合成生物学相关文章

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当前共找到 5688 篇文献,本页显示第 1 - 20 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 工程工具 宿主生物 回路设计 应用领域
1 2026-09-16
Machine learning-guided discovery of poly(ethylene terephthalate)-binding modules to enhance durable whole-cell degradation
2026-Nov, Bioresource technology IF:9.7Q1
研究论文 该研究开发了机器学习辅助流程,从天然蛋白质结构中挖掘PET结合模块,以增强全细胞对PET的降解能力 将基于profile HMM的同源搜索与监督式PET水解酶机器学习模型(PETML)相结合,发现家族13的CBM可作为PET结合模块,并通过双锚定系统共展示实现全细胞催化剂的增强降解和可回收性 未明确说明机器学习模型的泛化能力、双锚定系统在其他宿主中的适用性以及大规模应用的经济可行性 发现新型PET结合模块,提高PET水解酶在疏水表面的吸附和降解效率,构建可重复使用的全细胞生物催化剂 PET塑料、PET水解酶、碳水化合物结合模块(CBMs)、大肠杆菌全细胞催化剂 机器学习, 合成生物学 NA 机器学习辅助挖掘, 同源搜索, 高通量对接, 分子动力学模拟, 蛋白质融合, 全细胞表面展示 PETML(监督式机器学习模型) 蛋白质序列, 分子结构数据, 实验吸附和降解数据 197个非冗余候选结合模块 NA 大肠杆菌 双锚定系统(OmpA和EhaA)共展示tCBM13-1与FAST-PETase 环境, 材料, 工业生物技术
2 2026-09-16
De novo synthesis of large-scale metabolic pathways for natural products and their optimization strategies
2026-Nov, Bioresource technology IF:9.7Q1
综述 系统分析了在微生物细胞工厂中从头合成大规模代谢途径(≥10个酶促步骤)以生产天然产物的核心策略与前沿技术,并探讨了系统生物学建模与机器学习在其中的新兴作用 整合了理性设计、动态控制与模块化共培养策略以应对代谢负担、途径失衡和宿主毒性等挑战,并强调了智能算法与多学科工具结合在复杂天然产物生物制造中的潜力 作为综述文章,未提供原始实验数据,所讨论的策略和技术在实际应用中的可行性和通用性仍需进一步验证 系统分析在微生物细胞工厂中重构大规模代谢途径以高效可持续生产高价值天然产物的核心策略与前沿技术 大规模代谢途径(≥10个酶促步骤)、天然产物、微生物细胞工厂 合成生物学 NA 先进克隆方法、模块化途径设计、自组装方法(蛋白质/DNA支架和代谢通道)、共培养系统中的分工优化、动态调控机制(启动子工程、核糖开关、基于生物传感器的反馈控制)、系统生物学建模、机器学习 NA 文本 NA NA 微生物细胞 模块化代谢途径、自组装支架、代谢通道、动态调控回路(启动子工程、核糖开关、生物传感器反馈控制) 医药、工业生物技术
3 2026-09-16
Bacterial Laccase: Recent Advances in Production, Engineering Strategies, and Diagnostic Applications
2026-Oct, Biotechnology and bioengineering IF:3.5Q2
综述 本文综述了细菌漆酶在产量、工程策略及诊断应用方面的最新进展 整合了120多篇同行评审论文,系统评估了合成生物学如何克服异源表达瓶颈,以及定向进化、计算建模等策略对催化性能的提升 未充分讨论细菌漆酶在大规模生产中的成本效益和稳定性问题 总结细菌漆酶的生产技术、蛋白质工程策略和诊断应用,并指出未来挑战 细菌漆酶 合成生物学 NA NA NA 文本 120多篇同行评审论文 NA 大肠杆菌, 枯草芽孢杆菌 NA 医学, 环境, 工业生物技术
4 2026-09-16
Challenges and Future Directives of Synthetic Biology in Engineering Plant-Microbe Partnerships for Sustainable Agriculture
2026-Oct, Biotechnology and bioengineering IF:3.5Q2
综述 本文综述了合成生物学在工程化植物-微生物互作以促进可持续农业中面临的生态、生物、技术和监管挑战,并指出了未来的研究方向。 系统性地整合了合成生物学在植物-微生物工程中面临的多维度挑战,并提出了向系统级方法转变的未来方向,包括多组学分析、预测建模和框架响应性遗传设计。 作为综述,缺乏原始实验数据,主要基于现有文献的归纳总结。 探讨合成生物学在工程化植物-微生物互作中的挑战,并指明未来研究方向和策略。 植物-微生物互作系统、合成生物学应用及其在农业中的工程化。 合成生物学、农业生物技术 NA NA NA NA NA NA 植物、微生物 NA 农业
5 2026-09-16
Highly Efficient Enzymatic Catalytic Transformation for the Synthesis of Rare Ginsenoside Compound K (CK) and Its Bioactivity Study
2026-Oct, Biotechnology and bioengineering IF:3.5Q2
研究论文 该研究通过合成生物学方法,将β-糖苷酶基因导入大肠杆菌BL21(DE3)中高效表达,实现稀有皂苷化合物CK的高产酶催化转化,并对其抗氧化和抗衰老生物活性进行了研究 构建了重组β-糖苷酶介导的生物转化体系,实现了从极性人参皂苷Rb1到稀有皂苷CK的高效转化,在5L发酵罐中β-糖苷酶产量达10.1 g/L,1.5 g/L粗酶在4小时内可将95%的Rb1(初始浓度10 g/L)转化为CK,并系统验证了CK的抗衰老功效 研究主要在体外水平验证CK的生物活性,缺乏体内实验和临床研究数据,粗酶制剂的纯化及工业化放大条件尚需进一步优化 实现稀有人参皂苷化合物CK的高效规模化生物合成,并评估其抗氧化和抗衰老生物活性 人参皂苷Rb1、稀有皂苷化合物CK、重组β-糖苷酶 合成生物学 NA 重组蛋白表达、酶催化生物转化、发酵工程 NA NA NA NA 大肠杆菌BL21(DE3) β-糖苷酶介导的生物转化途径(Rb1→CK) 医学, 工业生物技术, 食品
6 2026-09-16
Discovery of D-peptides that allosterically enhance SARS-CoV-2 3CLpro activity by stabilizing its monomeric state
2026-Oct, Protein science : a publication of the Protein Society IF:4.5Q1
研究论文 该研究基于从头设计的D-肽抑制剂,改造出多种D-肽,这些肽结合SARS-CoV-2 3CLpro单体并别构激活其催化功能 首次发现D-肽可通过稳定3CLpro单体状态并别构重塑结构域间连接区来激活其催化活性,其中LY11具有高结合亲和力(K=117 nM)和强激活效力(EC<1 μM) 摘要未明确提及该研究的局限性 探究3CLpro单体如何从多聚蛋白前体自我切割的机制,并开发可调控3CLpro活性的分子工具 SARS-CoV-2 3CLpro(主蛋白酶)及其D-肽结合剂 合成生物学、药物开发 COVID-19 生物物理学方法、计算模拟、肽工程 NA NA NA NA NA NA 医学、合成生物学
7 2026-09-16
Identification and Catalytic Optimization of Pinene Oxidases in Paeoniflorin Biosynthetic Pathway
2026-Sep-15, Plant physiology IF:6.5Q1
研究论文 本文鉴定了芍药苷生物合成途径中三个新的细胞色素P450酶,并对其催化特性进行了优化 发现了CYP71AN126和CYP76A225/226三个新的P450酶,确定了α-蒎烯C4氧化是芍药苷生物合成的关键步骤,并鉴定了L493残基在调控催化位点特异性和底物特异性中的关键作用 芍药苷的完整生物合成途径尚未完全阐明 解析芍药苷生物合成途径并优化关键酶的催化效率 芍药苷生物合成途径中的蒎烯氧化酶(CYP71AN126和CYP76A225/226) 合成生物学 NA 病毒诱导基因沉默(VIGS)、定点突变、蛋白质结构预测 NA 序列数据、结构数据 NA 定点突变 NA 芍药苷生物合成途径 医药
8 2026-09-16
Biosynthesis of Active Ginsenoside Aglycone Analogues Using Two Oxidases Mined from Mucor spinosus
2026-Sep-15, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1
研究论文 本研究从刺黑霉中挖掘出两种氧化酶MsSDR3和MsCYP3,通过在酿酒酵母中与人参皂苷生物合成途径酶组合,实现了七种人参皂苷苷元类似物的从头生物合成,并发现部分类似物具有更强的抗肿瘤和心脏保护活性 首次从Mucor spinosus中鉴定出MsSDR3和MsCYP3两种氧化酶,阐明了它们对原人参二醇(PPD)特定羟基的氧化和羟基化修饰功能,并在酿酒酵母中实现了七种人参皂苷苷元类似物的从头生物合成,获得了活性优于PPD的新型衍生物 摘要中未提及氧化酶的催化效率、产物产量、体内药效验证及安全性评价等数据,类似物的规模化生产可行性有待进一步验证 通过合成生物学手段对原人参二醇进行氧化修饰,生产活性增强的人参皂苷苷元类似物,为药物和功能食品开发提供绿色可持续平台 原人参二醇(PPD)、达玛烯二醇-II、人参皂苷苷元类似物、MsSDR3氧化酶、MsCYP3氧化酶 合成生物学 结肠癌, 胃癌, 肝癌, 肺癌, 胰腺癌, 心血管疾病 合成生物学, 酶催化, 氧化修饰 NA NA NA NA 酿酒酵母 将MsSDR3/MsCYP3与人参皂苷生物合成途径酶组合,构建人参皂苷苷元类似物的从头生物合成代谢途径 医药, 食品
9 2026-09-16
Programmable plant chassis for sustainable biomanufacturing of high-value natural products
2026-Sep-14, Biotechnology advances IF:12.1Q1
综述 本文综述了可编程植物底盘在可持续生物制造高价值天然产物方面的最新进展,涵盖遗传元件、生物合成途径工程及未来展望 系统整合了植物底盘开发中天然与合成遗传元件(启动子、终止子、转录因子)的最新进展,并重点强调了提高生产率的途径工程策略,提供了从实验室到工业应用的概念指导 文章为综述性质,未提供原始实验数据;植物底盘的大规模工业应用仍面临关键挑战 总结植物底盘在可持续生物制造高价值天然产物方面的最新进展,并为推进植物底盘从实验室研究到可持续工业应用提供概念指导与实践见解 植物底盘(植物系统)及其生产的天然产物,包括生物碱、萜类和苯丙素类 合成生物学 NA 合成生物学 NA 文本 NA NA 植物 生物合成途径 工业生物技术
10 2026-09-16
Programmable crosslinking strategies for the rational design of engineered protein hydrogels
2026-Sep-08, Colloids and surfaces. B, Biointerfaces
综述 本文综述了工程化蛋白质水凝胶的设计原则、交联策略及其在组织工程和再生医学中的应用 系统总结了蛋白质结构模体、生物活性结构域和刺激响应元件在调控水凝胶组装与功能中的作用,并强调了物理与化学交联策略对网络结构、力学性能、降解行为和刺激响应性的影响,重点阐述了结构-性能-功能关系 作为综述文章,未提供原始实验数据,且未对现有交联策略的局限性进行深入批判性分析 总结工程化蛋白质水凝胶的设计原理,强调结构模体、生物活性结构域和刺激响应元件在调控水凝胶组装和功能中的作用,并综述物理和化学交联策略的最新进展 工程化蛋白质水凝胶 生物材料 NA 蛋白质工程、合成生物学、超分子化学、生物分子偶联 NA 文本 NA NA NA NA 医学、材料
11 2026-09-16
LLM-guided prediction of riboswitch-ligand binding affinity under data-limited conditions
2026-Sep-02, New biotechnology IF:4.5Q1
研究论文 本文提出一个神经符号框架,利用LLM嵌入编码核糖开关序列、二级结构和配体表示,并结合领域规则,在数据有限条件下预测核糖开关-配体结合亲和力 将LLM衍生嵌入与领域知识规则结合,构建神经符号框架,在标注数据有限的情况下实现核糖开关-配体结合亲和力的预测,并缓解亲和力系统性高估问题 摘要未明确说明具体局限性,但研究在数据有限条件下进行,可能受限于标注数据规模 在数据有限条件下准确预测核糖开关-配体结合亲和力,以支持核糖开关理性工程 核糖开关序列、二级结构及配体分子 机器学习 NA LLM嵌入、神经符号建模 神经符号框架、LLM 序列、结构、分子表示 NA NA NA NA 医学、工业生物技术
12 2026-09-16
The multifaceted significance of phosphoinositides in endocytic trafficking
2026-Sep, FEBS letters IF:3.0Q3
综述 本文综述了磷酸肌醇在內吞运输中的多样化作用,包括内吞作用、内体分选、降解和循环,以及小窝蛋白介导的内吞等特殊机制 系统整合了磷酸肌醇在內吞运输各环节中的功能,并探讨了荧光生物传感器、超分辨率显微镜、光遗传学和合成生物学等新技术对阐明磷酸肌醇动态的推动作用 作为综述文章,未提供原始实验数据,且对磷酸肌醇时空调控、组织特异性代谢及其与其他脂质的协同效应等问题的探讨仍处于展望阶段 阐明磷酸肌醇作为脂质编码在內吞运输中的多重功能及其与人类疾病的关联,探索潜在治疗靶点 磷酸肌醇及其代谢相关激酶和磷酸酶 细胞生物学 癌症,神经退行性疾病 荧光生物传感器,超分辨率显微镜,光遗传学,合成生物学 NA 文本 NA NA NA NA 医学
13 2026-09-16
A Comprehensive Review on the Biosynthesis of Tropane Alkaloids
2026-Aug-23, Molecules (Basel, Switzerland)
综述 本文全面综述了托烷类生物碱生物合成从前体形成到结构多样终产物的研究进展 整合了基因组学、结构生物学和合成生物学的最新进展,重点阐述了催化机制、底物特异性结构决定因素、代谢区室化以及茄科和古柯科中托烷类生物碱生物合成的趋同进化 作为综述文章,未提供原始实验数据,且未解决的关键问题仍有待进一步研究 全面总结托烷类生物碱生物合成的研究现状,为植物特化代谢、合成生物学和天然产物工程提供更新框架 托烷类生物碱及其生物合成途径,包括莨菪碱、东莨菪碱、可卡因和卡利斯特碱 na na 基因组学, 结构生物学, 合成生物学, 代谢工程, 进化生物学 NA 文本 NA NA NA NA 医药, 工业生物技术
14 2026-09-16
Amaryllidaceae Alkaloids and Isoquinoline Alkaloids: A Perspective on Historical Approaches to Pathway Elucidation
2026-Aug-22, Plants (Basel, Switzerland)
综述 本文比较了异喹啉生物碱和石蒜科生物碱生物合成途径解析的历史与方法学轨迹,从化合物分离、放射性示踪到多组学、功能酶学和异源途径重建 系统性对比了异喹啉生物碱与石蒜科生物碱在分类分布、骨架形成化学、途径解析程度和生物技术发展方面的差异,并整合生化逻辑、组学引导发现、酶进化、组织特异性、调控和合成生物学提出未来生物碱途径发现的优先方向 石蒜科生物碱中3,4-二羟基苯甲醛的酶促形成机制尚未解析,较少研究的异喹啉生物碱骨架类别的功能验证仍不完整 比较异喹啉生物碱和石蒜科生物碱途径解析的历史与方法学轨迹,识别未来生物碱途径发现和可持续生产的优先方向 异喹啉生物碱和石蒜科生物碱及其生物合成途径 植物代谢组学 NA 转录组学, 代谢组学, 功能酶学, 同位素引导活性组织鉴定, 异源途径重建, 放射性示踪实验 NA 文本 NA NA NA 异源生物合成途径重建 医药, 工业生物技术
15 2026-09-16
Tutorial: biomembranes in hybrid living bioelectronics
2026-Jul-15, Nature protocols IF:13.1Q1
综述 本文是一篇教程综述,探讨了在混合活体生物电子学中生物膜与电子设备的集成,涵盖聚合物半导体、微纳加工方法、表面改性、生物膜形成与测量技术及其在药物发现、诊断和神经形态计算中的应用 系统性地整合了材料科学、纳米技术和合成生物学技术,利用聚合物基半导体和微纳加工方法将生物相关细胞膜模型与芯片器件集成,增强了细胞-器件耦合,并探索了在神经形态计算等领域的应用 现有技术依赖简化的合成模型,缺乏生物复杂性,且细胞膜与电子器件的稳定集成仍面临挑战 探讨生物膜与电子接口的集成方法,增强细胞与器件的耦合,并推动在药物发现、诊断和神经形态计算中的应用 生物膜、细胞膜模型、芯片基器件、聚合物基半导体 生物电子学 NA 电阻抗测量、微纳加工、表面改性、结构功能化 NA NA NA NA NA NA 医学, 诊断, 神经形态计算
16 2026-09-16
Ultrasound-Responsive Mammalian Cell Synthetic Biology
2026-Apr, IEEE transactions on ultrasonics
综述 本文综述了超声响应哺乳动物细胞合成生物学领域的最新进展,重点介绍了声遗传学技术、声学造影剂以及超声引导细胞控制的应用与挑战 系统总结了超声与基因工程效应器耦合的声遗传学技术,强调了微泡和气囊等声学造影剂在改善超声机械效应方面的创新,并提出了该领域标准化和机制理解等未来方向 参数标准化尚未建立,对潜在机制的理解仍不充分 综述超声响应哺乳动物细胞合成生物学的最新进展与挑战,并展望超声引导细胞控制的未来方向 哺乳动物细胞、超声响应基因工程效应器、声学造影剂(微泡和气囊) 合成生物学 NA 超声(US)、声遗传学、光遗传学 NA 文本 NA NA 哺乳动物细胞 NA 医学
17 2026-09-16
Machine learning-directed massively parallel programmable nucleic acid amplification
2026-Mar-27, Science advances IF:11.7Q1
研究论文 本文开发了一种基于热力学的策略,通过引物标签补偿实现核酸扩增效率的连续精确调控,并构建机器学习模型提高预测精度,应用于DNA数据存储和宫颈癌RNA变异分析 通过引物标签补偿策略将序列特异性与杂交能量调控解耦,实现高分辨率可编程扩增;利用2483个实验数据构建机器学习模型,将预测准确率从0.62提升至0.86;在DNA数据存储中提高信息预览密度近一个数量级,并实现稳健的文件隐写;在临床验证中检测罕见RNA融合,在10x模拟测序深度下将检测灵敏度提高100倍 未明确提及 实现核酸扩增效率的连续精确调控,并探索其在分子诊断和DNA数据存储中的应用 核酸扩增反应、DNA数据存储、宫颈癌RNA变异 机器学习, 分子诊断, 合成生物学 宫颈癌 核酸扩增, 机器学习 机器学习模型 实验数据, 序列数据 2483个实验数据 NA NA NA 医学, 工业生物技术
18 2026-09-16
A national framework for managing dual-use research of concern: integrating biosecurity, public health, and research governance
2026, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2
综述 本文提出一个综合性国家DURC风险管理框架,涵盖生物安全、公共卫生、研究治理和应急管理,并给出十一项跨预防与响应领域的整合建议。 将WHO 2022全球指南、ISO 35001:2019标准与美国DURC-PEPP政策等国家政策先例整合为一个涵盖预防与响应、强调一线工作者保护与跨部门协调的国家级DURC治理框架。 基于结构化叙事性政策综述而非实证研究,且所引用的美国DURC-PEPP政策实施被第14292号行政令取代,修订或替代性联邦政策在最终检索日期仍处于制定中。 构建一个连接生物安全、公共卫生、研究治理与应急管理的综合性国家DURC风险管理方案。 DURC相关政策文件、治理框架、标准与国家政策先例,以及DURC治理相关的五条重叠威胁路径与利益相关者界面。 生物安全治理 NA 结构化叙事性政策综述 NA 文本 NA NA NA NA 医学, 环境, 工业生物技术
19 2026-09-16
Turbo-charging crop improvement: harnessing multiplex editing for polygenic trait engineering and beyond
2025-10, The Plant journal : for cell and molecular biology
综述 本文综述了多重CRISPR编辑技术在作物改良中的应用,涵盖多基因性状工程、基因家族功能解析、染色体工程及无转基因编辑等方面,并讨论了载体结构创新、高通量测序检测及计算工作流程等最新进展 系统整合了多重CRISPR编辑在作物改良中的前沿应用,包括表观遗传调控、转录调控、染色体工程及无转基因编辑;强调了启动子和支架工程等载体结构创新对编辑效率的提升;指出长读长测序技术可解析标准基因分型常遗漏的结构重排;提出对用户友好、合成生物学兼容的可扩展计算工作流程的迫切需求 多重编辑仍面临技术挑战,包括复杂的构建体设计和对稳健、可扩展突变检测的需求;缺乏实验验证的诱导型或组织特异性启动子以实现时空精准调控;针对重复或串联间隔位点时结构重排常被标准基因分型遗漏;多倍体、未驯化野生近缘种和长世代物种的编辑难度较大 探讨多重CRISPR编辑技术在作物改良中的应用潜力,总结当前工具包和最新创新,分析技术挑战,并展望其作为下一代作物改良基础技术的发展方向,以应对农业、可持续性和气候韧性方面的挑战 作物基因组,包括一年生物种、多倍体、未驯化野生近缘种和长世代物种 农业基因组学, 合成生物学 NA 多重CRISPR编辑, 高通量测序, 长读长测序 NA 文本 NA CRISPR-Cas9 植物 多重gRNA表达盒, 启动子工程, 支架工程 农业
20 2026-09-16
Synthetic allopolyploidy unveils hybridization-driven transcriptional reprogramming underlying thermal adaptation in Cucumis
2025-10, The Plant journal : for cell and molecular biology
研究论文 通过实验重建的同源四倍体黄瓜属物种(C. × hytivus)及其二倍体种间杂交亲本(异源二倍体),解析杂交与全基因组加倍对异源多倍体形成及热适应性的独立与联合贡献 首次利用人工合成的异源四倍体及其异源二倍体亲本,解耦杂交与全基因组加倍在异源多倍体热适应中的相对贡献,揭示杂交主导热响应转录可塑性,而全基因组加倍稳定这些适应 研究仅基于一个实验重建的异源四倍体系统,且聚焦于热胁迫下的短期转录响应,未涉及长期进化或田间多环境验证 解耦并探究种间杂交与全基因组加倍对异源多倍体形成后遗传与表型后果的独立和联合贡献,特别是热适应性 实验重建的异源四倍体黄瓜属物种C. × hytivus(2n=4x=38)及其二倍体种间杂交亲本异源二倍体(2n=2x=19),以及亲本物种 植物基因组学与进化生物学 NA RNA-seq(转录组测序)、WGCNA、比较转录组分析 NA 转录组数据、生理表型数据 异源二倍体和异源四倍体在热胁迫(45°C)和对照(28°C)条件下的15,680个同源基因对 NA 黄瓜属植物(Cucumis) NA 农业
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