合成生物学相关文章

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当前共找到 5781 篇文献,本页显示第 1 - 20 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 工程工具 宿主生物 回路设计 应用领域
1 2026-10-03
Exploration of diverse glycosyltransferases in Dracocephalum moldavica and engineering the production of bioactive flavonoid glycosides
2026-Oct, Journal of integrative plant biology IF:9.3Q1
研究论文 本研究鉴定了香青兰中五种UDP-糖基转移酶,阐明了其糖基化机制,并通过工程化大肠杆菌实现了生物活性黄酮糖苷的体内生产 首次系统鉴定了香青兰中参与黄酮糖苷生物合成的五种UGT,发现DmUGT1具有宽泛的底物杂泛性,并鉴定了决定糖供体特异性的关键氨基酸Ser127和Tyr373,同时通过增强UDP-葡萄糖醛酸和UDP-葡萄糖供应实现了目标糖苷的高效生产 尚未完全解析所有UGT的晶体结构,体内生产产量仍有提升空间,未对其他潜在UGT进行功能验证 系统阐明香青兰中黄酮糖基化机制,挖掘参与生物活性黄酮糖苷生物合成的候选基因,并建立合成生物学生产方法 香青兰(Dracocephalum moldavica)中的UDP-糖基转移酶及黄酮糖苷化合物 合成生物学 心血管疾病 基因克隆与表达、同源建模、定点突变、代谢工程、合成生物学 同源建模 序列、质谱、酶活数据 NA NA 大肠杆菌 增强UDP-葡萄糖醛酸和UDP-葡萄糖胞内供应的质粒与UGT表达质粒共表达系统 医药
2 2026-10-03
Bioremediation processes for removing plutonium from the environment: a review
2026-Oct-01, Environmental science and pollution research international
综述 本文综述了利用生物修复过程去除环境中钚污染的机制、挑战及最新进展,重点关注生物、化学和技术创新的整合。 系统整合合成生物学、基因工程和纳米技术以增强钚生物修复的可行性和效率,并提出了未来研究方向以弥补现有知识空白。 作为综述文章,未提供原始实验数据,且对实际应用中的规模化、长期稳定性及现场验证等方面可能讨论不足。 建立生物修复作为一种可行、成本效益高且环境可持续的核废料管理方法,用于钚污染的去污。 钚污染的生态系统,包括受污染的土壤和环境介质。 环境生物技术 NA 生物修复、合成生物学、基因工程、纳米技术 NA 文本 NA NA 微生物、植物 NA 环境、能源
3 2026-10-03
Synthetic biology unlocks programmable control of complex plant glycan metabolism
2026-Oct-01, Current opinion in plant biology IF:8.3Q1
综述 该文章综述了合成生物学工具如何实现对植物复杂糖代谢的可编程控制,重点关注细胞壁生物合成和代谢物糖基化途径 系统性地将新兴的可编程工具(包括合成、组织特异性和诱导型启动子设计,RNA、蛋白质和通路水平的调控开关,以及基于CRISPR的系统)应用于植物糖代谢工程,并提出了从静态修饰向自我调节的精确代谢控制转变的新范式 文章为综述性质,未提供原始实验数据验证所提出的可编程控制策略在植物糖代谢工程中的实际效果 探讨合成生物学工具在植物复杂糖代谢(细胞壁生物合成和代谢物糖基化)中的可编程控制应用潜力,并分析如何克服相关工程障碍 植物细胞壁生物合成途径和代谢物糖基化途径 合成生物学 NA CRISPR、RNA调控、启动子工程、诱导型表达系统 NA 文本 NA CRISPR-Cas9 植物 组织特异性启动子、诱导型启动子、RNA调控开关、蛋白质调控开关、通路水平调控开关 医学, 农业, 工业生物技术
4 2026-10-03
Emerging classes of copper enzymes
2026-Oct-01, Current opinion in chemical biology IF:6.9Q1
综述 该文章综述了两类新兴的双核2型铜酶:植物特异性BURP结构域肽环化酶(BpCs)和真菌DUF3328双铜氧化酶(DDOEs),并比较了它们的生物功能、活性位点结构、双氧还原/激活策略和催化机制 整合基因组挖掘、异源表达和蛋白质结构预测的最新进展,首次将植物BpCs和真菌DDOEs统一为双核2型铜酶框架,并提出了DDOE命名法,重新定义了铜依赖氧化的范围 许多铜辅因子缺乏独特的光谱特征或动力学不稳定,使得发现和机制表征仍然困难;对DDOE的去饱和功能推测尚缺乏充分实验证据 综述并建立植物BpCs和真菌DDOEs两类双核铜酶的统一框架,比较其生物学功能、活性位点构造、双氧还原策略和催化机制,并探讨其在生物催化、生物工程和合成生物学中的应用前景 植物特异性BURP结构域肽环化酶(BpCs)和真菌DUF3328双铜氧化酶(DDOEs) 合成生物学 NA 基因组挖掘, 异源表达, 蛋白质结构预测 NA 文本 NA NA NA NA 医药, 工业生物技术
5 2026-10-03
Replicon engineering-driven modular synthetic biology toolkit for efficiently iterative genome editing in Fusarium venenatum
2026-Oct-01, Metabolic engineering IF:6.8Q1
研究论文 该文通过复制子工程在Fusarium venenatum中建立了模块化合成生物学工具包,实现了高效的迭代基因组编辑和基因表达精细调控,并应用于微生物蛋白与HMB的共生产 首次在F. venenatum中鉴定并表征了稳定和可治愈的线粒体DNA衍生复制子;开发了基于可治愈复制子MT07的CRISPR/Cas9系统,将质粒治愈时间从22天缩短至8天;利用稳定复制子MT071构建了游离表达系统,表征了大量模块化转录和翻译调控元件,实现了662.9倍的基因表达动态范围;并成功应用于HMB生物合成途径的构建,实现了微生物蛋白和HMB的高效共生产 未明确说明复制子工程工具包在其他丝状真菌中的通用性;未提及基因组编辑的脱靶效应评估;HMB产量和微生物蛋白产量可能受限于发酵条件优化不足 建立基于复制子工程的模块化合成生物学工具包,以实现F. venenatum的高效迭代基因组编辑和基因表达精细调控,并应用于可持续食品生物制造 Fusarium venenatum(丝状真菌) 合成生物学 NA CRISPR/Cas9基因组编辑、复制子工程、线粒体DNA衍生复制子、启动子/终止子/Kozak序列/2A肽多顺反子表达模块表征 NA NA NA CRISPR-Cas9 Fusarium venenatum 3-羟基-3-甲基丁酸(HMB)生物合成途径、2A肽介导的多顺反子表达模块、模块化转录和翻译调控元件 食品、工业生物技术
6 2026-10-03
A Lambda Red Recombinase-Assisted CRISPR/Cas9 System for Efficient and Precise Genome Editing in Agrobacterium tumefaciens
2026-Sep-30, Plant biotechnology journal IF:10.1Q1
研究论文 开发并优化了一种λ Red重组酶辅助的CRISPR/Cas9系统,用于在根癌农杆菌中高效精确地进行基因组编辑 将λ Red重组酶与CRISPR/Cas9结合,实现了在根癌农杆菌染色体和Ti质粒中的点突变、插入、缺失和大片段替换,编辑效率26.7%-100%,并整合了SacB反向筛选标记用于质粒消除 未明确说明脱靶效应的全面评估数据,且编辑效率在不同位点间差异较大(最低26.7%) 开发一种高效、精确、可扩展的根癌农杆菌基因组工程工具,以改良菌株用于植物遗传转化和合成生物学应用 根癌农杆菌(Agrobacterium tumefaciens)不同菌株,包括EHA105 合成生物学 NA CRISPR/Cas9基因编辑,λ Red重组 NA NA 18个靶位点 CRISPR-Cas9, λ Red重组酶 根癌农杆菌(Agrobacterium tumefaciens) NA 农业, 合成生物学
7 2026-10-03
Establishment of a genome editing system and expression of heterologous proteins in the nonconventional yeast Pichia kudriavzevii
2026-Sep-29, mLife IF:4.5Q1
研究论文 本文建立了库德里阿兹威毕赤酵母的高效CRISPR/Cas9基因组编辑系统,并实现了分泌型mCherry和人IgG1 Fc片段在不同位点的表达 在二倍体非常规酵母库德里阿兹威毕赤酵母中建立了高效的无标记CRISPR/Cas9基因组编辑系统,编辑效率高达88%,并能常规生成纯合突变体;同时结合位点感知表达策略实现了异源蛋白的分泌表达 摘要中未明确提及该研究的局限性 建立库德里阿兹威毕赤酵母的基因组编辑系统并实现异源蛋白表达,将其打造为可编程的生产宿主 库德里阿兹威毕赤酵母(Pichia kudriavzevii) 合成生物学 NA CRISPR/Cas9基因组编辑 NA NA NA CRISPR-Cas9 库德里阿兹威毕赤酵母 NA 工业生物技术
8 2026-10-03
EMBED: Ensemble MATCONT-Based Detection and Classification of Bifurcations in Dual Phosphorylation-Dephosphorylation Reaction Networks
2026-Sep-29, ACS omega IF:3.7Q2
研究论文 本文提出了EMBED,一种基于MATCONT的集成方法,用于对双磷酸化-去磷酸化反应网络中的分岔进行高通量检测和分类,揭示了高维参数空间中动力学区域的全局组织 将MATCONT与大规模参数采样和自动延拓相结合,实现了高通量和可重复的集成分岔分析,将MATCONT从局部分析工具转变为全局动力学映射的可扩展平台 研究基于双磷酸化-去磷酸化系统的数学模型,未进行实验验证;结论可能受模型假设和参数选择的影响 解决合成生物学中设计-构建-测试-学习循环中的差距,从机制性和动力学系统角度理解高维参数空间对动力学行为的影响 双磷酸化-去磷酸化反应网络 机器学习 NA 数值延拓分析、分岔分析、大规模参数采样 基于常微分方程的动力学模型 数值模拟数据 NA NA NA NA 医学, 工业生物技术
9 2026-10-03
Firewalled synthetic commensal blocks horizontal gene transfer in the gut
2026-Sep-18, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究通过基因组设计和实验室进化,创建了一种高适应性的基因防火墙共生菌,能够在小鼠肠道中稳定定植并阻止水平基因转移 通过直接改变TCA和TCG丝氨酸密码子的氨基酸身份,无需未分配中间体,建立了稳定数千代的遗传防火墙,并利用实验室进化鉴定适应性突变,理性重设计基因组以提高适应性 研究仅限于小鼠模型,尚未在人体或复杂环境社区中验证;长期进化可能产生未知适应性突变 开发高适应性的基因防火墙共生菌,以防止合成遗传信息通过水平基因转移扩散,并用于安全活体治疗 基因工程共生菌(具体菌种未指定)和小鼠胃肠道微生物组 合成生物学 NA 基因组设计, 实验室进化 NA NA NA NA 小鼠, 共生菌 遗传防火墙(通过密码子重分配) 医学, 环境
10 2026-10-03
Bioengineering microbial cellulose synthesis pathways as biofactory for industrial-scale cellulose production: a review on current advances
2026-Sep-02, World journal of microbiology & biotechnology IF:4.0Q2
综述 本综述批判性地审视了细菌、藻类和卵菌中的微生物纤维素生物合成途径,重点关注细菌作为最先进的生物工厂,并探讨了代谢工程、基因组编辑和合成生物学在提高纤维素产量方面的最新进展 系统性地整合了代谢工程、基因组编辑和合成生物学工具包在微生物纤维素生产中的应用,强调了环二鸟苷酸调控网络工程、前体途径优化、副产物抑制和氧气利用效率等创新策略,并提出了整合菌株-工艺工程的概念 微生物纤维素从实验室规模向工业制造的过渡仍受限于低生产率、高生产成本、产纤维素菌株的遗传不稳定性、抑制性副产物的积累以及发酵过程中氧气供应不足等问题,此外工程化生物合成途径与纤维素理化性质之间的关系缺乏标准化 批判性地审视微生物纤维素生物合成途径,探讨通过代谢工程、基因组编辑和合成生物学手段提高工业规模纤维素生产力的策略,并确定关键研究优先方向 细菌、藻类和卵菌中的微生物纤维素生物合成途径,尤其是细菌作为最先进的微生物纤维素生物工厂 合成生物学 NA 代谢工程、基因组编辑、合成生物学 NA 文本 NA CRISPR-Cas9 细菌、藻类、卵菌 环二鸟苷酸调控网络、前体途径优化、副产物抑制途径 材料、工业生物技术、医学
11 2026-10-03
Exploring rare coumarins biosynthesis by Gloeophyllum trabeum: an integrated computational genomics, molecular docking and spectroscopic approach
2026-Aug-14, World journal of microbiology & biotechnology IF:4.0Q2
研究论文 该研究通过整合光谱分析、计算基因组学和分子对接,探索了木腐真菌Gloeophyllum trabeum中稀有香豆素类化合物的生物合成 首次在Gloeophyllum trabeum中表征了四种稀有香豆素类聚酮化合物,并通过基因组挖掘预测了其生物合成基因簇,为开发新型抗生素提供了新来源 研究主要基于计算预测和体外实验,缺乏体内功能验证;化合物产量和纯化成本高,限制了实际应用 探索Gloeophyllum trabeum中异香豆素类化合物的生物合成,并评估其抗菌潜力和作用靶点 Gloeophyllum trabeum真菌及其产生的香豆素类化合物 计算基因组学、分子对接、光谱分析、天然产物化学 细菌感染 LCMS, 2-D NMR, 计算基因组学, 分子对接, 平板覆盖生物测定 NA 光谱数据、基因组序列、分子对接数据 4种化合物(从培养滤液中鉴定) NA Gloeophyllum trabeum NA 医学、工业生物技术
12 2026-10-03
Engineering Kluyveromyces marxianus for efficient 2-phenylethanol production: from metabolic design to process innovation
2026, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2
综述 该综述系统总结了通过代谢工程设计和发酵工艺创新来改造马克斯克鲁维酵母高效生产2-苯乙醇的最新进展 将代谢设计策略与过程创新相结合,提出系统生物学工具(多组学、基因组尺度代谢模型和机器学习)与合成生物学融合以合理化菌株设计的框架,并强调了原位产物回收和可持续原料共发酵等前沿工艺 大多数基于建模和人工智能驱动的2-苯乙醇生产策略仍处于前瞻性阶段,尚未在实际生产中验证,且在产量优化、细胞耐受性和工业可扩展性方面仍面临挑战 为开发高效、经济可行且可持续的2-苯乙醇生物制造工艺提供系统框架 马克斯克鲁维酵母及其2-苯乙醇生物合成途径 合成生物学 NA 多组学平台,基因组尺度代谢模型,机器学习 GSM,机器学习模型 文本 NA NA 马克斯克鲁维酵母 Ehrlich代谢途径的代谢工程改造(包括中心碳代谢增强、前体生物合成、关键酶工程、辅因子优化及产物耐受和外排机制改善) 医药,食品,工业生物技术
13 2026-10-03
Symbiotic interactions of plant microbiota in alleviating stress: a review
2026, Frontiers in plant science IF:4.1Q1
综述 本文综述了植物微生物群通过共生互作缓解生物与非生物胁迫的机制,并探讨了多组学、合成生物学和纳米技术等在理解和工程化有益植物-微生物互作中的应用 系统整合了多组学、合成微生物群落、工程化群体感应回路、全息生物体水平分析和纳米颗粒介导的根际微生物组调控等新兴方法,用于理解和工程化有益的植物-微生物互作 有益微生物在田间条件下定殖能力差,且对植物-微生物互利共生复杂机制的理解尚不完整,互作高度动态且涉及植物与多样微生物群落的持续交流,解析难度大 总结植物在生物与非生物胁迫下的适应策略,探讨微生物共生在缓解胁迫中的作用,并强调用于理解和工程化有益植物-微生物互作的新兴方法 植物微生物群、有益微生物、植物-微生物共生互作 合成生物学 NA 多组学、合成生物学、纳米技术 NA 文本 NA NA 植物 工程化群体感应回路、合成微生物群落 农业
14 2026-10-03
Before LUCA: unearthing the chemical roots of metabolism
2025-10-02, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
综述 本文提出通过将LUCA代谢的反应规则映射到前生命反应,结合计算模型和系统化学,探索从地球化学到生物化学的转变 提出将LUCA代谢的反应规则映射到前生命反应的新方法,并利用生成模型研究代谢起源 缺乏实验验证,主要基于计算和理论推测 探索从非生物化学到早期生命的代谢进化联系 LUCA代谢网络和前生命化学反应 系统化学、计算生物学、进化生物学 NA 计算建模、生成模型 生成模型 反应规则、热力学数据、 planetary conditions NA NA NA NA 合成生物学、医学
15 2026-10-03
Artificial nondirectional site-specific recombination systems
2022-Jan-21, iScience IF:4.6Q1
研究论文 该研究设计并验证了6种新型人工非定向位点特异性重组系统(Vika/voxsym1-4和Dre/roxsym1-2),它们能够在基因组中随机触发删除、整合、倒位和易位,并与Cre/loxPsym正交 设计了6种新型人工非定向位点特异性重组系统,全部与Cre/loxPsym正交,且成对正交的非定向重组系统可同时在基因组两个不同区域独立启动大规模基因重组,这是此前正交系统无法实现的 摘要中未明确提及该研究的局限性 设计并构建新型人工非定向位点特异性重组系统,以实现大规模基因组重组并扩展合成生物学中的位点特异性重组工具箱 人工非定向位点特异性重组系统(Vika/voxsym1-4和Dre/roxsym1-2)及其在细胞中的重组功能 合成生物学 NA 位点特异性重组 NA NA NA 位点特异性重组系统 NA 非定向位点特异性重组系统(可随机触发删除、整合、倒位和易位) 医学, 工业生物技术
16 2026-10-03
Current Advances in the Biodegradation and Bioconversion of Polyethylene Terephthalate
2021-Dec-26, Microorganisms IF:4.1Q2
综述 本文综述了PET生物降解与生物转化领域的最新进展,包括改造PET水解酶、工程化微生物底盘、PET单体生物转化途径及人工微生物群落 系统总结了人工微生物群落用于PET生物降解与生物转化的新思路,可实现一步法将PET转化为高价值化学品 摘要未提及具体限制 总结PET生物降解与生物转化领域的最新进展,为解决环境塑料污染提供思路 聚对苯二甲酸乙二醇酯(PET)及其单体对苯二甲酸(TPA)和乙二醇(EG) 环境生物技术 NA 合成生物学,代谢工程 NA 文本 NA NA 微生物 NA 环境
17 2026-10-03
Modulation of Phototropin Signalosome with Artificial Illumination Holds Great Potential in the Development of Climate-Smart Crops
2021-Oct-18, Current genomics IF:1.8Q3
综述 本文综述了光敏色素信号体与人工光照在气候智能型作物开发中的调控作用 系统总结了PHOT信号体与人工光照结合的光生物技术方法在作物改良中的应用潜力 作为综述,未提供原始实验数据,且主要基于已有研究归纳,缺乏新实验验证 探讨PHOT调控的信号体及人工光照在气候智能型作物开发中的应用 农作物及藻类 植物生物学、农业生物技术 NA 基因靶向、合成生物学、人工光照 NA 文本 NA NA 植物、藻类 NA 农业
18 2026-10-03
Evaluation of existing guidelines for their adequacy for the molecular characterisation and environmental risk assessment of genetically modified plants obtained through synthetic biology
2021-Feb, EFSA journal. European Food Safety Authority
综述 本文评估了现有指南对通过合成生物学获得的转基因植物的分子特征描述和环境风险评估的充分性 通过地平线扫描演习识别了未来十年最现实和即将出现的合成生物学相关案例,并选取了三个假设性案例研究来支持范围界定工作 随着合成生物学的发展,可能需要调整指南以确保其充分性和适用性 评估现有指南对通过合成生物学获得的转基因植物的分子特征描述和环境风险评估的充分性,并确定是否需要更新指南 通过合成生物学获得的转基因植物 合成生物学 NA 基因修饰和基因组编辑技术 NA 文本 NA NA 植物 NA 农业, 食品
19 2026-10-03
Omics-Driven Biotechnology for Industrial Applications
2021, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2
综述 本文综述了组学技术在工业生物技术中的应用,包括合成生物学和代谢工程驱动的生物制造,并讨论了多组学实验的要求及其对生物燃料、生物产品、农业食品生物技术和COVID-19研究的影响 系统总结了不同组学技术的优缺点,并全面探讨了多组学实验的必要条件及其在工业生物技术各领域的应用影响 作为综述文章,未提供原始实验数据,且未深入讨论组学技术在实际工业规模应用中的具体技术瓶颈 探讨组学技术如何驱动工业生物技术中合成生物学和代谢工程的发展,以建立稳健的工业生物制造平台 组学技术(基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学等)及其在生物制造中的应用 机器学习 NA NGS, RNA-seq, 蛋白质组学, 代谢组学, 多组学 NA 文本 NA NA NA NA 医学, 农业, 环境, 能源, 材料, 食品, 工业生物技术
20 2026-10-03
A Generative Neural Network for Maximizing Fitness and Diversity of Synthetic DNA and Protein Sequences
2020-07-22, Cell systems IF:9.0Q1
研究论文 本文开发了深度探索网络(DENs),一种激活最大化的生成模型,通过梯度下降最小化神经网络适应度预测器的成本,并基于相似性度量惩罚生成模式以最大化序列多样性,同时使用变分自编码器保持生成序列的似然比,应用于合成DNA和蛋白质序列设计 提出了深度探索网络(DENs),通过惩罚相似性度量显式最大化序列多样性,并整合变分自编码器避免预测器低置信区域,生成序列的多样性优于传统梯度上升方法 未在摘要中明确提及 设计具有特定功能特性的合成DNA和蛋白质序列 合成DNA序列(多聚腺苷酸化信号、剪接调控序列)和蛋白质序列 机器学习 NA 深度神经网络、梯度下降优化、变分自编码器 深度探索网络(DENs)、变分自编码器(VAE) 序列数据 NA NA NA NA 医学、工业生物技术
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