合成生物学相关文章

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当前共找到 5567 篇文献,本页显示第 1 - 20 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 工程工具 宿主生物 回路设计 应用领域
1 2026-08-24
Deep learning-driven de novo design of ribosome binding sites in Paracoccus denitrificans
2027-Mar, Synthetic and systems biotechnology IF:4.4Q1
研究论文 该论文利用深度学习技术对Paracoccus denitrificans中的核糖体结合位点进行从头设计,建立了首个基于深度学习的RBS设计平台 首次针对Paracoccus denitrificans建立基于深度学习的RBS设计平台,通过整合转录组和蛋白质组数据系统分析1335个天然RBS序列,揭示富含嘌呤的Shine-Dalgarno基序在RBS强度中的关键作用,并利用WGAN-GP生成新型RBS序列 预测相关性(Pearson r=0.68)和实验验证相关性(Pearson r=0.75)仍有提升空间,可能受限于数据集规模和序列-活性关系理解的局限性 开发基于深度学习的RBS设计方法,实现Paracoccus denitrificans中精确的翻译水平基因表达调控 Paracoccus denitrificans中的核糖体结合位点序列及其强度 深度学习,合成生物学 NA RNA-seq,蛋白质组学分析 CNN,BiLSTM,Transformer,WGAN-GP 序列数据,基因表达数据 1335个天然RBS序列 NA Paracoccus denitrificans NA 环境生物技术,工业生物技术
2 2026-08-24
Microbial drivers of coffee flavor formation: linking fermentation ecology with roasting conversion
2026-Oct-31, Food research international (Ottawa, Ont.)
综述 本文综述了咖啡发酵与烘焙过程中风味的形成机制,强调微生物群落通过协作作用积极参与风味化合物的生成,而非仅作为被动参与者 提出将咖啡发酵视为风味生产的积极阶段,并构建连接微生物、风味前体和烘焙产物的概念框架,同时讨论了三种调控模式及未来精准风味控制策略 工业应用中仍存在实际困难,如微生物群落设计的精确调控和过程管理的智能化尚待解决 整合咖啡发酵与烘焙阶段风味形成的研究进展,为咖啡加工中风味的有向调控提供理论基础 咖啡发酵过程中的微生物群落(酵母、乳酸菌、芽孢杆菌属)及烘焙产生的风味化合物 微生物组学、食品科学 NA 多组学分析 NA 多组学数据(包括基因组、转录组、代谢组等) NA 合成生物学辅助策略 NA NA 食品工业
3 2026-08-24
Harnessing Yeast Biodiversity for Advanced Industrial Applications
2026-Aug-22, FEMS yeast research IF:2.4Q3
综述 本文综述了利用酵母生物多样性进行工业应用的最新进展,包括自然多样性和人工多样性,并强调了多组学分析、人工智能辅助工程和过程优化在高效生物生产中的关键作用。 强调了极端微生物酵母作为胁迫适应模型,以及整合多组学、AI辅助酶和菌株工程及过程优化策略来充分探索和利用酵母生物多样性。 未提及具体的局限性。 旨在总结和探讨如何利用酵母生物多样性促进工业应用中的高效生物生产。 酿酒酵母和非传统酵母物种,包括其自然和人工多样性。 工业生物技术 NA 多组学分析、适应性实验室进化、代谢工程、表观遗传工程、合成生物学 NA 文本 NA 合成生物学相关工具(具体如CRISPR等未提及) S. cerevisiae(酿酒酵母),非传统酵母物种 未具体描述 工业生物技术
4 2026-08-24
Scientometric analysis of mycosporine-like amino acids from 1989 to 2025: Current trends and applications
2026-Aug-22, Bioresource technology IF:9.7Q1
研究论文 本文对1989年至2025年间关于类霉菌素氨基酸(MAAs)的研究进行了首次科学计量分析,揭示了出版趋势、主要研究领域和新兴主题。 首次对MAAs研究进行全面的科学计量评估,覆盖长期时间跨度,并识别出向合成生物学和组学方法发展的新兴趋势。 仅使用Web of Science核心合集作为数据源,可能遗漏其他数据库中的相关文献;未涉及具体实验验证。 评估MAAs研究的全球格局,包括出版趋势、主要贡献领域和新兴研究主题,为未来发展提供路线图。 1989年至2025年间发表的859篇关于MAAs的文献。 科学计量学 NA 科学计量分析 NA 文献数据 859篇文献 NA NA NA 生物技术、环境科学、海洋生物学
5 2026-08-24
Quantitative Measurement of Synthetic Repression Curves Reveals Design Challenges for Genetic Circuit Engineering under Growth Arrest
2026-Aug-21, ACS synthetic biology IF:3.7Q1
研究论文 本研究在单细胞分辨率下测量了大肠杆菌在活跃生长和生长停滞状态下的遗传NOT门抑制曲线,系统分析了生长停滞对电路行为的影响 首次系统量化生长停滞对合成遗传电路性能的影响,发现未抑制表达水平降低超过100倍是主要因素,并指出仅改善单一性能参数即可解决该问题 研究仅限于大肠杆菌和遗传NOT门,未涵盖其他宿主或更复杂的电路类型 探究生长停滞对工程化遗传电路性能的影响机制,并为设计能在真实环境中可靠工作的电路提供新范式 大肠杆菌中的遗传NOT门库 合成生物学 NA 单细胞荧光测量 NA 图像(单细胞荧光数据) 多个遗传NOT门变体,具体数量未提供 NA 大肠杆菌 遗传NOT门 工业生物技术、环境
6 2026-08-24
Engineering an Artificial Taxol Biosynthetic Pathway from Baccatin III in Yeast
2026-Aug-21, ACS synthetic biology IF:3.7Q1
研究论文 本研究在酵母中构建了一条人工紫杉醇生物合成途径,利用(2R,3S)-3-苯基异丝氨酸作为底物,通过三步酶促反应将巴卡亭 III 转化为紫杉醇 构建了仅需三步酶促反应的人工紫杉醇合成途径,利用β-苯丙氨酰辅酶A连接酶的广谱底物特性,并通过对Baccatin III:3-氨基-3-苯基丙酰转移酶的结构-活性分析提升其对非天然底物的催化效率,为紫杉醇的可持续生产提供了新策略 摘要未明确提及具体局限性,但可推断酵母与植物系统差异导致的规模化生产瓶颈仍需进一步优化 利用合成生物学方法实现紫杉醇的可持续生产,克服天然生物合成途径复杂和半合成方法成本高的问题 酵母细胞中的人工紫杉醇合成途径,涉及β-苯丙氨酰辅酶A连接酶和巴卡亭III:3-氨基-3-苯基丙酰转移酶 合成生物学、代谢工程 癌症 合成生物学、代谢工程、结构-活性分析 NA NA NA 代谢工程 酵母 人工紫杉醇生物合成途径 医药
7 2026-08-24
Heterologous Expression of an Abandoned Termite Mound Fungus Gene Cluster Reveals a Protective Aldehyde-Alcohol Cycle and a Candidate Termiticidal Metabolite
2026-Aug-21, ACS synthetic biology IF:3.7Q1
研究论文 通过异源表达废弃白蚁巢真菌基因簇,揭示了保护性醛-醇循环和候选杀白蚁代谢物 采用合成生物学驱动的方法,结合宏基因组和转录组挖掘,在米曲霉中异源重构了保守的生物合成基因簇,并阐明了一个空间分离的醛-醇循环系统,该系统涉及胞外氧化酶和胞内还原酶的协同作用 未提及 探索药用真菌乌灵参在白蚁巢中生态适应的分子基础,并揭示其隐秘的生态代谢途径 废弃白蚁巢中的药用真菌乌灵参(多种炭角菌属物种)及其中的生物合成基因簇 合成生物学、功能基因组学 NA 宏基因组、转录组测序、异源表达 NA 基因组序列、转录组序列、代谢物数据 NA NA 米曲霉 醛-醇循环系统(胞外氧化酶WlsA催化醇前体转化为反应性醛,胞内还原酶WlsE催化逆反应) 农业、生态学
8 2026-08-24
Engineering 2,4-Diacetylphloroglucinol-Hyper-Tolerant Escherichia coli via Adaptive Evolution for Efficient Biosynthesis and an Organic Solvent-Free Downstream Process
2026-Aug-21, ACS synthetic biology IF:3.7Q1
研究论文 本研究通过适应性实验室进化工程化DAPG超耐受性大肠杆菌,实现了高效生物合成和无有机溶剂的下游处理过程 首次通过适应性进化获得DAPG超耐受性菌株,并开发了一种无有机溶剂的下游提取方法,同时鉴定并验证了关键突变位点 未明确提及,但从上下文推断可能涉及生产滴度仍需提高或工业化放大挑战 解决DAPG生物合成中的宿主毒性和低效下游处理瓶颈,提高产量并简化提取过程 大肠杆菌菌株,特别是进化后的突变株Bdt03和构建的Bb03 合成生物学 NA 适应性实验室进化、基因组重测序 NA 基因组序列数据、发酵数据 涉及多个大肠杆菌菌株,具体数量未明确 NA 大肠杆菌 DAPG响应型遗传电路 农业
9 2026-08-24
A Programmable mRNA Platform for miRNA Detection via miRNA-mRNA2 Triplex-Mediated Ribosomal Frameshifting
2026-Aug-21, ACS synthetic biology IF:3.7Q1
研究论文 本文介绍了一种可编程的mRNA平台,通过miRNA-mRNA三链体介导的核糖体移码来检测特定的成熟miRNA,将其转化为可量化的蛋白质输出 利用三链体形成触发核糖体移码作为miRNA开关 仅限于富含嘌呤的miRNA,未进行体内验证 开发可编程mRNA平台用于miRNA检测 特定的成熟miRNA和设计的mRNA平台 合成生物学 多种疾病相关miRNA(未特定) 生物层干涉测量法、荧光结合研究、无细胞双荧光素酶翻译系统 NA 生物化学数据 NA NA 无细胞系统(大肠杆菌提取物) 三链体形成mRNA(TF-mRNA)平台,作为miRNA依赖性分子开关 医学、生物技术
10 2026-08-24
Biosensor-Based Detection and Quantification of Arsenic in Drinking Water
2026-Aug-21, ACS synthetic biology IF:3.7Q1
综述 本文综述了基于合成生物学的砷生物传感器从早期大肠杆菌传感器到现代全细胞和无细胞平台的演变,重点介绍信号放大策略、固定化格式、微流控架构及转导机制,并讨论生物设计自动化、AI工具和生物安全监管考虑。 强调信号放大策略与保质期、生物安全和监管简洁性的交叉,并首次将生物设计自动化、高通量DBTL工作流和AI工具(如监督学习和贝叶斯优化)引入砷响应基因电路的优化,提出将砷生物传感器集成到分布式水质监测网络的愿景。 综述指出,虽然现代平台在受控条件下接近WHO检测限,但现场部署的稳健性、保质期、生物安全性和监管简洁性仍面临挑战,且尚未在发展中国家实际应用。 系统评估砷生物传感器的工程原理、技术进展和部署障碍,以促进其在低成本现场监测中的应用。 砷响应基因电路(源自ars操纵子)、全细胞与无细胞生物传感器平台、固定化格式和微流控设备。 合成生物学 砷中毒 无细胞表达系统、比色/荧光/生物发光/电化学检测、微流控 监督学习、贝叶斯优化 传感器输出信号(如光学、电化学数据) NA 生物设计自动化、Design-Build-Test-Learn工作流 E. coli 基于ars操纵子的砷响应基因电路,包含检测、处理和宿主工程层 环境监测、公共卫生
11 2026-08-24
Engineering Auronidin Production in Marchantia polymorpha Enables a New Class of Plant-Derived Textile Pigments
2026-Aug-21, ACS synthetic biology IF:3.7Q1
研究论文 该论文报道了通过在地钱(Marchantia polymorpha)中工程化表达R2R3-MYB转录因子MpMYB14,增强罕见类黄酮色素auronidin的生产,并将其用作纺织染料,实现了植物来源纺织颜料的新类别。 首次将auronidins作为纺织染料应用,并利用地钱作为底盘进行生物工程化生产,通过比较组成型和诱导型表达系统,实现了生物量与次生代谢物生产的解耦,提高了色素产量。 摘要中未提及研究的局限性。 利用地钱作为生物工程底盘,增强auronidin的生产,并验证其作为纺织染料的可行性,以推动可持续纺织生物技术的发展。 地钱(Marchantia polymorpha)以及从其中提取的auronidin色素。 合成生物学 NA NA NA NA NA NA 地钱(Marchantia polymorpha) 热激、糖皮质激素受体和β-雌二醇(XVE)诱导型基因表达系统 纺织工业、生物技术
12 2026-08-24
Engineered platforms for melanogenesis research: Bridging synthetic biology, bioengineering, and biomimetics
2026-Aug-21, Bioengineering & translational medicine IF:6.1Q1
综述 本文综述了合成生物学平台在黑色素生成研究中的应用,整合了基因工程、异源表达系统、仿生构建和无细胞分析等技术,以重建和调控黑色素合成途径。 提出了一个统一框架,将合成生物学定位为研究黑色素生成的多功能工具,同时实现黑色素及黑色素基生物材料的可扩展生产,并跨分子工程、微生物生物系统和仿生技术整合进展。 现有文献缺乏对合成生物学策略在黑色素生成研究中的综合总结,且传统模型(如培养黑素细胞和动物模型)存在生理相关性、伦理、成本和扩展性的局限。 整合合成生物学平台的研究进展,以调查和操纵色素生物学,并推动皮肤病学和生物技术中的转化应用。 黑色素生成途径、黑色素合成相关细胞和系统,以及黑色素基生物材料。 合成生物学 色素性疾病 基因工程、异源表达、仿生构建、无细胞分析 NA 文本 NA NA NA 黑色素合成途径的重建和调控 皮肤病学、生物技术
13 2026-08-24
Rational design of next-generation bioinoculants: Integrating molecular engineering of plant-microbe interactions with advanced formulation strategies
2026-Aug-21, Microbiological research IF:6.1Q1
综述 本文综述了新一代生物接种剂的设计,通过整合植物-微生物互作的分子工程与先进的制剂策略,以实现可持续农业应用。 提出将生物接种剂重新概念化为工程生物系统,将微生物性状的理性设计与先进制剂架构显式整合,并建立统一框架将制剂视为生态和生理界面。 未提及具体局限性。 提出一个整合设计范式,以解决商业生物接种剂在不同土壤、气候和种植系统中农艺性能不一致的问题,推动可预测、高性能生物肥料和生物农药的开发。 植物相关微生物,包括细菌和真菌等,作为生物接种剂的活性成分。 合成生物学、微生物学、材料科学 不适用 分子工程、合成基因电路、封装技术 不适用 不适用 不适用 CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick 植物相关微生物,如根际细菌和真菌 合成基因电路、应激耐受工程、代谢重布线、信号响应调控途径 农业
14 2026-08-24
The molecular mechanisms and therapeutic targeting of microtubule glutamylation in mitosis and cancer
2026-Aug-20, Pharmacology & therapeutics IF:12.0Q1
综述 该综述文章探讨了微管谷氨酰化在细胞分裂和癌症中的分子机制及治疗靶向策略 将微管谷氨酰化从基础的细胞分裂调控机制扩展到癌症发生和治疗靶点,提出了包括靶向蛋白降解和合成生物学在内的多种新兴治疗策略 尚未有临床验证的治疗方法,且谷氨酰化调控网络的复杂性可能给靶向治疗带来挑战 阐明微管谷氨酰化在细胞分裂和癌症中的分子机制,并评估其作为癌症治疗靶点的潜力 微管谷氨酰化相关酶(如TTLL11、TTLL4、TTLL6、TTLL12)及其在细胞分裂和癌症中的作用 分子生物学、癌症生物学 癌症 NA NA NA NA NA NA NA 医学
15 2026-08-24
Programmable CRISPRtune dissects the transcriptional repressive activity of MeCP2
2026-Jul-10, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种名为CRISPRtune的合成生物学工具,通过将MeCP2与失活的dCas9融合,实现人类内源基因转录水平的中等程度下调,并用于解析MeCP2的转录抑制功能 首次利用MeCP2的温和抑制活性实现基因转录的精细调节,而非完全失活,并提供了基因组规模的靶向规则和表观遗传机制解析平台 未提及具体局限性,可能包括对基因表达调节的精度或脱靶效应的讨论 开发一种可编程的转录调节工具,用于人类细胞中基因表达的中等程度下调,并研究MeCP2的转录抑制机制 人类内源基因及MeCP2蛋白及其Rett综合征相关突变体 合成生物学 Rett综合征 CRISPR筛选 NA 基因组规模筛选数据 数千个人类内源基因 CRISPR-Cas9 人类细胞 合成融合蛋白CRISPRtune(MeCP2-dCas9)用于转录调节 医学
16 2026-08-24
BxbI-mediated insertion of a 77kb human RET sensitive haplotype into the mouse genome to generate a humanized model of Hirschsprung disease
2026-Jul-06, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 通过BxbI介导将77kb的人类RET敏感单倍型插入小鼠基因组,构建Hirschsprung病的人源化小鼠模型,并验证非编码变异对疾病发病机制的影响。 利用“大DNA”合成生物学和Bxb1重组将完整的人类RET基因座(包含所有外显子、内含子和上游调控元件)插入小鼠安全港位点,并通过CRISPR/Cas9恢复Sox10结合位点以提高基因表达 初始敏感单倍型表达水平仅为野生型的21%,不足以在删除内源小鼠RET基因时挽救生存能力 研究人类RET基因调控变异如何导致Hirschsprung病的肠神经节细胞缺失 人类RET基因座及其调控变异、小鼠模型 分子生物学 Hirschsprung病 纳米孔测序、短读长测序、CRISPR/Cas9 NA 基因序列数据 未明确小鼠样本数量 Bxb1重组、CRISPR-Cas9 小鼠 人源化基因座插入 医学
17 2026-08-24
From Genome to Pharmacome: Current Status and Future Perspectives of Multi-Omics Integration in Traditional Chinese Medicine Research
2026-05-30, Genes IF:2.8Q2
综述 本文综述了多组学整合在中药研究中的现状与未来前景,涵盖基因组、转录组、蛋白质组和代谢组数据的整合应用,并提出实验验证框架。 提出分层实验验证框架和迭代计算-实验反馈循环,以弥补多组学分析停留在统计关联层面的不足,推动从描述性模式向机制模型的转变。 多数已发表的多组学分析缺乏因果水平验证,且文章未提供实验数据或具体案例。 探讨多组学整合在中药研究中的应用进展,并提出迈向基于机制的精确医学的策略。 中药材料(如道地药材)、生物活性化合物及其生物合成途径。 系统药理学、多组学整合 不适用 高通量测序、多组学技术(基因组、转录组、蛋白质组、代谢组) 不适用 基因组、转录组、蛋白质组、代谢组数据 不适用 合成生物学平台(未具体提及工具) 不适用 不适用 医学、工业生物技术
18 2026-08-24
Life beyond 6000 genes: from sequence to synthesis in a post-genomics era
2026-Jan-05, FEMS yeast research IF:2.4Q3
综述 本文回顾了酿酒酵母基因组测序三十周年以来的成就,并展望了合成基因组学、人工智能和生物电子学在未来三十年对酵母基因组学和工程生物学的潜在影响 强调基因组学从描述性资源转变为工程生物学的核心基础设施,并整合历史成就与未来趋势,提出后基因组时代以基因组规模设计为特征 未提供具体实验数据或实证分析,主要基于已有文献的总结和展望 探讨从序列到合成的转变,展望酵母基因组学与工程生物学的未来发展方向 酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)基因组及其相关基因组学资源 合成生物学 NA 基因组测序、合成基因组学 NA 基因组序列数据 不适用 NA 酿酒酵母 Sc2.0合成基因组计划 工业生物技术, 医学, 农业
19 2026-08-24
Epigenetic landscape of Leishmania-host interactions
2025-12, Epigenomics IF:3.0Q2
综述 本文综述了利什曼病中寄生虫与宿主之间的表观遗传调控机制,探讨了染色质重塑、组蛋白修饰和非编码RNA在病原体生存及宿主免疫反应中的作用,并展望了合成生物学在该疾病控制中的潜力 首次系统整合了利什曼原虫与宿主间的表观遗传交互,并提出了合成基因电路作为调控双方表观基因组的新策略 受限于现有文献,缺乏实验验证合成生物学方法的实际效果 阐明利什曼病中寄生虫与宿主的表观遗传调控机制,并探讨合成生物学在疾病防控中的应用前景 利什曼原虫及宿主(包括共感染和共病模型) 表观遗传学、合成生物学 利什曼病 NA NA 文献数据(基于Web of Science、PubMed、Scopus的结构化综述) NA 合成基因电路(属于合成生物学工具,但未具体列出如CRISPR等) 宿主(未指明具体物种,可能包括人类或模型动物) 合成基因电路(用于调控宿主和寄生虫表观基因组) 医学
20 2026-08-24
Functional and structural characterization of an IclR family transcription factor for the development of dicarboxylic acid biosensors
2024-08, The FEBS journal
研究论文 本文对IclR家族的PcaR转录因子进行了功能和结构表征,并在酿酒酵母中构建了生物传感器遗传电路。 首次报道了PcaR在无配体和与琥珀酸复合状态下的晶体结构,揭示了该转录因子识别二羧酸的机制,并展示了其在真核生物酿酒酵母中的体内生物传感器应用。 摘要中未提及研究的局限性。 为开发二羧酸生物传感器提供关键的结构和功能见解,并深化对IclR调控因子家族的理解。 IclR家族的PcaR转录因子及其配体琥珀酸。 合成生物学 NA X射线晶体学、体外功能分析、基因电路构建 NA 晶体结构数据、基因表达数据 NA 基因电路构建(未具体指明,如CRISPR等) 酿酒酵母 PcaR作为体内生物传感器的遗传电路 工业生物技术、合成生物学
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