合成生物学相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['synthetic biology']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价9.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 6039 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-11-13 |
Natural and engineered bacteriophages against multidrug-resistant ESKAPE pathogens: current landscape and clinical translation
2026-Dec, Future microbiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1080/17460913.2026.2752147
PMID:42953984
|
综述 | 综述天然和工程化噬菌体对抗多重耐药ESKAPE病原体的现状及临床转化面临的挑战 | 系统整合尾丝修饰、解聚酶与内溶素增强、CRISPR基因组编辑及计算设计噬菌体鸡尾酒等合成生物学工程策略，并批判性分析其临床转化障碍 | 缺乏原始实验数据，未提供新的实验结果或临床证据 | 探讨工程化噬菌体对抗多重耐药ESKAPE病原体的工程改造策略、临床转化障碍及推广所需关键步骤 | 多重耐药ESKAPE病原体及天然与工程化噬菌体 | 合成生物学、医学微生物学 | 医院获得性感染、多重耐药细菌感染 | 合成生物学、CRISPR基因组编辑、尾丝修饰、解聚酶与内溶素增强、计算设计噬菌体鸡尾酒 | NA | 文本 | NA | CRISPR-Cas | 噬菌体、细菌 | 工程化噬菌体鸡尾酒 | 医学、制药 |
| 2 | 2026-11-13 |
Bacterial outer membrane vesicles at the Host-Pathogen interface: Biochemical mechanisms, immunomodulation, clinical and biotechnological applications
2026-Nov-11, Acta microbiologica et immunologica Hungarica
IF:1.3Q4
DOI:10.1556/030.2026.03095
PMID:43012915
|
综述 | 综述细菌外膜囊泡的形成机制、货物分选、宿主细胞摄取、免疫调节及其临床与生物技术应用 | 系统整合了OMV从生物发生、选择性货物包装到宿主免疫调控的分子机制，并批判性评估了其在疫苗、肿瘤免疫治疗和药物递送等临床与生物技术平台中的应用 | 作为综述文章，未提供原始实验数据，对现有OMV研究的异质性和机制细节缺乏统一验证 | 阐明OMV在宿主-病原体界面的生物化学机制、免疫调节作用及临床和生物技术应用前景 | 细菌外膜囊泡（OMVs），包括革兰阴性菌分泌的囊泡及其与宿主细胞的相互作用 | 微生物学, 免疫学, 合成生物学 | 感染性疾病, 癌症 | NA | NA | 文本 | NA | NA | 革兰阴性细菌, 哺乳动物细胞 | 工程化OMV平台（下一代疫苗和药物递送系统） | 医学, 生物技术 |
| 3 | 2026-11-13 |
Hierarchical design strategies for tuning genetic circuits
2026-Nov-11, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2026.10.013
PMID:43015170
|
综述 | 建立了一个分层框架来调控基因电路，涵盖生物部件设计、DNA合成与组装、载体选择、宿主细胞实现和跨宿主转移 | 提出将基因电路调控视为跨多个设计层次的系统工程过程，并整合分层设计策略与迭代故障排除 | 作为综述，未提供新的实验数据或定量验证 | 为基因电路调控提供更可预测和可靠的实用路线图 | 基因电路 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | 基因电路 | 医学, 工业生物技术 |
| 4 | 2026-11-13 |
Emerging synthetic biology toolkits to control gene expression and provide therapeutic avenues in cardiovascular disease
2026-Nov-11, Expert opinion on investigational drugs
IF:4.9Q1
DOI:10.1080/13543784.2026.2761884
PMID:43016050
|
综述 | 该文综述了用于控制基因表达并为心血管疾病提供治疗途径的新兴合成生物学工具包 | 系统总结了可调调控开关、可编程基因回路、合成传感模块和肠-心轴工程等合成生物学启发技术及其在心血管医学中的转化潜力 | 存在非哺乳动物组件、免疫原性、监管不确定性以及伦理和安全问题等临床转化障碍 | 探讨合成生物学在心血管疾病基因表达调控和疾病管理中的转化应用与未来机遇 | 心血管疾病相关的基因表达调控与治疗技术 | 合成生物学 | 心血管疾病 | NA | NA | 文本 | NA | NA | 哺乳动物细胞 | 可调调控开关、可编程基因回路、合成传感模块、肠-心轴工程 | 医学 |
| 5 | 2026-11-13 |
Synthetic biology for sustainable abundance: biomining, electromicrobial production, and hyper-engineerable microbes
2026-Nov-10, Chemical communications (Cambridge, England)
DOI:10.1039/d6cc01792d
PMID:43006193
|
综述 | 该综述总结了作者实验室过去十年在生物采矿、电驱动代谢和超可工程化微生物三个关键领域中的合成生物学突破 | 整合了作者实验室在生物采矿、电微生物生产和超可工程化微生物方面的原创性突破，强调好奇心驱动的基础研究与应用启发的基础研究相结合 | 作为综述文章，未提供新的实验数据；同时指出对支撑可持续性和能源的生物系统基础科学理解仍不足 | 探讨如何利用合成生物学构建可持续能源基础设施，以替代化石燃料系统并满足全球日益增长的能源需求 | 生物采矿系统、电驱动微生物代谢系统、超可工程化微生物 | 合成生物学 | NA | 合成生物学 | NA | 文本 | NA | NA | 微生物 | NA | 能源, 环境, 工业生物技术 |
| 6 | 2026-11-13 |
Next-generation nanocellulose-based smart biomaterials: advances, functionalization strategies, and sustainable biomedical applications
2026-Nov-10, Carbohydrate research
IF:2.4Q2
DOI:10.1016/j.carres.2026.110165
PMID:43014067
|
综述 | 综述纳米纤维素基智能生物材料的结构与响应特性、功能化策略、可持续性权衡及临床转化挑战 | 系统阐述纤维素纳米晶、纤维素纳米纤丝和细菌纳米纤维素从被动结构材料向响应性/自适应生物医学平台的转变，并引入合成生物学、基因工程和人工智能/机器学习提升其生产与设计的可预测性和可编程性 | 纳米纤维素基智能材料仍面临材料变异性、生物稳定性、可重复性、安全性和标准化等转化障碍，以及功能化与可持续性之间的权衡 | 探讨纳米纤维素基智能生物材料的进展、功能化策略及可持续生物医学应用前景 | 纤维素纳米晶、纤维素纳米纤丝和细菌纳米纤维素 | 生物材料 | NA | NA | NA | 文本 | NA | 合成生物学, 基因工程 | NA | NA | 医学 |
| 7 | 2026-11-13 |
Unveiling the Complete Biosynthetic Pathway of Azacitidine: A Rare 1,3,5-Triazine Nucleoside Derived From GTP
2026-Nov-09, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.1881662
PMID:42806946
|
研究论文 | 该文鉴定了来自Streptomyces mobaraensis的阿扎胞苷生物合成基因簇，并通过体内外研究阐明了其完整的生物合成途径 | 发现双功能GTP环化水解酶I AzaE主要产生三氨基嘧啶中间体，以及辅因子非依赖的cupin双加氧酶AzaA利用O和H2O作为氧供体组装1,3,5-三嗪骨架，该机制在核苷抗生素生物合成中前所未有 | 尚未实现阿扎胞苷的异源高效生产或合成生物学规模化制备，仅提供了分子基础 | 解析阿扎胞苷的完整生物合成途径 | 阿扎胞苷生物合成基因簇及其编码的酶 | 合成生物学 | 骨髓增生异常综合征 | 抗性基因引导的比较基因组学、体内外研究 | NA | 基因序列、代谢产物 | NA | NA | Streptomyces mobaraensis | 阿扎胞苷生物合成途径 | 医学、工业生物技术 |
| 8 | 2026-11-13 |
The synthetic biology frontier: engineered oncolytic viruses and viral vectors for next-generation cancer therapy and gene delivery
2026-Nov-09, RSC advances
IF:3.9Q2
DOI:10.1039/d6ra09938f
PMID:43005928
|
综述 | 该综述从统一工程框架出发，系统探讨工程化溶瘤病毒与病毒载体（AAV、慢病毒）在癌症治疗与基因递送中的合成生物学工具包 | 按设计原则而非载体类别整合溶瘤病毒、AAV和慢病毒，提出以肿瘤选择性、免疫重塑、递送与生物分布、可控安全性、可制造性五个可测量成功因素为核心的下一代病毒药物评价框架 | 该领域尚未将大量临床前文献转化为比例相当的具有临床意义、可系统递送的药物，主要瓶颈包括递送、肿瘤异质性、免疫清除、药效动力学标志物不足、制造复杂性、耐药性以及延迟或免疫介导效应产品的获益证明困难 | 审视用于可编程病毒治疗药物的合成生物学工具包，为下一代癌症治疗与基因递送提供统一工程框架 | 工程化溶瘤病毒（OVs）、腺相关病毒（AAV）载体、慢病毒（LV）载体及相关CAR-T细胞产品 | 合成生物学、癌症免疫治疗、基因治疗 | 黑色素瘤、实体瘤、癌症 | 溶瘤病毒工程、AAV载体工程、慢病毒载体工程、CAR-T细胞生成、基因组规模组装 | NA | 文本 | NA | NA | NA | 逻辑门控电路、安全开关、肿瘤选择性启动子、microRNA去靶向、双特异性及三特异性衔接分子 | 医学 |
| 9 | 2026-11-13 |
An AI-native experimental laboratory for autonomous biomolecular operations
2026-Nov-04, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-026-11228-6
PMID:42983087
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为AutoDNA的AI原生自主生物分子工程实验室，它能够跨多种仪器执行多目标实验，实现核酸合成、转录、扩增和测序等核心操作。 | 通过模型、实验和仪器的协同设计，实现了AI与自动化系统在端到端多用户框架内的共同进化，系统可自主协调超过20种仪器执行超过11000个步骤，人类干预仅限于硬件维护。 | 人类干预仍限于硬件维护任务，如试剂和实验室耗材补充；系统可能尚未完全覆盖所有生物分子操作类型。 | 开发一个AI原生的自主生物分子工程实验室，以最小化人类干预实现多目标实验的自主科学探索。 | 生物分子工程实验，包括核酸操作（合成、转录、扩增、测序）以及DNA数据存储和突变检测等应用。 | 合成生物学 | 癌症（KRAS G13D突变） | 核酸合成、转录、扩增、测序 | AI模型（未具体说明） | 实验数据（包括核酸序列、数字内容等） | 未明确说明具体样本数量，涉及四种代表性应用 | NA | NA | NA | 医学，合成生物学，信息存储 |
| 10 | 2026-11-13 |
kinGEMs: A robust and scalable framework for resource-constraint models through stochastic tuning of deep learning-predicted kinetic parameters
2026-Nov, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1014881
PMID:42993804
|
研究论文 | 该文提出了一个集成框架，结合深度学习模型CPI-Pred预测动力学参数kcat，并通过kinGEMs流程将不确定性感知参数整合到酶约束基因组尺度模型中进行代谢优化 | 利用多尺度表示（序列、结构和动力学数据）提高模型泛化性和准确性；通过随机调优显式考虑机器学习预测动力学参数的不确定性，减少通量变异性并产生更好约束的代谢模型；成功为93个系统发育多样化的生物生成ecGEMs | 摘要中未明确提及研究局限性 | 构建准确且稳健的酶约束基因组尺度模型，克服动力学数据稀疏的挑战，并扩展到非模式生物 | 酶约束基因组尺度模型（ecGEMs）、动力学参数kcat、多种生物（革兰氏阴性菌、革兰氏阳性菌、分枝杆菌、寄生原生生物、真菌和哺乳动物细胞系） | 系统生物学、代谢工程 | NA | 深度学习、随机调优 | 深度学习模型（CPI-Pred） | 序列数据、化合物嵌入、动力学数据 | 93个模型（涵盖多种生物） | NA | 革兰氏阴性菌、革兰氏阳性菌、分枝杆菌、寄生原生生物、真菌、哺乳动物细胞系 | NA | 医学、工业生物技术 |
| 11 | 2026-11-13 |
A multispecies foundation model for genome function prediction, gene annotation and sequence design
2026-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.22.695963
PMID:42990234
|
研究论文 | 本文介绍了一个跨物种基础模型NTv3，用于基因组功能预测、基因注释和序列设计 | 提出了长上下文跨物种基础模型NTv3，整合了功能预测、基因注释和可控序列生成能力，并在多个物种上验证了性能 | 未明确提及 | 开发一个能够跨物种解释、注释和设计DNA序列的基础模型 | 超过128,000个基因组和15个动植物基因组的功能轨道 | 机器学习 | NA | 深度学习 | Transformer | 基因组序列 | 128,000个基因组，序列长度达1 Mb，16,262个功能轨道 | NA | NA | NA | 农业，生物多样性研究，生物技术 |
| 12 | 2026-11-13 |
IgY as a versatile antibody platform for precision diagnostics and targeted biotherapeutics: a review
2026-Aug-14, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08807-6
PMID:43010032
|
综述 | 本文综述了源自蛋黄的免疫球蛋白Y（IgY）作为多功能抗体平台，在精准诊断和靶向生物治疗中的应用，并讨论了三种工程化策略以扩展其用途。 | 系统总结了IgY相较于哺乳动物IgG的优势（热稳定性和蛋白酶稳定性更高、在哺乳动物血清中非特异性结合更低、生产成本更低），并提出了纳米偶联、表面固定化和封装三种工程化策略来扩展其诊断和治疗应用。 | 需要进一步的临床验证和制造标准化。 | 探讨IgY作为多功能生物识别平台在诊断和治疗领域的应用潜力，并总结其工程化策略和未来发展方向。 | 免疫球蛋白Y（IgY），一种源自蛋黄的抗体。 | 生物医学工程, 诊断学, 治疗学 | NA | 纳米偶联, 表面固定化, 封装, 合成生物学, AI驱动的抗体设计, 数字健康监测 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学, 诊断, 治疗 |
| 13 | 2026-11-13 |
Codon Design Online (CoDOn): a comprehensive web application of synthetic gene design with multi-criteria and multi-parameters for heterologous expression
2026-Aug-14, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-026-06606-w
PMID:43015612
|
研究论文 | 该文章介绍了一个名为CoDOn的在线网络应用，用于多标准多参数的合成基因密码子优化设计，以支持异源表达 | 将密码子优化表述为明确的多目标设计任务，使用NSGA-II算法生成多样化的帕累托最优编码序列；支持多种设计标准和序列级约束；提供模块化交互界面和可视化结果探索 | 未明确提及局限性，但工具可能依赖于宿主特异性密码子使用数据，且未涉及实验验证 | 开发一个透明、可配置的密码子优化平台，支持跨宿主和应用的定制化基因设计 | 合成基因编码序列，针对大肠杆菌和酿酒酵母的异源表达 | 合成生物学 | NA | 多目标优化算法NSGA-II | NSGA-II | 序列数据 | NA | NA | 大肠杆菌, 酿酒酵母 | NA | 医学, 工业生物技术 |
| 14 | 2026-11-13 |
Microbial production of γ-curcumene in metabolically engineered Escherichia coli using a novel γ-curcumene synthase from Parthenium argentatum
2026-Aug-12, Journal of biological engineering
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13036-026-00752-8
PMID:43000428
|
研究论文 | 从银胶菊中鉴定新的γ-姜黄烯合酶PaCS，并在代谢工程大肠杆菌中实现γ-姜黄烯的微生物生产 | 发现并表征了与广藿香来源的γ-姜黄烯合酶系统发育不同的新型γ-姜黄烯合酶PaCS，首次建立了γ-姜黄烯的微生物生产平台，并验证其可化学氢化为燃料相关倍半萜烃 | 尚未在其他宿主或底盘中验证PaCS的通用性，γ-姜黄烯产量仍需进一步提升以满足工业化需求 | 建立γ-姜黄烯的微生物生产平台，拓展萜类合酶工具箱，为γ-姜黄烯衍生分子的生物合成和下游升级提供基础 | 银胶菊来源的γ-姜黄烯合酶PaCS及代谢工程大肠杆菌 | 合成生物学, 代谢工程 | NA | GC-MS, NMR, 重组蛋白表达与生化表征, fed-batch发酵 | NA | 代谢产物分析数据, 序列数据, 发酵过程数据 | NA | 异源甲羟戊酸途径 | 大肠杆菌 | 异源甲羟戊酸代谢途径 | 能源, 工业生物技术, 材料 |
| 15 | 2026-11-13 |
Artificial Intelligence as a Multifaceted Toolkit for Antibacterial Drug Discovery against Resistance
2026, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.1457
PMID:43011525
|
综述 | 系统概述人工智能在抗菌药物研发中应对耐药性的应用进展、价值评估与局限性 | 提出一个实用的综合评估工具，从应用目标、数据属性、验证深度、生物可解释性和转化可行性等维度评估AI的增值空间与局限 | 数据异质性、克隆偏倚、外部验证有限、体外活性与体内疗效不一致，且尚无AI发现或设计的抗菌药物获得监管批准 | 明确AI如何合理应用于抗菌药物发现与开发以克服抗菌药物耐药性 | 抗菌药物研发与抗菌药物耐药性 | 机器学习 | 细菌感染 | 多组学整合, 结构导向分子设计 | NA | 多组学数据 | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 16 | 2026-11-13 |
Regulatory review and governance gaps for genetically engineered microbes
2026, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2026.2008399
PMID:43012018
|
评论 | 本文通过三个消费者和环境基因工程微生物应用案例，分析了美国对活体基因工程微生物的监管审查和治理缺口 | 通过案例研究揭示了美国基因工程微生物监管中基于修饰类型、产品分类和营销声明的区分导致的审查缺失问题，并提出了包括联邦通知、法规修订、透明度提升、独立评估和上市后监测在内的治理建议 | 文章为监管评论而非实证研究，未提供定量数据或系统性评估，主要聚焦美国监管框架，未涉及其他国家或地区的监管比较 | 审查美国对活体基因工程微生物的监管框架，识别治理缺口并提出改进建议 | 消费者产品和环境应用中的活体基因工程微生物 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 文本 | 三个案例研究 | NA | NA | NA | 医学, 环境, 工业生物技术 |
| 17 | 2026-11-13 |
Human-capital architecture for biosafety and responsible synthetic biology
2026, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2026.1946816
PMID:43016699
|
观点文章 | 提出一个双框架模型，将UNESCO IBC伦理报告与HECI人类能力框架结合，用于合成生物学中的生物安全与负责任创新 | 将UNESCO IBC伦理边界条件与HECI框架结合，强调生物安全不仅依赖技术保障和合规规则，还需要培养科学家、机构和监管者的同理心、判断力、创造力和远见 | 属于观点文章，以乌兹别克斯坦农业教育与政策改革作为概念验证，缺乏系统性实证数据和大规模验证 | 探讨如何将合成生物学的伦理原则转化为研究习惯、机构文化和部署实践，构建生物安全与负责任合成生物学的人力资本架构 | 合成生物学领域的科学家、机构和监管者，以及伦理整合课程、设计审查、现场部署清单和本地化治理实践 | 合成生物学治理与生物安全 | NA | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学, 农业, 工业生物制造, 食品, 环境 |
| 18 | 2026-11-13 |
Microbiome-guided rhizosphere engineering for sustainable remediation of agricultural soil contaminants
2026, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2026.1994433
PMID:43016950
|
综述 | 本文对微生物组引导的根际工程修复农业土壤污染物的方法进行分层综述，将方法分为田间验证、新兴和概念三个层级 | 将根际工程方法按证据成熟度分为三个层级（田间验证、新兴、概念），并明确区分微塑料去除与降解过程，指出该领域主要缺陷是缺乏统一标准的田间规模证据而非技术能力 | 仅为小型综述，未提供原始实验数据；指出微塑料根际修复尚未在土壤中验证，合成生物学和CRISPR群落编辑仍处于概念阶段 | 评估和分层根际工程方法在农业土壤污染物修复中的可部署性，识别推动方法升级所需的关键测量指标 | 农业土壤中的农药残留、重金属、石油烃和微塑料等混合污染物及其根际微生物群落 | 环境微生物学 | NA | NA | NA | 文本 | NA | CRISPR | NA | NA | 环境 |
| 19 | 2026-11-12 |
Intellectual property rights and the global exchange of molecular plant technologies
2026-Dec, GM crops & food
DOI:10.1080/21645698.2026.2740254
PMID:43007855
|
研究论文 | 文章分析了全球植物知识产权制度与分子育种技术之间的结构性错位，并探讨了其对气候适应性农业的影响 | 提出'法律韧性'概念，揭示'市场力量效应'，并构建多中心改革方案，包括气候效用模型层级、DSI惠益共享基金、人道主义专利池等 | 采用法律学说分析、专利景观回顾和产品级案例研究，缺乏大规模实证数据验证，且主要关注制度层面而可能忽略其他影响因素 | 探讨全球知识产权制度如何影响分子植物技术的传播与气候适应性农业的发展，并提出改革建议 | 全球植物知识产权制度、分子植物技术（基因编辑、合成生物学、数字序列信息）、育种企业及公共育种机构 | 农业生物技术 | NA | 基因编辑、合成生物学、数字序列信息（DSI） | NA | 文本 | NA | CRISPR-Cas9 | 植物 | NA | 农业 |
| 20 | 2026-11-12 |
A generalizable framework for genetic code expansion in bacterial systems beyond E. coli
2026-Nov-11, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.01273-26
PMID:42803582
|
研究论文 | 本文介绍了一个模块化、可扩展的平台，用于在系统发育多样的细菌中实现和优化遗传密码扩展 | 基于宿主无关的丝氨酸重组酶辅助基因组工程工具包，开发了通用且可扩展的GCE平台，并在五种细菌中成功应用，实现了结构多样的非天然氨基酸的稳健掺入 | 未明确提及 | 解决GCE在大肠杆菌以外细菌中缺乏通用高效方法的问题，实现遗传密码扩展在多样细菌中的通用实施和优化 | 五种系统发育多样的细菌物种 | 合成生物学 | NA | 丝氨酸重组酶辅助基因组工程 | NA | NA | 五种细菌物种 | 丝氨酸重组酶辅助基因组工程工具包 | 五种细菌物种 | 染色体整合的遗传密码扩展系统 | 生物技术, 环境应用, 合成生物学 |