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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-09-24 |
Characterization of OsNrx3i1, the first intron of rice OsNrx3 gene, as a candidate intron-mediated enhancement element for synthetic promoter engineering
2027-Feb, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2026.06.006
PMID:42529265
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研究论文 | 该研究鉴定水稻OsNrx3基因第一内含子OsNrx3i1作为内含子介导增强(IME)元件,并对其在合成启动子工程中的应用进行了表征 | 首次将水稻OsNrx3基因第一内含子表征为IME元件,发现其增强效应依赖于5'转录区的位置,并鉴定出一个抑制性上游开放阅读框(uORF),通过破坏该uORF和优化5'UTR支架释放其全部潜力,在合成启动子中使活性提高达65倍 | 所有测试的内含子均表现出上下文依赖和宿主特异性效力,OsNrx3i1在双子叶植物中仅显示可检测活性,且其增强效果需要插入5'转录区,应用范围可能受限 | 表征OsNrx3i1作为候选IME元件,探索其在植物合成启动子工程中的应用潜力 | 水稻OsNrx3基因第一内含子OsNrx3i1,水稻原生质体和稳定转基因植物,以及双子叶植物 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 水稻,双子叶植物 | 合成启动子,内含子介导增强元件 | 农业,工业生物技术 |
| 2 | 2026-09-24 |
Superfolder Green Fluorescent Protein (sfGFP): A Versatile Tool for Biotechnology Research
2026-Oct, Applied biochemistry and biotechnology
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s12010-026-05783-x
PMID:42307699
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综述 | 本文综述了超折叠绿色荧光蛋白(sfGFP)作为一种多功能生物技术工具的特性、应用场景及其局限性。 | 本文的创新之处在于重新定位sfGFP的核心价值——并非亮度和光稳定性的普遍优越性,而是在于其在损害传统GFP变体折叠或性能的条件下仍能保持荧光的能力,并系统梳理了sfGFP在困难融合蛋白、分裂片段互补系统、环状排列生物传感器支架、重组表达平台及分泌相关流程中的应用。 | sfGFP的荧光仍对pH敏感,其单体行为可能依赖具体环境,且光稳定性未针对长时间高强度光照进行优化。 | 阐述sfGFP作为生物技术研究工具的适用场景、优势与局限,并指导其按应用需求进行选择和基准比较。 | 超折叠绿色荧光蛋白(sfGFP)及其与传统GFP变体、新型绿色荧光蛋白的比较。 | 合成生物学 | NA | 蛋白质工程、融合标签表达、分裂片段互补、环状排列生物传感器、无细胞系统 | NA | 文本 | NA | NA | 活细胞 | 分裂片段互补系统、环状排列生物传感器支架 | 医学, 工业生物技术 |
| 3 | 2026-09-24 |
Microbial Metabolic Strategies for Environmental Detoxification: From Enzymatic Mechanisms to Synthetic Biology and Omics
2026-Oct, Applied biochemistry and biotechnology
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s12010-026-05797-5
PMID:42371328
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综述 | 综述微生物代谢策略在环境解毒中的应用,涵盖酶机制、合成生物学与组学技术 | 整合微生物酶系统、合成生物学、代谢工程与组学方法,系统提出微生物代谢用于环境解毒的多维度策略 | 面临环境条件限制、监管问题及可持续性挑战,且大规模应用仍受制约 | 探讨微生物代谢在环境解毒中的机制与应用,推动大规模污染治理 | 微生物(包括细菌、真菌等)及其代谢途径、酶系统与微生物群落 | 合成生物学, 环境生物技术, 组学 | NA | 宏基因组学, 转录组学, 蛋白质组学, 代谢工程, 生物强化, 生物刺激, 植物修复辅助微生物降解 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 环境, 工业生物技术 |
| 4 | 2026-09-24 |
Predicting transcriptional regulators in plants in the era of artificial intelligence
2026-Oct, Current opinion in plant biology
IF:8.3Q1
DOI:10.1016/j.pbi.2026.102955
PMID:42648065
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综述 | 本文综述了在人工智能时代,如何利用多组学整合和AI技术预测植物中的转录调控因子及其靶标 | 系统总结了从单基因研究到网络水平调查的转变,并探讨了多组学与AI(包括机器学习和深度学习及基础模型)如何重塑植物转录调控预测 | 未具体说明现有方法在植物调控网络预测中的准确性、可解释性和泛化能力等方面的局限 | 总结网络赋能的基因发现进展,讨论多组学和AI如何改变转录靶标预测,并展望其在作物改良和合成生物学中的应用 | 植物转录调控因子及其靶标、调控网络 | 机器学习 | NA | 多组学整合、机器学习、深度学习、基础模型 | 机器学习、深度学习、基础模型 | 多组学数据、测序数据 | NA | NA | 植物 | NA | 农业、合成生物学 |
| 5 | 2026-09-24 |
Engineering a protein homodimer from a heterodimer: A chimeric DBHS protein
2026-Oct, Protein science : a publication of the Protein Society
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/pro.70799
PMID:42765842
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研究论文 | 本文设计并表征了一种嵌合DBHS蛋白,使其从异源二聚体转变为同源二聚体,并进行了生物化学和结构分析 | 首次成功设计出模拟异源二聚体界面的同源二聚体DBHS蛋白,证明了工程化改变DBHS蛋白伴侣偏好的可行性 | 未明确说明该嵌合蛋白是否完全保留天然DBHS蛋白的功能活性,且未在体内验证其应用 | 理解DBHS蛋白伴侣偏好的分子决定因素,并设计具有同源二聚体特性的嵌合DBHS蛋白 | 果蝇行为/人类剪接(DBHS)蛋白家族,包括SFPQ、NONO和PSPC1 | 结构生物学 | NA | X射线晶体学、生物化学表征、蛋白质工程 | NA | 蛋白质结构数据、生物化学实验数据 | NA | NA | NA | NA | 医学、合成生物学 |
| 6 | 2026-09-24 |
Electroactive Microbiomes: Electron Transfer Mechanisms and Environmental Biotechnology Applications
2026-Oct, Environmental microbiology reports
IF:3.6Q2
DOI:10.1111/1758-2229.70419
PMID:42773529
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综述 | 本文综述了电极活性微生物组的胞外电子传递机制及其在环境生物技术中的应用,并提出了机制-界面-功能-成熟度框架 | 提出机制-界面-功能-成熟度框架,将胞外电子传递与生物膜生态、微生物组-电极组织、环境过程性能和转化成熟度相连接,并强调电子传递路径是系统依赖的而非普遍排序的机制 | 混合群落中的机制归因困难,长期稳定性不足,缺乏标准化,规模化困难,能量与质量平衡、生物安全性、技术经济可行性和法规兼容性等仍存在障碍,且跨研究数值比较因多种影响因素而不恰当 | 连接胞外电子传递与生物膜生态、微生物组-电极组织、环境过程性能及转化成熟度,评估电极活性微生物组在环境生物技术中的应用 | 电极活性微生物组,即与胞外矿物、氧化还原活性化合物、电极或伙伴生物交换电子的混合微生物群落 | 环境生物技术 | NA | 多组学,代谢建模,合成生物学,先进材料,人工智能 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 环境,能源,工业生物技术 |
| 7 | 2026-09-24 |
[Research progress in synthesis of cordycepin by microorganisms]
2026-Sep-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.260120
PMID:42773651
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综述 | 系统综述了虫草素生产从传统发酵到合成生物学制造的发展历程,重点分析了微生物细胞工厂构建和虫草素合成的突破性进展 | 从合成生物学视角系统梳理虫草素生物制造的发展轨迹,提出利用酶工程和合成生物学构建高效、环保、智能化虫草素生物制造技术的展望 | 作为综述文章,未提供原始实验数据,主要基于现有文献分析,缺乏对具体技术路线的实验验证 | 综述虫草素生物合成的研究进展,为构建高产虫草素菌株提供理论支持和技术参考,促进虫草素产业化 | 虫草素及其微生物生产体系 | 合成生物学 | NA | 合成生物学、酶工程、发酵工程 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医药、工业生物技术 |
| 8 | 2026-09-24 |
[Recent progress in algal-bacterial symbiotic and mutualistic systems]
2026-Sep-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.260133
PMID:42773652
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综述 | 该综述系统总结了藻菌共生和互惠系统的基本互作类型、调控机制、使能技术及其在环境修复和生物制造中的应用 | 聚焦于工程化互惠菌群的理性重构使能技术,整合了单细胞动态监测、人工智能驱动设计平台以及自上而下与自下而上相结合的合成群落工程策略 | 目前在机制理解、物种特异性、长期系统稳定性和生态风险评估方面仍存在研究挑战 | 为推进合成生物学驱动的资源利用和绿色生物制造提供理论指导和技术支撑 | 藻菌共生和互惠系统 | 合成生物学 | NA | 单细胞动态监测、多组学分析、计算建模 | 人工智能驱动设计平台 | NA | NA | NA | 藻类,细菌 | 合成菌群工程(互惠菌群的理性重构) | 环境,能源,工业生物技术 |
| 9 | 2026-09-24 |
[Research progress and prospects of cyanobacterial cell factories for ethylene production]
2026-Sep-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.260210
PMID:42773649
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综述 | 系统总结了利用光合蓝细菌细胞工厂实现太阳能驱动CO2直接转化为乙烯的研究进展,涵盖EFE催化机制、关键遗传元件筛选优化、代谢工程策略及培养工艺优化 | 全面整合了蓝细菌乙烯合成领域的最新进展,从EFE核心催化机制到代谢工程策略(基因拷贝数扩增、前体供给增强、碳通量重定向、副产物抑制缓解)及培养工艺优化,并系统提出未来发展方向 | 蓝细菌乙烯产量和效率低、遗传稳定性不足、大规模培养存在瓶颈 | 为建立稳健高效的蓝细菌乙烯生产细胞工厂提供理论基础,推动其实际应用 | 光合蓝细菌细胞工厂 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、合成生物学 | NA | 文本 | NA | NA | 蓝细菌 | 乙烯合成代谢途径 | 工业生物技术、能源 |
| 10 | 2026-09-24 |
[Microenvironmental regulation strategies and applications of yeast surface display systems]
2026-Sep-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.260250
PMID:42773648
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综述 | 系统阐述酵母表面展示(YSD)微环境的组成、调控策略及其在工业生产、生物医学和环境修复中的应用 | 从细胞壁、胞内环境和胞外区室三层微环境协同调控的角度系统总结YSD性能优化策略 | 当前微环境调控在精准性、兼容性和稳定性方面仍面临挑战 | 总结YSD微环境的核心组成与靶向调控策略,推动其性能优化和工业转化 | 酵母表面展示系统及其三层微环境(细胞壁、胞内环境、胞外区室) | 合成生物学 | NA | NA | NA | 文本 | NA | NA | 酵母 | 多酶共展示的空间排列 | 工业生物技术, 医学, 环境 |
| 11 | 2026-09-24 |
[Construction of an anti-phage network system based on synergistic mechanisms and its applications in synthetic biology]
2026-Sep-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.260142
PMID:42773658
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研究论文 | 该研究通过整合受体工程与协同防御机制,构建了一个高效、广谱、低毒的噬菌体防御网络系统,并应用于工业发酵菌株以抵抗噬菌体污染。 | 首次发现Shedu与Septu之间的协同抗噬菌体机制,并结合受体工程构建了抗噬菌体网络系统,显著提高了对多种噬菌体的广谱抗性。 | 未明确提及该系统在更广泛工业环境中的长期稳定性及对未知噬菌体的防御效果。 | 解决单一抗噬菌体策略易被噬菌体自发突变逃逸、保护效果有限且适用性差的问题,提高工业发酵过程的稳定性。 | 工业发酵菌株(如核黄素和L-亮氨酸生产菌株)及多种噬菌体(T4、λ、P251、P255、T1、T7)。 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 工业发酵菌株(如核黄素和L-亮氨酸生产菌株) | 抗噬菌体网络系统(整合Shedu和Septu协同防御机制及受体工程) | 工业生物技术 |
| 12 | 2026-09-24 |
Inhibitors of nutrient pathways: nature's overlooked antibiotic arsenal
2026-Sep-23, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/d6np00036c
PMID:42387997
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综述 | 本文综述了靶向细菌营养代谢途径的天然产物抗生素,将其分为生物合成抑制剂、抗代谢物、前抗代谢物和核糖开关抑制剂四类。 | 系统整合了73类被忽视的靶向营养代谢的天然产物抗生素,提出了四类机制分类,并指出了营养丰富筛选培养基导致此类活性被掩盖的方法学偏见。 | 作为综述文章,未提供原始实验数据;所述化合物的体内疗效和临床转化潜力仍需进一步验证。 | 呼吁将营养途径抑制剂重新纳入抗生素发现管线,以拓展抗菌靶点空间并应对耐药性挑战。 | 靶向细菌营养生物合成和利用途径的天然产物抗生素 | 药物发现 | 细菌感染 | NA | NA | 文本 | 73类化合物 | NA | NA | NA | 医学 |
| 13 | 2026-09-24 |
Regulatory cascade of NdpR and NdpR2 in controlling nicotine degradation operons in Sphingomonas melonis TY
2026-Sep-23, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.01130-26
PMID:42584087
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研究论文 | 该研究揭示了Sphingomonas melonis TY中NdpR和NdpR2通过级联调控网络协同控制尼古丁降解操纵子的分子机制,并基于此构建了可编程多因子基因回路 | 首次阐明了TetR家族NdpR和AraC家族NdpR2在尼古丁降解中的层级级联调控关系,提出了转录和蛋白质水平的双锁调控机制,并开发了对尼古丁、2,5-DHP和IPTG具有双向可逆响应的多因子基因回路 | NA | 阐明NdpR和NdpR2在尼古丁降解操纵子调控中的层级关系和分子机制,并开发可编程调控工具 | Sphingomonas melonis TY中的NdpR和NdpR2调控蛋白及其靶标启动子,尼古丁降解操纵子 | 合成生物学 | NA | 结构分析、突变分析、分子模拟 | NA | 分子结构数据、基因表达数据 | NA | NA | Sphingomonas melonis TY, Pseudomonas sp. JY-Q | 多因子基因回路,具有对尼古丁、2,5-DHP和IPTG的双向可逆响应 | 合成生物学, 环境 |
| 14 | 2026-09-24 |
Complete Pathway Refactoring and Combinatorial Biosynthesis of Anthracyclines for Modulation of Histone Eviction and DNA Damage Bioactivities
2026-Sep-23, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.1050964
PMID:42775423
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研究论文 | 该文章报道了一个模块化合成生物学平台,用于在链霉菌中完全重构和组合生物合成蒽环类化合物,以调节组蛋白驱逐和DNA损伤生物活性 | 开发了模块化合成生物学平台,将三个完整生物合成途径(nogalamycin、doxorubicin和aclacinomycin)重构为四个功能模块,实现了高效组合生物合成,产生了16种衍生物,其中13种为新类似物,并发现了具有组蛋白驱逐活性但无DNA双链断裂的候选分子 | 未明确提及该研究的局限性 | 开发模块化合成生物学平台,用于蒽环类化合物的完全重构和组合生物合成,以探索新型抗癌药物并解耦心脏毒性与抗癌活性 | 蒽环类化合物(nogalamycin、doxorubicin、aclacinomycin)及其衍生物,以及人类癌细胞系 | 合成生物学 | 癌症 | 合成生物学、组合生物合成、标准化合成DNA部件 | NA | NA | 16种衍生物,其中13种为新类似物,并在人类癌细胞系中进行筛选 | NA | Streptomyces coelicolor M1152ΔmatAB | 四个功能模块:苷元生物合成、TDP-碳水化合物形成、糖基化和后修饰反应 | 医学 |
| 15 | 2026-09-24 |
Advances in the HAK/KUP/KT potassium transporter family in regulating Na+/K+ homeostasis and salt tolerance in plants
2026-Sep-22, Annals of botany
IF:3.6Q1
DOI:10.1093/aob/mcag193
PMID:42384214
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综述 | 本文系统综述了植物HAK/KUP/KT钾转运蛋白家族在调控Na+/K+稳态和耐盐性方面的研究进展 | 系统整合了HAK/KUP/KT家族在盐胁迫下维持Na+/K+平衡的多层次调控网络,包括钙信号、转录调控、表观遗传和翻译后修饰,并揭示了盐生植物与甜土植物间转运蛋白功能分化的悖论现象 | 作为综述文章,未提供原始实验数据,对HAK/KUP/KT家族成员的具体分子机制和信号通路的描述仍基于已有研究,缺乏系统性实验验证 | 系统阐述HAK/KUP/KT钾转运蛋白家族在植物响应钾缺乏和盐胁迫中的功能及调控机制,为耐盐作物遗传改良提供理论依据 | 植物HAK/KUP/KT钾转运蛋白家族,涵盖多种植物物种包括农作物和木本植物 | 植物分子生物学 | NA | NA | NA | 文本 | NA | 基因编辑, 合成启动子, 合成生物学 | 植物 | NA | 农业 |
| 16 | 2026-09-24 |
Bioinspired organic materials for seamless neurohybrid interfaces: from material design to living electronics
2026-Sep-22, Materials horizons
IF:12.2Q1
DOI:10.1039/d6mh00280c
PMID:42468887
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综述 | 本文综述了用于无缝神经混合界面的仿生有机材料,从材料设计到活体电子学,重点介绍了有机混合离子-电子导体、先进聚合物化学和可调性能软材料在实现无缝集成中的作用 | 从神经元动态结构中汲取灵感,涵盖模拟神经元结构和功能的材料,并探索了聚合和合成生物学等新方法来实现活体神经电子学 | 作为聚焦文章,可能未涵盖所有相关材料和技术,且活体神经电子学的实现仍处于早期探索阶段 | 探讨如何利用仿生有机材料实现神经混合界面的无缝集成,以记录和刺激大脑活动,从而理解和治疗神经疾病 | 神经混合界面、有机混合离子-电子导体、先进聚合物、软材料、神经元 | 生物电子学, 材料科学, 神经工程 | 神经疾病 | 有机混合离子-电子导体, 聚合物化学, 合成生物学 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学, 生物工程 |
| 17 | 2026-09-24 |
The iModulon framework: how x-AI reveals microbial regulatory logic
2026-Sep-22, mSystems
IF:5.0Q1
DOI:10.1128/msystems.00228-26
PMID:42584158
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综述 | 该文章综述了基于独立成分分析(ICA)的iModulon框架,用于从大规模原核生物转录组数据中分解出独立调控的基因模块,并介绍了iModulonDB 3.0数据库及其跨物种比较应用 | 提出了iModulonDB 3.0,包含53个物种、71个ICA分解和33,062个RNA-seq样本,首次系统性地进行跨物种iModulon结构比较,发现了13个保守调控模块和谱系特异性程序 | 文章讨论了iModulon重建和计算的设计原则与局限性,但具体局限性未在摘要中明确说明 | 综述iModulon框架的数据科学原理、计算工作流和数据库基础设施,并展示跨物种比较应用 | 原核生物转录组数据,包括53个物种的33,062个RNA-seq样本 | 机器学习 | NA | RNA-seq, ICA | ICA | 文本 | 33,062个RNA-seq样本,来自53个物种 | NA | NA | NA | 医学, 工业生物技术 |
| 18 | 2026-09-24 |
Rhizosphere engineering 2.0: Predictive microbiome design for climate-resilient agriculture, sustainable food production, and global food security
2026-Sep-22, Plant science : an international journal of experimental plant biology
IF:4.2Q1
DOI:10.1016/j.plantsci.2026.113469
PMID:42772460
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综述 | 本文提出根际工程2.0(RE 2.0)框架,整合系统生物学、多组学、生态网络分析、合成生物学、人工智能和精准农业,实现预测性微生物组设计,以应对气候变化、可持续粮食生产和全球粮食安全 | 从经验性微生物组工程转向预测性、系统级框架,在田间部署前预测和设计微生物组组成与功能,整合AI和数字孪生引导的微生物组预测 | 生态复杂性、引入微生物田间持久性差、机制理解不完整、生物安全和监管约束等转化挑战 | 通过预测性微生物组设计推进可持续农业集约化、气候韧性、土壤修复和全球粮食安全 | 植物-土壤-微生物组共生体、根际微生物群落、合成微生物群落、根系分泌物 | 机器学习, 合成生物学, 精准农业 | NA | 多组学, 生态网络分析, 合成生物学, 人工智能, 数字孪生, CRISPR | NA | 多组学数据, 生态网络数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 植物, 微生物 | 合成微生物群落, 根系分泌物工程, 代谢通路 | 农业, 环境 |
| 19 | 2026-09-24 |
Designing gene expression with MPRA and AI: A new paradigm for synthetic and therapeutic regulation
2026-Sep-22, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2026.109049
PMID:42772476
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综述 | 本文综述了条形码MPRA技术与人工智能建模相结合,用于设计合成和治療性基因表达调控元件。 | 将条形码MPRA技术与深度学习建模融合,实现合成调控元件的预测性推断和从头设计,并强调数据高效和跨情境泛化设计。 | 当前技术和概念上仍存在局限,包括跨情境泛化能力、数据效率以及临床相关调控控制系统的安全性等问题。 | 综述MPRA和AI建模在顺式调控元件工程中的进展,提出下一代顺式调控工程和基因治疗的路线图。 | 顺式调控元件(CREs)、条形码MPRA平台、AI驱动建模框架、合成调控元件。 | 合成生物学 | NA | MPRA, 深度学习建模 | 深度学习模型 | 序列数据 | NA | NA | NA | NA | 医学, 工业生物技术 |
| 20 | 2026-09-24 |
Microbial partnerships and molecular mechanisms in plant stress physiology for climate-resilient and sustainable farming
2026-Sep-08, Planta
IF:3.6Q1
DOI:10.1007/s00425-026-05140-6
PMID:42709227
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综述 | 本文综述了植物-微生物伙伴关系及其分子机制在植物胁迫生理中的作用,并探讨了多组学、人工智能和合成生物学在气候适应型和可持续农业中的应用 | 整合生态学、生理学和分子生物学视角,提出将人工智能与大数据分析结合多组学工具用于优化微生物组策略,实现靶向生物接种剂和合成微生物群落的精准设计 | 未涉及具体实验验证,主要基于现有文献的理论整合,缺乏田间规模化应用的实际数据 | 探讨植物-微生物互作及其分子机制在植物胁迫生理中的作用,为气候适应型和可持续农业提供新策略 | 植物相关微生物群落、植物-微生物互作、根际微生物 | 机器学习 | NA | 多组学,NGS,RNA-seq,代谢组学,宏基因组学 | NA | 文本 | NA | NA | 植物 | 合成微生物群落 | 农业,环境 |