合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-09-30	Natural products of medicinal plants: biosynthesis and bioengineering in post-genomic era 2022, Horticulture research IF:7.6Q1 DOI:10.1093/hr/uhac223 PMID:36479585	综述	本文综述了在后基因组时代，利用先进的生物技术加速药用植物天然产物（PNPs）的发现、生物合成分子基础以及合成生物学研究	本文整合了基因组学、代谢组学、结构生物学和化学信息学等多学科数据，系统性地探讨了药用植物天然产物的生物合成和调控机制	NA	探讨在后基因组时代，如何利用先进的生物技术加速药用植物天然产物的研究	药用植物天然产物（PNPs）及其生物合成和调控机制	NA	NA	基因组学、代谢组学、结构生物学、化学信息学	NA	NA	NA
22	2024-09-28	Modular Inducible Multigene Expression System for Filamentous Fungi 2022-12-21, Microbiology spectrum IF:3.7Q2 DOI:10.1128/spectrum.03670-22 PMID:36350143	研究论文	本文研究了在人类病原真菌烟曲霉中使用不同的诱导系统，阐明了三个候选启动子，并首次证明最多可以使用三个系统同时进行调控而不相互干扰	首次证明了在烟曲霉中可以同时使用多达三个诱导系统进行多基因表达调控，开发了一个高效的模块化工具箱	NA	研究在烟曲霉中使用诱导系统进行多基因表达调控的可能性	人类病原真菌烟曲霉中的诱导系统	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
23	2024-09-28	Engineering bacteria as interactive cancer therapies 2022-11-25, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.add9667 PMID:36423303	综述	本文综述了利用合成生物学工具将细菌重新定位为肿瘤特异性递送系统的研究进展	探讨了通过遗传电路增强治疗细菌的空间和时间控制，以提高其安全性和有效性	NA	探讨如何利用合成生物学工具将细菌重新定位为肿瘤特异性递送系统	细菌、肿瘤细胞和免疫细胞之间的相互作用	合成生物学	癌症	遗传电路工程	NA	NA	NA
24	2024-09-28	Engineering plant family TPS into cyanobacterial host for terpenoids production 2022-Sep, Plant cell reports IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s00299-022-02892-9 PMID:35789422	综述	本文综述了将植物家族的TPS基因工程化到蓝细菌宿主中以生产萜类化合物的研究进展	利用蓝细菌作为生产萜类化合物的新型宿主，通过基因工程和代谢工程手段优化萜类合成途径	工程化微生物作为细胞工厂存在细胞生长受阻和代谢通量紊乱的问题	探讨利用蓝细菌生产萜类化合物的方法和策略	萜类化合物如异戊二烯、β-水芹烯、法呢烯、无定形二萜和角鲨烯	代谢工程	NA	基因工程	NA	NA	NA
25	2024-09-27	Biological and Molecular Components for Genetically Engineering Biosensors in Plants 2022, Biodesign research DOI:10.34133/2022/9863496 PMID:37850147	综述	本文综述了利用生物和分子组件进行植物基因工程生物传感器的开发及其在植物科学研究中的应用	利用合成生物学技术，将来自其他自然生物（如微生物）的生物和分子组件用于构建植物基生物传感器	讨论了植物基生物传感器在识别和设计生物组件方面面临的挑战	总结植物基生物传感器的工程框架，并探讨其在植物科学研究中的应用	植物基生物传感器及其在植物生长发育、环境监测、植物非生物和生物胁迫管理等方面的应用	NA	NA	基因工程	NA	NA	NA
26	2024-09-27	Genetic Circuit Design in Rhizobacteria 2022, Biodesign research DOI:10.34133/2022/9858049 PMID:37850138	研究论文	本文探讨了在根际细菌中设计遗传电路的方法，以间接工程化植物并加速设计-构建-测试-学习循环	本文提出了利用细菌合成生物学中的传感器、执行器和其他工具来构建根际细菌遗传电路的新方法	本文主要集中在理论和设计层面，缺乏实际应用的验证	探讨如何通过根际细菌的遗传电路设计来间接工程化植物，以应对全球粮食安全和农业可持续性挑战	根际细菌的遗传电路设计，包括传感器、执行器和底盘物种的选择	合成生物学	NA	遗传电路设计	NA	NA	NA
27	2024-09-23	Structural Basis of Substrate Promiscuity and Catalysis by the Reverse Prenyltransferase N-Dimethylallyl-l-tryptophan Synthase from Fusarium fujikuroi 2022-09-20, Biochemistry IF:2.9Q3 DOI:10.1021/acs.biochem.2c00350 PMID:36084241	研究论文	研究了来自Fusarium fujikuroi的反向异戊烯基转移酶N-二甲基烯丙基-L-色氨酸合酶（DMATS1）的底物多样性和催化机制	揭示了DMATS1酶具有广泛的底物特异性，能够利用不同的异戊烯供体和受体进行正向和反向异戊烯化反应，并催化C-N和C-O键形成反应	NA	阐明DMATS1酶的结构基础及其在底物多样性和催化中的作用	DMATS1酶及其与L-色氨酸或L-酪氨酸以及非活性硫代二磷酸类似物的复合物	NA	NA	晶体结构分析	NA	晶体结构	NA
28	2024-09-23	Engineering the next generation of cell-based therapeutics 2022-09, Nature reviews. Drug discovery DOI:10.1038/s41573-022-00476-6 PMID:35637318	研究论文	本文探讨了下一代细胞疗法的工程化方法及其在治疗难治性疾病中的潜力	本文介绍了通过基因组和表观基因组编辑、合成生物学和生物材料的使用等下一代工程方法来解决细胞疗法面临的挑战	本文未详细讨论具体的临床试验结果或实际应用案例	探讨如何通过工程化方法克服细胞疗法的局限性，推动其广泛应用和商业化	细胞疗法在治疗难治性疾病中的应用及其面临的挑战	NA	NA	基因组编辑、表观基因组编辑、合成生物学	NA	NA	NA
29	2024-09-23	Synthetic gene circuits for preventing disruption of the circadian clock due to interleukin-1-induced inflammation 2022-05-27, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abj8892 PMID:35613259	研究论文	本文研究了通过合成基因电路防止白细胞介素-1诱导的炎症对生物钟的破坏	开发了能够抵抗炎症影响的基因工程软骨，保护生物钟节律	NA	研究如何通过合成生物学和组织工程技术保护生物钟免受炎症影响	小鼠诱导多能干细胞（miPSCs）衍生的基因工程软骨	合成生物学	骨关节炎	合成生物学	NA	软骨组织	小鼠诱导多能干细胞（miPSCs）衍生的基因工程软骨
30	2024-09-23	Parameterized Computational Framework for the Description and Design of Genetic Circuits of Morphogenesis Based on Contact-Dependent Signaling and Changes in Cell-Cell Adhesion 2022-04-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.0c00369 PMID:35363477	研究论文	本文构建了一个参数化的计算框架，用于描述和设计基于接触依赖信号传导和细胞间粘附变化的形态发生遗传电路	提出了一个参数化的计算框架，能够预测发育轨迹并推荐新的网络实现，以形成之前未报告的四层结构	模型目前仅限于特定的细胞系统和分子工具，未来需要扩展以包括其他形式的通信或效应器	开发一个计算框架，用于设计和预测基于接触依赖信号传导和细胞间粘附变化的形态发生遗传电路	基于接触依赖信号传导和细胞间粘附变化的形态发生遗传电路	合成生物学	NA	计算建模	参数化模型	细胞间通信网络和细胞粘附数据	使用了一组可用的结果（训练集）和测试集数据
31	2024-09-23	Modular design of synthetic receptors for programmed gene regulation in cell therapies 2022-04-14, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2022.03.023 PMID:35427499	研究论文	本文介绍了一种用于细胞疗法中编程基因调控的合成受体的模块化设计	开发了一种名为合成跨膜蛋白水解受体（SNIPRs）的新型受体，具有可调节的感应和转录响应能力	NA	开发适用于临床转化的可定制转录受体	合成受体在治疗细胞中的自主控制功能	合成生物学	NA	跨膜蛋白水解调控	NA	NA	NA
32	2024-09-23	Material Engineering in Gut Microbiome and Human Health 2022, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/2022/9804014 PMID:35958108	review	本文综述了材料工程在肠道微生物组与人类健康研究中的关键作用	本文首次将肠道微生物组与材料研究两个领域结合起来进行全面综述	NA	旨在加速肠道微生物组研究工具的开发及针对肠道微生物组的疗法研究	肠道微生物组及其在人类健康中的作用	NA	NA	NA	NA	NA	NA
33	2024-09-16	The Application of Metagenomics to Study Microbial Communities and Develop Desirable Traits in Fermented Foods 2022-Oct-21, Foods (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/foods11203297 PMID:37431045	综述	本文综述了宏基因组学在发酵食品中微生物群落研究及其在开发理想性状中的应用	本文介绍了宏基因组学在发酵食品研究中的广泛应用，并探讨了其与合成生物学技术的结合，以解决食品行业中大量废物产生的问题	NA	研究发酵食品中的微生物群落及其在生产过程中的作用	发酵食品中的微生物群落及其代谢产物	宏基因组学	NA	高通量测序（HTS）	NA	序列数据	NA
34	2024-09-15	Reducing metabolic burden in the PACEmid evolver system by remastering high-copy phagemid vectors 2022 Jun-Sep, Engineering biology DOI:10.1049/enb2.12021 PMID:36969104	研究论文	本文通过重新设计高拷贝噬菌粒载体，降低了PACEmid进化系统中的代谢负担	通过重新设计噬菌粒载体，显著减轻了细胞的代谢负担，并保持了cIλ转录因子的活性	NA	降低合成生物学中基因回路组件的代谢负担	高拷贝噬菌粒载体及其携带的cIλ转录因子变体	合成生物学	NA	定向进化	NA	NA	12种cIλ转录因子变体
35	2024-09-15	A curcumin direct protein biosensor for cell-free prototyping 2022 Jun-Sep, Engineering biology DOI:10.1049/enb2.12024 PMID:36969103	研究论文	本文介绍了一种基于大肠杆菌双键还原酶（CurA）与姜黄素相互作用的新型荧光复合物，用于无细胞原型设计	开发了一种名为直接蛋白质（DiPro）生物传感器的荧光复合物，用于无细胞姜黄素生物合成，并通过声波液体处理机器人优化了反应参数	NA	探索和优化无细胞姜黄素生物合成的反应参数	大肠杆菌双键还原酶（CurA）与姜黄素的相互作用	合成生物学	NA	无细胞合成生物学方法	NA	荧光信号	NA
36	2024-09-11	Computationally-guided design and selection of high performing ribosomal active site mutants 2022-12-09, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac1036 PMID:36484094	研究论文	本文开发了一种计算方法，用于设计和筛选高活性的核糖体活性位点突变体	本文提出了一种新的计算方法，结合Rosetta stepwise Monte Carlo方法，用于设计和筛选核糖体RNA突变体，并展示了其在体内外的功能效果	本文的方法依赖于计算模拟和体外实验，尚未完全验证其在所有生物系统中的适用性	研究核糖体RNA突变对功能的影响，并为合成生物学中的核糖体重用提供新方法	核糖体RNA及其活性位点突变体	合成生物学	NA	Rosetta stepwise Monte Carlo方法	NA	核糖体RNA序列	涉及多达30个突变体的核糖体RNA
37	2024-09-11	Improving plant productivity by re-tuning the regeneration of RuBP in the Calvin-Benson-Bassham cycle 2022-10, The New phytologist DOI:10.1111/nph.18394 PMID:35860861	研究论文	本文探讨了通过重新调整卡尔文-本森-巴斯汉循环中RuBP的再生来提高植物生产力的潜力	本文展示了通过操纵RuBP再生来提高光合作用的潜力，并介绍了新的组学和合成生物学技术在提高光合作用和增加作物产量方面的未来机会	NA	提高植物生产力和作物产量	卡尔文-本森-巴斯汉循环中的RuBP再生	NA	NA	组学和合成生物学	NA	NA	NA
38	2024-09-11	Alternative neural systems: What is a neuron? (Ctenophores, sponges and placozoans) 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.1071961 PMID:36619868	研究论文	本文探讨了神经系统的多样性，特别是早期分化动物中神经系统的不同进化路径	提出了神经元的重新定义，区分了真正的神经元与非突触连接的整合系统，并支持了神经元和突触的多重起源假说	NA	研究神经系统的多样性和进化路径	早期分化动物的神经系统，包括栉水母、海绵和扁形动物	神经科学	NA	scRNA-seq和显微镜技术	NA	基因表达数据和显微图像	NA
39	2024-09-10	Engineered Cancer Targeting Microbes and Encapsulation Devices for Human Gut Microbiome Applications 2022-12-20, Biochemistry IF:2.9Q3 DOI:10.1021/acs.biochem.2c00251 PMID:35868631	研究论文	本文探讨了利用工程化细菌和封装设备治疗结直肠癌和系统性肿瘤的最新进展	本文介绍了通过合成生物学方法改进的细菌电路，用于检测结肠肿瘤和在胃肠道内递送抗癌化合物，以及设计能够招募浸润T细胞的肿瘤归巢细菌	工程化细菌应用中的挑战包括遗传电路的稳定性、所选底盘的长期植入以及合成微生物活性在病变组织中的限制	研究利用工程化细菌和封装设备治疗结直肠癌和系统性肿瘤	工程化细菌和封装设备在治疗结直肠癌和系统性肿瘤中的应用	合成生物学	结直肠癌	合成生物学	NA	NA	NA
40	2024-09-10	Permeability-Engineered Compartmentalization Enables In Vitro Reconstitution of Sustained Synthetic Biology Systems 2022-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202203652 PMID:36180388	研究论文	本文介绍了一种构建可配置渗透性隔间的简便策略，并展示了其在体外重构可持续合成生物系统中的显著优势	通过微流控技术生产微米级分层微凝胶，其壳层作为生物分子和颗粒的筛分结构，实现了对DNA、蛋白质和噬菌体跨隔间运输的控制和引导	NA	研究如何通过工程化隔间的渗透性来实现体外系统的可持续性、鲁棒性和复杂性	微米级分层微凝胶隔间及其在细胞无蛋白质合成系统和细菌封闭隔间中的应用	合成生物学	NA	微流控技术	NA	NA	约100,000个隔间在五轮合成中重复使用，产量为2.2 mg/mL