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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-10-31 |
Reprogramming the therapeutic fate of living biotherapeutic products for intestinal diseases via biomaterials
2027-Mar, Biomaterials
IF:12.8Q1
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综述 | 系统总结了利用脂质涂层、水凝胶、有机-无机杂化材料、抗体或功能蛋白以及细胞膜等生物材料修饰细菌表面的策略,并阐明其增强细菌性能的机制 | 聚焦于生物材料修饰细菌这一新兴领域,系统梳理多种表面修饰策略及其增强机制,并提出基于高通量平台、合成生物学和人工智能设计下一代生物材料修饰细菌的展望 | 作为综述文章,未提供原始实验数据,对各类修饰策略的定量比较和长期安全性评估有限 | 总结生物材料修饰细菌的策略与机制,为肠道疾病治疗中活体生物治疗产品的理性设计提供参考 | 活体生物治疗产品(LBP)及生物材料修饰细菌(BMB) | 生物医学工程 | 炎症性肠病, 结直肠癌 | NA | NA | 文本 | NA | NA | 细菌 | NA | 医学 |
| 2 | 2026-10-31 |
Optogenetic Tool for Controlling p53 Signaling Pathway
2027, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-5687-7_14
PMID:42955637
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研究方法学论文 | 该文介绍了一种光遗传学系统Opto-p53,通过蓝光诱导二聚化系统重构p53功能结构域,实现对内源性p53转录活性的光控激活,并提供细胞系构建、光刺激、成像和数据分析的详细实验方案 | 利用蓝光诱导二聚化系统重构p53功能结构域,直接对内源性p53转录网络进行光控激活,克服了化学诱导和CRISPRa/CRISPRi在时间分辨率和空间特异性上的局限 | 仅定位于p53信号通路的方案描述,未展示大规模内源转录网络操控数据;依赖光刺激设备和细胞系工程化改造;体内应用和长期光毒性未评估 | 建立光遗传学工具以精确时空控制内源性p53转录活性,为研究p53依赖的转录应答提供可控激活平台 | 内源性p53转录因子及其下游转录网络、工程化细胞系 | 合成生物学, 光遗传学 | 癌症 | 光遗传学, 蓝光诱导二聚化(LID), 荧光成像, 转录报告系统 | NA | 图像, 荧光信号, 转录活性数据 | NA | 蓝光诱导二聚化系统(LID), 基因工程细胞系构建 | 哺乳动物细胞 | 光控p53转录激活回路(Opto-p53) | 医学, 生物医学研究 |
| 3 | 2026-10-31 |
Expression of Human CYP2D6 in Artificial Cells Based on Polymer-Lipid Hybrid Vesicles
2026-Nov-12, Chembiochem : a European journal of chemical biology
IF:2.6Q3
DOI:10.1002/cbic.70572
PMID:42960696
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研究论文 | 该研究利用基于聚合物-脂质杂化囊泡的人工细胞,在其中表达人源CYP2D6酶 | 首次在巨大聚合物-脂质杂化囊泡基人工细胞中利用无细胞蛋白表达系统成功表达具有酶活性的人源CYP2D6,并揭示嵌段共聚物的含量和组成通过改变膜性质影响蛋白表达 | 未明确说明CYP2D6的表达量及酶活性的具体定量数据,且杂化囊泡中聚合物与生物组分之间的复杂相互作用仍需进一步解析 | 构建能够表达功能性、生物医学相关酶的人工细胞,并探究聚合物性质对人工细胞功能的影响 | 基于聚合物-脂质杂化囊泡的人工细胞及人源CYP2D6酶 | 合成生物学 | NA | 无细胞蛋白表达系统 | NA | NA | NA | NA | 利什曼原虫无细胞系统 | NA | 医学 |
| 4 | 2026-10-31 |
Nitrene generation and transfer for unnatural biosynthesis in living cells
2026-Nov, Nature chemistry
IF:19.2Q1
DOI:10.1038/s41557-026-02224-4
PMID:42613447
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研究论文 | 该文章展示了在活细胞内通过细胞色素P450催化N-芳基氮宾的生成和转移,实现从简单碳源合成非天然产物 | 首次证明活细胞内代谢中间体可进行分子间氮宾转移反应,并利用进化酶从廉价可再生原料合成药物和农药常见子结构 | 未明确提及 | 扩展合成生物学可生产化合物的范围,利用非天然反应在活细胞内合成复杂化合物 | 活细胞内的代谢中间体(N-乙酰氧基苯胺)及细胞色素P450酶 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、酶定向进化 | NA | NA | NA | NA | 活细胞(未具体说明) | 生物合成途径(N-乙酰氧基苯胺生物合成与氮宾转移偶联) | 医药,农业 |
| 5 | 2026-10-31 |
Synthetic Biology and Soft Robotics in Biohybrid Kidney Replacement: A Conceptual Framework and Translational Roadmap
2026-Nov, Artificial organs
IF:2.2Q3
DOI:10.1111/aor.70242
PMID:42764249
|
综述 | 本文提出一个概念性框架,探讨将合成生物学与软体机器人技术整合到生物混合肾脏替代治疗中,并规划其转化路线图 | 提出“赛博肾单位”概念,即耦合活体肾/血管细胞与柔性机械和流体接口的工程化功能单元,并组织为具有可分离过滤、小管转运、内分泌支持和控制模块的模块化肾脏辅助装置(MRAD),同时应用技术就绪水平(TRL)区分已建立、临床前和概念性组件 | 该框架属于假设生成性研究框架而非近期临床解决方案,许多关键组件(如自主肾脏基因回路、主动免疫隔离、持久血管整合、全植入闭环控制)仍处于临床前或概念阶段(TRL 1-2),且面临血栓形成、氧输送、细胞成熟、遗传稳定性、机械疲劳、功率需求、网络安全以及活体-设备组合产品监管等重大障碍 | 探讨合成生物学和软体机器人在生物混合肾脏替代治疗框架中的潜在整合,并制定分阶段验证的转化路线图 | 慢性肾脏病患者的肾脏替代治疗 | 合成生物学, 软体机器人, 生物医学工程 | 慢性肾脏病 | NA | NA | 文献 | NA | NA | 哺乳动物细胞 | 自主肾脏基因回路(概念性) | 医学 |
| 6 | 2026-10-31 |
Recent biotechnological advances and technology readiness level of natural products derived from marine fungi
2026-Nov, 3 Biotech
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s13205-026-05113-2
PMID:42952969
|
综述 | 该综述分析了百余种海洋真菌来源的生物活性化合物,聚焦其化学多样性、生物活性、商业化现状、经济相关性及技术成熟度(TRL),并讨论了商业化障碍与提升策略 | 系统评估海洋真菌天然产物的技术成熟度等级(TRL),并针对不同应用领域(药物、营养品、化妆品、工业酶)分别给出TRL区间,同时整合菌株改良、发酵优化、OSMAC、基因组挖掘、代谢工程和CRISPR/Cas通路工程等多种提升TRL的策略 | 多数化合物仍处于早期开发阶段(TRL 1-3),仅约10-20种已上市;代谢物产量低且不稳定、结构复杂、法规与生物勘探限制、转化投资与工业基础设施不足,以及后期开发的高财务与技术风险 | 分析海洋真菌来源天然产物的化学多样性、生物活性与商业化潜力,评估其技术成熟度并识别商业化障碍,提出提升TRL与促进可持续循环生物经济的策略 | 海洋真菌来源的天然产物(次级代谢产物),包括聚酮、生物碱、萜类、肽类、氮杂菲酮等百余种生物活性化合物 | 天然产物生物技术,海洋生物技术,合成生物学,工业生物技术 | 癌症,感染性疾病(抗菌、抗病毒) | 生物勘探,发酵优化,化学酶合成,OSMAC,原位产物移除,基因组挖掘,代谢工程,化学基因组学,CRISPR/Cas通路工程 | NA | 文献数据,化合物信息 | 一百多种海洋真菌来源的生物活性化合物 | CRISPR-Cas9 | 海洋真菌 | 代谢通路工程与途径工程(用于次级代谢产物生产) | 医药,食品(营养品),化妆品,工业生物技术,环境 |
| 7 | 2026-10-31 |
Yeast-Based Platforms for Next-Generation Human Health Applications
2026-Oct-30, FEMS yeast research
IF:2.4Q3
DOI:10.1093/femsyr/foag058
PMID:42961032
|
综述 | 系统综述了酵母平台在人类健康应用中的转化演进,涵盖合成生物学工具包、糖基工程、人工智能辅助设计以及疫苗、治疗酶和活体生物治疗产品等临床应用 | 将传统及非常规酵母重新定义为可扩展的生物制造工厂和先进的活体治疗产品,并强调人工智能驱动的基因表达预测和菌株设计等数据驱动范式 | 作为综述文章,未提供原始实验数据,且对具体技术细节和临床转化中的挑战讨论有限 | 探讨酵母平台在下一代人类健康应用中的转化演进和未来方向 | 酿酒酵母、Komagataella phaffii、布拉氏酵母、解脂耶氏酵母等传统及非常规酵母 | 合成生物学 | NA | CRISPR介导的多重编辑、模块化克隆框架、高通量分泌筛选、糖基工程、人工智能预测 | NA | 文本 | NA | CRISPR-Cas9 | 酿酒酵母, Komagataella phaffii, 布拉氏酵母, 解脂耶氏酵母 | NA | 医学, 工业生物技术 |
| 8 | 2026-10-31 |
Natural and engineered bacteriophages against multidrug-resistant ESKAPE pathogens: current landscape and clinical translation
2026-Oct-29, Future microbiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1080/17460913.2026.2752147
PMID:42953984
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综述 | 本文综述了天然和工程化噬菌体对抗多重耐药ESKAPE病原体的研究进展、工程改造策略及临床转化面临的挑战 | 系统总结了尾纤维修饰、解聚酶和内溶素增强、CRISPR基因组编辑及计算设计噬菌体鸡尾酒等合成生物学改造策略,并批判性分析了临床转化的科学和监管障碍 | 缺乏临床试验数据,监管框架不明确,缺少GMP级生产,药代动力学变异大 | 探讨工程化噬菌体对抗ESKAPE病原体的改造方法,识别限制临床应用的障碍,并概述广泛采用所需的关键步骤 | 多重耐药ESKAPE病原体及针对其的天然和工程化噬菌体 | 合成生物学、医学微生物学 | 医院获得性感染 | CRISPR基因组编辑、尾纤维修饰、解聚酶工程、内溶素增强、计算设计 | NA | 文本 | NA | CRISPR-Cas | 噬菌体、细菌 | 噬菌体鸡尾酒、工程化噬菌体 | 医学 |
| 9 | 2026-10-31 |
Engineering Methylobacterium as a C1 biomanufacturing platform: Metabolic architecture, regulatory networks, and synthetic biology strategies
2026-Oct-29, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2026.109086
PMID:42957139
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综述 | 系统综述了甲基杆菌作为C1生物制造平台的代谢结构、调控网络与合成生物学策略,并提出产物-底盘匹配框架 | 首次系统整合甲基杆菌从甲基营养模式生物到可编程C1底盘的转变,提出产物-底盘匹配框架,并总结稀土开关型PQQ依赖甲醇氧化、H₄MPT介导甲醛缓冲及丝氨酸循环与EMC途径偶联的独特代谢架构 | 当前在产量、得率和规模化方面仍存在瓶颈,调控控制、通量协调与鲁棒性增强等方向尚待突破 | 总结甲基杆菌作为C1生物制造平台的代谢架构、调控网络与合成生物学工程策略,并展望未来发展方向 | 甲基杆菌属(Methylobacterium)及其甲基营养代谢与调控网络 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 文本 | NA | NA | 甲基杆菌(Methylobacterium) | 全局转录调控、代谢阀门控制、光-甲基营养配置 | 工业生物技术, 医学, 农业, 环境 |
| 10 | 2026-10-31 |
ΔNAzyme: A Foundational QM/MM Δ-Machine Learning Potential for Nucleic Acid Enzyme Catalysis
2026-Oct-27, Journal of chemical theory and computation
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jctc.6c01635
PMID:42937653
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研究论文 | 本文提出了一种名为ΔNAzyme的基础性QM/MM Δ-机器学习势,用于核酸酶催化反应的高精度模拟 | 构建了针对核酸酶的Δ-机器学习势,通过DFTB3到PBE0/6-31G*的校正实现目标精度,并比较了Deep Potential和MACE架构,发现MACE具有更强的可迁移性 | 摘要中未明确提及 | 开发用于核酸酶催化反应预测的计算框架,提高多尺度模拟的精度和效率 | 核酸酶,包括核酶、脱氧核酶和XNAzyme | 计算生物化学,机器学习 | NA | QM/MM模拟,机器学习势,DFTB3,PBE0/6-31G* | Deep Potential,MACE | QM/MM模拟数据(能量和力) | 涵盖多种核酸酶类别的QM/MM模拟训练集 | NA | NA | NA | 生物技术,合成生物学,医学 |
| 11 | 2026-10-31 |
Small genomes, big lessons: What viruses teach us about structure-based riboregulation
2026-Oct-26, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2026.10.001
PMID:42933405
|
综述 | 本文综述了RNA病毒中基于RNA结构的调控机制,并探讨了其与真核生物转录组中结构介导的基因调控的相似性 | 将病毒RNA结构调控与真核生物基因控制进行类比,强调RNA结构作为基因表达的核心调控层,并指出其广泛的治疗和合成生物学潜力 | 文中未明确提及具体局限性,但作为综述,可能缺乏原始实验数据且对病毒结构调控的全面性受限于现有研究 | 总结RNA病毒中RNA结构调控的机制,并揭示其在真核生物中保守的基因控制原理 | 多种RNA病毒家族及真核生物转录组 | RNA生物学, 病毒学, 基因调控 | NA | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学, 合成生物学 |
| 12 | 2026-10-31 |
Bacterial R-bodies with common morphologies and unrolling dynamics are phylogenetically scattered, indicating extensive lateral gene transfer and wide application potential
2026-10-21, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.00864-26
PMID:42725757
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研究论文 | 该文研究了来自六种假单胞菌门的R体,比较其形态、遗传数据和展开动力学,发现R体在系统发育上分散且存在广泛横向基因转移,并首次将其分为快速爆发和慢速两类 | 首次基于高帧率光镜视频记录将R体分为快速爆发和慢速酸性诱导伸展两类动力学,并提出该标准可能最适合选择生物技术应用的R体工具 | 文章未明确说明每种R体的具体样品数量,且仅研究了六种假单胞菌门的R体,横向基因转移使得基于遗传数据的统一框架受到干扰 | 整合R体的遗传学、形态学和展开动力学,为建立R体生物技术工具箱提供依据 | 来自六种假单胞菌门的R体,包括系统发育多样的内共生菌和非内共生菌 | 合成生物学 | NA | 电子显微镜、高帧率光镜视频记录 | NA | 图像、视频、遗传数据 | 六种假单胞菌门的R体 | NA | 假单胞菌门细菌 | NA | 医学、工业生物技术 |
| 13 | 2026-10-31 |
Elucidating the effect of spatial localization on metabolic systems
2026-Oct-07, Journal of the Royal Society, Interface
DOI:10.1098/rsif.2025.1328
PMID:42947372
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研究论文 | 该研究结合自下而上的基本构建块研究和自上而下的具体案例研究,探讨空间定位/区室化对代谢系统的影响 | 揭示了空间定位对代谢基序的结构不变量和多种非直观效应,引入并分析了空间控制系数,发现了定位在代谢网络工程中的多种权衡 | 未明确提及具体局限性 | 理解空间组织对细胞内生物分子网络的影响,特别是代谢系统中空间定位/区室化的效应 | 代谢系统及代谢网络 | 系统生物学 | NA | 系统生物学建模、空间成像、数据处理 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学, 工业生物技术 |
| 14 | 2026-10-31 |
Multi-omics dissection of transcriptional and post-transcriptional responses in cyanobacterial high-light adaptation
2026-Oct-06, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiag713
PMID:42778180
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研究论文 | 该研究通过整合转录组和蛋白质组分析,揭示了蓝细菌耐高光菌株中少量点突变介导高光耐受性的协调网络机制 | 结合多组学手段系统解析了NdhF1F124L和EF-G2R461C两个关键点突变如何通过协调转录和转录后调控网络赋予蓝细菌高光耐受性,并发现磷酸盐代谢调控在高光适应中的重要作用 | 未在摘要中明确说明研究局限性 | 阐明少量点突变介导蓝细菌高光耐受性的分子机制,为合成生物学底盘开发提供理论基础 | 蓝细菌Synechocystis sp. PCC 6803的实验室型菌株和高光耐受型菌株 | 合成生物学、微生物学 | NA | 转录组学、蛋白质组学、多组学整合分析 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据 | NA | NA | Synechocystis sp. PCC 6803 | NA | 合成生物学、工业生物技术 |
| 15 | 2026-10-31 |
Biomedical applications of antimicrobial peptides: Multifunctional mechanisms, engineering strategies, and therapeutic development
2026-Oct-03, International journal of antimicrobial agents
IF:4.9Q1
|
综述 | 本文综述了抗菌肽的来源、结构特征、主要抗菌机制、细菌耐药机制、设计优化策略及其在生物医学领域的应用前景与挑战 | 系统整合了抗菌肽的多功能机制、工程化设计策略(自组装纳米结构、联合疗法、靶向修饰)以及人工智能驱动设计、纳米技术和合成生物学等前沿发展方向 | 抗菌肽的临床应用仍面临稳定性有限、潜在毒性和制造成本高等障碍 | 全面概述抗菌肽的多功能机制、工程策略和治疗开发,为未来抗感染治疗提供参考 | 抗菌肽(AMPs) | 生物医学 | 感染性疾病 | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学, 材料 |
| 16 | 2026-10-31 |
Endophytes for climate-resilient agriculture: Mechanisms and systems-level insights
2026-Oct, Plant physiology and biochemistry : PPB
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.plaphy.2026.111850
PMID:42901084
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综述 | 系统综述内生菌通过多种机制增强作物气候适应性的研究进展,并强调多组学和系统级方法的应用 | 从系统级视角整合多组学、微生物组工程、合成生物学和精准农业,提出开发稳健内生菌技术和微生物联合体的路径 | 田间表现不稳定、环境适应性有限、制剂和递送困难、宿主微生物兼容性问题、生态互作复杂、生物安全及监管要求等制约农业转化 | 综述内生菌在气候韧性农业中的作用机制,并探讨其农业应用的限制与系统级解决方案 | 植物内生细菌和真菌及其与作物的互作关系 | 农业微生物组学 | NA | 多组学、微生物组工程、合成生物学、精准农业 | NA | 文献 | NA | NA | 植物 | NA | 农业、环境 |
| 17 | 2026-10-31 |
Regulatory cascade of NdpR and NdpR2 in controlling nicotine degradation operons in Sphingomonas melonis TY
2026-09-23, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.01130-26
PMID:42584087
|
研究论文 | 该文阐明了Sphingomonas melonis TY中NdpR和NdpR2协同调控尼古丁降解操纵子的级联调控机制,并基于此构建了可编程的多因子基因回路 | 揭示了NdpR和NdpR2在重叠靶启动子上的多层級联调控网络,提出了转录和蛋白质水平协同作用的双锁调控机制,并开发了响应尼古丁、2,5-DHP和IPTG的双向可逆多因子基因回路 | 研究主要基于结构模拟和突变分析,缺乏体内动态实时监测数据;异源宿主应用仅在假单胞菌JY-Q中验证,普适性有待进一步评估 | 解析NdpR和NdpR2调控尼古丁降解操纵子的层级关系和分子机制,并开发可编程调控工具 | Sphingomonas melonis TY中的TetR家族调控蛋白NdpR和AraC家族调控蛋白NdpR2及其靶启动子 | 合成生物学 | NA | 结构分析、定点突变、分子模拟 | NA | 文本、结构数据 | NA | NA | Sphingomonas melonis TY, Pseudomonas sp. JY-Q | 多因子基因回路(双向可逆响应尼古丁、2,5-DHP和IPTG) | 环境, 工业生物技术 |
| 18 | 2026-10-31 |
Metabolic engineering of Komagataella phaffii for enhanced production of heterologous proteins and small molecules: key strategies and future directions
2026-08-19, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.00110-26
PMID:42461011
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综述 | 综述了通过代谢工程改造Komagataella phaffii(毕赤酵母)以提高异源蛋白和小分子产量的关键策略及未来方向 | 系统总结了代谢通量控制、动态调控、系统建模、底盘细胞优化等策略在毕赤酵母代谢工程中的应用进展 | 作为综述文章,未提供新的实验数据,主要基于已有文献归纳,缺乏对具体策略的定量比较和实验验证 | 总结毕赤酵母代谢工程的研究进展,分析核心优化策略,并指出当前挑战和未来发展方向 | Komagataella phaffii(毕赤酵母)表达系统及其代谢工程改造策略 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、合成生物学、计算生物学 | NA | 文本 | NA | NA | Komagataella phaffii | 代谢通量控制、代谢动态控制、底盘细胞优化 | 医药,工业生物技术 |
| 19 | 2026-10-31 |
Entomopathogenic fungi as microbial platforms for tyrosine kinase-oriented inhibitor discovery
2026-Aug-03, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-026-13975-y
PMID:42957862
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综述 | 本文综述了昆虫病原真菌作为微生物平台用于发现酪氨酸激酶抑制剂的研究进展,涵盖基因组挖掘、生物合成逻辑、途径调控和代谢工程策略 | 系统性地提出昆虫病原真菌作为酪氨酸激酶抑制剂发现的新微生物资源,强调其编码的隐性生物合成基因簇和合成生物学潜力 | 仅有限数量的昆虫病原真菌代谢物被实验验证为直接酪氨酸激酶抑制剂,大多数证据仍停留在间接调控激酶相关信号通路的层面 | 探讨昆虫病原真菌在酪氨酸激酶抑制剂发现中的生物技术开发潜力,为真菌次级代谢产物的转化开发提供生物技术框架 | 昆虫病原真菌及其产生的次级代谢产物和生物合成基因簇 | 天然产物药物发现 | 癌症 | 基因组挖掘,合成生物学,代谢工程,异源表达 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学,工业生物技术 |
| 20 | 2026-10-31 |
Tunable low-rate genomic recombination with Cre-lox in Escherichia coli: a versatile tool for anoxic environmental biosensing and synthetic biology
2026-04-22, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.01768-25
PMID:41870091
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研究论文 | 该文章开发了一种在大肠杆菌中可紧密调控、低速率基因组重组的Cre-lox系统,并应用于缺氧环境下的亚砷酸盐生物传感 | 开发了可滴定、低基础活性的Cre重组酶系统,实现低速率遗传记忆;构建了基于重组记忆的亚砷酸盐全细胞生物传感器,可在缺氧条件下记录暴露并在好氧条件下延迟荧光读数 | 未明确说明系统的动态范围、长期稳定性及在复杂环境样本中的性能 | 开发可调控的低速率基因组重组工具,用于环境生物传感和合成生物学应用 | 大肠杆菌(Escherichia coli)及亚砷酸盐 | 合成生物学 | NA | Cre-lox重组系统 | NA | 荧光信号 | NA | Cre-lox | 大肠杆菌 | 基于Cre重组酶的遗传记忆开关 | 环境监测,合成生物学 |