合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-10-14	Leveraging artificial intelligence in the fight against infectious diseases 2023-07-14, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adh1114 PMID:37440620	综述	本文讨论了利用人工智能在检测、治疗和理解传染病方面的进展	强调了人工智能在抗感染药物发现、感染生物学理解以及诊断开发方面的快速进展	NA	探讨人工智能在应对传染病爆发和流行病中的未来应用	传染病检测、治疗和理解	机器学习	NA	人工智能	NA	NA	NA
2	2024-10-01	Deploying synthetic coevolution and machine learning to engineer protein-protein interactions 2023-07-28, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adh1720 PMID:37499032	研究论文	本文介绍了一种利用合成共进化和机器学习平台来精细调控蛋白质-蛋白质相互作用的方法	通过合成共进化平台和预训练的蛋白质语言模型，实现了对蛋白质相互作用的系统级分析和预测，扩展了氨基酸多样性	NA	开发一种模拟蛋白质共进化并生成具有多样分子识别特性的蛋白质复合物的方法	蛋白质-蛋白质相互作用	机器学习	NA	合成共进化	蛋白质语言模型	蛋白质数据	大量共进化复合物
3	2024-09-28	Boolean logic in synthetic biology and biomaterials: Towards living materials in mammalian cell therapeutics 2023-07, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1244 PMID:37386762	综述	本文综述了合成生物学和生物材料领域中使用布尔逻辑在新型治疗中的应用，特别是哺乳动物细胞治疗中的活体材料	探讨了布尔逻辑在合成生物学和生物材料中的应用，以创建新型且有效的活体治疗	早期项目显示出巨大潜力，但这些领域的协调仍在进行中	探索合成生物学和生物材料中布尔逻辑的潜力，以提高新型治疗的安全性和有效性	布尔逻辑在药物释放、多肽合成等治疗输出中的应用	合成生物学	NA	布尔逻辑	NA	NA	NA
4	2024-09-23	Engineering tRNA abundances for synthetic cellular systems 2023-07-31, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-40199-9 PMID:37524714	研究论文	本文使用胶体动力学模拟器预测tRNA丰度对蛋白质合成速率的影响，并通过理性设计和直接RNA合成制造了21种合成tRNA替代品，利用计算机辅助设计框架中的进化算法来设计翻译系统，以实现更快的蛋白质合成速率	本文首次使用物理学工具预测全细胞合成生物学中所需的分子丰度，并通过实验验证了预测结果	本文仅在实验室条件下验证了预测结果，尚未在大规模合成细胞系统中进行验证	开发物理学工具来预测合成细胞系统中所需的分子丰度，并验证其有效性	tRNA丰度对蛋白质合成速率的影响	合成生物学	NA	胶体动力学模拟	进化算法	tRNA	21种合成tRNA替代品
5	2024-09-23	Enhancing 1,3-Propanediol Productivity in the Non-Model Chassis Clostridium beijerinckii through Genetic Manipulation 2023-Jul-22, Microorganisms IF:4.1Q2 DOI:10.3390/microorganisms11071855 PMID:37513028	研究论文	通过基因操作提高非模式底盘菌株Clostridium beijerinckii中1,3-丙二醇的产量	通过基因过表达策略提高了Clostridium beijerinckii中1,3-丙二醇的产量，并扩展了该菌株的遗传工具	Clostridium beijerinckii的遗传工具有限、生长速度慢且对氧气敏感	研究通过基因操作提高Clostridium beijerinckii中1,3-丙二醇的产量	Clostridium beijerinckii菌株及其代谢途径	生物技术	NA	基因过表达	NA	NA	NA
6	2024-09-23	A Role for Bottom-Up Synthetic Cells in the Internet of Bio-Nano Things? 2023-Jul-21, Molecules (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/molecules28145564 PMID:37513436	研究论文	讨论自下而上合成细胞在生物纳米物联网中的潜在作用	提出自下而上合成细胞在生物纳米物联网中的新应用，特别是通过化学信号进行分子通信的创新技术	自下而上合成细胞的复杂性较低，功能有限	探讨自下而上合成细胞在生物纳米物联网中的潜力，并激发相关领域的兴趣和讨论	自下而上合成细胞及其在生物纳米物联网中的应用	合成生物学	NA	分子通信	NA	NA	NA
7	2024-09-23	How to engineer the unknown: Advancing a quantitative and predictive understanding of plant and soil biology to address climate change 2023-07, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3002190 PMID:37459291	研究论文	本文探讨了如何通过量化和预测植物与土壤生物学来应对气候变化	提出了通过系统调整关键控制变量并利用理论解释观察结果的方法，以实现对植物生物学的预测性理解	目前对生物圈碳循环的理解仍然是定性的和不完整的	推进对植物和土壤生物学的量化和预测性理解，以应对气候变化	植物生物学和土壤生物学	生物学	NA	NA	NA	NA	NA
8	2024-08-06	Distinct phases of cellular signaling revealed by time-resolved protein synthesis 2023-Jul-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.10.548208 PMID:37503273	研究论文	本研究展示了时间分辨的蛋白质合成技术揭示细胞信号传递的不同阶段	开发了一种邻近触发的蛋白质转拼接技术，可以时间分辨地合成目标蛋白，揭示与癌症转化相关的新型治疗靶标	在抽象中未提及具体的样本大小和实验条件	利用合成生物学工具操控细胞状态并揭示细胞信号传递的动态过程	应用于包括BCR/ABL和DNAJB1/PRKACA等多种蛋白的细胞磷酸化事件	合成生物学	癌症	邻近触发的蛋白质转拼接技术	NA	蛋白质	NA
9	2024-08-07	Understanding Autologous Spliceostatin Transcriptional Regulation to Derive Parts for Heterologous Expression in a Burkholderia Bacterial Host 2023-07-21, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00228 PMID:37338297	研究论文	研究利用β-变形菌FERM BP-3421作为合成生物学平台，探索其天然产物的发现与开发	开发了一种Fr9A调控的启动子系统，用于优化异源表达，并成功应用于GFP和capistruin lasso肽的表达	NA	开发合成生物学平台以促进天然产物的发现	β-变形菌FERM BP-3421及其产生的autologous spliceostatins	合成生物学	NA	转录组学、绿色荧光蛋白（GFP）报告基因检测	NA	转录组数据、荧光信号	NA
10	2024-08-07	MaxCal can infer models from coupled stochastic trajectories of gene expression and cell division 2023-07-11, Biophysical journal IF:3.2Q2 DOI:10.1016/j.bpj.2023.05.017 PMID:37218129	研究论文	本文展示了最大熵原理（MaxCal）结合贝叶斯框架，可以从耦合的随机轨迹数据中推断出细胞和分子层面的细节信息	提出了使用MaxCal方法从耦合的随机轨迹数据中推断细胞分裂速率、蛋白质生产和降解速率等细节信息，即使在数据存在荧光噪声的情况下也能有效	文章主要使用合成数据进行验证，实际生物系统中的应用效果需要进一步验证	探索如何从耦合的基因表达和细胞分裂的随机轨迹数据中推断模型	基因表达和细胞分裂的耦合随机轨迹	生物信息学	NA	最大熵原理（MaxCal）	贝叶斯框架	时间序列数据	未具体说明样本数量
11	2024-08-07	Multiplex Single-Nucleotide Microbial Genome Editing Achieved by CRISPR-Cas9 Using 5'-End-Truncated sgRNAs 2023-07-21, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00323 PMID:37368988	研究论文	本文通过使用5'-端截断的单分子引导RNA（sgRNA）方法，实现了CRISPR-Cas9系统在微生物基因组中高效且精确的单核苷酸水平多重编辑	采用5'-端截断的sgRNA方法，提高了基因编辑的效率和准确性，并成功应用于多个基因的同时编辑	未提及具体限制	探索CRISPR-Cas9系统在微生物基因组编辑中的应用，特别是单核苷酸水平的多重编辑	微生物基因组中的特定基因	NA	NA	CRISPR-Cas9	NA	基因组数据	未提及具体样本数量
12	2024-08-07	Genetic Engineering of Resident Bacteria in the Gut Microbiome 2023-07-25, Journal of bacteriology IF:2.7Q3 DOI:10.1128/jb.00127-23 PMID:37382533	综述	本文综述了肠道微生物群中常驻细菌的遗传工程技术及其在评估宿主-微生物相互作用和调节人类生理中的应用	新兴的合成生物学工具集为非模型常驻肠道微生物的遗传工程提供了改进的基础	NA	探讨遗传工程在肠道微生物群中的应用及其对宿主健康的影响	肠道微生物群中的常驻细菌	合成生物学	NA	遗传工程	NA	NA	NA
13	2024-08-07	Harnessing synthetic biology to enhance ocean health 2023-07, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2022.12.015 PMID:36669947	研究论文	本文探讨了利用合成生物学方法增强海洋健康的框架	提出利用合成生物学工具创新性地增强海洋生物系统的自然适应能力，以应对人类活动引起的快速变化	NA	探索合成生物学在解决海洋塑料污染、珊瑚白化和有害藻华等问题中的应用	海洋健康、塑料污染、珊瑚白化、有害藻华	NA	NA	合成生物学	NA	NA	NA
14	2024-08-07	Advances in Metabolic Engineering of Plant Monoterpene Indole Alkaloids 2023-Jul-27, Biology DOI:10.3390/biology12081056 PMID:37626942	综述	本文综述了植物单萜吲哚生物碱（MIAs）代谢工程的最新进展和策略	探讨了通过合成生物学方法在异源宿主中增加MIAs产量和扩展其化学多样性的策略	讨论了当前制造MIAs的问题和未来发展	旨在通过代谢工程和合成生物学方法提高MIAs的产量和多样性	植物单萜吲哚生物碱（MIAs）	代谢工程	NA	代谢工程	NA	NA	NA
15	2024-08-07	Synthetic developmental biology: molecular tools to re-design plant shoots and roots 2023-07-18, Journal of experimental botany IF:5.6Q1 DOI:10.1093/jxb/erad169 PMID:37155965	综述	本文综述了合成生物学技术在植物系统中的最新发展及其在工程化植物生长和发育中的潜力	介绍了高效的遗传构建方法（如Golden Gate DNA组装框架和工具包）以及一系列基因调控工具（如细胞类型特异性启动子、逻辑门和多重调控系统），这些技术开始使发育途径工程化在模型植物和作物物种中具有可预测的结果	NA	探讨合成生物学方法在精确工程化植物发育中的应用	植物的生长和发育	合成生物学	NA	Golden Gate DNA Assembly	NA	NA	NA
16	2024-08-07	Structure, folding and flexibility of co-transcriptional RNA origami 2023-07, Nature nanotechnology IF:38.1Q1 DOI:10.1038/s41565-023-01321-6 PMID:36849548	研究论文	本文通过低温电子显微镜研究RNA折纸结构的结构、折叠和灵活性，揭示了RNA折纸设计中的关键结构参数和折叠机制	发现了RNA折纸设计中的动力学折叠陷阱，并通过组合不同结构构建了多域卫星形状，揭示了域的灵活性	NA	深入理解RNA折纸结构的结构特性和折叠原理，以改进RNA纳米器件的设计	RNA折纸片和束的结构、折叠过程及其灵活性	合成生物学	NA	低温电子显微镜	NA	结构参数	NA
17	2024-08-07	Synthetic Biology Facilitates Semisynthetic Development of Type V Glycopeptide Antibiotics Targeting Vancomycin-Resistant Enterococcus 2023-07-13, Journal of medicinal chemistry IF:6.8Q1 DOI:10.1021/acs.jmedchem.3c00633 PMID:37315221	研究论文	本研究通过合成生物学方法，对第五类糖肽抗生素rimomycin A进行半合成改造，生成了32种新的类似物，其中一种化合物通过N端酰化和C端酰胺化，显示出增强的抗万古霉素耐药肠球菌（VRE）活性和溶解性	本研究创新性地通过合成生物学方法改造第五类糖肽抗生素，生成新的类似物，并展示了其增强的抗VRE活性	NA	开发针对万古霉素耐药肠球菌的下一代糖肽抗生素	第五类糖肽抗生素rimomycin A及其类似物	合成生物学	NA	合成生物学	NA	NA	32种新的类似物
18	2024-08-07	Challenges and advances towards the rational design of microalgal synthetic promoters in Chlamydomonas reinhardtii 2023-07-18, Journal of experimental botany IF:5.6Q1 DOI:10.1093/jxb/erad100 PMID:37025006	研究论文	本文讨论了在Chlamydomonas reinhardtii中设计和开发合成启动子的挑战和进展	提出了适用于微藻的高通量研究方法和新的方法来研究藻类启动子	微藻的合成启动子开发存在主要限制，但提供了克服这些限制的新建议和展望	优化和修改微藻的代谢输出，使其与现有的工业生物技术宿主竞争	Chlamydomonas reinhardtii中的合成启动子	NA	NA	NA	NA	NA	NA
19	2024-08-07	An Engineered Heat-Inducible Expression System for the Production of Casbene in Nicotiana benthamiana 2023-Jul-13, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms241411425 PMID:37511181	研究论文	本研究设计了一种热诱导启动子系统，用于在烟草中生产二萜类化合物casbene	通过结合热休克元件和病毒元件，设计了四种嵌合启动子，其中Ara2变体在热休克后显示出最强的荧光信号	NA	开发一种热诱导表达系统，用于在植物中合成casbene	烟草植物中的casbene生产	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA