系统，包括分子波动、表观遗传、细胞核型、组织生态及RNA修饰。 | 系统生物学 | 癌症 | NA | Waddington准势模型 | 证据综述 | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 10 | 2026-08-20 |
Optimized Yeast Surface Display Workflow for Directed Evolution of Proteases
2026-Aug-04, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/72559
PMID:42612041
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研究论文 | 本文提出并详细描述了一种优化的酵母表面展示工作流程，用于蛋白酶的直接进化，通过FACS筛选和多次富集，成功将TEV蛋白酶从识别天然底物序列进化到识别新序列。 | 提供了一种优化的、逐步的蛋白酶直接进化协议，包括高效的DNA插入文库设计和底物盒设计，以及通过电穿孔实现高达每微克DNA 10个转化体的高转化效率，并应用多色FACS进行精确筛选。 | 未明确提及局限性，但可能包括对特定蛋白酶和底物序列的依赖性，以及实验步骤的复杂性。 | 开发并验证一个优化的酵母表面展示工作流程，用于通过直接进化工程化蛋白酶变体，使其具有对非天然底物序列的高特异性。 | 在酿酒酵母中展示的蛋白酶变体，特别是烟草蚀刻病毒核内蛋白酶A（TEVp）及其突变体。 | 合成生物学 | NA | 荧光激活细胞分选（FACS）、酵母表面展示、DNA文库构建、电穿孔 | NA | 序列数据、荧光信号数据 | 未明确说明样本数量，但涉及多轮富集的酵母细胞文库 | CRISPR-Cas9（未明确提及，但可能用于构建）、酵母表面展示系统 | 酿酒酵母 | 底物盒设计，包括Aga2粘附受体亚基、选择底物序列、反选择底物序列、表位标签序列和ER回收信号序列 | 生物技术、医学、合成生物学 |
| 11 | 2026-08-20 |
Harnessing natural variation for photosynthetic improvement in next-generation crop breeding
2026-Aug, Journal of integrative plant biology
IF:9.3Q1
DOI:10.1111/jipb.70317
PMID:42290551
|
综述 | 本文综述了光合作用自然变异的研究进展，探讨了如何利用自然遗传多样性和现代生物技术来优化光合作用，提高作物产量潜力，并增强作物对未来气候的适应性 | 系统整合了从生理、发育到冠层尺度的光合作用自然变异，并探讨了合成生物学与光合遗传工程在作物育种中的互补途径 | 未明确提及具体局限性 | 为利用自然遗传多样性和生物技术改造光合作用，提升作物生产力和气候适应性提供战略框架 | 作物光合性状及其自然遗传变异 | 植物科学、作物育种 | NA | NA | NA | 文献数据 | NA | 合成生物学 | 植物 | 增强光合能力的代谢通路或调控网络设计 | 农业 |
| 12 | 2026-08-20 |
Bacteria mediated tumor therapy recent advances challenges and future perspectives
2026-Jul-17, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-05611-y
PMID:42467272
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综述 | 系统综述了细菌介导肿瘤疗法的历史发展、内在抗肿瘤机制、基因工程策略及多模式生物杂合系统，并探讨了临床转化面临的挑战。 | 提出了下一代智能、可控且可临床转化的细菌源性活体抗肿瘤系统的合理设计策略。 | 临床转化受限于生物安全控制不足、脱靶定植、失控增殖、免疫清除以及缺乏标准化生产和监管指南。 | 总结细菌介导肿瘤治疗的进展、挑战和未来展望，为临床转化提供指导。 | 工程化细菌和细菌为基础的生物杂合系统 | 合成生物学 | 肿瘤 | 合成生物学 | NA | 文本 | NA | CRISPR-Cas9 | 细菌 | 环境响应性程序化表达、细胞毒性蛋白生产、多模式组合疗法 | 医学 |
| 13 | 2026-08-20 |
Deep Learning Predicts Dissimilar DNA-DNA Binding and Engineers Hyperconnected Networks
2026-Jul-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-75395-w
PMID:42426013
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研究论文 | 本文介绍了BINND，一种结合超高通量平台和深度学习模型的工具，用于预测DNA-DNA结合相互作用，并展示了其在构建超连接网络中的应用 | 利用深度学习模型快速准确预测非正交DNA相互作用，速度比现有模型快50倍，并能在多样序列上泛化 | 未提及具体的局限性 | 开发一种能够准确快速预测非正交DNA相互作用的模型，以利用完整的序列空间 | DNA-DNA相互作用 | 机器学习 | NA | 超高通量测量平台 | 深度学习模型（BINND） | 分子相互作用数据 | 未提供具体样本量，但平台测量数百万个相互作用 | NA | NA | 超连接网络（基于DNA相互作用的合成网络） | 生物工程，合成生物学 |
| 14 | 2026-08-20 |
A portable Cas6f-based system for multiplex translational repression in bacteria
2026-Jul-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-75135-0
PMID:42420316
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研究论文 | 本文介绍了一种基于Cas6f的紧凑型系统MORTISE，用于革兰氏阴性细菌中的多重翻译抑制，不依赖宿主Hfq或RNase，并在大肠杆菌和恶臭假单胞菌中实现稳健的多重基因敲低 | 该系统利用Cas6f蛋白构建紧凑型平台，无需宿主Hfq或RNase，可在多种革兰氏阴性菌中工作，支持单启动子多重抑制和一步克隆装配多达9个引导序列，实现翻译起始区域的精确靶向 | 未明确提及局限性，但可能受限于革兰氏阴性菌宿主范围，且引导与靶转录匹配需要优化 | 开发一种不依赖宿主因子、可移植且可调的多重翻译抑制平台，以促进代谢工程和合成生物学应用 | 革兰氏阴性细菌（大肠杆菌和恶臭假单胞菌）及相关的基因表达系统 | 合成生物学 | NA | sRNA设计、染色体报告基因分析、克隆装配 | NA | 基因表达和代谢产物数据 | 未明确样本数量，涉及大肠杆菌和恶臭假单胞菌中的实验 | CRISPR-Cas6f系统 | 大肠杆菌, 恶臭假单胞菌 | 基于Cas6f的翻译抑制系统（MORTISE），支持多重基因敲低 | 工业生物技术、合成生物学 |
| 15 | 2026-08-20 |
Live-cell imaging of enhancer-promoter dynamics reveals transient contact-driven gene activation
2026-Jun-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.21.733446
PMID:42367879
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研究论文 | 利用活细胞超分辨率成像技术，探究增强子与启动子之间的动态相互作用，揭示瞬时接触驱动基因激活的机制 | 构建了用于同时可视化增强子-启动子三维距离和新生成转录的合成生物学平台，结合五种互补方法整合成像、3D基因组和基因表达数据，在秒级时间尺度上估算转录激活由约25-42纳米的接触介导，支持瞬时接触机制 | 摘要中未明确提及局限性 | 阐明增强子-启动子相互作用在空间和时间上的机制及其与转录的关系 | 哺乳动物细胞中的增强子-启动子相互作用 | 合成生物学 | NA | 超级分辨率活细胞成像、3D基因组学 | NA | 图像、基因表达数据 | 多种细胞系（具体数量未提供） | 合成生物学平台 | 哺乳动物细胞 | 增强子-启动子相互作用可视化系统 | 基础生物学 |
| 16 | 2026-08-20 |
Probiotic-Based Materials as Living Therapeutics
2026-01, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202508500
PMID:40999775
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综述 | 本文综述了基于益生菌的工程活体材料（PLMs）作为活体治疗药物的研究进展，涵盖其设计、应用及面临的挑战。 | 提出了益生菌活体材料（PLMs）作为工程活体材料（ELMs）的一个亚类，与活体生物治疗产品（LBPs）区分，并系统探讨其在多种医学应用中的潜力及临床转化障碍。 | PLMs在临床应用中面临缺乏稳健的益生菌工程遗传工具、生物安全担忧（如水平基因转移或非预期生物活性）、临床前结果转化困难及缺乏明确监管指南等挑战。 | 探讨基于益生菌的活体材料在生物医学应用中的设计、进展、生物安全问题及监管框架的现状。 | 基因工程益生菌与基质结合的活体材料（PLMs），涵盖生物传感、感染治疗、骨修复、伤口愈合、阴道失衡、肠道相关疾病和癌症治疗等应用。 | 生物医学工程 | 感染、骨损伤、伤口、阴道失衡、肠道疾病、癌症 | 合成生物学 | NA | 文本 | NA | NA | 益生菌 | 基因工程电路用于生物传感和疾病治疗 | 医学 |
| 17 | 2026-08-20 |
A parts list of promoters and gRNA scaffolds for mammalian genome engineering and molecular recording
2025-Nov-11, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-025-02896-2
PMID:41219485
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研究论文 | 本文设计了用于哺乳动物基因组编辑和分子记录的启动子及gRNA支架的标准化部件库，并通过多重引导编辑定量其活性。 | 提供了大量现存的、祖先的、诱变的或小型化的pol III启动子和gRNA支架变体，并鉴定出数百个活性高于常用序列的部件，同时通过饱和诱变筛选增加序列多样性，并展示了在分子记录中的应用。 | 未明确提及限制，但可能涉及哺乳动物细胞中某些部件的活性差异或设计选择的局限性。 | 建立哺乳动物遗传工程的标准化部件库，以支持可预测的多重编辑和分子记录。 | 哺乳动物细胞（人类和小鼠细胞系）中的pol III启动子和gRNA支架。 | 合成生物学 | NA | 多重引导编辑 | NA | 序列数据 | 人类和小鼠细胞系中的数千个部件 | NA | 人类细胞、小鼠细胞 | 基因表达部件（启动子和gRNA支架） | 医学、工业生物技术 |
| 18 | 2026-08-20 |
A minimal SufB2C2 complex functions as a [4Fe-4S] cluster scaffold in methanogenic archaea
2025-11-04, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.02134-25
PMID:41060016
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研究论文 | 本文表征了产甲烷古菌中由SufB和SufC组成的最小双蛋白SUF系统，证明其形成稳定异源四聚体并结合[4Fe-4S]簇。 | 首次揭示产甲烷古菌中仅由SufB和SufC组成的最小双蛋白SUF系统，SufC为主要簇结合成分，且该系统代表Fe-S簇生物合成的祖先形式，拓展了Fe-S簇生物合成机制的多样性。 | 摘要中未提及研究的局限性。 | 阐明产甲烷古菌中Fe-S簇生物合成机制及其进化意义。 | 产甲烷古菌的SUF系统蛋白SufB和SufC。 | 微生物学、生物化学 | NA | 突变分析、进化比较 | NA | 蛋白质序列和结构数据 | 未在摘要中明确说明样本数量。 | NA | 产甲烷古菌 | NA | 合成生物学 |
| 19 | 2026-08-20 |
Classifying Convergences in the Light of Horizontal Gene Transfer: Epaktovars and Xenotypes
2025-10-29, Molecular biology and evolution
IF:11.0Q1
DOI:10.1093/molbev/msaf279
PMID:41152006
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观点文章 | 本文提出并澄清了用于描述具有非树状进化历史的生物体的术语，引入了epaktovars和xenotypes两个互补概念，并探讨了它们在合成生物学和去灭绝研究中的应用。 | 提出了两个新术语：epaktovars（通过独立获取相似功能而展现趋同表型的生物群）和xenotypes（通过水平基因转移共享同源基因的生物体），从而扩展了现有的epaktologs和xenologs概念到基因组水平。 | 未提供实证数据或详细案例研究，主要基于理论视角进行概念阐述。 | 旨在整合和澄清用于描述非树状进化历史的生物体的术语，并提供分类框架。 | 具有水平基因转移或趋同进化的生物体，以及合成生物学和去灭绝中的基因改造生物。 | 进化生物学, 合成生物学 | NA | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学, 保护生物学 |
| 20 | 2026-08-20 |
Accurate prediction of thermoresponsive phase behavior of disordered proteins
2025-10, Protein science : a publication of the Protein Society
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/pro.70284
PMID:40944421
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研究论文 | 开发了一个名为Mpipi-T的残基级模型，用于准确预测无序蛋白质的热响应相分离行为，特别是下临界溶解温度（LCST）型转变。 | 首次整合原子级溶剂化自由能数据和实验浊点测量，参数化短程非键相互作用，并解析缩放长程静电相互作用，从而定量预测蛋白质的LCST型相分离。 | 模型预测依赖于特定实验数据，可能不适用于所有蛋白质，且计算效率虽高，但尚未验证其在大规模蛋白质设计中的通用性。 | 解释热应激下蛋白质凝聚的机制，并提供一种从序列直接设计热响应蛋白质的工具。 | 无序蛋白质，包括hTau40、Pab1和ELF3。 | 计算生物学 | 阿尔茨海默病 | NA | Mpipi-T（残基级模型，基于物理统计） | 蛋白质序列和相分离实验数据 | 三种蛋白质（hTau40、Pab1、ELF3） | NA | NA | NA | 合成生物学 |