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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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121 | 2024-08-07 |
Microfluidic techniques for separation of bacterial cells via taxis
2020-Jan-15, Microbial cell (Graz, Austria)
DOI:10.15698/mic2020.03.710
PMID:32161767
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研究论文 | 本文探讨了利用微流控技术通过趋化作用分离细菌细胞的方法 | 改进了微流控技术,实现了基于微小运动特性差异的细胞精细分离 | NA | 研究微生物运动性,并探索其在合成生物学、定向进化和应用医学微生物学中的应用 | 细菌细胞的分离 | NA | NA | 微流控技术 | NA | NA | NA |
122 | 2024-08-07 |
SEVA 3.0: an update of the Standard European Vector Architecture for enabling portability of genetic constructs among diverse bacterial hosts
2020-01-08, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkz1024
PMID:31740968
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研究论文 | 本文介绍了标准欧洲载体架构3.0数据库(SEVA-DB 3.0)的更新,该数据库是一个网络资源和遗传工具(主要是质粒)的物质存储库,用于分析、构建和部署复杂的细菌表型 | 更新包括更用户友好的网络界面、更多的质粒载体以及与先进生物信息学工具的新链接,提供直观的构建可视化和一系列以前不可能的DNA片段虚拟操作 | NA | 扩展合成生物学方法,使其适用于非标准细菌物种以及为一系列基础和生物技术努力编程新的原核底盘 | 细菌遗传工具和数据库 | 合成生物学 | NA | 生物信息学工具 | NA | 遗传工具(质粒) | NA |
123 | 2024-08-07 |
Bottom-Up Construction of Complex Biomolecular Systems With Cell-Free Synthetic Biology
2020, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2020.00213
PMID:32266240
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综述 | 本文综述了无细胞系统在工程生物学中的历史和最新进展,特别是在重组系统和粗提物系统中的发展,以及促进无细胞蛋白质合成反应通量、分区和空间控制的技术突破 | 通过掌握无细胞平台的控制,可以逐步构建更复杂的生物分子系统,并以自下而上的方式接近自然生物复杂性 | NA | 探讨无细胞系统在工程生物学中的应用及其技术进展 | 无细胞系统及其在蛋白质合成反应中的应用 | 合成生物学 | NA | 无细胞蛋白质合成 | NA | NA | NA |
124 | 2024-08-07 |
Editorial: Systems Biology and Synthetic Biology in Relation to Drought Tolerance or Avoidance in Plants
2020, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2020.00394
PMID:32328077
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
125 | 2024-08-07 |
Synthetic Biology Tools for Genome and Transcriptome Engineering of Solventogenic Clostridium
2020, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2020.00282
PMID:32363182
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综述 | 本文综述了用于溶剂产生梭菌基因组和转录组工程的合成生物学工具的最新进展 | 介绍了利用移动组II内含子、等位基因交换和CRISPR/Cas9等基因组工程工具,以及非翻译区(UTR)工程和合成sRNA技术等转录组工程工具 | NA | 探讨如何利用这些技术促进梭菌的代谢工程,开发具有所需功能特性的改良菌株,从而实现经济上可行的丁醇生产过程 | 溶剂产生梭菌的基因组和转录组工程 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas9, 移动组II内含子, 等位基因交换, UTR工程, 合成sRNA技术 | NA | 基因组, 转录组 | NA |
126 | 2024-08-07 |
Modular engineering for microbial production of carotenoids
2020-Jun, Metabolic engineering communications
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.mec.2019.e00118
PMID:31908924
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综述 | 本文综述了利用微生物生产类胡萝卜素的研究进展,并将类胡萝卜素生物合成模块划分为四个代谢模块 | 提出了将类胡萝卜素生物合成过程划分为四个代谢模块的创新方法,以优化碳通量和辅因子补充 | NA | 探讨微生物工程原理,以实现类胡萝卜素的高效生产 | 类胡萝卜素的生产及其在各行业的应用 | 代谢工程 | NA | 代谢工程和合成生物学 | NA | NA | NA |
127 | 2024-08-07 |
Biofilm architecture: An emerging synthetic biology target
2020-Mar, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2020.01.001
PMID:31956705
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综述 | 本文综述了合成生物学家如何利用生物膜作为一种有效的机制来生产各种输出,并探讨了通过优化生物膜结构来进一步提高现有生物膜生产系统效率的可能性 | NA | NA | 旨在探讨如何通过优化生物膜结构来进一步提高现有生物膜生产系统的效率 | 生物膜及其在合成生物学中的应用 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
128 | 2024-08-07 |
Microbial response to acid stress: mechanisms and applications
2020-Jan, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-019-10226-1
PMID:31773206
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综述 | 本文综述了微生物对酸胁迫的响应机制及其在工业中的应用 | 结合系统和合成生物学技术,为微生物酸耐受机制的工业应用提供了新的广阔前景 | NA | 探讨微生物酸耐受机制及其在工业中的应用 | 微生物的酸耐受机制 | NA | NA | 系统和合成生物学技术 | NA | NA | NA |
129 | 2024-08-07 |
Pick-ya actin - a method to purify actin isoforms with bespoke key post-translational modifications
2020-01-30, Journal of cell science
IF:3.3Q3
DOI:10.1242/jcs.241406
PMID:31964701
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Pick-ya actin的方法,用于表达具有特定关键翻译后修饰(PTM)模式的任何真核生物的肌动蛋白异构体 | 该方法通过合成生物学策略,在酵母菌株中表达具有所需N端通过泛素融合的肌动蛋白异构体,并表达促进乙酰化和甲基化的哺乳动物酶,从而实现了对肌动蛋白异构体的精确控制 | NA | 开发一种方法,能够表达具有特定翻译后修饰模式的肌动蛋白异构体,以促进对肌动蛋白细胞骨架及其翻译后修饰的生物化学、结构和生理学研究 | 肌动蛋白异构体及其翻译后修饰 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA |
130 | 2024-08-07 |
A Theophylline-Responsive Riboswitch Regulates Expression of Nuclear-Encoded Genes
2020-01, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1104/pp.19.00625
PMID:31704721
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研究论文 | 本文研究了一种茶碱响应的合成适体酶,用于调控拟南芥中核编码基因的表达 | 首次探索了在植物中使用合成适体酶调控核编码基因表达的应用 | NA | 研究合成适体酶在植物中调控核编码基因表达的特性和效果 | 茶碱响应的合成适体酶及其在拟南芥中的应用 | 合成生物学 | NA | 合成适体酶 | NA | RNA | 拟南芥 |
131 | 2024-08-07 |
CRISPR Screens in Plants: Approaches, Guidelines, and Future Prospects
2020-Aug-25, The Plant cell
DOI:10.1105/tpc.20.00463
PMID:32843437
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研究论文 | 本文讨论了在植物中建立CRISPR筛选的一般概念、工具和流程,并分析了近期使用该策略生成突变体敲除集合或多样化DNA序列的报告 | 本文探讨了CRISPR筛选在植物中的独特多重能力,以研究高度重复的植物基因组中的冗余基因功能,并讨论了如何设计CRISPR敲除筛选以应对当前的挑战和限制 | CRISPR筛选在植物中的应用仍处于初级阶段 | 探讨CRISPR筛选在植物中的应用,以分析植物基因组并推进植物功能和合成生物学 | 植物基因组和基因调控网络 | 基因工程 | NA | CRISPR-Cas系统 | NA | 基因组数据 | NA |
132 | 2024-08-07 |
Budding yeast as a factory to engineer partial and complete microbial genomes
2020-Dec, Current opinion in systems biology
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.coisb.2020.09.003
PMID:33015421
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研究论文 | 本文探讨了利用酵母细胞作为宿主来工程化微生物基因组的新进展 | 开发了新的合成生物学途径,使得能够高效地工程化微生物基因组并产生修改后的细菌/病毒 | 克隆大于两百万碱基对的DNA分子复杂,细菌基因组难以恢复,且这些技术的双重用途需要仔细考虑 | 研究利用酵母细胞作为工厂来工程化微生物基因组的方法 | 酵母细胞和微生物基因组 | 合成生物学 | NA | 基因组编辑 | NA | DNA | NA |
133 | 2024-08-07 |
Multiplexing cell-cell communication
2020-07, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.20209618
PMID:32672881
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研究论文 | 本文开发了一种基于CRISPRi的遗传编码通道选择器设备,使单个通信系统能够传输两个独立的细胞间对话 | 设计了多路复用器和解多路复用器子电路,由12个基于CRISPRi的转录逻辑门、一个酰基高丝氨酸内酯基通信模块和三个可诱导启动子组成,实现了对细胞间通信的精细控制 | NA | 开发用于合成生物学的高级多细胞行为的细胞间通信系统 | 细胞间通信系统的遗传工程 | 合成生物学 | NA | CRISPRi | 转录逻辑门 | NA | NA |
134 | 2024-08-07 |
Dynamic Cell Programming with Quorum Sensing-Controlled CRISPRi Circuit
2020-06-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.0c00148
PMID:32485106
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research paper | 本文构建了一系列基于群体感应控制的CRISPRi系统(Q-CRISPRi),用于动态编程细菌,无需引入细胞裂解 | Q-CRISPRi系统能够在不依赖基因编辑或细胞裂解的情况下动态编程细菌,具有广泛的应用潜力 | 现有的动态电路大多依赖基因编辑或细胞裂解,限制了其广泛和便捷的应用 | 开发一种新型的动态电路,用于调控细胞资源和微生物群落行为 | 细菌的基因表达、种群密度、表型、物理性质和群落组成 | synthetic biology | NA | CRISPRi | NA | NA | NA |
135 | 2024-08-07 |
Third Generation Whole-Cell Sensing Systems: Synthetic Biology Inside, Nanomaterial Outside
2020-Oct-23, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2020.10.002
PMID:34756379
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研究论文 | 本文探讨了第三代全细胞传感系统,结合合成生物学和纳米材料以提高其特异性、稳定性和环境适应性 | 利用合成生物学进行智能设计和组装元素、模块及遗传电路,同时纳米材料提供稳定保护和远程控制能力 | NA | 推动全细胞传感系统的工业化应用 | 全细胞传感系统的改进和应用 | 合成生物学 | NA | 合成生物学,纳米材料 | NA | NA | NA |
136 | 2024-08-07 |
FlopR: An Open Source Software Package for Calibration and Normalization of Plate Reader and Flow Cytometry Data
2020-09-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.0c00296
PMID:32854500
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研究论文 | 本文介绍了一个名为FlopR的开源软件包,用于校准和标准化酶标仪和流式细胞仪数据的荧光测量 | 将现有方法整合并改进为单一软件工具,提高了数据的可互操作性 | NA | 开发和传播用于定量测量和数据分析的实用工具,以改善合成生物学社区的互操作性 | 酶标仪和流式细胞仪的荧光测量数据 | 合成生物学 | NA | 荧光测量 | NA | 荧光数据 | 使用绿色荧光蛋白(GFP)表达的一组常用组成型启动子进行验证 |
137 | 2024-08-07 |
Tunable self-cleaving ribozymes for modulating gene expression in eukaryotic systems
2020, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0232046
PMID:32352996
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research paper | 本文通过结合自切割核酶与各种上游竞争序列,设计了一套基因调控工具,用于调节真核系统中的基因表达 | 开发了一套新的基因调控工具,通过调整自切割核酶与上游竞争序列的位置和类型,实现了对基因表达的精细调控 | NA | 开发适用于真核系统的基因表达调控工具 | 哺乳动物细胞和果蝇胚胎中的绿色荧光蛋白(GFP)表达 | 合成生物学 | NA | 自切割核酶 | NA | 基因表达数据 | 哺乳动物细胞和果蝇胚胎 |
138 | 2024-08-07 |
Optimizing Rhizobium-legume symbioses by simultaneous measurement of rhizobial competitiveness and N2 fixation in nodules
2020-May-05, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1921225117
PMID:32317381
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研究论文 | 本文通过合成生物学方法开发了报告质粒,实现了在单个根瘤中同时高通量测量根瘤菌竞争力和氮固定效率 | 利用绿色荧光蛋白(GFP)和下一代测序(NGS)技术,实现了对根瘤菌竞争力和氮固定效率的同时高通量测量 | NA | 优化根瘤菌-豆科植物共生关系,提高农业产量 | 根瘤菌的竞争力和氮固定效率 | NA | NA | 下一代测序(NGS) | NA | NA | 在农业土壤中同时监测了84种不同的根瘤菌株 |
139 | 2024-08-07 |
Current understanding of the cyanobacterial CRISPR-Cas systems and development of the synthetic CRISPR-Cas systems for cyanobacteria
2020-Oct, Enzyme and microbial technology
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.enzmictec.2020.109619
PMID:32912679
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研究论文 | 本文描述了自然和合成CRISPR-Cas系统在蓝细菌中的应用,旨在理解蓝细菌基因组和进行代谢工程应用 | 成功建立了CRISPR-Cas9和-Cas12a在蓝细菌中的应用,无需选择标记即可删除目标基因,并使用失活的Cas9和Cas12a抑制基因进行代谢工程 | NA | 探索CRISPR-Cas系统在蓝细菌中的应用,以促进生物CO利用和代谢工程 | 蓝细菌的自然和合成CRISPR-Cas系统 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas系统 | CRISPR-Cas9, CRISPR-Cas12a | 基因组 | NA |
140 | 2024-08-07 |
Construction of wild-type Yarrowia lipolytica IMUFRJ 50682 auxotrophic mutants using dual CRISPR/Cas9 strategy for novel biotechnological approaches
2020-Oct, Enzyme and microbial technology
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.enzmictec.2020.109621
PMID:32912681
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研究论文 | 本研究利用双CRISPR/Cas9策略构建了Yarrowia lipolytica IMUFRJ 50682的不可逆营养缺陷突变体,并验证了其在β-胡萝卜素合成中的应用潜力 | 首次使用双切割CRISPR/Cas9系统在基因组信息不可用的野生型Yarrowia lipolytica IMUFRJ 50682中构建不可逆营养缺陷突变体 | 突变体的干扰效率范围为5%至28%,仍有提升空间 | 通过合成生物学方法改进Yarrowia lipolytica IMUFRJ 50682在生物转化过程中的应用 | Yarrowia lipolytica IMUFRJ 50682的不可逆营养缺陷突变体及其在β-胡萝卜素合成中的应用 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas9 | NA | 基因组 | 多个突变体和对照组 |