合成生物学相关文章

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当前共找到 5802 篇文献,本页显示第 1 - 20 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 工程工具 宿主生物 回路设计 应用领域
1 2026-10-09
Bidirectional photoriboswitch for translational regulation in mammalian cells
2026-Oct-16, iScience IF:4.6Q1
研究论文 该研究开发了一种双向光核糖开关平台,通过光诱导蛋白质二聚化和内含肽介导的拆分蛋白重组,实现对多种mRNA翻译的正交上调和下调调控 首次构建了双向光核糖开关平台,能够模拟正交RNA结合蛋白介导的多mRNA上/下调调控;创新性地利用光二聚化阻断内含肽重组构建Light-OFF系统,并与Light-ON系统正交组合,实现双向翻译调控;功能模块可灵活替换以适应不同需求 摘要中未明确提及该研究的局限性 开发一种能够在哺乳动物细胞中实现双向翻译调控的光核糖开关平台,为合成生物学提供精确、按需的翻译控制工具 哺乳动物细胞中的mRNA翻译过程 合成生物学 NA 光遗传学、内含肽介导的拆分蛋白重组、光诱导蛋白质二聚化 NA NA NA NA 哺乳动物细胞 双向光核糖开关:Light-OFF系统(光二聚化阻断内含肽重组)与Light-ON系统(光诱导不同拆分内含肽对重组)正交组合,通过光感应正交重组RNA结合蛋白来调控各自靶mRNA的翻译 医学、工业生物技术
2 2026-10-09
Semi-Rational Design of CpNampt Mutants for Enhanced Nicotinamide Mononucleotide (NMN) Synthesis in Saccharomyces cerevisiae
2026-Oct-07, Microbial physiology IF:2.9Q3
研究论文 通过对酿酒酵母中NMN消耗途径基因进行双敲除,并结合AI辅助设计突变CpNampt酶,构建高效生产NMN的微生物细胞工厂 结合代谢工程与AI辅助酶设计,对来源于Chitinophaga pinensis的CpNampt进行半理性设计,获得高效突变体I229A,显著提高NMN产量 未提及 提高酿酒酵母中NMN的合成效率,构建绿色高效的NMN生产菌株 酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)及CpNampt酶 合成生物学 衰老相关疾病 代谢工程、AI辅助酶设计、基因敲除 NA NA NA CRISPR-Cas9 酿酒酵母 NMN合成代谢途径 医药、工业生物技术
3 2026-10-09
Constructing nucleoside deaminase-assisted orthogonal DNA replication system for continuous evolution in prokaryotes
2026-Oct-07, Metabolic engineering IF:6.8Q1
研究论文 开发了核苷脱氨酶辅助的正交DNA复制系统(NDAORep),通过将核苷脱氨酶与正交DNA复制耦合,增强和调控突变,实现在原核生物中的连续进化 首次将核苷脱氨酶(NDA)与正交DNA复制系统耦合,构建NDAORep系统,将突变率提升至每碱基对每代1.16×10的突变率,约为宿主基因组的880,000倍,且突变偏好可调;相比单独使用ep-DNAP,进化速度快约16倍 系统仅在原核生物(苏云金芽孢杆菌和合成大肠杆菌)中验证,尚未在真核生物中应用;依赖正交DNA复制系统的宿主兼容性 解决正交DNA复制系统中正交易错DNA聚合酶突变率较低和突变偏好强的问题,构建更高效的正交连续进化平台 正交DNA复制系统、核苷脱氨酶、正交易错DNA聚合酶(ep-DNAP)、P启动子、正交氨酰-tRNA合成酶(aaRSs)、合成甲酸同化途径 合成生物学 NA 正交DNA复制、核苷脱氨酶辅助突变、连续定向进化 NA NA NA NA 苏云金芽孢杆菌, 大肠杆菌 核苷脱氨酶辅助的正交DNA复制系统(NDAORep),将核苷脱氨酶耦合至正交DNA复制以实现增强和可调控的突变 医学, 工业生物技术
4 2026-10-09
Retention and biosynthesis of diverse nitroarenes in Escherichia coli after combinatorial nitroreductase gene deletions
2026-Oct-07, Nature chemistry IF:19.2Q1
研究论文 本文通过构建含有多达15个硝基还原酶基因敲除的大肠杆菌菌株,全面分析细菌硝基还原酶活性,并评估20多种外源硝基芳烃化合物的稳定性,进而改进或实现硝基芳烃化合物的生物合成 构建了含有多达15个已知和候选硝基还原酶基因敲除的大肠杆菌菌株,系统评估了20多种外源硝基芳烃化合物的稳定性,并利用这些工具实现了硝基芳烃化合物的生物合成、生物催化转化以及半合成和位点特异性掺入 摘要中未明确提及研究局限性 系统研究细菌硝基还原酶活性对硝基芳烃化合物稳定性的影响,并利用工程化菌株改进或实现硝基芳烃化合物的生物合成 大肠杆菌菌株和20多种外源硝基芳烃化合物 合成生物学, 代谢工程 NA 基因敲除 NA NA 构建了含有多达15个硝基还原酶基因敲除的大肠杆菌菌株,评估了20多种硝基芳烃化合物 NA 大肠杆菌 NA 医学, 工业生物技术
5 2026-10-09
Engineering cyanobacterial resilience for cadmium bioremediation: linking Cd speciation, cellular detoxification, and synthetic biology
2026-Oct-06, RSC advances IF:3.9Q2
综述 该综述构建了一个整合框架,将镉的形态与生物可利用性、细胞摄取与解毒机制以及合成生物学改造策略相联系,以工程化蓝细菌的镉修复抗性。 提出不应单纯追求镉积累最大化,而应将镉去除、蓝细菌抗性、金属回收、遗传稳定性和生物防护作为相互关联的过程参数进行优化。 区分了蓝细菌中直接验证的机制与从其他生物或金属体系推断的策略,且从分子机制到可规模化应用仍需关键验证。 为工程化蓝细菌抗镉胁迫并实现镉生物修复提供整合性理论框架和未来设计方向。 蓝细菌及其对镉的形态转化、摄取、解毒和生物质相关金属回收过程。 合成生物学 NA 组学、合成生物学、纳米生物活体材料、光生物反应器工程 NA 文本 NA 合成生物学 蓝细菌 金属硫蛋白表达、金属响应转运系统、抗氧化响应、镉隔离与解毒通路 环境
6 2026-10-09
Critical review of artificial intelligence in synthetic biology: DBTL cycle applications, challenges, and design rules for microbial strain engineering
2026-Oct-03, World journal of microbiology & biotechnology IF:4.0Q2
综述 本文综述了人工智能(包括机器学习、深度学习和语言模型)在合成生物学设计-构建-测试-学习(DBTL)循环中的应用、挑战及微生物菌株工程的设计规则 系统性地分析了AI工具在DBTL循环各阶段(从设计到最终数据分析)的应用方式,并评估了其验证水平和证据等级,同时提出了微生物菌株工程的设计规则 模型行为存在不确定性、数据验证和透明度有限、数据分析和解释困难、模型预测存在不确定性,以及安全和伦理问题 分析人工智能在合成生物学中的应用,识别AI工具在DBTL循环各阶段的应用方式,评估其验证和证据水平 合成生物学中的DBTL循环,包括遗传电路设计、蛋白质工程、代谢通路优化和多组学数据分析 机器学习, 合成生物学 NA 机器学习, 深度学习, 语言模型, 多组学数据分析 神经网络, 深度学习, 语言模型 多组学数据, 文本 NA NA 微生物 遗传电路设计, 代谢通路优化 医学, 能源, 环境生物技术
7 2026-10-09
Microbial fermentation-mediated starch modification: Structural evolution, mechanistic insights, traditional application and future perspectives
2026-Oct-03, Food chemistry IF:8.5Q1
综述 该综述系统总结了微生物发酵介导的淀粉改性,重点关注淀粉功能性质、多尺度结构演变及其机制,并讨论了传统应用和未来发展方向 不同于以往主要总结发酵介导质量变化的综述,本文整合了主要微生物、发酵策略和传统食品应用,核心聚焦于淀粉功能性质,将多尺度结构、理化性质、回生行为和消化性的变化与微生物种类、底物来源和发酵参数相关联,并基于基因工程和合成生物学探讨了未来方向 现有文献中存在不一致的研究发现,且发酵从经验实践向可控精准技术领域的转变仍面临挑战 探讨微生物发酵介导的淀粉改性机制,包括结构演变、理化性质变化、回生行为和消化性调控,并展望未来发展方向 天然淀粉及发酵改性后的淀粉 食品科学 NA 微生物发酵、基因工程、合成生物学 NA 文本 NA NA NA NA 食品
8 2026-10-09
Advances in large DNA fragment assembly for microbial cell factory engineering
2026-Sep, Quantitative biology (Beijing, China)
综述 本文综述了用于微生物细胞工厂工程的大片段DNA组装方法的最新进展,包括体外和体内多基因组装方法以及基因组规模技术 系统比较了大片段DNA组装方法在组装原理、容量和效率方面的关键特征,并重点强调了其在微生物细胞工厂工程中的应用,包括异源途径构建、宿主代谢重编程和扩展复杂生物合成网络 本文为综述性文章,未涉及原始实验数据,对具体方法的适用条件和局限性讨论有限 总结大片段DNA组装方法的最新进展,为工程化高性能微生物细胞工厂提供理论和技术框架,推动工业生物制造的发展 大片段DNA组装方法及其在微生物细胞工厂工程中的应用 合成生物学 NA DNA合成与组装技术,包括体外和体内多基因组装方法,基因组规模技术(合成基因组和新染色体构建) NA 文本 NA NA 微生物 异源途径、代谢途径、复杂生物合成网络 工业生物技术,医药
9 2026-10-09
Bioremediation processes for removing plutonium from the environment: a review
2026-Aug, Environmental science and pollution research international
综述 本文综述了利用生物修复过程从环境中去除钚的机制、挑战及最新进展,重点关注整合生物、化学和技术创新以实现有效的钚去污 聚焦于钚这一特殊放射性污染物的生物修复,并强调合成生物学、基因工程和纳米技术与生物修复策略的整合 当前知识存在空白,生物修复在实际核废料管理中的可行性、效率及规模化应用仍面临挑战 建立生物修复作为核废料管理的可行、经济有效且环境可持续的方法 钚污染环境及用于生物修复的微生物和植物 环境生物技术 NA 生物修复、合成生物学、基因工程、纳米技术 NA 文本 NA NA 微生物, 植物 NA 环境
10 2026-10-08
Molecular Biosensors for Screening and Regulating Hyper-Producing Cell Factory
2026-Oct-07, Advances in biochemical engineering/biotechnology
综述 本文介绍了代谢物相关分子生物传感器的基本机制和设计原理,并总结了用于筛选和调控高产细胞工厂的经典应用案例 系统总结了分子生物传感器在创建高产细胞工厂中的筛选和调控应用,并探讨了人工智能和合成生物学方法为该领域带来的新可能性 文章未具体说明,但指出该领域仍面临挑战 介绍代谢物相关分子生物传感器的基本机制和设计原理,总结其在筛选和调控高产细胞工厂中的应用 微生物细胞工厂、代谢物相关分子生物传感器 合成生物学 NA 分子生物传感器 NA 文本 NA NA 微生物 代谢物响应型生物传感器 工业生物技术, 医学
11 2026-10-08
Prophage Activation Triggers Extracellular Synthesis of DNA in Bacterial Biofilms via Rolling Circle Replication
2026-Oct-05, Angewandte Chemie (International ed. in English)
研究论文 该研究展示了通过激活原噬菌体,利用滚环复制在细菌生物膜中合成可编程的胞外DNA超结构,并赋予其电化学和催化功能 首次揭示了原噬菌体通过滚环复制控制胞外DNA合成、结构和功能的机制,并建立了在活细菌群落中工程化功能DNA材料的新型生物技术平台 研究主要局限于两种环境细菌(Shewanella oneidensis和Bacillus subtilis),未在其他细菌或复杂微生物群落中验证,且未充分评估该系统的长期稳定性和生态安全性 探究原噬菌体在控制胞外DNA合成、结构和活性中的作用,并开发在活细菌生物膜中工程化功能DNA超结构的技术平台 Shewanella oneidensis和Bacillus subtilis细菌及其生物膜中的原噬菌体和胞外DNA 合成生物学 NA 滚环复制、荧光报告菌株实时监测、G-四链体DNA酶形成 NA 图像、文本 NA NA Shewanella oneidensis, Bacillus subtilis 定制环状模板引导的滚环复制,产生G-四链体多联体,自组装成球状和线状超结构 医学、环境、材料、工业生物技术
12 2026-10-08
Engineering quorum sensing: new directions for antimicrobial therapy
2026-Oct, Trends in microbiology IF:14.0Q1
综述 本文综述了如何利用群体感应(QS)及其干扰机制进行QS电路工程,并将其转化为治疗性微生物等应用。 系统性地将QS研究从基础微生物学转向转化生物技术,强调了QS电路工程在抗微生物治疗中的新方向。 作为综述文章,未提供原始实验数据,可能缺乏对具体技术细节的深入验证。 探讨如何利用QS和QS干扰进行QS电路工程,并转化为抗微生物治疗应用。 细菌的群体感应系统及基于QS的合成生物学电路。 合成生物学 感染性疾病 群体感应(QS)电路工程 NA 文本 NA NA NA 基于群体感应的合成生物学电路 医学
13 2026-10-08
Emerging classes of copper enzymes
2026-Oct-01, Current opinion in chemical biology IF:6.9Q1
综述 本文综述了两种新兴的双核2型铜酶家族:植物BURP结构域肽环化酶和真菌DUF3328双铜氧化酶,比较了它们的生物功能、活性位点结构、双氧还原/活化策略及催化机制 首次将植物BpCs和真菌DDOEs统一为双核2型铜酶框架,系统比较其催化机制并提出了DDOE命名规范,突出了基因组挖掘和结构预测在发现新铜酶中的作用 许多铜辅因子缺乏独特的光谱特征或动力学不稳定,限制了对其的发现和机制表征;本文为综述,未提供新的实验数据 总结和比较新发现的双核2型铜酶家族,建立统一的分类和机制框架,并探讨其在生物催化、生物工程和合成生物学中的应用潜力 植物特异性BURP结构域肽环化酶(BpCs)和真菌DUF3328双铜氧化酶(DDOEs) 合成生物学 NA 基因组挖掘, 异源表达, 蛋白质结构预测 NA 文本 NA NA NA NA 医学, 工业生物技术
14 2026-10-08
An advanced genome engineering platform for Komagataella phaffii enabling versatile in vivo DNA assembly and multiplex integration
2026-Jul-11, Journal of biological engineering IF:5.7Q1
研究论文 该研究报告了一个增强同源重组的Komagataella phaffii底盘(dKR),通过删除Ku70并过表达RAD52,实现了高效的CRISPR/Cas9基因组编辑、无载体多片段组装、多重位点整合以及体内质粒组装,并利用类胡萝卜素途径进行了功能验证。 通过协同删除Ku70和过表达RAD52构建了HR增强型底盘,显著提高了短同源臂下的整合效率;实现了九个线性DNA片段的无载体组装(86.5%效率)、三个位点的多重整合(44.6%效率)以及十个片段的体内质粒组装(44.8%效率),绕过了大肠杆菌克隆步骤。 摘要中未明确提及研究的局限性。 开发一个先进的基因组工程平台,以加速基于甲醇的生物制造的设计-构建-测试-学习循环,推动K. phaffii从蛋白质表达宿主转变为广泛适用的生物工程底盘。 Komagataella phaffii(毕赤酵母)及其基因组工程改造。 合成生物学 NA CRISPR/Cas9基因组编辑, tRNA-核酶CRISPR系统, 同源重组 NA NA NA CRISPR-Cas9 Komagataella phaffii 类胡萝卜素生物合成途径 医药, 工业生物技术, 能源, 材料
15 2026-10-08
Targeted delivery platforms for in vivo immune cell engineering: emerging strategies for cancer immunotherapy
2026, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1
综述 本文综述了用于体内免疫细胞工程的靶向递送平台,重点讨论了克服生物屏障的递送策略及其在癌症免疫治疗中的应用 系统整合了纳米医学、合成生物学、基因组工程和人工智能辅助材料科学等多学科交叉策略,全面总结了体内免疫细胞工程靶向递送平台的最新进展 靶向特异性、药物递送效率、治疗安全性、制造工艺和监管等方面仍存在未解决的问题 探讨体内免疫细胞工程中靶向递送技术的最新进展及其在癌症免疫治疗中的应用前景 免疫细胞(T细胞、NK细胞、巨噬细胞、树突状细胞等)及靶向递送系统 数字病理学 肺癌 mRNA递送, CRISPR/Cas基因编辑, 细胞穿透肽递送, 抗体和受体介导递送, 脂质纳米颗粒(LNPs), 聚合物药物载体, 仿生递送系统 NA 文本 NA CRISPR-Cas9 哺乳动物细胞 嵌合抗原受体(CAR) 医学
16 2026-10-08
Next-generation CRISPR systems and advanced delivery paradigms for precision crop improvement: a comparative case study in sugar beet (Beta vulgaris L.)
2026, Frontiers in plant science IF:4.1Q1
综述 本文综述了利用下一代CRISPR系统和先进递送范式生产无转基因作物的技术,并以甜菜为案例比较了各策略的适用性。 系统总结了利用超紧凑核酸酶、Leaper技术、基因组写入器等合成生物学与先进基因组编辑工具组合生产无转基因作物的方法,并首次以甜菜为案例对每种策略进行已实现或仅类推的分类。 组织培养方案仍是生产基因组编辑植物的主要障碍,许多绕过组织培养的方法在甜菜中尚未验证,仅基于模式作物和主粮作物的类推。 探讨如何利用下一代CRISPR系统和先进递送范式实现精准作物改良,加速气候智能型甜菜品种的开发。 甜菜(Beta vulgaris L.)及模式作物和主粮作物 植物基因组编辑 NA CRISPR、基因组编辑、合成生物学、基因组写入器、超紧凑核酸酶、Leaper技术 NA 文本 NA CRISPR-Cas9 甜菜、模式植物、主粮作物 NA 农业
17 2026-10-07
Advances and perspectives in genetically encoded biosensors for biomarker detection and theranostic circuits
2027-May, Synthetic and systems biotechnology IF:4.4Q1
综述 本文综述了基于转录调控的基因编码生物传感器(主要利用变构转录因子和双组分系统)在生物标志物检测和诊疗电路中的应用进展与前景 聚焦于微生物底盘而非哺乳动物系统,利用其易操作的遗传特性、快速响应动力学以及作为自主活体益生菌进行原位诊疗的独特潜力,并将传感器与效应基因耦合构建智能治疗遗传电路,实现闭环诊疗范式 讨论了当前挑战和未来临床转化面临的问题,但未具体说明本文自身的局限性 综述基因编码生物传感器在生物标志物检测和诊疗电路中的最新进展,探索其在靶向疾病干预中的应用,并讨论临床转化面临的挑战和未来前景 基因编码生物传感器,特别是基于变构转录因子和双组分系统的转录调控生物传感器,以及工程化微生物底盘 合成生物学 NA 合成生物学,基因编码生物传感器,转录调控工程 NA 文本 NA NA 微生物底盘 将调控传感模块整合到工程化微生物底盘,并与效应基因耦合构建智能治疗遗传电路,实现闭环诊疗 医学
18 2026-10-07
The ferroptosis-cuproptosis crosstalk in hematological malignancies: multi-omics insights into gene-regulated cell death and emerging therapeutic opportunities
2026-Oct-03, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1
综述 本文综述了血液系统恶性肿瘤中铁死亡与铜死亡之间的交叉对话,探讨了多组学视角下基因调控的细胞死亡机制及新兴治疗机会 提出了铁死亡-铜死亡轴(金属-氧化还原网络)的概念,整合多组学方法揭示RCD易感性景观,并提出人工智能、合成生物学和类器官系统相结合的精准细胞死亡工程展望 生物标志物标准化缺乏、临床试验设计困难以及患者动态分层挑战 探讨血液系统恶性肿瘤中铁死亡与铜死亡的交叉调控机制,并探索基于多组学的治疗靶点和精准细胞死亡工程策略 血液系统恶性肿瘤 多组学 血液系统恶性肿瘤 基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、金属组学、单细胞分析、空间分析 NA 多组学数据、文本 NA NA NA NA 医学
19 2026-10-07
Deep learning architectures achieve state-of-the-art (SOTA) accuracy in protein secondary structure prediction
2026-Oct, Molecular diversity IF:3.9Q2
综述 本文综述了深度学习架构在蛋白质二级结构预测中的最新进展,涵盖混合模型设计、基准数据集和评估指标,并讨论了当前方法学局限及未来方向 系统总结了从早期机器学习到卷积神经网络、循环神经网络及Transformer架构(如AlphaFold2)在蛋白质二级结构预测中的演进,并提出了跨物种验证、不确定性感知建模及整合异质生物数据等未来方向 存在数据依赖性和数据集偏差,方法学仍有局限 概述蛋白质二级结构预测领域的最新进展,包括混合模型设计、基准数据集和评估指标,并讨论当前局限和未来方向 蛋白质二级结构预测的计算方法 机器学习 NA NA CNN, RNN, Transformer, AlphaFold2 序列数据 NA NA NA NA 医学, 合成生物学, 药物开发
20 2026-10-07
Tutorial: biomembranes in hybrid living bioelectronics
2026-Oct, Nature protocols IF:13.1Q1
综述 本文是一篇教程综述,探讨了混合活体生物电子学中生物膜与电子器件的集成方法,涵盖聚合物半导体、微纳加工、表面修饰等技术,并讨论了其在药物发现、诊断和神经形态计算中的应用 系统性地将生物膜模型与芯片器件集成,结合材料科学、纳米技术和合成生物学,提出增强细胞-器件耦合的新途径,并探索其在神经形态计算等新兴领域的应用 现有技术依赖简化的合成模型,缺乏生物复杂性;生物膜与电子界面的长期稳定性和集成度仍需进一步验证 探讨生物膜与电子器件的集成方法,增强细胞-器件耦合,推动药物发现、诊断和神经形态计算等应用 生物膜、细胞膜模型、聚合物半导体、芯片器件 生物电子学 NA 电阻抗测量、微纳加工、表面修饰、结构功能化 NA NA NA NA NA NA 医学, 神经形态计算
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