合成生物学相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['synthetic biology']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价9.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 4474 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-02-21 |
Gene insertion and transcriptional regulation of Escherichia coli based on CRISPR-associated transposases
2026-Mar, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.149850
PMID:41628878
|
研究论文 | 本研究基于CRISPR相关转座酶开发了可编程工具MUSCULAR-CAST，实现了多顺反子表达盒的高效基因组整合，并开发了基因抑制工具Tn-CRISPRi，用于合成生物学中的底盘菌株工程 | 开发了基于IF型CRISPR相关转座酶系统Tn6677的可编程工具MUSCULAR-CAST，能够高效整合不同大小的多顺反子表达盒，并基于其靶向模块开发了具有广泛PAM序列适应性的基因抑制工具Tn-CRISPRi | 未明确说明工具在其他宿主生物中的适用性或大规模工业应用中的稳定性验证 | 开发高效的基因组整合和转录调控工具，以促进合成生物学中微生物细胞工厂的构建 | 大肠杆菌（Escherichia coli） | 合成生物学 | NA | CRISPR相关转座酶系统 | NA | NA | 涉及多种多顺反子表达盒（1-10K）及17个基因的抑制实验 | CRISPR-Cas9, CAST系统 | 大肠杆菌 | 多顺反子表达盒整合系统、基因抑制调控回路 | 工业生物技术 |
| 2 | 2026-02-21 |
InsiliCoil: An Integrated Software Suite for Coiled Coil Design, Prediction, and Therapeutic Engineering
2026-Feb-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00678
PMID:41370672
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为InsiliCoil的集成软件套件，用于螺旋蛋白相互作用的设计、预测和治疗工程 | InsiliCoil将预测建模、选择性肽抑制剂发现和正交相互作用组设计整合到一个单一可访问框架中，提供比基于结构方法更快的处理速度 | NA | 开发一个软件平台以控制螺旋介导的蛋白质-蛋白质相互作用，加速治疗发现和可编程生物系统的理性工程 | 螺旋蛋白相互作用，特别是螺旋卷曲结构 | 合成生物学 | NA | 预测建模、高通量筛选、正交网络设计 | NA | 蛋白质序列和结构数据 | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | NA | 正交螺旋卷曲网络，用于合成生物电路和生物材料 | 医学，工业生物技术 |
| 3 | 2026-02-21 |
Design and Modeling of Biosensor-Driven Encapsulation Systems for Systemic Delivery of Bacterial Cancer Therapy
2026-Feb-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00598
PMID:41528100
|
研究论文 | 本文设计并建模了基于生物传感器的封装系统，用于系统性递送细菌癌症疗法，通过自主控制大肠杆菌Nissle 1917的荚膜多糖表达以改善药代动力学特性 | 开发了基于群体感应或酸感应的生物传感器驱动系统，实现细菌在肿瘤定植后自主关闭基因表达，减少系统性扩散，并首创了两态药代动力学模型来模拟活体治疗剂的动态行为 | 模型基于假设条件，可能未完全反映体内复杂环境，且实验验证主要在模拟“人源化”模型中进行，需进一步临床前研究确认 | 改进细菌癌症疗法的系统性递送安全性，通过工程化细菌自主控制免疫逃逸机制，优化肿瘤靶向并减少全身性副作用 | 大肠杆菌Nissle 1917工程菌株及其荚膜多糖表达系统，用于肿瘤治疗 | 合成生物学 | 癌症 | 合成生物学工程、基因电路设计、药代动力学建模 | 两态药代动力学模型 | 模拟数据、实验数据 | NA | CRISPR-Cas9, 基因电路设计 | 大肠杆菌Nissle 1917 | 基于群体感应或酸感应的生物传感器驱动电路，用于自主控制荚膜多糖表达，实现肿瘤定植后基因关闭 | 医学 |
| 4 | 2026-02-21 |
Advancing Fast-Track Genome Engineering in Bacillus subtilis Phages
2026-Feb-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00727
PMID:41538882
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为QuickPhage的快速、精确且成本效益高的噬菌体基因组工程方法，利用CRISPR-Cas9作为反选择系统，在Bacillus subtilis噬菌体SPP1中实现高效基因编辑 | 开发了QuickPhage方法，使用短至40个核苷酸的同源修复片段进行高效基因组编辑，能在一天内完成精确编辑，并成功应用于必需和非必需基因的删除及报告基因的插入 | NA | 加速噬菌体生物学研究、新功能发现和创新基因工程工具的开发 | Bacillus subtilis的模型裂解性siphovirus噬菌体SPP1 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | Bacillus subtilis | 使用诱导系统合成调控蛋白质生产（如GFP），实现高达400倍的诱导水平 | 医学, 工业生物技术 |
| 5 | 2026-02-21 |
Multilayer Host Engineering of Saccharomyces cerevisiae to Enhance Cricket Paralysis Virus (CrPV) Internal Ribosome Entry Site Mediated Translation
2026-Feb-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00744
PMID:41546634
|
研究论文 | 本文报道了一种通过多层宿主工程改造酿酒酵母，以增强蟋蟀麻痹病毒内部核糖体进入位点介导的翻译的策略 | 结合翻译起始、tRNA修饰和mRNA稳定性三个机制层面的宿主修饰，首次在酿酒酵母中显著提升CrPV IRES的翻译活性 | 研究可能涉及生长与翻译效率之间的权衡，且结果基于报告基因系统，在更广泛应用中的效果未经验证 | 增强非典型翻译元件在合成生物学中的应用潜力 | 酿酒酵母宿主细胞和蟋蟀麻痹病毒内部核糖体进入位点 | 合成生物学 | NA | 报告基因筛选、宿主工程改造 | NA | NA | NA | 宿主工程 | 酿酒酵母 | 内部核糖体进入位点介导的翻译调控系统 | 工业生物技术 |
| 6 | 2026-02-21 |
Biosynthesis of Indigoidine in Microorganisms: Strategies and Applications
2026-Feb-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00800
PMID:41576205
|
综述 | 本文系统回顾了微生物中靛蓝苷的生物合成策略与应用，重点关注合成生物学技术在提高产量和拓展应用方面的进展 | 整合了微生物宿主系统、代谢与酶工程以及合成生物学技术，为靛蓝苷的工业化生产提供了全面的路线图 | 存在途径优化、产量提升和应用多样性方面的持续挑战 | 探讨微生物合成靛蓝苷的策略及其作为可持续蓝色染料替代品的应用 | 靛蓝苷及其在微生物中的生物合成 | 合成生物学 | NA | 非核糖体肽合成酶（NRPSs）介导的生物合成 | NA | NA | NA | 合成生物学技术 | 微生物底盘菌株 | 靛蓝苷生物合成途径 | 纺织工业 |
| 7 | 2026-02-21 |
The Coli Toolkit (CTK): An Extension of the Modular Yeast Toolkit for Use in E. coli
2026-Feb-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00489
PMID:41581077
|
研究论文 | 本文介绍了Coli Toolkit (CTK)，一种基于Golden Gate的模块化克隆系统，专为大肠杆菌设计，用于加速遗传电路的组装 | CTK通过将启动子部分细分为启动子、绝缘核酶和核糖体结合位点，提供了更灵活的转录和翻译控制，并整合了Cello库的20个NOT门作为预组装基本部件 | NA | 开发一个用于大肠杆菌的模块化遗传电路组装工具，以优化合成生物学中的设计-构建-测试-学习循环 | 遗传电路的设计和组装，特别针对大肠杆菌系统 | 合成生物学 | NA | Golden Gate克隆，遗传设计自动化工具 | NA | NA | NA | Golden Gate Assembly | E. coli | 遗传电路，包括启动子、绝缘核酶、核糖体结合位点和NOT门等基本部件 | 生物技术 |
| 8 | 2026-02-21 |
Slowpoke: An Automated Golden Gate Cloning Workflow for Opentrons OT-2 and Flex
2026-Feb-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00629
PMID:41642882
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Slowpoke的自动化Golden Gate克隆工作流程，专为Opentrons OT-2和Flex开源液体处理平台设计 | 开发了用户友好且灵活的工作流程，通过图形用户界面简化协议生成，并验证了其在多个工具包和平台上的高效组装能力 | 用户仍需手动进行菌落挑取和平板转移操作 | 开发合成生物学中标准化、高通量且无错误的自动化DNA组装解决方案 | Golden Gate克隆工作流程及其在MoClo酵母工具包和SubtiToolKit上的应用验证 | 合成生物学 | NA | Golden Gate克隆、菌落PCR | NA | NA | 使用YTK在OT-2上获得17/17阳性菌落，在Flex上获得11/12，使用STK在OT-2上获得8/13；高通量组装中57种组合中的55种产生正确构建体 | Golden Gate Assembly | 酵母、枯草芽孢杆菌 | 基础转录单元构建、多部件组装 | 工业生物技术 |
| 9 | 2026-02-21 |
Engineering Basal Cognition: Minimal Genetic Circuits for Habituation, Sensitization, and Massed-Spaced Learning
2026-Feb-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00766
PMID:41666326
|
研究论文 | 本文采用合成生物学方法，设计并模拟了能够实现非关联学习（如习惯化、敏感化和集中-分散学习效应）的最小遗传电路 | 通过构建基于激活子、抑制子、荧光报告基因和群体感应分子的合成电路，探索了单细胞系统中基础认知功能的实现，并比较了基因学习系统与神经系统的动态差异 | 研究主要基于模拟设计，尚未进行实验验证，且电路设计可能受限于现有调控元件的特性 | 探索最小遗传电路如何实现单细胞系统中的非关联学习，以理解基础认知功能的进化与工程挑战 | 单细胞系统（如原生生物和黏菌）中的遗传电路 | 合成生物学 | NA | 合成生物学方法，包括电路设计和模拟 | NA | 模拟数据 | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | 大肠杆菌, 酿酒酵母, 枯草芽孢杆菌, 哺乳动物细胞, 植物 | 设计合成电路，包括激活子、抑制子、荧光报告基因和群体感应分子，用于实现习惯化、敏感化和集中-分散学习效应 | 医学, 农业, 环境, 能源, 材料, 食品, 工业生物技术 |
| 10 | 2026-02-21 |
Synthesis of Plant-Inspired O-Acetylated Hemicellulose Structures in the Yeast Yarrowia lipolytica
2026-Feb-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00595
PMID:41611228
|
研究论文 | 本研究在解脂耶氏酵母中成功合成了植物来源的O-乙酰化半纤维素结构，包括β-葡甘露聚糖和β-葡聚糖 | 首次在酵母中重建植物半纤维素生物合成途径，并引入乙酰化修饰，生产出自然界中不存在的结构复杂乙酰化变体 | NA | 利用合成生物学方法在微生物工厂中生产具有特定理化性质的植物样半纤维素聚合物 | 半纤维素聚合物，特别是β-葡甘露聚糖和β-葡聚糖的乙酰化变体 | 合成生物学 | NA | 糖基转移酶表达、寡糖质量分析、组成和糖苷键分析 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly | 解脂耶氏酵母 | 半纤维素生物合成途径，包括糖基转移酶和乙酰转移酶的表达系统 | 生物材料, 制药 |
| 11 | 2026-02-21 |
Yeast Stress Response to Synthetic Constructs
2026-Feb-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00715
PMID:41615018
|
综述 | 本文综述了合成生物学中酵母作为底盘细胞时，外源构建体如何引发细胞应激反应，并总结了减轻应激负担的设计策略 | 系统性地提出了“应激组”概念，整合了多种应激通路对合成构建体的响应，并综述了包括CRISPR电路重连、合成细胞器构建等新兴缓解策略 | NA | 理解合成构建体在酵母中引发的应激反应网络，并开发应激感知的设计原则以提高酵母系统的稳健性和产量 | 工程化酵母 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | CRISPR | 酵母 | NA | 工业生物技术 |
| 12 | 2026-02-21 |
Preclinical Evaluation of Synthetic Biology-Driven Engineered Escherichia coli Nissle 1917 as a Living Therapeutic for Sustained L-DOPA Delivery
2026-Feb-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00786
PMID:41628253
|
研究论文 | 本研究利用合成生物学方法开发了一种基于益生菌的活体生物治疗系统，用于持续稳定地递送L-DOPA，以缓解帕金森病的运动症状 | 首次通过合成生物学工程改造大肠杆菌Nissle 1917，作为口服活体治疗剂，实现L-DOPA的持续递送，相比传统口服片剂减少了副作用 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证，且工程菌的长期安全性和稳定性需进一步评估 | 开发一种非侵入性、口服给药的生物工程细菌疗法，用于帕金森病的慢性L-DOPA递送，以克服当前治疗方案的局限性 | 工程化的大肠杆菌Nissle 1917益生菌株，用于在体外和小鼠模型中生产并递送L-DOPA | 合成生物学 | 帕金森病 | 合成生物学方法 | NA | NA | 小鼠模型系统 | CRISPR-Cas9, 质粒工程 | 大肠杆菌 | L-DOPA表达系统，基于质粒的合成生物学驱动工程 | 医学 |
| 13 | 2026-02-21 |
Miniaturized CRISPR: Ultra Compact Systems for In Vivo Delivery and Portable Diagnostics
2026-Feb-19, Annals of biomedical engineering
IF:3.0Q3
DOI:10.1007/s10439-026-04046-4
PMID:41712125
|
综述 | 本文综述了小型化CRISPR系统（如Cas12f、CasX和迷你Cas9）在体内基因编辑和便携式诊断中的应用进展 | 总结了超紧凑CRISPR系统如何通过降低分子量和简化结构，克服传统SpCas9的递送和尺寸限制，并探讨AI辅助蛋白质设计和合成生物学带来的未来机遇 | NA | 综述小型化CRISPR系统在基因治疗和便携诊断中的进展与挑战 | 紧凑型Cas蛋白、引导RNA优化和小型化递送载体 | 合成生物学 | NA | CRISPR基因编辑 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Cas12f, CasX | 哺乳动物细胞 | NA | 医学 |
| 14 | 2026-02-21 |
From fermentation to function: a critical review of lactic acid bacteria redesign for functional foods and precision nutrition
2026-Feb-19, Critical reviews in food science and nutrition
IF:7.3Q1
DOI:10.1080/10408398.2026.2631641
PMID:41712255
|
综述 | 本文全面综述了合成生物学、基因组编辑和人工智能如何推动乳酸菌从传统食品应用向功能性食品和精准营养领域发展 | 系统整合了CRISPR菌株改良、微流控高通量筛选、AI增强的精准设计以及连接微生物组特征与特定乳酸菌功能的个性化营养框架等创新策略 | 面临全球监管差异、基因工程乳酸菌的伦理问题、先进发酵技术规模化相关的技术挑战以及消费者接受度等重大障碍 | 探讨乳酸菌在提升发酵食品质量（包括质地、风味和营养益处）方面的贡献，并推动其在功能性食品和精准营养中的创新应用 | 乳酸菌 | 合成生物学与精准营养 | NA | CRISPR、微流控高通量筛选、人工智能、多组学平台 | NA | NA | NA | CRISPR | 乳酸菌 | NA | 食品, 工业生物技术 |
| 15 | 2026-02-21 |
Engineered E. coli Nissle 1917 Depletes Branched-Chain Amino Acids to Suppress Colorectal Tumorigenesis
2026-Feb-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00804
PMID:41712535
|
研究论文 | 本研究通过工程化改造大肠杆菌Nissle 1917菌株，以消耗肠道中的支链氨基酸，从而抑制结直肠癌的发生和发展 | 开发了两种工程化益生菌株（ECN-Deg和ECN-Tra），首次通过靶向支链氨基酸代谢来抑制结直肠肿瘤发生，提供了一种基于合成生物学的癌症治疗新方法 | 研究基于AOM/DSS诱导的小鼠结直肠癌模型，尚未在人类临床试验中验证 | 探究工程化益生菌通过消耗支链氨基酸抑制结直肠肿瘤发生的效果和机制 | 结直肠癌小鼠模型及工程化大肠杆菌Nissle 1917菌株 | 合成生物学 | 结直肠癌 | 工程化菌株构建、小鼠模型实验 | NA | 实验数据 | AOM/DSS诱导的结直肠癌小鼠模型 | CRISPR-Cas9, 基因工程 | 大肠杆菌Nissle 1917 | 支链氨基酸降解或转运通路 | 医学 |
| 16 | 2026-02-21 |
BOTany Methods: Accessible Automation for Plant Synthetic Biology
2026-Feb-19, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiag066
PMID:41715940
|
研究论文 | 本文开发了一套模块化的BOTany方法，利用Opentrons OT-2机器人自动化植物合成生物学中的常见分子生物学实验流程 | 通过提供无需编码经验的验证协议，使入门级3D打印机器人更易用，降低了自动化实验的门槛 | NA | 提高植物合成生物学实验的自动化可及性，以增强实验可重复性和加速设计-构建-测试-学习循环 | 植物合成生物学中的分子生物学实验流程，如引物稀释、PCR设置、植物模块化克隆等 | 合成生物学 | NA | 自动化液体处理、分子克隆技术 | NA | NA | NA | Opentrons OT-2机器人 | 植物、细菌 | 植物模块化克隆(MoClo) | 农业、工业生物技术 |
| 17 | 2026-02-21 |
Generative AI for synthetic biology: Designing biological parts, circuits, and genomes
2026-Feb-18, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2026.101533
PMID:41713401
|
综述 | 本文探讨了生成式人工智能与合成生物学的融合，重点关注其在生物部件、电路和基因组设计中的应用 | 利用生成式AI实现数据驱动的新型生物设计，具有可预测功能和上下文感知精度，标志着生物设计方法的根本性转变 | NA | 分析生成式AI如何推动合成生物学进入可预测、可编程系统的新时代 | 生物分子元件、遗传电路和基因组 | 合成生物学 | NA | 生成式人工智能 | NA | NA | NA | NA | NA | 逻辑门、生物传感器、代谢途径等 | 医学、农业、环境、能源、材料、食品、工业生物技术 |
| 18 | 2026-02-21 |
What problem do you hope bioengineering or synthetic biology approaches will enable us to tackle in the next decade?
2026-Feb-18, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2026.101539
PMID:41713402
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 19 | 2026-02-21 |
Macrophages: Redefining extracellular matrix architecture through phenotypic switches as therapeutic targets
2026-Feb-14, Biomaterials
IF:12.8Q1
|
综述 | 本文综述了巨噬细胞在组织稳态和细胞外基质重塑中的核心作用，并探讨了靶向巨噬细胞表型转换的创新治疗策略 | 强调了巨噬细胞表型转换的时空精确调控是恢复组织稳态的基石，并提出了整合多组学、合成生物学和AI辅助生物材料开发“智能”治疗药物的未来方向 | 在实现时空精确调控以及平衡促修复与促纤维化结果方面仍存在挑战 | 阐明巨噬细胞生物学及其在细胞外基质重塑和疾病治疗中的转化潜力 | 巨噬细胞 | NA | NA | 多组学分析、合成生物学、AI辅助生物材料 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 20 | 2026-02-21 |
Multichannel genomic recording of biological information with ENGRAM
2026-Feb-11, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-025-01322-w
PMID:41673323
|
研究论文 | 本文提供了进行ENGRAM实验和分析数据的逐步协议，并讨论了其设计考虑、优势、局限性和应用 | ENGRAM利用prime编辑介导的插入来记录CRE活动，具有固有的多重化能力，例如四碱基对插入可代表多达256个不同CRE的活动，且与DNA Typewriter兼容以捕获信号顺序 | 需要用户具备分子生物学、哺乳动物细胞培养和DNA测序分析的基本技能，实验通常需5-6周完成 | 开发一种用于测量生物学时间动态的分子记录方法 | 顺式调控元件（CREs）的活动 | 合成生物学 | NA | DNA测序，prime编辑 | NA | DNA序列数据 | NA | CRISPR-Cas9（prime编辑），DNA Typewriter | 哺乳动物细胞 | 增强子介导的基因组记录电路，用于将CRE的瞬时活动转换为稳定的基因组记录 | 医学，工业生物技术 |