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当前共找到 5789 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-10-05 |
Critical review of artificial intelligence in synthetic biology: DBTL cycle applications, challenges, and design rules for microbial strain engineering
2026-Oct-03, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-026-05314-0
PMID:42828724
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综述 | 本文综述了人工智能（包括机器学习、深度学习和语言模型）在合成生物学设计-构建-测试-学习（DBTL）周期中的应用、挑战及微生物菌株工程的设计规则 | 系统分析了AI工具在DBTL周期各阶段的应用，评估了其验证和证据水平，并提出了微生物菌株工程的设计规则 | 模型行为存在不确定性，数据验证和透明度有限，数据分析和解释困难，模型预测不确定，以及安全和伦理问题 | 分析人工智能在合成生物学中的应用，识别AI工具在DBTL周期中的应用方式，评估其验证和证据水平 | 合成生物学中的基因线路设计、蛋白质工程、代谢通路优化和多组学数据分析 | 机器学习 | NA | 机器学习, 深度学习, 语言模型 | 神经网络, 深度学习, 语言模型 | 多组学数据 | NA | NA | NA | 基因线路设计, 代谢通路优化 | 医学, 能源, 环境生物技术 |
| 2 | 2026-10-05 |
Biomedical Applications of Antimicrobial Peptides: Multifunctional Mechanisms, Engineering Strategies, and Therapeutic Development
2026-Oct-03, International journal of antimicrobial agents
IF:4.9Q1
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综述 | 该综述全面概述了抗菌肽的来源、结构特征、主要抗菌机制，探讨了细菌可能产生耐药性的机制，并重点介绍了增强抗菌肽设计的最新方法，如自组装纳米结构、联合疗法和靶向修饰，以及在药物递送、伤口敷料和智能材料等生物医学领域的应用前景。 | 系统整合了抗菌肽的多功能机制、工程改造策略与治疗开发进展，特别强调了AI驱动设计、纳米技术和合成生物学等新兴技术对抗菌肽临床转化的推动作用。 | 抗菌肽的临床应用仍面临稳定性有限、潜在毒性和高制造成本等障碍。 | 综述抗菌肽的多功能机制、工程策略和治疗开发，以应对日益严重的抗生素耐药性问题。 | 抗菌肽（AMPs） | 机器学习, 数字病理学 | 感染性疾病 | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学, 材料 |
| 3 | 2026-10-05 |
The ferroptosis-cuproptosis crosstalk in hematological malignancies: multi-omics insights into gene-regulated cell death and emerging therapeutic opportunities
2026-Oct-03, Apoptosis : an international journal on programmed cell death
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s10495-026-02451-7
PMID:42829391
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综述 | 本文综述了血液系统恶性肿瘤中铁死亡与铜死亡之间的交叉调控网络，并探讨了基于多组学的治疗新策略 | 提出铁死亡-铜死亡轴作为金属-氧化还原网络的新概念，整合多组学方法揭示调控细胞死亡易感性的景观，并展望人工智能、合成生物学与类器官结合的精准细胞死亡工程 | 缺乏标准化生物标志物、临床试验设计困难以及患者动态分层挑战 | 探讨铁死亡与铜死亡在血液系统恶性肿瘤中的交叉调控机制，并探索新兴治疗机会 | 血液系统恶性肿瘤 | 机器学习 | 血液系统恶性肿瘤 | 基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、金属组学、单细胞分析、空间分析 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 4 | 2026-10-05 |
Replicon engineering-driven modular synthetic biology toolkit for efficiently iterative genome editing in Fusarium venenatum
2026-Oct-01, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2026.102559
PMID:42822642
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研究论文 | 本文通过复制子工程建立了一套模块化合成生物学工具包，实现了在Fusarium venenatum中的高效迭代基因组编辑和基因表达精细调控。 | 首次在F. venenatum中鉴定并表征了线粒体DNA来源的稳定和可治愈复制子；利用可治愈复制子MT07将CRISPR/Cas9系统的质粒治愈时间从22天缩短至8天；鉴定出6个中性基因组整合位点；利用稳定复制子MT071建立了稳定游离表达系统，并表征了大量模块化转录和翻译调控元件，实现了662.9倍的基因表达动态范围；成功构建了HMB生物合成途径，实现了微生物蛋白和HMB的高效共生产。 | 摘要中未明确提及研究限制。 | 建立基于复制子工程的模块化合成生物学工具包，以促进F. venenatum的迭代基因组编辑和基因表达调控，用于可持续食品生物制造。 | Fusarium venenatum（丝状真菌） | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas9基因组编辑、复制子工程、模块化转录和翻译调控元件表征、2A肽介导的多顺反子表达 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | Fusarium venenatum | 3-羟基-3-甲基丁酸（HMB）生物合成途径 | 食品、工业生物技术 |
| 5 | 2026-10-05 |
Research progress of Rumen microbes utilizing lignocellulose for high-value chemical production
2026-Sep, Biodesign research
DOI:10.1016/j.bidere.2026.100107
PMID:42828144
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综述 | 本文综述了瘤胃微生物降解木质纤维素并生产高价值化学品的机制、代谢途径及优化策略 | 系统整合了瘤胃微生物组在木质纤维素降解与高值化转化中的机制、代谢途径和过程-群落-遗传多层次优化策略，并强调多组学与合成生物学在提升群落稳定性和代谢可控性方面的潜力 | 瘤胃微生物群落不稳定、代谢流控制有限、工艺放大困难 | 为基于瘤胃微生物的可持续木质纤维素高值化利用工艺提供理论与技术指导 | 瘤胃微生物及其木质纤维素降解与高值化学品合成体系 | 合成生物学, 微生物组学, 代谢工程, 生物能源 | NA | 多组学分析, 合成生物学 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 能源, 工业生物技术, 环境 |
| 6 | 2026-10-05 |
Decoding the Minimal Translation System of the Plasmodium falciparum Apicoplast: Essential tRNA-modifying Enzymes and Their Roles in Organelle Maintenance
2025-08-15, Journal of molecular biology
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.jmb.2025.169156
PMID:40335414
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研究论文 | 本研究通过比较基因组学和顶质体蛋白定位预测，鉴定了16个核编码的tRNA修饰酶，并实验证实其中14个定位于顶质体，进一步敲除12个基因后发现6个对寄生虫存活必需，且均催化tRNA反密码子环修饰，其缺失导致顶质体破坏 | 首次系统定义了疟原虫顶质体最小翻译系统所需的tRNA修饰酶集合，发现必需酶集中于反密码子环修饰，并揭示顶质体翻译系统依赖极简tRNA修饰 | 有两个基因无法敲除，其中一个可能具有顶质体外的必需功能，另一个可能承担代谢旁路无法绕过的关键角色，其具体机制尚未完全阐明 | 解析恶性疟原虫顶质体最小翻译系统中的tRNA修饰酶组成及其在细胞器维持中的作用 | 恶性疟原虫顶质体及其25种完整tRNA同功型 | 合成生物学 | 疟疾 | 比较基因组学、顶质体蛋白定位预测、基因敲除 | NA | 基因组序列、蛋白质序列 | 16个预测的tRNA修饰酶，14个实验验证定位，12个成功敲除 | 基因敲除工具 | 恶性疟原虫 | NA | 医学, 合成生物学 |
| 7 | 2026-10-05 |
Breaking the Degeneracy of Sense Codons - How Far Can We Go?
2024-Sep, Israel journal of chemistry
IF:2.3Q3
DOI:10.1002/ijch.202400026
PMID:42827650
|
综述 | 本文综述了通过打破有义密码子的简并性来扩展遗传密码的研究进展，包括正交翻译系统、基因组重编码和无细胞翻译系统等方法。 | 聚焦于打破有义密码子冗余而非传统的终止密码子重新分配，并探讨了实现64个密码子编码超过30种单体的可能性。 | 实现正交性和选择性密码子解码仍面临挑战，现有方法存在内源机器竞争等问题。 | 探讨扩展遗传密码以引入非天然氨基酸的方法和前景。 | 遗传密码、有义密码子、正交翻译系统、基因组重编码、无细胞翻译系统。 | 合成生物学 | NA | 正交氨酰-tRNA合成酶/tRNA/氨基酸系统、基因组重编码、无细胞翻译系统。 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学、工业生物技术 |
| 8 | 2026-10-05 |
Advancing the scale of synthetic biology via cross-species transfer of cellular functions enabled by iModulon engraftment
2024-03-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46486-3
PMID:38490991
|
研究论文 | 本文利用机器学习分解细菌转录组数据识别iModulon，实现跨物种转移细胞功能，并通过适应性实验室进化优化转移的功能 | 基于iModulon的工程策略能够识别并转移包含无功能注释基因在内的完整细胞功能基因集，同时结合适应性实验室进化优化功能，揭示了宿主中的突变 | 未明确提及 | 推进合成生物学规模，通过iModulon移植实现跨物种细胞功能转移 | 多种假单胞菌属物种和大肠杆菌 | 合成生物学 | NA | 机器学习、转录组学、适应性实验室进化 | iModulon分解（独立调制子） | 转录组数据 | NA | NA | 大肠杆菌 | NA | 医学、工业生物技术 |
| 9 | 2026-10-05 |
Synthetic bionanotechnology: synthetic biology finds a toehold in nanotechnology
2019-Nov-11, Emerging topics in life sciences
IF:3.4Q1
DOI:10.1042/ETLS20190100
PMID:33523177
|
综述 | 本文综述了合成生物纳米技术领域的最新进展和未来挑战，重点讨论了RNA纳米器件在基因表达调控和计算中的应用。 | 将核酸纳米技术与合成生物学相结合，利用可编程RNA纳米器件在活细胞内实现基因表达精确控制和复杂计算 | 体内核酸网络合成策略有待改进，网络功能需要增强，体外与体内系统之间存在复杂性差距 | 探讨合成生物纳米技术领域的最新发展和未来挑战 | RNA纳米器件、核酸纳米技术、工程化细菌 | 合成生物学 | NA | 核酸纳米技术、RNA纳米技术 | NA | 文本 | NA | CRISPR-Cas9 | 细菌 | RNA纳米器件、自组装RNA网络、生物传感器 | 医学、工业生物技术 |
| 10 | 2026-10-04 |
Gram-scale production of forskolin in yeast through biosynthetic network elucidation and pathway optimization
2026-Dec, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2026.135538
PMID:42537937
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研究论文 | 本研究阐明了佛司可林的生物合成网络，并在酵母中重建了高效合成途径，通过多维工程策略实现了克级生产 | 阐明了涉及三个P450介导多位点氧化的佛司可林生物合成网络，并通过多维工程策略在酵母中实现了迄今为止最高产量的佛司可林（2.7 g/L） | 下游途径中细胞色素P450的低催化活性以及复杂代谢网络的调控仍是挑战 | 在酵母中实现佛司可林的可持续、高效生产 | 佛司可林生物合成途径及酿酒酵母生产菌株 | 合成生物学 | 骨质疏松、心血管疾病、代谢综合征 | 合成生物学、代谢工程、发酵优化 | NA | NA | NA | NA | 酿酒酵母 | 佛司可林生物合成途径 | 医药、营养保健品 |
| 11 | 2026-10-04 |
Engineering programmable floating wetlands: synthetic biology, sensing, and AI control for water quality
2026-Dec, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2026.135561
PMID:42546780
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综述 | 本文综述了漂浮处理湿地（FTWs）的生物强化证据，并提出了通过合成生物学、传感和人工智能控制实现可编程漂浮湿地以改善水质的转化路线图 | 提出了可编程漂浮湿地的概念，整合合成生物学、传感和AI控制，强调近期决策支持而非全自动控制，并提出了报告和治理指标 | 对于某些化合物（如PFAS），破坏性转化很少被证实；存在冲刷、群落逆转、抑制性中间产物和不确定的长期生态效应等失败模式 | 综合FTWs及相关湿地中营养物质、金属、碳氢化合物、药物、抗生素、微塑料和新兴污染物（如PFAS）的生物强化证据，并规划可编程FTWs的转化路线图 | 漂浮处理湿地（FTWs）及相关湿地，包括植物-微生物伙伴关系、根际工程和生物膜 | 环境生物技术 | NA | 多组学、合成生物学、传感、AI控制、电化学增强（如湿地微生物燃料电池、电氧化、电混凝） | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 环境, 医学 |
| 12 | 2026-10-04 |
Engineering Naematelia aurantialba as a Robust Synthetic Biology Chassis: Stable Episomal Vector Construction and Metabolic Optimization for Enhanced Polysaccharide Synthesis
2026-Dec, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2026.135564
PMID:42551605
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研究论文 | 本研究为金黄银耳（Naematelia aurantialba）建立了稳定的附加体遗传平台，通过鉴定微小点着丝粒核心元件实现自主附加体复制，并结合密码子优化和VHb异源表达提升多糖产量 | 首次在金耳中鉴定了一个475 bp的微小点着丝粒核心元件，实现了稳定的自主附加体复制，解决了转化子遗传嵌合和荧光异质性问题；同时完成了全基因组密码子偏好性分析并进行密码子优化 | 研究主要基于单一菌株NX-20，该附加体系统在其他金耳菌株或其他非模式担子菌中的通用性尚需进一步验证 | 为金黄银耳建立高效的遗传操作平台，解决缺乏遗传工具的问题，并通过代谢工程提升多糖产量 | 金黄银耳（Naematelia aurantialba）NX-20菌株 | 合成生物学 | NA | 原生质体转化、全基因组密码子偏好性分析、附加体载体构建、搅拌罐生物反应器发酵 | NA | 基因组序列、发酵产量数据 | NA | NA | 金黄银耳（Naematelia aurantialba） | 含475 bp微小点着丝粒核心元件的附加体型表达载体，用于VHb异源表达 | 工业生物技术、医药 |
| 13 | 2026-10-04 |
Engineering phage therapeutics with intrinsic biocontainment
2026-Oct-02, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2026.09.010
PMID:42827049
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综述 | 本文综述了工程化噬菌体疗法的基因组工程方法、监管框架以及生物防护策略，并提出了评估生物防护严格性、进化稳健性、治疗效果和转化可行性之间权衡的框架。 | 提出了一个评估生物防护严格性、对逃逸突变体的进化稳健性、治疗效果和转化可行性之间权衡的框架。 | 未提及 | 综述工程化噬菌体疗法的现状，评估生物防护策略，并提出评估权衡的框架。 | 工程化噬菌体疗法 | 合成生物学 | 细菌感染 | 噬菌体基因组工程 | NA | 文本 | NA | NA | 噬菌体 | NA | 医学 |
| 14 | 2026-10-04 |
A Lambda Red Recombinase-Assisted CRISPR/Cas9 System for Efficient and Precise Genome Editing in Agrobacterium tumefaciens
2026-Sep-30, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70768
PMID:42817230
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研究论文 | 本文开发并优化了一种λ Red重组酶辅助的CRISPR/Cas9系统，用于在根癌农杆菌中高效精准地进行基因组编辑，包括点突变、插入、缺失和大片段替换 | 首次将λ Red重组酶辅助的CRISPR/Cas9系统应用于根癌农杆菌，实现了在染色体和Ti质粒上的高效精准编辑，编辑效率达26.7%–100%，并整合了SacB反向筛选标记用于编辑后质粒消除，成功构建了抗生素敏感菌株EHA105-S和逃逸EFR识别的工程菌株 | 摘要中未明确提及该系统的局限性 | 开发一种高效、精准、可扩展且用户友好的根癌农杆菌基因组工程工具，以推动下一代菌株设计和植物合成生物学应用 | 根癌农杆菌（Agrobacterium tumefaciens）不同菌株的染色体和Ti质粒 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas9基因组编辑，λ Red重组 | NA | NA | 18个靶位点 | CRISPR-Cas9 | 根癌农杆菌（Agrobacterium tumefaciens） | NA | 农业，医学 |
| 15 | 2026-10-04 |
EMBED: Ensemble MATCONT-Based Detection and Classification of Bifurcations in Dual Phosphorylation-Dephosphorylation Reaction Networks
2026-Sep-29, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.6c05467
PMID:42824635
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研究论文 | 本文提出了EMBED，一种基于MATCONT的集成方法，用于对双磷酸化-去磷酸化反应网络进行大规模分岔分析，以弥合合成生物学中的设计-构建-测试-学习（DBTL）差距 | 将MATCONT与大规模参数采样和自动延拓相结合，实现了高通量和可重复的集成分岔分析，将MATCONT从局部分析工具转变为全局动力学映射的可扩展平台 | 研究主要基于双磷酸化-去磷酸化系统的理论建模和计算分析，实验验证有限，且未涉及其他类型的反应网络 | 从机制性的动力系统视角解决合成生物学中持续存在的DBTL差距，通过全局分岔分析识别既功能可取又实验可实现的参数区域 | 双磷酸化-去磷酸化反应网络 | 机器学习, 系统生物学, 合成生物学 | NA | 大规模参数采样, 自动延拓, 分岔分析 | 集成模型, 动力系统模型 | 数值模拟数据 | NA | NA | NA | NA | 医学, 工业生物技术 |
| 16 | 2026-10-04 |
Identifying paths to ammonium production in Vibrio natriegens by characterizing nitrogenase regulation
2026-Sep-25, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2026.102556
PMID:42790619
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研究论文 | 本文通过功能基因组学、靶向突变和报告基因实验，表征了Vibrio natriegens中固氮酶调控蛋白在铵与氮气条件下的作用，揭示了NtrBC、NifA、GlnB和GlnK的调控层级 | 首次系统表征了Vibrio natriegens的固氮酶调控网络，发现NifA足以激活固氮酶基因表达而NtrBC非必需但影响表达时效性，且GlnB和GlnK对NtrBC的冗余 repression 更类似于非固氮大肠杆菌而非其他固氮γ-变形菌 | 摘要未提及具体局限性 | 解析Vibrio natriegens固氮酶的调控机制，为利用廉价氮气生产铵等应用提供理论基础 | Vibrio natriegens（需钠弧菌）的固氮酶调控蛋白及其调控网络 | 合成生物学 | NA | 功能基因组学、靶向突变、报告基因实验 | NA | NA | NA | NA | Vibrio natriegens | NA | 工业生物技术 |
| 17 | 2026-10-04 |
Complete Pathway Refactoring and Combinatorial Biosynthesis of Anthracyclines for Modulation of Histone Eviction and DNA Damage Bioactivities
2026-Sep-23, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.1050964
PMID:42775423
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研究论文 | 本文报道了一个模块化合成生物学平台，用于在链霉菌中完整重构和组合生物合成蒽环类化合物，以调节组蛋白驱逐和DNA损伤生物活性。 | 首次实现了三个完整蒽环类化合物生物合成途径（nogalamycin、doxorubicin和aclacinomycin）的完全重构，并组合生物合成产生16种衍生物（含13种新类似物），发现两种能快速促进组蛋白驱逐而不引起DNA双链断裂的候选分子。 | 摘要未明确提及研究局限性。 | 构建模块化合成生物学平台，用于蒽环类化合物的完整重构和组合生物合成，以开发心脏毒性更低、能解偶联DNA损伤与染色质损伤的新型抗癌药物。 | 蒽环类化合物（nogalamycin、doxorubicin、aclacinomycin）及其衍生物；宿主为Streptomyces coelicolor M1152ΔmatAB；人类癌细胞系。 | 合成生物学 | 癌症 | 合成生物学、组合生物合成、途径重构 | NA | NA | 16种蒽环类衍生物，包括13种新类似物，在多种人类癌细胞系中测试 | 标准化合成DNA部件 | Streptomyces coelicolor M1152ΔmatAB | 四个功能模块：糖苷配基生物合成、TDP-碳水化合物形成、糖基化和后修饰反应 | 医学 |
| 18 | 2026-10-04 |
Caffeinated Coli: Inspiring the Next Generation of Scientists through Synthetic Biology
2026-Jul-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.07.17.738993
PMID:42539253
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研究论文 | 该文章介绍了一个名为“咖啡因大肠杆菌”的教育模块，旨在通过合成生物学和基因工程向高中生介绍科学研究，并利用工程化细菌测定液体中的咖啡因浓度 | 将合成生物学和基因工程研究引入高中教育，通过动手实验和与导师互动激发学生的STEM学习兴趣 | 未提及模块在不同学校或学生群体中的普适性，也未提供定量评估数据来证明其教育效果 | 激发下一代科学家对合成生物学的兴趣，并教授学生科学研究、合成生物学和基因工程的基本知识 | 高中生和教师 | 合成生物学教育 | NA | 基因工程 | NA | 文本 | 德克萨斯州8所高中，过去两个学年 | NA | 大肠杆菌 | NA | 教育 |
| 19 | 2026-10-04 |
Engineering commensal microbes for host health
2026-Jul-08, Cell host & microbe
IF:20.6Q1
DOI:10.1016/j.chom.2026.05.025
PMID:42419270
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综述 | 本文综述了工程化活体生物治疗产品（eLBP）在多种疾病适应症中的最新进展，涵盖底盘选择、DNA递送方法、治疗表达调控及生物防护系统等关键设计因素 | 系统整合了微生物组科学与合成生物学的最新进展，提出了下一代eLBP理性设计的框架，强调从实验系统向临床应用的可预测转化 | 早期临床研究虽显示良好的安全性，但在体内实现可预测的定植、持久的治疗活性以及稳健的生物防护仍面临挑战 | 总结eLBP在不同疾病中的开发进展，并提出下一代eLBP理性设计的框架 | 工程化活体生物治疗产品（eLBPs），包括工程化细菌 | 合成生物学 | 炎症性疾病, 代谢紊乱, 癌症, 感染性疾病 | 合成生物学, 微生物组工程 | NA | 文本 | NA | NA | 细菌 | 生物传感器, 治疗分子递送系统, 生物防护遗传系统 | 医学 |
| 20 | 2026-10-04 |
Photoacid-Fueled Nanopropeller for the Controllable Motion of One-Hole Colloidal Motors with On-Board ATP Supply
2026-01, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202506850
PMID:41014546
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研究论文 | 本文报道了一种由旋转FF-ATPase驱动的胶体马达（RFCM），能够实现定向运动和船上ATP合成 | 利用光酸2-硝基苯甲醛通过光异构化释放质子，建立跨膜质子动力势，驱动FF-ATPase单向旋转，实现胶体马达的自主运动与船上ATP供应，并表现出对ADP/OH梯度的正趋化性 | 未明确提及 | 开发一种集成自主运动与船上局部能量产生的仿生推进平台，用于生物医学和合成生物学应用 | 旋转FF-ATPase驱动的胶体马达（RFCM） | 合成生物学 | NA | 光酸驱动、质子动力势、ATP合成 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 生物医学, 合成生物学 |