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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-04-17 |
Microbial lipids for a sustainable future: the growing potential of synthetic microbial engineering for consumer oils
2026-May, Critical reviews in biotechnology
IF:8.1Q1
DOI:10.1080/07388551.2026.2615047
PMID:41692578
|
综述 | 本文概述了利用合成微生物工程实现可持续消费者油脂生产的创新方法 | 整合合成酵母基因组学和自动化生物铸造技术,为微生物脂质生产提供新策略 | NA | 探索微生物作为可持续脂质来源的潜力,以应对传统作物依赖的环境问题 | 微生物脂质及其在消费品制造中的应用 | 合成生物学 | NA | 合成酵母基因组学、自动化生物铸造 | NA | NA | NA | NA | 酵母 | NA | 食品、营养品、塑料、动物饲料、化妆品、药品、燃料 |
| 2 | 2026-04-17 |
Engineering non-ribosomal peptide synthesis: tuning the antibiotics engine of the microbial world
2026-May, Critical reviews in biotechnology
IF:8.1Q1
DOI:10.1080/07388551.2026.2615819
PMID:41771683
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综述 | 本文综述了工程化非核糖体肽合成的主要进展,重点关注通过合成生物学方法提高产量和生物活性 | 聚焦于通过合成生物学策略(如工程化前体代谢物、改变代谢通量、引入强启动子和调节子)来优化非核糖体肽的合成,并特别强调了糖肽抗生素作为工程化新非核糖体肽的潜力 | NA | 工程化非核糖体肽合成以优化其产量和生物活性,用于药物应用 | 非核糖体肽合成酶及其产生的肽类,特别是具有抗菌特性的糖肽抗生素 | 合成生物学 | NA | 合成生物学方法,包括代谢工程和基因簇表达 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医药 |
| 3 | 2026-04-17 |
Plant Synthetic Biology Takes Off: Bryophytes Onboard with New Tools, Systems, and Opportunities
2026-Apr-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.6c00092
PMID:41984537
|
综述 | 本文综述了植物合成生物学的最新进展,强调苔藓植物作为实验平台的重要性 | 提出苔藓植物作为简化、未被充分利用的系统,用于快速工具开发和跨植物谱系的协同生物工程方法 | 大多数研究仍集中在被子植物上,限制了潜在应用,且系统固有复杂性导致探索不足 | 推动植物合成生物学发展,以更好地理解、重新设计和编程植物 | 苔藓植物,包括苔藓、角苔和地钱,特别是作为领先模型 | 合成生物学 | NA | 模块化克隆、基因电路、基因组编辑、合成基因组学 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | 苔藓植物,包括苔藓、角苔、地钱 | 基因电路、合成基因组学 | 农业, 环境, 工业生物技术 |
| 4 | 2026-04-17 |
Artificial allosteric protein switches with machine-learning-designed receptors
2026-Apr-15, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-026-03081-9
PMID:41986695
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研究论文 | 本文展示了利用机器学习设计的受体构建人工变构蛋白开关,用于小分子、肽和蛋白质的生物传感,并应用于逻辑门和生物电子设备 | 利用机器学习工程化的最小配体结合域作为单组分变构开关中的高效受体,无需全局构象变化,并开发了完全合成的人工变构开关 | NA | 开发人工变构蛋白开关,用于合成生物学和生物技术中的信息与能量处理 | 人工变构蛋白开关、生物传感器、逻辑门、生物电子设备 | 机器学习 | NA | 机器学习、氢/氘交换质谱、F核磁共振分析 | NA | NA | NA | NA | 大肠杆菌 | 单组分变构开关、分子内YES和AND逻辑门 | 生物技术、医学 |
| 5 | 2026-04-17 |
Synthetic Biology Approaches to Enzymology in Food and Agriculture Systems
2026-Apr-10, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c16525
PMID:41962132
|
综述 | 本文综述了合成生物学在食品与农业系统酶学中的应用,探讨了如何通过工程化酶来提升食品安全、生产效率和副产品价值 | 系统性地整合了合成生物学、酶工程和计算设计在食品农业领域的交叉应用,并提出了从其他行业技术向食品农业转化的适应性策略 | 讨论了当前技术整合面临的限制、监管挑战以及未来发展方向 | 探索合成生物学如何通过酶工程解决全球粮食不安全问题,并促进食品农业系统的可持续发展 | 食品与农业系统中的酶学应用及合成生物学技术 | 合成生物学 | NA | 酶工程、计算设计、生物催化 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 农业, 食品 |
| 6 | 2026-04-17 |
seq2ribo: Structure-aware integration of machine learning and simulation to predict ribosome location profiles from RNA sequences
2026-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.08.700508
PMID:41726975
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为seq2ribo的混合模拟与机器学习框架,用于仅基于mRNA序列预测核糖体A位点位置 | 首次结合结构感知的TASEP模拟和机器学习抛光模型,实现了仅从序列预测核糖体位置的高保真度,无需表达数据或基因组背景 | NA | 开发一种工具,用于合成生物学中的mRNA序列理性设计与优化,特别是针对mRNA疫苗等新序列设计 | mRNA序列及其对应的核糖体位置分布 | 机器学习 | NA | 核糖体分析(Ribo-seq)、RNA-seq、结构感知TASEP模拟 | 混合框架(包括sTASEP和抛光模型) | 序列数据(mRNA序列) | 多种细胞类型(iPSC、HEK293、LCL、RPE-1) | NA | NA | NA | 医学(如mRNA疫苗设计)、合成生物学 |
| 7 | 2026-04-17 |
The horizontally transferred gene, CsMTAN, rewired purine traffic to build caffeine factories in tea leaves
2026-Apr, Journal of integrative plant biology
IF:9.3Q1
DOI:10.1111/jipb.13957
PMID:40607640
|
研究论文 | 本研究通过代谢组学与全基因组关联分析,揭示了茶树中水平转移基因CsMTAN调控嘌呤代谢和嘌呤生物碱合成的分子机制 | 首次发现CsMTAN基因通过水平转移进入植物基因组,并鉴定出关键SNP(F179Y)导致酶活性改变,从而影响腺嘌呤和腺苷含量 | 研究主要基于体外酶活实验和瞬时过表达验证,缺乏稳定的转基因茶树体系进行体内功能验证 | 探究茶树嘌呤代谢和嘌呤生物碱(如咖啡因)生物合成的遗传调控机制 | 茶树(Camellia sinensis)的183个遗传多样性种质资源,以及本氏烟草(Nicotiana benthamiana)用于瞬时过表达实验 | 植物代谢组学与合成生物学 | NA | 代谢组学分析、全基因组关联分析(GWAS)、体外酶活测定、瞬时过表达、系统发育分析、蛋白质结构建模 | NA | 代谢物数据、基因组数据 | 183个茶树种质资源的幼叶和成熟叶组织 | 瞬时过表达 | 本氏烟草(Nicotiana benthamiana) | NA | 农业(分子育种)、合成生物学 |
| 8 | 2026-04-17 |
Plant prenyltransferases: Diversity, catalytic activities, mechanisms, and application in heterologous production of prenylated natural products
2026-Apr, Journal of integrative plant biology
IF:9.3Q1
DOI:10.1111/jipb.70004
PMID:40765501
|
综述 | 本文全面总结了植物异戊烯基转移酶的多样性、催化活性、机制及其在异源生产异戊烯化天然产物中的应用 | 系统回顾了超过160种已报道的植物UbiA型异戊烯基转移酶和代表性异戊烯二磷酸合酶,填补了植物异戊烯基转移酶功能多样性理解的不足 | NA | 推进植物异戊烯基转移酶的表征与应用,为基于异戊烯化天然产物的药物开发奠定基础 | 植物异戊烯基转移酶(PTs),包括UbiA型PTs和异戊烯二磷酸合酶(IDSs) | 合成生物学 | NA | 植物基因组学,合成生物学 | NA | NA | 超过160种已报道的植物UbiA型PTs及代表性IDSs | NA | NA | NA | 医药 |
| 9 | 2026-04-17 |
Biodesulfurization: Back on-stage through synthetic biology and metabolic engineering approaches
2026-Apr, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2026.103449
PMID:41687421
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综述 | 本文综述了通过合成生物学和代谢工程方法复兴生物脱硫技术,重点关注4S途径及其在红球菌和革兰氏阴性菌平台中的应用 | 整合了红球菌和假单胞菌平台的最新进展,包括操作子重构、底盘设计以及过程级约束的融合,并讨论了与加氢脱硫的整合策略 | NA | 探索生物脱硫技术,以解决中馏分燃料中持久性有机硫化合物的脱除问题 | 红球菌(野生型性能、调控、系统生物学和基因工程)和革兰氏阴性菌平台(尤其是假单胞菌) | NA | NA | 合成生物学、代谢工程、系统生物学、基因工程 | NA | NA | NA | 操作子重构、底盘设计 | Rhodococcus, Pseudomonas | 4S途径(生物脱硫途径),涉及C-S键断裂而保留烃骨架 | 能源, 工业生物技术 |
| 10 | 2026-04-17 |
A century of vitamin E research: The innovative journey from basic biology to synthetic bio-manufacturing
2026-Apr, Journal of integrative plant biology
IF:9.3Q1
DOI:10.1111/jipb.70235
PMID:41866783
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综述 | 回顾维生素E研究百年进展,涵盖化学组成、功能、生物合成及调控网络,并探讨化学与生物技术合成策略 | 发现种子特异性酯酶VTE7,揭示叶绿素降解与生育酚合成的直接植醇回收途径,为代谢工程开辟新可能 | NA | 探索维生素E的生物活性、合成途径及绿色高效生产方法 | 维生素E家族分子及其在植物生理和人类健康中的作用 | NA | NA | 代谢工程、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 微生物平台 | NA | 医药、工业生物技术 |
| 11 | 2026-04-17 |
Multifunctional Roles and Microbial Production Bottlenecks of Ergothioneine
2026-Apr-01, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00735
PMID:41919719
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综述 | 本文综述了麦角硫因的多功能角色、微生物生产瓶颈、关键酶的发现与鉴定、代谢工程策略及其在食品、化妆品和制药行业的应用 | 总结了麦角硫因生物合成与分解代谢途径中关键酶的最新发现,以及通过代谢工程和“化学酶催化级联”路线实现高产的最新进展,最高滴度达47.3 g/L | NA | 探讨麦角硫因的生产方法、关键酶途径及代谢工程策略,以克服当前生产瓶颈并满足市场需求 | 麦角硫因(EGT)及其在非天然宿主菌株中的异源生产 | NA | NA | 合成生物学、代谢组学、化学酶催化级联 | NA | NA | NA | 代谢工程 | 非天然宿主菌株(例如未指定具体菌种) | NA | 食品、化妆品、制药 |
| 12 | 2026-04-17 |
Engineering prime editors in Salvia miltiorrhiza for precise genome modification
2026-Apr, Journal of integrative plant biology
IF:9.3Q1
DOI:10.1111/jipb.70006
PMID:41987526
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研究论文 | 在丹参中开发了优化的Prime Editing系统,实现了碱基颠换、复杂插入和碱基替换,用于精确基因组修饰 | 在丹参中首次优化Prime Editing系统,能够进行碱基颠换、复杂插入和碱基替换,并成功应用于提高丹参酮含量 | NA | 开发在丹参中实现精确基因组修饰的Prime Editing系统,以提升生物活性成分含量 | 丹参(Salvia miltiorrhiza)的关键基因 | 合成生物学 | NA | Prime Editing | NA | NA | NA | Prime Editing | 丹参(Salvia miltiorrhiza) | NA | 医药 |
| 13 | 2026-04-17 |
Chemical Signaling and Metabolomic Crosstalk in Endophytic Fungi-Medicinal Plant Symbioses for Natural Product Discovery and Sustainable Bioproduction
2026-Feb-28, Metabolites
IF:3.4Q2
DOI:10.3390/metabo16030164
PMID:41893315
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综述 | 本文综述了药用植物内生真菌之间通过化学信号传导和代谢组学串扰驱动天然产物生物合成的多层机制,并探讨了利用这种共生智能进行可持续生物生产的策略 | 系统总结了宿主来源的化学信号(如根系分泌物和氧脂素)作为唤醒真菌沉默生物合成基因簇(BGCs)的主要触发因素,并批判性地评估了空间代谢组学(如MALDI-MSI)在揭示植物-真菌界面局部化代谢交换方面的应用 | 本文是一篇综述,未报告原始实验数据,其结论基于对过去十年文献的系统调查,可能受限于现有研究的覆盖范围和深度 | 旨在总结药用植物与内生真菌之间代谢串扰的机制,并评估利用这种共生关系进行天然产物发现和可持续生物生产的策略 | 药用植物及其相关的内生真菌 | NA | NA | 空间代谢组学(MALDI-MSI)、共培养模型、植物体内模型、结构解析 | NA | NA | NA | NA | 药用植物,内生真菌 | NA | 医药,工业生物技术 |
| 14 | 2026-04-17 |
Integrating synthetic biology to understand and engineer the heart, lung, blood, and sleep systems
2025-Dec-17, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101446
PMID:41412113
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综述 | 本文综述了合成生物学在心脏、肺、血液和睡眠系统中的整合应用,以理解和工程化这些系统 | 将合成生物学从微生物扩展到人类系统,实现基因表达、细胞命运和组织组织的精确控制,并整合组学数据与AI引导的电路设计 | 包括递送、转基因稳定性和在生理相关模型中稳健的时空控制等关键挑战 | 理解并工程化心脏、肺、血液和睡眠系统 | 心脏、肺、血液和睡眠系统的细胞和组织 | 合成生物学 | NA | 基因组工程、动态基因电路、高维生物传感器、组学数据 | 系统级模型、AI引导的电路设计 | 组学数据 | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly | 人类细胞、组织 | 可调转录调节器、合成组织器、反馈电路 | 医学 |
| 15 | 2026-04-17 |
Identification and treatment of heme depletion attributed to overexpression of a lineage of evolved P450 monooxygenases
2012-Nov-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1212287109
PMID:23129650
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研究论文 | 本文通过系统生物学方法分析并优化了在酿酒酵母中过表达P450单加氧酶引起的宿主应激,识别出血红素耗竭为主要应激源,并通过过表达内源性血红素生物合成途径的限速酶来缓解应激并提高酶活性 | 结合系统生物学和合成生物学方法,首次识别出P450单加氧酶过表达导致的血红素耗竭是主要宿主应激源,并证明通过工程化内源性血红素生物合成途径可以缓解应激并提升酶活性 | 研究主要聚焦于酿酒酵母中的P450单加氧酶,可能不直接适用于其他宿主或酶系统,且应激源的相互作用可能更复杂 | 分析并优化微生物中异源酶表达引起的宿主应激,以提高生物合成途径的性能 | 在酿酒酵母中过表达的一系列进化P450单加氧酶变体及其对宿主细胞的影响 | 代谢工程 | NA | 系统生物学方法、酶活性测定 | NA | 酶活性数据、应激响应模式 | 一系列进化P450单加氧酶变体 | CRISPR-Cas9, 基因过表达 | 酿酒酵母 | 内源性血红素生物合成途径的工程化 | 工业生物技术 |
| 16 | 2026-04-16 |
Comprehensive genomic analysis reveals the class II diterpene cyclases in Dodonaea viscosa
2026-Jul, Phytochemistry
IF:3.2Q2
DOI:10.1016/j.phytochem.2026.114886
PMID:41881186
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研究论文 | 本文通过基因组测序和注释,揭示了药用植物Dodonaea viscosa中二类二萜环化酶的发现与生化特性,为合成生物学规模化生产生物活性二萜类化合物提供了基础 | 首次报道了Dodonaea viscosa的核基因组草图及完整叶绿体和线粒体基因组序列,并鉴定出两个新的二类二萜环化酶DvCPS和DvKPS,催化形成labdane和clerodane二萜类生物活性化合物的前体 | NA | 阐明Dodonaea viscosa中生物活性二萜类化合物的生物合成途径,以支持通过合成生物学实现规模化生产 | 药用植物Dodonaea viscosa及其基因组序列和二萜环化酶 | 合成生物学 | NA | 基因组测序、生化表征 | NA | 基因组序列数据 | NA | NA | NA | NA | 医药 |
| 17 | 2026-04-16 |
Programmable Synthesis of DNA Networks in Giant Vesicles via Rolling Circle Amplification
2026-Apr-15, Nano letters
IF:9.6Q1
DOI:10.1021/acs.nanolett.6c00726
PMID:41919686
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研究论文 | 本文介绍了一种基于滚环扩增技术的仿生囊泡平台,可在巨型囊泡内构建DNA网络以增强结构稳定性 | 首次在合成囊泡中通过滚环扩增构建类细胞骨架的DNA网络,实现分子尺度生化活动与介观尺度机械行为的耦合 | NA | 开发具有功能调控和机械反馈能力的合成细胞 | 巨型囊泡和DNA网络结构 | 合成生物学 | NA | 滚环扩增技术 | NA | NA | NA | DNA折纸术 | NA | DNA网络结构(类细胞骨架) | 合成生物学、生物制造、仿生材料 |
| 18 | 2026-04-16 |
Current Progress of Natural Product Export by Yeast
2026-Apr-15, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c08982
PMID:41926336
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综述 | 本文综述了利用酵母(如酿酒酵母、毕赤酵母和粟酒裂殖酵母)通过减轻细胞内天然产物积累的代谢负担来增强天然产物(特别是萜类)合成的近期进展 | 聚焦于通过减轻代谢负担来提升酵母中天然产物合成的策略,包括转运蛋白过表达与工程化、膜结构改变和提取方法,总结了未来研究方向 | NA | 增强微生物细胞工厂中天然产物的合成效率,通过减轻代谢负担策略 | 酵母物种(酿酒酵母、毕赤酵母、粟酒裂殖酵母)及其在天然产物(尤其是萜类)合成中的应用 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 酿酒酵母, 毕赤酵母, 粟酒裂殖酵母 | NA | 工业生物技术, 医药 |
| 19 | 2026-04-16 |
A Combinatorial Strategy of Semirational Screening and Rational Design for Engineering an α-1,2-Fucosyltransferase toward Efficient 2'-Fucosyllactose Biosynthesis
2026-Apr-15, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.6c00566
PMID:41983305
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研究论文 | 本文通过结合半理性筛选和理性设计策略,工程化α-1,2-岩藻糖基转移酶,以高效生产2'-岩藻糖基乳糖 | 采用双蛋白工程策略,包括理性计算设计和基于工程化l-岩藻糖响应生物传感器的半理性筛选,实现了无副产物的高效2'-岩藻糖基乳糖生物合成 | NA | 工程化α-1,2-岩藻糖基转移酶,以消除副产物并提高2'-岩藻糖基乳糖的生物合成效率 | α-1,2-岩藻糖基转移酶BKHT及其突变体,用于2'-岩藻糖基乳糖生产 | 合成生物学 | NA | 理性计算设计(结构、进化和稳定性预测)、半理性筛选、饱和诱变 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly | 大肠杆菌 | l-岩藻糖响应生物传感器(FcsR-P),用于筛选突变库 | 工业生物技术 |
| 20 | 2026-04-16 |
PHYCUT: Scalable Multiplex CRISPR/Cas9 Editing for Genome Engineering in the Diatom Phaeodactylum tricornutum
2026-Apr-14, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00843
PMID:41979903
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研究论文 | 本文开发了PHYCUT系统,一种基于质粒的CRISPR/Cas9工具,用于实现硅藻中的可扩展多重基因组编辑 | 利用Csy4内切核糖核酸酶处理多向导RNA阵列,首次在硅藻中建立了高效的多重CRISPR/Cas9编辑系统 | 未在摘要中明确提及具体限制,但暗示了先前缺乏稳健的多重编辑系统是硅藻基因组工程的一个障碍 | 开发一种可扩展的多重CRISPR/Cas9编辑工具,以优化硅藻的基因组工程,特别是针对糖基化途径的人源化改造 | 海洋硅藻Phaeodactylum tricornutum,重点关注其α(1,3)核心岩藻糖基化相关基因 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas9基因编辑,Csy4内切核糖核酸酶处理 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Csy4 | Phaeodactylum tricornutum | 多向导RNA阵列处理系统,用于多重基因编辑 | 工业生物技术, 医药 |