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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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81 | 2024-08-07 |
Coevolutionary Analysis Reveals a Conserved Dual Binding Interface between Extracytoplasmic Function σ Factors and Class I Anti-σ Factors
2020-Aug-04, mSystems
IF:5.0Q1
DOI:10.1128/mSystems.00310-20
PMID:32753504
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研究论文 | 本文通过计算分析研究了外细胞质功能σ因子(ECFs)与I类抗σ因子(ASDIs)之间的共同结合界面,揭示了这两种蛋白质家族的协同进化机制。 | 发现了ECFs与ASDIs之间两个保守的结合界面,并提出双重抑制机制可能是其他ECF抗σ因子的普遍特征。 | NA | 研究ECFs与I类抗σ因子之间的相互作用及其协同进化机制。 | 外细胞质功能σ因子(ECFs)与I类抗σ因子(ASDIs)。 | 生物信息学 | NA | 计算分析 | NA | 蛋白质结构 | NA |
82 | 2024-08-07 |
Synthetic biology approaches to dissecting linear motor protein function: towards the design and synthesis of artificial autonomous protein walkers
2020-Aug, Biophysical reviews
IF:4.9Q1
DOI:10.1007/s12551-020-00717-1
PMID:32651904
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综述 | 本文综述了合成生物学方法在解析线性马达蛋白功能方面的进展,并提出构建首个人工自主运行蛋白马达的路线图 | 提出了一种从底层构建合成蛋白马达的互补方法,并详细阐述了实现这一目标的具体步骤 | 目前尚未实现设计和构建功能性合成蛋白马达的最终目标 | 旨在设计和合成人工自主蛋白马达 | 线性马达蛋白的功能和机制 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
83 | 2024-08-07 |
Synthetic Glycobiology: Parts, Systems, and Applications
2020-07-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.0c00210
PMID:32526139
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review | 本文概述了合成糖生物学这一新兴领域,探讨了如何利用合成生物学工具和设计原则来更好地理解和工程化糖基化过程。 | 文章介绍了如何利用合成生物学的生物合成和分析工具重新设计糖基化系统,以获得在蛋白质上定义的糖基化结构,应用于医学、材料和诊断等多个领域。 | NA | 旨在更好地理解和工程化糖基化过程,以解决糖科学中的重要问题。 | 糖基化系统及其在蛋白质上的应用。 | 合成生物学 | NA | 合成生物学工具 | NA | NA | NA |
84 | 2024-08-07 |
Building biosecurity for synthetic biology
2020-07, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.20209723
PMID:32692486
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评论 | 本文讨论了合成生物学领域快速发展对全球生物安全框架的影响,并提出了加强生物安全的三种策略 | 提出了将安全视为技术未来应用的投资、早期引入社会科学家和政策制定者参与技术开发和预测、以及全球利益相关者之间的协调等创新策略 | NA | 探讨合成生物学对现有生物安全措施的挑战,并提出改进策略 | 合成生物学领域的生物安全问题 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
85 | 2024-08-07 |
Holistic engineering of cell-free systems through proteome-reprogramming synthetic circuits
2020-06-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-16900-7
PMID:32561745
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研究论文 | 本文通过合成生物学概念,利用细胞代谢网络间的交叉对话,设计局部模块表达翻译机器,重编程细菌蛋白质组,从而优化细胞外系统的蛋白质合成功能 | 提出了一种整体合成生物学方法,通过重编程宿主蛋白质组来增强合成模块的功能,实现了比传统细胞外系统更高的表达水平 | NA | 探索通过合成生物学方法优化细胞外系统的蛋白质合成功能 | 细胞外系统中的蛋白质合成 | 合成生物学 | NA | 合成生物学模块设计 | NA | 蛋白质表达水平 | 超过700种蛋白质的表达水平被改变 |
86 | 2024-08-07 |
Engineering Strategies to Enhance TCR-Based Adoptive T Cell Therapy
2020-06-18, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells9061485
PMID:32570906
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review | 本文总结了基于T细胞受体(TCR)的过继T细胞疗法(ACT)的基础、转化和临床研究成果,探讨了其面临的挑战与机遇 | 讨论了合成生物学和创新工程策略如何克服当前限制,如功能亲和力、MHC限制和肿瘤微环境问题,并强调了精准基因编辑对下一代TCR-转基因T细胞疗法的影响 | NA | 探讨如何通过工程策略增强基于TCR的过继T细胞疗法 | 基于TCR的过继T细胞疗法及其在癌症治疗中的应用 | NA | cancer | NA | NA | NA | NA |
87 | 2024-08-07 |
Development of Artificial Cell Models Using Microfluidic Technology and Synthetic Biology
2020-May-30, Micromachines
IF:3.0Q2
DOI:10.3390/mi11060559
PMID:32486297
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综述 | 本文综述了利用微流控技术和合成生物学开发基于巨大脂质囊泡的人工细胞模型的进展 | 结合微流控技术和合成生物学,开发了具有复杂反应的定义良好的人工细胞模型 | NA | 探讨巨大脂质囊泡作为模型细胞膜在生物物理和生物化学特性研究中的应用 | 巨大脂质囊泡及其在人工细胞模型中的应用 | 合成生物学 | NA | 微流控技术 | NA | NA | NA |
88 | 2024-08-07 |
Controlling the Implementation of Transgenic Microbes: Are We Ready for What Synthetic Biology Has to Offer?
2020-05-21, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2020.03.034
PMID:32442504
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研究论文 | 本文深入总结了迄今为止发表的微生物生物遏制系统,包括通过基因组重编码产生的遗传防火墙和使用营养缺陷型、必需基因调控和毒性基因表达的微生物物理遏制。 | 介绍了通过基因组重编码和物理遏制方法来控制转基因微生物的传播和生存的新技术。 | 文章未明确指出具体的局限性,但可能包括技术实施的复杂性和成本问题。 | 探讨如何安全地实施转基因微生物,并确保其不会对环境造成不良影响。 | 转基因微生物及其生物遏制系统。 | 合成生物学 | NA | 基因组重编码,必需基因调控,毒性基因表达 | NA | NA | NA |
89 | 2024-08-07 |
Using heparin molecules to manage COVID-2019
2020-May, Research and practice in thrombosis and haemostasis
IF:3.4Q1
DOI:10.1002/rth2.12353
PMID:32542212
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research paper | 本文探讨了使用低分子量肝素分子管理COVID-2019的可能性及其机制 | 提出了一种使用合成生物学方法制造的“设计型”肝素分子来治疗或预防SARS-CoV-2感染的新策略 | NA | 探讨肝素如何减轻SARS-CoV-2感染的过程,并提出新的治疗策略 | COVID-19患者及SARS-CoV-2感染 | NA | COVID-19 | 合成生物学 | NA | NA | NA |
90 | 2024-08-07 |
A Biosynthetic Platform for Antimalarial Drug Discovery
2020-04-21, Antimicrobial agents and chemotherapy
IF:4.1Q1
DOI:10.1128/AAC.02129-19
PMID:32152076
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研究论文 | 本文探讨了利用细菌合成生物学平台生产紫色素violacein作为抗疟药物的可能性,并研究了其对疟原虫的作用机制 | 首次展示了细菌合成生物学平台在抗疟药物发现中的应用潜力,并揭示了violacein影响疟原虫肌动蛋白细胞骨架的新机制 | 需要进一步开发violacein及其衍生物作为有效的抗疟药物 | 探索细菌合成生物学平台在抗疟药物发现中的应用 | 紫色素violacein及其衍生物对疟原虫的抗寄生虫活性 | 合成生物学 | 疟疾 | NA | NA | NA | 包括3D7实验室参考株及药物敏感和耐药的患者分离株 |
91 | 2024-08-07 |
Discovery and identification of medium-chain fatty acid responsive promoters in Saccharomyces cerevisiae
2020-Apr, Engineering in life sciences
IF:3.9Q2
DOI:10.1002/elsc.201900093
PMID:32874182
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研究论文 | 本研究通过转录组分析和荧光筛选方法,在酵母中发现了对中链脂肪酸响应的启动子 | 本研究首次在酵母中鉴定出对中链脂肪酸响应的启动子,这些启动子能够根据脂肪酸浓度动态调节基因表达 | NA | 提高中链脂肪酸及其衍生物的生产效率 | 中链脂肪酸响应的启动子 | NA | NA | 转录组分析 | NA | 基因表达数据 | 58个候选基因 |
92 | 2024-08-07 |
Design of Protein Logic Gate System Operating on Lipid Membranes
2020-02-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.9b00340
PMID:31995709
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研究论文 | 本文展示了在脂质膜上构建的双层蛋白质-膜逻辑门系统,具有OR-AND逻辑功能 | 开发了一种新颖的蛋白质逻辑门系统,该系统基于脂质膜上的工程化pH依赖性孔形成蛋白和DARPin基抑制剂 | NA | 探索脂质膜在合成生物学中的应用,特别是在传感器和执行器平台上的应用 | 脂质膜上的蛋白质逻辑门系统 | 合成生物学 | NA | 工程化蛋白质设计 | 蛋白质逻辑门 | NA | NA |
93 | 2024-08-07 |
Design of a Transcriptional Biosensor for the Portable, On-Demand Detection of Cyanuric Acid
2020-01-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.9b00348
PMID:31825601
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研究论文 | 本文设计了一种用于快速检测氰尿酸(CYA)的便携式转录生物传感器 | 通过合理设计混合启动子,克服了LTTR在不同宿主间的移植挑战,并将其应用于全细胞生物传感器和冻干的无细胞系统中 | NA | 开发一种便携式、按需检测氰尿酸的转录生物传感器 | 氰尿酸(CYA) | 合成生物学 | NA | 转录调控 | LTTR | NA | 实验室和真实世界样本 |
94 | 2024-08-07 |
Resources to Discover and Use Short Linear Motifs in Viral Proteins
2020-01, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2019.07.004
PMID:31427097
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研究论文 | 本文探讨了病毒蛋白中短线性基序(SLiMs)的发现和应用,这些基序通过分子模拟逃避宿主免疫功能 | 本文介绍了SLiMs在合成生物学中的潜在应用,如更好的免疫原和疗法,并指出了其可能带来的生物安全挑战 | NA | 研究病毒蛋白中短线性基序的发现和应用 | 病毒蛋白中的短线性基序(SLiMs) | 生物信息学 | NA | NA | NA | 蛋白质序列 | NA |
95 | 2024-08-07 |
Establishing a Eukaryotic Pichia pastoris Cell-Free Protein Synthesis System
2020, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2020.00536
PMID:32626695
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研究论文 | 本文开发并优化了一种源自蛋白酶缺陷型SMD1163株的酵母无细胞蛋白合成系统 | 开发了一种新的酵母无细胞蛋白合成系统,适用于合成生物学应用和高产量的复杂蛋白生产 | NA | 扩展当前的无细胞蛋白合成系统,开发新的源自真核生物的无细胞蛋白合成系统 | 酵母无细胞蛋白合成系统及其在合成生物学和高产量复杂蛋白生产中的应用 | 合成生物学 | NA | 无细胞蛋白合成 | NA | 蛋白质 | 50.16 ± 7.49 μg/ml的sfGFP在5小时批次反应中 |
96 | 2024-08-07 |
Toward Engineering Biosystems With Emergent Collective Functions
2020, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2020.00705
PMID:32671054
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研究论文 | 本文探讨了如何利用多智能体建模作为合成生物学中的设计框架,以克服工程涌现集体功能面临的挑战 | 提出使用多智能体建模来捕捉复杂多尺度系统的核心特征,并提供对指导跨尺度涌现功能的基础机制的新见解 | NA | 探索如何通过多智能体建模在合成生物学中实现具有涌现集体功能的生物系统 | 复杂生物系统中的涌现集体功能 | 合成生物学 | NA | 多智能体建模 | 多智能体模型 | NA | NA |
97 | 2024-08-07 |
Synthetic Biology and Metabolic Engineering Employing Escherichia coli for C2-C6 Bioalcohol Production
2020, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2020.00710
PMID:32719784
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综述 | 本文综述了利用大肠杆菌进行C2-C6生物酒精生产的合成生物学和代谢工程研究进展 | 探讨了生物酒精作为替代化石燃料的潜力,特别是在减少温室气体排放方面的优势 | 分析了当前提高工业应用生产率的挑战 | 旨在增强生物酒精的生产,支持更环保的能源过程 | 利用大肠杆菌进行C2-C6生物酒精的生产 | 代谢工程 | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA |
98 | 2024-08-07 |
Riboflow: Using Deep Learning to Classify Riboswitches With ∼99% Accuracy
2020, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2020.00808
PMID:32760712
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研究论文 | 本文使用深度学习框架,特别是卷积神经网络(CNN)和双向循环神经网络(RNN)与长短期记忆(LSTM),对32种配体类别的综合数据集进行分类,以高精度识别核糖开关的配体特异性 | 本文提出的双向LSTM RNN模型在识别核糖开关配体特异性方面表现出>0.99的准确率和0.96的宏平均F分数,且不需要预先的特征工程,模型具有动态更新功能以适应新发现的核糖开关 | NA | 解决核糖开关特性识别的计算难题,并推动合成生物学中遗传回路设计的精确翻译控制 | 核糖开关及其配体特异性 | 机器学习 | NA | 深度学习 | CNN, LSTM | 数据集 | 32种配体类别 |
99 | 2024-08-07 |
Cell-Free Systems: A Proving Ground for Rational Biodesign
2020, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2020.00788
PMID:32793570
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观点 | 本文探讨了无细胞基因表达系统在合成生物学中的应用,并提出这些系统是测试理性生物设计策略的理想平台 | 无细胞基因表达系统利用非活体生物化学反应来控制生物基因表达,其开放性质使得所有组件可直接访问,便于模型构建和验证 | 这些系统存在反应寿命有限和缺乏稳态等独特困难 | 提出无细胞系统是测试理性生物设计策略的理想平台,并期望从这一方法中获得的进展有助于更可靠和系统地工程化无细胞及活细胞系统 | 无细胞基因表达系统及其在合成生物学中的应用 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
100 | 2024-08-07 |
Are Antisense Proteins in Prokaryotes Functional?
2020, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2020.00187
PMID:32923454
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研究论文 | 本文探讨了原核生物中反义蛋白的功能性问题 | 研究揭示了大量新发现的蛋白质对生物体有用,并提出了这些蛋白质应被添加到基因组注释中,以及预测它们的方法应标准化 | 确定这些蛋白质产品的功能部分仍需进一步研究,包括分子相互作用的研究和详细的进化分析 | 旨在揭示大量新型蛋白质,这些蛋白质具有极其多样化的潜在实际应用 | 原核生物中的反义蛋白 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |