合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-12-16	Proteins from an unevolved library of de novo designed sequences bind a range of small molecules 2012-Apr-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/sb200018e PMID:23651114	研究论文	本文研究了从非进化的新设计序列库中获得的蛋白质与一系列小分子结合的能力	本文首次展示了非进化的新设计蛋白质能够自发地与小分子结合，表明这种能力并非仅通过生物选择或计算设计产生	本文仅研究了三种新设计蛋白质与小分子的结合能力，样本量较小	探讨新设计蛋白质是否具有与小分子结合的能力，以及这种能力是否仅通过生物选择或计算设计产生	从非进化的新设计序列库中获得的蛋白质与小分子的结合能力	合成生物学	NA	小分子微阵列	NA	蛋白质序列	三种新设计蛋白质，筛选了10,000种化合物
2	2024-11-27	The new biology: a bridge to clinical cardiology 2012-Apr, Hippokratia IF:0.3Q3 PMID:23935264	研究论文	本文探讨了生物学研究的新进展如何促进临床心脏病学的发展	本文介绍了系统生物学、合成生物学和转化医学等新兴学科在临床医学和心脏病学中的应用	NA	探讨生物学新进展在临床心脏病学中的应用	系统生物学、合成生物学和转化医学等新兴学科	生物医学	心血管疾病	NA	NA	NA	NA
3	2024-11-09	Bottom-up construction of in vitro switchable memories 2012-Nov-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1212069109 PMID:23112180	研究论文	本文通过基于基本DNA生物化学的动态反应网络的合理组装，再现了细胞中用于长期记忆存储的双稳态反应网络功能	本文提出了一种在体外构建简化动态模拟的方法，而不是像合成生物学那样在体内重构基因系统	NA	研究动态反应网络中的拓扑/功能关系	体外可切换记忆的构建	NA	NA	DNA生物化学	NA	NA	NA
4	2024-08-07	Metabolic engineering of Saccharomyces cerevisiae: a key cell factory platform for future biorefineries 2012-Aug, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-012-0945-1 PMID:22388689	综述	本文综述了利用代谢工程改造酵母Saccharomyces cerevisiae作为细胞工厂，生产生物燃料、化学品、药物和食品添加剂的研究进展	探讨了如何利用系统生物学和合成生物学技术推动酵母代谢工程的发展	NA	旨在提高酵母对生物质水解物中糖的摄取能力，并利用酵母生产燃料和化学品	酵母Saccharomyces cerevisiae的代谢工程	生物工程	NA	代谢工程	NA	NA	NA
5	2024-08-07	Bacterial quorum sensing and metabolic incentives to cooperate 2012-Oct-12, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.1227289 PMID:23066081	研究论文	研究了机会性病原体铜绿假单胞菌如何利用群体感应系统控制公共产品的生产，并探讨了这种系统如何通过代谢约束防止社会欺骗行为	展示了群体感应控制的私人产品表达如何对社会欺骗行为施加代谢约束，防止公共资源的悲剧	NA	探讨群体感应系统在控制公共产品生产和防止社会欺骗行为中的作用	铜绿假单胞菌的群体感应系统和其控制的细胞酶	NA	NA	群体感应	NA	NA	NA
6	2024-08-07	Synthetic biology with surgical precision: targeted reengineering of signaling proteins 2012-Oct, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2012.05.012 PMID:22664341	研究论文	本文探讨了通过精确操控信号蛋白来重塑生物系统的合成生物学方法	通过混合和匹配现有结构域或通过精确靶向突变对现有蛋白进行功能重调，生成具有新功能模式的蛋白	NA	揭示细胞生物学的复杂性，并开发新的工具来解析细胞信号传导的复杂性	信号蛋白及其在细胞功能中的作用	生物学	NA	蛋白质工程	NA	蛋白质	NA
7	2024-08-07	Engineering microbial systems to explore ecological and evolutionary dynamics 2012-Oct, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2012.01.006 PMID:22310174	研究论文	本文探讨了利用合成生物学方法构建微生物系统以研究生态和进化动力学的新进展	通过构建简单的基因电路，合成生态系统为研究自然环境中难以观察的生态和进化现象提供了独特的平台	NA	旨在通过合成生物学方法提供对多样生物过程的机制性理解	微生物系统及其在生态和进化生物学中的应用	合成生物学	NA	基因电路构建	NA	NA	NA
8	2024-08-07	The genome sequence of Propionibacterium acidipropionici provides insights into its biotechnological and industrial potential 2012-Oct-19, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/1471-2164-13-562 PMID:23083487	研究论文	本文分析了产丙酸菌Propionibacterium acidipropionici的基因组，探讨其在生物技术和工业应用中的潜力	发现了P. acidipropionici基因组中编码蛋白基因数量增加，涉及基因组完整性维护的基因增多，以及存在与碳代谢调控相关的基因	未发现磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶编码基因，但确认了丙酮酸羧化酶基因及其酶的存在	研究P. acidipropionici的基因组特征，评估其在化学品生产中的应用潜力	Propionibacterium acidipropionici的基因组及其生物学功能	NA	NA	基因组测序	NA	基因组数据	单个微生物样本Propionibacterium acidipropionici (ATCC 4875)
9	2024-08-07	Possibilities, intentions and threats: dual use in the life sciences reconsidered 2012-Dec, Science and engineering ethics IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s11948-011-9266-2 PMID:21327859	研究论文	本文旨在澄清生命科学领域中的双重用途概念及其应用范围	提出双重用途定义应包括威胁和意图的方面，而不仅仅是技术层面的关注实验	NA	澄清双重用途概念，以帮助政策制定者在确保安全的同时避免对科学实践的不必要干预	生命科学领域的双重用途概念	生命科学	NA	NA	NA	NA	NA
10	2024-08-07	Using distal-site mutations and allosteric inhibition to tune, extend, and narrow the useful dynamic range of aptamer-based sensors 2012-Dec-26, Journal of the American Chemical Society IF:14.4Q1 DOI:10.1021/ja310585e PMID:23215257	研究论文	本文展示了通过远端位点突变和变构控制来调整、扩展和缩小适配体传感器动态范围的多种互补方法	利用易设计的寡核苷酸抑制剂通过竞争适配体的折叠来实现变构控制，从而在目标浓度范围内更精确地调整适配体的亲和力	NA	研究如何通过远端位点突变和变构控制来调整适配体传感器的动态范围	适配体传感器的动态范围调整	合成生物学	NA	适配体传感器	NA	NA	NA
11	2024-08-07	Employing the metabolic "branch point effect" to generate an all-or-none, digital-like response in enzymatic outputs and enzyme-based sensors 2012-Jan-17, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/ac202701c PMID:22148353	研究论文	本文展示了一种将未受调控酶的典型渐变Michaelis-Menten反应转换为尖锐的全有或全无反应的策略	利用代谢网络中的“分支点效应”机制，通过两个或多个酶竞争同一底物，实现了酶反应的尖锐化	NA	开发具有数字式输出的生物传感器，并提高合成生物学中酶基催化反应的效率	葡萄糖氧化酶（GOx）和己糖激酶（HK）的酶反应	生物化学	NA	酶反应	NA	酶反应数据	NA
12	2024-08-07	A synthetic biology approach to understanding cellular information processing 2012-Sep-21, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/sb300044r PMID:23411668	综述	本文综述了合成生物学在理解细胞信息处理中的应用和发展	合成生物学方法揭示了网络基序的新动态，如简单基序组合产生的自主动态和转录翻译噪声对基序动态的影响	NA	增加对细胞信息处理的理解	细胞网络的动态特性和网络基序的行为	合成生物学	NA	合成基因电路构建与分析	NA	NA	NA
13	2024-08-07	Targeting duplex DNA with chimeric α,β-triplex-forming oligonucleotides 2012-Sep, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gks410 PMID:22641847	研究论文	研究设计了一系列短的嵌合α,β-三链形成寡核苷酸(TFOs)，并研究了它们与荧光标记的二链发夹的相互作用	首次报道了嵌合TFOs能够识别双链DNA中的碱基对反转	NA	解决三链DNA识别严格受限于多嘌呤序列的问题	嵌合α,β-三链形成寡核苷酸(TFOs)与荧光标记的二链发夹的相互作用	NA	NA	原生凝胶电泳、阵列热变性和荧光淬灭实验	NA	DNA	NA
14	2024-08-07	Microbial synthetic biology for human therapeutics 2012-Jun, Systems and synthetic biology DOI:10.1007/s11693-012-9092-0 PMID:23730360	研究论文	本文讨论了通过微生物途径利用合成生物学开发新型人类治疗药物的潜力	本文提出了利用合成生物学工具在微生物系统中表达基于植物的药物化合物，并探讨了传统医学知识在微生物系统中开发新药物的价值	NA	探讨合成生物学在人类治疗学中的应用，特别是通过微生物途径	微生物合成细胞和现有微生物的再工程化，用于合成治疗产品	合成生物学	NA	合成生物学工具	NA	NA	NA
15	2024-08-07	Landscape and global stability of nonadiabatic and adiabatic oscillations in a gene network 2012-Mar-07, Biophysical journal IF:3.2Q2 DOI:10.1016/j.bpj.2012.02.002 PMID:22404922	研究论文	本文通过量化潜在景观来确定生物振荡的全局稳定性和相干性，研究了两个相互抑制和激活对方的基因网络模体，发现了两种重要的波动类型，并探讨了绝热和非绝热两种振荡机制。	本文发现了两种新的振荡机制：绝热机制通过平均基因状态的有效相互作用产生稳定振荡，非绝热机制通过慢速绑定/解绑到启动子的时间延迟产生稳定振荡。	NA	研究生物振荡的全局稳定性和相干性	基因网络中的相互抑制和激活的基因	生物学	NA	NA	NA	NA	NA
16	2024-08-07	Deterministic Function Computation with Chemical Reaction Networks 2012, Natural computing IF:1.7Q2 DOI:10.1007/s11047-013-9393-6 PMID:25383068	研究论文	本文介绍了化学反应网络（CRNs）在确定性函数计算中的应用，并展示了CRNs如何通过分子种类的计数来表示函数的输出。	本文首次提出了通过CRNs进行确定性函数计算的概念，并证明了函数图是半线性集时，CRN可以确定性地计算该函数。	CRNs只能计算图是半线性集的函数，这限制了其计算能力的范围。	探讨化学反应网络在确定性函数计算中的应用及其计算能力。	化学反应网络（CRNs）及其在函数计算中的应用。	NA	NA	化学反应网络（CRNs）	NA	NA	NA
17	2024-08-07	Synthetic in vitro circuits 2012-Aug, Current opinion in chemical biology IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.cbpa.2012.05.179 PMID:22676890	research paper	本文探讨了体外电路作为设计、理解和利用动态生化电路平台的可行性	体外系统允许研究人员直接访问和操纵生物分子部件，避免了在活体中常见的复杂性和相互依赖性	NA	探索细胞外合成生物学作为理解原生生物电路和工程新功能的灵活测试平台	体外电路系统及其在复杂数学计算、联想记忆任务和小分子传感中的应用	synthetic biology	NA	DNA/RNA/蛋白质基电路技术	NA	NA	超过100个编程分子成分的系统
18	2024-08-07	Meta-DNA: synthetic biology via DNA nanostructures and hybridization reactions 2012-Jul-07, Journal of the Royal Society, Interface DOI:10.1098/rsif.2011.0819 PMID:22237679	研究论文	本文开发了一种名为meta-DNA（简称mDNA）的生物化学系统，基于DNA链作为唯一组分分子，通过脚架介导的DNA链置换反应模拟各种酶对DNA分子的操作	提出了基于DNA链置换反应的meta-DNA系统，模拟了多种酶对DNA的操作，包括链置换、限制切割、聚合反应等	NA	探索通过高度简化的相互作用类能否产生广泛的复杂生物化学行为，特别是通过简单的DNA杂交化学能否模拟蛋白质酶对DNA的操作	meta-DNA系统及其在模拟酶对DNA操作中的应用	合成生物学	NA	DNA链置换反应	NA	DNA	NA
19	2024-08-07	Rational diversification of a promoter providing fine-tuned expression and orthogonal regulation for synthetic biology 2012, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0033279 PMID:22442681	研究论文	本文介绍了一种策略，通过重新设计单一生物部件——启动子，创建了一个精细分级输出范围的启动子库和新的可调控启动子，适用于正交合成生物学应用	首次展示了使用定制的转录激活因子样效应物（TALEs）作为正交抑制子对合成启动子进行正交和可扩展调控的能力	NA	解决酵母作为合成生物学底盘精确工程化所需的生物部件相对较少的问题	酵母中的启动子	合成生物学	NA	生物信息学方法	NA	序列数据	36个成员的启动子库
20	2024-08-07	Synthetic biology: mapping the scientific landscape 2012, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0034368 PMID:22539946	review	本文利用汤森路透的Web of Science数据，通过数据可视化和分析技术，绘制并分析了合成生物学的科学格局，旨在为联合国生物多样性公约的科学、技术和技术咨询附属机构（SBSTTA）关于合成生物学治理的国际政策辩论提供信息	利用现代信息工具促进合成生物学发展的独立和透明监测，并提供在线互动工具以增强公众和政策对合成生物学的理解和参与	NA	为合成生物学的治理提供科学依据和政策建议	合成生物学的科学格局、参与机构、研究人员和资助机构	合成生物学	NA	数据可视化、分析技术	NA	数据	NA