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当前共找到 5718 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-09-23 |
Engineering a protein homodimer from a heterodimer: A chimeric DBHS protein
2026-Oct, Protein science : a publication of the Protein Society
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/pro.70799
PMID:42765842
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研究论文 | 通过设计嵌合DBHS蛋白，将异源二聚体改造为同源二聚体，并进行生化和结构表征 | 首次设计出模拟DBHS异源二聚体界面的嵌合同源二聚体，即使存在偏好异源二聚化的天然DBHS蛋白仍保持同源二聚体，且易于纯化和结晶，为DBHS蛋白结构研究提供新方法，并揭示核心色氨酸堆积和界面互补性决定二聚化偏好 | 未明确提及 | 理解DBHS蛋白二聚化偏好的分子决定因素，并设计同源二聚体以促进结构研究 | DBHS蛋白（SFPQ、NONO、PSPC1）及其嵌合体 | 结构生物学 | NA | X射线衍射晶体学、生化表征 | NA | 蛋白质结构、生化数据 | NA | NA | NA | NA | 医学、合成生物学 |
| 2 | 2026-09-23 |
Advances in the HAK/KUP/KT potassium transporter family in regulating Na+/K+ homeostasis and salt tolerance in plants
2026-Sep-22, Annals of botany
IF:3.6Q1
DOI:10.1093/aob/mcag193
PMID:42384214
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综述 | 系统综述了植物HAK/KUP/KT钾转运蛋白家族的分类、进化、功能及其在Na+/K+稳态和耐盐性中的多层次调控网络 | 整合了钙信号CBL-CIPK模块、转录调控、表观遗传修饰和翻译后修饰等多层调控网络，揭示了盐生植物与甜土植物间转运蛋白功能分化的 paradox 现象 | 作为综述，缺乏原始实验数据验证所提出的调控模型和基因编辑策略的实际效果 | 阐明HAK/KUP/KT家族在植物响应钾缺乏和盐胁迫中的功能及调控机制，为耐盐作物遗传改良提供理论依据 | 植物HAK/KUP/KT钾转运蛋白家族，涵盖农作物和木本植物 | 植物科学 | NA | 基因编辑、合成启动子、合成生物学 | NA | 文本 | NA | 基因编辑 | 植物 | NA | 农业 |
| 3 | 2026-09-23 |
Bioinspired organic materials for seamless neurohybrid interfaces: from material design to living electronics
2026-Sep-22, Materials horizons
IF:12.2Q1
DOI:10.1039/d6mh00280c
PMID:42468887
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综述 | 探讨生物启发的有机材料在神经混合界面中的应用，从材料设计到活体电子学 | 提出利用有机混合离子-电子导体、先进聚合物化学和可调软材料实现无缝神经整合，并探索原位聚合和合成生物学实现活体神经电子学 | 作为聚焦文章，可能缺乏全面的实验验证和系统性的数据支持 | 探索实现无缝神经混合界面和活体神经电子学的材料和方法 | 神经混合界面、有机材料、神经电子设备 | 生物工程 | 神经系统疾病 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学, 生物工程 |
| 4 | 2026-09-23 |
The iModulon framework: how x-AI reveals microbial regulatory logic
2026-Sep-22, mSystems
IF:5.0Q1
DOI:10.1128/msystems.00228-26
PMID:42584158
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综述 | 本文综述了基于独立成分分析（ICA）的iModulon框架，介绍其数据科学原理、计算工作流程及iModulonDB基础设施，并展示了iModulonDB 3.0的跨物种比较能力 | 推出iModulonDB 3.0，涵盖53个物种、71个ICA分解和33,062个RNA-seq样本；首次实现跨物种iModulon结构的系统比较，识别出13个在远缘细菌中保守的共享调控模块，并揭示了谱系特异性程序的长尾分布 | 文章讨论了iModulon重建和计算过程中存在的设计原则局限性和方法学限制 | 综述基于ICA的转录组分解方法，展示iModulon框架作为社区驱动的可复用调控程序解析工具，推动生物学发现和合成生物学模块级设计 | 原核生物转录组数据，包括53个物种的33,062个RNA-seq样本 | 机器学习 | NA | RNA-seq, ICA | ICA | 文本 | 33,062个RNA-seq样本，涵盖53个物种，71个ICA分解 | NA | NA | NA | 医学, 工业生物技术 |
| 5 | 2026-09-23 |
Advances in erythritol production through synthetic biology and systems metabolic engineering
2026-Sep-21, Archives of microbiology
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s00203-026-05219-4
PMID:42766016
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综述 | 本文综述了通过合成生物学与系统代谢工程提升赤藓糖醇产量的研究进展，提出了一个贯穿胞内代谢到工业规模的分层约束框架 | 提出分层约束级联框架，将赤藓糖醇生物制造从天然菌株优化、合成生物学通路重构、辅因子平衡、模块化设计到AI整合的DBTL循环统一为跨尺度分析体系，并指出AI应用需与机理模型耦合而非仅做统计拟合 | 当前AI应用多为统计拟合而非机理驱动的跨尺度建模，实时传感与自适应通量调控尚未闭环，实验室设计与工业操作之间因混合和原料的尺度依赖性异质性仍存在较大差距 | 系统诊断赤藓糖醇生物合成中的系统性瓶颈，并勾勒糖醇类智能生物制造的原则与路径 | 赤藓糖醇生物合成途径及相关稀有糖（阿洛酮糖、塔格糖） | 合成生物学, 代谢工程 | NA | 合成生物学, 系统代谢工程, 代谢建模, 自动化DBTL循环, 无细胞系统, 实时传感 | AI整合设计-构建-测试-学习（DBTL）模型, 机理跨尺度模型 | 文本 | NA | NA | NA | 赤藓糖醇合成代谢通路, 辅因子（NADPH）平衡模块, 模块化通路设计 | 工业生物技术, 食品, 医药 |
| 6 | 2026-09-23 |
Marine Microalgal Genes: Unlocking a New Era of Sustainable High Value PUFA Production for Neuroprotective Applications
2026-Sep-21, Cell biochemistry and biophysics
IF:1.8Q4
DOI:10.1007/s12013-026-02013-3
PMID:42766103
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综述 | 本文综述了海洋微藻作为高价值多不饱和脂肪酸（PUFA）生物合成基因来源的遗传与生化潜力，并探讨了通过合成生物学和代谢工程提升PUFA积累的策略 | 系统整合了海洋微藻PUFA生物合成通路中关键去饱和酶和延长酶的功能研究，并结合组学分析、合成生物学与代谢工程，提出了在陆生油料作物和微生物宿主中异源表达微藻基因的新思路 | PUFA通路调控机制复杂，菌株优化困难，且从实验室到产业化的转化可行性仍面临挑战 | 探讨海洋微藻PUFA生物合成基因在可持续、高值化PUFA生产及神经保护应用中的潜力与策略 | 海洋微藻及其PUFA生物合成基因（去饱和酶和延长酶） | 合成生物学, 代谢工程 | 神经保护 | 组学分析, 合成生物学, 代谢工程, 异源表达 | NA | 文本 | NA | NA | 陆生油料作物, 微生物宿主 | PUFA生物合成通路 | 医学, 食品, 工业生物技术 |
| 7 | 2026-09-23 |
Technical limitations of CRISPR-Cas9 genome editing in bacteria: challenges and future directions
2026-Sep-21, Archives of microbiology
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s00203-026-05182-0
PMID:42766154
|
综述 | 本文综述了CRISPR-Cas9在细菌基因组编辑中的技术局限性，包括脱靶效应、DNA修复限制、Cas核酸酶细胞毒性及宿主特异性限制修饰屏障，并讨论了当前应对策略和未来方向 | 系统性总结了细菌中CRISPR-Cas9编辑的主要技术障碍，并评估了改进guide RNA设计、替代Cas变体、优化递送策略和宿主适应性工程等新兴解决方案 | 作为综述文章，未提供原始实验数据，对各项挑战的讨论主要基于现有文献，缺乏对具体解决方案效率的定量比较 | 探讨CRISPR-Cas9在细菌基因组编辑中的主要技术障碍，评估现有应对策略，并展望提高编辑效率、可靠性和精确度的新兴方法 | 细菌中的CRISPR-Cas9基因组编辑技术 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9基因组编辑 | NA | 文本 | NA | CRISPR-Cas9 | 细菌 | NA | 医学, 工业生物技术, 合成生物学 |
| 8 | 2026-09-23 |
Letter to the Editor: The Gut Microbiome-Endocrine Axis in Obesity: Mechanisms and Therapeutics
2026-Sep-21, Journal of gastroenterology and hepatology
IF:3.7Q2
DOI:10.1111/jgh.70772
PMID:42767274
|
读者来信 | 本文是对Mao等人关于肠道微生物-内分泌轴与肥胖的受邀综述的评论，提出三个扩展方向以增强其临床相关性 | 提出将GLP-1受体激动剂与肠道微生物的双向互作、上消化道微生物生态位与合成生物学方法（如工程化丁酸梭菌局部分泌GLP-1）、以及肠道-内分泌轴的昼夜节律维度与表型引导的精准医学相结合 | 作为读者来信，未提供原始实验数据，所提扩展方向尚需进一步验证 | 对已发表的肠道微生物-内分泌轴与肥胖综述进行评论，并提出增强其临床转化价值的扩展视角 | 肠道微生物组、GLP-1受体激动剂、肥胖患者、工程化丁酸梭菌、限时喂养 | 微生物组学 | 肥胖 | 合成生物学 | NA | 文本 | NA | NA | 丁酸梭菌 | 工程化丁酸梭菌在肠腔内局部分泌GLP-1 | 医学 |
| 9 | 2026-09-23 |
Developing cumate-inducible gene expression systems for application in Pseudomonas putida KT2440
2026-Sep-02, Journal of applied microbiology
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/jambio/lxag105
PMID:42770803
|
研究论文 | 本研究开发了两种基于cumate诱导的基因表达系统，用于恶臭假单胞菌KT2440，并应用于柠檬烯生物转化为紫苏醇 | 开发了两种新型cumate诱导表达系统，分别基于CuO1和CuO2操纵子，通过启动子优化和操纵子结构优化实现了高性能表达，并首次应用于紫苏醇生物合成 | 未提及 | 开发高效基因表达工具以实现恶臭假单胞菌KT2440的精准代谢调控 | 恶臭假单胞菌KT2440 | 合成生物学 | NA | 基因工程、启动子优化、操纵子工程、异源表达、荧光报告检测 | NA | 荧光强度数据、产物滴度数据 | NA | NA | 恶臭假单胞菌KT2440 | cumate诱导表达系统（基于CuO1和CuO2操纵子），异源细胞色素P450催化柠檬烯转化 | 工业生物技术、医药 |
| 10 | 2026-09-23 |
Protein turnover in plants-cost of synthesis, repair, and crop engineering opportunities
2026-Sep-01, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiag481
PMID:42418770
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综述 | 本文综述了植物中蛋白质周转的碳成本，包括合成、损伤修复及降解重合成，并探讨了通过合成生物学手段改良作物的机会 | 系统性地将蛋白质自发损伤与修复机制同作物产量的呼吸碳成本联系起来，并提出了利用合成生物学优化蛋白质修复以提升作物性能的新策略 | 作为综述，未提供新的实验数据，且对具体修复机制和合成生物学靶点的可行性缺乏实验验证 | 阐明植物蛋白质损伤、修复与周转的碳成本及其对作物产量的影响，并指出未来作物工程的可能方向 | 植物蛋白质、作物（未特指具体物种） | 植物生物学、作物科学 | NA | NA | NA | 文本 | NA | NA | 植物 | NA | 农业 |
| 11 | 2026-09-23 |
Identification and catalytic optimization of pinene oxidases in paeoniflorin biosynthetic pathway
2026-Sep-01, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiag669
PMID:42740699
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研究论文 | 该研究确认芍药苷生物合成起源于α-蒎烯，并鉴定了3个催化蒎烯氧化的新型细胞色素P450酶，通过定点突变优化了CYP71AN126的催化特异性 | 首次确认芍药苷生物合成来源于α-蒎烯，鉴定出3个新型P450酶CYP71AN126和CYP76A225/226，发现C4羟化是芍药苷生物合成的关键限速步骤，并通过定点突变鉴定L493为调控CYP71AN126催化位点特异性和底物特异性的关键残基 | 芍药苷完整生物合成途径尚未完全解析，仅确定了C4氧化为关键步骤，后续下游途径的酶和反应步骤仍待阐明 | 解析芍药苷生物合成途径中蒎烯氧化步骤的酶学机制，为通过合成生物学方法高效生产芍药苷提供基础 | 芍药（Paeonia）中芍药苷生物合成途径的蒎烯氧化酶CYP71AN126和CYP76A225/226 | 合成生物学 | NA | 病毒诱导基因沉默（VIGS）、蛋白结构预测、定点突变 | NA | 序列数据、结构数据 | NA | 定点突变 | NA | NA | 医药、工业生物技术 |
| 12 | 2026-09-23 |
AlloPool is a deep learning framework that infers protein allostery from molecular dynamics simulations
2026-Sep, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3004002
PMID:42766632
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研究论文 | 本文提出了AlloPool，一个基于图神经网络（GNN）的深度学习框架，通过迭代修剪残基-残基相互作用，从分子动力学模拟中推断蛋白质变构，揭示控制蛋白质构象动力学的时变相互作用网络 | 1. 首次提出AlloPool框架，将时序注意力机制与图聚合相结合，从平衡和非平衡分子动力学模拟中学习演化的相互作用图；2. 通过迭代修剪残基-残基相互作用，发现控制蛋白质构象动力学的最小化、时间分辨的相互作用网络；3. 能够准确重建动态轨迹，在动态轨迹重建方面优于现有机器学习方法；4. 可预测配体结合、机械力和突变的影响，发现瞬态动态状态 | 高分辨率实验数据稀缺，限制了动态和能量性质预测的机器学习模型的训练 | 通过分子动力学模拟推断蛋白质变构，揭示控制蛋白质构象动力学和结构响应的最小化、时间分辨的相互作用网络 | 多种动态蛋白质系统，包括结合结构域、机械传感器、信号受体和酶 | 机器学习 | NA | 分子动力学模拟 | 图神经网络 | 分子动力学模拟数据 | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 13 | 2026-09-23 |
The Emergence of Life in the Light of Evolution
2026-Jul-12, ArXiv
PMID:42389247
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综述 | 该文章主张生命起源研究应从化学问题扩展到进化问题，综合比较基因组学、系统发育学、生物化学和地球科学证据，强调LUCA已是复杂细胞群体，并突出群体遗传学、生态学和合成生物学在约束生命起源场景中的作用 | 提出生命起源研究必须纳入群体遗传学视角，从仅关注生命如何开始扩展到探索其如何从生物前系统进化而来，并整合多学科证据构建进化驱动的研究议程 | 文章为综述性论述，未提供新的实验数据，所提出的进化驱动假设仍需理论和实验室实验验证 | 重新定位生命起源研究，从化学问题扩展到进化问题，利用群体遗传学、生态学和合成生物学约束生命起源场景 | 生命起源过程、LUCA、前LUCA进化历史、原代谢自催化网络、原始细胞、翻译和DNA基因组的出现 | 进化生物学 | NA | 比较基因组学, 系统发育学, 生物化学, 地球科学, 群体遗传学, 生态学, 合成生物学 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 14 | 2026-09-23 |
Programmable CRISPRtune dissects the transcriptional repressive activity of MeCP2
2026-Jul-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.07.08.737375
PMID:42465491
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研究论文 | 本文介绍了CRISPRtune，一种将MeCP2与催化失活的dCas9融合的可编程转录抑制工具，用于在人类细胞中精细调控内源基因表达 | 利用MeCP2的温和抑制活性实现中间水平的转录调控，而非完全基因失活或完全转录抑制；通过全基因组CRISPR筛选定义了CRISPRtune的靶向规则；揭示了MeCP2在基因启动子处诱导的直接表观遗传变化及其遗传依赖伙伴；发现Rett综合征相关MeCP2突变因无法重塑靶基因局部表观遗传景观而导致转录抑制缺陷 | 未明确提及 | 开发一种可编程工具，在哺乳动物细胞中实现内源基因转录的中间水平调控，并利用该平台解析染色质调控因子在活细胞中的机制功能 | 人类细胞中的内源基因、MeCP2蛋白及其Rett综合征相关突变体 | 合成生物学 | Rett综合征 | CRISPR筛选、表观遗传学分析 | dCas9-MeCP2融合蛋白 | 基因组规模筛选数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 人类细胞 | dCas9-MeCP2转录抑制系统 | 医学 |
| 15 | 2026-09-23 |
Engineering commensal microbes for host health
2026-Jul-08, Cell host & microbe
IF:20.6Q1
DOI:10.1016/j.chom.2026.05.025
PMID:42419270
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综述 | 本综述总结了工程化活体生物治疗产品（eLBPs）在多种疾病中的应用进展，并讨论了设计关键因素与挑战 | 提出了下一代工程化活体生物治疗产品理性设计的框架，整合底盘选择、DNA递送、治疗表达调控和生物防护等关键因素 | 实现可预测的定植、持久的治疗活性和稳健的体内生物防护仍面临挑战 | 总结工程化活体生物治疗产品的发展进展，并提出下一代产品的理性设计框架 | 工程化活体生物治疗产品（eLBPs） | 合成生物学 | 炎症性疾病, 代谢紊乱, 癌症, 感染性疾病 | NA | NA | 文本 | NA | NA | 细菌 | NA | 医学 |
| 16 | 2026-09-23 |
BxbI-mediated insertion of a 77kb human RET sensitive haplotype into the mouse genome to generate a humanized model of Hirschsprung disease
2026-Jul-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.07.05.736620
PMID:42465522
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研究论文 | 该研究通过Bxb1介导的重组将77kb人类RET敏感单倍型插入小鼠基因组，构建了人类化Hirschsprung病模型，并验证了非编码变异对疾病发病机制的影响 | 首次利用大DNA合成生物学和Bxb1介导的重组将完整77kb人类RET基因组位点（包括所有外显子、内含子和上游调控元件）插入小鼠安全港位点，构建了人类化HSCR模型，并通过CRISPR/Cas9修复保守Sox10结合位点证明非编码变异的关键作用 | 初始HSCR相关敏感单倍型的表达水平仅为野生型的21%，不足以挽救内源性小鼠Ret缺失导致的生存能力，且该模型可能无法完全再现人类疾病的复杂性 | 研究人类RET基因增强子元件中的调控变异如何导致Hirschsprung病的无神经节细胞症，并建立人类化小鼠模型来模拟人类特异性调控疾病 | 人类RET基因组位点、小鼠基因组、Hirschsprung病相关敏感单倍型、增强子元件中的风险SNPs | 基因组学、合成生物学、疾病模型 | Hirschsprung病 | Nanopore测序、短读长测序、CRISPR/Cas9基因编辑、Bxb1介导的重组 | 人类化小鼠模型 | 基因组序列数据、基因表达数据 | 未明确提及样本数量，涉及人类RET位点和小鼠模型 | CRISPR-Cas9, Bxb1重组酶 | 小鼠 | NA | 医学 |
| 17 | 2026-09-23 |
A self-replicating artificial module-genome that generates bacterial chromosome replication system in vitro
2026-Jul-03, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkag663
PMID:42406626
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研究论文 | 该研究构建了一个53 kb的环状DNA（RCR模块基因组），编码全部26种RCR蛋白，在PURE系统中实现体外自我复制，并命名为PRIMES系统 | 首次实现了由自身编码的复制机器驱动的人工模块基因组在体外进行基因组规模的自我复制，支持超过28次递归自我复制 | 仅在体外PURE系统中验证，尚未在人工细胞或活细胞环境中实现，离真正的自主自我繁殖人工细胞仍有距离 | 构建能够自我复制的人工基因组，推动自下而上合成生物学中人工细胞自主自我繁殖的目标 | 53 kb环状DNA（RCR模块基因组）及其编码的26种RCR蛋白 | 合成生物学 | NA | PURE系统（重组元件蛋白合成系统）、RCR（复制循环反应） | NA | NA | NA | NA | NA | RCR模块基因组编码全部26种染色体复制蛋白，在PURE系统中表达后驱动自身DNA复制 | 医学,工业生物技术 |
| 18 | 2026-09-23 |
Bacterial degradation of aromatic ester pollutants in agro-ecosystems: implications for bioremediation
2026-Jul-01, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-026-13916-9
PMID:42387175
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综述 | 本文综述了农业生态系统中芳香酯类污染物的细菌降解机制及生物修复应用 | 整合了细菌降解芳香酯的遗传、代谢、进化及合成生物学进展，并强调了辅助性生态生理特性对原位降解的增强作用 | 未涉及具体实验数据，缺乏对降解效率的定量比较和现场应用验证 | 探讨芳香酯类污染物在农业生态系统中的细菌降解途径及生物修复策略 | 芳香酯类污染物（芳香酸酯和芳香醇酯）及其降解细菌 | 环境微生物学 | NA | NA | NA | 文本 | NA | NA | 细菌 | NA | 环境, 农业 |
| 19 | 2026-09-23 |
seq2ribo: structure-aware integration of machine learning and simulation to predict ribosome location profiles from RNA sequences
2026-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag296
PMID:42412804
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研究论文 | 提出seq2ribo框架，结合结构感知的TASEP模拟与机器学习，仅从mRNA序列预测核糖体A位点分布 | 首次仅凭序列实现与观测核糖体谱有意义的 positional correlation，提出结构感知TASEP（sTASEP）并引入polisher模型精炼模拟分布 | 未明确提及 | 从RNA序列预测核糖体位置谱，用于mRNA疫苗等序列设计 | mRNA序列及其核糖体翻译分布 | 机器学习 | NA | Ribo-seq, RNA-seq | 机器学习, TASEP模拟 | 序列 | 多种细胞类型（iPSC、HEK293、LCL、RPE-1） | NA | NA | NA | 医学, 合成生物学 |
| 20 | 2026-09-23 |
Cell-free synthesis and characterization of Salmonella, Escherichia coli, and Shigella-specific bacteriophages
2026-Jun-30, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-026-03049-z
PMID:42380887
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研究论文 | 本研究利用大肠杆菌无细胞基因表达系统成功合成了七种不同家族的噬菌体，并对其感染性、宿主范围和稳定性进行了表征 | 首次报道了五种噬菌体（LPST153、S16、SP6、Jbel和Alf5）在无细胞系统中成功合成和表征，并证明了在无内毒素系统中合成感染性噬菌体的可行性以及利用PCR片段完全体外组装噬菌体基因组 | 不同宿主间平板接种效率存在显著差异，无细胞合成噬菌体与宿主来源噬菌体在宿主依赖性感染性方面存在功能差异 | 评估基于大肠杆菌的无细胞基因表达平台合成多种噬菌体的通用性，并比较体外合成噬菌体与宿主来源噬菌体的功能可比性 | 七种噬菌体，包括vB_SalM-LPST153、vB_SenM-S16、SP6、vB_Sens_Jbel、vB_EcoM_Alf5等，以及沙门氏菌、大肠杆菌和志贺氏菌宿主菌株 | 合成生物学 | NA | 无细胞基因表达（CFE）、PHEIGES工作流 | NA | NA | 七种噬菌体 | NA | E. coli | NA | 医学, 食品 |