合成生物学相关文章
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当前共找到 5073 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-06-01 |
Advances in biocontainment strategies of engineered microbes for use in humans
2026-Jun, Current opinion in microbiology
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.mib.2026.102727
PMID:41780106
|
综述 | 综述了用于人体的工程微生物的生物防护策略 | 综合讨论了多种生物防护策略及其在临床试验中的使用和效果 | 未涉及标准化测试的具体实施细节 | 讨论用于生物医学应用的工程微生物的生物防护策略现状 | 工程微生物及其生物防护策略 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, 非标准氨基酸 | 微生物 | 毒素-抗毒素系统、自杀开关、营养缺陷型、基于CRISPR的靶向DNA降解、物理屏障 | 医学 |
| 2 | 2026-06-01 |
Repurposing bacterial secretion systems for the design of living therapeutics
2026-Jun, Current opinion in microbiology
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.mib.2026.102726
PMID:41780105
|
综述 | 本文综述了利用细菌分泌系统改造共生和益生菌以设计活体治疗药物的方法 | 系统比较了不同细菌分泌系统在工程化治疗蛋白递送中的优缺点，并聚焦于通过合成生物学改造革兰氏阴性菌以绕过其复杂外膜屏障的策略 | 部分分泌系统来源于病原菌，可能存在安全性和生物相容性方面的局限性 | 开发基于工程化细菌的靶向治疗蛋白递送系统以解决药物全身副作用问题 | 大肠杆菌等共生和益生菌的分泌系统及治疗蛋白载荷 | 合成生物学 | 炎症性肠病 | 细菌分泌系统工程 | NA | NA | NA | NA | 大肠杆菌 | 分泌系统与治疗蛋白载荷的工程化整合，包括转录调控通路 | 医学 |
| 3 | 2026-06-01 |
Dual-promoter control of gene expression: from transcriptional fine-tuning to antibiotic resistance
2026-Jun, Current opinion in microbiology
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.mib.2026.102747
PMID:41903510
|
综述 | 综述微生物中双启动子调控基因表达的策略及其在抗生素耐药性预测和合成生物学中的应用 | 系统总结了双启动子结构在微生物中的组合调控机制，并探讨其在抗生素应激传感及耐药性机制预测中的新应用 | 未提供具体的实验数据或定量分析，主要基于文献综述，缺乏对直接因果关系验证的深入讨论 | 阐明双启动子调控基因表达的机制及其在微生物中作为生物传感器和合成生物学工具的应用价值 | 微生物（包括细菌和真菌）中的双启动子调控系统 | 机器学习 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 双启动子逻辑门、生物传感器、合成基因回路 | 医学, 工业生物技术 |
| 4 | 2026-06-01 |
Evolutionary insights and guidelines to achieve effective and high-yield non-ribosomal peptide and polyketide engineering
2026-Jun, Current opinion in microbiology
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.mib.2026.102755
PMID:41967291
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综述 | 综述了基于进化原理和数据集进行非核糖体肽合成酶和聚酮合酶工程改造的指导原则，以实现高效高产的产物生成 | 从依赖结构数据的工程策略转向融合进化见解和数据集，优化重组边界选择并提高工程通量，为抗生素发现和生产提供新指导 | 没有一种工程策略在减少产量损失方面显著最优，且重组装配线普遍存在产量受损问题 | 探索通过进化原理指导酶工程改造以实现高产且有效的非核糖体肽和聚酮化合物生产 | 非核糖体肽合成酶和聚酮合酶装配线 | 合成生物学 | NA | NRPS和PKS工程改造，meta-analysis | NA | 已发表的研究结果 | 综述了多项已发表的工程改造研究结果，未具体说明样本数量 | NA | NA | 非核糖体肽合成酶和聚酮合酶装配线重组 | 药物，工业生物技术 |
| 5 | 2026-06-01 |
From known knowns to unknown unknowns: synthetic biology paths to antimicrobial discovery
2026-Jun, Current opinion in microbiology
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.mib.2026.102759
PMID:42066660
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研究论文 | 提出一个以合成生物学为中心的框架，用于绘制抗菌天然产物沿化学新颖性和工程可及性两个轴线的图谱 | 通过两个轴线（化学新颖性和工程可及性）引入四象限框架，将天然产物从已知已知扩展到未知未知，并强调象限的动态性，为合成生物学策略提供新视角 | NA | 开发一个基于合成生物学的框架，以指导抗菌天然产物的发现和工程化，应对耐药性挑战 | 抗菌天然产物及其化学结构 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 6 | 2026-06-01 |
Antimicrobial discovery from underexplored environments: unlocking specialized metabolism
2026-Jun, Current opinion in microbiology
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.mib.2026.102745
PMID:41880737
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综述 | 综述了从未充分探索环境中发现抗生素的新兴策略，包括改进培养技术、多组学、合成生物学和人工智能方法 | 整合生态学、多组学、合成生物学和人工智能，提出智能数据驱动的抗生素发现新框架，扩展至古菌和古蛋白质组挖掘等忽视领域 | 未对每种方法的具体效果进行量化比较，且实际应用中的可扩展性可能受限 | 解决抗生素发现创新缺口，应对全球抗菌素耐药性危机 | 未充分探索环境中的微生物，包括稀有分类群、未培养微生物、古菌及远古蛋白质组 | 机器学习 | 感染性疾病 | 共培养、iChip、多组学、合成生物学、人工智能、古蛋白质组挖掘 | NA | 多组学数据 | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 7 | 2026-06-01 |
Beyond natural evolution: multi-scale in vivo mutagenesis toolkits for synthetic evolution
2026-May-30, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2026.05.008
PMID:42218072
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综述 | 本文综述了按突变规模分类的最新体内诱变工具包，包括全基因组、中等规模和位点特异性诱变，并讨论了其在合成进化中的应用 | 按突变规模（全基因组、中等规模、位点特异性）对体内诱变工具包进行分类，并分析各规模下的机制、能力及局限性 | 当前技术的局限性如脱靶效应、筛选效率不足等被提及，同时指出下一代基因编辑技术、高通量筛选和人工智能的潜力尚未完全开发 | 系统阐述合成进化中多尺度体内诱变工具包的最新进展和应用场景 | 生物分子和生物体（如工业微生物、药用菌株等） | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas工程, DNA合成 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, DNA合成 | NA | 连续体内诱变系统 | 工业生物技术, 医学, 农业 |
| 8 | 2026-06-01 |
Heterologous expression of anaerobic reductive dehalogenases: host nanoarchitectonics and synthetic biology optimization
2026-May-29, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2026.135019
PMID:42217801
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综述 | 综述了厌氧脱卤酶异源表达的研究进展，重点讨论了宿主纳米结构与合成生物学优化策略 | 提出了“宿主-酶-环境”评估框架，用于指导脱卤酶的异源表达系统设计 | 当前异源表达系统仍面临外源钴胺素依赖性和氧化性折叠路径等挑战 | 为有机卤化物修复开发高效且可扩展的生物催化系统 | 还原性脱卤酶及其在微生物宿主（如大肠杆菌和巨大芽孢杆菌）中的异源表达 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly | 大肠杆菌, 巨大芽孢杆菌 | 钴胺素补救系统, 代谢通路 | 环境 |
| 9 | 2026-06-01 |
Vesicle-Templated Self-Assembly of Programmable Freestanding Multi-μm DNA Shells
2026-May-27, Nano letters
IF:9.6Q1
DOI:10.1021/acs.nanolett.6c00402
PMID:42130031
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研究论文 | 介绍一种基于囊泡模板自组装制备可编程、独立式多微米DNA壳层的方法 | 通过表面活性剂介导的脂质体去除，从巨型单层囊泡上释放DNA壳层，保留其膜模板的几何形状，并使用两种不同的DNA结构（复杂桶状DNA折纸和简约11寡核苷酸纳米星）实现，展示了多层壳层的可控形成 | 未提及具体限制 | 开发一种简单且广泛适用的方法，以创建独立式、膜模拟DNA壳层，用于自下而上的合成生物学中的新型区室化 | DNA壳层、巨型单层囊泡 | 合成生物学 | NA | DNA折纸、自组装 | NA | 图像 | NA | NA | NA | DNA壳层（模拟膜结构） | 合成生物学 |
| 10 | 2026-06-01 |
Deep learning unlocks sequence-divergent synthetic promoters to empower Streptomyces natural product engineering
2026-May-27, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2026.05.009
PMID:42208848
|
研究论文 | 利用深度学习模型设计合成启动子，显著提升链霉菌天然产物工程能力 | 首次利用深度生成模型为链霉菌设计合成启动子库，实现序列高度多样化、性能精准调控且与宿主基因组无同源性 | 暂未提及启动子长期稳定性、大规模工业应用验证及模型泛化性 | 开发基于深度学习的启动子设计方法，促进链霉菌天然产物工程 | 链霉菌启动子序列及其在天然产物生产中的应用 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 深度生成模型 | 序列 | 10亿个计算设计的启动子序列，其中100个经实验验证 | NA | 链霉菌 | 合成启动子 | 工业生物技术, 医药 |
| 11 | 2026-06-01 |
Systematic Reprogramming of Rhodobacter sphaeroides for Efficient Biosynthesis of Coenzyme Q10 and Porphyrins
2026-May-26, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.6c00032
PMID:42186703
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综述 | 综述了通过系统代谢工程改造紫色非硫光合细菌Rhodobacter sphaeroides以实现辅酶Q10和卟啉类化合物高效生物合成的研究进展 | 系统总结了该菌株在代谢灵活性、天然萜类和四吡咯生物合成途径方面的优势，以及通过前体供应增强、途径优化、氧化还原与能量平衡调控、全局调控系统操纵和发酵控制等策略实现高效合成的创新方法 | 未明确指出具体局限性 | 评估Rhodobacter sphaeroides作为平台生物在辅酶Q10和卟啉类化合物生产中的潜力，并总结相关工程策略 | Rhodobacter sphaeroides细菌 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、合成生物学、发酵控制 | NA | NA | NA | NA | Rhodobacter sphaeroides | 代谢途径优化、氧化还原与能量平衡调控、全局调控系统操纵 | 工业生物技术、医药 |
| 12 | 2026-06-01 |
Engineering an Artificial Taxol Biosynthetic Pathway from Baccatin III in Yeast
2026-May-26, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.6c00148
PMID:42186953
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研究论文 | 在酵母中构建人工紫杉醇生物合成途径，将巴卡丁III转化为紫杉醇 | 首次在酵母中构建仅需三步酶促反应的人工紫杉醇合成途径，利用()-3-苯基异丝氨酸作为底物，并展示了β-苯丙氨酰-CoA连接酶的广泛底物范围 | 目前的知识仍不足以实现可扩展的生物技术生产，需系统性代谢工程克服多重瓶颈 | 通过合成生物学实现紫杉醇的可持续生产 | 酵母细胞和紫杉醇生物合成相关酶（PCL、BAPT） | 合成生物学 | 癌症 | 代谢工程、酶活性分析 | NA | NA | NA | NA | 酿酒酵母 | 人工紫杉醇生物合成途径（巴卡丁III到紫杉醇的三步转化） | 医学、工业生物技术 |
| 13 | 2026-06-01 |
Bottom-Up Creation of Virus-like Particles via Post-Insertion of Protein-Lipid Conjugates
2026-May-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.6c00172
PMID:42160665
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研究论文 | 本文报道了一种通过将蛋白质-脂质结合物后插入预成形脂质体来从下而上生成病毒样颗粒的方法 | 提出了一种非洗涤剂依赖的蛋白-脂质结合物后插入策略，解偶联了结合物和脂质体的设计，便于快速系统优化病毒样颗粒 | 未明确讨论该方法的长期稳定性和体内应用效果 | 开发一种从下而上生成病毒样颗粒的通用方法，用于疫苗、药物递送和合成生物学 | SNAP-tag融合蛋白和SARS-CoV-2刺突蛋白 | 合成生物学 | 新型冠状病毒感染 | 生物正交反应、流式细胞术、负染透射电子显微镜、结合抑制试验 | NA | 图像、荧光信号数据 | 未明确样本数量 | SNAP-tag/BG反应、脂质后插入 | Expi293F细胞 | 病毒样颗粒组装途径 | 医学、合成生物学 |
| 14 | 2026-06-01 |
Modular Assembly of Higher-Order DNA Nanotube Tile Nanostructures Using DNA Annular Scaffolds
2026-May-15, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.6c04434
PMID:42139459
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研究论文 | 提出一种基于DNA环状支架的模块化组装策略，用于构建高阶DNA纳米管瓦片纳米结构 | 首次将DNA纳米管瓦片与DNA环状支架结合，实现超过99%组装产率的高阶结构模块化构建，并展示了基于逻辑门电路的动态可重构性 | 尚未给出在活细胞或体内环境中的稳定性验证及大规模应用的可扩展性评估 | 开发一种结合DNA瓦片和DNA折纸优势的模块化组装方法，用于构建可预测、稳定且逻辑可控的高阶纳米结构 | DNA纳米管瓦片及其构建的高阶纳米结构（聚合物、Y形、十字形超结构等） | 合成生物学、DNA纳米技术 | NA | DNA纳米技术（DNA瓦片、DNA折纸）、模块化组装 | NA | NA | NA | NA | NA | 基于DNA的布尔逻辑门电路（展示快速拆卸与组件重复使用） | 纳米技术、生物计算、应用导向型DNA纳米技术 |
| 15 | 2026-06-01 |
Virtual cell: Current perspectives and future prospects
2026-May, The Journal of international medical research
IF:1.4Q4
DOI:10.1177/03000605261425080
PMID:42200280
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综述 | 本文综述了虚拟细胞技术在多学科融合、平台发展和应用潜力方面的当前进展与未来展望 | 提出虚拟细胞技术作为整合生物学、计算机科学和人工智能的综合方法，并探讨了其在跨物种模拟、量子计算和多学科协作中的新兴应用前景 | 包括数据整合难度、模型可解释性不足和计算成本高等挑战 | 介绍虚拟细胞技术的现状、应用领域及未来发展方向 | 虚拟细胞技术及其在精准医学、药物发现和合成生物学中的应用 | 机器学习 | NA | 单细胞测序, 亚细胞成像 | NA | 图像 | NA | NA | NA | 虚拟细胞模拟平台（如E-Cell和CellPACK） | 医学, 药物发现, 合成生物学 |
| 16 | 2026-06-01 |
A highly limited amino acid library from asteroid Bennu yields wide-ranging protein folds
2026-Apr-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-71509-6
PMID:41932940
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研究论文 | 使用AI蛋白质设计软件探索小行星贝努来源的有限氨基酸库能否产生多样的蛋白质折叠结构 | 首次证明仅由6种氨基酸（贝努小行星上最丰富的氨基酸）组成的极小库能重现所有关键蛋白质折叠，包括代谢酶、氧化还原蛋白和核糖体蛋白等 | 未在实验室实际合成验证这些设计的蛋白质，仅依赖计算预测和AlphaFold2结构模拟 | 探究早期地球有限的氨基酸库能否产生多样化的蛋白质折叠结构 | 原始氨基酸库（基于贝努小行星数据、米勒-尤里实验和默奇森陨石数据） | 计算生物学 | NA | AlphaFold2, 模板建模评分 | NA | 蛋白质序列, 蛋白质结构 | 测试了4个不同大小的原始氨基酸库（6、7、8种氨基酸），以及一个补充半胱氨酸的6氨基酸库 | NA | NA | NA | 起源生物学, 合成生物学, 医学 |
| 17 | 2026-06-01 |
Synthetic budding morphogenesis by optogenetic receptor tyrosine kinase signaling
2026-Apr-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.31.715459
PMID:41959406
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研究论文 | 本研究利用光遗传学控制受体酪氨酸激酶RET，实现合成萌芽形态发生 | 开发了不依赖配体的光遗传学RET受体（optoRET），通过蓝光介导的聚集实现信号传导，并能在空间上控制人肾类器官的萌芽方向 | 未提及具体局限性 | 建立发育学指导的控制类器官萌芽的策略 | 小鼠胚胎肾和人干细胞来源的肾类器官 | 合成生物学 | 肾疾病 | 光遗传学 | NA | NA | 小鼠胚胎肾和人干细胞来源的肾类器官样本 | NA | 人, 小鼠 | 光遗传学RET受体（optoRET）信号通路 | 医学 |
| 18 | 2026-06-01 |
Designing synthetic regulatory elements using the generative AI framework DNA-Diffusion
2026-Jan, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02441-6
PMID:41437153
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研究论文 | 介绍了DNA-Diffusion，一种基于生成式人工智能的框架，用于设计具有细胞类型特异性的紧凑调控元件 | 利用机器学习基于多种细胞系的DNA可及性数据生成200碱基对的合成调控元件，重构内源转录因子结合语法，并增强细胞类型特异性 | 未提及在体内长期稳定性或脱靶效应的评估 | 开发生成式AI方法以设计用于精确基因表达控制的调控元件 | 合成调控元件及其在不同细胞系中的功能验证 | 合成生物学 | 白血病 | STARR-seq, EXTRA-seq | 生成式人工智能框架 | DNA可及性数据 | 5,850个元件的STARR-seq文库，在三种细胞系中验证 | NA | 人类细胞系 | 合成调控元件 | 医学, 基因治疗 |
| 19 | 2026-06-01 |
A tunable affinity fusion tag for protein self-assembly
2025-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.14.633037
PMID:39868245
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研究论文 | 介绍了一种基于可调淀粉样蛋白的遗传编码工具，用于精确控制细胞内蛋白质浓度阈值 | 通过系统筛选二肽重复序列，发现聚苏氨酸-丙氨酸（poly-TA）能够形成具有可忽略成核屏障的淀粉样组装体，在任意选择的浓度阈值下实现蛋白质自组装，并通过调整TA重复长度精细调节饱和浓度 | 论文未明确讨论该工具在体内应用时的潜在毒性或脱靶效应，也未涉及在复杂生物环境中的长期稳定性 | 开发一种可调亲和融合标签，用于控制蛋白质自组装和研究蛋白质浓度与细胞功能的关系 | 聚苏氨酸-丙氨酸（poly-TA）二肽重复序列 | 合成生物学 | NA | 遗传编码工具、二肽重复序列筛选 | NA | 蛋白质组装数据 | NA | NA | 细胞（未具体说明） | 可调淀粉样蛋白融合标签 | 细胞生物学、发育生物学、合成生物学 |
| 20 | 2026-06-01 |
Peptide nucleic acid-assisted generation of targeted double-stranded DNA breaks with T7 endonuclease I
2024-04-12, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae148
PMID:38421613
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研究论文 | 利用γ修饰肽核酸引导T7核酸内切酶I在特定DNA位点产生双链断裂的新型基因编辑技术 | 首次利用γPNA介导的DNA入侵与T7EI的特异性切割相结合，实现无PAM限制、蛋白尺寸紧凑的可编程核酸酶系统 | 仅完成体外实验验证，未展示体内应用效果 | 开发一种新型基因编辑工具，克服现有技术在PAM依赖性和蛋白大小方面的局限 | γ修饰肽核酸与T7核酸内切酶I组成的复合系统 | 基因编辑 | NA | PNA辅助DNA链入侵技术 | NA | NA | NA | T7核酸内切酶I | NA | PNA导向的T7EI核酸酶系统 | 生物技术, 医学, 农业, 合成生物学 |