合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-08-07	Synthetic Biology of Natural Products 2016-Oct-03, Cold Spring Harbor perspectives in biology IF:6.9Q1 DOI:10.1101/cshperspect.a023994 PMID:27503995	研究论文	本文讨论了天然产物生物合成途径的多样性和自然模块性，以及它们作为合成生物学方法的吸引力和挑战	文章介绍了基于合成生物学工具的化合物和途径检测与表征方法的发展，以及通过理性多样化方法访问化学空间的新技术	文章提到了当前领域的进展和剩余瓶颈，但未具体说明局限性	探讨天然产物合成生物学的现状，强调最新进展和存在的瓶颈	天然产物的生物合成途径及其在合成生物学中的应用	合成生物学	NA	合成生物学工具	NA	基因组信息	涉及微生物多样性的大部分
42	2024-08-07	Engineering of synthetic, stress-responsive yeast promoters 2016-09-30, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkw553 PMID:27325743	研究论文	本研究开发了一组在酸性条件下可诱导的合成酵母启动子，并验证了其增强乳酸生产的应用	本研究通过修改转录因子结合位点，提高了合成启动子在低pH条件下的性能，并成功将其应用于不相关的启动子中	NA	设计和工程化可响应特定内源或环境条件的合成酵母启动子	酵母菌Saccharomyces cerevisiae的合成启动子	合成生物学	NA	NA	NA	表达数据和转录因子结合数据	一组合成启动子变体
43	2024-08-07	Improving protein content and quality by over-expressing artificially synthetic fusion proteins with high lysine and threonine constituent in rice plants 2016-Sep-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep34427 PMID:27677708	研究论文	通过在稻米植物中超表达人工合成的融合蛋白，提高稻米中赖氨酸和苏氨酸的含量，从而改善蛋白质的质量和数量	人工合成了两个新的基因，通过融合内源性稻米基因与赖氨酸/苏氨酸模体编码序列，显著提高了转基因稻米种子中赖氨酸、苏氨酸、总氨基酸和粗蛋白的含量	转基因种子中携带这两个新基因的串联阵列时，蛋白质质量和数量的改进有限	提高稻米中赖氨酸和苏氨酸的含量，从而改善蛋白质的质量和数量	稻米植物及其种子中的蛋白质含量和质量	合成生物学	NA	基因工程	NA	基因序列	转基因稻米种子与野生型对照
44	2024-08-07	Synthetic biology routes to bio-artificial intelligence 2016-11-30, Essays in biochemistry IF:5.6Q1 DOI:10.1042/EBC20160014 PMID:27903825	研究论文	本文讨论了合成基因网络（SGNs）在生物学上实现感知器算法和巴甫洛夫联想学习的可能性，并探讨了SGNs在复杂输入数据处理中的进化潜力	首次探讨了合成基因网络在生物学上实现感知器算法和巴甫洛夫联想学习的可能性，并提出了SGNs在复杂输入数据处理中的进化策略	NA	探索合成基因网络在生物学上实现人工智能算法的可能性	合成基因网络及其在生物学上实现感知器算法和巴甫洛夫联想学习的能力	生物技术	NA	合成基因网络（SGNs）	感知器算法	输入数据	NA
45	2024-08-07	A Combinatorial Algorithm for Microbial Consortia Synthetic Design 2016-07-04, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep29182 PMID:27373593	研究论文	本文介绍了一种组合算法，用于设计微生物共生体的合成	提出了一种新的模型和方法，用于合成生产化合物的外源或内源微生物共生体	成功建立最佳共生体以生产特定化合物或其组合仍然是一个挑战	解决如何选择最佳共生体以合成生产特定化合物的问题	微生物共生体及其在化合物生产中的应用	合成生物学	NA	组合算法	初始模型	NA	NA
46	2024-08-07	Symbiotic Nitrogen Fixation and the Challenges to Its Extension to Nonlegumes 2016-07-01, Applied and environmental microbiology IF:3.9Q2 DOI:10.1128/AEM.01055-16 PMID:27084023	综述	本文综述了生物固氮的原理及其在非豆科作物中扩展的挑战和前景	提出了利用合成生物学方法扩展生物固氮至更多作物种类的蓝图	生物固氮过程目前仅限于细菌和古菌，不适用于真核生物	探讨如何通过合成生物学方法将共生固氮扩展到非豆科作物，以减少对氮肥的依赖	生物固氮过程及其在农业中的应用	NA	NA	合成生物学	NA	NA	NA
47	2024-08-07	RNAiFold2T: Constraint Programming design of thermo-IRES switches 2016-06-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btw265 PMID:27307638	研究论文	本文介绍了RNAiFold2T算法，用于解决RNA热传感器（RNATs）的逆折叠问题，并成功设计了两种热传感器内部核糖体进入位点（thermo-IRES）元素。	RNAiFold2T是首个使用约束编程（CP）和大型邻域搜索（LNS）算法解决2温度逆折叠问题的软件，能够生成比现有程序多两个数量级的解决方案。	设计的thermo-IRES元素的翻译效率低于野生型IRES元素，后者对温度变化完全不敏感。	开发一种新的算法来解决RNA热传感器的逆折叠问题，并设计功能性RNA热开关。	RNA热传感器（RNATs）和热传感器内部核糖体进入位点（thermo-IRES）元素。	生物信息学	NA	约束编程（CP）和大型邻域搜索（LNS）	NA	RNA结构	两种设计的thermo-IRES元素在42°C时的翻译效率比30°C时高约50%。
48	2024-08-07	Designer Micelles Accelerate Flux Through Engineered Metabolism in E. coli and Support Biocompatible Chemistry 2016-05-10, Angewandte Chemie (International ed. in English) DOI:10.1002/anie.201600966 PMID:27061024	研究论文	本文展示了维生素E衍生的设计微泡在合成化学中的应用，这些微泡在生物相容性环境下加速了通过大肠杆菌中苯乙烯生产途径的代谢通量	设计微泡能够非共价地与细菌外膜结合，增加膜的通透性，并能容纳异质性和有机可溶性过渡金属催化剂，加速生物相容性环丙烷化反应	NA	探索设计微泡在合成生物技术领域的应用，以及通过微生物发酵和生物相容性化学结合来扩大可从可再生资源中获得的分子类型	设计微泡在微生物代谢工程中的应用	合成生物技术	NA	微生物发酵	NA	NA	NA
49	2024-08-07	A dual-core double emulsion platform for osmolarity-controlled microreactor triggered by coalescence of encapsulated droplets 2016-May, Biomicrofluidics IF:2.6Q2 DOI:10.1063/1.4952572 PMID:27279935	研究论文	本文报道了一种玻璃毛细管微流控方法，用于制造含有两个不同内滴/核心的渗透压响应性水-油-水（W/O/W）双乳液，并精确触发封装滴之间的聚结	该微流控方法能够生成高度单分散的双核心双乳液，并通过渗透压控制的膨胀行为提供新的刺激来触发封装滴之间的聚结	NA	开发一种新的双乳液平台，用于材料科学、合成生物学和化学工程中的微反应器	双核心双乳液及其在微反应器中的应用	材料科学	NA	微流控技术	NA	乳液	NA
50	2024-08-07	Build to understand: synthetic approaches to biology 2016-Apr-18, Integrative biology : quantitative biosciences from nano to macro IF:1.5Q4 DOI:10.1039/c5ib00252d PMID:26686885	综述	本文讨论了合成生物学如何促进研究自然生物系统中观察到的遗传电路的任务	通过实验合成基因电路来理解发育和疾病中的基本机制，并利用数学模型指导新基因电路的设计和探索电路拓扑结构	NA	探讨合成生物学在理解自然生物系统遗传电路中的应用	遗传电路、多稳态、随机基因表达、振荡和细胞间通信	合成生物学	NA	NA	数学模型	NA	NA
51	2024-08-07	Model-guided combinatorial optimization of complex synthetic gene networks 2016-Dec-28, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20167265 PMID:28031353	研究论文	本文展示了一种利用预测模型优化复杂三基因电路的策略，该电路是一种新型的比例miRNA生物传感器	通过模型引导生成遗传多样性，随后进行筛选和模型验证，成功优化了复杂基因网络的性能，无需广泛的前期知识	NA	构建满足定量性能标准的基因电路	复杂的三基因电路及miRNA生物传感器	合成生物学	NA	预测建模	NA	遗传数据	小数量的传感器
52	2024-08-07	Production and Characterization of Synthetic Carboxysome Shells with Incorporated Luminal Proteins 2016-Mar, Plant physiology IF:6.5Q1 DOI:10.1104/pp.15.01822 PMID:26792123	研究论文	本文描述了在大肠杆菌中表达合成操纵子以生产含有内腔蛋白的合成羧基体壳，并研究了其结构决定因素和渗透性	本研究不仅加深了对控制羧基体组装的蛋白质-蛋白质相互作用的理解，还建立了一个平台来研究壳的渗透性和完整BMC壳的结构基础	NA	理解羧基体和其他细菌微区室（BMCs）的货物包装和壳渗透性的结构决定因素，以应用于植物合成生物学和代谢工程	合成羧基体壳及其内腔蛋白的表达和特性	生物工程	NA	NA	NA	蛋白质	NA
53	2024-08-07	Compartmentalization and Transport in Synthetic Vesicles 2016, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2016.00019 PMID:26973834	综述	本文综述了合成囊泡在合成生物学中的应用，特别是简单和嵌套人工囊泡在多隔室生物反应器中的使用	本文探讨了将膜转运蛋白整合到简单和嵌套人工囊泡中，以实现子隔间之间特定物质交换的潜力	目前大多数隔室化生物反应器依赖于非特异性底物和产物的交换，这限制了其进一步的应用	探讨合成囊泡在合成生物学中的应用，特别是如何通过技术进步实现膜蛋白的重构	简单和嵌套人工囊泡，以及多隔室生物反应器	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
54	2024-08-07	Genome-Editing Technologies for Enhancing Plant Disease Resistance 2016, Frontiers in plant science IF:4.1Q1 DOI:10.3389/fpls.2016.01813 PMID:27990151	研究论文	本文探讨了利用基因编辑技术提高植物病害抗性的策略和目标	提出了通过重写效应子-目标序列和修改效应子-目标启动子来增强目标基因表达的策略，以及通过基因编辑技术获得合成基因的方法	NA	提高植物病害抗性，促进可持续农业发展	植物基因编辑技术和植物免疫系统	生物技术	NA	基因编辑技术	NA	基因序列	NA
55	2024-08-07	Natural Product Biosynthesis in Escherichia coli: Mentha Monoterpenoids 2016, Methods in enzymology DOI:10.1016/bs.mie.2016.02.020 PMID:27417932	研究论文	本文探讨了利用合成生物学方法在Escherichia coli中合成薄荷单萜类化合物的新途径	本文通过构建新的代谢途径，实现了在微生物中生产非天然单萜类化合物，并优化了基因选择、调控元件、宿主选择和优化以及宿主生物的代谢考虑	NA	探索合成生物学在微生物中单萜类化合物生产中的应用	Escherichia coli中的薄荷单萜类化合物合成	合成生物学	NA	合成生物学技术	NA	NA	NA
56	2024-08-07	Targeted isolation and cloning of 100-kb microbial genomic sequences by Cas9-assisted targeting of chromosome segments 2016-May, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/nprot.2016.055 PMID:27101517	research paper	本文介绍了一种基于Cas9核酸酶的体外应用方法，用于从微生物中克隆长达100kb的基因组序列。	提出了一种名为Cas9辅助染色体片段靶向（CATCH）的新方法，通过体外切割目标DNA并使用Gibson组装法与克隆载体连接，简化了长基因组序列的克隆过程。	NA	开发一种新的技术方法，用于从微生物中高效克隆长基因组序列。	微生物的长基因组序列。	genome engineering	NA	Cas9 nuclease, Gibson assembly	NA	DNA sequence	NA
57	2024-08-07	A brief overview of synthetic biology research programs and roadmap studies in the United States 2016-Dec, Synthetic and systems biotechnology IF:4.4Q1 DOI:10.1016/j.synbio.2016.08.003 PMID:29062951	review	本文简要概述了美国在合成生物学领域的研究项目和路线图研究	NA	NA	探讨美国在合成生物学领域的领导地位及其战略投资	合成生物学的研究项目和路线图研究	NA	NA	NA	NA	NA	NA
58	2024-08-07	Mammalian Synthetic Biology: Time for Big MACs 2016-10-21, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.6b00074 PMID:27076218	综述	本文综述了合成生物学在哺乳动物细胞工程中的应用及其面临的挑战，特别是通过改进哺乳动物人工染色体（MACs）来克服这些挑战	介绍了哺乳动物人工染色体（MACs）作为基因表达载体的新应用，能够独立于宿主基因组，并能容纳多个基因表达盒，理论上DNA大小不受限制	随机整合大型转基因存在插入突变风险、无法控制转基因拷贝数和位置特异性效应等问题	探讨合成生物学在哺乳动物细胞工程中的应用及如何通过改进MACs来克服相关挑战	哺乳动物细胞及其在再生医学、生物传感细胞系开发、治疗性蛋白质生产和合成遗传调控电路生成等领域的应用	合成生物学	NA	DNA合成与组装	哺乳动物人工染色体（MACs）	DNA	NA
59	2024-08-07	STAR: a simple TAL effector assembly reaction using isothermal assembly 2016-09-12, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep33209 PMID:27615025	研究论文	本文介绍了一种名为STAR的简单TAL效应子组装反应，利用等温组装技术快速生成多个TAL效应子	STAR方法简化了TAL效应子的构建过程，提高了效率和可扩展性，无需逐步中间质粒生产	NA	开发一种简便、快速且成本效益高的TAL效应子组装方法	TAL效应子及其在基因调控中的应用	合成生物学	NA	等温组装（Gibson assembly）	NA	DNA序列	使用了68个片段的小型库，能够在8小时内生成特定的TAL重复序列
60	2024-08-07	Shape remodeling and blebbing of active cytoskeletal vesicles 2016-Apr, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.1500465 PMID:27152328	研究论文	本文通过合成生物学方法，设计并重建了肌动蛋白-肌球蛋白囊泡，以精确控制细胞形态变化的参数，并展示了这些囊泡的形态变化与活细胞的形态适应相似	本文首次通过合成生物学方法，使用纯化的构建模块组装成类似细胞的模型，精确控制细胞形态变化的所有相关参数	NA	探索细胞适应机制的物理机制	肌动蛋白-肌球蛋白囊泡的形态变化	细胞生物学	NA	合成生物学	NA	囊泡	NA