合成生物学相关文章
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当前共找到 377 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-11-20 |
Synthetic biology, genetic circuits and machine learning: a new age of cancer therapy
2023-06, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.13420
PMID:37002698
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评论 | 探讨合成生物学、遗传电路和机器学习在癌症治疗中的新兴应用 | 结合非经典信号通路与合成基因电路增强工程化T细胞的抗肿瘤表型，并利用机器学习预测CAR-T细胞表型 | NA | 扩展未来基因电路的设计选择，开发能响应多重环境线索的细胞疗法 | 工程化T细胞、合成受体、信号传导通路 | 合成生物学 | 癌症 | 合成锌指工程、机器学习预测 | 机器学习 | NA | NA | CRISPR-Cas9 | T细胞 | 合成受体信号电路、可控转录调节电路 | 医学 |
| 22 | 2025-11-18 |
Resource allocation accounts for the large variability of rate-yield phenotypes across bacterial strains
2023-05-31, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.79815
PMID:37255080
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研究论文 | 本研究通过粗粒度模型验证了资源分配策略可解释不同细菌菌株生长速率和生长产量的显著差异 | 建立了连接蛋白质组组成与生长表型的资源分配模型，揭示了高生长速率不一定伴随低生长产量的新机制 | 模型基于标准实验室条件，在复杂环境中的适用性有待验证 | 探究细菌菌株生长速率和产量差异的生物学机制 | 不同细菌菌株 | 系统生物学 | NA | 计算建模、表型数据库分析 | 粗粒度资源分配模型 | 生长表型数据、代谢通量数据 | 数百个已发表菌株表型数据 | NA | 细菌 | NA | 代谢工程、合成生物学 |
| 23 | 2025-11-15 |
A unified approach to dissecting biphasic responses in cell signaling
2023-12-06, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.86520
PMID:38054655
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研究论文 | 本文提供了一个统一的理论框架来分析细胞信号系统中的双相响应现象 | 通过分析从基础生化构件到典型网络结构再到特征明确的实例，建立了双相响应的统一理论框架，并揭示了其设计原则和结构限制因素 | 主要基于理论分析和计算模型，需要实验验证来证实理论预测 | 研究细胞信号系统中双相响应的机制和设计原理 | 细胞信号系统和转录后修饰系统 | 系统生物学 | NA | 分析和计算方法 | NA | 理论模型和计算模拟数据 | NA | NA | NA | NA | 系统生物学和合成生物学 |
| 24 | 2025-11-15 |
Soil microbiome engineering for sustainability in a changing environment
2023-12, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01932-3
PMID:37903921
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综述 | 探讨利用自然和合成土壤微生物群落促进植物生长，以应对环境变化对土壤生态系统的破坏 | 整合微生物生态学和合成生物学技术，开发针对特定应用的微生物产品，实现土壤微生物组的定向工程化 | NA | 通过土壤微生物组工程推动可持续农业发展，缓解环境破坏 | 土壤微生物群落及其在土壤生态系统中的功能 | 合成生物学 | NA | 基因工程方法、微生物群落组装技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, 合成生物学工具 | 土壤微生物 | 微生物群落组装、功能模块设计 | 农业, 环境 |
| 25 | 2025-11-15 |
Engineered bacterial orthogonal DNA replication system for continuous evolution
2023-12, Nature chemical biology
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41589-023-01387-2
PMID:37443393
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研究论文 | 开发了一种基于细菌的正交DNA复制系统BacORep，用于在原核细胞中实现连续进化 | 首次在细菌中建立了正交DNA复制系统，通过改造温和噬菌体GIL16的复制机制和易错正交DNA聚合酶实现高效定向进化 | 目前仅在芽孢杆菌中验证，尚未在其他细菌中广泛测试 | 开发适用于细菌的连续进化平台 | 芽孢杆菌正交DNA复制系统 | 合成生物学 | NA | DNA复制工程、连续进化技术 | NA | 分子生物学数据 | NA | 噬菌体GIL16复制机制、正交DNA聚合酶工程 | Bacillus thuringiensis, Bacillus subtilis, Escherichia coli | 正交DNA复制系统、易错DNA复制机制 | 工业生物技术 |
| 26 | 2025-11-15 |
Widespread biosynthesis of 16-carbon terpenoids in bacteria
2023-12, Nature chemical biology
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41589-023-01445-9
PMID:37828399
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研究论文 | 本研究通过基因组挖掘和合成生物学平台揭示了细菌中广泛存在16碳萜类化合物的生物合成途径 | 首次系统发现并证实细菌中存在大量非经典的16碳萜类化合物，突破了传统萜类化合物均为5碳倍数的认知 | 仅对部分生物合成基因簇进行了功能验证，尚未对所有预测的700多个基因簇进行完整表征 | 探究细菌中16碳萜类化合物的分布情况和生物合成机制 | 细菌基因组和其中编码的萜类合成酶 | 合成生物学 | NA | 基因组挖掘、酵母合成生物学平台、化学结构分析 | NA | 基因组数据、代谢物化学结构数据 | 700多个已测序细菌基因组 | 酵母合成生物学平台 | 酵母 | 萜类化合物生物合成途径 | 工业生物技术 |
| 27 | 2025-10-05 |
Heterologous synthesis of the complex homometallic cores of nitrogenase P- and M-clusters in Escherichia coli
2023-10-31, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2314788120
PMID:37871225
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研究论文 | 本研究在大肠杆菌中实现了固氮酶P-簇和M-簇核心的异源合成 | 首次通过生物化学和光谱学分析证实了在非固氮宿主中成功合成P-簇和L-簇 | 尚未实现完整固氮酶的全通路异源表达 | 解决固氮酶异源表达中金属簇合成的关键难题 | 固氮酶的P-簇和M-簇核心 | 合成生物学 | NA | EPR, XAS/EXAFS光谱分析 | NA | 光谱数据、金属含量数据 | NA | 基因共表达 | 大肠杆菌 | 金属中心的异源合成通路 | 农业,能源,环境 |
| 28 | 2025-10-05 |
Ribozyme activity modulates the physical properties of RNA-peptide coacervates
2023-06-16, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.83543
PMID:37326308
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研究论文 | 本研究开发了能够将短RNA片段连接成长链的连接酶核酶系统，并探究了核酶活性对RNA-肽凝聚层物理性质的影响 | 首次证明核酶活性可通过改变RNA聚合物长度来调控凝聚层微滴的物理性质，建立了基因型-表型联系 | 研究仅限于特定核酶系统和聚赖氨酸体系，尚未在其他生物分子系统中验证 | 开发具有可调材料特性的模型系统，用于模拟生命特性和进化研究 | 连接酶核酶系统、RNA-聚赖氨酸凝聚层微滴 | 合成生物学 | NA | 核酶催化、凝聚层形成分析 | NA | 生物物理特性数据、催化活性数据 | NA | 核酶工程 | 无细胞系统 | RNA连接催化系统 | 合成生物学、生命起源研究 |
| 29 | 2025-10-05 |
Illuminating protein space with a programmable generative model
2023-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06728-8
PMID:37968394
|
研究论文 | 介绍了一种名为Chroma的可编程生成模型，用于直接采样新颖的蛋白质结构和序列 | 开发了尊重聚合物系综构象统计的扩散过程、支持长程推理的亚二次缩放神经架构、从残基间几何合成三维结构的层，以及扩散模型的低温采样算法 | NA | 探索蛋白质空间的潜力，通过生成模型加速蛋白质设计 | 蛋白质分子和蛋白质复合物 | 机器学习 | NA | 扩散模型，生成模型 | 生成模型，扩散模型 | 蛋白质结构，蛋白质序列 | 310个蛋白质的实验表征，其中两个设计蛋白质的晶体结构解析 | NA | NA | NA | 医学，材料科学，合成生物学 |
| 30 | 2025-10-05 |
Cell Therapy Approaches for Articular Cartilage Regeneration
2023-12-31, Organogenesis
IF:1.6Q4
DOI:10.1080/15476278.2023.2278235
PMID:37963189
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综述 | 本文综述了关节软骨再生的细胞治疗方法及其在骨关节炎治疗中的潜力 | 探讨了合成生物学在基因工程改造细胞促进软骨再生和逆转骨关节炎方面的应用前景 | NA | 总结当前软骨缺损再生的细胞治疗方法并探讨其在骨关节炎治疗中的潜力 | 关节软骨、软骨缺损、骨关节炎 | 再生医学 | 骨关节炎 | 细胞治疗、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 31 | 2025-10-05 |
Harnessing synthetic biology for advancing RNA therapeutics and vaccine design
2023-11-30, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-023-00323-3
PMID:38036580
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综述 | 探讨合成生物学如何通过优化抗原设计、治疗构建体、治疗活性和递送载体来增强RNA疫苗和疗法的功能与疗效 | 系统阐述合成生物学工具在优化RNA疫苗抗原设计、治疗构建体、活性调控及递送载体方面的创新应用 | NA | 推动RNA疗法和疫苗设计的创新发展 | RNA疫苗和治疗方法 | 合成生物学 | 传染病（以COVID-19为例） | mRNA技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医药 |
| 32 | 2025-10-05 |
Design and deep learning of synthetic B-cell-specific promoters
2023-11-27, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad930
PMID:37889080
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研究论文 | 本研究通过设计合成B细胞特异性启动子并结合深度学习模型，解析免疫球蛋白基因转录调控机制 | 首次大规模设计合成23,640个B细胞特异性启动子，并构建能直接从序列预测转录强度的深度学习模型 | NA | 解析B细胞特异性转录调控机制并开发合成启动子工具 | B细胞特异性启动子和免疫球蛋白V基因启动子 | 合成生物学 | NA | MPRA（大规模平行报告基因检测）, 深度学习 | 深度学习模型 | DNA序列数据 | 23,640个合成B细胞特异性启动子 | 合成生物学方法 | B细胞 | B细胞特异性启动子设计 | 医学, 生物技术 |
| 33 | 2025-10-05 |
Design of a sorbitol-activated nitrogen metabolism-dependent regulatory system for redirection of carbon metabolism flow in Bacillus licheniformis
2023-11-27, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad859
PMID:37850640
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研究论文 | 开发了一种基于氮代谢的合成调控系统，用于重定向地衣芽孢杆菌中的碳代谢流 | 首次利用氮代谢信号构建调控系统，通过改造GlnR转录因子和添加山梨醇响应元件实现碳代谢流重定向 | NA | 开发基于氮代谢的合成调控工具以改善微生物细胞工厂性能 | 地衣芽孢杆菌的碳氮代谢调控 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、转录因子工程 | NA | NA | NA | 转录因子工程 | 地衣芽孢杆菌 | 山梨醇激活的氮代谢依赖型调控系统，包含工程化GlnR转录因子和山梨醇响应元件 | 工业生物技术 |
| 34 | 2025-10-05 |
Metagenomics harvested genus-specific single-stranded DNA-annealing proteins improve and expand recombineering in Pseudomonas species
2023-12-11, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad1024
PMID:37941137
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研究论文 | 本研究通过宏基因组学方法开发了假单胞菌属特异性的单链DNA退火蛋白，用于改善和扩展该菌属的重组工程能力 | 采用计算生物学工作流程生成属特异性SSAPs库，并通过高通量筛选发现比现有工具更高效的变体，首次在Pseudomonas taiwanensis和Pseudomonas fluorescens中实现重组工程 | 仅在四种假单胞菌物种中进行了测试，尚未验证在其他假单胞菌物种中的适用性 | 提高假单胞菌属的基因组编辑能力，扩展其代谢工程应用 | 假单胞菌属细菌，包括Pseudomonas putida、Pseudomonas aeruginosa、Pseudomonas taiwanensis和Pseudomonas fluorescens | 合成生物学 | NA | 宏基因组学、计算生物学、Oxford Nanopore NGS、高通量筛选 | NA | 基因组数据、测序数据 | 四种假单胞菌物种 | 单链DNA退火蛋白(SSAPs)、重组工程 | Pseudomonas putida, Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas taiwanensis, Pseudomonas fluorescens | NA | 工业生物技术, 环境生物技术 |
| 35 | 2025-10-05 |
Establishing a versatile toolkit of flux enhanced strains and cell extracts for pathway prototyping
2023-11, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2023.10.008
PMID:37890611
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研究论文 | 本研究开发了一套代谢通量增强的工程菌株和细胞提取物工具包，用于加速生物合成路径的原型构建 | 首次通过CRISPR-dCas9技术构建了多种代谢通量增强的工程菌株，并创建了相应的细胞提取物工具包用于体外路径原型构建 | 不同生物合成路径与代谢网络的相互作用存在差异，工具包的普适性需要进一步验证 | 开发用于生物合成路径快速原型构建的通用工具平台 | 大肠杆菌和酿酒酵母工程菌株及其细胞提取物 | 合成生物学 | NA | CRISPR-dCas9, 代谢工程, 代谢组学分析 | NA | 代谢物数据, 酶活性数据 | 多种工程菌株（针对6种关键代谢前体物）及其细胞提取物 | CRISPR-dCas9 | Escherichia coli, Saccharomyces cerevisiae | 代谢通量重布线，针对乙酰辅酶A、莽草酸、磷酸三糖、草酰乙酸、α-酮戊二酸和葡萄糖-6-磷酸等关键代谢前体物 | 能源, 材料, 医药, 工业生物技术 |
| 36 | 2025-10-05 |
Precision engineering of biological function with large-scale measurements and machine learning
2023, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0283548
PMID:36989327
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研究论文 | 本文提出了两种用于精确工程化遗传传感器的互补方法：计算机筛选和机器学习辅助的正向工程 | 开发了基于大规模基因型-表型数据集的计算机筛选方法，以及可解释机器学习与生物物理模型相结合的正向工程方法 | NA | 开发能够定量精确工程化生物传感功能的方法 | 遗传传感器及其剂量响应特性 | 机器学习 | NA | 计算机筛选、机器学习 | 可解释机器学习模型、生物物理模型 | 基因型-表型数据集 | 大规模数据集 | NA | NA | 遗传传感器、剂量响应曲线、灵敏度(EC50)调节、反向剂量响应 | 工业生物技术 |
| 37 | 2025-10-05 |
Evolution and synthetic biology
2023-12, Current opinion in microbiology
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.mib.2023.102394
PMID:37801925
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综述 | 本文综述了受进化观察启发的三个合成生物学领域：基于细胞的生物分子进化组合方法、建立微生物群落的工程互依赖性以及合成免疫学 | 系统梳理了进化观察如何为合成生物学设计提供灵感，并聚焦于三个具体研究方向的进化前提 | 仅涵盖了进化启发合成生物学应用的部分案例，未穷尽所有相关领域 | 探讨进化观察如何启发和塑造合成生物学与生物技术 | 合成生物学中受进化启发的技术平台和应用 | 合成生物学 | NA | 遗传电路构建、合成翻译系统、代谢工程 | NA | NA | NA | NA | 细胞、微生物群落 | 遗传电路、合成翻译系统、代谢途径 | 生物技术 |
| 38 | 2025-10-05 |
Toward the clinical development of synthetic immunity to cancer
2023-11, Immunological reviews
IF:7.5Q1
DOI:10.1111/imr.13245
PMID:37491719
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综述 | 本文提出合成生物学工具在癌症免疫治疗中的应用原则，并概述当前合成生物学细胞疗法设计的现状 | 提出五项指导下一代细胞疗法设计的工程原则，旨在提高临床转化成功率 | NA | 提高合成生物学细胞疗法在癌症治疗中的临床转化成功率 | 合成生物学细胞疗法，特别是嵌合抗原受体(CAR)等免疫细胞工程 | 合成生物学 | 癌症 | 合成生物学工具，嵌合抗原受体(CAR) | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN | 免疫细胞，哺乳动物细胞 | 嵌合抗原受体，免疫细胞工程，生物传感器 | 医学 |
| 39 | 2025-10-05 |
Synthesizing a Smarter CAR T Cell: Advanced Engineering of T-cell Immunotherapies
2023-08-03, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-22-0962
PMID:37429007
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综述 | 探讨合成生物学在改进CAR-T细胞免疫疗法中的应用与前景 | 整合合成生物学技术开发新一代工程化免疫细胞疗法，扩展可治疗疾病范围并提升治疗效果 | NA | 改进CAR-T细胞免疫疗法的安全性和有效性 | 嵌合抗原受体T细胞（CAR-T细胞） | 合成生物学 | 血癌 | 合成生物学技术 | NA | NA | NA | NA | T细胞 | 嵌合抗原受体设计 | 医学 |
| 40 | 2025-10-05 |
Engineering yeast for the production of plant terpenoids using synthetic biology approaches
2023-12-13, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/d3np00005b
PMID:37523210
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综述 | 本文综述了2011-2022年间通过合成生物学方法在酵母中生产植物萜类化合物的研究进展 | 系统总结了酵母工程化生产萜类化合物的四个关键方向：宿主代谢调控、代谢途径重构、酶催化特性改造以及生产定位策略 | NA | 通过代谢工程和合成生物学方法在微生物宿主中生产萜类化合物 | 酵母工程化及植物萜类化合物 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、合成生物学 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly | 酵母 | 代谢途径重构、酶催化系统改造、亚细胞区室化 | 工业生物技术, 医药 |