合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-08-07	A deep learning approach to programmable RNA switches 2020-10-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-18677-1 PMID:33028812	研究论文	本研究使用深度神经网络（DNN）预测合成生物学中的脚趾开关功能	DNN在核苷酸序列训练上表现优于以往的先进热力学和动力学模型，并能生成人类可理解的注意力可视化	NA	探索深度学习在RNA合成生物学中功能预测和洞察生成的能力	脚趾开关功能预测	机器学习	NA	深度神经网络（DNN）	DNN	核苷酸序列	91,534个脚趾开关，涵盖23种病毒基因组和906个人类转录因子
62	2024-08-07	Sequence-to-function deep learning frameworks for engineered riboregulators 2020-10-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-18676-2 PMID:33028819	研究论文	本文介绍了两种深度学习架构STORM和NuSpeak，用于优化和设计可编程核酸传感器——趾开关	提出了一种基于序列的趾开关优化和重新设计模型STORM和NuSpeak，通过计算机视觉和自然语言处理技术进行优化	NA	开发序列到功能的深度学习框架，用于趾开关的选择和设计	可编程核酸传感器——趾开关	机器学习	NA	深度学习	CNN	序列数据	NA
63	2024-08-07	A machine learning Automated Recommendation Tool for synthetic biology 2020-09-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-18008-4 PMID:32978379	研究论文	本文介绍了一种利用机器学习和概率建模技术指导合成生物学系统化发展的自动化推荐工具（ART）	ART工具无需对生物系统进行完全的机制理解，通过基于采样的优化方法提供推荐菌株及其生产水平的概率预测	讨论了该方法的局限性及底层假设失败时的实际后果	开发一种新的工具以加速合成生物学中的工程开发过程	合成生物学中的菌株推荐和生产水平预测	机器学习	NA	机器学习，概率建模	NA	模拟数据，实验数据	涉及多个代谢工程项目，包括生产可再生生物燃料、无啤酒花的啤酒、脂肪酸和色氨酸的项目
64	2024-08-07	Mechanism-Driven Metabolic Engineering for Bio-Based Production of Free R-Lipoic Acid in Saccharomyces cerevisiae Mitochondria 2020, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2020.00965 PMID:32974306	研究论文	研究通过代谢工程改造酵母细胞，实现生物基R-硫辛酸的生产	首次报道了在酵母细胞中生物合成自由R-硫辛酸的方法	NA	开发基于合成生物学的方法，实现可持续的R-硫辛酸生产	酵母细胞中的硫辛酸生物合成机制及蛋白质脂酰化过程	生物工程	癌症	LC-MS/MS	NA	蛋白质	NA
65	2024-08-07	Genomics-enabled analysis of specialized metabolism in bioenergy crops: current progress and challenges 2020, Synthetic biology (Oxford, England) DOI:10.1093/synbio/ysaa005 PMID:32995549	综述	本文综述了利用基因组学技术分析生物能源作物中特殊代谢的当前进展与挑战	介绍了DNA合成和合成生物学工具在加速植物特殊代谢中基因、酶和途径功能发现方面的应用	由于许多植物对遗传方法的抗性和缺乏研究特殊代谢中多样酶类的'用户友好'生化工具，使用系统性数据解码基因和酶功能的效率仍然有限	旨在阐述在生物能源作物中应用DNA合成和合成生物学工具加速植物特殊代谢中基因、酶和途径功能发现的当前进展与挑战	以生物能源作物中的萜类代谢为例，探讨植物特殊代谢的研究	基因组学	NA	基因组学技术	NA	基因组数据	涉及多种生态和经济上重要的植物物种
66	2024-08-07	Novel Tunable Spatio-Temporal Patterns From a Simple Genetic Oscillator Circuit 2020, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2020.00893 PMID:33014996	研究论文	研究了抑制子环振荡器与细胞生长约束之间的耦合，展示了机械约束如何生成细胞生长速率不均匀的特征模式，并开发了一个一维模型来预测基因表达的行波模式。	提出了一个简单的方法，通过蛋白质稀释将抑制子环振荡器与生长速率模式耦合，生成可预测的时空模式，并验证了这些模式的关键特征与蛋白质降解和基因表达速率之间的关系。	NA	探索简单的遗传电路如何在多细胞尺度上编码复杂的多细胞行为，并为合成生物学的设计-构建-测试-学习循环提供可测试的预测。	抑制子环合成遗传环振荡器与细胞生长约束的耦合机制及其对细胞生长速率不均匀模式的影响。	合成生物学	NA	NA	一维模型	细胞殖民模拟	NA
67	2024-08-07	Efficient Selection Scheme for Incorporating Noncanonical Amino Acids Into Proteins in Saccharomyces cerevisiae 2020, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2020.569191 PMID:33042970	研究论文	本研究开发了一种简化的选择方案，用于在酵母中高效地引入非经典氨基酸到蛋白质中	利用合成生物学中的逻辑门优化筛选程序，发现“与”门比“或”门更适合分离氨基酸tRNA合成酶，并成功证明了新选择方案的实用性和效率	NA	解决非经典氨基酸技术在蛋白质工程中应用的复杂选择方案问题	非经典氨基酸在蛋白质中的引入及其在酵母中的应用	蛋白质工程	NA	合成生物学逻辑门	NA	NA	几种新的OMeY-tRNA合成酶突变体在酵母和HEK293细胞中进行了测试
68	2024-08-07	Quantitative and Predictive Genetic Parts for Plant Synthetic Biology 2020, Frontiers in plant science IF:4.1Q1 DOI:10.3389/fpls.2020.512526 PMID:33123175	研究论文	本文描述了用于描述植物合成生物学中遗传组件定量特性的方法	提出了使用计算机选择最优组件以组装成功能设备的方法，如触发开关和正反馈电路	植物合成生物学仍处于早期阶段，植物细胞和组织的分化以及环境因素对遗传组件功能的影响带来了挑战	旨在生产可预测和可编程的遗传电路，以利用植物的自然能力并赋予其新用途	植物合成生物学中的遗传组件	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
69	2024-08-07	SEVA 3.1: enabling interoperability of DNA assembly among the SEVA, BioBricks and Type IIS restriction enzyme standards 2020-11, Microbial biotechnology IF:4.8Q1 DOI:10.1111/1751-7915.13609 PMID:32710525	研究论文	本文介绍了SEVA 3.1平台，该平台包括SEVA 3.1载体和基于Golden Gate的'SevaBrick Assembly'，旨在提高SEVA平台、BioBricks和Type IIs介导的DNA组装之间的互操作性。	SEVA 3.1平台通过提供广泛的克隆载体库和核心的标准SevaBrick引物，实现了多部分组装和短功能遗传元件的交换，减少了克隆和设计的工作量。	NA	优化插入物和载体的兼容性和模块化，以及提供一种成本和时间友好的DNA组装方法。	SEVA 3.1平台在合成生物学应用中的有效性，特别是在革兰氏阴性细菌中的应用。	合成生物学	NA	Golden Gate组装	NA	DNA序列	包括多个sfGFP表达载体和可诱导的四基因操纵子，所有构建体在Pseudomonas putida和Escherichia coli中进行了表征。
70	2024-08-07	Immune Literacy: Reading, Writing, and Editing Adaptive Immunity 2020-Sep-25, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2020.101519 PMID:32905040	综述	本文综述了利用系统生物学和合成生物学方法，通过免疫组库测序、免疫信息学和免疫基因组工程等先进技术，对适应性免疫中分子识别的定量和精确理解，以及这些技术在转化医学中重新编程免疫反应的应用。	本文展示了新颖且跨学科的方法，有望改变分子和细胞免疫疗法的设计和广度。	NA	探讨如何通过先进的生物技术方法重新编程免疫反应，以应用于转化医学。	适应性免疫系统中的分子识别和免疫反应。	NA	NA	免疫组库测序、免疫信息学、免疫基因组工程	NA	DNA序列	NA
71	2024-08-07	Engineered Niches to Analyze Mechanisms of Metastasis and Guide Precision Medicine 2020-09-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-20-0079 PMID:32409307	研究论文	本文探讨了通过工程化微环境来分析癌症转移机制并指导精准医疗的方法	提出了一种新兴的方法——工程化转移微环境，以解决转移性病变形成的随机性问题，并提供了一个可调节的平台技术来分子水平上解析转移性疾病机制	NA	旨在通过工程化微环境来分析癌症转移的机制，并推动精准医疗的发展	癌症转移的机制及如何通过工程化微环境指导精准医疗	生物工程	癌症	生物工程技术	工程化微环境	NA	NA
72	2024-08-07	Are synthetic biology standards applicable in everyday research practice? 2020-09, Microbial biotechnology IF:4.8Q1 DOI:10.1111/1751-7915.13612 PMID:32567248	评论	本文探讨了合成生物学中的标准化问题，特别是标准在日常研究实践中的适用性和实用性	NA	NA	旨在将标准适用性问题纳入标准化讨论议程，并为合成生物学研究人员提供日常实践中的见解	合成生物学中的标准化问题	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
73	2024-08-07	Challenges and advances in genome mining of ribosomally synthesized and post-translationally modified peptides (RiPPs) 2020-Sep, Synthetic and systems biotechnology IF:4.4Q1 DOI:10.1016/j.synbio.2020.06.002 PMID:32637669	综述	本文综述了利用生物信息学策略识别和优先处理编码RiPPs的生物合成基因簇（BGCs）的方法，以及基于基因组挖掘的新型RiPPs发现	文章展望了未来基于基因组指导的RiPPs发现，特别是从占主导地位但未培养的微生物中发现RiPPs，这将通过合成生物学和宏基因组挖掘策略的结合得到促进	NA	总结生物信息学策略以发现新的RiPPs，并展望未来基于基因组的RiPPs发现	RiPPs及其生物合成基因簇	合成生物学	NA	基因组挖掘	NA	基因组数据	NA
74	2024-08-07	Synthetic biology approaches towards the recycling of metals from the environment 2020-08-28, Biochemical Society transactions IF:3.8Q2 DOI:10.1042/BST20190837 PMID:32627824	review	本文综述了合成生物学在环境金属回收中的应用	合成生物学结合分子遗传学与传统工程原理，采用模块化和标准化实践，使得非模式生物和环境来源的遗传材料得以应用	合成生物学在环境金属回收的实际应用中尚有限	探讨合成生物学在金属回收中的潜在应用	环境中的金属污染和资源回收	NA	NA	合成生物学	NA	NA	NA
75	2024-08-07	Robotic DNA Nanostructures 2020-08-21, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.0c00235 PMID:32589832	综述	本文综述了DNA纳米技术在分子机器人领域的最新进展，包括其结构、力学特性及多种应用	介绍了DNA纳米结构在合成生物学中的应用，特别是其在智能任务特定分子机器人方面的潜力	NA	总结DNA纳米结构在分子机器人领域的最新进展及其应用	DNA纳米结构及其在分子机器人中的应用	纳米技术	NA	DNA纳米技术	NA	NA	NA
76	2024-08-07	Recent Advances in Liposome-Based Molecular Robots 2020-Aug-20, Micromachines IF:3.0Q2 DOI:10.3390/mi11090788 PMID:32825332	综述	本文综述了基于脂质体的分子机器人的最新进展	介绍了微流控技术、DNA纳米技术、合成生物学和分子工程在分子机器人各组成部分开发中的应用	未提及具体限制	探讨分子机器人的传感器、执行器和智能系统的最新发展及其在脂质体基分子机器人中的应用	脂质体基分子机器人的传感器、执行器和智能系统	NA	NA	微流控技术, DNA纳米技术, 合成生物学, 分子工程	NA	NA	NA
77	2024-08-07	Canthaxanthin, a Red-Hot Carotenoid: Applications, Synthesis, and Biosynthetic Evolution 2020-Aug-15, Plants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/plants9081039 PMID:32824217	综述	本文综述了角黄素作为一种高价值酮类胡萝卜素在代谢工程和合成生物学中的最新进展，以及其在化学合成和生物合成途径中的策略	讨论了角黄素的从头合成方法和基于蛋白质序列的系统发育分析，以及对类胡萝卜素生物合成途径的可能修改和可持续的成本效益高的酮类胡萝卜素生物合成平台	NA	探讨角黄素在人类营养品、化妆品和动物饲料行业的应用及其合成和生物合成进化	角黄素的性质、天然生产者、化学合成策略以及其在不同生物体中的功能性β-胡萝卜素酮酶	NA	NA	代谢工程、合成生物学	NA	蛋白质序列	NA
78	2024-08-07	Synthetic Virus-Derived Nanosystems (SVNs) for Delivery and Precision Docking of Large Multifunctional DNA Circuitry in Mammalian Cells 2020-Aug-11, Pharmaceutics IF:4.9Q1 DOI:10.3390/pharmaceutics12080759 PMID:32796680	研究论文	本文研究了利用合成病毒来源的纳米系统（SVNs）在哺乳动物细胞中精确对接和递送大型多功能DNA电路的技术	开发了一种新型的合成病毒来源的纳米系统（SVNs），能够安全、可定制且大规模生产，并结合CRISPR/Cas系统实现基因组中DNA的精确插入	NA	探索SVNs作为病毒载体替代品在基因组工程和基因治疗中的应用	哺乳动物细胞、组织或整个生物体	合成生物学	NA	CRISPR/Cas	NA	DNA	NA
79	2024-08-07	Perfusion Chamber for Observing a Liposome-Based Cell Model Prepared by a Water-in-Oil Emulsion Transfer Method 2020-Aug-11, ACS omega IF:3.7Q2 DOI:10.1021/acsomega.0c01371 PMID:32803036	研究论文	本文介绍了一种基于水包油乳液转移（WOET）方法制备的脂质体细胞模型的观察装置，通过微流控技术实现了对脂质体的高通量和高精度观察。	本文通过表面改性的聚二甲基硅氧烷（PDMS）微流控装置，集成了尺寸筛选和捕获模块，实现了对WOET方法制备的脂质体的直接观察。	NA	开发基于WOET方法制备的脂质体的合成方法，并探索其在超分子化学、软物质物理和合成生物学中的应用。	脂质体细胞模型，特别是WOET方法制备的脂质体。	微流控技术	NA	微流控技术	NA	脂质体	NA
80	2024-08-07	Targeted Cellular Micropharmacies: Cells Engineered for Localized Drug Delivery 2020-Aug-05, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers12082175 PMID:32764348	综述	本文综述了靶向细胞微药房（TCMs）这一新型活体药物的发展及其在癌症治疗中的应用前景	介绍了通过细胞介导的药物递送技术，利用工程化细胞如CAR T和TCR工程化T细胞，特异性地调节肿瘤微环境的新方法	NA	探讨细胞作为药物递送载体的创新应用	工程化细胞在局部药物递送中的应用	生物技术	癌症	细胞工程	NA	NA	NA