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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-08-27 |
Engineered bacterial therapeutics from synthetic biology to clinical translation: A multi-database scientometric analysis, 2000-2026
2026-Dec, Human vaccines & immunotherapeutics
IF:4.1Q2
DOI:10.1080/21645515.2026.2720162
PMID:42641146
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研究论文 | 通过多数据库科学计量分析,系统梳理2000至2026年间工程化细菌治疗领域的研究结构、合作模式及转化方向 | 首次利用多数据库(Web of Science、Scopus、PubMed)结合多种文献计量工具,对该领域进行全面的知识图谱和趋势分析,揭示了从基础电路设计向临床转化应用的演进路径 | 文献检索截至2026年6月,2026年为部分检索年份,可能不完全反映该年度全部发表情况;且仅纳入英文文献,存在语言选择偏倚 | 描绘工程化细菌治疗领域的知识结构、合作模式及转化趋势,识别研究热点和持续优先方向 | 工程化细菌治疗领域的科学文献,涵盖细菌底盘构建、电路设计、工程益生菌、肠道菌群疗法、癌症免疫治疗等主题 | 科学计量学、合成生物学 | 癌症、肠道菌群相关疾病 | 文献计量分析 | NA | 文献数据 | 1730篇英文文章和综述 | NA | NA | 细菌电路设计 | 医学、生物技术 |
| 2 | 2026-08-27 |
Systematic Categorization and Functional Diversity of Secondary Metabolites from Bacillus spp.: A Review
2026-Sep, Probiotics and antimicrobial proteins
IF:4.4Q2
DOI:10.1007/s12602-026-11007-9
PMID:42029996
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综述 | 本文系统分类了芽孢杆菌属产生的次级代谢产物,并综合其作用机制、结构-功能关系及实际应用中的限制,同时展望了基因组挖掘和合成生物学等新兴机会 | 基于生物合成逻辑和化学骨架对芽孢杆菌次级代谢产物进行系统分类,并整合结构-功能关系与翻译应用考量,提出理性的选择和应用框架 | 文献中未详细讨论具体实验数据,可能缺乏对代谢产物定量和体内因果关系的深入验证 | 系统分类芽孢杆菌次级代谢产物,总结其作用机制和结构-功能关系,并探讨实际应用中的挑战与未来机遇 | 芽孢杆菌属(Bacillus spp.)产生的次级代谢产物,包括脂肽、肽类、内酯、有机酸、聚酮类和角鲨烯等 | 微生物学、天然产物研究 | NA | 基因组挖掘、代谢组学辅助去重复化、合成生物学 | NA | 文献数据、代谢物化学结构信息 | NA | CRISPR-Cas9 | 芽孢杆菌属(Bacillus spp.) | 次级代谢产物生物合成途径 | 农业、食品、医药 |
| 3 | 2026-08-27 |
The division of vesicles requires the fission of closed membrane necks but does not require active processes
2026-Aug-26, Soft matter
IF:2.9Q2
DOI:10.1039/d6sm00283h
PMID:42300069
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研究论文 | 本研究分析巨囊泡和纳米囊泡分裂过程,表明囊泡分裂需要闭合膜颈的裂解,但不依赖于核苷酸水解等主动过程 | 揭示囊泡分裂仅需闭合膜颈的形成与裂解,无需化学机械耦合到主动过程,并统一解释了巨囊泡和纳米囊泡的分裂机制 | 主要基于作者团队已有研究结果的分析,可能未覆盖所有相关研究 | 阐明囊泡分裂的物理机制,为软物质科学和合成生物学提供理论基础 | 巨囊泡和纳米囊泡 | 软物质科学、合成生物学 | NA | 理论分析、实验观察、模拟 | NA | 实验数据、模拟数据 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学、软物质科学 |
| 4 | 2026-08-27 |
Programmable Domestication: CRISPR, Pan-Genomics and System Level Engineering for Next-Generation Crops
2026-Aug-26, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70749
PMID:42643124
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综述 | 本文综述了可编程驯化的最新进展,探讨如何利用CRISPR基因编辑、泛基因组学、合成生物学和人工智能辅助育种等技术,将作物野生近缘种和未充分利用的种质资源开发为具有气候适应性和可持续性的下一代作物。 | 提出了一个基于轨迹的可编程驯化框架,包括适应性拯救、农艺改良和新底盘工程,展示了不同的进化路径、工程复杂度和作物再设计目标。 | 讨论了系统层面的挑战,如隐秘遗传变异、上位效应、基因调控网络复杂性、基因型-表型可预测性、生物多样性保护和监管问题,但未提供具体解决方案。 | 推动作物驯化从传统育种向系统级工程转变,以提升全球粮食安全、农业可持续性和环境韧性。 | 作物野生近缘种和未充分利用的种质资源。 | 机器学习 | NA | CRISPR基因编辑、泛基因组学、合成生物学、人工智能辅助育种、预测表型组学 | AI辅助基因组预测模型 | 基因组数据、表型数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 作物 | NA | 农业 |
| 5 | 2026-08-27 |
Gut microbiota, microbial metabolites, and microbiome-directed nutritional interventions in hyperuricemia and gout: mechanisms and translational opportunities
2026-Aug-26, Journal of the science of food and agriculture
IF:3.3Q2
DOI:10.1002/jsfa.71016
PMID:42643149
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综述 | 本文综述了肠道微生物群、微生物代谢产物及微生物组导向的营养干预在治疗高尿酸血症和痛风中的作用机制与转化前景 | 提出通过双歧杆菌和乳酸杆菌特定菌株的三种互连机制调节尿酸稳态,并强调合成生物学和人工智能辅助建模在下一代精准微生物组干预中的应用 | 当前证据大多为临床前研究,且面临菌株功能异质性、定植持久性和宿主变异性等挑战 | 总结微生物群介导的高尿酸血症和痛风调控机制,评估微生物组导向干预措施的转化潜力,并为未来研究确定优先方向 | 肠道微生物群、特定微生物菌株(双歧杆菌属、乳杆菌科)及其代谢产物 | 微生物组学 | 高尿酸血症、痛风 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 6 | 2026-08-27 |
Engineered Microbial Cellulases for Biomass Conversion: Integrating Omics, Expression Platforms, Fermentation Engineering and Enzyme Reusability
2026-Aug-25, Biotechnology and bioengineering
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/bit.70337
PMID:42640835
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综述 | 本文综述了微生物纤维素酶在生物质转化中的应用,涵盖组学、表达平台、发酵工程和酶可重复使用性,强调从传统微生物生产转向工程化平台。 | 创新点在于将纤维素酶生产视为生物技术平台而非独立发酵过程,整合CRISPR/Cas系统、转录调控、碱基和先导编辑、合成生物学、AI辅助酶设计等先进工具。 | 大规模应用仍受限于原料异质性、代谢物抑制、酶抑制、下游回收成本和放大限制。 | 旨在通过整合微生物多样性、多组学、宿主工程、过程强化和低成本回收策略,创建稳健且经济可行的纤维素酶平台,用于可持续生物精炼和循环生物经济。 | 微生物纤维素酶,包括内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、β-葡萄糖苷酶和辅助酶,以及生产它们的微生物。 | 工业生物技术 | NA | 组学、CRISPR/Cas系统、转录调控、碱基和先导编辑、合成生物学、AI辅助设计 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, 碱基编辑, 先导编辑 | NA | 酶混合物优化 | 工业生物技术, 食品, 纺织, 洗涤剂, 纸浆和造纸, 废物回收 |
| 7 | 2026-08-27 |
Cross incompatibility restricting genome exchange and diversification of primary gene pool in plants: challenges and opportunities
2026-Aug-25, TAG. Theoretical and applied genetics. Theoretische und angewandte Genetik
DOI:10.1007/s00122-026-05347-x
PMID:42642494
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综述 | 本文综述了植物种间杂交中合子前和合子后障碍导致的交叉不亲和性,限制了初级基因库的基因组交换和多样化,并探讨了通过生物技术手段克服这些障碍的方法 | 强调合成生物学在重编程生殖障碍方面的最新进展,将交叉不亲和性转变为可控性状用于杂交育种 | 未提及具体实验数据或案例研究,缺乏对克服障碍方法的定量评估 | 探讨植物种间杂交中交叉不亲和性的遗传因素,并综述克服这些障碍的生物技术方法,以利用作物野生近缘种的遗传多样性 | 作物野生近缘种及其与栽培种间的种间杂交障碍 | 植物遗传学 | NA | 体细胞杂交、胚拯救 | NA | 综述文献 | NA | 合成生物学 | 植物 | 生殖障碍重编程 | 农业 |
| 8 | 2026-08-27 |
Predictive design of tissue-specific mammalian enhancers that function in the mouse embryo
2026-Aug-25, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-026-02729-1
PMID:42642514
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研究论文 | 本文提出了一种利用深度学习设计小鼠胚胎中组织特异性增强子的通用策略,并成功合成了15个在目标组织中发挥功能的合成增强子 | 首次展示了深度学习模型能够在哺乳动物基因组和体内组织的调控复杂性中可靠推断增强子功能,实现从DNA序列预测设计组织特异性合成增强子,并使用迁移学习微调模型以适应有限的训练数据 | 摘要未提及明显的局限性,但可能受限于训练数据规模及合成增强子的数量 | 开发一种从DNA序列预测设计哺乳动物组织特异性增强子的方法,以实现体内基因表达的程序化控制 | 小鼠胚胎中的心脏、肢体和中枢神经系统组织 | 深度学习 | NA | 染色质开放性测序 | 卷积神经网络 | 染色质开放性数据和已验证的人类及小鼠增强子序列 | 15个合成增强子 | NA | 小鼠胚胎 | 组织特异性增强子 | 功能基因组学, 合成生物学, 基因治疗 |
| 9 | 2026-08-27 |
Research progress on biosynthesis and regulation of monoterpenoid compounds
2026-Aug-24, Natural products and bioprospecting
IF:4.8Q1
DOI:10.1007/s13659-026-00640-0
PMID:42635857
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综述 | 综述了单萜类化合物的生物合成途径、多层次调控机制以及异源生产的研究进展 | 系统总结了单萜类化合物生物合成与调控的最新进展,并强调了可持续和高效生物制造的主要瓶颈及优化策略 | 未明确提及具体局限性 | 总结单萜类化合物的生物合成、调控及异源生产的研究进展,以促进可持续和高效的生物制造 | 单萜类化合物 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、合成生物学 | NA | 文本 | NA | CRISPR-Cas9 | 大肠杆菌、酿酒酵母 | 单萜类化合物生物合成途径 | 食品、香精、制药、农业 |
| 10 | 2026-08-27 |
Harnessing Yeast Biodiversity for Advanced Industrial Applications
2026-Aug-22, FEMS yeast research
IF:2.4Q3
DOI:10.1093/femsyr/foag031
PMID:42631727
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综述 | 本文综述了利用酵母生物多样性推动先进工业应用的最新进展,包括自然多样性和人工多样性,以及多组学、AI辅助工程和过程优化策略的整合 | 强调了菌株级文库和极端微生物酵母作为压力适应模型,并突出多组学、AI辅助酶和菌株工程以及过程优化在全面利用酵母生物多样性中的关键作用 | 本文为综述性质,未提供实证数据或具体实验结果,限制了对所提策略实际效果的深入评估 | 总结酵母生物多样性在工业应用中的潜在用途,并探讨多种策略以实现高效生物生产 | 酿酒酵母和非传统酵母物种,包括自然和工程产生的多样性菌株 | 工业生物技术 | NA | 多组学分析、适应性实验室进化、代谢工程、表观遗传工程、合成生物学 | NA | NA | NA | 合成生物学 | 酿酒酵母和非传统酵母物种 | NA | 工业生物技术、医药、生物燃料、生物化学品、生物材料 |
| 11 | 2026-08-27 |
Quantitative Measurement of Synthetic Repression Curves Reveals Design Challenges for Genetic Circuit Engineering under Growth Arrest
2026-Aug-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.6c00123
PMID:42125829
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研究论文 | 该论文在单细胞水平上测量了大肠杆菌在活跃生长和生长停滞状态下遗传NOT门的抑制曲线,定量分析了生长停滞对基因回路性能的影响。 | 首次系统揭示了生长停滞对合成基因回路性能的影响几乎完全由未抑制表达水平降低超过100倍主导,并指出传统设计范式在此条件下不足,但同时表明仅改善单一性能参数即可解决问题。 | 研究仅限于大肠杆菌和NOT门回路,未涵盖其他宿主或更复杂电路,可能限制结论的普适性。 | 目的是定量评估生长停滞对合成基因回路行为的影响,并探索改进设计范式以支持实际环境下的可靠应用。 | 研究对象是携带遗传NOT门库的大肠杆菌细胞,在活跃生长和生长停滞状态下进行测试。 | 合成生物学 | NA | 单细胞荧光测量 | NA | 图像(单细胞显微镜数据) | 未指定具体样本数,但使用了NOT门库,包含多个变体。 | NA | 大肠杆菌 | 遗传NOT门(逻辑门) | 工业生物技术,环境 |
| 12 | 2026-08-27 |
Engineering Auronidin Production in Marchantia polymorpha Enables a New Class of Plant-Derived Textile Pigments
2026-Aug-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.6c00118
PMID:42470384
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研究论文 | 该研究通过工程化地钱(Marchantia polymorpha)增强auronidin类黄酮色素的产生,并验证其作为纺织染料的可行性 | 首次将auronidin类黄酮色素作为纺织染料应用,并利用地钱作为生物工程底盘实现可编程的次生代谢物生产 | 摘要未提及明显局限性 | 通过合成生物学方法提高auronidin产量并评估其作为植物源纺织染料的潜力 | 地钱植物及auronidin色素 | 合成生物学 | NA | 基因表达调控 | NA | NA | NA | NA | 地钱 | 诱导型基因表达系统(热激、糖皮质激素受体、β-雌二醇) | 纺织生物技术 |
| 13 | 2026-08-27 |
Toward Complex Polyketide Biosynthesis in Yarrowia lipolytica via Metabolic Reprogramming
2026-Aug-21, Journal of microbiology and biotechnology
IF:2.5Q3
DOI:10.4014/jmb.2606.06035
PMID:42625493
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综述 | 本文综述了通过代谢重编程在解脂耶氏酵母中实现复杂聚酮类化合物生物合成的最新策略、案例、局限性与未来方向 | 系统总结了从经典代谢重排到细胞器工程和亚细胞区室化等新兴策略,并评估了该酵母作为可编程工业平台的前景 | 当前聚酮类化合物在解脂耶氏酵母中的产量仍有待提高,且存在代谢负担和产物多样性限制等问题 | 建立解脂耶氏酵母作为可编程、工业可行的聚酮类化合物生物合成平台 | 解脂耶氏酵母及其聚酮类化合物生物合成途径 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、合成生物学 | NA | 文本 | NA | NA | 解脂耶氏酵母 | 代谢途径重构、细胞器工程、亚细胞区室化 | 医药、工业生物技术 |
| 14 | 2026-08-27 |
Inter-species horizontal transfer of biosynthetic gene clusters: an evolutionary driver for chemical diversity in bacterial communities
2026-Aug-19, Essays in biochemistry
IF:5.6Q1
DOI:10.1042/EBC20250014
PMID:41847751
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评论文章 | 本文探讨了生物合成基因簇(BGCs)在细菌种间水平转移的机制及其对化学多样性的进化影响,并讨论了其对合成生物学的启示 | 将BGCs视为可移动的基因组单元,挑战了传统的以基因组为中心的次级代谢观点,并提出模仿自然模块化转移系统来工程化可移植的生物合成平台 | 未提供具体实验数据或案例研究,主要基于理论分析和现有文献的综述性讨论 | 分析BGCs在细菌种间水平转移的机制和进化意义,并探讨其在合成生物学中的应用潜力 | 细菌中的生物合成基因簇(BGCs) | 微生物学 | NA | NA | NA | 文本 | NA | NA | 细菌 | 可移植的生物合成平台 | 合成生物学, 工业生物技术 |
| 15 | 2026-08-27 |
A guide to Direct Pathway Cloning (DiPaC) for natural product discovery
2026-Aug-19, Essays in biochemistry
IF:5.6Q1
DOI:10.1042/EBC20250016
PMID:42210810
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综述 | 本文是一篇关于直接途径克隆(DiPaC)技术的综述,重点介绍其在天然产物发现中的应用,包括技术原理、优势、应用案例和操作指南。 | 系统总结了DiPaC技术在不同天然产物类别中的应用,并提供了选择生物合成基因簇、扩增困难序列和组装策略的实用指导。 | 未提及具体局限性,但作为综述,可能缺乏对DiPaC技术本身潜在缺点的深入分析。 | 介绍DiPaC技术作为现代天然产物研究的关键工具,促进生物合成基因簇的克隆和重构。 | 生物合成基因簇(BGCs)及其编码的天然产物生物合成途径。 | 合成生物学 | NA | 长片段PCR、体外DNA组装 | NA | 基因组序列、生物信息学数据 | NA | DiPaC(直接途径克隆) | NA | 生物合成途径的克隆和重构,包括启动子交换、调控元件移除和模块化重建 | 药物发现、生物技术 |
| 16 | 2026-08-27 |
Uniform Microscale Thermoresponsive Liposomes for Controlled Release Above Body Temperature
2026-Aug, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.74496
PMID:42434866
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研究论文 | 本研究首次提出利用电晕放电处理的PDMS双乳液装置规模化制备单分散热响应脂质体的策略,实现高于体温的受控释放。 | 首次实现可规模化生产均匀热敏脂质体,该脂质体在体温下稳定包裹,在约41-45°C时发生突然破裂和货物释放,优于现有方法。 | 当前方法主要用于概念验证,未详细探讨体内应用或长期稳定性,且温度响应范围较窄。 | 开发一种可扩展的制备均匀热敏脂质体的方法,用于高于体温的受控药物释放。 | 热响应脂质体,包含DPPC和油酸壳,以及Pluronic F-127稳定剂。 | 材料科学 | NA | 电晕放电处理、双乳液微流控、乙醇介导溶剂萃取、旋转混合、表面活性剂辅助界面调控 | NA | 实验数据,包括脂质体粒径、释放曲线等 | 多个脂质体制剂,具体数量未在摘要中提及 | 电晕放电处理、PDMS装置 | NA | 热响应脂质体系统,用于温度触发的货物释放 | 医学、生物传感、合成生物学 |
| 17 | 2026-08-27 |
Quantitative and Targeted Regulation of Ferroptosis in Bladder Cancer: Preclinical Study
2026-Aug, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.71333
PMID:42644396
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研究论文 | 本研究利用CRISPR-dCas9系统定量调控膀胱癌细胞中的铁死亡相关基因BECN1和OTUB1,并构建数学模型来描述其调控关系,诱导癌细胞铁死亡而不影响正常细胞 | 创新性地使用hTERT启动子控制的CRISPR-dCas9技术,实现对癌细胞中铁死亡基因的定量调节,并结合合成生物学原理建立数学模型,精确描述BECN1和OTUB1对下游靶基因GPX4和SLC7A11的调控关系 | 由于仅基于标题和摘要,具体局限性未明确说明,可能包括体内外模型差异及临床转化难度 | 探究通过定量调控铁死亡相关基因诱导膀胱癌细胞铁死亡而不影响正常细胞,为膀胱癌靶向治疗提供新方向 | 膀胱癌细胞UMUC-3和T24,以及正常膀胱细胞 | 合成生物学 | 膀胱癌 | CRISPR-dCas9 | 数学模型 | 基因表达数据、细胞实验图像、肿瘤组织图像 | 未明确样本数量,涉及UMUC-3和T24膀胱癌细胞系及异种移植肿瘤组织 | CRISPR-dCas9 | 人类细胞系UMUC-3和T24 | 基于hTERT启动子调控的基因表达调控系统,用于上调BECN1和下调OTUB1 | 医学 |
| 18 | 2026-08-27 |
Probiotics unveiled: bridging general health benefits to the era of precision medicine
2026-Jul-17, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-026-05143-1
PMID:42463603
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综述 | 本文综述了益生菌从一般健康促进剂向精准医学中个性化靶向疗法的转变,涵盖其作用机制及与新技术结合的应用前景。 | 将益生菌与心理生物学、下一代益生菌、改造菌株、人工智能和合成生物学技术相结合,提出个性化益生菌疗法的概念。 | 未提供具体的临床试验数据或实证研究结果,主要基于理论综述。 | 探讨益生菌在精准医学中的应用潜力,强调个性化治疗的必要性。 | 益生菌及其在宿主生理中的作用机制,以及与新兴技术的结合。 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学技术 | NA | NA | 医学 |
| 19 | 2026-08-27 |
Duckweeds: from fundamental biology to a sustainable plant chassis for biotechnology
2026-Apr-16, Advanced biotechnology
DOI:10.1007/s44307-026-00110-1
PMID:41989705
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综述 | 本文综述了浮萍(Lemnaceae)作为可持续生物技术平台的最新进展,涵盖其独特生物学、基因组解码、遗传工具开发及在分子农业中的应用。 | 强调浮萍的简化表观基因组有利于转基因表达,并整合了CRISPR-Cas9编辑等高效遗传工具,将其定位为优于烟草的下一代植物底盘。 | 从概念验证到工业应用仍需克服集成组学数据库、通用遗传工具包和可扩展培养等挑战。 | 评估浮萍作为可持续生物技术植物底盘的潜力,并推动其从基础研究向工业应用转化。 | 浮萍(Lemnaceae)植物。 | 合成生物学 | 不适用 | CRISPR-Cas9编辑,遗传转化 | 不适用 | 基因组数据,文献数据 | 不适用 | CRISPR-Cas9 | 浮萍(Lemnaceae) | 用于生产疫苗、治疗性蛋白质和高价值代谢物的代谢途径。 | 生物技术,农业,医药 |
| 20 | 2026-08-27 |
Biosynthesis of L-Pipecolic Acid and Its Hydroxylated Derivatives: Enzyme, Engineering, and Synthesis Method
2026-04, Biotechnology and bioengineering
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/bit.70156
PMID:41532523
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综述 | 本文综述了L-哌啶酸及其羟基化衍生物的生物合成研究进展,涵盖酶工程、代谢工程及合成方法 | 系统总结了L-哌啶酸生物合成中的多种策略(包括酶级联、单酶策略和固定化酶策略),并重点强调了脯氨酸羟化酶的蛋白质工程在羟基化衍生物生产中的应用 | 未提及具体的局限性 | 探讨通过酶工程和合成生物学实现L-哌啶酸及其羟基化衍生物可持续高效生产的途径 | L-哌啶酸及其羟基化衍生物(羟基哌啶酸) | 合成生物学 | NA | 酶工程、代谢工程、蛋白质工程 | NA | NA | NA | NA | 微生物(具体种类未提及) | 生物合成途径(L-哌啶酸及羟基哌啶酸的生物合成) | 医药、工业生物技术 |