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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-05-09 |
Engineering Corynebacterium glutamicum as a multifunctional biofactory for living therapeutic materials and controlled ectoine delivery
2026-Aug, Biomaterials advances
IF:5.5Q2
DOI:10.1016/j.bioadv.2026.214847
PMID:41950672
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研究论文 | 将谷氨酸棒杆菌工程化为多功能生物工厂,用于活体治疗材料和受控的依克多因递送 | 首次将谷氨酸棒杆菌作为多功能平台开发用于活体治疗材料,整合了生物感应、报告和依克多因生产功能,并实现了在聚合物基质中的封装与受控释放 | 未明确讨论在体内环境中的长期稳定性和免疫原性等潜在挑战 | 设计和构建工程化谷氨酸棒杆菌,用于活体治疗材料的开发及相关应用 | 谷氨酸棒杆菌菌株及基于聚合物的活体材料(膜-凝胶贴片和核壳水凝胶系统) | 合成生物学 | 炎症及应激相关疾病 | 合成生物学 | NA | 生物传感数据 | NA | 合成生物学 | Corynebacterium glutamicum | 生物传感器、报告系统、依克多因合成通路 | 医学, 环境 |
| 2 | 2026-05-09 |
Elucidating the regulatory role of the Shine-Dalgarno sequence in structural gene expression of the malolactic enzyme operon using a GFP/mCherry model
2026-May-08, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-026-04999-7
PMID:42101569
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研究论文 | 利用GFP/mCherry模型阐明苹果酸乳酸酶操纵子中Shine-Dalgarno序列对结构基因表达的调控作用 | 揭示了翻译偶联系统中Shine-Dalgarno序列通过上游翻译和局部mRNA结构的整合效应实现精细的蛋白质表达调控,发现强SD2序列在偶联系统中具有非线性、架构特异性的抑制效应 | NA | 探究苹果酸乳酸发酵中Oenococcus oeni的翻译后调控机制 | 苹果酸乳酸酶操纵子中的mleA和mleP基因,以及其Shine-Dalgarno序列 | 合成生物学 | NA | 定点突变,16S rRNA杂交能量预测,mRNA二级结构最小自由能计算 | NA | 荧光表达数据(GFP/mCherry比值) | 多个突变体变体 | NA | 大肠杆菌,乳酸乳球菌 | 并行GFP/mCherry报告系统(模拟天然重叠翻译偶联结构和工程化非重叠非偶联结构) | 合成生物学,食品生物技术(葡萄酒酿造) |
| 3 | 2026-05-09 |
Engineering a high-efficiency expression system in Tremella fuciformis using novel promoters and optimized transformation conditions
2026-May-08, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-026-05004-x
PMID:42101779
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研究论文 | 通过鉴定新型内源启动子和优化农杆菌转化方案,开发了银耳中高效表达系统 | 发现了三个强效内源启动子(P4、P5、P7),表达效率较对照高达67.8倍,并优于组成型启动子gpd达1476.74%;通过扫描电镜观察发现棕刚玉处理损伤酵母样细胞表面可提高转化子数量2.25倍 | 未提及系统在复杂代谢工程或大规模生产中的稳定性测试,仅以eGFP报告基因验证表达效率 | 开发银耳中高效表达系统以推动分子育种和合成生物学 | 银耳(Tremella fuciformis)及其酵母样细胞 | 合成生物学 | NA | 农杆菌介导转化、扫描电镜观察 | NA | 基因表达数据 | 涉及三种内源启动子和优化转化条件实验,具体样本数量未明确 | 农杆菌转化系统 | 银耳(Tremella fuciformis) | 高效表达系统(由启动子驱动报告基因eGFP表达) | 农业、工业生物技术 |
| 4 | 2026-05-09 |
Reprogramming probiotic for uric acid modular degradation and hyperuricemia treatment by synthetic biology regulation
2026-May-07, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-026-03022-w
PMID:42098719
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研究论文 | 通过合成生物学调控构建重组益生菌株,实现对尿酸的模块化降解,并用于高尿酸血症治疗 | 创新性地通过调节不同强度的核糖体结合位点实现尿酸降解模块的优化,并过表达尿酸转运蛋白和过氧化氢降解酶以提高降解效率 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化尚需进一步验证 | 开发安全有效的微生物策略用于高尿酸血症治疗 | 工程化大肠杆菌Nissle 1917菌株及其对高尿酸血症小鼠模型的治疗作用 | 机器学 | 高尿酸血症 | 合成生物学 | NA | 基因序列 | 小鼠模型 | CRISPR-Cas9 | 大肠杆菌Nissle 1917 | 尿酸降解模块 | 医学 |
| 5 | 2026-05-09 |
In vivo genetic circuit drives systemic PARP1 siRNA assembly into small extracellular vesicles for BRCA2-deficient breast cancer therapy
2026-May-05, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society
IF:10.5Q1
DOI:10.1016/j.jconrel.2026.114973
PMID:42097228
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研究论文 | 该研究开发了一种体内遗传电路,通过肝脏产生的小细胞外囊泡系统递送PARP1 siRNA,用于BRCA2缺陷型乳腺癌治疗 | 首次利用合成生物学方法,通过裸DNA质粒遗传电路在肝脏中编程产生并包装PARP1 siRNA进入内源性小细胞外囊泡,实现系统性递送和肿瘤特异性基因沉默 | 尚需进一步评估长期安全性与免疫原性,以及在不同肿瘤模型中的通用性 | 开发一种非病毒、系统性的RNA干扰策略,选择性抑制乳腺癌肿瘤中的PARP1,克服现有PARP抑制剂的局限 | BRCA2缺陷型乳腺癌及其小鼠模型(E0771和HCC1599) | 合成生物学 | 乳腺癌 | RNA干扰,小细胞外囊泡递送 | NA | NA | 两种原位乳腺癌小鼠模型:免疫健全的BRCA2缺陷型E0771模型和免疫缺陷的BRCA2突变异种移植HCC1599模型 | NA | 小鼠(肝脏细胞) | 遗传电路:包含CMV启动子驱动的pre-miR-155骨架中嵌入的PARP1特异性siRNA的裸DNA质粒 | 医学 |
| 6 | 2026-05-09 |
Common γ-chain cytokines in brain tumor immunotherapy: Biological barriers and advances in macromolecular delivery systems
2026-May-04, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2026.152288
PMID:42092664
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综述 | 本文探讨了常见γ链细胞因子在脑肿瘤免疫治疗中的应用,重点分析了生物屏障及大分子递送系统的进展 | 整合了生物材料技术、免疫工程和合成生物学,提出利用递送平台(如纳米颗粒、外泌体和细胞载体)解决细胞因子在脑肿瘤免疫治疗中的生物屏障和递送挑战,强调了联合免疫治疗以增强抗肿瘤效果 | 文中未具体提及该领域的临床试验结果或长期安全性数据,可能缺乏实证验证 | 分析常见γ链细胞因子在脑肿瘤免疫治疗中的生物屏障,并综述大分子递送系统的进展以提升治疗效果 | 脑肿瘤(特别是胶质瘤)及其免疫微环境中的细胞因子递送系统 | 机器学习 | 脑肿瘤(胶质瘤) | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 7 | 2026-05-09 |
Hybrid AI in synthetic biology: next era in agriculture
2026-May, Trends in plant science
IF:17.3Q1
DOI:10.1016/j.tplants.2025.08.011
PMID:40930858
|
研究论文 | 文章讨论混合人工智能在合成生物学中应用于农业的潜力 | 提出混合AI能够更有效地处理多组学复杂性,用于工程化气候智能、高产量作物,超越传统数据驱动方法 | 发挥全部潜力需要清晰的流程、精选的数据集和自动化平台 | 探索混合AI在合成生物学中推动农业转型的作用 | 多基因组、多性状、多环境数据以及作物工程 | 机器学习 | NA | NA | 混合AI | 多组学数据 | NA | NA | 作物 | NA | 农业 |
| 8 | 2026-05-09 |
Rewiring holobiont systems with synthetic biology
2026-May, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2025.09.017
PMID:41109795
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综述 | 本文综述了合成生物学如何帮助理解和操控全生物体(宿主及其微生物群组成的复杂群落)中的相互作用 | 提出了de novo全生物设计这一新领域,整合全生物研究与合成生物学,并重点介绍了细菌生物传感器、跨王国通讯工程、表面展示及CRISPR系统等前沿技术 | 未提及具体局限性 | 探索合成生物学在解析和操控全生物体相互作用中的应用,推动生物技术新前沿 | 全生物体(宿主与微生物群)及其相互作用 | 合成生物学 | NA | 细菌生物传感器设计、跨王国通讯工程、表面展示、CRISPR系统 | NA | NA | NA | CRISPR系统 | NA | 细菌生物传感器、跨王国通讯回路 | 生物技术 |
| 9 | 2026-05-09 |
Transforming toxic element remediation: a necessary path for 21st-century food security
2026-May, Trends in plant science
IF:17.3Q1
DOI:10.1016/j.tplants.2025.10.008
PMID:41139567
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综述论文 | 探讨利用基因编辑、合成生物学和混合技术修复有毒元素污染,以保障21世纪粮食安全 | 提出基因编辑和合成生物学等新兴技术可实现可扩展、永久性的土壤解毒和污染土地恢复,超越传统临时修复方法 | NA | 阐述新兴修复技术在应对全球有毒元素污染和保障粮食安全方面的潜力和必要性 | 有毒元素污染的土壤和农业系统 | 数字病理学 | NA | 基因编辑、合成生物学 | NA | 文本 | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN | 植物 | 修复途径、生物传感器 | 农业, 环境 |
| 10 | 2026-05-09 |
Context-aware synthetic promoter design using neural networks enables rewiring of eukaryotic transcriptional networks
2026-Mar-17, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-026-00684-5
PMID:41844670
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研究论文 | 提出一种基于人工神经网络(ANN)的框架,用于酿酒酵母中情境感知的合成启动子设计,实现转录网络的重新编程 | 首次实现启动子与转录因子结合位点的情境感知重组,无需先验实验表征即可实现高达98.4%的抑制率,并成功重编程酵母转录网络 | 未提及模型的可推广性至其他物种或复杂多转录因子系统的验证,且筛选的启动子数量有限 | 开发可扩展的预测方法用于工程化调控序列和重编程转录逻辑 | 酿酒酵母天然启动子与TetR和Mig1转录因子结合位点的兼容性 | 合成生物学 | NA | 人工神经网络(ANN) | ANN | 序列数据 | 共筛选6,011个天然酵母启动子 | 启动子工程 | 酿酒酵母 | 合成启动子-转录因子结合位点重组,葡萄糖依赖性基因调控回路 | 工业生物技术 |
| 11 | 2026-05-09 |
Multichannel genomic recording of biological information with ENGRAM
2026-Feb-11, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-025-01322-w
PMID:41673323
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protocol | 提供ENGRAM实验的逐步操作协议及数据分析方法,阐述其设计要点、优势与局限,并展示在多路信号记录和高通量CRE筛选中的应用 | ENGRAM利用引物编辑介导的插入记录顺式调控元件活性,支持高多重性(如4碱基对插入可代表多达256种不同CRE),并与DNA Typewriter兼容以捕获信号顺序 | 未明确提及自身局限,但可能包括对分子生物学和细胞培养技能的要求,以及实验周期约5-6周 | 通过ENGRAM实现生物信息的多通道基因组记录,为研究时间动态生物学提供新范式 | 顺式调控元件及其在哺乳动物细胞中的活性 | 合成生物学 | NA | 引物编辑、DNA测序 | NA | 基因组序列数据 | NA | 引物编辑 | 哺乳动物细胞 | ENGRAM记录电路(增强子介导的多路活动基因组记录) | 分子记录、高通量筛药 |
| 12 | 2026-05-09 |
Developmentally inspired synthetic kidney engineering
2026-Feb-10, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-026-03011-9
PMID:41667710
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综述 | 提出一种受发育启发的合成肾脏工程策略,利用胚胎肾脏的组织构建过程来推动体外多尺度结构形成 | 将体内发育的空间和时间线索应用于体外组织工程,利用合成生物学、空间图案化和组织微环境控制工具来引导期望组织基元的发展 | 临床转化受限于结果可变性、细胞类型缺失、功能成熟度不足以及可扩展性不现实 | 开发可规模化生产的、临床可行的肾脏替代组织工程策略 | 肾脏组织及干细胞衍生的肾脏类器官 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 合成生物学、空间图案化 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | 哺乳动物细胞 | 组织基元引导回路 | 医学 |
| 13 | 2026-05-09 |
Leveraging AI for cell biology discovery
2026-01-08, Biochemical Society transactions
IF:3.8Q2
DOI:10.1042/BST20253023
PMID:41502213
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综述 | 本文探讨了人工智能在细胞生物学发现中的应用,涵盖显微镜、成像、药物发现和合成生物学等领域 | 系统总结了AI在单细胞分辨率分析、复杂模式识别和细胞行为预测方面的进展 | 数据质量要求高、模型可解释性不足以及AI工具普及性有限 | 综述AI在细胞生物学中的应用与未来方向 | 细胞生物学数据、显微图像、转录组数据等 | 机器学习和数字病理学交叉领域 | 不适用 | 深度学习、单细胞转录组分析 | CNN | 图像、文本、基因表达数据 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 医学, 基础研究 |
| 14 | 2026-05-09 |
The renaissance of Salmonella-based cancer therapy: convergence of AI, synthetic circuits, and TME remodeling
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1790215
PMID:42099610
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综述 | 综述沙门氏菌癌症治疗领域的复兴,探讨人工智能、合成电路和肿瘤微环境重塑如何克服历史障碍 | 提出从静态减毒到动态理性设计的转变,强调合成生物学和人工智能工具(如Cello和SHASI-ML)如何使沙门氏菌成为智能微机器人,实现安全递送和精准免疫刺激 | 未明确讨论免疫原性-安全性权衡中仍存在的挑战或大规模临床转化的潜在障碍 | 阐述下一代工程沙门氏菌作为免疫调节因子将冷肿瘤转变为热环境,增强检查点抑制剂和化疗效果的潜力 | 减毒沙门氏菌及其在肿瘤微环境中的工程化应用 | 合成生物学, 人工智能 | 癌症 | 合成生物学, 人工智能 | Cello, SHASI-ML | NA | NA | CRISPR-Cas9, Cello | 沙门氏菌 | 同步裂解系统、缺氧响应逻辑门、代谢通路(如天冬酰胺耗竭) | 医学 |
| 15 | 2026-05-09 |
BPP Bioportide™-mediated (genetic) transformation in cyanobacteria: a rapid and simplified approach for efficient molecular translocation and genome modification
2026, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2026.1812316
PMID:42100039
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研究论文 | 本文系统评估了一种基于蛋白质的DNA递送系统BPP Bioportide™在多种蓝藻菌株中的转化效率,并优化了关键因素 | 首次将BPP Bioportide™蛋白递送系统应用于蓝藻基因工程,实现低DNA输入量(10 ng)下的高效转化,并成功改造了非模式菌株 | DNA摄取窗口较窄,且转化效率受DNA类型、宿主倍性和筛选条件等多因素影响 | 开发一种快速、简化且广谱的蓝藻遗传转化方法 | 蓝藻菌株包括集胞藻PCC 6803、聚球藻PCC 7942和蓝丝藻UTEX 3153 | 合成生物学 | NA | BPP Bioportide™介导的DNA递送、同源重组、菌落PCR | NA | NA | 三种蓝藻菌株 | BPP Bioportide™蛋白递送系统 | 集胞藻PCC 6803, 聚球藻PCC 7942, 蓝丝藻UTEX 3153 | NA | 工业生物技术, 碳中和生物技术 |
| 16 | 2026-05-09 |
Plant microbiome engineering: from inoculation to genome editing
2026, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2026.1781381
PMID:42100688
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综述 | 整合分子遗传学、微生物生态学和系统级微生物组设计,将植物及其微生物组视为可工程化的全生物,并探讨从接种到基因组编辑的微生物组工程策略 | 首次在一个统一的概念框架内整合CRISPR介导的植物-微生物工程、微生物组的生态稳定性以及气候适应性农业应用,并提出AI辅助决策框架和全生物工程化视角 | 生态稳定性、性状权衡、生物安全和监管挑战限制了大规模部署 | 提出一个从经验性接种向预测性、可持续和社会责任性农业生物技术转变的整合框架 | 植物相关微生物组及其与植物的相互作用 | 机器学习, 数字农业 | NA | CRISPR/Cas基因组编辑, RNA干扰, 合成微生物群落设计, 多组学分析, 机器学习和生态建模 | 机器学习模型, 生态模型 | 多组学数据 | NA | CRISPR-Cas9, RNA干扰 | 植物, 微生物 | NA | 农业 |
| 17 | 2026-05-09 |
Interchromosomal contacts between regulatory regions trigger stable transgenerational epigenetic inheritance in Drosophila
2025-Feb-20, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2024.11.021
PMID:39667935
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研究论文 | 本研究揭示了果蝇中调控区域间的染色体间接触如何触发稳定的跨代表观遗传,并鉴定了关键的蛋白因子及其作用机制 | 首次证明染色质接触本身足以建立跨代表观遗传,并阐明了Pleiohomeotic和GAGA因子在招募Polycomb抑制复合体2及介导染色体间接触中的具体作用 | 未在体内直接观察染色体间接触的动态过程,且研究仅限于果蝇模型,其跨代表观遗传机制在哺乳动物中的普适性尚待验证 | 阐明果蝇中Fab-7调控元件半合子状态如何通过染色体间接触触发稳定的跨代表观遗传 | 果蝇(Drosophila)Fab-7调控元件及其同源基因座 | 分子生物学 | NA | 突变分析, 体内合成生物学系统诱导 | NA | 表观遗传数据 | NA | NA | 果蝇 | NA | NA |
| 18 | 2026-05-09 |
Multi-modal deep learning enables efficient and accurate annotation of enzymatic active sites
2024-08-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51511-6
PMID:39187482
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研究论文 | 介绍了一种名为EasIFA的多模态深度学习算法,用于高效准确地注释酶活性位点 | 通过融合蛋白质语言模型和3D结构编码器的潜在酶表示,并使用多模态交叉注意力框架对齐蛋白质信息与酶反应知识,实现速度与精度的双重提升 | 未明确提及,但可能涉及对稀疏高质量数据库的建模能力依赖或泛化性验证不足 | 开发快速准确的酶活性位点注释方法,解决现有算法在速度和精度之间的权衡问题 | 酶的活性位点注释及其在药物发现、疾病研究、酶工程和合成生物学中的应用 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 多模态深度学习模型(包含蛋白质语言模型和3D结构编码器) | 序列和3D结构数据 | NA | NA | NA | NA | 医药, 工业生物技术 |
| 19 | 2026-05-09 |
Engineering Toehold-Mediated Switches for Native RNA Detection and Regulation in Bacteria
2022-09-30, Journal of molecular biology
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.jmb.2022.167689
PMID:35717997
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综述 | 综述了Toehold介导的RNA开关在细菌中检测和调控天然RNA的应用,重点讨论了设计挑战和未来方向 | 系统总结了十二种最新开发的Toehold开关设计,强调结构预测算法对提升体内功能的重要性 | Toehold开关在跨生物体转移时存在适用性问题,且体内功能受限于当前预测算法的准确性 | 探讨Toehold介导的RNA开关用于细菌中天然RNA检测和调控的挑战与设计考虑 | Toehold介导的RNA开关及其在细菌中的天然RNA检测与调控 | 合成生物学 | NA | RNA开关、链置换 | NA | NA | NA | NA | 细菌 | Toehold介导的RNA开关(包括传感器、逻辑门等) | 合成生物学、生物传感器 |
| 20 | 2026-05-08 |
Advanced materials for non-alcoholic fatty liver disease and cardiovascular disease comorbidity therapeutics
2026-Oct, Biomaterials
IF:12.8Q1
|
综述 | 从材料学视角重新审视非酒精性脂肪性肝病与心血管疾病共病,并提出将病理生理学与工程原理相结合的转化设计框架 | 首次以材料为中心框架系统整合非酒精性脂肪性肝病-心血管疾病共病的多条病理轴,并映射到器官选择性及刺激响应性治疗干预,同时提出结合人工智能与合成生物学的闭环系统以实现自适应多器官调控 | 未提供具体实验验证或临床数据,主要基于文献综述和理论框架推导 | 建立面向非酒精性脂肪性肝病与心血管疾病共病的先进材料转化设计框架,推动从单器官症状控制向全身代谢重编程的转变 | 非酒精性脂肪性肝病与心血管疾病共病的病理机制及相应治疗材料平台 | 机器学习, 数字病理学 | 非酒精性脂肪性肝病, 心血管疾病 | NA | NA | 文本 | NA | CRISPR-Cas9 | NA | 闭环系统,集成人工智能指导设计与合成生物学电路,用于自适应多器官控制 | 医学 |