合成生物学相关文章
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当前共找到 19 篇文献。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-10-05 |
Flux-Balance Analysis and Mobile CRISPRi-Guided Deletion of a Conditionally Essential Gene in Shewanella oneidensis MR-1
2022-10-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.2c00323
PMID:36219726
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研究论文 | 本研究结合通量平衡分析和移动CRISPRi技术，成功删除了Shewanella oneidensis MR-1中的一个条件必需基因 | 开发了计算分析与实验验证相结合的基因工程流程，首次实现了对条件必需基因的系统性评估和删除 | 研究仅针对单一菌株和特定基因，方法在其他生物系统中的普适性有待验证 | 开发改进合成生物学工具以工程化模式生物实现二氧化碳固定 | Shewanella oneidensis MR-1细菌及其代谢基因 | 合成生物学 | NA | 通量平衡分析(FBA), 移动CRISPRi基因敲除系统 | 代谢网络模型 | 代谢通量数据, 基因敲除实验数据 | NA | CRISPRi | Shewanella oneidensis MR-1 | NA | 能源, 环境 |
| 2 | 2025-10-05 |
Global and gene-specific translational regulation in Escherichia coli across different conditions
2022-10, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1010641
PMID:36264977
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研究论文 | 本研究通过量化大肠杆菌在12种不同条件下的转录组和相对翻译效率，揭示了基因特异性翻译调控与转录调控协同响应营养限制的机制 | 首次系统量化多条件下mRNA与翻译效率的相关性，发现翻译调控基因自身受翻译调控的反馈机制，并证明密码子使用可预测翻译效率的跨条件变异 | 研究仅关注碳、氮、磷三种营养限制条件，未涵盖其他环境因素；翻译效率为相对值而非绝对定量 | 探究不同环境下mRNA转录水平与蛋白质丰度之间的关联机制及翻译调控作用 | 大肠杆菌（Escherichia coli）的基因组范围基因表达 | 系统生物学 | NA | 转录组测序，翻译效率量化，随机森林模型 | 随机森林 | 基因组学数据，转录组数据 | 12种不同生长条件的大肠杆菌样本 | NA | 大肠杆菌 | NA | 合成生物学 |
| 3 | 2025-10-05 |
Chaos in synthetic microbial communities
2022-10, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1010548
PMID:36215322
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研究论文 | 本研究开发了一种探索小型微生物群落中混沌动力学潜力的方法 | 首次在合成微生物群落中研究混沌行为的存在 | NA | 探索合成微生物群落中混沌行为的可能性及其控制方法 | 受资源竞争、细胞间通讯和竞争性细菌素相互作用调控的小型微生物群落 | 合成生物学 | NA | 近似贝叶斯计算 | NA | NA | NA | NA | 微生物群落 | 资源竞争、细胞间通讯和竞争性细菌素相互作用网络 | 生物技术, 生物加工, 合成生物学 |
| 4 | 2025-10-05 |
Genetic context effects can override canonical cis regulatory elements in Escherichia coli
2022-10-14, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac787
PMID:36134716
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研究论文 | 本研究证明在大肠杆菌中，基因的局部染色体背景效应可以超越经典顺式调控元件对转录的影响 | 发现低GC含量的侧翼合成序列能显著降低报告基因表达，且这种遗传背景效应独立于启动子等调控序列 | 未阐明染色体位置依赖性表达变异的根本原因 | 探究遗传背景对基因转录的影响机制 | 大肠杆菌中的报告基因表达 | 合成生物学 | NA | 基因表达分析 | NA | 基因表达数据 | NA | 合成生物学构建 | 大肠杆菌 | 报告基因构建体，包含不同GC含量的侧翼序列 | 工业生物技术 |
| 5 | 2025-10-05 |
Functional diversity and metabolic engineering of plant-specialized metabolites
2022-Oct, Life metabolism
DOI:10.1093/lifemeta/loac019
PMID:39872355
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综述 | 本文综述植物特异性代谢物的功能多样性及其在微生物宿主中的代谢工程策略 | 系统整合多组学工具与合成生物学方法，优化植物特异性代谢物在微生物宿主中的异源生物合成途径 | NA | 阐明植物特异性代谢物的生物合成途径及其在微生物宿主中的异源重构 | 植物特异性代谢物 | 合成生物学 | NA | 多组学分析、相关性分析、遗传图谱、生物合成基因簇预测 | NA | NA | NA | 合成生物学策略 | 微生物宿主 | 植物特异性代谢途径的异源重构 | 医药, 食品, 农业 |
| 6 | 2024-09-16 |
The Application of Metagenomics to Study Microbial Communities and Develop Desirable Traits in Fermented Foods
2022-Oct-21, Foods (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/foods11203297
PMID:37431045
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综述 | 本文综述了宏基因组学在发酵食品中微生物群落研究及其在开发理想性状中的应用 | 本文介绍了宏基因组学在发酵食品研究中的广泛应用，并探讨了其与合成生物学技术的结合，以解决食品行业中大量废物产生的问题 | NA | 研究发酵食品中的微生物群落及其在生产过程中的作用 | 发酵食品中的微生物群落及其代谢产物 | 宏基因组学 | NA | 高通量测序（HTS） | NA | 序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 7 | 2024-09-11 |
Improving plant productivity by re-tuning the regeneration of RuBP in the Calvin-Benson-Bassham cycle
2022-10, The New phytologist
DOI:10.1111/nph.18394
PMID:35860861
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研究论文 | 本文探讨了通过重新调整卡尔文-本森-巴斯汉循环中RuBP的再生来提高植物生产力的潜力 | 本文展示了通过操纵RuBP再生来提高光合作用的潜力，并介绍了新的组学和合成生物学技术在提高光合作用和增加作物产量方面的未来机会 | NA | 提高植物生产力和作物产量 | 卡尔文-本森-巴斯汉循环中的RuBP再生 | NA | NA | 组学和合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 8 | 2024-09-07 |
Ribosome-mediated biosynthesis of pyridazinone oligomers in vitro
2022-10-24, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-33701-2
PMID:36280685
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研究论文 | 本文展示了核糖体介导的吡嗪酮寡聚物的体外生物合成 | 本文首次展示了核糖体介导的吡嗪酮键的聚合反应，并合成了包含多个序列定义的交替吡嗪酮连接的肽-杂合寡聚物 | 本文未深入探讨核糖体介导聚合反应的极限 | 研究核糖体介导的非经典聚合反应机制 | 核糖体、吡嗪酮寡聚物、肽-杂合寡聚物 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 9 | 2024-09-07 |
Actomyosin-Driven Division of a Synthetic Cell
2022-10-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.2c00287
PMID:36164967
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综述 | 本文综述了重建最小细胞分裂机制的最新研究进展 | 提出了构建最小肌动蛋白分裂装置的两条主要途径，并强调了脂质膜在合成细胞分裂中的被动和主动作用 | 未提供具体的实验数据或模型验证 | 探讨重建动物细胞分裂机制的物理和分子机制 | 肌动蛋白介导的细胞分裂机制 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10 | 2024-09-07 |
Construction of an rAAV Producer Cell Line through Synthetic Biology
2022-10-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.2c00207
PMID:36219557
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研究论文 | 本文通过合成生物学方法构建了一种无需转染和辅助病毒的rAAV生产细胞系 | 首次通过合成生物学方法构建了无需转染和辅助病毒的rAAV生产细胞系，实现了对病毒载体质量的调控 | NA | 开发一种无需转染和辅助病毒的rAAV生产细胞系，以提高基因治疗应用中病毒载体的生产效率 | rAAV生产细胞系 | 合成生物学 | NA | 合成生物学 | NA | 细胞系 | HEK293细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 11 | 2024-09-07 |
Stimuli-responsive vesicles as distributed artificial organelles for bacterial activation
2022-10-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2206563119
PMID:36223394
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研究论文 | 本文报道了两种基于远程控制的囊泡型人工细胞器，能够将物理输入转化为化学信号，从而激活细菌 | 本文提出了一种分布式方法，通过人工细胞而非细菌细胞本身来设计刺激响应性细菌，与现有方法不同 | NA | 研究人工细胞与活细胞之间的通信，探索其在生物医学和生物技术中的应用 | 刺激响应性囊泡型人工细胞器及其对细菌的激活作用 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 12 | 2024-09-06 |
Glycosyltransferase engineering and multi-glycosylation routes development facilitating synthesis of high-intensity sweetener mogrosides
2022-Oct-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.105222
PMID:36248741
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研究论文 | 本文报道了通过UDP-糖基转移酶（UGTs）工程和多糖基化途径开发，成功合成高强度甜味剂罗汉果苷V | 通过活性序列保守分析工程策略，将分支糖基化的催化效率提高了74-400倍，并提供了区域和键可控的多糖基化途径 | NA | 解决罗汉果苷V生物合成中多糖基化过程低效和不稳定的问题 | 罗汉果苷V的生物合成 | 代谢工程 | NA | UDP-糖基转移酶（UGTs）工程 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 13 | 2024-09-06 |
Heterologous Assembly of the Type VI Secretion System Empowers Laboratory Escherichia coli with Antimicrobial and Cell Penetration Capabilities
2022-10-11, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.01305-22
PMID:36154120
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研究论文 | 本文通过异源组装Aeromonas dhakensis的T6SS系统，赋予实验室常用的大肠杆菌BL21(DE3)抗菌和细胞穿透能力 | 首次在非致病性宿主大肠杆菌中成功组装并展示了T6SS系统的功能，实现了蛋白质从细胞质到细胞质的传递 | T6SS系统的复杂结构和基因调控使其在非致病性宿主中的重建并非易事 | 研究T6SS系统在非致病性宿主中的组装及其功能 | Aeromonas dhakensis的T6SS系统和大肠杆菌BL21(DE3) | 合成生物学 | NA | 荧光显微镜和生化分析 | NA | NA | 一系列携带T6SS结构和效应基因的质粒(pT6S) | NA | NA | NA | NA |
| 14 | 2024-09-06 |
DNA-assisted selective electrofusion (DASE) of Escherichia coli and giant lipid vesicles
2022-Oct-06, Nanoscale
IF:5.8Q1
DOI:10.1039/d2nr03105a
PMID:36129323
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DNA辅助选择性电融合（DASE）的新技术，用于实现大肠杆菌和巨型脂质囊泡的选择性融合 | DASE技术结合了标准电融合的高效性和融合纳米结构的选择性，通过膜锚定的DNA结构将目标物体聚集在一起，并通过电脉冲触发其融合 | NA | 开发一种新的方法来实现细胞和脂质囊泡的选择性融合 | 大肠杆菌和巨型脂质囊泡 | 合成生物学 | NA | 电融合 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 15 | 2024-09-06 |
From peptides to proteins: coiled-coil tetramers to single-chain 4-helix bundles
2022-Oct-05, Chemical science
IF:7.6Q1
DOI:10.1039/d2sc04479j
PMID:36320580
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研究论文 | 本文探讨了从肽到蛋白质的设计，特别是从卷曲螺旋四聚体到单链4-螺旋束的设计规则 | 本文通过分析已知的反平行4-螺旋卷曲螺旋结构，推导出设计规则，并应用于合成肽的理性设计，最终形成单链4-螺旋束蛋白质 | 尽管本文提出了设计规则，但蛋白质折叠、组装和稳定的序列-结构关系仍不完全清楚 | 确定设计反平行4-螺旋束的通用和稳健的序列背景 | 反平行4-螺旋束蛋白质的设计规则 | 蛋白质设计 | NA | X射线晶体学 | NA | 蛋白质结构 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 16 | 2024-09-06 |
Engineering functional thermostable proteins using ancestral sequence reconstruction
2022-10, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2022.102435
PMID:36041629
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综述 | 本文综述了利用祖先序列重建工程化功能性耐热蛋白质的方法及其在工业化学、医学和合成生物学中的应用 | 利用生物信息学工具和序列数据，通过祖先序列重建生成高度稳定的折叠结构，为工业化学、医学和合成生物学中的新应用提供了可能性 | 理性设计方法需要结构信息，而即使使用先进的计算方法，也难以精确预测或参数化所有相关的结构因素 | 探讨通过祖先序列重建推断耐热蛋白质的成功因素及其对蛋白质稳定性决定因素的揭示 | 耐热蛋白质的工程化及其在工业、医学和合成生物学中的应用 | 生物工程 | NA | 祖先序列重建 | NA | 序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 17 | 2024-09-05 |
Efficient assembly of long DNA fragments and multiple genes with improved nickase-based cloning and Cre/loxP recombination
2022-10, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.13882
PMID:35767383
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研究论文 | 本文开发了一种基于独特核苷酸序列引导的核酸内切酶（UNiE）介导的DNA组装（UNiEDA）策略，用于高效克隆长DNA片段和多基因堆叠 | UNiEDA方法简化了DNA组装过程，提高了效率，降低了成本 | NA | 开发高效工具以满足功能基因组学、合成生物学和代谢工程中对长DNA片段或多基因构建体的需求 | 长DNA片段和多基因构建体的克隆与组装 | 合成生物学 | NA | 核酸内切酶（nickases）和Cre/loxP重组 | NA | DNA序列 | 涉及野生烟草（Nicotiana benthamiana）和转基因水稻（Oryza sativa）的生物合成验证 | NA | NA | NA | NA |
| 18 | 2024-08-07 |
Minimization and optimization of α-amylase terminator for heterologous protein production in Bacillus licheniformis
2022-Oct-10, Bioresources and bioprocessing
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s40643-022-00597-1
PMID:38647575
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研究论文 | 本研究对芽孢杆菌中的α-淀粉酶终止子T1进行了特性分析和优化，以提高其在异源蛋白生产中的终止效率 | 通过多方面优化策略，成功提高了终止子T1的终止效率，并验证了其在蛋白表达中的通用性 | NA | 解决芽孢杆菌中缺乏可用和通用终止子的问题，扩展合成生物学工具箱 | 芽孢杆菌中的α-淀粉酶终止子T1及其优化 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 19 | 2024-08-07 |
Synthetic biology-instructed transdermal microneedle patch for traceable photodynamic therapy
2022-10-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-33837-1
PMID:36266306
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研究论文 | 本文利用合成生物学方法构建了一种透皮治疗诊断微针贴片，该贴片集成了5-氨基乙酰丙酸和过氧化氢酶共载的肿瘤酸度响应性铜掺杂磷酸钙纳米粒子，用于提高5-氨基乙酰丙酸基光动力治疗效率。 | 通过合成生物学方法，实现了肿瘤内原卟啉IX的富集最大化，并通过过氧化氢酶在体内的持续氧气生成，逆转肿瘤缺氧，增强原卟啉IX的积累。 | NA | 优化5-氨基乙酰丙酸基光动力治疗的参数，实现对不同癌症的重复性光动力治疗。 | 5-氨基乙酰丙酸基光动力治疗的效果及肿瘤内原卟啉IX的代谢动力学。 | 生物技术 | NA | 光动力治疗 | NA | 荧光/光声双模态成像 | NA | NA | NA | NA | NA |