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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-10-13 |
Sustainable biomanufacturing of paclitaxel: From pathway elucidation to green production systems
2026-Oct-11, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2026.136054
PMID:42860225
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综述 | 本文综述了紫杉醇生物合成途径的解析进展以及利用微生物和植物底盘进行可持续生物制造的挑战与前沿方向 | 系统整合了紫杉醇生物合成途径的最新解析成果(如P450和2-OG/Fe(II)依赖双加氧酶)、异源底盘重构瓶颈以及AI驱动酶工程、产油酵母、合成菌群和光合微藻等新兴策略 | 未提供原始实验数据,且异源途径重构仍受P450催化效率低、代谢负担和产物细胞毒性等瓶颈制约 | 探讨如何通过合成生物学和代谢工程实现紫杉醇的可持续、可扩展和环境友好型生物制造 | 紫杉醇生物合成途径及大肠杆菌、酿酒酵母、植物底盘等异源生产系统 | 合成生物学, 代谢工程 | 癌症 | 途径解析, 异源表达, 酶工程, AI驱动酶工程 | NA | 文本 | NA | NA | 大肠杆菌, 酿酒酵母, 植物, 产油酵母, 光合微藻 | 紫杉醇生物合成途径 | 医学, 工业生物技术 |
| 2 | 2026-10-13 |
The ferroptosis-cuproptosis crosstalk in hematological malignancies: multi-omics insights into gene-regulated cell death and emerging therapeutic opportunities
2026-Oct-03, Apoptosis : an international journal on programmed cell death
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s10495-026-02451-7
PMID:42829391
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综述 | 本文综述了血液系统恶性肿瘤中铁死亡与铜死亡之间的交叉调控网络,探讨了多组学整合、单细胞与空间分析以及新兴治疗策略 | 提出铁死亡-铜死亡单一轴的概念,即一个涵盖脂质过氧化、线粒体功能障碍和蛋白质毒性应激的金属-氧化还原网络,并倡导人工智能、合成生物学和类器官系统相结合的精准细胞死亡工程 | 生物标志物缺乏标准化、临床试验设计困难以及患者动态分层挑战 | 阐述铁死亡-铜死亡轴在血液系统恶性肿瘤中的作用,并探索基于多组学的治疗靶点和精准细胞死亡工程前景 | 血液系统恶性肿瘤 | 机器学习,数字病理学 | 血液系统恶性肿瘤 | 多组学(基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、金属组学)、单细胞分析、空间分析 | NA | 文本,图像 | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 3 | 2026-10-13 |
Recent Progress in the Microbial Production and Applications of Indole Alkaloids
2026-Oct, Indian journal of microbiology
IF:2.1Q3
DOI:10.1007/s12088-026-01554-8
PMID:42861072
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综述 | 本文综述了吲哚生物碱的微生物来源(包括内生菌、细菌、蓝细菌和真菌)以及生物技术生产方法和应用的最新进展 | 系统总结了细菌、真菌、内生菌和蓝细菌等多种微生物作为吲哚生物碱可持续生产平台的潜力,并强调了代谢工程、合成生物学和优化发酵方法在提高产量和结构多样性方面的最新进展 | 摘要中未明确提及本综述的局限性 | 概述吲哚生物碱的微生物来源,探讨生物技术生产方法的最新进展,并强调其在医药和农业等领域的应用 | 吲哚生物碱及其微生物生产体系(包括内生菌、细菌、蓝细菌和真菌) | 合成生物学 | 癌症 | 代谢工程, 合成生物学, 优化发酵方法 | NA | 文本 | NA | NA | 细菌, 真菌, 内生菌, 蓝细菌 | NA | 医药, 农业 |
| 4 | 2026-10-13 |
Developing artificial cytoskeletons using RNA origami-based nanotubes
2026-06, Progress in biophysics and molecular biology
DOI:10.1016/j.pbiomolbio.2026.02.006
PMID:41765186
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综述 | 本文综述了利用RNA折纸纳米管构建人工细胞骨架的新兴概念,探讨了其设计策略、动态调控及应用前景 | 系统性地提出了以RNA折纸纳米管为基础构建人工细胞骨架的新范式,强调了RNA相较于DNA在共转录折叠、复杂三级相互作用及与细胞机器互作方面的独特优势 | RNA在体内的稳定性及高效递送仍面临重大挑战,人工细胞骨架的功能验证尚不充分 | 为RNA纳米技术与合成细胞工程的交叉领域提供基础性理解,并激发未来相关研究的发展 | RNA折纸纳米管及人工细胞骨架 | 合成生物学 | NA | RNA折纸纳米技术 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学, 材料, 工业生物技术 |
| 5 | 2026-10-13 |
Energy-driven innovations in computational de novo protein engineering
2026-03, Progress in biophysics and molecular biology
DOI:10.1016/j.pbiomolbio.2026.01.005
PMID:41570866
|
综述 | 系统分析了计算从头蛋白质工程中的能量驱动方法,包括分子动力学、热力学积分、蒙特卡洛采样以及机器学习和深度学习等,并提供了定量基准测试和决策框架 | 整合了经典力场、量子力学方法和AI驱动预测与实验验证,并提出了基于精度-成本-通量权衡的方法选择决策框架,勾勒了通过物理和数据驱动协同策略推进蛋白质设计的路线图 | 作为综述文章,可能缺乏原始实验数据,且对新兴方法的覆盖可能不够全面,决策框架的实际适用性有待验证 | 系统分析能量模型在计算从头蛋白质工程中的最新进展,提供主要计算平台的定量基准,并建立方法选择的决策框架 | 计算从头蛋白质工程中的能量模型、计算工具和方法 | 计算生物学、蛋白质工程 | NA | 分子动力学、热力学积分、蒙特卡洛采样、机器学习、深度学习、量子力学方法 | 机器学习、深度学习 | 模拟数据、实验数据、结构数据 | NA | NA | NA | NA | 医学、工业生物技术 |
| 6 | 2026-10-13 |
Molecular point-of-care: technological evolution, clinical applications, and future perspectives
2026, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2026.1908277
PMID:42857429
|
综述 | 系统综述了分子即时检测(POCT)平台的技术演进、临床应用及未来展望 | 系统整合了等温核酸扩增技术(LAMP、RPA、RCA)与CRISPR/Cas识别系统,并结合微流控芯片和智能手机数字平台,实现全自动化sample-in answer-out诊断能力 | 多重检测中的交叉干扰、酶在冷链外稳定性不足、核心组件成本高昂、缺乏定制化监管框架 | 总结分子POCT平台的技术演进,探讨其在多领域的临床转化应用与未来发展方向 | 分子即时检测(POCT)平台及其相关技术 | 数字病理学 | 传染病, 肿瘤, 心血管疾病, 代谢性疾病 | LAMP, RPA, RCA, CRISPR-Cas | NA | 文本 | NA | CRISPR-Cas9 | NA | NA | 医学 |
| 7 | 2026-10-13 |
Design Principles for Perfect Adaptation in Biological Networks with Nonlinear Dynamics
2024-07-03, Bulletin of mathematical biology
IF:2.0Q3
DOI:10.1007/s11538-024-01318-9
PMID:38958824
|
研究论文 | 该论文提出了一个基于非线性系统理论的框架,用于识别生物网络中对外部扰动实现完美适应的设计原则。 | 提出了基于非线性系统理论的框架,不依赖于特定的速率动力学知识,仅需最小假设;推导出完美适应的数学条件,并证明只有两类网络架构(非相干前馈和带缓冲节点的负反馈环)能提供局部适应;提出了揭示全局适应设计原则的通用算法。 | 未考虑下游连接对适应性的影响,某些非相干前馈网络在下游连接存在时无法提供适应;研究基于理论推导和模拟,缺乏实验验证。 | 识别生物网络中对外部扰动实现完美适应的设计原则。 | 生物网络的结构与适应特性。 | 系统生物学、合成生物学 | NA | 非线性系统理论、数学建模、模拟研究 | 非线性动力学模型 | NA | NA | NA | NA | 非相干前馈(IFF)结构、带缓冲节点的负反馈环(NFB) | 医学、工业生物技术 |
| 8 | 2026-10-13 |
Recent advances in construction and regulation of yeast cell factories
2022-Feb-17, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-022-03241-4
PMID:35174424
|
综述 | 本文综述了过去五年中酵母细胞工厂构建与调控的研究进展,重点关注植物天然产物的生产 | 系统总结了不同酵母底盘(如酿酒酵母、解脂耶氏酵母和毕赤酵母)及新兴基因组编辑工具的应用,并强调了亚细胞通路定位、动态调控和转运蛋白工程等代谢调控策略,同时涵盖了基于C1的化学生物生产 | 未明确提及具体限制,但作为综述,可能缺乏原始实验数据且依赖已发表研究 | 总结酵母工程在生产植物天然产物方面的进展,并讨论现有挑战和未来前景 | 酵母细胞工厂,包括酿酒酵母、解脂耶氏酵母和毕赤酵母 | 合成生物学 | NA | 基因组编辑工具 | NA | 文本 | NA | NA | 酿酒酵母, 解脂耶氏酵母, 毕赤酵母 | NA | 工业生物技术 |
| 9 | 2026-10-13 |
Antibiotic residues in environment: antimicrobial resistance development, ecological risks, and bioremediation
2022-Jan, Environmental science and pollution research international
DOI:10.1007/s11356-021-17374-w
PMID:34773239
|
综述 | 本文综述了抗生素在环境中的残留问题,包括抗微生物耐药性的产生、生态风险以及生物修复方法 | 从分子和合成生物学角度提出了工程化微生物-代谢物生物器件以及开发具有理想特性的新型菌株来修复抗生素残留的新思路 | 未提供具体的实验数据或验证结果,仅对现有方法进行总结与展望 | 总结抗生素对环境的影响、耐药性产生机制以及不同的生物修复方法 | 环境中的抗生素残留、抗生素抗性基因和抗性细菌 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 环境 |
| 10 | 2026-10-13 |
Acoustically triggered mechanotherapy using genetically encoded gas vesicles
2021-12, Nature nanotechnology
IF:38.1Q1
DOI:10.1038/s41565-021-00971-8
PMID:34580468
|
研究论文 | 该研究利用基因编码的气体囊泡在超声触发下产生惯性空化效应,实现体内特定位置的机械治疗 | 首次利用基因编码的气体囊泡作为超声触发惯性空化的介质,实现远程控制的细胞杀伤和组织破坏,并可用于工程化细胞按需裂解释放分子载荷 | 目前仅在肿瘤归巢益生菌治疗的小鼠模型中验证,尚未在人体中测试,长期安全性和免疫原性未知 | 开发一种利用超声和基因编码气体囊泡在体内特定位置产生机械效应的方法,用于精准的机械治疗 | 基因编码的气体囊泡、工程化细胞、小鼠肿瘤模型 | 合成生物学 | 癌症 | 超声诱导惯性空化、基因工程 | NA | NA | 小鼠肿瘤模型(具体数量未提供) | 合成生物学 | 哺乳动物细胞、小鼠 | NA | 医学 |
| 11 | 2026-10-13 |
Recent advances in bacterial biosensing and bioremediation of cadmium pollution: a mini-review
2021-Dec-01, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-021-03198-w
PMID:34850291
|
综述 | 本文综述了利用细菌进行镉污染生物传感和生物修复的各种方法 | 强调了将合成生物学和代谢工程整合到细菌生物传感器和生物吸附剂设计中的新趋势 | 现有细菌方法存在局限性,如检测灵敏度、修复效率及实际应用限制 | 总结细菌在环境镉污染生物传感和生物修复方面的最新进展 | 天然或基因工程细菌 | 合成生物学 | NA | 合成生物学,代谢工程 | NA | 文本 | NA | NA | 细菌 | 生物传感器,生物吸附剂 | 环境 |
| 12 | 2026-10-13 |
Traditional in vitro strategies for sustainable production of bioactive compounds and manipulation of metabolomic profile in medicinal, aromatic and ornamental plants
2021-Oct-30, Planta
IF:3.6Q1
DOI:10.1007/s00425-021-03771-5
PMID:34718882
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综述 | 该综述总结了利用前体喂养、诱导子和培养基优化等传统体外策略来提高药用、芳香和观赏植物中生物活性化合物含量的研究进展 | 系统整合了传统体外策略(前体喂养、诱导子、培养基优化)并提出了结合机器学习算法优化这些策略组合以大规模生产药用生物活性化合物的新思路 | 传统策略仍存在规模化生产受限、对复杂代谢网络调控理解不足等问题,且机器学习在该领域的应用尚处于起步阶段 | 综述传统体外策略在可持续生产生物活性化合物和调控药用、芳香及观赏植物代谢组轮廓中的应用,为相关研究者提供见解 | 药用、芳香和观赏植物(MAOPs)的体外培养物(愈伤组织、器官发生培养物) | 植物生物技术 | NA | 体外培养、前体喂养、诱导子处理、培养基优化 | 机器学习 | 文本 | NA | NA | 药用、芳香和观赏植物 | NA | 医药, 食品, 化妆品, 工业生物技术 |
| 13 | 2026-10-13 |
Approaches in the photosynthetic production of sustainable fuels by cyanobacteria using tools of synthetic biology
2021-Oct-19, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-021-03157-5
PMID:34664124
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综述 | 本文综述了利用合成生物学工具改造蓝细菌以生产可持续燃料的最新进展与方法 | 系统总结了用于蓝细菌基因组编辑的合成生物学工具及其在多种生物燃料分子生产中的应用 | 仅对现有研究进行综述,未提供原始实验数据 | 探讨利用合成生物学方法改造蓝细菌实现可持续燃料的光合生产 | 蓝细菌,特别是集胞藻 PCC 6803 和聚球藻 PCC 7942 | 合成生物学 | NA | 合成生物学工具、基因组编辑、遗传改造、转化技术 | NA | 文本 | NA | NA | 集胞藻 PCC 6803,聚球藻 PCC 7942 | 多基因单操纵子 | 能源,工业生物技术 |
| 14 | 2026-10-12 |
Integrated microdroplet workflow for high-throughput cell-free transcription in double emulsion picoreactors
2027-Jan-01, Biosensors & bioelectronics
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.bios.2026.119231
PMID:42777282
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研究论文 | 本文提出了一种集成微流控工作流程,可在与水包油包水双乳液皮升级反应器中实现无细胞转录,并兼容商用流式细胞仪 | 核心创新在于集成设备将乳液再注入、电场介导的体外转录试剂步进注射以及下游双乳化相结合,减少了手动操作并在多步工作流程中保持液滴完整性,同时利用商用流式细胞仪替代定制液滴分选平台 | 本工作并未进行文库筛选,仅建立并验证了底层工作流程,尚未实际应用于调控序列的功能筛选 | 建立并验证一种可及的模块化平台,为无需专用光学分选仪器的调控序列功能筛选奠定基础 | 水包油包水双乳液皮升级反应器中的无细胞转录反应 | 合成生物学 | NA | 液滴微流控、等温滚环扩增、体外转录、Mango III适配体荧光生物传感 | NA | 荧光信号 | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 15 | 2026-10-12 |
Advances in biosynthesis and sensory property modulation of mogrosides
2026-Nov-30, Food research international (Ottawa, Ont.)
DOI:10.1016/j.foodres.2026.120509
PMID:42858992
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综述 | 本文综述了罗汉果甜苷的生物合成及感官特性调控的研究进展,涵盖其生理功能、生物合成突破、食品基质相互作用及扩大应用 | 系统整合了罗汉果甜苷在生理功能、生物合成、食品基质相互作用及应用方面的多学科最新进展,并强调了合成生物学和酶工程在高效微生物生产中的作用 | 天然可用性低和固有的感官缺陷尚未完全解决 | 综述罗汉果甜苷的生物合成和感官特性调控,以促进其可扩展生产及在食品市场中的应用 | 罗汉果甜苷 | 合成生物学 | 癌症 | 合成生物学, 酶工程 | NA | 文本 | NA | NA | 微生物 | NA | 食品, 医药 |
| 16 | 2026-10-12 |
Caffeinated Coli: Inspiring the Next Generation of Scientists through Synthetic Biology
2026-Jul-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.07.17.738993
PMID:42539253
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研究论文 | 本文介绍了一个名为“咖啡因大肠杆菌”的教育模块,该模块通过合成生物学实验教学,引导高中生探究基因工程菌株,用于测量液体中的咖啡因浓度 | 将合成生物学与探究式学习结合,开发了符合NGSS标准的五周教学模块,并通过工程化大肠杆菌作为咖啡因生物传感器,让学生在实践中学习基因工程和定量分析 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 将合成生物学和基因工程研究引入高中课堂,激发学生对科学研究的兴趣,并培养其动手实验和数据分析能力 | 高中生、教师以及工程化大肠杆菌菌株 | 合成生物学教育 | NA | 基因工程、生物测定 | NA | 实验数据 | 在8所德克萨斯州高中实施,涉及学生和教师,具体人数未提及 | NA | 大肠杆菌 | NA | 教育 |
| 17 | 2026-10-12 |
Artificial intelligence and synthetic biology in traditional Chinese medicine: revolutionizing public health applications
2026, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2026.1789960
PMID:42052276
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综述 | 本文综述了人工智能与合成生物学在中医药现代化中的协同作用,涵盖可持续生物合成、化合物预测、质量控制、网络药理学机制阐释及诊断可重复性提升 | 系统提出人工智能与合成生物学协同整合以推动中医药从经验实践向标准化、循证公共卫生干预转化的框架 | 未充分讨论人工智能可解释性不足、生物数据库有限以及跨学科协作机制尚不成熟等挑战 | 探讨人工智能与合成生物学如何协同克服中医药现代化障碍,实现可持续发展并保留其治疗价值 | 中医药(包括中药活性化合物、中医药临床评价体系、中医药诊断与治疗实践) | 机器学习 | NA | 生物信息学、机器学习、网络药理学、合成生物学 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学, 工业生物技术 |
| 18 | 2026-10-12 |
Engineered bacteria and engineered probiotics for intestinal disease therapy: a bibliometric and knowledge mapping analysis
2026, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2026.1970221
PMID:42851468
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研究论文 | 该文通过文献计量学和知识图谱分析,表征了工程细菌和工程益生菌用于肠道疾病治疗的研究格局、知识结构、研究热点和新兴趋势 | 首次采用文献计量学与知识图谱相结合的方法,系统揭示工程细菌和工程益生菌用于肠道疾病治疗领域从传统抗炎、黏膜免疫调节向底盘选择、增强定殖、自调控基因回路、益生菌基生物材料、缓释递送系统和抗肿瘤治疗转变的研究趋势 | 文献计量数据仅能反映研究主题分布与趋势,不能直接证明治疗性能;2026年数据为部分年度数据;未来仍需解决生物安全性、遗传稳定性、时空可控性、肠道定殖、递送效率和临床转化等问题 | 表征工程细菌和工程益生菌用于肠道疾病治疗的研究格局、知识结构、研究热点和新兴趋势 | 2015年至2026年间发表的499篇工程细菌和工程益生菌用于肠道疾病治疗的相关文献 | 机器学习 | 肠道疾病,炎症性肠病,结直肠癌 | 文献计量学分析,知识图谱分析,关键词共现分析,关键词爆发分析,共被引参考文献分析 | NA | 文本 | 499篇文献,来源于Web of Science Core Collection和Scopus数据库,发表于2015年至2026年 | NA | NA | 自调控基因回路,缓释递送系统,工程细菌介导的抗肿瘤治疗,环境感知与局部治疗递送系统 | 医学 |
| 19 | 2026-10-12 |
A pipeline for screening small molecule-enhanced protein stability in a bacterial orphan receptor
2025-11, Protein science : a publication of the Protein Society
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/pro.70330
PMID:41074865
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研究论文 | 本文表征了来自Candidatus Solibacter usitatus的孤儿PAS-HTH转录因子CU228,并建立了一个筛选小分子增强蛋白稳定性的流程 | 首次将CU228表征为通过小分子稳定化搜索新型配体的模型系统;结合生物信息学、结构分析、差示扫描荧光法、微流控调制光谱和饱和转移差NMR等多种技术系统筛选配体 | 仅使用约760个化合物的片段库进行筛选,配体亲和力仅为微摩尔级别,尚未进行合成化学遗传学变体的实际设计与验证 | 建立筛选小分子增强孤儿PAS蛋白稳定性的分析流程,为设计单组分转录因子的合成化学遗传学变体奠定基础 | 来自Candidatus Solibacter usitatus的孤儿PAS-HTH转录因子CU228 | 合成生物学 | NA | 差示扫描荧光法、微流控调制光谱、饱和转移差NMR | NA | 结构数据、光谱数据、NMR数据 | 约760个化合物的片段库 | NA | NA | NA | 医药、工业生物技术 |
| 20 | 2026-10-12 |
Recent advancements in CRISPR/Cas technology for accelerated crop improvement
2022-Apr-23, Planta
IF:3.6Q1
DOI:10.1007/s00425-022-03894-3
PMID:35460444
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综述 | 本文综述了CRISPR/Cas及其衍生基因编辑工具在作物遗传改良中的应用进展 | 系统总结了CRISPR/Cas及其仿制工具如碱基编辑、引物编辑、多重基因组编辑、染色体工程等先进生物技术在作物遗传改良中的应用,并讨论了基因驱动、组织特异性基因组编辑、dCas9介导的表观遗传修饰和转基因程序性自我消除等最新技术 | 未提及 | 综述CRISPR/Cas技术及其衍生工具在加速作物改良方面的最新进展,探讨其在作物遗传改良中的应用潜力和前景 | 作物植物 | 植物基因组编辑 | NA | CRISPR/Cas, 碱基编辑, 引物编辑, 多重基因组编辑, 染色体工程, 基因驱动, 组织特异性基因组编辑, dCas9介导的表观遗传修饰 | NA | 文本 | NA | CRISPR-Cas9 | 作物植物 | NA | 农业 |