合成生物学相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['synthetic biology']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价9.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 5539 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-08-19 |
SBOL converter: enabling backward compatibility for biological designs
2026-Aug-18, Journal of integrative bioinformatics
IF:1.5Q3
DOI:10.1515/jib-2026-0005
PMID:42608859
|
研究论文 | 本文介绍了SBOL转换器，一种支持生物设计向后兼容的工具，可将旧版设计更新至最新SBOL版本，并支持转换为旧版本以兼容传统工具，同时整合现有SBOL工具提供统一的验证和合规检查接口。 | 首次提供SBOL不同版本间的双向转换功能，支持向后兼容及向前兼容，并集成了现有SBOL工具和多种生物格式处理能力，作为轻量级工具加速工程生物学设计工作流。 | 未提及具体限制，但可能受限于SBOL版本间特性差异和工具集成复杂度。 | 旨在促进SBOL标准的采用，通过提供转换工具，实现生物设计在不同版本间的互操作性，提高设计的可重用性和可重复性。 | 生物设计数据，包括SBOL格式（各版本）及其他格式如GenBank和FASTA。 | 合成生物学 | NA | 软件工具开发 | NA | 文本（生物设计数据） | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 2 | 2026-08-19 |
Spatially Encoded Protocell Network for Non-Cascaded Parallel Biocomputation
2026-Aug-18, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.77019
PMID:42610528
|
研究论文 | 该论文提出了一种基于空间编码、梯度响应的原始细胞群落嵌入三维水凝胶基质中的非级联生物计算架构，用于实现并行、多阈值计算，并成功演示了半加器和全加器逻辑运算 | 创新点在于利用输入信号的微分反应-扩散动力学建立空间域上的不同输出区域，实现非级联的并行多阈值计算，无需信号路由，且具有高容错性和连续空间编码能力 | 未明确提及局限性，但可能涉及空间编码的精确控制难度及系统扩展性的潜在限制 | 开发一种可扩展、可编程的并行生物计算平台，以实现低复杂度、稳健的非级联分子计算系统，弥合合成生物学与计算科学之间的鸿沟 | 由梯度响应原始细胞组成的群落，嵌入三维水凝胶基质中 | 合成生物学 | NA | 反应-扩散动力学 | NA | NA | NA | NA | NA | 半加器和全加器逻辑运算电路，采用两输入/两输出和三输入/两输出配置 | 生物计算 |
| 3 | 2026-08-19 |
Fluorogenic RNA Aptamer-Based Activity Quantification of T7 RNA Polymerase
2026-Aug-18, Biochemistry
IF:2.9Q3
DOI:10.1021/acs.biochem.6c00336
PMID:42610739
|
研究论文 | 开发了一种基于荧光RNA适体的体外转录检测方法，用于定量T7 RNA聚合酶的活性单位 | 首次利用荧光RNA适体Broccoli作为转录报告基因，替代传统放射性标记方法，实现T7 RNA聚合酶活性的简便、定量测定 | 未提及 | 开发一种安全、简便且定量的T7 RNA聚合酶活性检测方法，以改善批间和实验室间的一致性评估 | T7 RNA聚合酶及其工程变体 | 合成生物学 | NA | 体外转录，荧光检测 | NA | 荧光信号数据 | 未提及 | NA | NA | 转录报告系统 | 生物医学研究，RNA治疗产业 |
| 4 | 2026-08-19 |
Automated synthetic cell-based screening for designed proteins with emergent functions
2026-Aug-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-76787-8
PMID:42603823
|
研究论文 | 本文介绍了PUREdrop，一种自动化微流控平台，用于在合成细胞中封装和表达蛋白质库，以筛选具有涌现功能的工程蛋白质 | PUREdrop平台结合了微流控技术和高通量筛选，能够在数千个皮升级合成细胞中并行评估蛋白质表达动力学和复杂功能，弥补了传统筛选方法在时空分辨率和细胞样限制方面的不足 | 摘要中未明确提及局限性 | 通过设计-构建-测试-学习循环，加速功能性蛋白质的工程化筛选，特别是针对具有涌现功能如时空自组织的蛋白质 | 细菌细胞分裂蛋白FtsZ及其变体，以及FtsZ的一般蛋白调节因子 | 合成生物学 | NA | 微流控技术、时间延迟成像、计算蛋白质设计 | NA | 图像（时间延迟成像） | 数千个皮升级合成细胞，每个构建体重复多次（具体数量未在摘要中说明） | NA | 无细胞系统（体外合成细胞） | NA（针对蛋白质筛选，而非基因电路设计） | 工业生物技术、医学 |
| 5 | 2026-08-19 |
PlantGFM: A Genomic Foundation Model for Discovery and Creation of Plant Genes
2026-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.75772
PMID:42160034
|
研究论文 | 介绍PlantGFM，一种基于Hyena算子的植物基因组基础模型，用于植物基因的发现与设计 | 首次将大型语言模型技术应用于植物基因从头设计，并通过AI-人类知识融合筛选管道验证了生成的基因在植物中具有转录和蛋白表达活性 | 论文摘要未提及局限性 | 开发一种能够从零设计植物基因的基因组基础模型，以克服传统基因编辑方法受限于自然序列多样性的问题 | 12种植物物种的基因组序列以及10个注释植物基因组 | 机器学习 | NA | 基因组预训练与微调 | Hyena算子基础模型 | 基因组序列 | 12种植物物种的108.4亿个核苷酸以及10个注释植物基因组 | CRISPR-Cas9 | 本塞姆氏烟草 | NA | 农业, 合成生物学 |
| 6 | 2026-08-19 |
Bacteria mediated tumor therapy recent advances challenges and future perspectives
2026-Jul-17, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-05611-y
PMID:42467272
|
综述 | 系统总结了细菌介导肿瘤治疗的历史发展、内在抗肿瘤机制、基因工程策略和多模式生物混合系统，并讨论了其优势、局限性及临床转化瓶颈 | 提出了下一代智能、可控、可临床转化的细菌源性活体抗肿瘤系统的合理设计策略 | 临床转化受制于生物安全性控制不足、脱靶定植、不受控制的增殖、免疫清除以及缺乏标准化生产和监管指南 | 总结细菌介导肿瘤治疗的进展并展望未来方向 | 不同类型的工程细菌及细菌生物混合系统 | 合成生物学 | 肿瘤 | 合成生物学 | NA | 文献资料 | NA | NA | 细菌 | 基因回路、生物传感器、代谢途径 | 医学 |
| 7 | 2026-08-19 |
Deep Learning Predicts Dissimilar DNA-DNA Binding and Engineers Hyperconnected Networks
2026-Jul-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-75395-w
PMID:42426013
|
研究论文 | 本文开发了BINND，一个结合超高通量平台和深度学习模型的工具，用于预测DNA-DNA非正交相互作用，并展示了其在构建超连接网络中的应用。 | 首次利用深度学习模型预测DNA-DNA非正交相互作用，模型准确率超过80%，速度比现有模型快50倍，并验证了其泛化能力。 | 摘要未提及具体的局限性。 | 开发能够准确快速预测非正交DNA-DNA相互作用的模型，以充分利用序列空间，推动生物工程和合成生物学的发展。 | DNA-DNA相互作用，包括虚构故事书人物的DNA序列网络。 | 机器学习 | NA | 超高通量测序 | 深度学习模型（具体类型未指定，可能是CNN或RNN） | DNA序列相互作用数据 | 数百万个DNA-DNA相互作用。 | NA | NA | 超连接DNA网络 | 诊断，生物工程，DNA折纸 |
| 8 | 2026-08-19 |
A portable Cas6f-based system for multiplex translational repression in bacteria
2026-Jul-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-75135-0
PMID:42420316
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于Cas6f的紧凑型系统MORTISE，用于革兰氏阴性细菌中的多重翻译抑制。 | 该系统不依赖宿主Hfq或RNase，能够在多种细菌中稳健工作，并支持单启动子多重敲低和一步组装多达九个引导RNA的克隆工具箱。 | 未提及。 | 开发一种精确、可调、可多重的基因抑制系统，以应用于代谢工程和合成生物学。 | 大肠杆菌和恶臭假单胞菌。 | 合成生物学 | NA | 基于Cas6f的RNA引导系统 | NA | 基因表达数据 | 未提供具体样本数量。 | CRISPR-Cas系统（Cas6f） | 大肠杆菌, 恶臭假单胞菌 | 基于Cas6f的翻译抑制系统，用于基因敲低和多路复用。 | 工业生物技术 |
| 9 | 2026-08-19 |
Transcriptomic functional characterization of recombinant adeno-associated virus producing cell line adapted to suspension-growth
2025 Sep-Oct, Biotechnology progress
IF:2.5Q3
DOI:10.1002/btpr.70042
PMID:40396307
|
研究论文 | 本研究通过转录组分析表征了适应悬浮生长的重组腺相关病毒生产细胞系，并探讨了恢复贴壁培养条件对病毒产量的影响 | 首次对适应悬浮生长的rAAV生产细胞系进行转录组功能表征，揭示了悬浮生长条件下细胞对病毒生产响应的减弱现象，并展示了通过调整培养条件恢复产量的可行性 | 产量恢复仅达到贴壁培养的25%-50%，未能完全恢复生产水平，悬浮培养条件下的病毒产量仍显着低于贴壁培养 | 探索和优化合成生物学方法构建的rAAV生产细胞系的悬浮培养适应性，以实现可规模化的病毒生产 | 基于HEK293的rAAV生产细胞系GX6B及其悬浮适应亚系GX6Bs | 合成生物学 | NA | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 细胞系GX6B和GX6Bs的多个培养条件下的转录组样本 | NA | HEK293细胞 | 编码AAV和腺病毒辅助元件的整合型基因元件 | 医学 |
| 10 | 2026-08-19 |
Membrane-Anchored Polyproline Provides Controlled Microdomain Formation and Permeability in Lipid Vesicles
2025-07-16, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.5c06134
PMID:40605254
|
研究论文 | 本研究合成了由L-脯氨酸单体单元和磷脂引发剂组成的新型脂聚合物，通过将聚脯氨酸链锚定到膜上，实现了可逆的相分离和微域形成，从而调控膜通透性和分子释放。 | 首次将聚脯氨酸脂聚合物锚定在脂质膜上，实现温度调控的微域形成和分散，动态控制膜组成和通透性，并展示其在药物递送和合成生物学中的潜力。 | 摘要未提及具体局限性，如微域形成的效率、长期稳定性或体内应用可行性。 | 开发一种能够模拟蛋白质行为的膜锚定聚脯氨酸系统，动态调节脂质囊泡的膜微域形成和通透性，用于药物递送和合成生物学。 | 脂质囊泡及其膜上锚定的聚脯氨酸链。 | 合成生物学 | NA | 共聚焦显微镜、荧光恢复后光漂白（FRAP） | NA | 图像数据（显微镜图像） | 未指明样本数量，涉及不同膜组成和多种负载分子（合成聚合物和酶）的脂质囊泡。 | NA | NA | 温度响应性微域形成系统，通过聚脯氨酸链的相分离实现膜通透性调控。 | 药物递送、合成生物学 |
| 11 | 2026-08-19 |
Cell-Targeting Bio-Catalytic Killer Protocell for High-Order Assembly Guided Cancer Cell Inhibition
2025-06, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202500047
PMID:40270292
|
研究论文 | 该文设计并构建了一种细胞靶向的生物催化杀伤性原始细胞，通过高阶组装引导癌细胞抑制 | 受细胞膜受体-配体系统启发，利用主体-客体化学自下而上构建基于多糖的原始细胞，并结合正交性和协同性肿瘤抑制机制，实现靶向癌细胞消除 | 未提及 | 开发用于靶向癌细胞消除的合成治疗性原始细胞，展示在癌症治疗中的潜力 | 多糖基原始细胞（P-somes）及癌细胞 | 合成生物学、生物工程 | 癌症 | 主体-客体化学、静电驱动自组装、催化反应级联 | NA | NA | 未提及 | NA | NA | 生物催化杀伤性原始细胞，包含GOx/Pt-AuNP催化级联，生成一氧化氮用于癌细胞抑制 | 医学 |
| 12 | 2026-08-19 |
A synthetic platform for developing recombinant adeno-associated virus type 8 producer cell lines
2025 May-Jun, Biotechnology progress
IF:2.5Q3
DOI:10.1002/btpr.70009
PMID:39968660
|
研究论文 | 本文建立了一个基于合成生物学的平台，用于开发可诱导产生重组腺相关病毒血清型8（rAAV8）的稳定生产细胞系，并通过优化提高了产量。 | 该平台能够将生产细胞系的构建流程从rAAV2扩展到rAAV8，通过修改包装模块和增加VP123基因拷贝数，显著提高rAAV8的产量，达到与三质粒转染相当的水平。 | 初始细胞系的产量低于传统三质粒转染，且Cap蛋白生产和衣壳形成是限制因素。 | 开发一种稳健的合成生物学平台，用于构建不同血清型的rAAV生产细胞系，提高基因治疗用病毒载体的生产效率。 | 重组腺相关病毒血清型8（rAAV8）及其生产细胞系。 | 合成生物学 | NA | 基因组整合、质粒转染、诱导表达 | NA | 实验数据 | 4个细胞系 | 合成生物学方法（具体工具未提及） | HEK293细胞 | 包含基因组模块、复制模块和包装模块的遗传电路，用于诱导rAAV8生产。 | 医学 |
| 13 | 2026-08-19 |
Efficient expression of recombinant proteins in Bacillus subtilis using a rewired gene circuit of quorum sensing
2025 May-Jun, Biotechnology progress
IF:2.5Q3
DOI:10.1002/btpr.70007
PMID:39968680
|
研究论文 | 本研究在枯草芽孢杆菌中重构了来自费氏弧菌的LuxRI群体感应系统，实现细胞密度依赖的蛋白质过表达，并通过启动子进化提高表达水平 | 首次在枯草芽孢杆菌中功能重构LuxRI群体感应系统，实现与细胞生长协调的蛋白质生产，无需化学诱导剂；通过两轮启动子进化获得活性增强的突变体，并结合强终止子进一步提升表达 | 摘要中未提及具体局限性 | 开发一种高效且无需诱导剂的枯草芽孢杆菌重组蛋白表达系统，实现细胞生长与生产协调 | 枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis）及源自费氏弧菌的LuxRI群体感应系统 | 合成生物学 | NA | 基因工程、启动子进化、群体感应系统重构 | NA | 基因序列 | 4个启动子突变体（P22, P47, P56, P58） | CRISPR-Cas9 | 枯草芽孢杆菌 | LuxRI群体感应基因电路，包含输出控制启动子P及强终止子TB5 | 工业生物技术 |
| 14 | 2026-08-19 |
Nucleated synthetic cells with genetically driven intercompartment communication
2024-09-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2404790121
PMID:39186653
|
研究论文 | 本文提出一种构建具有核样区室且能进行遗传驱动的区室间通信的合成细胞的方法 | 首次实现具有明确核样区室并可进行基因编程的区室间信号传导的合成细胞，支持原位膜蛋白表达和自主化学通信 | 尚不清楚该系统的长期稳定性和在更复杂生物环境中的适用性 | 增强合成细胞的复杂性，通过功能性区室化模拟真核细胞核与细胞质间的自主信号传导 | 合成细胞及其核样区室 | 合成生物学 | NA | 区室封装、原位蛋白表达 | NA | NA | NA | NA | NA | 核与细胞质区室间的膜蛋白介导的化学通信通路 | 生物技术 |
| 15 | 2026-08-19 |
Synonymous codon substitutions modulate transcription and translation of a divergent upstream gene by modulating antisense RNA production
2024-09-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2405510121
PMID:39190361
|
研究论文 | 本文研究了质粒编码的氯霉素乙酰转移酶基因中的同义密码子替换如何通过调节反义RNA的产生来影响上游发散的四环素抗性基因的转录和翻译 | 首次证明同义密码子替换在基因编码区深处可显著影响相邻上游基因的表达，通过长反义RNA绕过天然转录抑制机制 | 未明确说明研究的局限性，但可能涉及样本量小或机制细节未完全解析 | 探究同义密码子替换对相邻基因表达的影响及其潜在机制 | 质粒编码的氯霉素乙酰转移酶基因和上游四环素抗性基因 | 分子生物学， 合成生物学 | NA | RNA测序， 基因表达分析 | NA | 基因表达数据， RNA序列 | 九个重新编码的序列中的四个表现出显著效应 | NA | 细菌 | NA | 医学， 工业生物技术 |
| 16 | 2026-08-19 |
The technology, opportunities, and challenges of Synthetic Biological Intelligence
2023-11, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2023.108233
PMID:37558186
|
综述 | 本文综述了合成生物智能（SBI）的发展技术、潜在应用及其伦理挑战，旨在为负责任的研究和应用提供伦理框架 | 首次系统梳理了合成生物智能发展中的关键技术与潜在应用，并提出结构化伦理考量框架 | 未深入探讨具体技术细节，伦理框架尚需实际验证 | 探讨合成生物智能的发展技术、机遇与挑战，并提出伦理考量框架 | 合成生物智能（SBI），包括神经培养物与数字计算集成系统 | 机器学习 | NA | 合成生物学方法（具体如细胞培养技术） | NA | 文本 | NA | NA | 神经培养物（具体宿主未明确） | NA | 医疗, 工业生物技术 |
| 17 | 2026-08-19 |
Engineered T cells for cancer therapy
2014-Sep, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-014-1568-1
PMID:24943274
|
综述 | 本文综述了合成生物学在癌症治疗中应用工程化T细胞的研究进展 | 将合成生物学原理应用于癌症治疗，通过遗传工程和分子生物学创建具有增强功能的生物结构 | 未详细讨论临床转化中的具体挑战和副作用 | 探讨工程化T细胞在癌症治疗中的应用潜力 | 工程化T细胞 | 合成生物学 | 癌症 | 遗传工程 | NA | NA | NA | NA | T细胞 | NA | 医学 |
| 18 | 2026-08-18 |
Advances, challenges, and opportunities in engineering C5 and C6 sugar transporters in yeast for bio-based industrial biotechnology
2026-Sep, Critical reviews in biotechnology
IF:8.1Q1
DOI:10.1080/07388551.2026.2680416
PMID:42386498
|
综述 | 本文综述了酵母中C5和C6糖转运蛋白工程化的进展、挑战和机遇，以推动生物基工业生物技术发展。 | 总结了C5糖转运的关键瓶颈，并重点介绍了理性蛋白工程、定向进化和机器学习等策略在扩展C5转运蛋白库和优化转运效率方面的最新突破。 | 未详细讨论C6糖转运的具体机制及全部工程化案例（根据摘要推断）。 | 促进酵母高效转化戊糖（D-木糖和L-阿拉伯糖），实现可持续的生物基生产。 | 酵母中的D-木糖和L-阿拉伯糖转运蛋白 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 酵母 | NA | 工业生物技术 |
| 19 | 2026-08-18 |
Fluorescent-Activating Proteins Manipulate Self-Assembly Peptides Trafficking and Intracellular Distribution
2026-Aug-17, ACS applied bio materials
IF:4.6Q2
DOI:10.1021/acsabm.6c00950
PMID:42606054
|
研究论文 | 本文报道了一种结合孔雀石绿的自组装肽系统，该系统与荧光激活蛋白相互作用，能够精确调控肽在细胞内的运输和分布，从而逃避溶酶体降解 | 通过利用荧光激活蛋白的特异性结合特性，实现了对肽亚细胞定位的动态调控，具有时空控制肽聚集和分解的能力，为药物递送和合成生物学提供了新工具 | 摘要未明确提及局限性 | 开发一种能够精确调控细胞内肽运输和分布的自组装肽系统，以避免溶酶体降解并实现靶向递送 | 自组装肽与孔雀石绿的结合物及其与荧光激活蛋白的相互作用 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 图像（共聚焦成像） | NA | NA | NA | 自组装肽-孔雀石绿系统与荧光激活蛋白的相互作用电路 | 药物递送、合成生物学 |
| 20 | 2026-08-18 |
Exploring rare coumarins biosynthesis by Gloeophyllum trabeum: an integrated computational genomics, molecular docking and spectroscopic approach
2026-Aug-14, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-026-05181-9
PMID:42599545
|
研究论文 | 该研究通过整合计算基因组学、分子对接和波谱分析，探索了木材腐朽真菌Gloeophyllum trabeum合成罕见香豆素类化合物的能力，并鉴定出具有抗菌活性的新化合物 | 首次系统研究了Gloeophyllum trabeum合成罕见香豆素类化合物的能力，结合基因组挖掘和分子对接揭示了其生物合成基因簇，并鉴定出四种新的聚酮类化合物，其中oosponol展现出对Moraxella catarrhalis UspA1蛋白的强亲和力 | 化合物1的结构仅为初步鉴定，且所发现的化合物目前无法商业化获取，其抗菌活性机制和体内效果仍需进一步验证 | 探索Gloeophyllum trabeum合成罕见香豆素类化合物的潜力，为开发新型抗生素提供候选化合物 | Gloeophyllum trabeum真菌及其产生的香豆素类化合物 | 计算基因组学、分子对接、微生物学 | 细菌感染 | LC-MS、2-D NMR、基因组挖掘、分子对接、平板覆盖生物测定 | NA | 基因序列、光谱数据、对接评分 | 一种真菌（Gloeophyllum trabeum）及其培养滤液，对抗三种微生物（E. coli, S. cerevisiae, B. subtilis） | NA | Gloeophyllum trabeum | NA | 医学、工业生物技术 |