合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-12-17	Synthetic Biology Toolbox for Nitrogen-Fixing Soil Microbes 2023-12-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00414 PMID:37988619	研究论文	本文验证了在三种固氮土壤细菌中合成生物学工具箱的有效性	开发了适用于非模式微生物的合成生物学工具箱，并成功应用于固氮土壤细菌中，实现了基因编辑和异源基因的表达	研究仅限于三种固氮土壤细菌，尚未广泛应用于其他微生物	开发和验证适用于非模式微生物的合成生物学工具箱，以增强农业作物的性能	三种固氮土壤细菌	合成生物学	NA	CRISPR/Cas9	NA	NA	三种固氮土壤细菌
2	2024-11-22	Standardization of Fluorescent Reporter Assays in Synthetic Biology across the Visible Light Spectrum 2023-12-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00386 PMID:37981737	研究论文	本文介绍了一种标准化荧光报告基因检测方法，用于合成生物学中可见光谱范围内的荧光报告基因	提出了一个简单且易于访问的校准方法，将设备特定的输出转换为标准化的输出，表达每孔的荧光量作为已知等效荧光染料浓度每细胞	仅限于可见光谱范围内的荧光报告基因	提高不同实验室间板读取器实验结果的可比性和可交换性	荧光报告基因的表达水平	合成生物学	NA	荧光报告基因检测	NA	荧光数据	NA
3	2024-11-17	Engineering Nannochloropsis oceanica for the production of diterpenoid compounds 2023-Dec, mLife IF:4.5Q1 DOI:10.1002/mlf2.12097 PMID:38818264	研究论文	本文研究了如何通过基因工程改造Nannochloropsis oceanica以生产二萜化合物	首次展示了通过基因工程改造Nannochloropsis oceanica生产二萜化合物casbene，并通过异源过表达和叶绿体定位上游限速酶进一步提高产量	NA	研究如何通过基因工程提高Nannochloropsis oceanica生产二萜化合物的能力	Nannochloropsis oceanica及其二萜化合物casbene的生产	NA	NA	基因工程、代谢工程、合成生物学	NA	NA	NA
4	2024-11-17	High-throughput, microscopy-based screening and quantification of genetic elements 2023-Dec, mLife IF:4.5Q1 DOI:10.1002/mlf2.12096 PMID:38818273	研究论文	本文介绍了一种高通量显微镜平台，用于筛选和量化遗传元件	开发了一种高通量显微镜平台，能够同时处理8×12孔琼脂糖垫板，筛选96种独立菌株或实验条件	NA	加速遗传元件的鉴定和表征，理解细胞表型与内部状态之间的关系	天然内源性启动子库中的遗传元件	合成生物学	NA	显微镜	NA	图像	96种独立菌株或实验条件
5	2024-10-21	Cell surface sculpting using logic-gated protein actuators 2023-Dec-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.18.572113 PMID:38187604	研究论文	本文介绍了一种基于邻近门控蛋白剪接的自主决策蛋白质装置，能够在细胞表面执行多种布尔逻辑操作	开发了一种可编程的分子系统，能够整合多个细胞表面特征，将目标输入转换为用户定义的输出	NA	探索细胞表面特征的差异，开发可编程的分子系统用于选择性靶向特定细胞	细胞表面特征和蛋白质装置	合成生物学	NA	邻近门控蛋白剪接	NA	蛋白质	NA
6	2024-10-20	Enzyme-Assisted High Throughput Sequencing of an Expanded Genetic Alphabet at Single Base Resolution 2023-Dec-21, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3678081/v1 PMID:38196584	研究论文	本文介绍了一种酶辅助的高通量测序方法，用于在单碱基分辨率下测序扩展遗传字母表	提出了一种新的酶辅助测序方法（ESEGA），相比之前的测序方法，具有更高的转录效率和保真度	NA	开发一种新的测序工具，用于测序通过人工扩展遗传信息系统（AEGIS）创建的分子	通过AEGIS LIVE创建的6-letter DNA分子	生物技术	NA	酶辅助测序	NA	DNA序列	涉及三种任务的实验，包括6-nucleotide PCR的最佳条件定义、不同DNA聚合酶的保真度评估以及AEGIS组件的功能化评估
7	2024-10-19	LcSAO1, an Unconventional DOXB Clade 2OGD Enzyme from Ligusticum chuanxiong Catalyzes the Biosynthesis of Plant-Derived Natural Medicine Butylphthalide 2023-Dec-13, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms242417417 PMID:38139246	研究论文	研究了川芎中一种非传统的DOXB Clade 2OGD酶LcSAO1在植物源天然药物丁苯酞生物合成中的作用	发现了LcSAO1酶在丁苯酞生物合成中的关键作用，并通过结构建模和定点突变揭示了其活性位点	研究主要集中在酶的鉴定和功能验证，未涉及完整的生物合成途径	揭示丁苯酞生物合成途径中的关键酶及其作用机制	川芎中的LcSAO1酶及其在丁苯酞生物合成中的作用	生物化学	中风	2-OGD酶分析	NA	转录组数据	多个川芎组织样本
8	2024-10-19	Advances in the Discovery and Engineering of Gene Targets for Carotenoid Biosynthesis in Recombinant Strains 2023-12-05, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom13121747 PMID:38136618	综述	本文综述了类胡萝卜素生物合成途径及其在重组菌株中的基因靶点发现与工程化	本文总结了影响类胡萝卜素产量的基因靶点及其在重组菌株中的应用潜力	NA	探讨类胡萝卜素生物合成途径中的基因靶点及其在重组菌株中的应用	类胡萝卜素生物合成途径中的基因靶点	代谢工程	NA	代谢工程	NA	基因	NA
9	2024-10-16	Protein engineering in the computational age: An open source framework for exploring mutational landscapes in silico 2023-Dec, Engineering biology DOI:10.1049/enb2.12028 PMID:38094241	研究论文	本文介绍了在计算时代下蛋白质工程的发展，并提出了一个开源框架InFinity 1.0，用于探索蛋白质突变景观的计算模拟	提出了InFinity 1.0框架，旨在提高蛋白质工程的可用性和可访问性	目前蛋白质工程项目所需的专门知识仍集中在少数专业人士手中，且iGEM竞赛的资源和时间限制阻碍了复杂项目的进展	开发一个计算框架，以提高蛋白质工程的可用性和可访问性	蛋白质工程及其在药物发现和工业生物技术中的应用	生物信息学	NA	计算工具和高通量筛选技术	NA	NA	NA
10	2024-10-16	Israel and the global synthetic biology ecosystem 2023-Dec, Engineering biology DOI:10.1049/enb2.12027 PMID:38094240	综述	本文概述了以色列在合成生物学领域的活动，包括历史背景、当前策略、前景和相关发展	NA	NA	提供以色列合成生物学领域的概述	以色列的合成生物学生态系统	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
11	2024-10-02	Chimeric Antigen Receptor T-Cell Therapy for Solid Tumors 2023-12, Hematology/oncology clinics of North America DOI:10.1016/j.hoc.2023.05.009 PMID:37353377	综述	本文综述了嵌合抗原受体（CAR）T细胞疗法在实体瘤中的应用	介绍了合成生物学和细胞工程的新方法在实体瘤CAR-T细胞疗法中的应用	讨论了CAR-T细胞在实体瘤治疗中面临的物理和分子屏障、免疫抑制性肿瘤微环境以及寻找细胞表面靶抗原的困难	探讨CAR-T细胞疗法在实体瘤中的应用及其面临的挑战	实体瘤患者及其治疗	NA	NA	嵌合抗原受体（CAR）T细胞疗法	NA	NA	NA
12	2024-09-20	Reshaping the yeast galactose regulon via GPCR signaling cascade 2023-12-18, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100647 PMID:37989311	研究论文	本文利用G蛋白偶联受体（GPCR）信号通路重塑酵母半乳糖调节子，以提高酵母菌株的性能和生产力	通过合成转录因子将半乳糖调节系统与GPCR信号通路耦合，重构了GAL系统的动态范围、敏感性和响应时间，并使其对热休克产生响应	NA	利用合成生物学方法创建用户定义的代谢控制	酵母半乳糖调节子和GPCR信号通路	合成生物学	NA	合成生物学	NA	NA	一系列工程酵母菌株
13	2024-09-19	Stimulus-Induced Relief of Intentionally Incorporated Frustration Drives Refolding of a Water-Soluble Biomimetic Foldamer 2023-12-20, Journal of the American Chemical Society IF:14.4Q1 DOI:10.1021/jacs.3c09883 PMID:38054648	研究论文	本文报道了首个动态水溶性仿生折叠体的合成、表征和分子动力学模拟，该折叠体在刺激下利用非共价网络中的挫败缓解来实现从褶皱结构到交错柱状结构的结构重排	首次探索了在动态折叠体中故意引入挫败非共价相互作用作为设计元素，并展示了其在刺激响应系统中的应用潜力	NA	探索挫败非共价相互作用在动态折叠体设计中的应用，并开发刺激响应系统	动态水溶性仿生折叠体	合成生物学	NA	分子动力学模拟	NA	NA	NA
14	2024-09-07	Engineered probiotics introduced to improve intestinal microecology for the treatment of chronic diseases: present state and perspectives 2023-Dec, Journal of diabetes and metabolic disorders IF:1.8Q4 DOI:10.1007/s40200-023-01279-1 PMID:37975092	综述	本文综述了合成生物学在改善肠道微生态以治疗慢性疾病中的应用现状和前景	合成生物学技术提高了肠道微生态疗法的鲁棒性和可控性，成为下一代微生态疗法的重要组成部分	传统微生态疗法如益生元疗法、益生菌疗法和粪便微生物群移植疗法仍面临安全性和可控性低的问题	总结合成生物学在肠道微生态疗法治疗慢性疾病中的应用	合成生物学在肠道微生态疗法中的应用，涉及代谢疾病、消化疾病和神经退行性疾病	NA	慢性疾病	合成生物学	NA	NA	NA
15	2024-08-16	Genome Engineering for Next-Generation Cellular Immunotherapies 2023-12-19, Biochemistry IF:2.9Q3 DOI:10.1021/acs.biochem.2c00340 PMID:35930700	研究论文	本文探讨了通过基因组工程技术改进下一代细胞免疫疗法的策略	利用CRISPR-Cas系统和合成生物学方法，开发具有更高效力和精细模块控制的细胞疗法，并提供同种异体疗法开发的工具包	目前尚未提及具体限制	克服现有细胞免疫疗法中的挑战，如抗原逃逸、肿瘤微环境中的免疫抑制、毒性和靶向非肿瘤效应	CAR-T、TCR-T、NK细胞疗法及其他免疫细胞类型	基因组学	癌症	CRISPR-Cas系统	NA	基因数据	未具体说明样本数量
16	2024-08-05	Soil microbiome engineering for sustainability in a changing environment 2023-Dec, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01932-3 PMID:37903921	评论	本文讨论了微生物生态学和合成生物学在土壤微生物组工程中的应用，旨在提高土壤生态系统的可持续性	强调了在微生物组工程中的科学和技术进展，包括微生物的特征分析和基因工程方法的开发	NA	探讨针对土壤生态系统的微生物解决方案的需求及其开发和应用	自然和合成土壤微生物群落，植物生长促进	数字病理学	NA	基因工程	NA	NA	NA
17	2024-08-07	Automated Platform for the Plasmid Construction Process 2023-12-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00292 PMID:37948662	研究论文	本文报道了名为DNAda的应用程序的开发，该程序能够为J5 DNA组装程序生成的任何给定DNA构建体设计编写自动化指令，并描述了自动化流程及其多个实用功能	开发了一个能够自动化编写DNA构建体设计指令的应用程序DNAda，并展示了其在组合DNA组装构建中的实用性	NA	开发一个自动化平台，用于处理大型合成生物学实验中的质粒构建过程	DNA构建体设计的自动化指令编写及组合DNA组装的构建	合成生物学	NA	DNA组装	NA	DNA序列	构建了一个包含120个质粒的库，这些质粒大小从7到14 kb不等，由4到7个DNA片段组成
18	2024-08-07	GENETTA: a Network-Based Tool for the Analysis of Complex Genetic Designs 2023-12-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00333 PMID:37963232	研究论文	GENETTA 是一种基于网络的工具，利用图论将合成生物学设计转化为网络进行分析和操作	GENETTA 能够将复杂数据表示为互联点，允许动态定制可视化，包括交互网络和部件层次结构，并能合并来自多个数据库的设计数据	NA	开发一种用于分析复杂遗传设计的网络工具	合成生物学设计	生物信息学	NA	图论	NA	网络数据	NA
19	2024-08-07	The Laboratory Automation Protocol (LAP) Format and Repository: A Platform for Enhancing Workflow Efficiency in Synthetic Biology 2023-12-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00397 PMID:37982688	研究论文	本文介绍了实验室自动化协议（LAP）格式和存储库，旨在提高合成生物学中的工作流程效率	LAP采用标准化脚本格式，模块化设计，可无缝组合创建定制的目标特定工作流程，并经过实验验证确保可靠性	NA	解决实验科学家在实施开源自动化解决方案时缺乏标准化工具包的问题	实验室自动化协议（LAP）格式和存储库	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
20	2024-08-07	Using Methyl Bromide for Interspecies Cell-Cell Signaling and As a Reporter in a Model Soil Consortium 2023-12-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00559 PMID:37991716	研究论文	研究评估了在土壤微生物群落中，通过合成生物学工具编程单一成员来报告基因表达的可能性，无需破坏土壤基质。	通过将甲基卤素转移酶表达与组成型启动子耦合，实现了在土壤中合成甲基卤素，并能通过气体色谱直接读取或通过土壤衍生生物间接响应甲基卤素。	NA	开发用于研究土壤微生物群落响应动态水分条件的合成生物学工具。	五成员土壤模型群落（MSC）及其在不同环境相关水分条件下的行为。	合成生物学	NA	气体色谱	NA	气体信号	五成员土壤模型群落