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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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21 | 2024-08-07 |
Integrating genomic and multiomic data for Angelica sinensis provides insights into the evolution and biosynthesis of pharmaceutically bioactive compounds
2023-11-24, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-05569-5
PMID:38001348
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研究论文 | 本文报道了改进的安国芹(Angelica sinensis var. Qinggui1)染色体规模基因组,并结合基因组测序、代谢组学分析和转录组分析,揭示了安国芹根中主要药理活性成分的生物合成途径和关键代谢基因 | 首次揭示了安国芹根中主要药理活性成分的生物合成途径和关键代谢基因,并探讨了这些基因的进化和调控机制 | NA | 研究安国芹根中主要药理活性成分的生物合成途径和关键代谢基因 | 安国芹根中的药理活性成分 | 基因组学 | NA | 基因组测序、代谢组学分析、转录组分析 | NA | 基因组数据、代谢组数据、转录组数据 | 安国芹根(正常生长和早花期) |
22 | 2024-08-07 |
High-Level Production of scFv-Fc Antibody Using an Artificial Promoter System with Transcriptional Positive Feedback Loop of Transactivator in CHO Cells
2023-11-16, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12222638
PMID:37998372
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研究论文 | 本研究通过设计基于人工转录因子的基因表达系统,开发了一种在CHO细胞中高效生产scFv-Fc抗体的高产系统 | 利用人工转录因子构建的正反馈回路系统,实现了在CHO细胞中高表达目标基因,从而达到高产量的抗体生产 | NA | 开发一种在CHO细胞中高效生产抗体的高产系统 | scFv-Fc抗体 | 生物技术 | NA | 人工转录因子 | NA | NA | 使用高细胞密度悬浮培养和无血清培养基进行半连续培养 |
23 | 2024-08-07 |
A spotlight on global collaboration in the Sc2.0 yeast consortium
2023-11-08, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2023.100441
PMID:38020973
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研究论文 | 本文重点介绍了合成酵母基因组项目(Sc2.0)中中国研究团队的工作及其对Sc2.0和合成生物学未来的看法 | NA | NA | 创建和优化合成染色体,最终目标是组装一个具有设计特征的合成酵母生物,以促进合成生物学和工程项目的应用 | 合成酵母基因组 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
24 | 2024-08-07 |
Soil as a transdisciplinary research catalyst: from bioprospecting to biorespecting
2023-Nov, Royal Society open science
IF:2.9Q1
DOI:10.1098/rsos.230963
PMID:38026022
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研究论文 | 本文通过一个公共参与项目,探讨了土壤微生物组在城市六个地点的应用,使用基于纳米孔的DNA测序技术,并结合合成生物学、环境人文学和微生物生态学等多个学科的研究 | 提出了从'生物勘探'到'生物尊重'的概念转变,强调了基因信息使用应考虑其生态系统来源的责任 | NA | 探讨如何公平合理地使用土壤微生物组的潜在价值信息 | 土壤微生物组及其在城市环境中的应用 | 微生物生态学 | NA | 基于纳米孔的DNA测序 | NA | DNA序列 | 六个城市地点的土壤样本 |
25 | 2024-08-07 |
A comparative analysis of stably expressed genes across diverse angiosperms exposes flexibility in underlying promoter architecture
2023-11-01, G3 (Bethesda, Md.)
DOI:10.1093/g3journal/jkad206
PMID:37697043
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研究论文 | 本文通过比较多种被子植物中稳定表达基因的启动子结构,探讨了启动子架构的灵活性 | 研究发现核心启动子类型与表达模式之间存在相关性而非因果关系,强调了在多样植物物种中寻找或构建组成型启动子的挑战 | 研究依赖于公开的RNA-seq数据,可能存在数据质量和覆盖范围的局限性 | 验证核心启动子设计规则在不同被子植物中的保守性 | 多种被子植物中的稳定表达基因及其启动子结构 | NA | NA | RNA-seq | NA | RNA序列数据 | 多个被子植物物种 |
26 | 2024-08-07 |
IDESS: a toolbox for identification and automated design of stochastic gene circuits
2023-11-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad682
PMID:37988145
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research paper | 本文介绍了IDESS工具箱,用于优化基于设计的基因调控电路的模型识别和自动设计,特别是在随机机制中。 | IDESS工具箱结合了化学主方程的有效近似和随机模拟算法,以及能够解决混合整数非线性规划问题的全局优化算法。 | NA | 提高合成生物学中基因电路模型识别和自动设计的可预测性。 | 基因调控电路的自动设计和参数估计。 | synthetic biology | NA | 化学主方程近似,随机模拟算法 | NA | NA | NA |
27 | 2024-08-07 |
Genome Mining Reveals a Surprising Number of Sugar Reductases in Aspergillus niger
2023-Nov-24, Journal of fungi (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/jof9121138
PMID:38132739
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研究论文 | 本研究通过基因组挖掘揭示了Aspergillus niger中糖还原酶的多样性 | 发现了五个额外的同源基因,这些基因可以替代原有的三种戊糖还原酶,并参与其他糖代谢途径 | NA | 探索真菌中初级碳代谢的多样性,并为合成生物学和代谢工程提供新的代谢工具 | Aspergillus niger中的戊糖还原酶及其同源基因 | 代谢工程 | NA | 基因组挖掘,系统发育分析,体外和体内功能分析 | NA | 基因表达数据 | 五个额外的同源基因 |
28 | 2024-08-07 |
The Construction of the Self-Induced Sal System and Its Application in Salicylic Acid Production
2023-Nov-28, Molecules (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/molecules28237825
PMID:38067556
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研究论文 | 本文研究了自诱导Sal系统的构建及其在水杨酸生产中的应用 | 首次构建了完整的自诱导Sal系统,并通过引入人工反义RNA(atsRNAs)抑制生长必需基因,提高了水杨酸的产量 | NA | 开发新的合成生物学和代谢工程中的通信工具和诱导系统 | 自诱导Sal系统的构建及其在水杨酸合成中的应用 | 代谢工程 | NA | 人工遗传控制电路 | NA | NA | NA |
29 | 2024-08-07 |
Carotenoid Pathway Engineering in Tobacco Chloroplast Using a Synthetic Operon
2023-Nov, Molecular biotechnology
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s12033-023-00693-3
PMID:36884112
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研究论文 | 本研究通过叶绿体工程操纵烟草植物的天然类胡萝卜素途径,以生产酮类胡萝卜素 | 使用酮化酶基因与番茄红素环化酶和羟化酶基因相结合的新方法,成功重定向了类胡萝卜素途径,生产出酮-玉米黄素 | 仅观察到酮-玉米黄素的少量生产 | 通过叶绿体工程在烟草植物中生产酮类胡萝卜素 | 烟草植物的类胡萝卜素途径 | NA | NA | 叶绿体工程 | NA | NA | 转基因烟草植物 |
30 | 2024-08-07 |
Harnessing synthetic biology for advancing RNA therapeutics and vaccine design
2023-Nov-30, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-023-00323-3
PMID:38036580
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综述 | 本文综述了合成生物学如何促进RNA疗法和疫苗设计的发展 | 探讨了合成生物学在优化疫苗抗原、治疗结构、治疗活性和递送载体方面的应用,以提高RNA疫苗技术的功能性和有效性 | NA | 探讨合成生物学在RNA疗法和疫苗设计中的应用,以推动下一代疫苗和治疗技术的发展 | RNA疗法和疫苗设计 | 生物技术 | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA |
31 | 2024-08-07 |
Computational analysis of protein synthesis, diffusion, and binding in compartmental biochips
2023-Nov-30, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-023-02237-5
PMID:38037098
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研究论文 | 研究在硅基二维分隔生物芯片中蛋白质合成、扩散和结合的动力学过程 | 引入陷阱结合效率来表征系统性能,并通过数学和计算模型识别陷阱结合效率的三种不同状态 | NA | 扩展合成、扩散和结合在分隔系统中的理论知识基础,以更好地控制分子自组装 | 蛋白质复合体的合成和组装 | 生物技术 | NA | NA | NA | NA | NA |
32 | 2024-08-07 |
Resurrecting ancestral antibiotics: unveiling the origins of modern lipid II targeting glycopeptides
2023-Nov-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43451-4
PMID:38030603
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研究论文 | 研究通过计算技术和合成生物学方法,探索了脂质II靶向糖肽抗生素(如替考拉宁和万古霉素)的祖先起源及其进化过程 | 首次通过合成生物学技术复活了脂质II靶向糖肽抗生素的祖先分子,并揭示了其结构和抗生素活性 | NA | 理解自然如何围绕共同的机制演化抗生素,并探索脂质II靶向糖肽抗生素的进化历史 | 脂质II靶向糖肽抗生素及其祖先分子 | NA | 抗生素耐药性细菌感染 | 计算技术,合成生物学技术 | NA | NA | NA |
33 | 2024-08-07 |
Installing xylose assimilation and cellodextrin phosphorolysis pathways in obese Yarrowia lipolytica facilitates cost-effective lipid production from lignocellulosic hydrolysates
2023-Nov-29, Biotechnology for biofuels and bioproducts
IF:3.3Q3
DOI:10.1186/s13068-023-02434-9
PMID:38031183
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研究论文 | 本文通过合理和组合策略,首次成功改造Yarrowia lipolytica,使其能够利用木糖和纤维糊精生产脂质,并提高了脂质产量和降低了生产成本 | 首次在Yarrowia lipolytica中构建了木糖同化和纤维糊精磷酸解途径,并通过增强PPP途径和增加细胞质NADPH供应,缓解了葡萄糖对木糖利用的抑制作用 | NA | 研究如何通过合成生物学方法改造Yarrowia lipolytica,使其能够利用木糖和纤维糊精生产脂质,并提高脂质产量和降低生产成本 | Yarrowia lipolytica细胞,木糖和纤维糊精 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
34 | 2024-08-07 |
A simeprevir-inducible molecular switch for the control of cell and gene therapies
2023-Nov-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43484-9
PMID:38012128
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研究论文 | 本文介绍了一种基于口服可用的小分子simeprevir及其目标NS3/4A蛋白酶的化学诱导二聚化(CID)模块,用于控制生物过程,如基因表达和细胞凋亡。 | 本文首次将simeprevir用于CID模块,扩展了CID系统在临床应用中的潜力,特别是控制细胞和基因疗法。 | NA | 探索新的化学诱导二聚化系统在临床应用中的潜力,特别是控制细胞和基因疗法。 | 研究simeprevir作为小分子诱导剂的CID模块在控制生物过程中的应用。 | 合成生物学 | 肝炎C病毒 | 化学诱导二聚化(CID) | NA | 细胞 | 使用异种移植小鼠模型进行实验 |
35 | 2024-08-07 |
[Biomanufacturing of bioactive compounds: current situation, challenges, and future perspectives]
2023-Nov-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.230334
PMID:38013171
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综述 | 本文回顾了生物制造技术的发展历程,探讨了其在生物经济中的应用及未来展望 | 利用合成生物学和自动化技术加速生物制造的发展,推动可持续生产方式 | NA | 全面理解生物制造在生物经济增长和创新中的作用 | 生物制造技术及其在各行业中的应用 | NA | NA | 生物制造 | NA | NA | NA |
36 | 2024-08-07 |
[Advances in the biosynthesis of cyclodipeptide type natural products derived from actinomycetes]
2023-Nov-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.230068
PMID:38013180
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综述 | 本文综述了由放线菌产生的环二肽类天然产物的生物合成途径及其后修饰机制 | 总结了环二肽骨架的生物合成途径和放线菌中的后修饰机制 | NA | 加速环二肽的基因组挖掘及其分离、纯化和结构鉴定,并揭示新型环二肽的生物合成机制及其合成生物学设计 | 环二肽类天然产物的生物合成 | NA | NA | 非核糖体肽合成酶 (NRPS) 或环二肽合成酶 (CDPS) | NA | NA | NA |
37 | 2024-08-07 |
Genomic Insights on the Carbon-Negative Workhorse: Systematical Comparative Genomic Analysis on 56 Synechococcus Strains
2023-Nov-18, Bioengineering (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/bioengineering10111329
PMID:38002453
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研究论文 | 对56种Synechococcus菌株的完整基因组进行综合分析,阐明其遗传关系、环境适应性及其在基因组水平上的反映 | 揭示了Synechococcus菌株的开放基因组模式,以及冷适应和热适应菌株在核心基因功能单元中的独特KO功能单元 | NA | 深入理解Synechococcus的代谢潜力,促进蓝细菌生物技术的发展和工业应用 | 56种Synechococcus菌株的基因组 | 合成生物学 | NA | 泛基因组分析 | NA | 基因组数据 | 56种Synechococcus菌株 |
38 | 2024-08-07 |
Evaluation of Reference Genes for Normalizing RT-qPCR and Analysis of the Expression Patterns of WRKY1 Transcription Factor and Rhynchophylline Biosynthesis-Related Genes in Uncaria rhynchophylla
2023-Nov-15, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms242216330
PMID:38003520
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研究论文 | 评估用于归一化RT-qPCR的参考基因,并分析钩藤中WRKY1转录因子和蛇根碱生物合成相关基因的表达模式 | 首次报道了钩藤中参考基因的稳定性,并为未来的基因表达分析提供了重要基础 | NA | 选择和评估适用于基因表达分析的适当参考基因,特别是涉及钩藤中生物碱生物合成途径的转录因子和关键酶基因 | 钩藤中的参考基因、WRKY1转录因子和蛇根碱生物合成相关基因 | NA | NA | RT-qPCR | NA | 基因表达数据 | 14个关键生物碱酶基因和一个转录因子基因在三种实验压力处理下的表达 |
39 | 2024-08-07 |
Use of an on/off tetracycline riboswitch to control protein production in Komagataella phaffii
2023-Nov-21, AMB Express
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s13568-023-01637-5
PMID:37989852
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研究论文 | 本研究利用四环素激活的RNA适配体在翻译水平上调控Komagataella phaffii中的蛋白质生产 | 首次在Komagataella phaffii中使用四环素激活的RNA适配体精确控制基因表达 | NA | 开发新的遗传工具以精确控制Komagataella phaffii中的基因表达 | Komagataella phaffii中的蛋白质生产 | 合成生物学 | NA | RNA适配体 | NA | 基因表达 | NA |
40 | 2024-08-07 |
Developing the Limosilactobacillus reuteri Chassis through an Endogenous Programmable Endonuclease-Based Genome Editing Tool
2023-11-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00450
PMID:37934952
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研究论文 | 本研究开发了一种基于内源性可编程核酸内切酶的基因组编辑工具,用于改进Limosilactobacillus reuteri作为活体生物治疗产品的底盘 | 研究中发现了Limosilactobacillus reuteri中的一种亚型II-A CRISPR-Cas9系统,并对其进行了重新编程,实现了高效的基因删除、点突变、大片段删除和基因整合 | NA | 开发基于内源性核酸内切酶的新型益生菌底盘,为其他微生物的功能基因研究提供基因组编辑工具 | Limosilactobacillus reuteri及其内源性核酸内切酶 | 生物技术 | NA | CRISPR-Cas9系统 | CRISPR-Cas9 | 基因组数据 | 304株Limosilactobacillus reuteri菌株 |