合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-07	GENETTA: a Network-Based Tool for the Analysis of Complex Genetic Designs 2023-12-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00333 PMID:37963232	研究论文	GENETTA 是一种基于网络的工具，利用图论将合成生物学设计转化为网络进行分析和操作	GENETTA 能够将复杂数据表示为互联点，允许动态定制可视化，包括交互网络和部件层次结构，并能合并来自多个数据库的设计数据	NA	开发一种用于分析复杂遗传设计的网络工具	合成生物学设计	生物信息学	NA	图论	NA	网络数据	NA
22	2024-08-07	The Laboratory Automation Protocol (LAP) Format and Repository: A Platform for Enhancing Workflow Efficiency in Synthetic Biology 2023-12-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00397 PMID:37982688	研究论文	本文介绍了实验室自动化协议（LAP）格式和存储库，旨在提高合成生物学中的工作流程效率	LAP采用标准化脚本格式，模块化设计，可无缝组合创建定制的目标特定工作流程，并经过实验验证确保可靠性	NA	解决实验科学家在实施开源自动化解决方案时缺乏标准化工具包的问题	实验室自动化协议（LAP）格式和存储库	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
23	2024-08-07	Using Methyl Bromide for Interspecies Cell-Cell Signaling and As a Reporter in a Model Soil Consortium 2023-12-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00559 PMID:37991716	研究论文	研究评估了在土壤微生物群落中，通过合成生物学工具编程单一成员来报告基因表达的可能性，无需破坏土壤基质。	通过将甲基卤素转移酶表达与组成型启动子耦合，实现了在土壤中合成甲基卤素，并能通过气体色谱直接读取或通过土壤衍生生物间接响应甲基卤素。	NA	开发用于研究土壤微生物群落响应动态水分条件的合成生物学工具。	五成员土壤模型群落（MSC）及其在不同环境相关水分条件下的行为。	合成生物学	NA	气体色谱	NA	气体信号	五成员土壤模型群落
24	2024-08-07	Tunable Dynamics in a Multistrain Transcriptional Pulse Generator 2023-12-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00434 PMID:38016068	研究论文	本文展示了通过调整合成微生物群落中菌株的比例来调节电路动态	开发了一种由三种工程菌株组成的微生物群落，利用同型丝氨酸内酯介导的细胞间信号传导形成多菌株不一致类型1前馈环路，作为基因表达的脉冲发生器	数学模型在极端比例下的预测准确性有待验证	研究如何在合成微生物群落中通过调节菌株比例来实现基因电路的特定行为	合成微生物群落中的基因电路动态调节	合成生物学	NA	细胞间信号传导	不一致类型1前馈环路	数学模型	三种工程菌株组成的微生物群落
25	2024-08-07	Establishing Tunable Genetic Logic Gates with Versatile Dynamic Performance by Varying Regulatory Parameters 2023-12-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00554 PMID:38033235	研究论文	本研究通过调整调节参数，设计并构建了具有多功能动态性能的可调遗传逻辑门	本研究首次将香豆酸生物传感器系统与tetR或lacI调控系统结合，构建了AND遗传逻辑门，并结合反义RNA或单导RNA构建了香豆酸触发的NOT遗传逻辑门	NA	扩展遗传逻辑门在代谢工程和合成生物学中的应用	遗传逻辑门的设计与构建	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
26	2024-08-07	Creation of Architecturally Minimal Transcriptionally Activating Riboswitches Responsive to Theophylline Reveals an Unconventional Design Strategy 2023-12-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00519 PMID:38052004	研究论文	本研究开发了一种新型设计策略，用于创建结构最小化的转录激活型茶碱响应性核糖开关	提出了一种新的设计方法，通过合成茶碱RNA适配体和设计表达平台，实现了高效且广泛兼容的转录激活型核糖开关	NA	开发简化的合成核糖开关，以便于集成到复杂的基因电路中	转录激活型核糖开关的设计与应用	合成生物学	NA	RNA适配体设计	NA	RNA序列	设计并构建了多个序列，通过虚拟筛选确定了两种转录激活型核糖开关
27	2024-08-07	Evolution and synthetic biology 2023-12, Current opinion in microbiology IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.mib.2023.102394 PMID:37801925	综述	本文综述了进化观察如何启发合成生物学的三个广泛领域：细胞为基础的生物分子进化组合方法、建立微生物共生体的工程相互依赖性以及合成免疫学	NA	NA	探讨进化观察如何影响合成生物学的设计	合成生物学的三个主要领域	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
28	2024-08-07	Coupling chemistry and biology for the synthesis of advanced bioproducts 2023-12, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2023.102992 PMID:37688985	研究论文	本文探讨了将化学合成与生物合成相结合以生产高级生物产品的潜力	提出了一种结合生物合成和绿色化学的策略，以减少制造过程中的环境影响	生物反应器依赖大量水且效率不高，生物体对环境变化敏感	探索化学和生物合成相结合的新方法，以实现更可持续的制造过程	高级生物产品的合成方法	NA	NA	合成生物学	NA	NA	NA
29	2024-08-07	Recent advances in systems metabolic engineering 2023-12, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2023.103004 PMID:37778304	综述	本文综述了系统代谢工程领域的最新工具和策略，包括酶、遗传模块、途径、通量、基因组和细胞层面的工程，并强调了将学术研究转化为商业生产的挑战和前景。	系统代谢工程结合了代谢工程、系统生物学、合成生物学和进化工程，通过创建高效的微生物细胞工厂，革新了燃料和材料的可持续生产。	文章讨论了将学术级别的代谢工程研究过渡到商业规模生产的挑战。	探讨系统代谢工程的最新进展及其在微生物细胞工厂创建中的应用。	文章主要研究了微生物细胞工厂的创建及其在燃料和材料生产中的应用。	合成生物学	NA	系统代谢工程	NA	NA	NA
30	2024-08-07	Emerging nonmodel eukaryotes for biofuel production 2023-12, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2023.103015 PMID:37913603	研究论文	本文介绍了非模式真核生物在生物燃料生产中的新兴应用，并讨论了它们的特定优势	利用合成生物学和代谢工程的进步，非模式真核生物因其天然的优良表型和代谢特性，成为有前景的生物燃料生产者	非模式真核生物作为理想宿主用于未来生物燃料生产仍面临挑战	探讨非模式真核生物在生物燃料生产中的应用及其发展前景	非模式真核生物及其在生产纤维素乙醇、高级醇和脂肪酸/萜类衍生物生物燃料分子中的能力	NA	NA	合成生物学和代谢工程	NA	NA	NA
31	2024-08-07	pyBrick-DNA: A Python-Based Environment for Automated Genetic Component Assembly 2023-12, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2023.0008 PMID:38010519	研究论文	本文介绍了一种基于Python的软件环境pyBrick-DNA，用于自动化基因组件组装，加速遗传电路的原型设计	pyBrick-DNA提供了一个用户友好的环境，允许科学家选择基因序列或输入自定义序列来构建基因组件，所有组件模块化融合生成一个即用型单DNA片段	NA	开发自动化工具以加速遗传电路的模拟和实现	基因组件的自动化组装	合成生物学	NA	CRISPR	NA	DNA序列	NA
32	2024-08-07	Optogenetic manipulation of BMP signaling to drive chondrogenic differentiation of hPSCs 2023-12-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113502 PMID:38032796	研究论文	本研究利用光遗传学技术调控骨形态发生蛋白（BMP）信号，促进人胚胎干细胞（hESCs）的软骨分化	通过CRISPR-Cas9介导的光遗传学BMP信号系统（optoBMP），实现了光控BMP信号激活，从而调控hESCs的软骨分化	NA	探索光遗传学技术在人胚胎干细胞分化和组织工程中的应用	人胚胎干细胞（hESCs）的软骨分化	生物技术	NA	光遗传学	CRISPR-Cas9	细胞	具体样本数量未提及
33	2024-08-07	The Effect of Pseudoknot Base Pairing on Cotranscriptional Structural Switching of the Fluoride Riboswitch 2023-Dec-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.05.570056 PMID:38106011	研究论文	研究了转录过程中氟离子核开关的结构转换及其对假结碱基配对的影响	发现单个摇摆碱基对在功能中的关键作用，并揭示了镁离子在RNA结构转换中的重要角色	NA	探讨RNA序列变化如何影响转录过程中动态构象变化	氟离子核开关及其在不同温度下的功能	生物学	NA	RNA聚合酶转录和细胞基因表达分析	分子动力学模拟	RNA序列	涉及中温和高温氟离子核开关变体
34	2024-08-07	Two neglected but valuable genetic tools for Escherichia coli and other bacteria: In vivo cosmid packaging and inducible plasmid replication 2023-12, Molecular microbiology IF:2.6Q3 DOI:10.1111/mmi.15171 PMID:37770255	研究论文	本文介绍了两种被忽视但有价值的遗传工具：大肠杆菌和其他细菌中的体内cosmid包装和可诱导质粒复制	通过操纵包装噬菌体和宿主，解决了体内cosmid包装效率低和污染问题，实现了仅包含cosmid DNA的颗粒	质粒难以从细胞中去除，但可诱导复制质粒提供了一种“治愈”质粒的方法	探索在生理学和合成生物学中，如何高效且无损地将基因引入细菌宿主	大肠杆菌和其他细菌	合成生物学	NA	体内cosmid包装，可诱导质粒复制	NA	DNA	NA
35	2024-08-07	Phaeodactylum tricornutum: An established model species for diatom molecular research and an emerging chassis for algal synthetic biology 2023-12, Journal of phycology IF:2.8Q2 DOI:10.1111/jpy.13400 PMID:37975560	研究论文	本文综述了Phaeodactylum tricornutum作为硅藻分子研究和藻类合成生物学新兴底盘的贡献	Phaeodactylum tricornutum作为一种非典型硅藻，因其易于实验室培养和基因表达操作工具的增加，已成为硅藻分子研究的重要模型，并逐渐成为藻类过程工程和合成生物学的新工具	NA	探讨Phaeodactylum tricornutum在硅藻生物学研究和藻类合成生物学中的应用	Phaeodactylum tricornutum	分子生物学	NA	基因表达操作	NA	基因组信息	NA
36	2024-08-07	Synthetic biology identifies the minimal gene set required for paclitaxel biosynthesis in a plant chassis 2023-12-04, Molecular plant IF:17.1Q1 DOI:10.1016/j.molp.2023.10.016 PMID:37897038	研究论文	本研究通过转录组学、细胞生物学、代谢组学和途径重构的综合方法，确定了在植物底盘中异源生产紫杉醇所需的最小基因集	本研究识别了紫杉醇生物合成中缺失的步骤，并通过在烟草中异源表达确认了大部分缺失酶的活性，特别是发现了一种新的C4β-C20环氧化酶，克服了代谢工程的第一个瓶颈	NA	确定紫杉醇生物合成所需的最小基因集，并探索植物产生复杂生物活性代谢物的独特化学机制	紫杉醇生物合成途径中的基因和酶	生物技术	癌症	转录组学, 细胞生物学, 代谢组学	NA	基因表达数据, 代谢物数据	涉及烟草（Nicotiana benthamiana）作为实验对象
37	2024-08-07	A unified approach to dissecting biphasic responses in cell signaling 2023-Dec-06, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.86520 PMID:38054655	研究论文	本文通过分析从基本生化构建模块到典型网络结构再到特征明显的实例的信号系统，以及不同类型的剂量，提供了一个统一的理论综合来解析细胞信号系统中的双相响应	揭示了双相响应存在的设计原则、结构因素、酶和底物的双相响应组合、广泛鲁棒的双相响应可能性、网络中信号行为的完全改变以及Erk信号网络中不同共存双相响应的倾向	NA	解析细胞信号系统中的双相响应	细胞信号系统中的双相剂量响应	生物学	NA	分析和计算方法	NA	模型	范围广泛的系统
38	2024-08-07	Cell Therapy Approaches for Articular Cartilage Regeneration 2023-Dec-31, Organogenesis IF:1.6Q4 DOI:10.1080/15476278.2023.2278235 PMID:37963189	综述	本文综述了关节软骨再生的细胞疗法方法，重点介绍了自体软骨细胞移植和矩阵自体软骨细胞移植，并探讨了干细胞在骨关节炎软骨修复中的潜力以及合成生物学在基因工程细胞促进软骨再生和逆转骨关节炎中的应用	探讨了干细胞和合成生物学在软骨修复和骨关节炎治疗中的新应用	NA	综述关节软骨再生的细胞疗法方法及其在骨关节炎治疗中的潜力	关节软骨及其在骨关节炎中的病理	生物医学工程	骨关节炎	细胞疗法和合成生物学	NA	NA	NA
39	2024-08-07	Graphene oxide aptasensor droplet assay for detection of metabolites secreted by single cells applied to synthetic biology 2023-12-20, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/d3lc00959a PMID:38054213	研究论文	本文开发了一种新型的可修改石墨烯氧化物（GO）适配体传感器，用于检测单细胞分泌的不同目标化合物，应用于合成生物学领域	利用荧光标记的适配体通过π-π堆积作用稳定地锚定在GO上，以最小化非特异性相互作用，实现低背景检测和高信噪比	NA	开发一种高灵敏度和灵活性的单细胞分泌检测方法，用于合成生物学中的生物生产	单细胞分泌的代谢物，如ATP和naringenin	合成生物学	NA	石墨烯氧化物（GO）适配体传感器	NA	代谢物	单细胞
40	2024-08-07	Biosensor-guided discovery and engineering of metabolic enzymes 2023-12, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2023.108251 PMID:37690614	综述	本文综述了利用生物传感器引导的高通量筛选系统在发现和工程化代谢酶方面的应用	开发了基于遗传编码的生物传感器，用于在细胞内特定检测由酶活性产生的目标分子，从而促进目标酶的高通量筛选	酶发现和工程化中的一个主要挑战是从广泛的酶库中有效筛选具有所需表型的酶	探讨生物传感器引导的高通量筛选系统在发现和改进酶特性中的应用	代谢酶的发现和工程化	生物技术	NA	高通量筛选	NA	酶活性数据	NA