合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-03-15	Cyberbiosecurity: Advancements in DNA-based information security 2024-Aug, Biosafety and health IF:3.5Q1 DOI:10.1016/j.bsheal.2024.06.002 PMID:40078663	综述	本文探讨了合成生物学在信息安全和生物安全领域的新应用，特别是DNA作为信息存储和读取媒介的潜力及其带来的网络生物安全威胁	提出了DNA作为信息存储媒介的新应用，并探讨了由此引发的网络生物安全问题	主要集中于理论探讨，缺乏具体的实验数据或案例研究	为网络生物安全研究提供理论支持，并提高对信息安全、生物安全和国家安全风险的认识	DNA作为信息存储和读取媒介的应用及其安全威胁	合成生物学	NA	DNA合成与测序	NA	DNA序列	NA
182	2025-03-11	Organelle-Specific Smart Supramolecular Materials for Bioimaging and Theranostics Application 2024-Nov-28, Topics in current chemistry (Cham) DOI:10.1007/s41061-024-00483-8 PMID:39607460	综述	本文总结了基于智能荧光团的纳米结构在特定细胞器中的制备，用于高效的生物成像和癌症治疗应用	提出了在特定细胞器中通过刺激响应形成超分子纳米结构的方法，用于生物成像和治疗	讨论了细胞内自组装在治疗应用中的挑战和前景	研究智能超分子材料在生物成像和治疗中的应用	细胞器中的超分子纳米结构	合成生物学	癌症	荧光成像	NA	NA	NA
183	2025-03-08	DeepEnzyme: a robust deep learning model for improved enzyme turnover number prediction by utilizing features of protein 3D-structures 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae409 PMID:39162313	研究论文	本文介绍了一种名为DeepEnzyme的深度学习模型，该模型结合了Transformer和图卷积网络（GCN），通过利用蛋白质的序列和3D结构信息来提高酶周转数（kcat）的预测准确性	DeepEnzyme模型首次结合了Transformer和GCN，利用蛋白质的序列和3D结构信息进行kcat预测，显著提高了预测的准确性和鲁棒性，特别是在处理与训练数据集序列相似性低的酶时	尽管DeepEnzyme在kcat预测上取得了显著进展，但其在处理与训练数据集序列相似性极低的酶时，可能仍存在一定的预测误差	提高酶周转数（kcat）的预测准确性，以支持蛋白质工程和合成生物学等领域的研究	酶的周转数（kcat）	机器学习	NA	深度学习	Transformer, GCN	蛋白质序列和3D结构数据	NA
184	2025-03-08	Biosynthesis of Cytosporones in Leotiomycetous Filamentous Fungi 2024-03-06, Journal of the American Chemical Society IF:14.4Q1 DOI:10.1021/jacs.3c14066 PMID:38386630	研究论文	本文研究了Leotiomycetous丝状真菌中细胞孢菌素的生物合成机制	揭示了细胞孢菌素结构多样性和生物活性生成的机制，并发现了新的聚酮类生物合成酶	研究主要集中在特定真菌中的基因簇，可能不适用于其他真菌	探索细胞孢菌素的生物合成途径及其在药物发现中的应用	Leotiomycetous丝状真菌	生物合成	NA	基因组挖掘、组合生物合成、体外酶反应	NA	基因数据、酶反应数据	特定Leotiomycetous丝状真菌
185	2025-03-06	Crystal Structure and Mutagenesis of an XYP Subfamily Cyclodipeptide Synthase Reveal Key Determinants of Enzyme Activity and Substrate Specificity 2024-11-19, Biochemistry IF:2.9Q3 DOI:10.1021/acs.biochem.4c00505 PMID:39475147	研究论文	本文报道了XYP亚家族环二肽合成酶BcmA的晶体结构，并通过结构比较和系统定点突变揭示了影响酶活性和底物选择性的关键残基	通过晶体结构和定点突变揭示了BcmA酶活性和底物选择性的关键残基，特别是非保守残基D161和K165在P2口袋中的作用	未提及具体的研究局限性	研究BcmA酶的结构基础及其对酶活性和底物选择性的影响	XYP亚家族环二肽合成酶BcmA	结构生物学	NA	晶体结构分析、定点突变	NA	晶体结构数据	NA
186	2025-03-05	Impact of sulfur substitution on biotin binding affinity to streptavidin 2024-09, Bioorganic chemistry IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.bioorg.2024.107600 PMID:38945086	研究论文	本研究探讨了将生物素的四氢噻吩环替换为氧杂环或（甲基）吡咯烷基团对其分子相互作用的影响，旨在寻找适用于合成生物学体外和体内应用的替代亲和配体	通过分子动力学模拟和荧光滴定实验，发现氧杂生物素与链霉亲和素的结合行为与生物素相似，而氨基类似物则表现出较低的结合能力，特别是氮杂生物素在酸性条件下表现出增强的结合能力	研究仅关注了少数几种硫替代物，未全面评估所有可能的替代物及其在不同条件下的结合行为	研究硫替代对生物素与链霉亲和素结合亲和力的影响，以寻找适用于合成生物学的替代亲和配体	生物素及其硫替代物与链霉亲和素的相互作用	合成生物学	NA	分子动力学模拟（MD）、荧光滴定实验	NA	分子相互作用数据	NA
187	2025-03-01	Synonymous codon substitutions modulate transcription and translation of a divergent upstream gene by modulating antisense RNA production 2024-Sep-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2405510121 PMID:39190361	研究论文	本文探讨了同义密码子替换如何通过调节反义RNA的产生来影响上游基因的转录和翻译	揭示了同义密码子替换不仅影响单个基因的表达，还能显著影响邻近基因的表达，特别是通过反义RNA的产生	研究仅限于质粒编码的基因，未涉及更广泛的基因组环境	研究同义密码子替换对邻近基因表达的影响	质粒编码的氯霉素乙酰转移酶基因和上游的四环素抗性基因	分子生物学	NA	NA	NA	基因表达数据	九种同义重编码的CAT基因序列
188	2025-03-01	De novo-designed minibinders expand the synthetic biology sensing repertoire 2024-Aug-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.12.575267 PMID:38293112	研究论文	本文探讨了设计的新型小型结合蛋白（minibinders）在细胞工程工具中的应用潜力	展示了小型结合蛋白LCB1在下一代蛋白水解受体SNIPR和嵌合抗原受体（CAR）中的广泛应用，相比传统抗体具有更快的生产周期和独特的靶向特性	研究主要集中于SARS-CoV-2 Spike蛋白和表皮生长因子受体，未广泛测试其他抗原	探索小型结合蛋白在细胞工程工具中的通用性和应用潜力	SARS-CoV-2 Spike蛋白和表皮生长因子受体	合成生物学	COVID-19	蛋白质设计	NA	蛋白质序列和功能数据	未明确提及具体样本数量
189	2025-02-27	Glucose 6-phosphate dehydrogenase variants increase NADPH pools for yeast isoprenoid production 2024-Mar, FEBS open bio IF:2.8Q3 DOI:10.1002/2211-5463.13755 PMID:38124687	研究论文	本研究通过提高NADPH生成酶的效率，增强酵母中异戊二烯类化合物的产量	不同于以往通过增加戊糖磷酸途径流量或过量生产NADPH生成酶的方法，本研究专注于提高NADPH生成酶的效率，并通过基因融合和理性突变策略成功提高了G6PD酶的活性	NA	提高酵母中异戊二烯类化合物的产量	酵母	合成生物学	NA	基因融合、理性突变	NA	NA	NA
190	2025-02-26	Utilizing microbial metabolite in catalytic cascade synthesis of conjugated oligomers for In-Situ regulation of biological activity 2024-04, Bioorganic chemistry IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.bioorg.2024.107188 PMID:38377815	研究论文	本文结合微生物代谢途径和钯催化过程，用于原位生成具有生物活性的共轭寡聚物	将微生物代谢途径与钯催化过程结合，实现生物活性共轭寡聚物的原位合成	NA	研究生物代谢与化学催化反应的结合，以实现非天然分子的生物合成和生物活性的原位调控	工程化大肠杆菌及其代谢产物	合成生物学	NA	钯催化的Heck反应	NA	NA	NA
191	2025-02-25	Information Transmission through Biotic-Abiotic Interfaces to Restore or Enhance Human Function 2024-06-17, ACS applied bio materials IF:4.6Q2 DOI:10.1021/acsabm.4c00435 PMID:38729914	综述	本文综述了通过生物-非生物界面进行信息传输以恢复或增强人类功能的最新进展	提出了一个模块化框架，用于定义和描述生物和非生物组件的工程以及界面设计，以促进使用光或电的生物-非生物信息传输	NA	探讨如何通过生物-非生物界面进行信息传输，以恢复或增强人类功能	神经元细胞与电子设备之间的通信，视网膜疾病患者，脊髓损伤患者	生物医学工程	视网膜疾病，脊髓损伤	光敏蛋白工程，脑机接口，刺激植入物，有机晶体管	NA	NA	NA
192	2025-02-23	CRISPR-Mediated rDNA Integration and Fluorescence Screening for Pathway Optimization in Pichia pastoris 2024-Dec-26, Chem & bio engineering DOI:10.1021/cbe.4c00104 PMID:39975573	研究论文	本文介绍了一种名为CRISPO的CRISPR介导的rDNA整合和荧光筛选技术，用于在毕赤酵母中进行多拷贝途径优化	CRISPO技术实现了单步、无抗生素的多拷贝途径整合，显著提高了香叶醇的产量，并确定了甲羟戊酸途径的限速步骤	NA	优化毕赤酵母中的异源基因和途径表达，提高香叶醇的产量	毕赤酵母	合成生物学	NA	CRISPR, 荧光筛选	NA	NA	NA
193	2025-02-23	Metabolic Engineering of Escherichia coli for the Production of l-Homoserine 2024-Apr-25, Chem & bio engineering DOI:10.1021/cbe.3c00077 PMID:39974203	综述	本文综述了通过系统代谢工程策略提高大肠杆菌中l-高丝氨酸生产的最新进展	总结了通过阻断竞争和降解途径、增强关键酶和前体、以及运输系统的基因改造等策略来提高l-高丝氨酸生产的系统性方法	NA	提高l-高丝氨酸的微生物工业生产	大肠杆菌	合成生物学与生物技术	NA	微生物发酵	NA	NA	NA
194	2025-02-23	Artificial structural proteins: Synthesis, assembly and material applications 2024-03, Bioorganic chemistry IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.bioorg.2024.107162 PMID:38308999	综述	本文综述了仿生结构蛋白质的设计、生产及其在多尺度组装中的化学修饰方法，并讨论了其功能定制和当前应用	总结了仿生结构蛋白质的设计和生产方法，并探讨了其功能定制和当前应用，展望了未来研究方向	生物合成的固有局限性和复杂宏观组装的模仿难度仍是主要挑战	开发具有优异性能的定制结构蛋白质及其组装体	仿生结构蛋白质及其组装体	合成生物学	NA	模块化蛋白质工程、多肽修饰、合成生物学	NA	NA	NA
195	2025-02-23	A zinc finger transcription factor enables social behaviors while controlling transposable elements and immune response in prefrontal cortex 2024-Jan-25, Translational psychiatry IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41398-024-02775-5 PMID:38272911	研究论文	本文通过合成生物学方法重新编程ZFP189转录因子的功能，揭示了其在啮齿动物前额叶皮层中对社交行为的保护作用及其对转座子和免疫反应基因表达的调控	创新性地设计了合成ZFP189转录因子，并展示了其对前额叶皮层神经元成熟树突棘形态的促进作用，以及其对社交行为、转座子和免疫相关基因表达的调控作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类或其他高等动物中进行验证	探究ZFP189转录因子在前额叶皮层中对社交行为的调控机制及其对转座子和免疫反应的影响	小鼠前额叶皮层神经元	神经生物学	NA	合成生物学方法、RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠前额叶皮层组织
196	2025-02-17	Genetic retargeting of E3 ligases to enhance CAR T cell therapy 2024-Feb-15, Cell chemical biology IF:6.6Q1 DOI:10.1016/j.chembiol.2023.10.024 PMID:37989314	研究论文	本文开发了一种双功能融合蛋白，通过将目标蛋白与E3连接酶复合物桥接，强制目标泛素化和降解，以增强CAR T细胞疗法的抗肿瘤效力	开发了条件性降解策略，包括可诱导的降解转基因表达或小分子依赖的E3招募，并设计了针对SMAD2和SMAD3的降解剂，以阻断TGFβ信号传导	NA	增强CAR T细胞疗法的抗肿瘤效力	CAR T细胞	合成生物学	癌症	E3连接酶复合物	NA	NA	NA
197	2025-02-17	Noncanonical Streptococcus sanguinis ComCDE circuitry integrates environmental cues in transformation outcome decision 2024-Feb-15, Cell chemical biology IF:6.6Q1 DOI:10.1016/j.chembiol.2023.09.007 PMID:37832551	研究论文	本文研究了血链球菌中一种新型的竞争-捕食协调机制，揭示了其ComCDE电路在环境信号整合中的作用	发现了血链球菌中不同于其他链球菌的ComCDE电路，揭示了其独特的CSP前体切割模式和ABC转运蛋白的作用，并发现了一个ComCDE依赖的细菌素基因座	NA	探索血链球菌中自然竞争状态的调控机制及其在进化中的作用	血链球菌（Streptococcus sanguinis）	合成生物学	NA	合成生物学设备	NA	NA	NA
198	2025-02-14	Herbgenomics meets Papaveraceae: a promising -omics perspective on medicinal plant research 2024-Sep-27, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elad050 PMID:37952099	综述	本文综述了罂粟科药用植物的基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学研究的最新进展，并探讨了这些技术在制药工业和农业生物技术领域的潜在应用	结合基因组信息与其他组学研究，揭示药用植物遗传基础和次生代谢物生物合成途径，并探讨了现代基因编辑技术如CRISPR/Cas9和RNA干扰的应用	NA	探讨罂粟科药用植物的基因组学及其他组学研究，以揭示其药用活性的遗传基础	罂粟科药用植物，如罂粟（Papaver somniferum）和白屈菜（Chelidonium majus）	基因组学	NA	基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、CRISPR/Cas9、RNA干扰	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、代谢组数据	NA
199	2025-02-13	Introducing carbon assimilation in yeasts using photosynthetic directed endosymbiosis 2024-Jul-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49585-3 PMID:39013857	研究论文	本文介绍了一种通过定向内共生方法在酵母中引入碳同化的技术	通过工程化光合作用蓝藻内共生体，使酵母细胞在光合条件下无需外部碳源即可生长，并能够生物合成天然产物	NA	研究如何将异养生物转化为部分或完全自养生物，以实现可持续生物技术和合成生物学的目标	酵母细胞和光合作用蓝藻内共生体	合成生物学	NA	定向内共生方法	NA	NA	NA
200	2025-02-12	A versatile in situ cofactor enhancing system for meeting cellular demands for engineered metabolic pathways 2024-02, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2023.105598 PMID:38159859	研究论文	本文介绍了一种最小干扰系统XR/乳糖，用于增加大肠杆菌中与NAD(P)H、FAD、FMN和ATP生物合成相关的糖磷酸盐水平，从而提高代谢工程细胞的生产力	提出了一种新的XR/乳糖系统，通过增加细胞内的糖磷酸盐水平来增强体内辅因子的生成，适用于不同辅因子需求的代谢工程细胞系统	虽然XR/乳糖系统在提高生产力方面表现出色，但其他糖还原系统（如葡萄糖脱氢酶）的效果较差，且未对所有可能的代谢工程系统进行测试	研究如何通过增加细胞内糖磷酸盐水平来满足代谢工程细胞对辅因子的需求，从而提高其生产力	大肠杆菌中的代谢工程细胞系统	合成生物学	NA	XR/乳糖系统，葡萄糖脱氢酶系统	NA	代谢组学数据，转录组学数据	三种不同的代谢工程细胞系统（脂肪醇生物合成、生物发光光生成和烷烃生物合成）