合成生物学相关文章
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当前共找到 363 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2024-08-07 |
Multiplex Single-Nucleotide Microbial Genome Editing Achieved by CRISPR-Cas9 Using 5'-End-Truncated sgRNAs
2023-07-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00323
PMID:37368988
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研究论文 | 本文通过使用5'-端截断的单分子引导RNA（sgRNA）方法，实现了CRISPR-Cas9系统在微生物基因组中高效且精确的单核苷酸水平多重编辑 | 采用5'-端截断的sgRNA方法，提高了基因编辑的效率和准确性，并成功应用于多个基因的同时编辑 | 未提及具体限制 | 探索CRISPR-Cas9系统在微生物基因组编辑中的应用，特别是单核苷酸水平的多重编辑 | 微生物基因组中的特定基因 | NA | NA | CRISPR-Cas9 | NA | 基因组数据 | 未提及具体样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 182 | 2024-08-07 |
De novo design of protein interactions with learned surface fingerprints
2023-05, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-05993-x
PMID:37100904
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研究论文 | 本文利用几何深度学习框架在蛋白质表面生成指纹，描述驱动蛋白质-蛋白质相互作用的几何和化学特征，以实现蛋白质相互作用的新设计。 | 提出了一种基于蛋白质表面指纹的新型计算设计方法，用于设计新型蛋白质相互作用。 | NA | 探索蛋白质相互作用的分子决定因素，并开发一种新的计算方法来设计蛋白质结合剂。 | 蛋白质相互作用及其在合成生物学和转化应用中的设计。 | 机器学习 | NA | 几何深度学习 | NA | 蛋白质结构数据 | 涉及四个蛋白质目标：SARS-CoV-2 spike, PD-1, PD-L1 和 CTLA-4。 | NA | NA | NA | NA |
| 183 | 2024-08-07 |
Visualizing the disordered nuclear transport machinery in situ
2023-05, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-05990-0
PMID:37100914
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研究论文 | 本文通过合成生物学启发的位点特异性小分子标记方法与高时间分辨率荧光显微镜相结合，直接探测活细胞和通透化细胞中NPC内关键FG-NUP98的构象 | 本文首次在纳米尺度的运输通道内绘制了未知的分子环境，并确定了通道提供了一个'良好溶剂'环境，使FG域能够采取扩展构象，从而控制核与细胞质之间的运输 | NA | 研究核孔复合体(NPC)内无序蛋白质的构象及其对核与细胞质间运输的控制 | 哺乳动物核孔复合体(NPC)内的FG-NUP98蛋白 | 生物学 | NA | 荧光显微镜 | NA | 图像 | 单个通透化细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 184 | 2024-08-07 |
BioAutoMATED: An end-to-end automated machine learning tool for explanation and design of biological sequences
2023-06-21, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2023.05.007
PMID:37348466
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research paper | 本文介绍了一个名为BioAutoMATED的端到端自动化机器学习工具，用于生物序列的解释和设计 | BioAutoMATED整合了多种自动化机器学习方法，形成了一个统一的框架，专门用于生物序列分析，并能自动提供相关技术进行序列分析、解释和设计 | NA | 旨在降低生物学家在研究中应用机器学习的门槛 | 生物序列，包括核酸、氨基酸或糖链序列 | machine learning | NA | AutoML | AutoML | sequence | NA | NA | NA | NA | NA |
| 185 | 2024-08-07 |
Protein Cages and Nanostructures Constructed from Protein Nanobuilding Blocks
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3222-2_4
PMID:37308639
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研究论文 | 本文介绍了使用WA20二聚体从头蛋白设计蛋白质纳米构建块（PN-Blocks）以构建自组装蛋白质笼和纳米结构的方法 | 开发了WA20-foldon蛋白质纳米构建块，通过融合WA20二聚体和T4噬菌体纤维蛋白的三聚体foldon域，实现了多种六聚体纳米结构的自我组装 | NA | 探索蛋白质笼和纳米结构的设计与构建方法，及其在合成生物学和生物制药领域的应用 | 蛋白质纳米构建块（PN-Blocks）及其自组装形成的蛋白质笼和纳米结构 | 合成生物学 | NA | 蛋白质融合 | NA | 蛋白质结构 | 多种六聚体纳米结构 | NA | NA | NA | NA |
| 186 | 2024-08-07 |
Automated Platform for the Plasmid Construction Process
2023-12-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00292
PMID:37948662
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研究论文 | 本文报道了名为DNAda的应用程序的开发，该程序能够为J5 DNA组装程序生成的任何给定DNA构建体设计编写自动化指令，并描述了自动化流程及其多个实用功能 | 开发了一个能够自动化编写DNA构建体设计指令的应用程序DNAda，并展示了其在组合DNA组装构建中的实用性 | NA | 开发一个自动化平台，用于处理大型合成生物学实验中的质粒构建过程 | DNA构建体设计的自动化指令编写及组合DNA组装的构建 | 合成生物学 | NA | DNA组装 | NA | DNA序列 | 构建了一个包含120个质粒的库，这些质粒大小从7到14 kb不等，由4到7个DNA片段组成 | NA | NA | NA | NA |
| 187 | 2024-08-07 |
GENETTA: a Network-Based Tool for the Analysis of Complex Genetic Designs
2023-12-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00333
PMID:37963232
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研究论文 | GENETTA 是一种基于网络的工具，利用图论将合成生物学设计转化为网络进行分析和操作 | GENETTA 能够将复杂数据表示为互联点，允许动态定制可视化，包括交互网络和部件层次结构，并能合并来自多个数据库的设计数据 | NA | 开发一种用于分析复杂遗传设计的网络工具 | 合成生物学设计 | 生物信息学 | NA | 图论 | NA | 网络数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 188 | 2024-08-07 |
The Laboratory Automation Protocol (LAP) Format and Repository: A Platform for Enhancing Workflow Efficiency in Synthetic Biology
2023-12-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00397
PMID:37982688
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研究论文 | 本文介绍了实验室自动化协议（LAP）格式和存储库，旨在提高合成生物学中的工作流程效率 | LAP采用标准化脚本格式，模块化设计，可无缝组合创建定制的目标特定工作流程，并经过实验验证确保可靠性 | NA | 解决实验科学家在实施开源自动化解决方案时缺乏标准化工具包的问题 | 实验室自动化协议（LAP）格式和存储库 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 189 | 2024-08-07 |
Using Methyl Bromide for Interspecies Cell-Cell Signaling and As a Reporter in a Model Soil Consortium
2023-12-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00559
PMID:37991716
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研究论文 | 研究评估了在土壤微生物群落中，通过合成生物学工具编程单一成员来报告基因表达的可能性，无需破坏土壤基质。 | 通过将甲基卤素转移酶表达与组成型启动子耦合，实现了在土壤中合成甲基卤素，并能通过气体色谱直接读取或通过土壤衍生生物间接响应甲基卤素。 | NA | 开发用于研究土壤微生物群落响应动态水分条件的合成生物学工具。 | 五成员土壤模型群落（MSC）及其在不同环境相关水分条件下的行为。 | 合成生物学 | NA | 气体色谱 | NA | 气体信号 | 五成员土壤模型群落 | NA | NA | NA | NA |
| 190 | 2024-08-07 |
Tunable Dynamics in a Multistrain Transcriptional Pulse Generator
2023-12-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00434
PMID:38016068
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研究论文 | 本文展示了通过调整合成微生物群落中菌株的比例来调节电路动态 | 开发了一种由三种工程菌株组成的微生物群落，利用同型丝氨酸内酯介导的细胞间信号传导形成多菌株不一致类型1前馈环路，作为基因表达的脉冲发生器 | 数学模型在极端比例下的预测准确性有待验证 | 研究如何在合成微生物群落中通过调节菌株比例来实现基因电路的特定行为 | 合成微生物群落中的基因电路动态调节 | 合成生物学 | NA | 细胞间信号传导 | 不一致类型1前馈环路 | 数学模型 | 三种工程菌株组成的微生物群落 | NA | NA | NA | NA |
| 191 | 2024-08-07 |
Establishing Tunable Genetic Logic Gates with Versatile Dynamic Performance by Varying Regulatory Parameters
2023-12-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00554
PMID:38033235
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研究论文 | 本研究通过调整调节参数，设计并构建了具有多功能动态性能的可调遗传逻辑门 | 本研究首次将香豆酸生物传感器系统与tetR或lacI调控系统结合，构建了AND遗传逻辑门，并结合反义RNA或单导RNA构建了香豆酸触发的NOT遗传逻辑门 | NA | 扩展遗传逻辑门在代谢工程和合成生物学中的应用 | 遗传逻辑门的设计与构建 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 192 | 2024-08-07 |
Creation of Architecturally Minimal Transcriptionally Activating Riboswitches Responsive to Theophylline Reveals an Unconventional Design Strategy
2023-12-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00519
PMID:38052004
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研究论文 | 本研究开发了一种新型设计策略，用于创建结构最小化的转录激活型茶碱响应性核糖开关 | 提出了一种新的设计方法，通过合成茶碱RNA适配体和设计表达平台，实现了高效且广泛兼容的转录激活型核糖开关 | NA | 开发简化的合成核糖开关，以便于集成到复杂的基因电路中 | 转录激活型核糖开关的设计与应用 | 合成生物学 | NA | RNA适配体设计 | NA | RNA序列 | 设计并构建了多个序列，通过虚拟筛选确定了两种转录激活型核糖开关 | NA | NA | NA | NA |
| 193 | 2024-08-07 |
Navigating the Frontier of Synthetic Biology: An AI-Driven Analytics Platform for Exploring Research Trends and Relationships
2023-11-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00192
PMID:37648657
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研究论文 | 本研究利用主题建模技术全面映射合成生物学领域的研究主题，揭示子主题及其关系和时间趋势 | 本研究通过分析合成生物学的文献，揭示了研究主题的子领域和它们之间的关系，以及时间趋势 | NA | 旨在深入理解合成生物学并为其分析提供基础 | 合成生物学的研究主题、子主题及其关系和时间趋势 | 合成生物学 | NA | 主题建模 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 194 | 2024-08-07 |
Nonsterilized Fermentation of Crude Glycerol for Polyhydroxybutyrate Production by Metabolically Engineered Vibrio natriegens
2023-11-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00498
PMID:37856147
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研究论文 | 本文通过基因工程改造快速生长的盐和有毒物质耐受性强的细菌Vibrio natriegens，实现了从非灭菌发酵的有机废物中高效生产聚羟基丁酸酯（PHB） | 通过基因编辑和过表达关键基因，成功提高了PHB的产量和耐受性，且在非灭菌条件下表现出色 | NA | 探索通过基因工程提高微生物发酵生产聚羟基丁酸酯的效率和成本效益 | Vibrio natriegens细菌及其在PHB生产中的应用 | 合成生物学 | NA | 基因编辑 | NA | 微生物发酵 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 195 | 2024-08-07 |
The "Duckweed Dip": Aquatic Spirodela polyrhiza Plants Can Efficiently Uptake Dissolved, DNA-Wrapped Carbon Nanotubes from Their Environment for Transient Gene Expression
2023-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.21.554121
PMID:37662322
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研究论文 | 研究报告了水生植物大浮萍（Spirodela polyrhiza）能够高效地从其生长介质中吸收包裹在DNA中的碳纳米管（DNA-CNTs），并实现转基因表达 | 提出了一个简化的转基因传递工具——“浮萍浸泡法”，无需大量纳米材料或直接渗透到植物组织中 | NA | 探索浮萍在合成生物学中的应用潜力 | 大浮萍植物及其转基因表达能力 | 植物生物技术 | NA | 碳纳米管（DNA-CNTs） | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 196 | 2024-08-07 |
Introduction to Engineering Biology: A Conceptual Framework for Teaching Synthetic Biology
2023-06-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00194
PMID:37322886
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research paper | 本文介绍了一个可适应的课程模块，用于教授工程生物学的基础原理和应用 | 创建了一个由工程生物学专家设计的概念性幻灯片组，涵盖了关键主题领域，并可在现有课程材料中独立使用或整合 | NA | 旨在提高当前工程生物学主题的教学便利性并增加公众对该领域的参与度 | 工程生物学的基础原理和应用 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 197 | 2024-08-07 |
Genetic Engineering of Resident Bacteria in the Gut Microbiome
2023-07-25, Journal of bacteriology
IF:2.7Q3
DOI:10.1128/jb.00127-23
PMID:37382533
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综述 | 本文综述了肠道微生物群中常驻细菌的遗传工程技术及其在评估宿主-微生物相互作用和调节人类生理中的应用 | 新兴的合成生物学工具集为非模型常驻肠道微生物的遗传工程提供了改进的基础 | NA | 探讨遗传工程在肠道微生物群中的应用及其对宿主健康的影响 | 肠道微生物群中的常驻细菌 | 合成生物学 | NA | 遗传工程 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 198 | 2024-08-07 |
Sjögren's Syndrome Treatments in the Microbiome Era
2023, Advances in geriatric medicine and research
DOI:10.20900/agmr20230004
PMID:37323129
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研究论文 | 本文探讨了在微生物组时代下，Sjögren综合征（SS）的治疗新策略 | 文章提出了利用微生物组作为治疗SS的新策略，包括天然益生菌和合成生物学应用 | 目前没有提及具体的局限性 | 探索Sjögren综合征的新治疗方法 | Sjögren综合征及其相关微生物组 | NA | 自身免疫疾病 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 199 | 2024-08-07 |
Instructional materials that control cellular activity through synthetic Notch receptors
2023-06, Biomaterials
IF:12.8Q1
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MATRIX的平台，通过结合工程化材料和表达相应合成生物学控制模块的细胞，实现对生物材料细胞反应的定制化定义 | 该平台通过激活合成Notch受体，能够调控多种细胞活动，如转录组工程、炎症抑制和多能干细胞分化，并且这些反应仅限于编程的生物材料表面 | NA | 开发一种新的方法来可靠地调控治疗细胞的行为，以支持细胞疗法和组织替代 | 工程化生物材料和表达合成Notch受体的细胞 | 再生工程 | NA | 合成生物学 | 合成Notch受体 | 生物材料 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 200 | 2024-08-07 |
Synthetic developmental biology: New tools to deconstruct and rebuild developmental systems
2023-05-30, Seminars in cell & developmental biology
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.semcdb.2022.04.013
PMID:35484026
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综述 | 本文综述了合成生物学与发育生物学交叉领域的最新进展，探讨了合成电路和多细胞尺度模式形成的合成重建等方法 | 介绍了合成生物学方法在从底层定义发育过程方面的应用，旨在重建最小的发育模式、信号传导过程和基因网络 | NA | 探讨合成生物学在发育生物学中的应用，以重建基本的发育操作 | 发育过程中的空间极化、形态发生素解释、组织运动和细胞记忆 | 发育生物学 | NA | 光片成像、单细胞基因组方法 | 合成电路 | 三维组织图像、基因表达状态 | NA | NA | NA | NA | NA |