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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-03-17 |
Beyond text generation: large language models as autonomous agents for orchestrating synthetic biology cycles
2026-May, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2026.134309
PMID:41763131
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综述 | 本文探讨了大型语言模型(LLMs)作为自主代理在合成生物学设计-构建-测试-学习循环中的协调作用,超越了传统的文本生成功能 | 将LLMs定位为能够解析生物系统深层逻辑的语义引擎,并作为自主代理来协调合成生物学的完整实验周期,而非仅作为预测工具 | 新范式引入了计算成本高、可解释性不足以及伦理治理等深刻挑战 | 系统展示LLMs如何转变合成生物学的研究范式,从手动特征创建转向语义驱动方法,并探索其在可持续制造和医学等领域的应用前景 | 大型语言模型(LLMs)在合成生物学中的应用 | 自然语言处理 | NA | NA | 大型语言模型(LLMs) | 生物序列数据 | NA | NA | NA | NA | 医学, 工业生物技术 |
| 2 | 2026-03-17 |
p-Benzoyl-l-phenylalanine as a Multifunctional Noncanonical Amino Acid in Synthetic Biology: Photoprobing, Photocatalysis, and Structural Programming for Biocontainment
2026-Mar-16, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202525502
PMID:41664298
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综述 | 本文综述了对苯甲酰-L-苯丙氨酸(pBzF)作为一种多功能非经典氨基酸在合成生物学中的应用,涵盖光探针、光催化和结构编程等多个领域 | 系统性地将pBzF确立为一种兼具光化学和结构功能的通用模块,用于构建具有非天然、光响应和催化功能的蛋白质 | NA | 探讨pBzF在合成生物学中的多功能应用潜力 | 对苯甲酰-L-苯丙氨酸(pBzF)及其在蛋白质工程中的应用 | 合成生物学 | NA | 遗传编码、定向进化、光化学技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学, 工业生物技术 |
| 3 | 2026-03-17 |
Rhodo-Box: A Synthetic Biology Toolbox to Facilitate Metabolic Engineering of Rhodobacter sphaeroides
2026-Mar-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00808
PMID:41832780
|
研究论文 | 本研究开发了Rhodo-Box,一个用于促进Rhodobacter sphaeroides代谢工程的合成生物学工具箱 | 通过适应和扩展Zymo-Parts模块化克隆框架,创建了包含复制起点、启动子、诱导表达系统、RBS和终止子的标准化遗传元件集合,并提供了半自动化的用户友好克隆方法 | NA | 为Rhodobacter sphaeroides提供标准化的遗传工具,以促进其作为可持续生物制造底盘的应用 | Rhodobacter sphaeroides及其遗传元件 | 合成生物学 | NA | 模块化克隆、遗传工程 | NA | NA | NA | Zymo-Parts, Gibson Assembly | Rhodobacter sphaeroides | 包含复制起点、启动子、诱导表达系统、RBS和终止子的合成生物学工具箱 | 工业生物技术 |
| 4 | 2026-03-17 |
Microplastic biodegradation and environmental safety: From microbial mechanisms to engineered systems and circular bio-based implementation
2026-Mar-14, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2026.120016
PMID:41833249
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综述 | 本文综述了微塑料的生物降解机制,从微生物作用到工程系统,并探讨了其在循环生物基框架中的实施与环境安全性 | 对微塑料生物降解过程进行了机理整合分析,明确区分了表面改性、解聚、生物转化和完全矿化等不同阶段,并特别关注了环境安全考量与循环生物基回收框架的整合可行性 | 尽管酶工程和合成生物学在受控条件下显著提高了解聚效率,但规模化、法规遵从性和生态系统层面的风险评估仍是核心挑战 | 评估微塑料生物降解的微生物机制、工程系统及在循环生物基实施中的环境安全性 | 微塑料(小于5毫米的合成聚合物颗粒)及其生物降解过程 | NA | NA | 微生物降解、酶降解、酶工程、合成生物学 | NA | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | 环境 |
| 5 | 2026-03-17 |
Biological reduction of Fenton sludge: Electron transfer mechanisms, regulatory strategies, and prospects
2026-Mar-13, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2026.134424
PMID:41833913
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综述 | 本文综述了芬顿污泥生物还原中的电子转移机制、调控策略及未来前景 | 聚焦于多机制动态耦合的电子转移网络框架,并详细阐述了增强机制间协同作用的调控策略 | NA | 促进芬顿污泥的资源化利用和生物铁还原的多样化发展 | 芬顿污泥 | 环境生物技术 | NA | 生物还原、遗传工程、微生物电化学技术 | NA | NA | NA | 遗传工程 | 铁还原细菌 | NA | 环境 |
| 6 | 2026-03-17 |
Research Progress and Prospects of Open-Chain Flavonoid Biosynthesis
2026-Mar-11, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00926
PMID:41810537
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综述 | 本文综述了开链黄酮类化合物的结构特征、生物合成途径研究进展、代谢工程与微生物生产策略,并展望了未来研究方向与生物技术应用前景 | 系统总结了开链黄酮这一特殊黄酮亚类的最新研究进展,整合了代谢组学、结构酶学和合成生物学等多学科发现,并对未来生物技术应用方向提出了前瞻性观点 | NA | 总结开链黄酮类化合物的研究进展并展望其未来研究方向与生物技术应用 | 开链黄酮类化合物(具有未环化三碳桥连接两个芳香环的特殊黄酮亚类) | 合成生物学 | NA | 代谢组学、结构酶学、合成生物学 | NA | NA | NA | 代谢工程、微生物生产 | NA | 开链黄酮生物合成途径 | 医药、生物技术 |
| 7 | 2026-03-17 |
Repositioning the Leader Peptide in Graspetide Biosynthesis
2026-Mar-06, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.5c21135
PMID:41789461
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研究论文 | 本研究通过重新定位前导肽序列在graspetide生物合成中的位置,开发了一种工程化策略,用于生成具有非天然翻译后修饰的机械互锁肽产物 | 将前导肽序列从N端重新定位至C端,并证明修饰酶活性得以保留,同时实现了两种不同家族酶(套索肽和graspetide)对同一前体肽的协同修饰 | 前导肽重新定位后酶修饰速率降低了约2倍 | 开发合成生物学策略以扩展核糖体合成和翻译后修饰肽(RiPPs)的结构多样性 | fuscimiditide前体肽及其graspetide合成酶ThfB | 合成生物学 | NA | 酶学重构、前体肽工程 | NA | 酶动力学数据、产物结构分析 | NA | 前导肽工程 | NA | 双前导肽引导的嵌合RiPP生物合成途径 | 工业生物技术 |
| 8 | 2026-03-17 |
Metabolic Engineering and Synthetic Biology-Driven Strategies to Harness Microbial Production of Adipic Acid: Current Status and Future Direction
2026-Mar-06, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00869
PMID:41790735
|
综述 | 本文综述了利用代谢工程和合成生物学策略驱动微生物生产己二酸的当前进展与未来方向 | 系统总结了己二酸生物合成的挑战,并提出了通过先进代谢工程工具构建高效细胞工厂的策略,为商业化生物基己二酸生产提供指导 | 工业上可行的己二酸生物合成技术仍受限于原料利用不完全、菌株转化效率低、发酵过程复杂及下游分离成本高等挑战 | 开发可持续的己二酸生物合成技术,以应对市场需求增长和传统生产的环境问题 | 己二酸的生物合成途径、代谢工程策略及发酵与分离技术 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、合成生物学 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | 大肠杆菌、酿酒酵母、枯草芽孢杆菌等微生物 | 生物传感器、代谢通路、逻辑门等合成生物学电路 | 工业生物技术、材料、能源 |
| 9 | 2026-03-17 |
Stability and Reactivity of Alternative Nucleobases in Concentrated Sulfuric Acid
2026-Mar-03, Molecules (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/molecules31050845
PMID:41828832
|
研究论文 | 本研究评估了14种商业可得的替代核碱基在浓硫酸中的稳定性,以探索其在该溶剂中形成DNA类似聚合物的潜力 | 首次系统研究了替代核碱基在浓硫酸中的稳定性,并识别出多个稳定且可溶的候选碱基,为在极端酸性环境中设计遗传类似聚合物提供了新方向 | 研究仅限于实验室条件下的短期稳定性评估,未验证这些碱基在浓硫酸中实际形成聚合物或进行碱基配对的能力 | 探索在浓硫酸等极端酸性溶剂中稳定存在的替代核碱基,以支持DNA类似聚合物的设计 | 14种商业可得的替代核碱基 | 合成生物学 | NA | 核磁共振光谱(H和C NMR) | NA | 光谱数据 | 14种化合物,在98%和81%浓硫酸中孵育3周 | NA | NA | NA | 天体生物学、行星科学、合成生物学 |
| 10 | 2026-03-17 |
Application of Enzyme Engineering and Synthetic Biology for Modulated Transformation of Fructooligosaccharides (FOSs) to Elucidate the Catalytic Mechanism of Fructofuranosidases
2026-Mar-03, Foods (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/foods15050843
PMID:41829116
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研究论文 | 本研究通过酶工程和合成生物学方法改造果呋喃糖苷酶,以提高果寡糖的转化效率并阐明其催化机制 | 构建了突变酶142P-242K,将果寡糖转化效率从29%提升至52%,并揭示了催化口袋修饰和底物亲和力变化是提高产量的主要因素 | 活性位点的疏水性和强氢键阻碍了从GF2合成nystose (GF3) | 提高果寡糖的酶法生产效率和阐明果呋喃糖苷酶的催化机制 | 果呋喃糖苷酶突变体142P-242K及其催化产物果寡糖 | 合成生物学 | NA | 酶工程、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 食品, 制药 |
| 11 | 2026-03-17 |
Engineered E. coli Nissle 1917 Depletes Branched-Chain Amino Acids to Suppress Colorectal Tumorigenesis
2026-Feb-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00804
PMID:41712535
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研究论文 | 本文通过工程化改造大肠杆菌Nissle 1917菌株,使其消耗肠道中的支链氨基酸,从而抑制结直肠癌的发生和发展 | 利用合成生物学方法改造益生菌,靶向支链氨基酸代谢,为癌症治疗提供了一种新的策略 | 研究基于小鼠模型,尚未在人体中进行验证,且具体机制仍需进一步探索 | 探究工程化益生菌通过消耗支链氨基酸来抑制结直肠肿瘤发生的作用 | 结直肠癌小鼠模型及工程化大肠杆菌Nissle 1917菌株 | 合成生物学 | 结直肠癌 | 基因工程改造 | NA | NA | NA | NA | 大肠杆菌 | 支链氨基酸降解或转运通路 | 医学 |
| 12 | 2026-03-17 |
Recognition of Non-standard Base Pairs by Triplex-Forming Oligonucleotides Containing an Expanded Genetic Alphabet
2026-Feb-17, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-8652009/v1
PMID:41756467
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研究论文 | 本文通过使用人工扩展遗传信息系统(AEGIS)的核碱基,扩展了三链体形成寡核苷酸(TFOs)对双链DNA的识别能力,实现了在中性pH下对标准、损伤或合成碱基对的高亲和力靶向 | 利用AEGIS核碱基系统性地评估了120种碱基三联体组合,识别出至少12种新的模块化三联体,可在中性pH下以纳摩尔亲和力靶向包含标准、损伤或合成碱基对的双链DNA | NA | 扩展三链体形成寡核苷酸的识别空间,以增强对双链DNA的序列特异性识别能力 | 三链体形成寡核苷酸(TFOs)及其与双链DNA的相互作用 | 合成生物学 | NA | 人工扩展遗传信息系统(AEGIS) | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学, 合成生物学, 核酸纳米技术 |
| 13 | 2026-03-17 |
Molecular adaptations and engineering of extremophiles for synthetic biology and biotechnological applications
2026, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2026.1754802
PMID:41834871
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综述 | 本文综述了极端微生物的多样性、适应机制及其在合成生物学和生物技术中的应用 | 整合了CRISPR/Cas基因组编辑、基因组规模代谢建模和合成生物学工具,以扩展极端微生物在可持续工业生物技术中的利用 | NA | 探讨极端微生物的适应机制及其在合成生物学和生物技术领域的应用潜力 | 极端微生物(包括古菌、细菌和真核生物)及其适应性状 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas基因组编辑、基因组规模代谢建模 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | NA | NA | 工业生物技术, 环境 |
| 14 | 2026-03-17 |
Decoding the Minimal Translation System of the Plasmodium falciparum Apicoplast: Essential tRNA-modifying Enzymes and Their Roles in Organelle Maintenance
2025-Aug-15, Journal of molecular biology
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.jmb.2025.169156
PMID:40335414
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研究论文 | 本研究通过鉴定恶性疟原虫顶质体中tRNA修饰酶的最小集合,揭示了其在细胞器维持中的关键作用 | 首次系统性地定义了恶性疟原虫顶质体中tRNA修饰酶的最小集合,并验证了其中六种酶对寄生虫生存的必需性 | 研究中两个基因无法被敲除,其中一个可能具有顶质体外的必需功能,另一个的作用机制尚未完全阐明 | 探究恶性疟原虫顶质体中最小翻译系统所需的tRNA修饰酶及其功能 | 恶性疟原虫顶质体中的tRNA修饰酶 | 合成生物学 | 疟疾 | 比较基因组学、蛋白质定位预测工具、基因敲除技术 | NA | 基因组数据、蛋白质定位数据 | NA | 基因敲除工具 | 恶性疟原虫 | NA | 医学 |
| 15 | 2026-03-16 |
Engineered Bacteria as living detectors of tumor DNA: A new diagnostic frontier
2026-Apr-15, Clinica chimica acta; international journal of clinical chemistry
DOI:10.1016/j.cca.2026.120914
PMID:41724454
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综述 | 本文综述了利用合成生物学技术设计基因工程细菌作为生物传感器,用于原位检测肿瘤DNA(特别是KRAS突变)的最新进展 | 将基因工程细菌作为活体检测器,结合CRISPR-Cas工具和水平基因转移,实现对肿瘤DNA的特异性识别和可视化报告输出 | 存在生物安全性、定植效率和检测灵敏度方面的限制 | 开发基于工程细菌的肿瘤DNA检测方法,以革新癌症诊断和管理 | 肿瘤生成的DNA,特别是驱动多种癌症的KRAS突变 | 合成生物学 | 结直肠癌和胃肠道癌症,以及其他实体肿瘤 | CRISPR-Cas工具、水平基因转移、同源重组 | NA | DNA序列 | NA | CRISPR-Cas | 多种细菌物种 | 独特的遗传电路、多重CRISPR系统、安全电路,用于提高特异性、灵敏度和生物安全性 | 医学 |
| 16 | 2026-03-16 |
Microbial consortia interactions and bioremediation of pesticides: A review on designing, mechanism and efficacy
2026-Apr, Pesticide biochemistry and physiology
IF:4.2Q1
DOI:10.1016/j.pestbp.2026.106993
PMID:41831863
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综述 | 本文对微生物联合体在农药污染土壤修复中的设计、作用机制和效能进行了系统性综述 | 首次系统性地综述了微生物联合体在农药生物修复中的应用,并探讨了合成生物学、机器学习和人工智能等新兴技术在该领域的潜力 | NA | 深入分析基于微生物联合体的农药污染土壤修复的现有知识,并探讨未来研究方向 | 农药污染的农业土壤 | 环境科学 | NA | 微生物联合体技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 环境, 农业 |
| 17 | 2026-03-16 |
Decoding Cdk1 control: from mitotic thresholds to meiotic specificity
2026-Mar-12, Chromosome research : an international journal on the molecular, supramolecular and evolutionary aspects of chromosome biology
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s10577-026-09796-4
PMID:41817770
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综述 | 本文回顾了Cdk1在细胞周期控制中的定量与定性模型,并探讨了通过合成生物学和磷酸化蛋白质组学技术解码其调控逻辑的进展 | 整合了Shokat系统的Cdk1等位基因开发,结合化学遗传学和质谱技术,实现了对Cdk1活性的高时空分辨率控制与底物鉴定 | 研究主要基于芽殖酵母和裂殖酵母等单Cdk模型,可能无法完全反映多Cdk高等真核生物的复杂性 | 解析Cdk1在细胞周期调控中的定量与定性作用机制,并探讨其在有丝分裂和减数分裂中的特异性 | 真核细胞周期调控蛋白激酶Cdk1及其底物 | NA | NA | 化学遗传学、质谱分析、磷酸化蛋白质组学 | NA | NA | NA | NA | 芽殖酵母、裂殖酵母 | NA | NA |
| 18 | 2026-03-16 |
Exogenous biostimulants: mechanisms and innovations for enhancing seed germination and resilience under abiotic stress
2026-Mar-12, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2026.03.023
PMID:41831683
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综述 | 本文全面阐述了非生物胁迫抑制种子萌发的生理生化机制,并评估了多种外源物质(如纳米材料、植物激素等)作为生物刺激剂在增强种子萌发和胁迫耐受性方面的潜力 | 提出了一个整合合成生物学、可生物降解纳米材料和刺激响应型纳米递送系统的多学科融合路线图,旨在开发智能、高效、可持续的种子技术 | 从实验室研究到田间应用面临成本效益、环境安全性和作用周期短等重大障碍 | 增强种子在非生物胁迫(如干旱、盐分、极端温度)下的萌发能力和恢复力,以应对气候变化对全球作物种植和粮食安全的威胁 | 种子萌发过程 | 农业生物技术 | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | 农业 |
| 19 | 2026-03-16 |
Engineering chaperone/usher pathway pili for surface display: Structural constraints, design principles, and biotechnological potential
2026-Mar-10, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2026.108865
PMID:41819295
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综述 | 本文综述了利用伴侣蛋白/分泌蛋白(CU)途径菌毛作为细菌表面展示平台的结构约束、设计原理及生物技术潜力 | 基于近年积累的原子级或近原子级分辨率结构信息,系统分析了CU菌毛展示的结构约束,重新诠释了先前的展示策略,提炼了通用的设计原则,并提出了实用的工程化方法 | NA | 评估并指导CU菌毛展示系统在合成生物学工具箱中的理性设计与应用 | 大肠杆菌、沙门氏菌和鼠疫耶尔森菌中结构特征明确的CU菌毛 | 合成生物学 | NA | 蛋白结构预测、高分辨率结构解析 | NA | 结构数据 | NA | NA | 革兰氏阴性细菌(如大肠杆菌、沙门氏菌、鼠疫耶尔森菌) | 细菌表面展示平台 | 生物技术、合成生物学 |
| 20 | 2026-03-16 |
Engineering Plant-Based Platforms for Saccharide Biosynthesis: Progress and Prospects
2026-Mar-10, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c14582
PMID:41805344
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综述 | 本文综述了利用植物底盘进行糖类生物合成的关键技术进步、研究现状、技术挑战及优化策略 | 强调植物底盘作为合成生物学平台,结合光合碳固定与天然糖类生物合成,实现可持续大规模糖类生产的创新潜力 | NA | 为合成生物学发展提供见解,并揭示植物底盘在糖类生物合成中的商业潜力 | 植物底盘系统及其在糖类生物合成中的应用 | 合成生物学 | NA | 合成生物学技术 | NA | NA | NA | NA | 植物系统 | 糖类生物合成途径 | 工业生物技术, 能源, 材料 |