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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2025-10-05 |
Unveiling Amaryllidaceae alkaloids: from biosynthesis to antiviral potential - a review
2024-05-22, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/d3np00044c
PMID:38131392
|
综述 | 本文综述了石蒜科生物碱从生物合成到抗病毒潜力的研究进展 | 整合了2017-2023年最新研究成果,强调合成和对映选择性研究在验证生物合成结论中的关键作用,并确立其作为抗病毒先导化合物的潜力 | 生物合成途径尚未完全阐明,需要进一步跨学科研究来理解结构-活性关系 | 系统梳理石蒜科生物碱的生物合成途径及其抗病毒应用潜力 | 石蒜科生物碱及其生物合成途径 | 天然产物化学与合成生物学 | 病毒性疾病 | 天然产物化学、合成有机化学、生物化学、系统生物学、合成生物学 | NA | 文献资料与实验数据 | NA | NA | NA | NA | 医药 |
| 222 | 2025-10-05 |
Bacterial cyclophane-containing RiPPs from radical SAM enzymes
2024-05-22, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/d3np00030c
PMID:38047390
|
综述 | 本文重点介绍由自由基SAM/SPASM酶催化的细菌单芳基环烷结构RiPPs天然产物的生物合成途径、发现方法和应用前景 | 系统总结了2016-2023年间细菌环烷结构RiPPs的研究进展,重点关注其独特的生物合成机制和药物开发潜力 | 仅聚焦于细菌来源的单芳基环烷RiPPs,未涵盖其他类型环烷结构或真核生物来源的RiPPs | 探讨含环烷结构的核糖体合成后修饰肽(RiPPs)的生物合成途径、酶学机制和应用价值 | 细菌来源的环烷结构RiPPs天然产物及其生物合成酶 | 天然产物化学 | 细菌感染 | 自由基SAM/SPASM酶催化 | NA | 文献综述 | NA | NA | 细菌 | NA | 药物发现, 合成生物学 |
| 223 | 2025-10-05 |
The biosynthetic logic and enzymatic machinery of approved fungi-derived pharmaceuticals and agricultural biopesticides
2024-04-24, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/d3np00040k
PMID:37990930
|
综述 | 系统阐述真菌来源天然产物的生物合成逻辑与酶学机制及其在药物和农用生物农药开发中的应用 | 整合基因组挖掘与合成生物学策略,提出通过理性设计扩展真菌天然产物化学多样性的新途径 | 未明确说明具体技术实施的技术瓶颈与转化应用的时间周期 | 解析已批准真菌源药物和生物农药的生物合成机制并探索其合成生物学改造策略 | 真菌来源的天然产物及其生物合成基因簇 | 合成生物学 | NA | 基因组挖掘、异源重建、代谢工程 | NA | 基因组数据、酶学数据 | NA | 异源表达宿主 | 真菌 | 聚酮合酶(PKS)、非核糖体肽合成酶(NRPS)、PKS/NRPS杂合系统、萜类、吲哚生物碱的生物合成途径 | 医药, 农业 |
| 224 | 2025-10-05 |
Simple phenylpropanoids: recent advances in biological activities, biosynthetic pathways, and microbial production
2024-01-24, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/d3np00012e
PMID:37807808
|
综述 | 概述简单苯丙素类化合物的生物活性、不同物种的生物合成途径及微生物生产工程策略 | 系统比较植物/细菌/真菌的生物合成路径差异,总结近十年微生物生产的关键工程策略 | 基于文献综述未涉及原始实验数据 | 探讨简单苯丙素类化合物的可持续微生物生产方案 | 简单苯丙素类化合物(C6-C3骨架天然产物) | 合成生物学 | NA | 代谢工程、合成生物学 | NA | 文献数据 | NA | NA | 微生物 | 生物合成途径工程 | 香料,营养品,生物材料,制药 |
| 225 | 2025-10-05 |
Research Progress on the Assembly of Large DNA Fragments
2024-04-16, Chembiochem : a European journal of chemical biology
IF:2.6Q3
DOI:10.1002/cbic.202400054
PMID:38477700
|
综述 | 本文综述了合成生物学中大片段DNA组装技术的研究进展,重点关注在不同宿主中的组装方法和挑战 | 聚焦于大片段DNA组装这一技术难点,系统比较了在大肠杆菌、枯草芽孢杆菌和酿酒酵母等不同宿主中的组装方法 | NA | 总结DNA组装技术的发展现状,特别是大片段DNA组装的研究进展 | DNA组装技术,特别是大片段DNA组装方法 | 合成生物学 | NA | DNA组装技术 | NA | NA | NA | NA | 大肠杆菌, 枯草芽孢杆菌, 酿酒酵母 | NA | 生物医学, 生物燃料, 新材料 |
| 226 | 2025-10-05 |
A new mRNA structure prediction based approach to identifying improved signal peptides for bone morphogenetic protein 2
2024-05-23, BMC biotechnology
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12896-024-00858-1
PMID:38783306
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研究论文 | 开发了一种基于mRNA结构预测的信号肽筛选方法,用于改进骨形态发生蛋白2的生产 | 首次结合氨基酸序列和mRNA二级结构预测来系统筛选信号肽,将MXFold2等计算工具应用于信号肽工程 | mRNA结构预测工具在此应用中可靠性不足,筛选的信号肽在C2C12细胞中活性均不如天然序列 | 开发基于计算预测的信号肽筛选方法,提高BMP2蛋白的生产效率 | 骨形态发生蛋白2(BMP2)及其信号肽 | 合成生物学 | 骨科疾病 | mRNA结构预测,信号肽活性预测,细胞培养实验 | SignalP,DeepLoc,MXFold2 | 氨基酸序列,核苷酸序列 | 2,611个TGF-β超家族信号肽,7个选定序列进行体外测试 | NA | HEK293T细胞,C2C12细胞 | NA | 医学 |
| 227 | 2025-10-05 |
Engineering a Self-Assembled Protein Cage for Targeted Dual Functionalization
2024-07-31, Nano letters
IF:9.6Q1
DOI:10.1021/acs.nanolett.4c01693
PMID:39017718
|
研究论文 | 本研究开发了一种能够独立招募两种不同目标蛋白的自组装蛋白笼Mi3,实现了在体外和活细胞内的双重功能化 | 首次将SpyCatcher/SpyTag和DogCatcher/DogTag两种化学方法整合到单一蛋白笼中,实现了两种不同目标蛋白的独立可控定位 | NA | 开发能够同时负载多种功能蛋白的自组装蛋白笼平台 | 自组装蛋白笼Mi3及其双重功能化系统 | 合成生物学 | NA | SpyCatcher/SpyTag和DogCatcher/DogTag蛋白质连接技术 | NA | 蛋白质组装数据、荧光成像数据、酶活性数据 | NA | 蛋白质工程 | 活细胞 | 双重功能化蛋白笼系统,可同时负载膜靶向肽和酶蛋白 | 医学, 合成生物学 |
| 228 | 2025-10-05 |
Unpaired cysteine insertions favor transmembrane dimerization and induce ligand-independent constitutive cytokine receptor signaling
2024-07-26, Biological chemistry
IF:2.9Q3
DOI:10.1515/hsz-2023-0344
PMID:38695485
|
研究论文 | 本研究揭示了跨膜区PPCL插入突变如何诱导细胞因子受体发生配体非依赖性二聚化和组成性激活 | 发现PPCL跨膜区插入可作为通用策略生成配体非依赖性组成性活性细胞因子受体 | 研究主要基于Ba/F3前B细胞系,尚未在更复杂的生理环境中验证 | 探究跨膜区半胱氨酸插入对细胞因子受体激活机制的影响 | IL-7Rα及其PPCL突变体,以及IL-6、IL-12和干扰素家族的细胞因子受体 | 合成生物学 | 急性淋巴细胞白血病 | 细胞信号转导分析,磷酸化检测 | NA | 细胞增殖数据,信号通路激活数据 | Ba/F3前B细胞系 | 基因改造 | 哺乳动物细胞 | 组成性活性细胞因子受体设计 | 医学 |
| 229 | 2025-10-05 |
TeaTFactor: A Prediction Tool for Tea Plant Transcription Factors Based on BERT
2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3444466
PMID:39150804
|
研究论文 | 开发基于BERT的茶树转录因子预测工具TeaTFactor | 首次将BERT预训练策略应用于茶树转录因子预测,并开发了在线网络服务器 | NA | 开发准确识别茶树转录因子的计算方法 | 茶树转录因子 | 自然语言处理 | NA | BERT预训练 | BERT | 蛋白质序列数据 | NA | NA | 茶树 | NA | 农业 |
| 230 | 2025-10-05 |
Single-Cell Synchro-Subtractive-Additive Nanoscale Surgery with Femtosecond Lasers
2024-07-24, Nano letters
IF:9.6Q1
DOI:10.1021/acs.nanolett.4c00970
PMID:38989671
|
研究论文 | 提出一种飞秒激光单细胞手术的同步减材-增材技术,实现单细胞结构的精确修改 | 首次实现同步纳米级三维减材与增材制造,通过非热消融和双光聚合实现单细胞结构的精确移除与修饰 | 术后存活率为70%,仍有提升空间 | 开发新型单细胞操作技术以克服现有方法的不足 | 单细胞结构 | 生物工程 | NA | 飞秒激光手术、双光聚合、非热消融 | NA | NA | NA | 飞秒激光 | 单细胞 | NA | 合成生物学、医学 |
| 231 | 2025-10-05 |
Organ-Specific Gene Expression Control Using DNA Origami-Based Nanodevices
2024-07-10, Nano letters
IF:9.6Q1
DOI:10.1021/acs.nanolett.4c02104
PMID:38920331
|
研究论文 | 本研究开发了基于DNA折纸的纳米器件,通过脂质纳米颗粒实现器官特异性基因表达调控 | 构建了坚固的DNA折纸结构,可在低pH等恶劣条件下封装于脂质纳米颗粒中,实现器官特异性基因递送 | 未明确说明实验样本数量及具体器官靶向效率的量化数据 | 开发器官特异性基因表达控制的纳米递送系统 | DNA折纸纳米器件、脂质纳米颗粒、mRNA和siRNA | 合成生物学 | NA | DNA折纸技术、低温电子显微镜 | NA | 显微镜图像、基因表达数据 | 小鼠器官(未明确具体数量) | DNA折纸 | 小鼠 | 基因递送纳米器件 | 医学 |
| 232 | 2025-10-05 |
Chemical Communication between Giant Vesicles and Gated Nanoparticles for Strip-Based Sensing
2024-11-06, Nano letters
IF:9.6Q1
DOI:10.1021/acs.nanolett.4c04022
PMID:39442006
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研究论文 | 本文开发了一种基于巨型囊泡和门控纳米粒子化学通讯的传感系统,用于条带检测 | 首次将巨型囊泡作为发送器与门控介孔纳米粒子作为接收器结合,实现化学通讯并应用于传感系统 | 实际应用验证仍需进一步开展 | 开发基于微纳粒子化学通讯的传感系统 | 巨型单层囊泡和门控介孔纳米粒子 | 纳米技术,合成生物学 | NA | 条带传感,智能手机检测 | NA | 化学信号 | 以细菌毒素α-溶血素为目标分析物进行实际样品测试 | NA | NA | 化学通讯系统,信号放大系统 | 医学检测,环境监测 |
| 233 | 2025-10-05 |
Pleiotropy, a feature or a bug? Toward co-ordinating plant growth, development, and environmental responses through engineering plant hormone signaling
2024-Aug, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2024.103151
PMID:38823314
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综述 | 探讨如何利用系统生物学和合成生物学方法协调植物激素信号传导以优化植物生长、发育与环境响应 | 整合系统生物学、单细胞测序与合成生物学方法解析基因多效性现象 | NA | 开发协调植物生长、发育与环境响应的基因工程策略 | 植物激素信号传导网络与基因多效性现象 | 合成生物学 | NA | 单细胞测序, CRISPR基因编辑 | NA | 基因组数据 | NA | CRISPR | 植物 | 激素信号传导通路模块 | 农业 |
| 234 | 2025-10-05 |
Biocatalytic enantioselective C(sp3)-H fluorination enabled by directed evolution of non-haem iron enzymes
2024-Aug, Nature synthesis
DOI:10.1038/s44160-024-00536-2
PMID:39925872
|
研究论文 | 通过定向进化改造非血红素铁酶实现生物催化的对映选择性C(sp3)-H氟化反应 | 首次成功将植物来源的非血红素酶ACCO重新设计为氟化酶,实现了天然酶不具备的C-F键形成功能 | NA | 开发新型生物催化氟化反应,解决不对称C-H氟化的合成难题 | 非血红素铁酶ACCO及其突变体 | 合成生物学 | NA | 定向进化,计算研究 | NA | 酶活性数据,计算化学数据 | NA | 定向进化 | NA | NA | 医药,工业生物技术 |
| 235 | 2025-10-05 |
Inteins: A Swiss army knife for synthetic biology
2024 Jul-Aug, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2024.108349
PMID:38552727
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综述 | 本文综述了内含肽在合成生物学中的多功能应用及其解决复杂生物挑战的潜力 | 系统阐述分裂内含肽的独特优势(紧凑性、可靠性、正交性等)及其在逻辑运算和遗传电路构建中的创新应用 | NA | 探讨内含肽在合成生物学领域的应用潜力及解决方案 | 内含肽(特别是分裂内含肽)及其蛋白质剪接机制 | 合成生物学 | 癌症 | 蛋白质剪接技术 | NA | NA | NA | 内含肽工程 | NA | 逻辑运算电路、遗传计算电路、反馈控制电路 | 医学, 生物技术, 生物医学 |
| 236 | 2025-10-05 |
Rational construction of synthetic consortia: Key considerations and model-based methods for guiding the development of a novel biosynthesis platform
2024 May-Jun, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2024.108348
PMID:38531490
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综述 | 本文系统比较了单培养系统与合成菌群的优缺点,总结了构建合成菌群的关键考量因素,并讨论了指导合成菌群发展的模拟与计算工具 | 提出了结合人工智能和机器学习等新兴技术开发更高效、更具成本效益的合成菌群的新方向 | 合成菌群研究仍处于起步阶段,在稳定合成菌群的设计和构建方面存在诸多挑战 | 指导新型生物合成平台的开发 | 合成菌群(由两个或多个具有互补功能的微生物物种或菌株组成) | 合成生物学 | NA | 代谢工程、人工智能、机器学习 | NA | NA | NA | NA | 微生物物种或菌株 | 合成菌群系统 | 工业生物技术 |
| 237 | 2025-10-05 |
Macroalgal microbiomes unveil a valuable genetic resource for halogen metabolism
2024-Mar-07, Microbiome
IF:13.8Q1
DOI:10.1186/s40168-023-01740-6
PMID:38454513
|
研究论文 | 本研究通过宏基因组分析揭示了大型藻类微生物组中卤素代谢的遗传资源 | 首次系统鉴定了大型藻类微生物组中与卤素代谢相关的基因功能,发现了多个先前未知与有机卤代谢相关的细菌类群 | 研究样本量相对有限,仅涉及3种大型藻类物种 | 探索大型藻类相关原核生物群落如何影响有机卤化分子的代谢命运 | 2种红藻(Sphaerococcus coronopifolius和Asparagopsis taxiformis)和1种褐藻(Halopteris scoparia)的微生物组 | 微生物生态学 | NA | 宏基因组测序,宏基因组组装基因组(MAGs) | NA | 宏基因组数据 | 98个宏基因组组装基因组(MAGs),来自3种大型藻类 | NA | 大型藻类(红藻和褐藻) | NA | 合成生物学,生物勘探,环境生物技术 |
| 238 | 2025-10-05 |
Genetic Transformation of Plasmid DNA into Escherichia coli Using High Frequency Electromagnetic Energy
2024-01-31, Nano letters
IF:9.6Q1
DOI:10.1021/acs.nanolett.3c03464
PMID:38194429
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研究论文 | 本文介绍了一种利用高频电磁能介导细菌细胞遗传转化的新技术 | 开发了基于高频电磁能的独特遗传转化方法,具有高效、成本低且生理条件温和的优势 | NA | 开发新型细菌遗传转化技术 | 大肠杆菌JM109细胞和pGLO质粒DNA | 合成生物学 | NA | 高频电磁能转化、共聚焦扫描显微镜、流式细胞术、冷冻透射电子显微镜 | NA | 显微镜图像、流式细胞数据 | NA | 质粒转化 | 大肠杆菌 | GFP报告基因系统 | 医学, 合成生物学 |
| 239 | 2025-10-05 |
Organization of an Artificial Multicellular System with a Tunable DNA Patch on a Membrane Surface
2024-01-10, Nano letters
IF:9.6Q1
DOI:10.1021/acs.nanolett.3c04249
PMID:38112415
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研究论文 | 开发了一种基于DNA贴片的策略,通过调控膜表面DNA杂交链式反应构建具有高阶结构的人工多细胞系统 | 利用膜表面DNA杂交链式反应开发DNA贴片策略,首次实现通过调控异质性粘附直接构建高阶结构人工多细胞系统 | NA | 开发构建具有可控排列的人工多细胞系统的简便策略 | 人工囊泡和活细胞组成的混合系统 | 合成生物学 | NA | DNA杂交链式反应 | NA | NA | NA | DNA杂交链式反应 | 人工囊泡, 活细胞 | 基于DNA贴片的异质性粘附系统,用于调控囊泡间连接和高阶结构组装 | 合成生物学, 细胞工程 |
| 240 | 2025-10-05 |
LIM-domain-only 4 (LMO4) enhances CD8+ T-cell stemness and tumor rejection by boosting IL-21-STAT3 signaling
2024-08-09, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-024-01915-z
PMID:39117617
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研究论文 | 本研究通过CRISPR激活筛选发现LMO4能增强CD8+ T细胞的干性特征和抗肿瘤能力,并通过合成生物学方法验证其作用机制 | 首次发现LMO4通过增强IL-21-STAT3信号通路来促进CD8+ T细胞干性,并开发了新的合成生物学工具 | 研究主要基于动物模型,尚未在人体临床试验中验证 | 探索增强CD8+ T细胞干性特征以改善T细胞免疫疗法效果的策略 | CD8+ T细胞及其干细胞样记忆T细胞亚群 | 合成生物学 | 肿瘤 | CRISPR激活筛选, CRISPR/Cas9基因编辑, 合成生物学方法 | NA | 基因表达数据, 细胞功能实验数据 | NA | CRISPR-Cas9, 合成生物学工具 | 哺乳动物细胞 | LMO4过表达系统 | 医学 |