合成生物学相关文章
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当前共找到 18 篇文献。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2024-08-07 |
Non-natural nucleic acids for synthetic biology
2009-Dec, Current opinion in chemical biology
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.cbpa.2009.09.030
PMID:19879178
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review | 本文综述了非天然核苷酸在合成生物学中的应用及其与聚合酶的兼容性 | 探讨了非天然核苷酸如何赋予基因对核酸酶的抗性并促进表达 | NA | 评估非天然核苷酸在合成生物学中的应用潜力 | 非天然核苷酸及其与聚合酶的兼容性 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2 | 2024-08-07 |
Modeling structure-function relationships in synthetic DNA sequences using attribute grammars
2009-Oct, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1000529
PMID:19816554
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研究论文 | 本文利用属性文法模型化合成DNA序列的结构-功能关系 | 首次提出使用属性文法来形式化描述一组部件如何与功能相关联，并展示了如何将DNA序列转化为分子相互作用网络模型 | NA | 探索合成生物学中DNA序列与表型之间的关系，超越传统的以基因为中心的方法 | 合成DNA序列及其生物学功能 | 合成生物学 | NA | 属性文法 | 属性文法模型 | DNA序列 | 由一小部分遗传部件生成的设计空间中的所有序列 |
| 3 | 2024-08-07 |
Paradigm shifts versus fashion shifts? Systems and synthetic biology as new epistemic entities in understanding and making 'life'
2009-Aug, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/embor.2009.130
PMID:19636303
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4 | 2024-08-07 |
Expanded hammerhead ribozymes containing addressable three-way junctions
2009-May, RNA (New York, N.Y.)
DOI:10.1261/rna.1220309
PMID:19304923
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研究论文 | 本文介绍了一种新型扩展的全长锤头核酶（HHR）设计，该设计允许在核酶上附加额外的功能，从而构建出在细菌中非常高效的人工核糖开关 | 通过在HHR的茎I上附加额外的螺旋（IV）并维持快速的切割速率，设计了一种新型的核酶支架，并将其整合到细菌mRNA中，实现了通过核酶的自催化切割来控制基因表达 | NA | 扩展锤头核酶工具箱，为合成生物学应用提供额外的位置以附加调控模块，实现体内基因表达的控制 | 锤头核酶的设计及其在细菌中的应用 | 合成生物学 | NA | NA | NA | RNA | NA |
| 5 | 2024-08-07 |
An internal reaction chamber in dimethylglycine oxidase provides efficient protection from exposure to toxic formaldehyde
2009-Jun-26, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1074/jbc.M109.006262
PMID:19369258
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研究论文 | 本文通过合成生物学方法展示了二甲基甘氨酸氧化酶中不寻常的底物通道机制 | 首次发现二甲基甘氨酸氧化酶通过一个中心“反应室”进行底物通道，保护细胞免受有毒甲醛的影响 | NA | 研究二甲基甘氨酸氧化酶的酶机制及其在细胞内的保护作用 | 二甲基甘氨酸氧化酶及其在细胞内的底物通道机制 | 生物化学 | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA |
| 6 | 2024-08-07 |
Synthetic biology: understanding biological design from synthetic circuits
2009-Dec, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/nrg2697
PMID:19898500
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研究论文 | 本文通过合成生物学中的基因和蛋白质电路设计，探讨了自然生物系统设计原则的理解 | 通过合成生物器件，直观地理解简单生物电路的行为范围，并控制自然过程 | NA | 揭示自然生物系统的设计原则 | 合成启动子、细胞间相互作用的控制等生物系统工程过程 | 合成生物学 | NA | 合成生物学技术 | NA | NA | NA |
| 7 | 2024-08-07 |
Playing God in Frankenstein's Footsteps: Synthetic Biology and the Meaning of Life
2009-Dec, Nanoethics
IF:1.1Q2
DOI:10.1007/s11569-009-0079-6
PMID:20234875
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研究论文 | 本文分析了合成生物学这一新兴科学在社会辩论中的争议及其从业者的回应方式 | 探讨了合成生物学中'扮演上帝'主题与弗兰肯斯坦情节之间的关系，并考察了'扮演上帝'论点的教义地位 | 主要关注于合成生物学在微生物层面的应用，未直接涉及对人类生命的影响 | 分析合成生物学引发的伦理和社会辩论，并探讨其对生命意义的挑战 | 合成生物学及其在生命定义和存在意义方面的影响 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 8 | 2024-08-07 |
Toward minimal bacterial cells: evolution vs. design
2009-Jan, FEMS microbiology reviews
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/j.1574-6976.2008.00151.x
PMID:19067748
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综述 | 本文综述了细胞工程在基因组研究背景下的最新进展，特别关注从共生或自由生活的细菌中自然减少的基因组学到的知识 | 探讨了通过计算和实验方法定义的不同假设性最小可行细胞，并讨论了简化活细胞项目与合成最小细胞基因组努力的结合 | NA | 探讨合成生物学视角下，利用定义的最小细胞在生物医学、生物修复或生物能源应用中的潜力 | 细胞工程、基因组研究、最小可行细胞 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 基因组数据 | NA |
| 9 | 2024-08-07 |
Designing and encoding models for synthetic biology
2009-Aug-06, Journal of the Royal Society, Interface
DOI:10.1098/rsif.2009.0035.focus
PMID:19364720
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研究论文 | 本文概述了合成生物学中模型创建和分析的过程以及常用的软件工具，并描述了使用标记语言对模型及其相关注释进行编码的方法。 | 本文介绍了模型组件的挖掘、其在关系模型中的集成、公式化和参数化，以及模拟结果的评估和模型的验证。 | NA | 探讨合成生物学中定量模型的设计和编码方法。 | 合成生物学中的基因调控和反应网络的动态建模。 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10 | 2024-08-07 |
Towards the engineering of in vitro systems
2009-Aug-06, Journal of the Royal Society, Interface
DOI:10.1098/rsif.2009.0110.focus
PMID:19474076
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研究论文 | 本文探讨了体外系统工程设计的可能性及其面临的挑战 | 提出体外系统作为克服生物系统复杂性的一种手段，可作为工程化活体系统的过渡 | 仍面临酶动力学和关键设计参数知识不足的问题 | 探索体外系统在合成生物学中的应用，以简化生物系统的设计 | 体外系统，特别是中等规模的酶促反应网络如糖酵解 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 11 | 2024-08-07 |
Consistent design schematics for biological systems: standardization of representation in biological engineering
2009-Aug-06, Journal of the Royal Society, Interface
DOI:10.1098/rsif.2009.0046.focus
PMID:19493898
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综述 | 本文综述了合成生物学中用于生物系统设计和表示的标准化努力，特别是图形可视化和模拟/注释方案的标准 | 提出了一个统一的框架，用于模型可视化、模拟和跨工具共享，以促进对分子机制的深入理解和新型生物系统的设计 | NA | 探讨生物工程中生物系统表示的标准化方法 | 生物系统的设计和表示标准 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 12 | 2024-08-07 |
Professionalization as a governance strategy for synthetic biology
2009-Dec, Systems and synthetic biology
DOI:10.1007/s11693-009-9037-4
PMID:19816804
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研究论文 | 本文探讨了将专业化作为合成生物学治理策略的问题，并通过与科学家、科学期刊编辑、科学咨询委员会成员及非政府政策报告作者的访谈，分析了专业化的优缺点及其在合成生物学治理中的应用。 | 本文提出专业化作为一种治理策略，能够克服当前合成生物学治理辩论中的二分法，如“自上而下”与“自下而上”的治理模式以及科学事实与公众价值观的对立。 | 专业化作为一种治理选项，存在局限性，特别是在战争与和平问题上。 | 探讨专业化作为合成生物学治理策略的有效性及其潜在影响。 | 科学家、科学期刊编辑、科学咨询委员会成员及非政府政策报告作者的观点和经验。 | NA | NA | NA | NA | 访谈数据 | 涉及多位科学家、编辑、咨询委员会成员及政策报告作者 |
| 13 | 2024-08-07 |
On the origin of systems. Systems biology, synthetic biology and the origin of life
2009-Aug, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/embor.2009.117
PMID:19636296
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 14 | 2024-08-07 |
Synthetic biology: ethical ramifications 2009
2009-Dec, Systems and synthetic biology
DOI:10.1007/s11693-009-9042-7
PMID:19816805
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研究论文 | 本文探讨了合成生物学从宣言阶段到研究项目的转变，并分析了其伦理影响 | 合成生物学从单一研究方向分化出多个不同的研究轨迹 | NA | 探讨合成生物学的伦理影响及其在可再生能源、廉价药物生产和环境修复等领域的应用 | 合成生物学的设计和构建新生物部件、设备和系统，以及重新设计自然生物系统 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 15 | 2024-08-07 |
Robust synthetic biology design: stochastic game theory approach
2009-Jul-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btp310
PMID:19435742
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研究论文 | 本文提出了一种基于随机博弈理论的鲁棒合成基因网络设计方法，以实现预定稳态 | 采用Takagi-Sugeno模糊模型和线性矩阵不等式技术，通过Matlab中的鲁棒控制工具箱，近似非线性合成基因网络 | NA | 解决合成基因网络在不确定初始条件和细胞外环境干扰下的鲁棒性设计问题 | 合成基因网络 | 合成生物学 | NA | 线性矩阵不等式(LMI) | Takagi-Sugeno(T-S)模糊模型 | NA | NA |
| 16 | 2024-08-07 |
A framework for evolutionary systems biology
2009-Feb-24, BMC systems biology
DOI:10.1186/1752-0509-3-27
PMID:19239699
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研究论文 | 本文提出了一种将进化理论与当前系统生物学方法结合的新框架，用于量化突变的小效应及其上位相互作用 | 该框架通过定义可在当前系统生物学模型中计算的适应度相关性，利用计算系统生物学中的严格算法，结合模型的现实性和进化理论中对真实系统的理解需求 | NA | 旨在更详细地理解生命的基本原理，结合多个学科的已知生物系统知识 | 突变的小效应及其上位相互作用，适应性景观的不同‘层次’，以及突变效应的分布、有利突变的性质、上位性和鲁棒性 | 系统生物学 | NA | 计算系统生物学算法 | 系统生物学模型 | 生物系统数据 | NA |
| 17 | 2024-08-07 |
Anaerobic catabolism of aromatic compounds: a genetic and genomic view
2009-Mar, Microbiology and molecular biology reviews : MMBR
IF:8.0Q1
DOI:10.1128/MMBR.00021-08
PMID:19258534
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综述 | 本文综述了通过分子生物学方法和新技术（如基因组测序、转录组学、蛋白质组学和宏基因组学）对厌氧芳香化合物降解途径的遗传学、调控、生态生理学和进化方面的最新发现 | 研究表明厌氧芳香化合物代谢比以往认为的更加多样化和广泛，并且与在厌氧条件下使用芳香化合物的复杂代谢和应激程序开始被揭示 | 关于这些过程的遗传决定因素和涉及的调控机制的研究相对较少 | 探讨厌氧芳香化合物降解途径的遗传学、调控、生态生理学和进化 | 厌氧芳香化合物的代谢过程及其相关酶和途径 | NA | NA | 基因组测序、转录组学、蛋白质组学、宏基因组学 | NA | 基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、宏基因组数据 | NA |
| 18 | 2024-08-07 |
The farther, the safer: a manifesto for securely navigating synthetic species away from the old living world
2009-Dec, Systems and synthetic biology
DOI:10.1007/s11693-009-9040-9
PMID:19816802
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研究论文 | 本文讨论了合成生物学在构建全新基因组、细胞和生态系统方面的潜力，并提出通过化学成分的多样化来保护自然环境和人类健康的新型隔离方法。 | 提出通过化学成分的多样化来阻止合成物种与野生物种之间的代谢交叉喂养和基因交叉对话，从而保护自然环境和人类健康。 | 文中指出，目前缺乏实现这一目标所需的理论和计算工具。 | 探讨合成生物学在构建全新生命形式方面的潜力，并提出保护自然环境和人类健康的新策略。 | 合成生物学中的基因组、细胞和生态系统，以及如何通过化学成分的多样化来实现隔离。 | 生物技术 | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA |