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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2024-08-07 |
Rational engineering of Kluyveromyces marxianus to create a chassis for the production of aromatic products
2020-Nov-11, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-020-01461-7
PMID:33176787
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研究论文 | 本文通过合成生物学策略,对Kluyveromyces marxianus进行代谢途径的理性工程改造,以生产芳香产品 | 首次展示了如何通过理性工程改造Kluyveromyces marxianus的代谢途径,以生产芳香氨基酸基生物化学品 | 尝试将单独有益的修改结合到一个综合平台时存在挑战 | 开发和验证代谢工程策略,以充分利用Kluyveromyces marxianus的代谢作为生物基生产的基础 | Kluyveromyces marxianus的代谢途径 | 工业生物技术 | NA | 代谢工程 | NA | NA | 构建了能够从最小培养基中生产超过800 mg/L 2-PE的稳健菌株 | NA | NA | NA | NA |
| 62 | 2024-08-07 |
The Biochemical and Genetic Basis for the Biosynthesis of Bioactive Compounds in Hypericum Perforatum L., One of the Largest Medicinal Crops in Europe
2020-10-16, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes11101210
PMID:33081197
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研究论文 | 本文探讨了圣约翰草(Hypericum Perforatum L.)中生物活性化合物的生化与遗传基础,特别是hyperforin和hypericin的生物合成途径及其在医药行业的应用 | 结合现代组学、基因编辑和合成生物学技术,探索这些化合物在医药和医疗行业的新应用 | NA | 研究圣约翰草中生物活性化合物的生物合成途径及其医疗应用 | 圣约翰草中的hyperforin和hypericin | NA | 阿尔茨海默病 | 组学、基因编辑、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 63 | 2024-08-07 |
Engineering control circuits for molecular robots using synthetic biology
2020-Oct-01, APL materials
IF:5.3Q1
DOI:10.1063/5.0020429
PMID:33101786
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研究论文 | 本文探讨了利用合成生物学为分子机器人构建控制电路的方法 | 通过在合成电路中编码感知-行动模块,使分子机器能够执行复杂行为,超越重复任务 | NA | 研究如何利用合成生物学为分子机器人提供感知-行动控制模块 | 分子机器人及宏观尺度机器人 | 合成生物学 | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 64 | 2024-08-07 |
Evaluation of existing guidelines for their adequacy for the microbial characterisation and environmental risk assessment of microorganisms obtained through synthetic biology
2020-Oct, EFSA journal. European Food Safety Authority
DOI:10.2903/j.efsa.2020.6263
PMID:33144886
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研究论文 | 本文评估了现有指南对于通过合成生物学获得的微生物的微生物特征和环境风险评估的充分性 | 本文通过地平线扫描、差距分析和未来展望,评估了合成生物学微生物应用的准备情况及其对环境的影响 | 本文主要关注当前和近期的合成生物学微生物,对于更远未来的发展及其潜在风险未做深入探讨 | 评估合成生物学技术在农业食品领域的应用是否会对环境构成潜在风险,并评估现有风险评估指南的充分性 | 合成生物学微生物及其在环境中的应用 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 65 | 2024-08-07 |
Engineering Improved Photosynthesis in the Era of Synthetic Biology
2020-03-09, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2020.100032
PMID:33367233
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研究论文 | 本文讨论了在合成生物学时代通过新型工具和生物技术解决方案提高光合作用效率的最新进展和当前挑战 | 利用合成生物学的潜力构建全新的可预测方向的途径,以满足21世纪对更高产量的全球需求 | NA | 优化作物生产力,提高光合作用效率 | 光合作用 | 合成生物学 | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 66 | 2024-08-07 |
Advances in Metabolic Engineering of Saccharomyces cerevisiae for Cocoa Butter Equivalent Production
2020, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2020.594081
PMID:33178680
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综述 | 本文综述了利用合成生物学和代谢工程技术在酵母中生产可可脂等效物(CBEs)的最新进展 | 利用合成生物学和代谢工程技术在酵母中实现高水平的甘油三酯(TAG)生产,为可可脂等效物的生产提供了可能的解决方案 | NA | 探讨和总结用于增加酵母中可可脂等效物生产的代谢工程和合成生物学策略 | 酵母中的甘油三酯(TAG)生产及可可脂等效物的生产 | 代谢工程 | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 67 | 2024-08-07 |
Rosa26 docking sites for investigating genetic circuit silencing in stem cells
2020, Synthetic biology (Oxford, England)
DOI:10.1093/synbio/ysaa014
PMID:33195816
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研究论文 | 本研究通过修改小鼠多能干细胞的Rosa26位点,引入基因电路的特异性整合位点,以探索干细胞中基因电路沉默的再激活 | 首次展示了通过添加组蛋白去乙酰化酶抑制剂钠丁酸盐来逆转多能干细胞中基因电路的沉默 | NA | 探索并克服多能干细胞中基因电路的沉默,确保基因电路在多代细胞中的稳定功能 | 小鼠多能干细胞中的Rosa26位点及基因电路的整合与功能 | 合成生物学 | NA | 基因电路的特异性整合 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 68 | 2024-08-07 |
Combating Antimicrobial Resistance With New-To-Nature Lanthipeptides Created by Genetic Code Expansion
2020, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2020.590522
PMID:33250877
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研究论文 | 本文探讨了通过遗传密码扩展技术创造新型天然兰尼肽以对抗抗生素抗性的研究 | 利用合成生物学中的遗传密码扩展技术,引入非经典氨基酸,创造出具有新型化学特性的兰尼肽 | NA | 研究如何通过遗传密码扩展技术改进兰尼肽的制药特性,以应对抗生素抗性的紧迫问题 | 新型天然兰尼肽及其在对抗多药耐药微生物中的应用 | 合成生物学 | NA | 遗传密码扩展 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 69 | 2024-08-07 |
Recent Advances on Feasible Strategies for Monoterpenoid Production in Saccharomyces cerevisiae
2020, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2020.609800
PMID:33335897
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review | 本文综述了利用代谢工程、蛋白质工程和合成生物学在酵母细胞工厂中生产单萜的可行策略 | 利用微生物细胞工厂进行环保的大量单萜生产 | NA | 探讨单萜在酵母中的生产策略 | 单萜及其生物合成途径 | NA | NA | 代谢工程, 蛋白质工程, 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 70 | 2024-08-07 |
Modular cell-free expression plasmids to accelerate biological design in cells
2020, Synthetic biology (Oxford, England)
DOI:10.1093/synbio/ysaa019
PMID:33344777
|
研究论文 | 本文开发了一种模块化载体系统,用于细胞外表达所需的酶,并直接通过Golden Gate组装到表达载体中 | 该系统允许T7表达所需的酶,并可通过Golden Gate组装直接进入表达载体,简化了生物合成途径的测试过程 | NA | 加速细胞设计的生物技术 | 非模式生物的代谢途径 | 合成生物学 | NA | Golden Gate组装 | NA | DNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 71 | 2024-08-07 |
Metabolic Engineering Strategies of Industrial Hemp (Cannabis sativa L.): A Brief Review of the Advances and Challenges
2020, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2020.580621
PMID:33363552
|
综述 | 本文综述了工业大麻(Cannabis sativa L.)代谢工程的最新进展和挑战 | 介绍了合成生物学新工具,特别是CRISPR/Cas系统,用于环境友好的代谢工程,以增加所需大麻素类化合物的生产并消除精神活性化合物 | 尽管大麻代谢工程对科学和工业领域有明显影响,但相关报道仍然较少 | 探讨加速大麻植物化学物质产量的三种不同方法,并强调转基因和瞬时基因传递系统在成功进行大麻代谢工程中的关键作用 | 工业大麻的代谢工程及其对大麻素类化合物生产的影响 | NA | NA | CRISPR/Cas系统 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 72 | 2024-08-07 |
CRISPR base editing and prime editing: DSB and template-free editing systems for bacteria and plants
2020-Dec, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2020.08.003
PMID:32954022
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综述 | 本文综述了CRISPR系统中的非双链断裂和模板自由基因编辑技术,即碱基编辑(BE)和前体编辑(PE),在细菌和植物中的应用 | 介绍了碱基编辑和前体编辑这两种非DSB和模板自由的基因编辑技术,并探讨了它们在合成生物学、作物改良等领域的应用前景 | 讨论了BE/PE在PAM特异性、编辑效率、脱靶效应、序列特异性及编辑窗口等方面的挑战 | 探讨CRISPR系统中的碱基编辑和前体编辑技术在细菌和植物中的应用及其未来发展 | 细菌和植物 | 基因编辑 | NA | CRISPR-Cas | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 73 | 2024-08-07 |
Applications of phage-derived RNA-based technologies in synthetic biology
2020-Dec, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2020.09.003
PMID:33083579
|
综述 | 本文综述了噬菌体衍生的基于RNA的技术在合成生物学中的应用 | 探讨了噬菌体衍生的基于RNA的技术在合成生物学中的重要性,以及对理解生命起源早期阶段的贡献 | NA | 探讨噬菌体衍生的基于RNA的技术在合成生物学中的应用及其对生物进化的影响 | 噬菌体及其衍生的基于RNA的技术 | 合成生物学 | NA | 基于RNA的技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 74 | 2024-08-07 |
A deep learning approach to programmable RNA switches
2020-10-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-18677-1
PMID:33028812
|
研究论文 | 本研究使用深度神经网络(DNN)预测合成生物学中的脚趾开关功能 | DNN在核苷酸序列训练上表现优于以往的先进热力学和动力学模型,并能生成人类可理解的注意力可视化 | NA | 探索深度学习在RNA合成生物学中功能预测和洞察生成的能力 | 脚趾开关功能预测 | 机器学习 | NA | 深度神经网络(DNN) | DNN | 核苷酸序列 | 91,534个脚趾开关,涵盖23种病毒基因组和906个人类转录因子 | NA | NA | NA | NA |
| 75 | 2024-08-07 |
Sequence-to-function deep learning frameworks for engineered riboregulators
2020-10-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-18676-2
PMID:33028819
|
研究论文 | 本文介绍了两种深度学习架构STORM和NuSpeak,用于优化和设计可编程核酸传感器——趾开关 | 提出了一种基于序列的趾开关优化和重新设计模型STORM和NuSpeak,通过计算机视觉和自然语言处理技术进行优化 | NA | 开发序列到功能的深度学习框架,用于趾开关的选择和设计 | 可编程核酸传感器——趾开关 | 机器学习 | NA | 深度学习 | CNN | 序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 76 | 2024-08-07 |
A machine learning Automated Recommendation Tool for synthetic biology
2020-09-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-18008-4
PMID:32978379
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研究论文 | 本文介绍了一种利用机器学习和概率建模技术指导合成生物学系统化发展的自动化推荐工具(ART) | ART工具无需对生物系统进行完全的机制理解,通过基于采样的优化方法提供推荐菌株及其生产水平的概率预测 | 讨论了该方法的局限性及底层假设失败时的实际后果 | 开发一种新的工具以加速合成生物学中的工程开发过程 | 合成生物学中的菌株推荐和生产水平预测 | 机器学习 | NA | 机器学习,概率建模 | NA | 模拟数据,实验数据 | 涉及多个代谢工程项目,包括生产可再生生物燃料、无啤酒花的啤酒、脂肪酸和色氨酸的项目 | NA | NA | NA | NA |
| 77 | 2024-08-07 |
Mechanism-Driven Metabolic Engineering for Bio-Based Production of Free R-Lipoic Acid in Saccharomyces cerevisiae Mitochondria
2020, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2020.00965
PMID:32974306
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研究论文 | 研究通过代谢工程改造酵母细胞,实现生物基R-硫辛酸的生产 | 首次报道了在酵母细胞中生物合成自由R-硫辛酸的方法 | NA | 开发基于合成生物学的方法,实现可持续的R-硫辛酸生产 | 酵母细胞中的硫辛酸生物合成机制及蛋白质脂酰化过程 | 生物工程 | 癌症 | LC-MS/MS | NA | 蛋白质 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 78 | 2024-08-07 |
Genomics-enabled analysis of specialized metabolism in bioenergy crops: current progress and challenges
2020, Synthetic biology (Oxford, England)
DOI:10.1093/synbio/ysaa005
PMID:32995549
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综述 | 本文综述了利用基因组学技术分析生物能源作物中特殊代谢的当前进展与挑战 | 介绍了DNA合成和合成生物学工具在加速植物特殊代谢中基因、酶和途径功能发现方面的应用 | 由于许多植物对遗传方法的抗性和缺乏研究特殊代谢中多样酶类的'用户友好'生化工具,使用系统性数据解码基因和酶功能的效率仍然有限 | 旨在阐述在生物能源作物中应用DNA合成和合成生物学工具加速植物特殊代谢中基因、酶和途径功能发现的当前进展与挑战 | 以生物能源作物中的萜类代谢为例,探讨植物特殊代谢的研究 | 基因组学 | NA | 基因组学技术 | NA | 基因组数据 | 涉及多种生态和经济上重要的植物物种 | NA | NA | NA | NA |
| 79 | 2024-08-07 |
Novel Tunable Spatio-Temporal Patterns From a Simple Genetic Oscillator Circuit
2020, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2020.00893
PMID:33014996
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研究论文 | 研究了抑制子环振荡器与细胞生长约束之间的耦合,展示了机械约束如何生成细胞生长速率不均匀的特征模式,并开发了一个一维模型来预测基因表达的行波模式。 | 提出了一个简单的方法,通过蛋白质稀释将抑制子环振荡器与生长速率模式耦合,生成可预测的时空模式,并验证了这些模式的关键特征与蛋白质降解和基因表达速率之间的关系。 | NA | 探索简单的遗传电路如何在多细胞尺度上编码复杂的多细胞行为,并为合成生物学的设计-构建-测试-学习循环提供可测试的预测。 | 抑制子环合成遗传环振荡器与细胞生长约束的耦合机制及其对细胞生长速率不均匀模式的影响。 | 合成生物学 | NA | NA | 一维模型 | 细胞殖民模拟 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 80 | 2024-08-07 |
Efficient Selection Scheme for Incorporating Noncanonical Amino Acids Into Proteins in Saccharomyces cerevisiae
2020, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2020.569191
PMID:33042970
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研究论文 | 本研究开发了一种简化的选择方案,用于在酵母中高效地引入非经典氨基酸到蛋白质中 | 利用合成生物学中的逻辑门优化筛选程序,发现“与”门比“或”门更适合分离氨基酸tRNA合成酶,并成功证明了新选择方案的实用性和效率 | NA | 解决非经典氨基酸技术在蛋白质工程中应用的复杂选择方案问题 | 非经典氨基酸在蛋白质中的引入及其在酵母中的应用 | 蛋白质工程 | NA | 合成生物学逻辑门 | NA | NA | 几种新的OMeY-tRNA合成酶突变体在酵母和HEK293细胞中进行了测试 | NA | NA | NA | NA |