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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-03-18 |
Growth factor applications and clinical translation: advances and challenges
2026-Dec, Annals of medicine
IF:4.9Q1
DOI:10.1080/07853890.2026.2642893
PMID:41837883
|
综述 | 本文系统回顾了生长因子的分类、基础研究进展及其在神经退行性疾病、骨再生和代谢紊乱等领域的应用,并深入分析了临床转化中的主要挑战与解决方案 | 通过整合当前进展与限制,为加速下一代生长因子疗法发展提供了全面的路线图和技术参考,强调多学科整合以提升精准性、安全性和疗效 | 生长因子的临床转化仍受限于药代动力学特性不佳、精确递送困难、潜在副作用以及高昂的工业化生产成本 | 加速生长因子疗法的临床转化,以应对退行性疾病、组织损伤和代谢紊乱 | 生长因子及其在再生医学、肿瘤学和代谢调节中的应用 | NA | 神经退行性疾病、骨再生、代谢紊乱 | 蛋白质工程、化学修饰、智能响应递送系统(如基于细胞外囊泡的平台)、多因子顺序释放技术 | NA | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | 医学 |
| 2 | 2026-03-18 |
p-Benzoyl-l-phenylalanine as a Multifunctional Noncanonical Amino Acid in Synthetic Biology: Photoprobing, Photocatalysis, and Structural Programming for Biocontainment
2026-Mar-16, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202525502
PMID:41664298
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综述 | 本文综述了对苯甲酰-L-苯丙氨酸(pBzF)作为一种多功能非经典氨基酸在合成生物学中的应用,涵盖光探针、光催化和结构编程等领域 | 确立pBzF作为一种多功能光化学和结构基元,用于构建具有非天然、光响应和催化功能的蛋白质 | NA | 探讨pBzF在合成生物学中的多功能应用,包括光化学、结构编程和生物控制 | pBzF作为一种非经典氨基酸及其在蛋白质工程中的应用 | 合成生物学 | NA | 遗传编码、定向进化、光化学技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学、工业生物技术 |
| 3 | 2026-03-18 |
RNA Aptamers and Epitranscriptomics: Charting Unexplored Territories in RNA Biology
2026-Mar-16, Molecular diagnosis & therapy
IF:4.1Q1
DOI:10.1007/s40291-026-00841-w
PMID:41838348
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perspective | 本文探讨了RNA适配体与表观转录组学在RNA生物学中的交叉领域,聚焦于RNA修饰如何影响适配体折叠或结合,以及适配体如何用于检测或调控表观转录组状态 | 首次系统性地探索RNA适配体与表观转录组学之间的概念和机制重叠,提出其潜在融合作为创新前沿 | 这些领域之间的直接调控联系尚未完全阐明,需要未来研究进一步探索 | 激发RNA适配体和表观转录组学研究社区之间的讨论,并吸引对未来研究前沿的关注 | RNA适配体(通过SELEX等方法体外选择的单链RNA寡核苷酸)和表观转录组修饰(如m6A、Ψ、m5C) | RNA生物学 | NA | SELEX(系统进化配体指数富集)及相关方法 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 诊断学、治疗学、分子传感、合成生物学、转录后调控、RNA基础治疗 |
| 4 | 2026-03-18 |
CRISPR-Cas9: Genome Engineering and Future Vaccine Applications
2026-Mar-16, Molecular biotechnology
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s12033-026-01563-4
PMID:41840308
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综述 | 本文综述了CRISPR-Cas9系统及其衍生平台在疫苗设计中的应用,探讨了其从基因治疗工具向疫苗学关键资产转变的潜力与挑战 | 系统性地将CRISPR-Cas9技术从传统基因编辑领域拓展到疫苗设计领域,提出了结合合成生物学实现精准、可编程疫苗的新范式 | 存在脱靶编辑风险、体内递送效率低以及转基因疫苗监管路径不明确等技术转化障碍 | 探讨CRISPR-Cas9技术在疫苗开发中的应用前景与挑战 | CRISPR-Cas9系统及其衍生平台(碱基编辑、先导编辑、CRISPRi/a) | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9、碱基编辑、先导编辑、CRISPRi/a | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | NA | NA | 医学 |
| 5 | 2026-03-18 |
Deep Learning Revolutionizes Protein Research: Advances in Structure Prediction, Functional Annotation, and Engineered Design
2026-Mar-14, Journal of biotechnology
IF:4.1Q2
DOI:10.1016/j.jbiotec.2026.03.012
PMID:41839238
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综述 | 本文综述了深度学习如何通过一个“预测-理解-创造”的协同循环,从根本上变革蛋白质研究,连接结构预测、功能注释和理性设计 | 提出了一个将结构预测、功能注释和蛋白质设计整合为一体的统一框架,展示了深度学习如何催化这三个领域形成自我强化的循环 | 数据稀缺性、模型可解释性以及分布外泛化能力方面仍存在挑战 | 阐明深度学习在蛋白质科学研究中的革命性作用,并展示一个整合的“预测-理解-创造”范式 | 蛋白质(特别是单域球状蛋白质)及其结构、功能和设计 | 机器学习 | NA | 深度学习,多模态模型,生成式AI,逆向折叠模型,冷冻电镜与AI结合 | AlphaFold2,端到端深度学习模型,多模态模型,生成式AI模型 | 蛋白质序列数据,3D坐标数据,相互作用数据 | NA | NA | NA | NA | 药物开发,合成生物学 |
| 6 | 2026-03-18 |
A reversible small-molecule-switchable self-amplifying RNA expression platform
2026-Mar-14, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2026.151436
PMID:41839281
|
研究论文 | 本研究开发了一种可逆小分子开关控制的自扩增RNA表达平台,用于精确调控基因表达 | 首次将自扩增RNA设计为可编程基因回路,实现FDA批准小分子配体对多个下游基因的独立可逆调控 | NA | 开发可控的RNA治疗和合成生物学应用平台 | 自扩增RNA构建体、报告基因(荧光素酶和荧光蛋白) | 合成生物学 | NA | RNA工程、脂质纳米颗粒封装 | NA | 体外和体内实验数据 | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | 哺乳动物细胞 | 包含不稳定结构域、RNA结合蛋白L7Ae、四环素响应阻遏蛋白和k-turn RNA基序的多基因调控回路 | 医学、工业生物技术 |
| 7 | 2026-03-18 |
Versatile 2-Oxoglutarate-Dependent Dioxygenases Catalyze Radical-Mediated Multifunctional Skeleton Reconstructions and Oxidation Modifications of Taxoids
2026-Feb-26, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.6c01169
PMID:41746272
|
研究论文 | 本文表征了两种新型2-氧戊二酸依赖性双加氧酶TcOGD1和TcOGD2,它们能催化紫杉烷类化合物的骨架重构和氧化修饰,揭示了紫杉烷结构多样性的形成机制 | 发现了具有催化多功能性的新型双加氧酶,能实现从6/8/6到5/7/6、-5/7/6和6/12框架的骨架重构,以及多个位点的氧化修饰,扩展了紫杉烷二萜的化学空间 | NA | 探索5/7/6紫杉烷类化合物的化学多样性和生物合成途径 | 紫杉烷二萜类化合物,特别是5/7/6框架的紫杉烷如taxuspine J | 合成生物学 | NA | 酶促反应、NMR光谱学 | NA | 化学结构数据、光谱数据 | 通过放大酶促反应鉴定了一系列化合物,包括taxuspine J和15种-5/7/6紫杉烷,并从植物中分离出五种新型-5/7/6紫杉烷 | 酶工程、合成生物学 | NA | NA | 医药 |
| 8 | 2026-03-18 |
Molecular adaptations and engineering of extremophiles for synthetic biology and biotechnological applications
2026, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2026.1754802
PMID:41834871
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综述 | 本文综述了极端微生物的分子适应机制及其在合成生物学和生物技术应用中的工程化研究 | 整合了系统发育学、比较基因组学以及CRISPR/Cas基因组编辑、基因组尺度代谢模型等前沿技术,探讨了极端微生物在可持续工业生物技术和气候变化缓解中的潜力 | NA | 探讨极端微生物的适应机制,并研究如何通过工程化手段将其特性应用于合成生物学和生物技术 | 极端微生物(包括古菌、细菌和真核生物)及其酶(极端酶) | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas基因组编辑,基因组尺度代谢模型,比较基因组学 | NA | 基因组数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 嗜温生物 | NA | 工业生物技术,环境 |
| 9 | 2026-03-18 |
A protein-fragment complementation assay to quantify synthetic protein scaffold efficiency
2026, Synthetic biology (Oxford, England)
DOI:10.1093/synbio/ysag003
PMID:41836103
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于二氢叶酸还原酶蛋白质片段互补分析(DHFR PCA)的方法,用于量化合成蛋白质支架在酵母中的效率 | 首次将DHFR PCA应用于酵母中蛋白质支架效率的定量研究,并识别了影响支架效率的关键因素,如PBD-肽相互作用强度和结合可用性 | 研究主要聚焦于酵母模型,可能不直接适用于其他生物系统,且支架表征依赖于生长速率耦合,可能受其他因素影响 | 探索和量化合成蛋白质支架在酵母中的效率,以优化支架设计工具 | 肽结合域(PBD)和肽的相互作用、支架架构和表达水平 | 合成生物学 | NA | 蛋白质片段互补分析(DHFR PCA) | NA | 生长速率数据 | NA | 蛋白质支架设计 | 酵母 | 蛋白质支架,用于诱导酶的空间接近性 | 工业生物技术 |
| 10 | 2026-03-18 |
Human Synthetic Biology and Programmable Gene Regulation Control
2025-08, Annual review of genomics and human genetics
IF:7.7Q1
|
综述 | 本文回顾了人类合成生物学领域在可编程基因调控系统方面的最新进展,重点介绍了多层级基因表达控制工具的发展及其在治疗应用中的潜力 | 强调了高通量人类合成生物学方法的发展,实现了在DNA、RNA和蛋白质水平上的模块化调控,并展示了合成基因程序在操纵细胞行为和提供信息方面的创新应用 | NA | 探讨人类合成生物学中可编程基因调控系统的开发与应用,以控制细胞表型和功能 | 人类细胞中的合成基因系统和调控工具 | 合成生物学 | NA | 高通量合成生物学方法 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN | 人类细胞 | 合成基因电路、逻辑门、生物传感器 | 医学 |
| 11 | 2026-03-18 |
Purification of post-transcriptionally modified tRNAs for enhanced cell-free translation systems
2025-Jun-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.10.658963
PMID:40661628
|
研究论文 | 本文开发了一种结合tRNA过表达和DNA杂交纯化的方法,用于纯化具有天然转录后修饰的tRNA,以增强无细胞翻译系统的性能 | 提出了一种灵活的方法,能高产高纯地生成修饰tRNA,解决了RNA生物化学中长期存在的挑战,并首次提供了关键tRNA的完整修饰谱 | NA | 开发一种纯化方法,以生产保留天然转录后修饰的tRNA,用于改进无细胞翻译系统和遗传密码扩展 | tRNA(转移RNA),特别是来自大肠杆菌和酿酒酵母的tRNA,以及工程化tRNA变体 | 合成生物学 | NA | DNA杂交纯化、tRNA过表达、细胞无翻译反应 | NA | NA | NA | NA | 大肠杆菌, 酿酒酵母 | NA | 工业生物技术 |
| 12 | 2026-03-17 |
Beyond text generation: large language models as autonomous agents for orchestrating synthetic biology cycles
2026-May, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2026.134309
PMID:41763131
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综述 | 本文探讨了大型语言模型(LLMs)作为自主代理在合成生物学设计-构建-测试-学习循环中的协调作用,超越了传统的文本生成功能 | 将LLMs定位为能够解析生物系统深层逻辑的语义引擎,并作为自主代理来协调合成生物学的完整实验周期,而非仅作为预测工具 | 新范式引入了计算成本高、可解释性不足以及伦理治理等深刻挑战 | 系统展示LLMs如何转变合成生物学的研究范式,从手动特征创建转向语义驱动方法,并探索其在可持续制造和医学等领域的应用前景 | 大型语言模型(LLMs)在合成生物学中的应用 | 自然语言处理 | NA | NA | 大型语言模型(LLMs) | 生物序列数据 | NA | NA | NA | NA | 医学, 工业生物技术 |
| 13 | 2026-03-17 |
Rhodo-Box: A Synthetic Biology Toolbox to Facilitate Metabolic Engineering of Rhodobacter sphaeroides
2026-Mar-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00808
PMID:41832780
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研究论文 | 本研究开发了Rhodo-Box,一个用于促进Rhodobacter sphaeroides代谢工程的合成生物学工具箱 | 通过适应和扩展Zymo-Parts模块化克隆框架,创建了包含复制起点、启动子、诱导表达系统、RBS和终止子的标准化遗传元件集合,并提供了半自动化的用户友好克隆方法 | NA | 为Rhodobacter sphaeroides提供标准化的遗传工具,以促进其作为可持续生物制造底盘的应用 | Rhodobacter sphaeroides及其遗传元件 | 合成生物学 | NA | 模块化克隆、遗传工程 | NA | NA | NA | Zymo-Parts, Gibson Assembly | Rhodobacter sphaeroides | 包含复制起点、启动子、诱导表达系统、RBS和终止子的合成生物学工具箱 | 工业生物技术 |
| 14 | 2026-03-17 |
Microplastic biodegradation and environmental safety: From microbial mechanisms to engineered systems and circular bio-based implementation
2026-Mar-14, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2026.120016
PMID:41833249
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综述 | 本文综述了微塑料的生物降解机制,从微生物作用到工程系统,并探讨了其在循环生物基框架中的实施与环境安全性 | 对微塑料生物降解过程进行了机理整合分析,明确区分了表面改性、解聚、生物转化和完全矿化等不同阶段,并特别关注了环境安全考量与循环生物基回收框架的整合可行性 | 尽管酶工程和合成生物学在受控条件下显著提高了解聚效率,但规模化、法规遵从性和生态系统层面的风险评估仍是核心挑战 | 评估微塑料生物降解的微生物机制、工程系统及在循环生物基实施中的环境安全性 | 微塑料(小于5毫米的合成聚合物颗粒)及其生物降解过程 | NA | NA | 微生物降解、酶降解、酶工程、合成生物学 | NA | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | 环境 |
| 15 | 2026-03-17 |
Biological reduction of Fenton sludge: Electron transfer mechanisms, regulatory strategies, and prospects
2026-Mar-13, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2026.134424
PMID:41833913
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综述 | 本文综述了芬顿污泥生物还原中的电子转移机制、调控策略及未来前景 | 聚焦于多机制动态耦合的电子转移网络框架,并详细阐述了增强机制间协同作用的调控策略 | NA | 促进芬顿污泥的资源化利用和生物铁还原的多样化发展 | 芬顿污泥 | 环境生物技术 | NA | 生物还原、遗传工程、微生物电化学技术 | NA | NA | NA | 遗传工程 | 铁还原细菌 | NA | 环境 |
| 16 | 2026-03-17 |
Research Progress and Prospects of Open-Chain Flavonoid Biosynthesis
2026-Mar-11, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00926
PMID:41810537
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综述 | 本文综述了开链黄酮类化合物的结构特征、生物合成途径研究进展、代谢工程与微生物生产策略,并展望了未来研究方向与生物技术应用前景 | 系统总结了开链黄酮这一特殊黄酮亚类的最新研究进展,整合了代谢组学、结构酶学和合成生物学等多学科发现,并对未来生物技术应用方向提出了前瞻性观点 | NA | 总结开链黄酮类化合物的研究进展并展望其未来研究方向与生物技术应用 | 开链黄酮类化合物(具有未环化三碳桥连接两个芳香环的特殊黄酮亚类) | 合成生物学 | NA | 代谢组学、结构酶学、合成生物学 | NA | NA | NA | 代谢工程、微生物生产 | NA | 开链黄酮生物合成途径 | 医药、生物技术 |
| 17 | 2026-03-17 |
Repositioning the Leader Peptide in Graspetide Biosynthesis
2026-Mar-06, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.5c21135
PMID:41789461
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研究论文 | 本研究通过重新定位前导肽序列在graspetide生物合成中的位置,开发了一种工程化策略,用于生成具有非天然翻译后修饰的机械互锁肽产物 | 将前导肽序列从N端重新定位至C端,并证明修饰酶活性得以保留,同时实现了两种不同家族酶(套索肽和graspetide)对同一前体肽的协同修饰 | 前导肽重新定位后酶修饰速率降低了约2倍 | 开发合成生物学策略以扩展核糖体合成和翻译后修饰肽(RiPPs)的结构多样性 | fuscimiditide前体肽及其graspetide合成酶ThfB | 合成生物学 | NA | 酶学重构、前体肽工程 | NA | 酶动力学数据、产物结构分析 | NA | 前导肽工程 | NA | 双前导肽引导的嵌合RiPP生物合成途径 | 工业生物技术 |
| 18 | 2026-03-17 |
Metabolic Engineering and Synthetic Biology-Driven Strategies to Harness Microbial Production of Adipic Acid: Current Status and Future Direction
2026-Mar-06, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00869
PMID:41790735
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综述 | 本文综述了利用代谢工程和合成生物学策略驱动微生物生产己二酸的当前进展与未来方向 | 系统总结了己二酸生物合成的挑战,并提出了通过先进代谢工程工具构建高效细胞工厂的策略,为商业化生物基己二酸生产提供指导 | 工业上可行的己二酸生物合成技术仍受限于原料利用不完全、菌株转化效率低、发酵过程复杂及下游分离成本高等挑战 | 开发可持续的己二酸生物合成技术,以应对市场需求增长和传统生产的环境问题 | 己二酸的生物合成途径、代谢工程策略及发酵与分离技术 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、合成生物学 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | 大肠杆菌、酿酒酵母、枯草芽孢杆菌等微生物 | 生物传感器、代谢通路、逻辑门等合成生物学电路 | 工业生物技术、材料、能源 |
| 19 | 2026-03-17 |
Stability and Reactivity of Alternative Nucleobases in Concentrated Sulfuric Acid
2026-Mar-03, Molecules (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/molecules31050845
PMID:41828832
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研究论文 | 本研究评估了14种商业可得的替代核碱基在浓硫酸中的稳定性,以探索其在该溶剂中形成DNA类似聚合物的潜力 | 首次系统研究了替代核碱基在浓硫酸中的稳定性,并识别出多个稳定且可溶的候选碱基,为在极端酸性环境中设计遗传类似聚合物提供了新方向 | 研究仅限于实验室条件下的短期稳定性评估,未验证这些碱基在浓硫酸中实际形成聚合物或进行碱基配对的能力 | 探索在浓硫酸等极端酸性溶剂中稳定存在的替代核碱基,以支持DNA类似聚合物的设计 | 14种商业可得的替代核碱基 | 合成生物学 | NA | 核磁共振光谱(H和C NMR) | NA | 光谱数据 | 14种化合物,在98%和81%浓硫酸中孵育3周 | NA | NA | NA | 天体生物学、行星科学、合成生物学 |
| 20 | 2026-03-17 |
Application of Enzyme Engineering and Synthetic Biology for Modulated Transformation of Fructooligosaccharides (FOSs) to Elucidate the Catalytic Mechanism of Fructofuranosidases
2026-Mar-03, Foods (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/foods15050843
PMID:41829116
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研究论文 | 本研究通过酶工程和合成生物学方法改造果呋喃糖苷酶,以提高果寡糖的转化效率并阐明其催化机制 | 构建了突变酶142P-242K,将果寡糖转化效率从29%提升至52%,并揭示了催化口袋修饰和底物亲和力变化是提高产量的主要因素 | 活性位点的疏水性和强氢键阻碍了从GF2合成nystose (GF3) | 提高果寡糖的酶法生产效率和阐明果呋喃糖苷酶的催化机制 | 果呋喃糖苷酶突变体142P-242K及其催化产物果寡糖 | 合成生物学 | NA | 酶工程、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 食品, 制药 |