合成生物学相关文章
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当前共找到 349 篇文献，本页显示第 141 - 160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2024-08-07 |
Systematic identification of transcriptional activator domains from non-transcription factor proteins in plants and yeast
2023-Sep-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.12.557247
PMID:37745555
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研究论文 | 本研究利用激活域预测工具PADDLE，对两种模式真核生物的整个蛋白质组进行挖掘，系统识别非转录因子蛋白中的转录激活域 | 首次大规模识别非转录因子蛋白中的转录激活域，并验证其在酵母中的转录激活能力 | NA | 探索非转录因子蛋白中的转录激活域及其在转录调控中的作用 | 植物和酵母中的非转录因子蛋白 | 生物信息学 | NA | PADDLE激活域预测工具 | NA | 蛋白质序列 | 18,000个片段，覆盖>800个非转录因子基因 |
| 142 | 2024-08-07 |
Engineered calprotectin-sensing probiotics for IBD surveillance in humans
2023-08-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2221121120
PMID:37523538
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研究论文 | 本文介绍了一种能够检测炎症性肠病（IBD）生物标志物——钙卫蛋白的工程化益生菌 | 利用合成生物学技术，开发了一种能够在IBD患者中特异性检测钙卫蛋白的工程化益生菌 | 目前仅在啮齿动物模型和患者粪便样本中进行了测试，需要进一步的人体临床试验验证 | 开发一种非侵入性的方法来监测IBD患者的疾病活动 | 工程化益生菌在IBD患者中的应用 | 生物技术 | 炎症性肠病 | 合成生物学 | NA | 粪便样本 | 啮齿动物模型和人类患者粪便样本 |
| 143 | 2024-08-07 |
Illuminating protein space with a programmable generative model
2023-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06728-8
PMID:37968394
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研究论文 | 介绍了一种名为Chroma的可编程生成模型，用于生成新的蛋白质结构和序列，并能够根据特定属性和功能进行条件生成 | 引入了尊重聚合物集合构象统计的扩散过程，以及用于分子系统的高效神经架构，支持长距离推理并具有次二次缩放特性 | NA | 加速蛋白质设计的编程，以造福人类健康、材料科学和合成生物学 | 蛋白质及其复合物的设计 | 生物信息学 | NA | 扩散模型 | 生成模型 | 蛋白质结构 | 310种蛋白质 |
| 144 | 2024-08-07 |
MaxCal can infer models from coupled stochastic trajectories of gene expression and cell division
2023-07-11, Biophysical journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1016/j.bpj.2023.05.017
PMID:37218129
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研究论文 | 本文展示了最大熵原理（MaxCal）结合贝叶斯框架，可以从耦合的随机轨迹数据中推断出细胞和分子层面的细节信息 | 提出了使用MaxCal方法从耦合的随机轨迹数据中推断细胞分裂速率、蛋白质生产和降解速率等细节信息，即使在数据存在荧光噪声的情况下也能有效 | 文章主要使用合成数据进行验证，实际生物系统中的应用效果需要进一步验证 | 探索如何从耦合的基因表达和细胞分裂的随机轨迹数据中推断模型 | 基因表达和细胞分裂的耦合随机轨迹 | 生物信息学 | NA | 最大熵原理（MaxCal） | 贝叶斯框架 | 时间序列数据 | 未具体说明样本数量 |
| 145 | 2024-08-07 |
Enzymatic Fluoromethylation Enabled by the S-Adenosylmethionine Analog Te-Adenosyl-L-(fluoromethyl)homotellurocysteine
2023-May-24, ACS central science
IF:12.7Q1
DOI:10.1021/acscentsci.2c01385
PMID:37252363
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研究论文 | 本文描述了一种新型生物相关氟甲基化试剂Te-Adenosyl-L-(fluoromethyl)homotellurocysteine（FMeTeSAM）的合成及其应用 | FMeTeSAM与细胞内通用甲基供体S-腺苷甲硫氨酸（SAM）结构和化学相关，支持氟甲基团向氧、氮、硫和某些碳亲核体的稳健转移 | NA | 探索氟甲基、二氟甲基和三氟甲基在药物和农药中的应用及其对分子疗效和代谢稳定性的影响 | 新型氟甲基化试剂FMeTeSAM及其在复杂天然产物如oxaline和daunorubicin中的应用 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 146 | 2024-08-07 |
Opportunities to accelerate extracellular vesicle research with cell-free synthetic biology
2023-May, Journal of extracellular biology
DOI:10.1002/jex2.90
PMID:38938277
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研究论文 | 本文探讨了利用无细胞合成生物学加速外泌体研究的机会和挑战 | 提出利用无细胞基因表达系统进行外泌体的理性工程设计和制造，以用于基础或转化外泌体研究 | 目前对外泌体异质性、货物装载机制和外泌体计量学的理解存在局限 | 加速外泌体研究和其在医疗应用中的发展 | 外泌体的生物发生机制及其在医疗传感器和治疗生物制造平台中的应用 | 合成生物学 | NA | 无细胞基因表达 | NA | NA | NA |
| 147 | 2024-08-07 |
Multiplex Single-Nucleotide Microbial Genome Editing Achieved by CRISPR-Cas9 Using 5'-End-Truncated sgRNAs
2023-07-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00323
PMID:37368988
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研究论文 | 本文通过使用5'-端截断的单分子引导RNA（sgRNA）方法，实现了CRISPR-Cas9系统在微生物基因组中高效且精确的单核苷酸水平多重编辑 | 采用5'-端截断的sgRNA方法，提高了基因编辑的效率和准确性，并成功应用于多个基因的同时编辑 | 未提及具体限制 | 探索CRISPR-Cas9系统在微生物基因组编辑中的应用，特别是单核苷酸水平的多重编辑 | 微生物基因组中的特定基因 | NA | NA | CRISPR-Cas9 | NA | 基因组数据 | 未提及具体样本数量 |
| 148 | 2024-08-07 |
De novo design of protein interactions with learned surface fingerprints
2023-05, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-05993-x
PMID:37100904
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研究论文 | 本文利用几何深度学习框架在蛋白质表面生成指纹，描述驱动蛋白质-蛋白质相互作用的几何和化学特征，以实现蛋白质相互作用的新设计。 | 提出了一种基于蛋白质表面指纹的新型计算设计方法，用于设计新型蛋白质相互作用。 | NA | 探索蛋白质相互作用的分子决定因素，并开发一种新的计算方法来设计蛋白质结合剂。 | 蛋白质相互作用及其在合成生物学和转化应用中的设计。 | 机器学习 | NA | 几何深度学习 | NA | 蛋白质结构数据 | 涉及四个蛋白质目标：SARS-CoV-2 spike, PD-1, PD-L1 和 CTLA-4。 |
| 149 | 2024-08-07 |
Visualizing the disordered nuclear transport machinery in situ
2023-05, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-05990-0
PMID:37100914
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研究论文 | 本文通过合成生物学启发的位点特异性小分子标记方法与高时间分辨率荧光显微镜相结合，直接探测活细胞和通透化细胞中NPC内关键FG-NUP98的构象 | 本文首次在纳米尺度的运输通道内绘制了未知的分子环境，并确定了通道提供了一个'良好溶剂'环境，使FG域能够采取扩展构象，从而控制核与细胞质之间的运输 | NA | 研究核孔复合体(NPC)内无序蛋白质的构象及其对核与细胞质间运输的控制 | 哺乳动物核孔复合体(NPC)内的FG-NUP98蛋白 | 生物学 | NA | 荧光显微镜 | NA | 图像 | 单个通透化细胞 |
| 150 | 2024-08-07 |
BioAutoMATED: An end-to-end automated machine learning tool for explanation and design of biological sequences
2023-06-21, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2023.05.007
PMID:37348466
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research paper | 本文介绍了一个名为BioAutoMATED的端到端自动化机器学习工具，用于生物序列的解释和设计 | BioAutoMATED整合了多种自动化机器学习方法，形成了一个统一的框架，专门用于生物序列分析，并能自动提供相关技术进行序列分析、解释和设计 | NA | 旨在降低生物学家在研究中应用机器学习的门槛 | 生物序列，包括核酸、氨基酸或糖链序列 | machine learning | NA | AutoML | AutoML | sequence | NA |
| 151 | 2024-08-07 |
Protein Cages and Nanostructures Constructed from Protein Nanobuilding Blocks
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3222-2_4
PMID:37308639
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研究论文 | 本文介绍了使用WA20二聚体从头蛋白设计蛋白质纳米构建块（PN-Blocks）以构建自组装蛋白质笼和纳米结构的方法 | 开发了WA20-foldon蛋白质纳米构建块，通过融合WA20二聚体和T4噬菌体纤维蛋白的三聚体foldon域，实现了多种六聚体纳米结构的自我组装 | NA | 探索蛋白质笼和纳米结构的设计与构建方法，及其在合成生物学和生物制药领域的应用 | 蛋白质纳米构建块（PN-Blocks）及其自组装形成的蛋白质笼和纳米结构 | 合成生物学 | NA | 蛋白质融合 | NA | 蛋白质结构 | 多种六聚体纳米结构 |
| 152 | 2024-08-07 |
Automated Platform for the Plasmid Construction Process
2023-12-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00292
PMID:37948662
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研究论文 | 本文报道了名为DNAda的应用程序的开发，该程序能够为J5 DNA组装程序生成的任何给定DNA构建体设计编写自动化指令，并描述了自动化流程及其多个实用功能 | 开发了一个能够自动化编写DNA构建体设计指令的应用程序DNAda，并展示了其在组合DNA组装构建中的实用性 | NA | 开发一个自动化平台，用于处理大型合成生物学实验中的质粒构建过程 | DNA构建体设计的自动化指令编写及组合DNA组装的构建 | 合成生物学 | NA | DNA组装 | NA | DNA序列 | 构建了一个包含120个质粒的库，这些质粒大小从7到14 kb不等，由4到7个DNA片段组成 |
| 153 | 2024-08-07 |
GENETTA: a Network-Based Tool for the Analysis of Complex Genetic Designs
2023-12-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00333
PMID:37963232
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研究论文 | GENETTA 是一种基于网络的工具，利用图论将合成生物学设计转化为网络进行分析和操作 | GENETTA 能够将复杂数据表示为互联点，允许动态定制可视化，包括交互网络和部件层次结构，并能合并来自多个数据库的设计数据 | NA | 开发一种用于分析复杂遗传设计的网络工具 | 合成生物学设计 | 生物信息学 | NA | 图论 | NA | 网络数据 | NA |
| 154 | 2024-08-07 |
The Laboratory Automation Protocol (LAP) Format and Repository: A Platform for Enhancing Workflow Efficiency in Synthetic Biology
2023-12-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00397
PMID:37982688
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研究论文 | 本文介绍了实验室自动化协议（LAP）格式和存储库，旨在提高合成生物学中的工作流程效率 | LAP采用标准化脚本格式，模块化设计，可无缝组合创建定制的目标特定工作流程，并经过实验验证确保可靠性 | NA | 解决实验科学家在实施开源自动化解决方案时缺乏标准化工具包的问题 | 实验室自动化协议（LAP）格式和存储库 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 155 | 2024-08-07 |
Using Methyl Bromide for Interspecies Cell-Cell Signaling and As a Reporter in a Model Soil Consortium
2023-12-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00559
PMID:37991716
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研究论文 | 研究评估了在土壤微生物群落中，通过合成生物学工具编程单一成员来报告基因表达的可能性，无需破坏土壤基质。 | 通过将甲基卤素转移酶表达与组成型启动子耦合，实现了在土壤中合成甲基卤素，并能通过气体色谱直接读取或通过土壤衍生生物间接响应甲基卤素。 | NA | 开发用于研究土壤微生物群落响应动态水分条件的合成生物学工具。 | 五成员土壤模型群落（MSC）及其在不同环境相关水分条件下的行为。 | 合成生物学 | NA | 气体色谱 | NA | 气体信号 | 五成员土壤模型群落 |
| 156 | 2024-08-07 |
Tunable Dynamics in a Multistrain Transcriptional Pulse Generator
2023-12-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00434
PMID:38016068
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研究论文 | 本文展示了通过调整合成微生物群落中菌株的比例来调节电路动态 | 开发了一种由三种工程菌株组成的微生物群落，利用同型丝氨酸内酯介导的细胞间信号传导形成多菌株不一致类型1前馈环路，作为基因表达的脉冲发生器 | 数学模型在极端比例下的预测准确性有待验证 | 研究如何在合成微生物群落中通过调节菌株比例来实现基因电路的特定行为 | 合成微生物群落中的基因电路动态调节 | 合成生物学 | NA | 细胞间信号传导 | 不一致类型1前馈环路 | 数学模型 | 三种工程菌株组成的微生物群落 |
| 157 | 2024-08-07 |
Establishing Tunable Genetic Logic Gates with Versatile Dynamic Performance by Varying Regulatory Parameters
2023-12-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00554
PMID:38033235
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研究论文 | 本研究通过调整调节参数，设计并构建了具有多功能动态性能的可调遗传逻辑门 | 本研究首次将香豆酸生物传感器系统与tetR或lacI调控系统结合，构建了AND遗传逻辑门，并结合反义RNA或单导RNA构建了香豆酸触发的NOT遗传逻辑门 | NA | 扩展遗传逻辑门在代谢工程和合成生物学中的应用 | 遗传逻辑门的设计与构建 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 158 | 2024-08-07 |
Creation of Architecturally Minimal Transcriptionally Activating Riboswitches Responsive to Theophylline Reveals an Unconventional Design Strategy
2023-12-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00519
PMID:38052004
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研究论文 | 本研究开发了一种新型设计策略，用于创建结构最小化的转录激活型茶碱响应性核糖开关 | 提出了一种新的设计方法，通过合成茶碱RNA适配体和设计表达平台，实现了高效且广泛兼容的转录激活型核糖开关 | NA | 开发简化的合成核糖开关，以便于集成到复杂的基因电路中 | 转录激活型核糖开关的设计与应用 | 合成生物学 | NA | RNA适配体设计 | NA | RNA序列 | 设计并构建了多个序列，通过虚拟筛选确定了两种转录激活型核糖开关 |
| 159 | 2024-08-07 |
Navigating the Frontier of Synthetic Biology: An AI-Driven Analytics Platform for Exploring Research Trends and Relationships
2023-11-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00192
PMID:37648657
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研究论文 | 本研究利用主题建模技术全面映射合成生物学领域的研究主题，揭示子主题及其关系和时间趋势 | 本研究通过分析合成生物学的文献，揭示了研究主题的子领域和它们之间的关系，以及时间趋势 | NA | 旨在深入理解合成生物学并为其分析提供基础 | 合成生物学的研究主题、子主题及其关系和时间趋势 | 合成生物学 | NA | 主题建模 | NA | 文本 | NA |
| 160 | 2024-08-07 |
Nonsterilized Fermentation of Crude Glycerol for Polyhydroxybutyrate Production by Metabolically Engineered Vibrio natriegens
2023-11-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00498
PMID:37856147
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研究论文 | 本文通过基因工程改造快速生长的盐和有毒物质耐受性强的细菌Vibrio natriegens，实现了从非灭菌发酵的有机废物中高效生产聚羟基丁酸酯（PHB） | 通过基因编辑和过表达关键基因，成功提高了PHB的产量和耐受性，且在非灭菌条件下表现出色 | NA | 探索通过基因工程提高微生物发酵生产聚羟基丁酸酯的效率和成本效益 | Vibrio natriegens细菌及其在PHB生产中的应用 | 合成生物学 | NA | 基因编辑 | NA | 微生物发酵 | NA |