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当前共找到 5939 篇文献,本页显示第 1 - 20 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 工程工具 宿主生物 回路设计 应用领域
1 2026-10-28
SynBioFooDB: a comprehensive resource for synthetic biology-driven food biomanufacturing
2026-Oct-27, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 该文介绍了SynBioFooDB数据库,一个整合食品相关化合物、生物制造证据和生物合成途径的综合资源,用于合成生物学驱动的食品生物制造 首次系统整合了74,237种食品相关化合物的标准化化学信息、1054种化合物的专家 curated 生物制造证据(来自5592篇文献)以及971种化合物的2002条文献报道生物合成途径,并为无文献途径的化合物提供计算预测的候选途径 摘要中未明确提及数据库的局限性,但可能包括数据覆盖范围依赖于文献报道的完整性、计算预测途径的准确性未经实验验证等 构建一个综合知识库,连接食品相关化合物与生物合成途径及微生物生物制造证据,支持跨研究比较、证据合成和微生物生产系统的合理设计 食品相关化合物及其生物制造证据和生物合成途径 合成生物学, 代谢工程, 生物信息学 NA 数据库构建与整合, 文献挖掘, 计算途径预测 NA 文本, 化学结构, 文献数据 74,237种食品相关化合物, 1,054种化合物的生物制造证据来自5,592篇文献, 971种化合物的2,002条文献报道生物合成途径 NA NA NA 食品, 工业生物技术
2 2026-10-28
Standards in systems and synthetic biology: status, developments, and tools in 2026
2026-Oct-27, Journal of integrative bioinformatics IF:1.5Q3
综述 该文综述了系统生物学与合成生物学标准的最新进展,包括四个标准规范的更新和两个工具或库,并作为COMBINE标准规范的全面参考 从2024年开始,特刊扩展至包含利用这些标准或在其实现中起关键作用的新颖或改进工具;本文档作为所有COMBINE标准规范的全面参考,确保研究人员能够获取领域内最新版本 未提及 提供系统生物学与合成生物学标准的最新规范,并汇总相关工具和库 系统生物学与合成生物学领域的标准规范及相关工具或库 系统生物学, 合成生物学 NA NA NA 文本 NA NA NA NA NA
3 2026-10-28
ΔNAzyme: A Foundational QM/MM Δ-Machine Learning Potential for Nucleic Acid Enzyme Catalysis
2026-Oct-27, Journal of chemical theory and computation IF:5.7Q1
研究论文 本文开发了ΔNAzyme,一种用于核酸酶催化的基础性QM/MM Δ-机器学习势 构建了涵盖多种核酸酶类别的QM/MM训练集,并在DFTB3基础上训练ΔMLP以恢复PBE0质量的结果;发现MACE架构因等变多体消息传递框架而具有更强的可迁移性,且模型可通过少量数据高效微调至新酶体系 当前方法对于大型复杂核酸酶及高通量设计流程仍存在计算挑战,MM环境高度极化时QM/MM建模困难,且半经验QM/MM方法在大型高电荷金属依赖活性位点中精度不足 为核酸酶催化提供预测性计算设计框架,提升多尺度建模的精度与效率 核酸酶,包括核酶、DNA酶和XNA酶 计算生物化学, 机器学习 NA QM/MM模拟, Δ-机器学习势, DFTB3, PBE0/6-31G* Deep Potential, MACE 分子模拟数据(能量与力) 涵盖多种核酸酶类别的QM/MM模拟训练集 NA NA NA 医学, 生物技术, 合成生物学
4 2026-10-28
Small genomes, big lessons: What viruses teach us about structure-based riboregulation
2026-Oct-26, Molecular cell IF:14.5Q1
综述 综述了RNA病毒中基于RNA结构的调控机制及其对基因表达的影响,并与真核生物转录组中的结构介导基因调控进行了类比 系统总结了不同病毒家族中RNA结构调控的机制,并揭示了RNA结构作为基因表达核心调控层的普遍性原则,强调了其在治疗和合成生物学中的潜力 作为综述文章,未提供新的实验数据,主要基于已有文献的归纳总结 总结RNA病毒中RNA结构调控的机制,并探讨其与真核生物基因调控的共性规律 RNA病毒基因组中的结构化RNA元件及真核生物转录组中的RNA结构 分子生物学、病毒学、RNA生物学 NA NA NA 文本 NA NA NA NA 医学、合成生物学
5 2026-10-28
High-throughput protein interactome identifies LSD1 as a regulator of SARS-CoV-2 production through lysine demethylation of viral nucleocapsid protein
2026-Oct-26, Molecular & cellular proteomics : MCP IF:6.1Q1
研究论文 该文章开发了基于split miRFP670nano3的近红外双分子荧光互补系统(NIR-BiFC-Seq),用于高通量蛋白质相互作用组图谱绘制,并发现LSD1通过去甲基化SARS-CoV-2核衣壳蛋白K233位点调控病毒生产 开发了最亮最小的近红外双分子荧光互补系统(NIR-BiFC),结合NGS建立NIR-BiFC-Seq高通量蛋白质相互作用组图谱平台;首次发现LSD1介导N蛋白K233去甲基化增强病毒生产的新机制;发现靶向K233位点的抑制剂可显著抑制SARS-CoV-2生产 摘要中未明确提及研究局限性 开发高通量蛋白质相互作用检测平台,并系统研究SARS-CoV-2核衣壳蛋白与宿主细胞蛋白的相互作用机制,为抗病毒药物开发提供靶点 SARS-CoV-2核衣壳蛋白(N蛋白)、宿主细胞蛋白、LSD1、Nsp12、病毒RNA 合成生物学、病毒学 COVID-19 NIR-BiFC-Seq、NGS、双分子荧光互补、蛋白质相互作用组学 NA 蛋白质相互作用数据、测序数据、荧光成像数据 NA NA NA 基于split miRFP670nano3的近红外双分子荧光互补系统 医学、药物开发
6 2026-10-28
Synthetic Reconstruction and Characterization of Endogenous Bacteriophage Genomes from Desulfovibrio vulgaris
2026-Oct-19, Viruses
研究论文 本文提出了一个基于基因组指导的工作流程,用于从脱硫弧菌中挖掘、验证并合成重建内源性原噬菌体 首次对脱硫弧菌Hildenborough的内源性原噬菌体进行系统性鉴定和合成重建,并发现计算预测的完整性与实际诱导活性不完全相关 工程化合成噬菌体基因组在电转后仅产生局部浑浊表型而非典型裂解斑,未能在实验条件下有效裂解传播 建立厌氧硫酸盐还原菌内源性原噬菌体的计算与合成生物学工程框架,为控制微生物腐蚀的噬菌体平台奠定基础 脱硫弧菌Hildenborough的内源性原噬菌体基因组 合成生物学 NA PHASTEST生物信息学分析、紫外线诱导、全基因组测序、长距离PCR、无疤痕等温DNA组装、Nanopore测序、电穿孔、定量PCR NA 基因组序列、测序数据 7个原噬菌体样区域,其中5个为完整原噬菌体,3个生物学重复 长距离PCR, 无疤痕等温DNA组装, 电穿孔 脱硫弧菌Hildenborough 三个渐进截短的原噬菌体合成基因组(约36、33、29 kb) 工业生物技术, 环境
7 2026-10-28
From Mechanistic Models to AI Synergy: A Roadmap for Predictive and Personalized Biology
2026-Oct-16, Biology
综述 综述了机制模型与人工智能融合的三种整合策略分类及其在多个生物领域的应用,并讨论了七个挑战和未来方向 提出了AI加速机制建模、机制引导AI和混合模型(单向顺序耦合与双向迭代系统)的三部分整合策略分类体系,并系统梳理了融合应用的挑战与未来愿景 作为综述文章,未提供新的实验数据或模型验证,对整合策略的具体实现细节和定量比较有限 探讨机制数学模型与人工智能的协同融合策略,推动预测性和机制性的生命科学发展 机制数学模型与人工智能方法及其在系统生物学、合成生物学、药理学与药物发现、流行病学和神经科学中的应用 机器学习, 系统生物学, 合成生物学, 药理学, 流行病学, 神经科学 NA NA NA NA NA NA NA NA 医学, 工业生物技术
8 2026-10-28
Protein Self-Assembly as a Design Principle for Enzyme Immobilisation in Biocatalysis
2026-Oct-16, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
综述 该综述探讨了蛋白质自组装作为酶固定化统一设计原则,重点介绍了催化活性包涵体(CatIBs)等自组装系统在生物催化中的应用 提出蛋白质自组装作为酶固定化的统一设计原则,强调催化活性包涵体(CatIBs)作为一种简化、无载体平台的优势 未提及具体实验验证或定量比较,主要基于文献总结 总结蛋白质自组装在酶固定化中的设计原则,克服传统固定化策略的局限性 酶固定化策略,包括传统方法和蛋白质自组装系统 合成生物学 NA 蛋白质自组装 NA 文本 NA SpyTag/SpyCatcher NA 多酶级联反应,区室化 医药,生物燃料,食品,工业生物技术
9 2026-10-28
Evolution of (S)-2-Aminobutanol Synthesis from Chemical Resolution to Biomanufacturing
2026-Oct-16, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
综述 系统总结了手性(S)-2-氨基丁醇从化学拆分到生物制造合成路线的演变与最新进展 系统梳理了从传统化学法到体外多酶级联及全细胞合成生物学的技术迭代,并揭示双口袋活性位点模型驱动100%理论产率与>99% ee的机制,提出体外连续流微反应器与全细胞+无细胞杂合及AI整合的未来趋势 现有全细胞合成生物学仍受中间体2-酮丁酸(2-OBA)胞内毒性等瓶颈制约,且报道的45.3 g·L滴度仅指上游氨基酸前体L-2-氨基丁酸而非最终产物,同时化学结晶与酶动力学拆分受50%理论产率上限限制 评估各代(S)-2-氨基丁醇合成技术的工业化潜力,指明绿色低碳制造的未来发展方向 (S)-2-氨基丁醇及其合成路线、关键酶(胺脱氢酶AmDHs、ω-转氨酶ω-TAs)与全细胞细胞工厂 合成生物学 结核病, 癫痫 多酶级联催化, 全细胞生物合成, 外排泵工程, 群体感应动态调控 NA 文本 NA NA NA 群体感应动态调控回路, 外排泵工程 医药, 工业生物技术
10 2026-10-28
AI-Facilitated Discovery of Microbiome-Originated Antimicrobial Peptides: A Perspective on Combating Antibiotic Resistance Within Public Health and Food Safety Frameworks
2026-Oct-15, Microorganisms IF:4.1Q2
综述 本文综述了人工智能驱动发现微生物组来源抗菌肽的最新进展,并探讨其在公共卫生和食品安全框架下应对抗生素耐药性的应用与挑战 将微生物组科学、深度学习和合成生物学相结合,提出AI发现的抗菌肽可作为跨人类、动物和环境领域的下一代抗耐药干预手段 讨论了药代动力学、毒性、生产可扩展性及在食品保鲜和水安全应用中的转化挑战 总结AI驱动发现微生物组来源抗菌肽的突破,评估其对多重耐药病原体的临床前效力,并探讨转化应用中的挑战 微生物组来源的抗菌肽及多重耐药病原体 机器学习 传染病 人工智能, 机器学习, 宏基因组数据挖掘 深度学习 宏基因组数据, 肽序列 NA 合成生物学 NA NA 医学, 食品, 环境
11 2026-10-28
De novo design of cysteine proteases
2026-Oct-14, Nature IF:50.5Q1
研究论文 本文描述了从头设计使用活化半胱氨酸亲核试剂以序列依赖方式水解多肽骨架的酶 成功从头设计出与天然蛋白酶折叠差异很大(TM score < 0.50)的蛋白酶,六個晶体结构与设计模型非常接近(Cα RMSD < 1.2 Å),成功率为19%,速率提升高达3×10^4倍 与最活跃的天然半胱氨酸蛋白酶相比仍存在活性差距,这源于活性位点预组织和底物定位的不完美 从头设计能够水解多肽骨架的蛋白酶 人工设计的半胱氨酸蛋白酶 合成生物学 NA 蛋白质从头设计 NA 蛋白质结构数据 69个设计,6个晶体结构 NA 哺乳动物细胞 NA 医学,合成生物学
12 2026-10-28
Concatenation, Splicing and Insertion-Deletion Operations on Cyclic DNA Molecules
2026-Oct-12, Entropy (Basel, Switzerland)
研究论文 本文形式化研究了环状DNA分子上的拼接、插入和删除操作,比较了连接操作与环状拼接和插入的关系 首次给出了作用于环状词的插入算子的形式化定义,并证明了在某种上下文无关方式下使用环状拼接和插入时,这些计算操作与单轮连接操作一致 研究局限于形式化理论分析,未涉及实验验证或实际DNA计算应用 研究环状词上的拼接、插入和删除操作,探讨代数运算与生物启发的字符串变换之间的关系 环状DNA分子(环状词) DNA计算 NA 形式化建模与理论分析 NA NA NA NA NA NA 医学, 工业生物技术
13 2026-10-28
Comparative Analysis of Inhibition Efficiency of Chimeric Antisense Oligonucleotides with Various Chemical Modifications and Their Application for Exogenous Control of Gene Expression in Escherichia coli
2026-Oct-06, Antibiotics (Basel, Switzerland)
研究论文 该研究比较了具有不同化学修饰的嵌合反义寡核苷酸在细菌报告基因系统中抑制基因表达的效率 系统比较了多种化学修饰(包括TMO、PS、LNA、2'-O-甲基等)对穿膜肽偶联ASO在E. coli中抑制活性的影响,并发现TMO修饰效果最佳 仅在大肠杆菌lacZ报告基因系统中评估,未在其他基因或生物体中验证;未详细评估细胞毒性或脱靶效应 比较不同结构及化学修饰对穿膜肽偶联反义寡核苷酸在细菌报告系统中抑制活性的影响,并探索其用于外源控制基因表达的可能性 七种化学修饰的反义寡核苷酸变体和大肠杆菌lacZ报告基因 合成生物学 NA 反义寡核苷酸化学修饰、lacZ报告基因检测 NA 实验测量数据(β-半乳糖苷酶活性) 7种ASO变体,每种在多个浓度下测试(如120 μg/mL) NA 大肠杆菌 NA 合成生物学, 生物技术, 代谢工程
14 2026-10-28
Plant Molecular Farming for Cancer Immunotherapy: Production, Glycoengineering, and Structural Insights into Therapeutic Monoclonal Antibodies
2026-Oct-04, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3
综述 本文综述了植物分子农业在癌症免疫治疗中生产治疗性单克隆抗体的进展,包括糖基工程和计算结构分析 对曲妥珠单抗和帕博利珠单抗进行与植物相关Fc糖型的比较计算结构分析,重点关注Fc N-糖基化和聚糖溶剂可及性 未提及具体实验验证,结构分析基于计算建模,缺乏体内外功能验证数据 总结植物基抗癌生物制剂的生产进展,特别是治疗性单克隆抗体和免疫检查点抑制剂,并分析植物糖型对抗体结构的影响 靶向HER2、PD-1和PD-L1的植物源抗体,以及曲妥珠单抗和帕博利珠单抗的Fc糖型 生物制药, 肿瘤免疫治疗, 植物生物技术 癌症 植物分子生物工程, 计算结构分析 计算建模 蛋白质结构数据 NA NA 植物 NA 医学
15 2026-10-28
Hyperproduction of a Fungal Natural Product, Calcarisarbulide A, From a Synthetic Transcriptional Cascade
2026-Oct-03, Journal of fungi (Basel, Switzerland)
研究论文 该文章通过合成转录级联在酵母中高效生产真菌天然产物calcarisarbulide A,并优化前体供应使产量达到2.62 g/L 利用合成转录级联从真菌基因簇在酵母中实现天然产物的高效异源表达,并结合前体喂养策略显著提高产量 在曲霉和另一宿主中产量较低,可能受内源代谢影响;仅在酵母中验证了级联策略 实现真菌天然产物calcarisarbulide A的安全高效生产 真菌天然产物calcarisarbulide A及其生物合成基因簇 合成生物学 肝纤维化 合成生物学、基因工程、异源表达 NA NA NA NA 酵母 合成转录级联 医药
16 2026-10-28
Spatial Control of Light-Responsive Proteins and Optogenetics Within Hydrogels via Volumetric Bioprinting
2026-Oct, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
研究论文 该文章利用断层体积生物打印技术实现水凝胶内光响应蛋白和光遗传学电路的空间控制 首次将断层体积生物打印重新用于打印后深层细胞的光遗传学刺激,结合多波长体积打印机实现近红外光遗传系统选择性激活 未明确说明光穿透深度限制和长期细胞活性影响 实现生物打印构建体内细胞命运和行为的时空控制 水凝胶构建体内的细胞和光响应蛋白 组织工程, 合成生物学 NA 体积生物打印, 光遗传学 NA 图像 NA NA 哺乳动物细胞 光遗传学电路 医学, 组织工程
17 2026-10-28
Synthetic Biology and Systems Metabolic Engineering of Aminoglycoside Antibiotics: From Biosynthetic Pathways to Resistance-Evading and Low-Toxicity Design
2026-Oct-01, Microorganisms IF:4.1Q2
综述 系统总结氨基糖苷类抗生素的生物合成逻辑,并综述合成生物学与系统代谢工程在改造其生物合成途径、开发抗耐药和低毒性衍生物方面的策略与进展 从遗传回路设计、底盘细胞优化、无细胞合成、异源从头生物合成和系统生物学驱动全局优化五个维度系统梳理氨基糖苷类抗生素的合成生物学与系统代谢工程策略,并聚焦抗耐药衍生物(如plazomicin)、基于4-单取代阿普拉霉素结构的低毒性设计以及组合生物合成杂合抗生素 异源表达兼容性、产物产量瓶颈以及构效关系理解不完整 阐明并工程化改造氨基糖苷类抗生素的生物合成途径,以实现抗耐药和低毒性衍生物的开发 氨基糖苷类抗生素及其生物合成途径,代表性品种包括庆大霉素、卡那霉素、妥布霉素、阿普拉霉素、新霉素和链霉素 合成生物学, 系统代谢工程 革兰氏阴性菌感染 合成生物学, 系统代谢工程, 组合生物合成, 无细胞合成, 基因组尺度代谢模型, 人工智能驱动动态调控 基因组尺度代谢模型 文献, 代谢途径与酶学数据 NA NA NA 遗传回路, 生物合成途径 医学, 工业生物技术
18 2026-10-28
Identifying paths to ammonium production in Vibrio natriegens by characterizing nitrogenase regulation
2026-Sep-25, Metabolic engineering IF:6.8Q1
研究论文 该文通过功能基因组学、靶向突变和报告基因实验,表征了需钠弧菌固氮酶的调控蛋白,揭示了NtrBC、NifA、GlnB和GlnK在氮源响应中的作用,并发现GlnB/GlnK对NtrBC的冗余抑制导致铵分泌 首次系统鉴定了需钠弧菌固氮酶的调控层级,发现NifA足以激活固氮酶基因表达而NtrBC仅影响表达时序,并揭示GlnB和GlnK对NtrBC的冗余抑制更类似于非固氮大肠杆菌而非其他固氮γ-变形菌 研究仅基于实验室条件下的表征,未在工业或环境条件下验证;未涉及其他调控因子或全局调控网络;铵分泌水平未定量优化 表征需钠弧菌固氮酶的调控机制,为利用廉价氮气生产铵提供改造框架 需钠弧菌(Vibrio natriegens)的固氮酶调控系统 合成生物学 NA 功能基因组学、靶向突变、报告基因实验 NA 实验数据(基因表达、生长表型、铵分泌) NA NA 需钠弧菌(Vibrio natriegens) NA 工业生物技术、农业
19 2026-10-28
Genomics of the Genus Rhodiola: From Genome Assembly to High-Altitude Adaptation and Bioactive Compound Biosynthesis
2026-Sep-22, Genes IF:2.8Q2
综述 该文综述了红景天属植物的基因组学进展,包括叶绿体与核基因组组装、比较基因组学及多组学整合,以理解其高海拔适应性和活性化合物生物合成机制 系统整合了过去十年的基因组学研究,全面阐明了红景天苷生物合成途径,鉴定了 rosavin 生物合成的候选基因,预测了转录调控因子,并提出了植物-微生物组对特殊代谢的贡献 转座子爆发和谱系特异性基因家族动态与适应性之间的因果关系尚未建立;rosavin 生物合成途径仅鉴定到候选基因,尚未完全阐明 理解基因组机制如何同时贡献于环境适应和活性化合物生物合成,并探讨红景天属作为高海拔适应与药用化合物生物合成研究模型的潜力 红景天属(Rhodiola)高山药用植物 基因组学, 比较基因组学, 多组学整合 NA 叶绿体基因组组装, 核基因组组装, 比较基因组学, 转座子分析, 基因家族分析, 多组学整合, 转录组学, 代谢组学 NA 基因组序列, 多组学数据 NA NA NA NA 医药, 合成生物学, 分子育种
20 2026-10-28
Flaxseed gum-reinforced sodium alginate semi-interpenetrating polymer network W1/O/W2 emulgels for targeted co-delivery of prebiotics and engineered "living factory": a novel next-generation synbiotic system for anoxia-triggered synergistic inulin metabolism
2026-Sep, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1
研究论文 该文报道了一种由亚麻籽胶增强的海藻酸钠半互穿聚合物网络W1/O/W2乳液凝胶,用于益生元和工程化“活工厂”的靶向共递送,构建了新一代合生元系统以实现缺氧触发的菊粉协同代谢 将合成生物学与生物大分子组装相结合,构建了缺氧响应型工程化大肠杆菌Nissle1917作为“活工厂”,并设计亚麻籽胶增强的海藻酸钠半互穿聚合物网络W/O/W乳液凝胶实现益生元与工程菌的同步共递送,实现不依赖宿主微生物异质性的确定性菊粉代谢 仅在体外模拟胃肠条件下验证,缺乏体内动物实验或临床试验数据;菊粉水解率在4小时仅为20.0%,效率有待提高;未评估工程菌的长期安全性和生态影响 解决宿主微生物代谢异质性限制菊粉类益生元健康效益的问题,开发不依赖宿主异质性的新一代工程化合生元递送平台 工程化大肠杆菌Nissle1917、菊粉、W/O/W乳液凝胶递送系统 合成生物学、微生物组工程、药物递送 NA 合成生物学、W/O/W乳液凝胶制备、钙交联凝胶化、半互穿聚合物网络构建 NA 实验数据(流变学、质构、体外释放与水解数据) NA NA 大肠杆菌Nissle1917 缺氧响应型菊粉酶分泌系统(双酶系统) 医学、食品、工业生物技术
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