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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-09-30 |
Advanced gene editing technologies for oncology mechanisms, applications, and clinical implementation
2026-Oct, Cancer gene therapy
IF:4.8Q1
DOI:10.1038/s41417-026-01070-3
PMID:42624898
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综述 | 本文系统综述了先进基因编辑技术在肿瘤学中的机制、应用和临床转化,涵盖ZFN、TALEN、CRISPR/Cas等多种技术及其在癌症治疗中的应用 | 系统整合了从传统基因编辑工具到碱基编辑器、先导编辑器、PASTE系统及ARCUS、MegaTALs等混合平台的最新进展,并探讨了其与人工智能、生物传感器和合成生物学的融合 | 未涉及具体实验数据验证,主要基于文献综述;基因编辑技术的递送优化、脱靶效应、免疫原性及伦理问题仍待解决 | 全面阐述先进基因编辑技术在肿瘤学中的机制、应用和临床实施,推动更精准、有效和个性化的癌症治疗策略 | 多种癌症类型,包括肺癌、乳腺癌、结直肠癌、血液系统恶性肿瘤、肝癌、胰腺癌、头颈癌、食管癌、前列腺癌、胃癌和脑癌 | 基因编辑 | 肺癌, 乳腺癌, 结直肠癌, 血液系统恶性肿瘤, 肝癌, 胰腺癌, 头颈癌, 食管癌, 前列腺癌, 胃癌, 脑癌 | CRISPR-Cas9, CRISPR-Cas12, CRISPR-Cas13, 碱基编辑, 先导编辑, PASTE系统, ZFN, TALEN, ARCUS, MegaTALs, 重组酶 | NA | 文本 | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN | NA | NA | 医学 |
| 2 | 2026-09-30 |
Controlling viscoelastic behavior and microstructural organization in engineered living materials using synthetic adhesins and rheometry
2026-Oct, Acta biomaterialia
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.actbio.2026.08.044
PMID:42710705
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研究论文 | 利用合成细胞黏附素和流变学手段,系统调控工程活材料(ELMs)的黏弹行为与微观结构组织 | 首次通过合成黏附素强度、黏附逻辑、细胞尺寸和形状等参数,系统调控细菌ELMs的黏弹性;发现非生命材料颗粒悬浮液的理论可延伸至ELMs;证明流变学可主动塑造ELMs微观结构,实现细胞聚集和颗粒重排的精确控制 | 未明确提及具体局限性,可能受限于细菌ELMs体系,对真核细胞ELMs的普适性尚待验证,且未涉及长期稳定性或规模化生产问题 | 从第一性原理出发,实现ELMs力学性能的理性调控,并探索流变学在塑造其微观结构中的作用 | 由活细菌构建的多细胞工程活材料(ELMs) | 合成生物学与材料科学交叉 | NA | 合成黏附素工程、流变学测量 | NA | 流变学数据、微观结构图像 | NA | 合成黏附素 | 细菌 | 黏附逻辑(adhesion logic)控制的细胞间黏附系统 | 生物打印、微生物群落设计、生物医学应用 |
| 3 | 2026-09-30 |
Bacterial Degradation of Persistent Organic Pollutants: From Molecular Mechanisms to Synthetic Biology
2026-Oct, Environmental microbiology
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/1462-2920.70433
PMID:42805597
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综述 | 该文章综述了细菌降解持久性有机污染物的分子机制及合成生物学应用,整合了好氧氧化、厌氧还原和共代谢途径在分子、基因组、调控、代谢和多组学层面的研究进展 | 揭示了POP降解由高度模块化和进化动态网络调控,包括分解代谢操纵子、可移动遗传元件和调控层级;强调了芳香环羟基化双加氧酶和还原性脱卤酶的酶混杂性、替代途径架构和互养微生物相互作用对降解效率的增强作用;提出了合成生物学工具如途径重构、酶工程、设计菌群和智能生物传感器在扩展底物范围、改善途径控制和实时监测方面的新机遇 | 存在遗传稳定性、生物安全性和现场鲁棒性等挑战;缺乏原位多组学验证;环境条件下 bioremediation 的稳健性不足 | 综合细菌降解POP的分子机制和合成生物学进展,推动从分子到系统水平的整合生物修复策略发展 | 持久性有机污染物(POPs)和降解这些污染物的细菌 | 合成生物学 | NA | 多组学,基因组学,代谢组学 | NA | 文本 | NA | NA | 细菌 | NA | 环境 |
| 4 | 2026-09-30 |
Unveiling the Complete Biosynthetic Pathway of Azacitidine: A Rare 1,3,5-Triazine Nucleoside Derived From GTP
2026-Sep-29, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.1881662
PMID:42806946
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研究论文 | 该文章鉴定了阿扎胞苷的生物合成基因簇并阐明了其完整的生物合成途径 | 发现双功能GTP环水解酶I AzaE生成三氨基嘧啶中间体,以及辅因子非依赖性cupin双加氧酶AzaA以O和HO为氧供体组装1,3,5-三嗪支架,此机制在核苷抗生素生物合成中前所未有 | 未明确提及该研究的局限性 | 解析阿扎胞苷的生物合成途径 | 阿扎胞苷生物合成基因簇及其编码的酶 | 合成生物学 | 骨髓增生异常综合征 | 抗性基因引导的比较基因组学、体内和体外研究 | NA | NA | NA | NA | Streptomyces mobaraensis IPIO2 | NA | 医学、工业生物技术 |
| 5 | 2026-09-30 |
Toward a minimal amino acid alphabet for protein design
2026-Sep-29, The FEBS journal
DOI:10.1111/febs.70751
PMID:42808650
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研究论文 | 本文通过生物信息学调查和计算蛋白质设计,探索使用精简氨基酸字母表设计蛋白质的可能性,并实验验证了一个由8种氨基酸组成的蛋白质。 | 首次系统性地计算设计了所有1013种由2-10种早期氨基酸组成的可能字母表的蛋白质,并实验验证了8种氨基酸组成的蛋白质能够折叠成β-折叠丰富的纤连蛋白III型结构域,同时展示了逆折叠模型ProteinMPNN在相同字母表内稳定设计蛋白质的能力。 | 尝试实验验证由6种和4种氨基酸组成的设计未能成功,表明更小的字母表可能难以形成稳定折叠的蛋白质。 | 探索蛋白质是否可以从显著减少的氨基酸字母表中形成,并设计具有有趣性质的蛋白质用于生物技术和合成生物学。 | 蛋白质,特别是由精简氨基酸字母表组成的蛋白质。 | 计算蛋白质设计 | NA | 生物信息学调查,计算蛋白质设计,逆折叠模型 | ProteinMPNN | 序列数据,结构数据 | 超过2.5亿条UniProt序列,计算设计所有1013种字母表的蛋白质,实验验证一个8氨基酸蛋白质。 | NA | NA | NA | 生物技术,合成生物学 |
| 6 | 2026-09-30 |
Engineered Rhizobacteria Exploit Bacterial Vesicles for Cross-Kingdom RNAi and Soilborne Disease Control
2026-Sep-29, Plant, cell & environment
DOI:10.1111/pce.70939
PMID:42808730
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研究论文 | 该研究通过工程化改造棉花根际细菌成团泛菌YC4,利用其外膜囊泡(OMVs)递送dsRNA至大丽轮枝菌,实现跨界RNAi并防治土传真菌病害 | 首次发现细菌外膜囊泡选择性富集内源性sRNA并作为跨界RNA递送的主要载体;通过启动子工程和OmpA-DRB4融合策略增强dsRNA生产和OMVs负载能力;构建了工程化根际共生菌平台用于原位RNAi递送 | 研究主要在温室条件下进行,未进行大规模田间试验验证;长期生态安全性和对非靶标生物的影响尚未评估 | 开发基于工程化根际细菌的dsRNA递送系统,解决dsRNA环境不稳定和细胞递送效率低的问题,实现土传真菌病害的可持续防控 | 棉花根际细菌成团泛菌YC4、大丽轮枝菌、棉花 | 合成生物学 | 土传真菌病害(棉花黄萎病) | 小RNA测序、合成生物学、启动子工程、OmpA-DRB4融合 | NA | 序列数据、图像数据 | NA | NA | 成团泛菌YC4、大肠杆菌(用于克隆)、棉花 | 启动子工程改造和OmpA-DRB4融合蛋白表达系统,增强dsRNA生产和外膜囊泡负载 | 农业 |
| 7 | 2026-09-30 |
Probiotics and Extracellular Vesicles as Redox Modulators in Wound Healing: From Microbial Therapeutics to Engineered Nanotherapeutic Strategies
2026-Sep-15, Antioxidants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/antiox15091172
PMID:42792211
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综述 | 本文综述了益生菌及其细胞外囊泡通过调节氧化还原平衡促进伤口愈合的机制,并探讨了工程化益生菌囊泡作为可编程氧化还原纳米疗法的前景 | 系统整合了益生菌来源细胞外囊泡在伤口愈合中调节氧化还原信号的证据,并提出了基于合成生物学和生物材料辅助递送的工程化益生菌囊泡作为可编程氧化还原纳米疗法的概念 | 多数机制关联来自通路标志物或间接实验,缺乏直接临床证据;细胞外囊泡的标准化、生物安全性、生物分布、药代动力学和临床验证等问题尚未解决 | 综合评估益生菌、细胞外囊泡及益生菌来源工程化囊泡在伤口愈合中作为氧化还原调节剂的应用潜力 | 益生菌、益生菌来源细胞外囊泡、工程化益生菌囊泡 | 再生医学 | 慢性伤口 | 结构化文献检索与证据筛选 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 8 | 2026-09-30 |
Biobased Compounds and the Circular Economy: A Bibliometric Review of Waste Valorization and Environmental Sustainability
2026-Sep-15, Molecules (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/molecules31183262
PMID:42796550
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综述 | 通过文献计量学和系统性综述方法,绘制了生物基化合物与循环经济研究的知识结构,分析了废物价值化与环境可持续性的研究趋势和差距 | 综合运用RStudio/bibliometrix、VOSviewer和Plotly Studio多种文献计量工具,系统识别了十个过渡性研究缺口,并首次提出合成生物学和生物累积具有最高优先级指数(122.16) | 理论基础薄弱和研究持续时间有限是最常见的障碍,机械性能和可再加工性面临额外的跨学科复杂性 | 绘制生物基化合物与循环经济研究的知识结构,识别研究优先事项、工业可扩展性差距及过渡性研究缺口 | Scopus数据库中1306篇经同行评审的生物基化合物与循环经济相关文献 | 文献计量学 | NA | 文献计量分析、PRISMA系统综述 | NA | 文本 | 1306篇同行评审文献(初始检索1350篇,经PRISMA筛选后纳入1306篇) | NA | NA | NA | 环境, 材料, 工业生物技术 |
| 9 | 2026-09-30 |
Fungal Biotechnology for Sustainable Biocomposites: From Mycelium Growth to Material Translation
2026-Sep-15, Molecules (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/molecules31183272
PMID:42796559
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综述 | 本文综述了基于菌丝体的生物复合材料(MBCs),重点关注真菌生物合成、底物转化、加工策略与材料性能之间的关系,并探讨其在包装、建筑、隔热、环境修复等领域的应用及可持续性 | 从真菌生物合成到材料转化的全链条视角系统整合了合成生物学、先进材料化学与数字生物制造,强调多学科交叉以实现可规模化、高性能、多功能MBCs | 作为综述文章,未提供原始实验数据,对具体工艺参数的定量比较和标准化评估体系仍有待完善 | 系统评估菌丝体基生物复合材料的生物合成机制、底物转化过程、加工优化策略及材料性能调控,并展望其可持续应用前景 | 菌丝体基生物复合材料(MBCs)、真菌、聚合物底物 | 材料科学 | NA | NA | NA | 文本 | NA | NA | 真菌 | NA | 材料, 环境, 工业生物技术, 建筑, 食品 |
| 10 | 2026-09-30 |
Biosynthesis and Microbial Production of Carminic Acid: From Pathway Elucidation to Synthetic Biology
2026-Aug-22, Microorganisms
IF:4.1Q2
DOI:10.3390/microorganisms14091869
PMID:42795451
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综述 | 本文综述了胭脂红酸的生物合成途径解析及微生物生产进展,涵盖结构、应用、生物合成逻辑、异源生产策略比较以及工业化挑战与策略 | 系统整合了III型聚酮合酶组装与昆虫相关修饰反应(特别是C-糖基化)的胭脂红酸生物合成逻辑,并比较了多种微生物底盘的生产策略,提出了结合前体-途径重编程、AI辅助酶工程、生物传感器调控和过程优化的综合策略 | 胭脂红酸产量低、酶表征不完整、宿主-途径不兼容以及可放大纯化困难等关键挑战尚未解决 | 总结胭脂红酸从途径解析到微生物生产的进展,提出开发有竞争力的微生物细胞工厂的综合策略 | 胭脂红酸(CA)及其生物合成途径、异源生产微生物底盘 | 合成生物学 | NA | 合成生物学、代谢工程、途径解析、AI辅助酶工程 | NA | 文本 | NA | NA | 大肠杆菌、酵母、枯草芽孢杆菌、哺乳动物细胞等(根据文中提及的底盘) | 前体-途径重编程、动态调控、生物传感器调控 | 食品、化妆品、纺织、医药、工业生物技术 |
| 11 | 2026-09-30 |
Co-Immobilization of SpyTag-Cyclized Enzymes on a γPFD-SpyCatcher Hydrogel to Address Broad Specificity
2026-Apr-21, Gels (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/gels12040348
PMID:42042186
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研究论文 | 开发基于γPFD-SpyCatcher水凝胶的可编程蛋白质支架,用于SpyTag环化酶在体内共固定化,实现级联酶的空间组织,从而解决酶的宽泛底物特异性问题 | 利用自组装的γPFD-SpyCatcher水凝胶和SpyTag环化酶技术,实现级联酶在体内的共固定化和空间组织,提高催化通量定向性,并显著提升产物产量 | 未明确说明该策略在更复杂代谢途径或不同宿主中的普适性,以及长期稳定性等潜在问题 | 解决酶宽泛底物特异性导致的副反应和产物产量降低问题,提高工程化代谢途径的效率 | 具有宽泛底物特异性的级联酶(如pinene和caffeoyl-CoA合成途径中的酶) | 合成生物学 | NA | 蛋白质工程、自组装水凝胶、SpyTag/SpyCatcher共价连接技术 | NA | NA | NA | SpyTag/SpyCatcher | 工程化细胞(未具体说明,可能为大肠杆菌或酵母) | 基于γPFD-SpyCatcher自组装水凝胶的蛋白质支架,用于级联酶的共固定化 | 合成生物学、工业生物技术 |
| 12 | 2026-09-30 |
Metabolic Engineering of Rhodotorula toruloides for Biosynthesis of Retinal
2026-Apr-02, Journal of fungi (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/jof12040258
PMID:42042353
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研究论文 | 该研究通过代谢工程改造红酵母Rhodotorula toruloides,引入并优化来自不同来源的β-胡萝卜素15,15'-双加氧酶基因,以实现视网膜(retinal)的生物合成 | 在产油酵母Rhodotorula toruloides中异源表达多种来源的β-胡萝卜素15,15'-双加氧酶基因,并通过过表达IDI1、BTS1、CARRP和CARB等基因增强β-胡萝卜素积累和视网膜产量,同时优化发酵条件 | 最大视网膜浓度仅为20.38 mg/L,产量仍然较低,尚未达到工业化生产要求 | 利用代谢工程和合成生物学手段,构建能够高效合成视网膜的微生物细胞工厂 | Rhodotorula toruloides(红酵母)工程菌株 | 合成生物学, 代谢工程 | NA | 代谢工程, 合成生物学, 分批补料发酵 | NA | NA | NA | NA | Rhodotorula toruloides | 类胡萝卜素生物合成途径(过表达IDI1、BTS1、CARRP、CARB基因,异源表达β-胡萝卜素15,15'-双加氧酶) | 医药, 食品, 化妆品 |
| 13 | 2026-09-30 |
Biological parts in yeast synthetic biology: from regulatory elements to predictive design platforms
2026-Jan-05, FEMS yeast research
IF:2.4Q3
DOI:10.1093/femsyr/foag048
PMID:42747189
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综述 | 本文综述了酵母合成生物学中生物元件的演进,从调控元件到预测性设计平台,涵盖DNA、RNA和蛋白质水平的调控,以及组装框架、生物铸造厂和机器学习 | 提供跨DNA、RNA和蛋白质水平调控的生物元件演进的整合视角,连接组装框架、生物铸造厂和机器学习,描绘从元件中心工程向预测性系统级设计转变的轨迹 | 作为综述文章,未涉及原始实验数据,可能缺乏对具体技术细节的深入分析 | 综述酵母合成生物学中生物元件的发展,并探讨向预测性系统级设计的转变 | 酵母合成生物学中的生物元件,特别是酿酒酵母 | 合成生物学 | NA | NA | 机器学习 | 文本 | NA | NA | 酿酒酵母 | NA | 工业生物技术, 医药 |
| 14 | 2026-09-30 |
SynBio 8.0: A portrait of a growing Canadian ecosystem
2026-Jan-01, Canadian journal of microbiology
IF:1.8Q4
DOI:10.1139/cjm-2026-0122
PMID:42636477
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会议报告 | 本文是对第八届加拿大合成生物学年度研讨会(SynBio 8.0)的会议总结,概述了会议的主要观点和加拿大合成生物学领域的发展动态 | 记录了加拿大合成生物学领域的快速增长和多样性,包括创纪录的海报数量,展示了该领域在加拿大的加速发展 | 本文仅为会议报告,不包含原创研究数据或实验验证 | 总结SynBio 8.0会议内容,反映加拿大合成生物学领域的现状和发展趋势 | 加拿大合成生物学社区、会议参与者、研讨主题 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 文本 | 约140名参会者 | NA | NA | NA | 医药, 农业, 环境, 工业生物技术 |
| 15 | 2026-09-30 |
Machine learning alternative to systems biology should not solely depend on data
2022-11-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac436
PMID:36184188
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评论 | 本文讨论了机器学习作为系统生物学替代方法的根本和实践缺陷,并主张整合两种方法 | 指出机器学习方法在阐明生物系统中的涌现行为时存在根本性缺陷,呼吁在适当情况下整合系统生物学与机器学习 | 未深入探讨机器学习的适用性、所需数据质量和预处理方法 | 阐明机器学习作为系统生物学替代方法的缺陷,并倡导整合两种方法 | 机器学习方法与系统生物学方法 | 机器学习 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 16 | 2026-09-30 |
Hijacking Translation Initiation for Synthetic Biology
2020-05-15, Chembiochem : a European journal of chemical biology
IF:2.6Q3
DOI:10.1002/cbic.202000017
PMID:32023356
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综述 | 本文综述了利用翻译起始机制进行遗传密码扩展的方法,以实现非经典氨基酸在蛋白质中的共翻译插入 | 提出将翻译起始位置纳入遗传密码扩展,可插入α-胺修饰或完全缺失的多种分子 | 未具体说明各方法的适用性和效率限制 | 探索在体外和体内用多种分子启动蛋白质合成的方法 | 蛋白质合成起始过程 | 合成生物学 | NA | 遗传密码扩展 | NA | 文本 | NA | NA | 多种宿主生物 | NA | 医学, 工业生物技术 |
| 17 | 2026-09-30 |
Synthetic Biology of Small RNAs and Riboswitches
2018-05, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
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综述 | 综述了小RNA和核糖开关在合成生物学中的应用,包括代谢工程、正交基因控制、生物传感器、逻辑门和RNA-RNA相互作用检测工具 | 涵盖了调节RNA作为生物传感器、逻辑门和确定RNA-RNA相互作用工具的新应用,并提供了对sRNA和核糖开关基础研究的关键见解和挑战 | 我们对这两类重要调节RNA的理解和表征还远未完成 | 总结小RNA和核糖开关在合成生物学中的应用现状和未来发展方向 | 细菌和古菌中的小RNA和核糖开关 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 文本 | NA | NA | 细菌, 古菌 | 生物传感器, 逻辑门, 代谢途径 | 医学, 工业生物技术 |
| 18 | 2026-09-30 |
The challenges of informatics in synthetic biology: from biomolecular networks to artificial organisms
2010-Jan, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbp054
PMID:19906839
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综述 | 本文从计算机模拟、体外和体内三个维度综述了合成生物学中信息学的挑战。 | 从in silico、in vitro和in vivo三个维度系统梳理合成生物学中的信息学挑战 | 未涉及具体实验验证,仅为综述性讨论 | 探讨合成生物学中信息学面临的挑战 | 合成生物学中的信息学问题 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | 生物分子网络、人工生物系统 | 医学, 工业生物技术 |
| 19 | 2026-09-29 |
A generalizable framework for genetic code expansion in bacterial systems beyond E. coli
2026-Sep-28, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.01273-26
PMID:42803582
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研究论文 | 本文提出了一种基于宿主无关丝氨酸重组酶辅助基因组工程工具包的模块化、可扩展平台,用于在系统发育多样化的细菌中实现和优化遗传密码扩展 | 开发了一种通用、可扩展的染色体整合框架,首次在五种非大肠杆菌细菌中实现遗传密码扩展,并证明了在远缘物种间的可转移性 | 摘要中未明确提及研究的具体局限性 | 解决遗传密码扩展技术在大肠杆菌以外的细菌中缺乏通用高效方法和优化策略的问题 | 五种系统发育多样化的细菌物种 | 合成生物学 | NA | 遗传密码扩展、丝氨酸重组酶辅助基因组工程 | NA | NA | 五种细菌物种 | 丝氨酸重组酶辅助基因组工程工具包 | 五种细菌物种(非大肠杆菌) | 基于宿主无关丝氨酸重组酶辅助基因组工程的遗传密码扩展平台 | 医学、工业生物技术、环境、合成生物学 |
| 20 | 2026-09-29 |
Sclareol Production Driven by Advanced Synthetic Biology Strategies
2026-Sep-22, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.6c07601
PMID:42798971
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综述 | 该综述系统总结了利用合成生物学和代谢工程策略在微生物底盘细胞中生产香紫苏醇的研究进展 | 重点关注AI辅助预测、多组学分析、高通量筛选和智能发酵技术等新兴方法在香紫苏醇生物合成中的应用 | 微生物香紫苏醇生物合成仍面临产量低、成本高等挑战,距工业化应用尚有差距 | 系统梳理合成生物学驱动的香紫苏醇产量提升策略,为高价值植物源萜类化合物的可持续生物制造提供参考 | 香紫苏醇及其微生物底盘细胞生物合成体系 | 合成生物学 | NA | 合成生物学, 代谢工程, 酶工程, 多组学分析, 高通量筛选, AI辅助预测, 智能发酵 | NA | 文本 | NA | NA | 微生物底盘细胞 | 香紫苏醇生物合成代谢途径 | 医药, 农业, 工业生物技术 |