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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2024-10-19 |
Advances in the Discovery and Engineering of Gene Targets for Carotenoid Biosynthesis in Recombinant Strains
2023-12-05, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom13121747
PMID:38136618
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综述 | 本文综述了类胡萝卜素生物合成途径及其在重组菌株中的基因靶点发现与工程化 | 本文总结了影响类胡萝卜素产量的基因靶点及其在重组菌株中的应用潜力 | NA | 探讨类胡萝卜素生物合成途径中的基因靶点及其在重组菌株中的应用 | 类胡萝卜素生物合成途径中的基因靶点 | 代谢工程 | NA | 代谢工程 | NA | 基因 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 22 | 2024-10-16 |
Protein engineering in the computational age: An open source framework for exploring mutational landscapes in silico
2023-Dec, Engineering biology
DOI:10.1049/enb2.12028
PMID:38094241
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研究论文 | 本文介绍了在计算时代下蛋白质工程的发展,并提出了一个开源框架InFinity 1.0,用于探索蛋白质突变景观的计算模拟 | 提出了InFinity 1.0框架,旨在提高蛋白质工程的可用性和可访问性 | 目前蛋白质工程项目所需的专门知识仍集中在少数专业人士手中,且iGEM竞赛的资源和时间限制阻碍了复杂项目的进展 | 开发一个计算框架,以提高蛋白质工程的可用性和可访问性 | 蛋白质工程及其在药物发现和工业生物技术中的应用 | 生物信息学 | NA | 计算工具和高通量筛选技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 23 | 2024-10-16 |
Israel and the global synthetic biology ecosystem
2023-Dec, Engineering biology
DOI:10.1049/enb2.12027
PMID:38094240
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综述 | 本文概述了以色列在合成生物学领域的活动,包括历史背景、当前策略、前景和相关发展 | NA | NA | 提供以色列合成生物学领域的概述 | 以色列的合成生物学生态系统 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 24 | 2024-09-20 |
Reshaping the yeast galactose regulon via GPCR signaling cascade
2023-12-18, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100647
PMID:37989311
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研究论文 | 本文利用G蛋白偶联受体(GPCR)信号通路重塑酵母半乳糖调节子,以提高酵母菌株的性能和生产力 | 通过合成转录因子将半乳糖调节系统与GPCR信号通路耦合,重构了GAL系统的动态范围、敏感性和响应时间,并使其对热休克产生响应 | NA | 利用合成生物学方法创建用户定义的代谢控制 | 酵母半乳糖调节子和GPCR信号通路 | 合成生物学 | NA | 合成生物学 | NA | NA | 一系列工程酵母菌株 | NA | NA | NA | NA |
| 25 | 2024-09-19 |
Stimulus-Induced Relief of Intentionally Incorporated Frustration Drives Refolding of a Water-Soluble Biomimetic Foldamer
2023-12-20, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.3c09883
PMID:38054648
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研究论文 | 本文报道了首个动态水溶性仿生折叠体的合成、表征和分子动力学模拟,该折叠体在刺激下利用非共价网络中的挫败缓解来实现从褶皱结构到交错柱状结构的结构重排 | 首次探索了在动态折叠体中故意引入挫败非共价相互作用作为设计元素,并展示了其在刺激响应系统中的应用潜力 | NA | 探索挫败非共价相互作用在动态折叠体设计中的应用,并开发刺激响应系统 | 动态水溶性仿生折叠体 | 合成生物学 | NA | 分子动力学模拟 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 26 | 2024-09-07 |
Engineered probiotics introduced to improve intestinal microecology for the treatment of chronic diseases: present state and perspectives
2023-Dec, Journal of diabetes and metabolic disorders
IF:1.8Q4
DOI:10.1007/s40200-023-01279-1
PMID:37975092
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综述 | 本文综述了合成生物学在改善肠道微生态以治疗慢性疾病中的应用现状和前景 | 合成生物学技术提高了肠道微生态疗法的鲁棒性和可控性,成为下一代微生态疗法的重要组成部分 | 传统微生态疗法如益生元疗法、益生菌疗法和粪便微生物群移植疗法仍面临安全性和可控性低的问题 | 总结合成生物学在肠道微生态疗法治疗慢性疾病中的应用 | 合成生物学在肠道微生态疗法中的应用,涉及代谢疾病、消化疾病和神经退行性疾病 | NA | 慢性疾病 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 27 | 2024-08-16 |
Genome Engineering for Next-Generation Cellular Immunotherapies
2023-12-19, Biochemistry
IF:2.9Q3
DOI:10.1021/acs.biochem.2c00340
PMID:35930700
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研究论文 | 本文探讨了通过基因组工程技术改进下一代细胞免疫疗法的策略 | 利用CRISPR-Cas系统和合成生物学方法,开发具有更高效力和精细模块控制的细胞疗法,并提供同种异体疗法开发的工具包 | 目前尚未提及具体限制 | 克服现有细胞免疫疗法中的挑战,如抗原逃逸、肿瘤微环境中的免疫抑制、毒性和靶向非肿瘤效应 | CAR-T、TCR-T、NK细胞疗法及其他免疫细胞类型 | 基因组学 | 癌症 | CRISPR-Cas系统 | NA | 基因数据 | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 28 | 2024-08-05 |
Soil microbiome engineering for sustainability in a changing environment
2023-Dec, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01932-3
PMID:37903921
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评论 | 本文讨论了微生物生态学和合成生物学在土壤微生物组工程中的应用,旨在提高土壤生态系统的可持续性 | 强调了在微生物组工程中的科学和技术进展,包括微生物的特征分析和基因工程方法的开发 | NA | 探讨针对土壤生态系统的微生物解决方案的需求及其开发和应用 | 自然和合成土壤微生物群落,植物生长促进 | 数字病理学 | NA | 基因工程 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 29 | 2024-08-07 |
Automated Platform for the Plasmid Construction Process
2023-12-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00292
PMID:37948662
|
研究论文 | 本文报道了名为DNAda的应用程序的开发,该程序能够为J5 DNA组装程序生成的任何给定DNA构建体设计编写自动化指令,并描述了自动化流程及其多个实用功能 | 开发了一个能够自动化编写DNA构建体设计指令的应用程序DNAda,并展示了其在组合DNA组装构建中的实用性 | NA | 开发一个自动化平台,用于处理大型合成生物学实验中的质粒构建过程 | DNA构建体设计的自动化指令编写及组合DNA组装的构建 | 合成生物学 | NA | DNA组装 | NA | DNA序列 | 构建了一个包含120个质粒的库,这些质粒大小从7到14 kb不等,由4到7个DNA片段组成 | NA | NA | NA | NA |
| 30 | 2024-08-07 |
GENETTA: a Network-Based Tool for the Analysis of Complex Genetic Designs
2023-12-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00333
PMID:37963232
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研究论文 | GENETTA 是一种基于网络的工具,利用图论将合成生物学设计转化为网络进行分析和操作 | GENETTA 能够将复杂数据表示为互联点,允许动态定制可视化,包括交互网络和部件层次结构,并能合并来自多个数据库的设计数据 | NA | 开发一种用于分析复杂遗传设计的网络工具 | 合成生物学设计 | 生物信息学 | NA | 图论 | NA | 网络数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 31 | 2024-08-07 |
The Laboratory Automation Protocol (LAP) Format and Repository: A Platform for Enhancing Workflow Efficiency in Synthetic Biology
2023-12-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00397
PMID:37982688
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研究论文 | 本文介绍了实验室自动化协议(LAP)格式和存储库,旨在提高合成生物学中的工作流程效率 | LAP采用标准化脚本格式,模块化设计,可无缝组合创建定制的目标特定工作流程,并经过实验验证确保可靠性 | NA | 解决实验科学家在实施开源自动化解决方案时缺乏标准化工具包的问题 | 实验室自动化协议(LAP)格式和存储库 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 32 | 2024-08-07 |
Using Methyl Bromide for Interspecies Cell-Cell Signaling and As a Reporter in a Model Soil Consortium
2023-12-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00559
PMID:37991716
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研究论文 | 研究评估了在土壤微生物群落中,通过合成生物学工具编程单一成员来报告基因表达的可能性,无需破坏土壤基质。 | 通过将甲基卤素转移酶表达与组成型启动子耦合,实现了在土壤中合成甲基卤素,并能通过气体色谱直接读取或通过土壤衍生生物间接响应甲基卤素。 | NA | 开发用于研究土壤微生物群落响应动态水分条件的合成生物学工具。 | 五成员土壤模型群落(MSC)及其在不同环境相关水分条件下的行为。 | 合成生物学 | NA | 气体色谱 | NA | 气体信号 | 五成员土壤模型群落 | NA | NA | NA | NA |
| 33 | 2024-08-07 |
Tunable Dynamics in a Multistrain Transcriptional Pulse Generator
2023-12-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00434
PMID:38016068
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研究论文 | 本文展示了通过调整合成微生物群落中菌株的比例来调节电路动态 | 开发了一种由三种工程菌株组成的微生物群落,利用同型丝氨酸内酯介导的细胞间信号传导形成多菌株不一致类型1前馈环路,作为基因表达的脉冲发生器 | 数学模型在极端比例下的预测准确性有待验证 | 研究如何在合成微生物群落中通过调节菌株比例来实现基因电路的特定行为 | 合成微生物群落中的基因电路动态调节 | 合成生物学 | NA | 细胞间信号传导 | 不一致类型1前馈环路 | 数学模型 | 三种工程菌株组成的微生物群落 | NA | NA | NA | NA |
| 34 | 2024-08-07 |
Establishing Tunable Genetic Logic Gates with Versatile Dynamic Performance by Varying Regulatory Parameters
2023-12-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00554
PMID:38033235
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研究论文 | 本研究通过调整调节参数,设计并构建了具有多功能动态性能的可调遗传逻辑门 | 本研究首次将香豆酸生物传感器系统与tetR或lacI调控系统结合,构建了AND遗传逻辑门,并结合反义RNA或单导RNA构建了香豆酸触发的NOT遗传逻辑门 | NA | 扩展遗传逻辑门在代谢工程和合成生物学中的应用 | 遗传逻辑门的设计与构建 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 35 | 2024-08-07 |
Creation of Architecturally Minimal Transcriptionally Activating Riboswitches Responsive to Theophylline Reveals an Unconventional Design Strategy
2023-12-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00519
PMID:38052004
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研究论文 | 本研究开发了一种新型设计策略,用于创建结构最小化的转录激活型茶碱响应性核糖开关 | 提出了一种新的设计方法,通过合成茶碱RNA适配体和设计表达平台,实现了高效且广泛兼容的转录激活型核糖开关 | NA | 开发简化的合成核糖开关,以便于集成到复杂的基因电路中 | 转录激活型核糖开关的设计与应用 | 合成生物学 | NA | RNA适配体设计 | NA | RNA序列 | 设计并构建了多个序列,通过虚拟筛选确定了两种转录激活型核糖开关 | NA | NA | NA | NA |
| 36 | 2024-08-07 |
Coupling chemistry and biology for the synthesis of advanced bioproducts
2023-12, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2023.102992
PMID:37688985
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研究论文 | 本文探讨了将化学合成与生物合成相结合以生产高级生物产品的潜力 | 提出了一种结合生物合成和绿色化学的策略,以减少制造过程中的环境影响 | 生物反应器依赖大量水且效率不高,生物体对环境变化敏感 | 探索化学和生物合成相结合的新方法,以实现更可持续的制造过程 | 高级生物产品的合成方法 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 37 | 2024-08-07 |
Recent advances in systems metabolic engineering
2023-12, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2023.103004
PMID:37778304
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综述 | 本文综述了系统代谢工程领域的最新工具和策略,包括酶、遗传模块、途径、通量、基因组和细胞层面的工程,并强调了将学术研究转化为商业生产的挑战和前景。 | 系统代谢工程结合了代谢工程、系统生物学、合成生物学和进化工程,通过创建高效的微生物细胞工厂,革新了燃料和材料的可持续生产。 | 文章讨论了将学术级别的代谢工程研究过渡到商业规模生产的挑战。 | 探讨系统代谢工程的最新进展及其在微生物细胞工厂创建中的应用。 | 文章主要研究了微生物细胞工厂的创建及其在燃料和材料生产中的应用。 | 合成生物学 | NA | 系统代谢工程 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 38 | 2024-08-07 |
Emerging nonmodel eukaryotes for biofuel production
2023-12, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2023.103015
PMID:37913603
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研究论文 | 本文介绍了非模式真核生物在生物燃料生产中的新兴应用,并讨论了它们的特定优势 | 利用合成生物学和代谢工程的进步,非模式真核生物因其天然的优良表型和代谢特性,成为有前景的生物燃料生产者 | 非模式真核生物作为理想宿主用于未来生物燃料生产仍面临挑战 | 探讨非模式真核生物在生物燃料生产中的应用及其发展前景 | 非模式真核生物及其在生产纤维素乙醇、高级醇和脂肪酸/萜类衍生物生物燃料分子中的能力 | NA | NA | 合成生物学和代谢工程 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 39 | 2024-08-07 |
pyBrick-DNA: A Python-Based Environment for Automated Genetic Component Assembly
2023-12, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2023.0008
PMID:38010519
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研究论文 | 本文介绍了一种基于Python的软件环境pyBrick-DNA,用于自动化基因组件组装,加速遗传电路的原型设计 | pyBrick-DNA提供了一个用户友好的环境,允许科学家选择基因序列或输入自定义序列来构建基因组件,所有组件模块化融合生成一个即用型单DNA片段 | NA | 开发自动化工具以加速遗传电路的模拟和实现 | 基因组件的自动化组装 | 合成生物学 | NA | CRISPR | NA | DNA序列 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 40 | 2024-08-07 |
Optogenetic manipulation of BMP signaling to drive chondrogenic differentiation of hPSCs
2023-12-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.113502
PMID:38032796
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研究论文 | 本研究利用光遗传学技术调控骨形态发生蛋白(BMP)信号,促进人胚胎干细胞(hESCs)的软骨分化 | 通过CRISPR-Cas9介导的光遗传学BMP信号系统(optoBMP),实现了光控BMP信号激活,从而调控hESCs的软骨分化 | NA | 探索光遗传学技术在人胚胎干细胞分化和组织工程中的应用 | 人胚胎干细胞(hESCs)的软骨分化 | 生物技术 | NA | 光遗传学 | CRISPR-Cas9 | 细胞 | 具体样本数量未提及 | NA | NA | NA | NA |