合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-11-15	An in vitro synthetic biology platform for emerging industrial biomanufacturing: Bottom-up pathway design 2018-Sep, Synthetic and systems biotechnology IF:4.4Q1 DOI:10.1016/j.synbio.2018.05.002 PMID:30345404	研究论文	本文介绍了一种用于工业生物制造的体外合成生物学平台，通过自下而上的途径设计实现复杂生物化学反应	提出了基于BioBricks和模块的合成途径设计原则，为低成本生物制造开辟了新途径	NA	开发一种用于工业生物制造的合成生物学平台	合成生物学平台的设计和构建	合成生物学	NA	合成生物学	NA	NA	NA
2	2024-11-14	Directed evolution of Escherichia coli with lower-than-natural plasmid mutation rates 2018-09-28, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gky751 PMID:30137492	研究论文	开发了一种定向进化策略，用于发现延长工程生物中负担性DNA序列功能的突变	提出了Periodic Reselection for Evolutionarily Reliable Variants (PResERV)方法，成功降低了大肠杆菌中ColE1型质粒的突变率	NA	开发一种定向进化策略，以提高工程生物中负担性DNA序列的遗传稳定性	大肠杆菌及其ColE1型质粒的突变率	合成生物学	NA	定向进化	NA	DNA序列	NA
3	2024-11-13	Synthetic switch-based baculovirus for transgene expression control and selective killing of hepatocellular carcinoma cells 2018-09-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gky447 PMID:29905834	研究论文	本文开发了一种基于合成开关的杆状病毒，用于控制转基因表达并选择性杀死肝细胞癌（HCC）细胞	利用miR-196a和miR-126在HCC和正常细胞中的特异性表达，设计了一种基于miRNA传感器的合成开关，实现了在HCC细胞中开启转基因表达而在正常细胞中关闭转基因表达	NA	提高杆状病毒作为抗癌基因传递载体的安全性，实现对肝细胞癌（HCC）细胞的选择性杀伤	肝细胞癌（HCC）细胞和正常细胞	NA	肝细胞癌	合成生物学	NA	NA	NA
4	2024-08-07	Building a minimal and generalizable model of transcription factor-based biosensors: Showcasing flavonoids 2018-09, Biotechnology and bioengineering IF:3.5Q2 DOI:10.1002/bit.26726 PMID:29733444	研究论文	本文开发了一种新型生物传感器，用于检测pinocembrin，基于转录调节因子FdeR与荧光报告蛋白的结合，并通过组合库改变其质粒拷贝数和生物传感器TF的浓度，记录并建模了不同的响应	首次明确考虑质粒拷贝数对生物传感器灵敏度的影响，使用基于Hill的正式方法，能够解释未表征系统的响应，无需对TF的属性有广泛了解	NA	开发一种新型转录因子基生物传感器，并建立其与被感知分子之间的定量关系模型	转录因子FdeR与pinocembrin的相互作用	合成生物学	NA	转录因子基生物传感器	Hill-based formalism	生物传感器响应数据	通过组合库改变质粒拷贝数和生物传感器TF的浓度，记录不同的响应
5	2024-08-07	How to do things with metaphors: engineering life as hodgepodge 2018-Sep-17, Life sciences, society and policy DOI:10.1186/s40504-018-0084-z PMID:30221313	研究论文	本文探讨了社会科学家与化学家合作，在合成生物学与纳米技术交叉领域中，如何通过隐喻理解新疗法开发的潜力	分析了'进化生命作为大杂烩'的隐喻在基因编辑技术和生物纳米技术中的应用	NA	探讨隐喻在生命科学及其基础设施中的递归关系，并分析其在合成生物学和生物纳米技术中的应用	基因编辑技术和生物纳米技术中的隐喻	合成生物学	NA	基因编辑技术	NA	文本	NA
6	2024-08-07	Towards an Aspect-Oriented Design and Modelling Framework for Synthetic Biology 2018-Sep-15, Processes (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/pr6090167 PMID:30568914	研究论文	本文提出了一种基于面向方面软件工程概念的合成生物学设计框架，以解决传统基于组件的系统构建方法在处理复杂应用时的问题	该框架通过引入面向方面的设计理念，能够将核心关注点与系统级属性分离，从而使设计过程更加模块化	NA	旨在为合成生物学提供一种新的设计框架，以实现更复杂应用的开发	合成生物学系统的设计与建模	合成生物学	NA	面向方面的软件工程	NA	NA	NA
7	2024-08-07	Tellurium: An extensible python-based modeling environment for systems and synthetic biology 2018-Sep, Bio Systems DOI:10.1016/j.biosystems.2018.07.006 PMID:30053414	research paper	本文介绍了一个基于Python的建模环境Tellurium，用于系统生物学和合成生物学中的模型构建、模拟和分析	Tellurium是一个模块化、跨平台、开源的模拟环境，集成了多个库、插件和专用模块，提供了一个统一但可扩展的生物建模和分析解决方案	NA	开发一个便于模型在系统生物学和合成生物学中可重复使用的建模环境	系统生物学和合成生物学中的模型构建、模拟和分析	systems biology	NA	Python	libRoadRunner	model	NA
8	2024-08-07	Arabinose-Induced Catabolite Repression as a Mechanism for Pentose Hierarchy Control in Clostridium acetobutylicum ATCC 824 2018 Sep-Oct, mSystems IF:5.0Q1 DOI:10.1128/mSystems.00064-18 PMID:30374459	研究论文	本研究探讨了Clostridium acetobutylicum ATCC 824中阿拉伯糖诱导的分解代谢物阻遏作为戊糖利用层次控制机制的特性	揭示了通过预测的Crh进行转录调控的新机制，该机制控制碳水化合物利用的层次，对指导化学品生产的稳健遗传工程策略至关重要	NA	研究Clostridium acetobutylicum中戊糖利用层次的转录调控机制	Clostridium acetobutylicum ATCC 824中的戊糖利用层次	生物工程	NA	转录组测序（RNA-Seq）	NA	转录组数据	NA
9	2024-08-07	Ultra-high throughput functional enrichment of large monoamine oxidase (MAO-N) libraries by fluorescence activated cell sorting 2018-Sep-24, The Analyst DOI:10.1039/c8an00851e PMID:30199078	研究论文	本文介绍了一种优化的方法，用于在单个大肠杆菌细胞中敏感检测氧化酶活性，使用来自黑曲霉的单胺氧化酶MAO-N作为模型系统，并通过荧光激活细胞分选（FACS）对大型MAO-N库进行功能富集	首次展示了适用于大肠杆菌中FAD依赖氧化酶定向进化的超高吞吐量筛选方法	目前的方法涉及视觉、比色、菌落为基础的筛选，不适合非常大的库，并且不能量化变体的相对适应性	开发一种适用于大规模筛选氧化酶变体的新方法，以提高酶的特定应用性能	单胺氧化酶MAO-N及其在大肠杆菌中的活性	生物技术	NA	荧光激活细胞分选（FACS）	NA	细胞	超过106个变体每天
10	2024-08-07	Advances in bio-based production of dicarboxylic acids longer than C4 2018-Sep, Engineering in life sciences IF:3.9Q2 DOI:10.1002/elsc.201800023 PMID:32624947	综述	本文综述了利用生物方法特别是合成生物学技术生产C4以上直链二羧酸的最新进展	设计并验证了多种生产二羧酸的路径，包括C5至C15范围的二羧酸，并通过工程化微生物宿主和优化生物催化元件的性质来提高目标二羧酸的代谢通量	讨论了相关路径的当前优势和局限性，并提出了合成路径设计和优化以实现二羧酸超量生产的展望	探讨生物基生产化学品的方法，特别是二羧酸的生产	C4以上直链二羧酸	合成生物学	NA	合成生物学	NA	NA	NA
11	2024-08-07	Targeted m6A Reader Proteins To Study Epitranscriptomic Regulation of Single RNAs 2018-09-26, Journal of the American Chemical Society IF:14.4Q1 DOI:10.1021/jacs.8b05012 PMID:30183280	研究论文	本文报道了开发可编程的dPspCas13b-mA阅读器蛋白，用于研究活细胞中单个转录本的调控效应	开发了基于dPspCas13b的工具，用于研究内源性RNA的调控，并展示了这些工具在合成生物学中的应用潜力	目前对于mA的写入者、擦除者和阅读者之间的竞争性相互作用调控甲基化RNA转录本的研究尚不充分	研究RNA的转录后基因表达调控，特别是N-甲基腺苷(mA)修饰对RNA的影响	研究特定阅读器蛋白对单个转录本的调控效应	生物技术	NA	RNA修饰分析	dPspCas13b-mA阅读器蛋白	RNA	活细胞中的单个转录本
12	2024-08-07	A Synthetic Microbial Operational Amplifier 2018-Sep-21, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.8b00138 PMID:30152993	研究论文	本文展示了如何构建一个合成微生物操作放大器，该放大器包含三个阶段：快速CRISPR基础的差分输入推挽阶段、慢速转录和翻译放大阶段以及快速酶输出阶段	首次在生物分子部件中构建了类似于电子学中的操作放大器，提高了电路的预测性和稳定性	NA	改进细胞电路的预测性和稳定性	合成微生物操作放大器	合成生物学	NA	CRISPR	NA	NA	使用了5种蛋白质，包括dCas9
13	2024-08-07	Modulation of the Aggregation of the Prion-like Protein RepA-WH1 by Chaperones in a Cell-Free Expression System and in Cytomimetic Lipid Vesicles 2018-09-21, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.8b00283 PMID:30125497	研究论文	研究通过合成生物学方法，在无细胞表达系统和脂质囊泡中探讨了伴侣蛋白对类朊病毒蛋白RepA-WH1聚集的调节作用	首次在无细胞系统和脂质囊泡中观察到伴侣蛋白Hsp70及其辅助伴侣Hsp40和核苷酸交换因子对类朊病毒蛋白聚集的调节作用	NA	通过合成生物学方法解析与淀粉样蛋白病相关的分子机制	类朊病毒蛋白RepA-WH1及其在无细胞系统和脂质囊泡中的聚集行为	合成生物学	淀粉样蛋白病	NA	NA	NA	NA
14	2024-08-07	A Single-Component Optogenetic System Allows Stringent Switch of Gene Expression in Yeast Cells 2018-09-21, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.8b00180 PMID:30157641	研究论文	本研究开发了一种名为yLightOn的单组分光控基因表达系统，用于酵母细胞	该系统不依赖外源辅因子，具有超过500倍的ON/OFF比率、极低的泄漏、快速的表达动力学和高空间分辨率	NA	研究光控基因表达系统在酵母细胞中的应用	酵母细胞的基因表达调控	合成生物学	NA	光遗传学	NA	基因表达	NA