合成生物学相关文章
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当前共找到 5950 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-10-30 |
Organoids and organs-on-a-chip as new approach methodologies at the convergence of cell biology and bioengineering
2026-Oct-28, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2026.10.003
PMID:42950820
|
综述 | 本文综述了类器官和器官芯片等新方法学在细胞生物学与生物工程学交叉领域的发展，探讨其作为转化医学平台的潜力与挑战 | 强调细胞生物学家与生物工程师跨学科对话的必要性，提出将合成生物学、多组学、机器学习和基因工程融合，使新方法学成为加速治疗发现和个性化医疗的基础平台 | 在可重复性、验证和监管接受度方面仍存在挑战和差距 | 综述类器官、器官芯片及其他生物工程技术在转化医学中的进展，识别剩余差距并展望新兴机遇 | 类器官、器官芯片及其他生物工程化人类组织模型 | 数字病理学, 机器学习 | NA | 多组学, 基因工程, 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 人类细胞 | NA | 医学 |
| 2 | 2026-10-30 |
Artificial Cells and Biomimetic Cells: Intelligent Systems Driving a Paradigm Shift in Drug Discovery and Delivery
2026-Oct-28, Advanced healthcare materials
IF:10.0Q1
DOI:10.1002/adhm.71906
PMID:42952019
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综述 | 本文综述了人工细胞和仿生细胞作为连接基础生物学发现与临床转化的框架，涵盖五条关键技术路径，用于药物发现和递送 | 提出将人工细胞与仿生细胞作为统一框架连接基础发现与临床转化，系统梳理五条技术路径，并强调闭环学习、可解释模型与先进生物制造在其中的作用 | 在可规模化制造、长期稳定性以及监管适应性方面仍存在挑战 | 评估人工细胞和仿生细胞在药物发现与递送范式转变中的作用 | 人工细胞、仿生细胞、无膜细胞器系统、多区室人工细胞、原细胞通信网络、虚拟细胞 | 合成生物学, 材料科学, 人工智能 | NA | 合成生物学, 材料科学, 人工智能 | 虚拟细胞, 可解释模型, 闭环学习 | NA | NA | NA | NA | 逻辑门控细胞间通讯, 微环境触发释放, 原细胞通讯网络 | 医学, 制药 |
| 3 | 2026-10-30 |
AI empowers scalable and programmable RNA design
2026-10-15, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2026.09.025
PMID:42880215
|
综述 | 本文综述了AI在RNA设计中的应用，强调利用三级结构解释功能并指导序列生成，替代传统试错流程。 | 强调AI利用三级结构指导RNA序列生成，实现可扩展和可编程的RNA设计。 | 文中未具体提及 | 探讨AI如何赋能可扩展和可编程的RNA设计。 | 功能性RNA | 合成生物学，RNA治疗 | NA | AI模型，实验方法 | NA | 结构数据 | NA | NA | NA | NA | 医学，合成生物学 |
| 4 | 2026-10-30 |
Programming biological behavior with AI-guided de novo protein design
2026-10-15, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2026.08.027
PMID:42880220
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综述 | 本文是一篇关于如何利用AI引导的从头蛋白质设计来编程生物行为的展望文章 | 提出从头蛋白质设计应从双分子相互作用向自下而上构建蛋白质反应网络发展，并强调可编程、模块化、可控的从头设计组件可驱动复杂涌现的生物行为 | 需克服可设计的蛋白质动态、多步功能及非平衡系统等当前挑战 | 探讨从头蛋白质设计超越双分子相互作用、实现蛋白质反应网络自下而上构建的路径 | 从头设计的蛋白质组件及蛋白质反应网络 | 合成生物学 | NA | 人工智能引导的从头蛋白质设计 | NA | NA | NA | NA | NA | 蛋白质反应网络 | 医学, 生物技术, 合成生物学 |
| 5 | 2026-10-30 |
Integration by parts: The multi-layered mechanisms of cis-regulatory control
2026-10-15, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2026.09.016
PMID:42880219
|
综述 | 本文提出了一个将顺式调控元件的调控逻辑分为结合水平整合和转录水平整合两层的框架，并讨论了其定量模式及在合成生物学和治疗中的应用 | 提出将CRE调控逻辑分为结合水平整合和转录水平整合两层的框架，分类TF协同性沿正交轴，并揭示“乘法加饱和”的重复定量模式 | 文章为综述性框架，未提供新的实验数据验证该模型 | 理解顺式调控元件如何整合转录因子信号以控制基因表达的机制 | 顺式调控元件（CREs）和转录因子（TFs） | 基因调控 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学, 医学 |
| 6 | 2026-10-30 |
Craig Venter, a microbiologist
2026-Oct-14, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.01732-26
PMID:42757841
|
评论 | 文章回顾了Craig Venter在微生物学和疫苗学领域的革命性贡献，包括首次测序细菌基因组、揭示微生物多样性以及将基因组学和合成生物学引入疫苗学。 | 文章强调Craig Venter对微生物学和疫苗学的贡献应被铭记，而不仅仅是基因组学和合成生物学。 | 文章为观点性评论，未提供原始数据或系统分析。 | 论证Craig Venter对微生物学和疫苗学的革命性贡献。 | Craig Venter的科学生涯和成就。 | 微生物学, 基因组学, 合成生物学, 疫苗学 | NA | 基因组测序, 合成生物学 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学, 生物技术 |
| 7 | 2026-10-30 |
Elucidating the effect of spatial localization on metabolic systems
2026-Oct-07, Journal of the Royal Society, Interface
DOI:10.1098/rsif.2025.1328
PMID:42947372
|
研究论文 | 该论文结合自下而上和自上而下的方法研究空间定位/区室化对代谢系统的影响 | 揭示空间定位对代谢 motifs 的多种非直观效应，提出空间控制系数，并分析工程代谢网络中的权衡 | 未明确说明，可能缺乏实验验证 | 理解空间组织对细胞内生物分子网络的影响，聚焦代谢系统 | 代谢系统、酶和底物、代谢网络 | 系统生物学、合成生物学 | NA | 系统生物学建模、空间成像、数据处理 | 系统框架、数学模型 | 理论分析、模拟数据 | NA | NA | NA | 代谢途径 | 医学、工业生物技术 |
| 8 | 2026-10-30 |
Multi-omics dissection of transcriptional and post-transcriptional responses in cyanobacterial high-light adaptation
2026-Oct-06, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiag713
PMID:42778180
|
研究论文 | 该研究通过整合转录组学和蛋白质组学分析，揭示了蓝细菌高光耐受性菌株中少量点突变引发的协调响应网络 | 揭示了少量点突变（NdhF1F124L和EF-G2R461C）通过协调转录和转录后调控网络重编程蓝细菌细胞以适应高光环境的机制 | 研究仅基于实验室进化获得的点突变菌株，未在自然环境中验证；机制解析主要依赖组学关联分析，部分调控关系仍需进一步实验验证 | 阐明少量点突变介导蓝细菌高光耐受性的分子机制，为合成生物学底盘开发提供理论基础 | 集胞藻Synechocystis sp. PCC 6803的高光耐受性进化菌株 | 合成生物学 | NA | 转录组学, 蛋白质组学, 多组学整合分析 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据 | NA | NA | 集胞藻Synechocystis sp. PCC 6803 | NA | 合成生物学, 工业生物技术 |
| 9 | 2026-10-30 |
Critical review of artificial intelligence in synthetic biology: DBTL cycle applications, challenges, and design rules for microbial strain engineering
2026-Oct-03, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-026-05314-0
PMID:42828724
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综述 | 本文综述了人工智能（包括机器学习、深度学习和语言模型）在合成生物学DBTL循环中的应用、挑战及微生物菌株工程的设计规则 | 系统性地分析了AI工具在整个DBTL循环（从设计到最终数据分析）中的应用，并评估了其验证水平和证据等级，同时提出了微生物菌株工程的设计规则 | 模型行为存在不确定性、数据验证和透明度有限、数据分析和解释困难、模型预测不确定，以及安全和伦理问题 | 分析人工智能在合成生物学中的应用，特别是神经网络在基因回路设计、蛋白质工程、代谢通路优化和多组学数据分析中的应用，并评估其验证和证据水平 | 合成生物学中的AI应用，包括基因回路设计、蛋白质工程、代谢通路优化和多组学数据分析 | 合成生物学 | NA | 机器学习, 深度学习, 语言模型 | 神经网络, 深度学习模型, 语言模型 | 多组学数据 | NA | NA | 微生物 | 基因回路 | 医学, 能源, 环境生物技术 |
| 10 | 2026-10-30 |
Spatial Control of Light-Responsive Proteins and Optogenetics Within Hydrogels via Volumetric Bioprinting
2026-Oct, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.74563
PMID:42573182
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研究论文 | 该文章利用层析体积生物打印技术，在厘米级水凝胶构建体中实现打印后对光敏蛋白开关和光遗传学电路的空间选择性激活 | 首次将断层体积生物打印技术重新用于打印后光遗传学刺激，结合计算机视觉和上下文感知模型生成，实现深层细胞的光激活；使用多波长体积生物打印机选择性刺激表达近红外光遗传系统的细胞 | 研究未明确说明所构建组织的长期稳定性、光刺激的精确分辨率限制以及体内应用验证的缺失 | 实现水凝胶构建体内光响应蛋白和光遗传学电路的空间控制，为组织工程提供远程、可重复、局部的生物事件调控平台 | 水凝胶构建体内的细胞和光敏蛋白开关/光遗传学电路 | 组织工程, 合成生物学, 生物打印 | NA | 体积生物打印, 光遗传学, 计算机视觉 | 上下文感知模型生成 | 图像, 荧光信号 | NA | NA | 哺乳动物细胞 | 近红外光遗传系统触发基因表达和胰腺特异性转录因子诱导 | 医学, 组织工程 |
| 11 | 2026-10-30 |
Endophytes for climate-resilient agriculture: Mechanisms and systems-level insights
2026-Oct, Plant physiology and biochemistry : PPB
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.plaphy.2026.111850
PMID:42901084
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综述 | 本文系统综述了内生菌通过多种机制提升作物对气候相关胁迫的耐受性，并探讨了多组学和系统生物学方法在揭示其作用机理中的应用 | 强调多组学和系统水平方法揭示内生菌介导的植物代谢、免疫和微生物组组装调控，并提出整合多组学、微生物组工程、合成生物学和精准农业的发展路径 | 田间表现不稳定、环境适应性有限、制剂和递送技术不成熟、宿主微生物兼容性、生态互作、生物安全性和监管要求等制约农业转化 | 综述内生菌在气候韧性农业中的作用机制和系统水平研究进展，评估其农业应用潜力和限制因素 | 内生细菌和内生真菌 | 农业微生物学、植物微生物组学 | NA | 多组学、微生物组工程、合成生物学 | NA | 文本 | NA | NA | 植物 | NA | 农业、环境 |
| 12 | 2026-10-30 |
EXPERT: A practical and forward-looking guide to capturing protein expression and purification metadata to develop machine learning models
2026-Sep-29, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2026.113610
PMID:42810683
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研究论文 | 本文提出了EXPERT框架，用于标准化蛋白质表达与纯化实验数据的记录，以支持机器学习模型的开发 | 首次提出社区统一的蛋白质表达与纯化实验报告模板EXPERT，整合学术界和工业界专家意见，定义结构化数据记录标准 | 本文为指南性框架，尚未在实际大规模数据集中验证其有效性，且参数集可能需随领域发展迭代 | 建立一致、完整、标准化的蛋白质表达与纯化实验报告框架，提高实验室间可重复性并支持下游机器学习应用 | 蛋白质表达与纯化实验工作流及其实验数据记录 | 机器学习 | NA | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学,工业生物技术 |
| 13 | 2026-10-30 |
Proanthocyanidins: structure, biosynthesis, regulation, and structure-activity relationships
2026-Sep, aBIOTECH
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.abiote.2026.100047
PMID:42088953
|
综述 | 本文综述了原花青素的结构多样性、生物合成途径、调控网络及构效关系的研究进展 | 系统整合了原花青素结构、生物合成、调控及构效关系的最新研究进展，并提出了未来精准生物制造的研究方向 | 聚合位点、决定聚合物结构的机制以及精确的构效关系等关键知识缺口尚未阐明 | 梳理原花青素研究的最新进展，明确未来研究方向以推动精准生物制造 | 原花青素（黄烷-3-醇单体的寡聚体或聚合物） | 植物次生代谢与合成生物学 | NA | NA | NA | 文本 | NA | 基因编辑，合成生物学 | 植物 | NA | 医药，食品，动物营养 |
| 14 | 2026-10-30 |
Trace elements and tumors: homeostatic networks, molecular mechanisms and new horizons for precision intervention
2026-Jul-30, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-026-02754-y
PMID:42934669
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综述 | 系统阐述铁、铜、锌、硒、锰五种微量元素在生理和肿瘤条件下的稳态网络、分子机制及精准干预新策略 | 提出肿瘤细胞通过元素成瘾机制劫持微量元素调控网络；系统整合铁死亡和铜死亡等新型细胞死亡方式；将锰定位为cGAS-STING激动剂；提出元素代谢增敏与纳米平台、合成生物学工程化免疫细胞等跨学科干预策略 | 大多数治疗证据来自临床前模型，缺乏临床转化验证；当前认识存在知识空白，需在系统生物学框架下开展假设驱动的深入研究 | 阐明微量元素稳态网络与肿瘤发生发展的关系，总结分子机制，并为肿瘤精准干预提供新方向 | 铁、铜、锌、硒、锰五种微量元素及其在肿瘤细胞、肿瘤免疫微环境、血管生成和转移中的作用 | 肿瘤生物学, 系统生物学, 精准医学 | 癌症 | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 15 | 2026-10-30 |
Design guide for synthetic small regulatory RNAs for high-efficiency gene knockdown in bacteria
2026-Jul, Journal of microbiology (Seoul, Korea)
DOI:10.71150/jm.2603026
PMID:42543183
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研究方法 | 本文提供了一套详细的设计与构建合成小调控RNA的方案，用于在细菌中实现高效基因敲低 | 系统总结了合成sRNA设计的关键原则和优化因素，包括支架选择、靶mRNA结合亲和力、靶mRNA二级结构和Hfq表达水平 | 文中未明确提及具体局限性 | 为合成sRNA的设计与构建提供详细方案，以实现细菌中高效基因敲低 | 合成小调控RNA（sRNA） | 合成生物学与代谢工程 | NA | 合成sRNA设计与构建 | NA | NA | NA | NA | 大肠杆菌及其他细菌宿主 | 合成sRNA介导的基因敲低系统 | 合成生物学, 代谢工程 |
| 16 | 2026-10-30 |
Improving governance in the age of synthetic biology, artificial intelligence, and diverging threats
2026, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2026.1705143
PMID:42088837
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研究论文 | 通过德尔菲法咨询专家，提出应对合成生物学与人工智能等新兴技术带来的生物威胁的混合治理框架 | 提出了一个包含四个迭代组件的混合治理框架，强调提高意识、建立培训与监测系统、制定敏捷治理框架以及加强国际条约的相互依赖与同等重要性 | 基于德尔菲法的专家共识，样本量有限（13位专家），可能无法全面代表所有相关利益方的观点 | 识别生物威胁的优先事项并建立共识驱动的政策建议，以改进合成生物学和人工智能时代的治理 | 合成生物学、人工智能、增材制造、纳米技术等新兴和融合技术相关的生物风险与治理 | 生物安全治理 | NA | 德尔菲法 | NA | 文本 | 13位来自不同相关领域的专家 | NA | NA | NA | 医学, 环境, 工业生物技术 |
| 17 | 2026-10-30 |
Mitigating chromium-induced oxidative stress in plants: a cross-talk between phytohormones and rhizospheric microbes
2026, International journal of phytoremediation
IF:3.4Q2
DOI:10.1080/15226514.2026.2703740
PMID:42545045
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综述 | 本文综述了铬(VI)诱导的植物氧化应激以及植物激素与根际微生物之间的交互作用 | 提出ACC脱氨酶AP2/ERF通路是最具特征的PGPR介导的Cr(VI)耐受途径；指出单一植物激素无法同时应对所有胁迫维度，互补组合更有效；总结出Cr(VI)分子响应由四模块基因网络调控 | 植物提取与食品安全之间存在冲突；缺乏田间规模验证，所有有效性指标仅为实验室估计 | 综合证据以阐明Cr(VI)诱导的氧化应激、分子改变、PGPR机制、植物激素交互作用以及多组学和合成生物学方法 | 受Cr(VI)胁迫的植物及根际促生细菌(PGPR) | 植物科学, 环境科学, 微生物学 | NA | 多组学, 合成生物学 | NA | 文本 | NA | NA | 植物, 根际细菌 | NA | 环境, 农业 |
| 18 | 2026-10-30 |
Engineering next-generation CAR-NK cells for hematological malignancies: genome editing, synthetic biology, and precision immunotherapy
2026, Frontiers in genome editing
IF:4.9Q1
DOI:10.3389/fgeed.2026.1943068
PMID:42947991
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综述 | 本文综述了通过基因组编辑、合成生物学和人工智能指导工程化改造下一代CAR-NK细胞以治疗血液恶性肿瘤的策略与挑战 | 系统整合基因组编辑、多组学、系统生物学和人工智能指导的工程化策略，提出可编程CAR-NK细胞范式，使其能动态感知、适应并响应肿瘤演化 | CAR-NK细胞体内持久性短、归巢与实体瘤浸润不足、易受肿瘤微环境免疫抑制、肿瘤异质性导致抗原逃逸，以及细胞来源变异、大规模扩增能力有限、功能耗竭和缺乏标准化制造方案；增强持久性还需严格安全控制以降低组成性信号或基因组不稳定性带来的毒性风险 | 探讨克服CAR-NK疗法生物学与转化障碍的工程化策略，推动向自主、可扩展且精准可控的细胞免疫治疗转变 | CAR-NK细胞、自然杀伤细胞、血液恶性肿瘤、肿瘤微环境、肿瘤免疫互作 | 肿瘤免疫治疗、合成生物学、基因组编辑 | 血液恶性肿瘤 | 基因组编辑、多组学、系统生物学、计算建模、人工智能指导工程化 | NA | 高维生物学数据、制造数据 | NA | 基因组编辑 | 自然杀伤细胞、CAR-NK细胞 | 嵌合抗原受体、可编程CAR-NK细胞 | 医学、精准肿瘤学 |
| 19 | 2026-10-30 |
Expanding the biocatalytic and oxidative landscape of the old yellow enzyme family
2025-11, Protein science : a publication of the Protein Society
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/pro.70363
PMID:41158077
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研究论文 | 该文章结合生物信息学与合成生物学技术，系统挖掘并表征了老黄酶（OYE）家族中大量未表征成员的催化与氧化功能多样性 | 利用蛋白质相似性网络对超过115,000个OYE家族成员进行系统探索，表征了118个多样化的新型酶，发现了在常温条件下广泛存在的反向氧化化学活性，并解析了两个酶的晶体结构以揭示新型OYE亚类中不寻常的环构象 | 仅对约0.1%的已鉴定OYE家族成员进行了实验表征，仍有大量序列-功能信息未被充分探索，且新发现的酶在实际生物催化应用中的性能有待进一步验证 | 系统组织和筛选OYE家族的天然多样性，扩展其生物催化和氧化功能图谱，并鉴定用于不对称加氢和氧化的优质生物催化剂 | 老黄酶（OYE）家族中超过115,000个成员，其中重点表征了118个多样化的新型酶 | 合成生物学与生物催化 | NA | 生物信息学分析（蛋白质相似性网络）、合成生物学技术、酶学表征、X射线晶体学 | NA | 蛋白质序列数据、酶学活性数据、晶体结构数据 | 超过115,000个OYE家族成员序列，其中实验表征了118个酶，并重点鉴定了14个潜在生物催化剂 | NA | NA | NA | 医学、工业生物技术 |
| 20 | 2026-10-30 |
Engineering of Vesicular Stomatitis Virus (VSV) for Modulating Cell Death and Antitumor Immunity
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4615-1_15
PMID:40515910
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综述 | 本章全面概述了水疱性口炎病毒（VSV）的工程化改造技术，重点介绍了将促凋亡基因XAF1整合到VSV基因组中的方法及详细实验流程 | 系统总结了利用反向遗传学和合成生物学技术对VSV进行精确工程化改造的策略，特别是整合促凋亡基因XAF1以增强抗肿瘤免疫和治疗效果 | 作为综述章节，未提供原始实验数据，可能缺乏对具体实验结果的定量分析和验证 | 提高VSV在抗肿瘤免疫和其他治疗领域的疗效 | 水疱性口炎病毒（VSV）及其工程化改造体 | 肿瘤免疫治疗、病毒治疗 | 癌症（肿瘤） | 反向遗传学、合成生物学 | NA | 文本 | NA | 反向遗传学、合成生物学 | 哺乳动物细胞（用于病毒包装和扩增） | 整合促凋亡基因XAF1的VSV基因组 | 医学 |