合成生物学相关文章
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当前共找到 349 篇文献，本页显示第 261 - 280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2024-08-07 |
A comparative analysis of stably expressed genes across diverse angiosperms exposes flexibility in underlying promoter architecture
2023-11-01, G3 (Bethesda, Md.)
DOI:10.1093/g3journal/jkad206
PMID:37697043
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研究论文 | 本文通过比较多种被子植物中稳定表达基因的启动子结构，探讨了启动子架构的灵活性 | 研究发现核心启动子类型与表达模式之间存在相关性而非因果关系，强调了在多样植物物种中寻找或构建组成型启动子的挑战 | 研究依赖于公开的RNA-seq数据，可能存在数据质量和覆盖范围的局限性 | 验证核心启动子设计规则在不同被子植物中的保守性 | 多种被子植物中的稳定表达基因及其启动子结构 | NA | NA | RNA-seq | NA | RNA序列数据 | 多个被子植物物种 |
| 262 | 2024-08-07 |
IDESS: a toolbox for identification and automated design of stochastic gene circuits
2023-11-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad682
PMID:37988145
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research paper | 本文介绍了IDESS工具箱，用于优化基于设计的基因调控电路的模型识别和自动设计，特别是在随机机制中。 | IDESS工具箱结合了化学主方程的有效近似和随机模拟算法，以及能够解决混合整数非线性规划问题的全局优化算法。 | NA | 提高合成生物学中基因电路模型识别和自动设计的可预测性。 | 基因调控电路的自动设计和参数估计。 | synthetic biology | NA | 化学主方程近似，随机模拟算法 | NA | NA | NA |
| 263 | 2024-08-07 |
Building a pipeline to identify and engineer constitutive and repressible promoters
2023, Quantitative plant biology
DOI:10.1017/qpb.2023.10
PMID:37901686
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研究论文 | 本文开发了一个流程，用于识别和工程化构建在植物合成生物学应用中所需的稳定表达的组成型和可抑制启动子。 | 本文引入了两个基因组正交的gRNA靶点，将筛选出的部分启动子转化为NOR逻辑门，增加了启动子的功能性。 | NA | 支持植物合成生物学应用中日益复杂的电路需求，寻找新的组成型启动子。 | 植物合成生物学中的组成型启动子。 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 264 | 2024-08-07 |
CSI: Contrastive data Stratification for Interaction prediction and its application to compound-protein interaction prediction
2023-08-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad456
PMID:37490457
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研究论文 | 本文介绍了一种名为对比分层交互预测（CSI）的新方法，通过对比多视角编码技术来学习最大化互信息的数据嵌入，并应用于化合物-蛋白质序列交互预测问题 | 提出了一种新的数据分层方法CSI，通过对比学习技术增强对象表示，并展示了在化合物-蛋白质序列交互预测中的有效性 | NA | 开发一种新的方法来准确预测两个对象之间的交互可能性，并应用于化合物-蛋白质序列交互预测 | 化合物-蛋白质序列交互预测问题 | 计算机科学 | NA | 对比学习 | 对比多视角编码 | 序列数据 | 多个药物-目标和酶数据集 |
| 265 | 2024-08-07 |
Structural features of sensory two component systems: a synthetic biology perspective
2023-01-31, The Biochemical journal
DOI:10.1042/BCJ20210798
PMID:36688908
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综述 | 本文从结构生物学的角度探讨了如何利用双组分系统中的传感器和效应蛋白模块构建新的合成电路 | 综述了过去二十年中对信号检测、别构机制和特异性决定因素的分子理解进展，并讨论了这些信息如何被用于开发新的合成网络 | NA | 探讨如何利用双组分系统中的传感器和效应蛋白模块构建新的合成电路 | 双组分系统中的传感器和效应蛋白模块 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 266 | 2024-08-07 |
Genome sequence and characterization of a novel Pseudomonas putida phage, MiCath
2023-12-09, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-48634-z
PMID:38071193
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研究论文 | 报道了一种新的Pseudomonas putida噬菌体MiCath，这是首个已知的感染P. putida S12菌株的噬菌体 | MiCath是一种新型噬菌体，与已知的任何噬菌体相比，其基因组中最多只有74%的核苷酸序列相似，且编码许多独特的基因产物 | NA | 研究并描述一种新型Pseudomonas putida噬菌体的基因组特征 | Pseudomonas putida噬菌体MiCath及其基因组 | NA | NA | 比较基因组学 | NA | 基因组 | 涉及一个新型噬菌体MiCath和五个Pseudomonas putida菌株 |
| 267 | 2024-08-07 |
Application and Technical Challenges in Design, Cloning, and Transfer of Large DNA
2023-Dec-15, Bioengineering (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/bioengineering10121425
PMID:38136016
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综述 | 本文综述了在合成生物学领域中，设计和克隆大型DNA以及将其转移至宿主细胞的技术挑战和应用 | 介绍了在合成基因组学和大型DNA工程领域中，通过设计和克隆大型DNA以及将其转移至宿主细胞的关键步骤 | NA | 推进合成基因组学和大型DNA工程领域的发展 | 大型DNA的设计、克隆和转移 | 合成生物学 | NA | DNA组装和编辑 | NA | DNA | NA |
| 268 | 2024-08-07 |
Digital microfluidics as an emerging tool for bacterial protocols
2023-Dec-13, SLAS discovery : advancing life sciences R & D
IF:2.7Q2
DOI:10.1016/j.slasd.2023.12.005
PMID:38101571
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研究论文 | 本文探讨了数字微流控技术（DMF）在细菌实验流程中的应用 | DMF技术提供了一个微型化平台，能够简化从样本准备到分析的多步骤细菌实验流程 | 文章指出了当前工作的局限性，并提出了未来该技术在领域内扩展的方向 | 旨在优化细菌实验流程，提高实验效率 | 细菌实验流程及其在合成生物学、测序和诊断测试中的应用 | NA | NA | 数字微流控技术（DMF） | NA | NA | NA |
| 269 | 2024-08-07 |
Oncolytic Viruses in the Era of Omics, Computational Technologies, and Modeling: Thesis, Antithesis, and Synthesis
2023-Dec-12, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms242417378
PMID:38139207
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综述 | 本文综述了在肿瘤免疫病毒治疗中，如何利用大数据分析、模拟、建模和计算技术来整合和解释“组学”信息，并推动新型合成生物学和个性化溶瘤病毒工程方法的发展 | 结合大数据分析和计算技术，推动个性化溶瘤病毒工程方法的发展，实现针对特定患者的肿瘤清除 | NA | 探讨如何利用现代技术和模型来优化溶瘤病毒治疗，实现个性化免疫治疗 | 溶瘤病毒及其在个性化免疫治疗中的应用 | 生物信息学 | 癌症 | 组学技术 | NA | 大数据 | NA |
| 270 | 2024-08-07 |
Transcriptome Identification and Analysis of Fatty Acid Desaturase Gene Expression at Different Temperatures in Tausonia pullulans 6A7
2023-Dec-04, Microorganisms
IF:4.1Q2
DOI:10.3390/microorganisms11122916
PMID:38138060
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研究论文 | 本研究对低温酵母菌株6A7在不同温度下的脂肪酸去饱和酶基因表达进行了转录组鉴定和分析 | 本研究发现了8455个差异表达基因，并确定了16个候选基因，这些发现有助于深入研究酵母中脂肪酸代谢相关重要基因的功能和分子机制 | NA | 研究酵母菌株6A7在不同温度下脂肪酸去饱和酶基因的表达 | 酵母菌株6A7在不同温度下的脂肪酸去饱和酶基因 | 合成生物学 | NA | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 在不同温度（15°C、20°C、20°C无玉米油、25°C）下对产脂酶的6A7进行了RNA-seq分析 |
| 271 | 2024-08-07 |
Genome Mining Reveals a Surprising Number of Sugar Reductases in Aspergillus niger
2023-Nov-24, Journal of fungi (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/jof9121138
PMID:38132739
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研究论文 | 本研究通过基因组挖掘揭示了Aspergillus niger中糖还原酶的多样性 | 发现了五个额外的同源基因，这些基因可以替代原有的三种戊糖还原酶，并参与其他糖代谢途径 | NA | 探索真菌中初级碳代谢的多样性，并为合成生物学和代谢工程提供新的代谢工具 | Aspergillus niger中的戊糖还原酶及其同源基因 | 代谢工程 | NA | 基因组挖掘，系统发育分析，体外和体内功能分析 | NA | 基因表达数据 | 五个额外的同源基因 |
| 272 | 2024-08-07 |
Tuning the Transcriptional Activity of the CaMV 35S Promoter in Plants by Single-Nucleotide Changes in the TATA Box
2023-01-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.2c00457
PMID:36563338
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研究论文 | 研究通过单核苷酸替换改变CaMV 35S启动子的TATA盒序列，以调整其在植物中的转录活性 | 通过引入所有单核苷酸替换到CaMV 35S启动子的TATA盒序列，生成了一系列变体，并发现某些变体在植物中的活性低于野生型 | NA | 研究旨在通过调整启动子活性来优化植物中合成遗传电路的行为 | CaMV 35S启动子的TATA盒序列及其在植物中的转录活性 | 生物技术 | NA | NA | NA | NA | 21种CaMV 35S启动子变体在同源转基因植物中进行活性测试 |
| 273 | 2024-08-07 |
Customizing cellular signal processing by synthetic multi-level regulatory circuits
2023-Dec-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44256-1
PMID:38110405
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研究论文 | 本文探讨了通过合成多级调控电路定制工程化生物系统中的信号处理电路 | 引入了前所未有的复杂性调控机制和遗传电路，如转录和翻译控制，并将其整合到称为“多级电路”的混合电路中 | NA | 旨在通过合成生物学定制细胞信号处理电路，以应对全球挑战 | 多级电路设计及其在遗传电路设计范式中的应用 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 274 | 2024-08-07 |
Scientists' Views on the Ethics, Promises and Practices of Synthetic Biology: A Qualitative Study of Australian Scientific Practice
2023-Dec-11, Science and engineering ethics
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s11948-023-00461-1
PMID:38082028
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研究论文 | 本研究通过访谈澳大利亚合成生物学中心的合成生物学家，探讨了合成生物学领域的伦理问题、承诺和实践 | 本研究揭示了合成生物学领域中伦理挑战的实际问题，与伦理文献中的抽象和推测性讨论形成对比 | NA | 理解合成生物学领域的伦理问题及其与伦理文献的关系 | 合成生物学领域的伦理挑战和实践 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 访谈数据 | 参与访谈的合成生物学家 |
| 275 | 2024-08-07 |
Detection of viral RNAs at ambient temperature via reporter proteins produced through the target-splinted ligation of DNA probes
2023-Dec, Nature biomedical engineering
IF:26.8Q1
DOI:10.1038/s41551-023-01028-y
PMID:37142844
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研究论文 | 本文介绍了一种无需仪器的环境温度下核酸检测方法INSPECTR，通过DNA探针的目标特异性拼接连接生成表达盒，实现报告蛋白的细胞外合成 | INSPECTR方法无需昂贵和复杂的设备，可在环境温度下进行核酸的准确和多重检测 | NA | 开发一种适用于即时护理点无需复杂设备的核酸检测方法 | 环境温度下的核酸检测技术 | 分子生物学 | NA | DNA探针拼接连接、细胞外报告蛋白合成 | NA | 核酸 | 约4,000份病毒RNA |
| 276 | 2024-08-07 |
Metagenomics harvested genus-specific single-stranded DNA-annealing proteins improve and expand recombineering in Pseudomonas species
2023-Dec-11, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad1024
PMID:37941137
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研究论文 | 本文通过计算生物学流程生成了一种属特异性的单链DNA结合蛋白库，并在不同假单胞菌中进行了高吞吐量的重组酶筛选和牛津纳米孔NGS分析，以提高假单胞菌属的基因组编辑能力 | 发现了新的单链DNA结合蛋白变体，这些变体在假单胞菌属中的等位基因替换频率高于现有变体，并扩展了假单胞菌属中的重组工程领域 | NA | 提高假单胞菌属的基因组编辑能力，增强其在生物转化和合成生物学应用中的潜力 | 假单胞菌属的基因组编辑能力 | 合成生物学 | NA | NGS, ONT | NA | DNA | 四种假单胞菌属物种 |
| 277 | 2024-08-07 |
Automated Design of Synthetic Gene Circuits in the Presence of Molecular Noise
2023-10-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00033
PMID:37812682
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研究论文 | 本文探讨了在分子噪声影响下，如何自动化设计合成基因电路 | 结合混合整数非线性全局优化方法与部分积分-微分方程模型，有效近似化学主方程，实现了在分子噪声影响下的合成基因电路自动化设计 | NA | 解决分子噪声对微生物细胞中基因调控动态影响的问题 | 合成生物学中的合成基因电路设计 | 合成生物学 | NA | 混合整数非线性全局优化方法 | 部分积分-微分方程模型 | NA | NA |
| 278 | 2024-08-07 |
Molecular switches in plant stress adaptation
2023-Dec-18, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-023-09051-7
PMID:38108912
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综述 | 本文综述了植物在应对气候变化带来的生物和非生物胁迫时，通过分子开关激活应激诱导途径的适应机制 | 探讨了分子开关在不同植物种类中的调控机制，并讨论了利用分子开关和先进生物技术工具开发抗逆作物的技术 | NA | 研究分子开关在植物应激适应中的调控机制，并探索其在作物改良中的应用 | 不同植物种类中的分子开关及其在应对生物和非生物胁迫中的调控机制 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA |
| 279 | 2024-08-07 |
Challenges and advances towards the rational design of microalgal synthetic promoters in Chlamydomonas reinhardtii
2023-07-18, Journal of experimental botany
IF:5.6Q1
DOI:10.1093/jxb/erad100
PMID:37025006
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研究论文 | 本文讨论了在Chlamydomonas reinhardtii中设计和开发合成启动子的挑战和进展 | 提出了适用于微藻的高通量研究方法和新的方法来研究藻类启动子 | 微藻的合成启动子开发存在主要限制，但提供了克服这些限制的新建议和展望 | 优化和修改微藻的代谢输出，使其与现有的工业生物技术宿主竞争 | Chlamydomonas reinhardtii中的合成启动子 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 280 | 2024-08-07 |
Efficient de novo production of bioactive cordycepin by Aspergillus oryzae using a food-grade expression platform
2023-Dec-09, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-023-02261-5
PMID:38071331
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研究论文 | 本研究开发了一种利用食品级表达平台Aspergillus oryzae高效生产生物活性化合物cordycepin的方法 | 通过合成生物学方法，成功构建了能够过量表达两个参与cordycepin生物合成代谢基因的A. oryzae工程菌株，实现了高效且成本有效的cordycepin生产 | NA | 克服传统Cordyceps spp.生产cordycepin的局限性，满足市场对cordycepin日益增长的需求 | cordycepin的生产 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA |