合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
441	2024-09-14	Customizable gene sensing and response without altering endogenous coding sequences 2024-Sep-12, Nature chemical biology IF:12.9Q1 DOI:10.1038/s41589-024-01733-y PMID:39266721	研究论文	本文开发了一种在不改变内源基因编码序列的情况下，将基因传感器集成到内源基因中的方法	通过在终止子区域插入单引导RNA来激活下游电路，避免了嵌入传感器对内源基因调控的不可预测影响	NA	解决将基因传感器嵌入内源基因编码序列可能导致的不可预测的基因调控问题	CHO-K1细胞中的细胞应激传感器和执行器	合成生物学	NA	CRISPR-Cas9	NA	基因表达数据	CHO-K1细胞
442	2024-09-14	A precise and sustainable doxycycline-inducible cell line development platform for reliable mammalian cell engineering with gain-of-function mutations 2024-Sep-05, Metabolic engineering IF:6.8Q1 DOI:10.1016/j.ymben.2024.09.004 PMID:39242074	研究论文	本文介绍了一种基于CRISPR/Cas9技术的Tet-On3G诱导性主细胞系开发平台，用于精确和可持续的哺乳动物细胞工程	开发了一种名为ROSE的新平台，通过CRISPR/Cas9介导的位点特异性整合，实现了基因表达的精确调控和长期稳定性	NA	建立一种精确和可持续的基因表达调控系统，用于哺乳动物细胞工程	哺乳动物细胞系	合成生物学	NA	CRISPR/Cas9	NA	基因表达数据	NA
443	2024-09-14	Limiting the Broadcast Range of a Secreting Cell during Intercellular Signaling Using Protease-Mediated Degradation 2024-07-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00042 PMID:38885472	研究论文	研究如何通过蛋白酶介导的降解来限制分泌细胞在细胞间信号传递中的广播范围	提出了一种通过添加barrierpepsin来限制细胞在二维多细胞网络中α-因子信号响应范围的方法	NA	探索如何通过蛋白酶限制细胞间信号传递的广播范围，以实现更复杂的细胞网络功能	分泌细胞在细胞间信号传递中的广播范围	合成生物学	NA	NA	NA	NA	二维多细胞网络中的细胞
444	2024-09-14	Partial RNA design 2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae222 PMID:38940170	研究论文	本文提出了一种新的RNA设计范式——部分RNA设计，通过分离设计空间和目标，实现了对RNA序列和结构约束的精确控制	提出了部分RNA设计这一新范式，解决了现有RNA设计方法在搜索空间定义上的局限性	NA	开发一种新的RNA设计方法，以实现对RNA序列和结构约束的精确控制	RNA序列和结构	生物技术	NA	RNA设计	libLEARNA算法	RNA序列	NA
445	2024-09-14	RiboDiffusion: tertiary structure-based RNA inverse folding with generative diffusion models 2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae259 PMID:38940178	研究论文	本文提出了一种基于生成扩散模型的RNA逆折叠方法RiboDiffusion，用于从3D结构生成RNA序列	RiboDiffusion利用图神经网络和Transformer模型，能够从3D RNA骨架结构生成RNA序列，并在序列恢复和多样性之间进行权衡	NA	解决RNA逆折叠问题，即从给定的结构约束中找到功能性RNA序列	RNA序列和其3D结构	生物信息学	NA	生成扩散模型	图神经网络、Transformer	RNA序列和3D结构	不同长度和类型的RNA
446	2024-09-13	Microalgal metabolic engineering facilitates precision nutrition and dietary regulation 2024-Nov-15, The Science of the total environment DOI:10.1016/j.scitotenv.2024.175460 PMID:39137841	综述	本文综述了利用系统代谢工程优化微藻以实现精准营养和可持续饮食的方法	创新性地应用系统代谢工程，通过多组学分析和先进的代谢工程策略（如ZFNs、TALENs和CRISPR/Cas系统）优化微藻，提高生物活性化合物的生产	NA	探讨微藻在精准营养和可持续饮食中的应用潜力	微藻及其代谢产物	代谢工程	NA	代谢工程、多组学分析、CRISPR/Cas系统	NA	NA	NA
447	2024-09-13	Microbial biofilms as a platform for diverse biocatalytic applications 2024-Nov, Bioresource technology IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.biortech.2024.131302 PMID:39173957	综述	本文综述了微生物生物膜在多种生物催化应用中的潜力，特别是人工工程生物膜的应用	本文填补了人工工程生物膜在生物催化系统中应用的空白，并探讨了生物膜工程的策略	本文主要集中在综述和理论探讨，缺乏具体实验数据和案例研究	探讨微生物生物膜在生物催化应用中的潜力，特别是人工工程生物膜的应用	微生物生物膜及其在生物催化系统中的应用	NA	NA	基因修饰、合成生物学方法、生物膜形成过程的靶向操作	NA	NA	NA
448	2024-09-13	Challenges to rhizobial adaptability in a changing climate: Genetic engineering solutions for stress tolerance 2024-Nov, Microbiological research IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.micres.2024.127886 PMID:39232483	综述	本文综述了根瘤菌在气候变化下的适应性挑战及其在农业中的重要性，并探讨了通过基因工程提高根瘤菌耐受性的最新方法	本文总结了当前关于根瘤菌耐受性相关基因和通路的知识，并介绍了最新的基因工程方法，如合成生物学，以提高根瘤菌对环境变化的适应性	根瘤菌耐受性的遗传基础仍然了解不足	探讨气候变化对根瘤菌-植物共生关系的影响，并提出通过基因工程提高根瘤菌适应性的方法	根瘤菌及其与豆科植物的共生关系	NA	NA	基因工程	NA	NA	NA
449	2024-09-13	An expanded molecular and systems toolbox for imaging, mapping, and controlling local translation 2024-Oct, Current opinion in chemical biology IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.cbpa.2024.102523 PMID:39226865	综述	本文综述了用于成像、映射和控制局部翻译的扩展分子和系统工具箱	本文介绍了用于可视化和映射生物分子组件及翻译过程的新技术，这些技术具有更好的空间和时间分辨率，且伪影更少	NA	探讨如何通过新技术更好地可视化和控制细胞内局部蛋白质翻译过程	细胞内局部蛋白质翻译过程及其相关生物分子组件	生物技术	NA	NA	NA	NA	NA
450	2024-09-13	PhysioFit: a software to quantify cell growth parameters and extracellular fluxes 2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae488 PMID:39073885	研究论文	介绍了一种名为PhysioFit的开源软件，用于量化细胞生长参数和胞外通量	PhysioFit可以与任何生长模型兼容，并且设计为可互操作，支持多种常见生长模型，并允许高级用户实现额外的模型	NA	开发一种能够量化生长参数和胞外通量的通用工具	细胞生长参数和胞外通量	生物信息学	NA	Python编程	NA	时间序列数据	NA
451	2024-09-13	Robustness and evolvability: Revisited, redefined and applied 2024-Aug-02, Bio Systems DOI:10.1016/j.biosystems.2024.105281 PMID:39098381	研究论文	本文重新定义并应用了系统的鲁棒性和可进化性，提出了新的形式化定义和相应的度量方法，并使用进化算法在BNK模型系统中寻找不同类型的完美振荡器	本文提出了新的鲁棒性和可进化性的形式化定义和度量方法，比Wagner最初提出的度量方法更通用和更具代表性。此外，本文还提出了一种受NK系统启发的BNK数字建模方法，并应用于进化算法中	NA	重新定义和应用系统的鲁棒性和可进化性	系统的鲁棒性和可进化性，以及DNA合成噪声对DNA基生物传感器功能的影响和不同类型核酶的可进化性	合成生物学	NA	进化算法	BNK模型	NA	NA
452	2024-09-11	Engineered transcription activator-like effector dimer proteins confer DNA loop-dependent gene repression comparable to Lac repressor 2024-Sep-09, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae656 PMID:39077947	研究论文	本文设计了基于目标序列可编程的转录激活因子样效应物二聚体（TALED）蛋白的抑制系统，并展示了其在DNA环依赖的细菌启动子抑制中的应用	本文首次展示了通过共价结合的TALED蛋白实现强效的DNA环依赖的细菌启动子抑制，并验证了DNA环结构显著增强启动子抑制效果	本文主要集中在E. coli中的实验验证，未来需进一步研究其在其他生物系统中的适用性	设计并验证一种新型的DNA环依赖的基因抑制系统，为合成生物学和治疗应用提供新工具	转录激活因子样效应物二聚体（TALED）蛋白及其在DNA环依赖的基因抑制中的应用	合成生物学	NA	DNA环结构分析	NA	DNA序列	E. coli菌株
453	2024-09-11	Induction of bacterial expression at the mRNA level by light 2024-Sep-09, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae678 PMID:39126322	研究论文	本文利用光敏受体NmPAL在mRNA水平上诱导细菌表达，通过蓝光触发NmPAL结合破坏cis-抑制的mRNA状态，从而解除翻译起始的阻碍，上调基因表达	本文开发了一种名为riboptoregulator的光遗传学电路，能够在mRNA水平上进行基因表达调控，并能与现有基因调控电路结合，实现更精细和严格的基因表达控制	NA	开发一种在mRNA水平上进行光遗传学调控的新方法，以提高细菌基因表达的效率和精确性	细菌基因表达的调控机制	合成生物学	NA	光遗传学	NA	mRNA	NA
454	2024-09-10	Advances in the Structures, Pharmacological Activities, and Biosynthesis of Plant Diterpenoids 2024-Aug-28, Journal of microbiology and biotechnology IF:2.5Q3 DOI:10.4014/jmb.2402.02014 PMID:39081244	综述	本文综述了植物二萜类化合物的结构、药理活性和生物合成途径	利用合成生物学将微生物工程化为“细胞工厂”以生产所需化合物	NA	探讨植物二萜类化合物的生物合成机制及其在微生物中的异源生产	植物二萜类化合物及其生物合成途径	NA	NA	合成生物学	NA	NA	NA
455	2024-09-10	Hindered intermolecular stacking of anti-parallel telomeric G-quadruplexes 2024-Sep-14, The Journal of chemical physics IF:3.1Q1 DOI:10.1063/5.0225371 PMID:39248241	研究论文	研究了反平行端粒G四链体在自拥挤条件下的端到端堆叠行为	开发了一种高效的粗粒度拟合工具，成功描述了单体和二聚体G四链体的平衡混合物	NA	探讨G四链体拓扑结构对其相互作用的影响	反平行端粒G四链体的堆叠行为	NA	NA	小角X射线散射	粗粒度拟合工具	G四链体结构数据	使用序列AG3(T2AG3)3形成的反平行端粒G四链体
456	2024-09-10	Transforming drug development with synthetic biology and AI 2024-Sep, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2024.01.008 PMID:38383215	研究论文	本文探讨了合成生物学和人工智能在药物开发中的应用，特别是在COVID-19大流行背景下RNA平台药物开发的挑战和解决方案	结合合成生物学和人工智能模型，提出了一种新的药物开发方法	NA	探索合成生物学和人工智能在药物开发中的应用，解决药物候选物识别的难题	药物开发中的RNA平台和药物候选物	机器学习	NA	合成生物学	人工智能模型	NA	NA
457	2024-09-10	Synthetic biology in microalgae towards fucoxanthin production for pharmacy and nutraceuticals 2024-02, Biochemical pharmacology IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.bcp.2023.115958 PMID:38052271	综述	本文综述了合成生物学在微藻中用于提高岩藻黄素生产的原理和应用	本文提出了使用CRISPR-Cas9基因编辑、转录激活因子样效应核酸酶以及模块化组装和底盘工程等合成生物学工具，精确修改微藻基因组以提高岩藻黄素生产	本文主要讨论了合成生物学在微藻中的应用，但未详细探讨实际工业化生产的具体挑战和解决方案	探讨合成生物学在微藻中提高岩藻黄素生产的应用	微藻和岩藻黄素	合成生物学	NA	CRISPR-Cas9基因编辑	NA	NA	NA
458	2024-09-08	Genome-wide identification of the phenylalanine ammonia-lyase gene from Epimedium Pubescens Maxim. (Berberidaceae): novel insight into the evolution of the PAL gene family 2024-Sep-04, BMC plant biology IF:4.3Q1 DOI:10.1186/s12870-024-05480-z PMID:39232677	研究论文	本研究全面探索了Epimedium pubescens中的PAL基因家族，揭示了其进化历程和在黄酮醇糖苷、花青素和木质素生物合成中的潜在作用	首次全面分析了Epimedium pubescens中的PAL基因家族，揭示了其独特的进化起源和在不同组织中的功能	需要进一步实验验证EpPAL2和EpPAL3在花青素生物合成中的作用	研究Epimedium pubescens中PAL基因家族的进化及其在黄酮醇糖苷和花青素生物合成中的作用	Epimedium pubescens中的PAL基因家族及其在植物代谢中的功能	分子生物学	NA	基因组分析	NA	基因序列	7个PAL基因（EpPAL1-EpPAL7）
459	2024-09-08	Understanding the Role of Layered Minerals in the Emergence and Preservation of Proto-Proteins and Detection of Traces of Early Life 2024-Sep-03, Accounts of chemical research IF:16.4Q1 DOI:10.1021/acs.accounts.4c00173 PMID:39141709	研究论文	本文探讨了分层矿物在原生蛋白质的形成和早期生命痕迹的保存中的作用	提出了矿物作为环境循环现象信息转录者的观点，并建议了一种识别伪生物标志物的方法	实验室实验无法复制所有早期行星的过程和样本	深入理解生命起源的化学和地质过程，并探索矿物在其中的作用	分层矿物在生命起源和生物标志物保存中的作用	NA	NA	分子建模技术	NA	NA	NA
460	2024-09-08	Killer yeasts: expanding frontiers in the age of synthetic biology 2024-Sep, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2024.03.003 PMID:38575438	评论	本文探讨了合成生物学时代下杀伤性酵母的潜力及其在抗真菌耐药性和食品安全方面的应用	本文提出利用合成生物学技术解锁杀伤性酵母系统的全部潜力，并设想重新设计宿主双链RNA真菌病毒作为安全且无感染性的系统来生产设计RNA	尽管经过数十年的研究，杀伤性酵母的广泛应用仍受到一些限制	探讨合成生物学技术在杀伤性酵母系统中的应用潜力	杀伤性酵母及其分泌的蛋白质毒素	NA	NA	合成生物学	NA	NA	NA