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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2024-08-07 |
Microbial response to acid stress: mechanisms and applications
2020-Jan, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-019-10226-1
PMID:31773206
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综述 | 本文综述了微生物对酸胁迫的响应机制及其在工业中的应用 | 结合系统和合成生物学技术,为微生物酸耐受机制的工业应用提供了新的广阔前景 | NA | 探讨微生物酸耐受机制及其在工业中的应用 | 微生物的酸耐受机制 | NA | NA | 系统和合成生物学技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 142 | 2024-08-07 |
Pick-ya actin - a method to purify actin isoforms with bespoke key post-translational modifications
2020-01-30, Journal of cell science
IF:3.3Q3
DOI:10.1242/jcs.241406
PMID:31964701
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Pick-ya actin的方法,用于表达具有特定关键翻译后修饰(PTM)模式的任何真核生物的肌动蛋白异构体 | 该方法通过合成生物学策略,在酵母菌株中表达具有所需N端通过泛素融合的肌动蛋白异构体,并表达促进乙酰化和甲基化的哺乳动物酶,从而实现了对肌动蛋白异构体的精确控制 | NA | 开发一种方法,能够表达具有特定翻译后修饰模式的肌动蛋白异构体,以促进对肌动蛋白细胞骨架及其翻译后修饰的生物化学、结构和生理学研究 | 肌动蛋白异构体及其翻译后修饰 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 143 | 2024-08-07 |
A Theophylline-Responsive Riboswitch Regulates Expression of Nuclear-Encoded Genes
2020-01, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1104/pp.19.00625
PMID:31704721
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研究论文 | 本文研究了一种茶碱响应的合成适体酶,用于调控拟南芥中核编码基因的表达 | 首次探索了在植物中使用合成适体酶调控核编码基因表达的应用 | NA | 研究合成适体酶在植物中调控核编码基因表达的特性和效果 | 茶碱响应的合成适体酶及其在拟南芥中的应用 | 合成生物学 | NA | 合成适体酶 | NA | RNA | 拟南芥 | NA | NA | NA | NA |
| 144 | 2024-08-07 |
CRISPR Screens in Plants: Approaches, Guidelines, and Future Prospects
2020-Aug-25, The Plant cell
DOI:10.1105/tpc.20.00463
PMID:32843437
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研究论文 | 本文讨论了在植物中建立CRISPR筛选的一般概念、工具和流程,并分析了近期使用该策略生成突变体敲除集合或多样化DNA序列的报告 | 本文探讨了CRISPR筛选在植物中的独特多重能力,以研究高度重复的植物基因组中的冗余基因功能,并讨论了如何设计CRISPR敲除筛选以应对当前的挑战和限制 | CRISPR筛选在植物中的应用仍处于初级阶段 | 探讨CRISPR筛选在植物中的应用,以分析植物基因组并推进植物功能和合成生物学 | 植物基因组和基因调控网络 | 基因工程 | NA | CRISPR-Cas系统 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 145 | 2024-08-07 |
Multiplexing cell-cell communication
2020-07, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.20209618
PMID:32672881
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研究论文 | 本文开发了一种基于CRISPRi的遗传编码通道选择器设备,使单个通信系统能够传输两个独立的细胞间对话 | 设计了多路复用器和解多路复用器子电路,由12个基于CRISPRi的转录逻辑门、一个酰基高丝氨酸内酯基通信模块和三个可诱导启动子组成,实现了对细胞间通信的精细控制 | NA | 开发用于合成生物学的高级多细胞行为的细胞间通信系统 | 细胞间通信系统的遗传工程 | 合成生物学 | NA | CRISPRi | 转录逻辑门 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 146 | 2024-08-07 |
Dynamic Cell Programming with Quorum Sensing-Controlled CRISPRi Circuit
2020-06-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.0c00148
PMID:32485106
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research paper | 本文构建了一系列基于群体感应控制的CRISPRi系统(Q-CRISPRi),用于动态编程细菌,无需引入细胞裂解 | Q-CRISPRi系统能够在不依赖基因编辑或细胞裂解的情况下动态编程细菌,具有广泛的应用潜力 | 现有的动态电路大多依赖基因编辑或细胞裂解,限制了其广泛和便捷的应用 | 开发一种新型的动态电路,用于调控细胞资源和微生物群落行为 | 细菌的基因表达、种群密度、表型、物理性质和群落组成 | synthetic biology | NA | CRISPRi | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 147 | 2024-08-07 |
Third Generation Whole-Cell Sensing Systems: Synthetic Biology Inside, Nanomaterial Outside
2020-Oct-23, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2020.10.002
PMID:34756379
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研究论文 | 本文探讨了第三代全细胞传感系统,结合合成生物学和纳米材料以提高其特异性、稳定性和环境适应性 | 利用合成生物学进行智能设计和组装元素、模块及遗传电路,同时纳米材料提供稳定保护和远程控制能力 | NA | 推动全细胞传感系统的工业化应用 | 全细胞传感系统的改进和应用 | 合成生物学 | NA | 合成生物学,纳米材料 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 148 | 2024-08-07 |
FlopR: An Open Source Software Package for Calibration and Normalization of Plate Reader and Flow Cytometry Data
2020-09-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.0c00296
PMID:32854500
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研究论文 | 本文介绍了一个名为FlopR的开源软件包,用于校准和标准化酶标仪和流式细胞仪数据的荧光测量 | 将现有方法整合并改进为单一软件工具,提高了数据的可互操作性 | NA | 开发和传播用于定量测量和数据分析的实用工具,以改善合成生物学社区的互操作性 | 酶标仪和流式细胞仪的荧光测量数据 | 合成生物学 | NA | 荧光测量 | NA | 荧光数据 | 使用绿色荧光蛋白(GFP)表达的一组常用组成型启动子进行验证 | NA | NA | NA | NA |
| 149 | 2024-08-07 |
Tunable self-cleaving ribozymes for modulating gene expression in eukaryotic systems
2020, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0232046
PMID:32352996
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research paper | 本文通过结合自切割核酶与各种上游竞争序列,设计了一套基因调控工具,用于调节真核系统中的基因表达 | 开发了一套新的基因调控工具,通过调整自切割核酶与上游竞争序列的位置和类型,实现了对基因表达的精细调控 | NA | 开发适用于真核系统的基因表达调控工具 | 哺乳动物细胞和果蝇胚胎中的绿色荧光蛋白(GFP)表达 | 合成生物学 | NA | 自切割核酶 | NA | 基因表达数据 | 哺乳动物细胞和果蝇胚胎 | NA | NA | NA | NA |
| 150 | 2024-08-07 |
Optimizing Rhizobium-legume symbioses by simultaneous measurement of rhizobial competitiveness and N2 fixation in nodules
2020-May-05, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1921225117
PMID:32317381
|
研究论文 | 本文通过合成生物学方法开发了报告质粒,实现了在单个根瘤中同时高通量测量根瘤菌竞争力和氮固定效率 | 利用绿色荧光蛋白(GFP)和下一代测序(NGS)技术,实现了对根瘤菌竞争力和氮固定效率的同时高通量测量 | NA | 优化根瘤菌-豆科植物共生关系,提高农业产量 | 根瘤菌的竞争力和氮固定效率 | NA | NA | 下一代测序(NGS) | NA | NA | 在农业土壤中同时监测了84种不同的根瘤菌株 | NA | NA | NA | NA |
| 151 | 2024-08-07 |
Current understanding of the cyanobacterial CRISPR-Cas systems and development of the synthetic CRISPR-Cas systems for cyanobacteria
2020-Oct, Enzyme and microbial technology
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.enzmictec.2020.109619
PMID:32912679
|
研究论文 | 本文描述了自然和合成CRISPR-Cas系统在蓝细菌中的应用,旨在理解蓝细菌基因组和进行代谢工程应用 | 成功建立了CRISPR-Cas9和-Cas12a在蓝细菌中的应用,无需选择标记即可删除目标基因,并使用失活的Cas9和Cas12a抑制基因进行代谢工程 | NA | 探索CRISPR-Cas系统在蓝细菌中的应用,以促进生物CO利用和代谢工程 | 蓝细菌的自然和合成CRISPR-Cas系统 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas系统 | CRISPR-Cas9, CRISPR-Cas12a | 基因组 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 152 | 2024-08-07 |
Construction of wild-type Yarrowia lipolytica IMUFRJ 50682 auxotrophic mutants using dual CRISPR/Cas9 strategy for novel biotechnological approaches
2020-Oct, Enzyme and microbial technology
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.enzmictec.2020.109621
PMID:32912681
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研究论文 | 本研究利用双CRISPR/Cas9策略构建了Yarrowia lipolytica IMUFRJ 50682的不可逆营养缺陷突变体,并验证了其在β-胡萝卜素合成中的应用潜力 | 首次使用双切割CRISPR/Cas9系统在基因组信息不可用的野生型Yarrowia lipolytica IMUFRJ 50682中构建不可逆营养缺陷突变体 | 突变体的干扰效率范围为5%至28%,仍有提升空间 | 通过合成生物学方法改进Yarrowia lipolytica IMUFRJ 50682在生物转化过程中的应用 | Yarrowia lipolytica IMUFRJ 50682的不可逆营养缺陷突变体及其在β-胡萝卜素合成中的应用 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas9 | NA | 基因组 | 多个突变体和对照组 | NA | NA | NA | NA |
| 153 | 2024-08-07 |
Guide RNA Engineering Enables Dual Purpose CRISPR-Cpf1 for Simultaneous Gene Editing and Gene Regulation in Yarrowia lipolytica
2020-Apr-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.9b00498
PMID:32208677
|
研究论文 | 本文介绍了一种双功能CRISPR-Cpf1系统,能够在Yarrowia lipolytica中同时进行基因编辑和基因调控 | 通过将guide RNA的间隔区长度截短至16 nt,抑制了核酸酶活性但保留了与目标位点的结合能力,从而实现了基因激活和抑制 | NA | 开发一种多功能的基因编辑工具,用于快速菌株生成 | Yarrowia lipolytica酵母 | 生物技术 | NA | CRISPR-Cpf1 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 154 | 2024-08-07 |
An expanded CRISPRi toolbox for tunable control of gene expression in Pseudomonas putida
2020-Mar, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.13533
PMID:32045111
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research paper | 本文介绍了一种单质粒CRISPR干扰(CRISPRi)系统,该系统在诱导性XylS/P表达系统控制下表达无核酸酶活性的cas9基因,并可选择性地表达组成型引导RNA(sgRNA或crRNA和tracrRNA),用于在Pseudomonas putida中可调节地控制基因表达。 | 该系统能够实现对染色体表达基因的荧光蛋白编码基因的调节性、紧密控制抑制(高达90%),并能抑制必需基因pyrF和ftsZ的表达,从而显著降低生长速率或引起形态变化。 | NA | 开发一种高效的、目标性的和可控的基因表达调控工具,以扩展Pseudomonas putida在工业和环境应用中的合成生物学和代谢工程方法。 | Pseudomonas putida中的基因表达调控。 | synthetic biology | NA | CRISPRi | NA | 基因表达 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 155 | 2024-08-07 |
Tunable Repression of Key Photosynthetic Processes Using Cas12a CRISPR Interference in the Fast-Growing Cyanobacterium Synechococcus sp. UTEX 2973
2020-Jan-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.9b00417
PMID:31829621
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研究论文 | 本文描述了一种可调节的dCas12a(dCpf1)CRISPRi系统,并将其应用于快速生长的蓝细菌Synechococcus sp. UTEX 2973中抑制关键光合作用过程 | 开发了一种新的合成生物学工具,即可调节的dCas12a CRISPRi系统,用于精确调控蓝细菌中的基因表达 | NA | 研究蓝细菌作为模型生物和生产平台的关键光合作用过程 | 蓝细菌Synechococcus sp. UTEX 2973中的光合作用过程 | 合成生物学 | NA | CRISPR干扰(CRISPRi) | dCas12a(dCpf1) | 基因表达数据 | 蓝细菌Synechococcus sp. UTEX 2973 | NA | NA | NA | NA |
| 156 | 2024-08-07 |
Engineering Cellular Signal Sensors based on CRISPR-sgRNA Reconstruction Approaches
2020, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.42299
PMID:32210731
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review | 本文总结了基于CRISPR-sgRNA重构方法构建细胞信号传感器的优缺点及重新编程细胞信号网络的可能途径 | 提出了如何进一步改进基于sgRNA-riboswitch的信号传感器设计 | 控制CRISPR系统的基因编辑活性仍是一个挑战 | 促进环境检测、疾病诊断和基因治疗等领域的发展 | CRISPR系统在细胞信号传感器中的应用 | 生物技术 | NA | CRISPR-sgRNA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 157 | 2024-08-07 |
Rebooting Synthetic Phage-Inducible Chromosomal Islands: One Method to Forge Them All
2020, Biodesign research
DOI:10.34133/2020/5783064
PMID:37849900
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研究论文 | 本文采用合成生物学方法快速编辑噬菌体诱导的染色体岛(PICIs),并验证了其在细菌疾病诊断和治疗中的应用。 | 开发了一种新的合成生物学方法,用于快速编辑PICIs,并展示了其在生物技术和医学领域的应用潜力。 | NA | 研究PICIs的生物学特性,并探索其在细菌疾病诊断和治疗中的应用。 | 噬菌体诱导的染色体岛(PICIs)及其在细菌中的应用。 | 合成生物学 | 细菌疾病 | CRISPR-Cas9系统 | NA | 基因 | 多个PICIs | NA | NA | NA | NA |
| 158 | 2024-08-07 |
Synthetic Biology of Cannabinoids and Cannabinoid Glucosides in Nicotiana benthamiana and Saccharomyces cerevisiae
2020-10-23, Journal of natural products
IF:3.3Q1
DOI:10.1021/acs.jnatprod.0c00241
PMID:33000946
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研究论文 | 本文通过元转录组分析大麻,识别了UbiA超家族的芳香性预转移酶和查尔酮异构酶样(CHIL)蛋白基因,并在烟草和酵母中进行了异源生物合成大麻素的研究。 | 首次在烟草和酵母中实现了大麻素的异源生物合成,并发现了新的糖基化大麻素。 | NA | 探索大麻素的异源生物合成及其糖基化衍生物的生产。 | 大麻素及其糖基化衍生物。 | 合成生物学 | NA | 元转录组分析 | NA | 基因数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 159 | 2024-08-07 |
Use of synthetic biology tools to optimize the production of active nitrogenase Fe protein in chloroplasts of tobacco leaf cells
2020-09, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.13347
PMID:31985876
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研究论文 | 本文利用合成生物学工具优化烟草叶绿体中活性固氮酶铁蛋白(NifH)的生产 | 首次在烟草叶绿体中成功优化活性固氮酶铁蛋白的生产,并证明了叶绿体作为功能性固氮酶蛋白宿主的适宜性 | NA | 旨在通过合成生物学工具优化固氮酶铁蛋白在烟草叶绿体中的生产,以推动农业绿色革命 | 烟草叶绿体中的固氮酶铁蛋白(NifH)及其相关基因 | 合成生物学 | NA | 合成生物学工具 | NA | 蛋白质 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 160 | 2024-08-07 |
Activity evaluation of glycolytic promoters from Escherichia coli and application for mevalonate biosynthesis
2020-07, Journal of microbiological methods
IF:1.7Q4
DOI:10.1016/j.mimet.2020.105946
PMID:32413369
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研究论文 | 本研究通过使用单体红色荧光蛋白(mRFP)作为报告基因,克隆并表征了来自大肠杆菌糖酵解途径的十个启动子,并将其应用于甲羟戊酸生物合成系统,以评估其活性并探索其在代谢工程中的应用。 | 本研究发现糖酵解启动子具有组成型启动子的优势,并且在强度上高于常用的诱导型启动子Plac,为大肠杆菌的代谢工程提供了新的工具。 | NA | 识别更多组成型启动子以避免诱导型启动子带来的代谢负荷和成本问题。 | 大肠杆菌糖酵解途径的启动子及其在甲羟戊酸生物合成中的应用。 | 代谢工程 | NA | 基因克隆 | NA | 基因表达 | 十个来自大肠杆菌糖酵解途径的启动子 | NA | NA | NA | NA |