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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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461 | 2024-10-09 |
Geometric deep learning of protein-DNA binding specificity
2024-Sep, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02372-w
PMID:39103447
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DeepPBS的几何深度学习模型,用于预测蛋白质-DNA结合特异性 | 提出了DeepPBS模型,能够从蛋白质-DNA结构中预测结合特异性,并提取可解释的蛋白质重原子重要性分数 | NA | 旨在通过几何深度学习模型预测蛋白质-DNA结合特异性,以理解基因调控 | 蛋白质-DNA结合特异性 | 机器学习 | NA | 几何深度学习 | 几何深度学习模型 | 蛋白质-DNA结构 | NA |
462 | 2024-10-08 |
Advances in Metabolic Engineering for the Accumulation of Astaxanthin Biosynthesis
2024-Oct-07, Molecular biotechnology
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s12033-024-01289-1
PMID:39373956
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综述 | 本文综述了代谢工程在虾青素生物合成中的最新进展 | 介绍了利用合成生物学和代谢工程技术通过微生物发酵大规模生产虾青素的新策略 | NA | 探讨虾青素生物合成的研究进展及未来研究方向 | 虾青素及其在不同工业领域的应用 | 代谢工程 | NA | 代谢工程 | NA | NA | NA |
463 | 2024-10-07 |
Incompatibility in cell adhesion constitutes a barrier to interspecies chimerism
2024-Oct-03, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2024.07.010
PMID:39181131
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研究论文 | 研究揭示了细胞粘附不兼容性是跨物种嵌合体形成的主要障碍,并开发了一种合成生物学策略来增强跨物种细胞粘附 | 开发了一种利用纳米抗体-抗原相互作用增强跨物种细胞粘附的合成生物学策略 | 研究主要集中在体外实验和鼠胚胎中的嵌合体形成,尚未在更复杂的动物模型中验证 | 解决跨物种嵌合体形成中的细胞粘附问题,以促进人类器官在动物体内的生长 | 人类多能干细胞(PSCs)与动物PSCs之间的粘附 | 合成生物学 | NA | 纳米抗体-抗原相互作用 | NA | 细胞 | 人类多能干细胞和鼠胚胎 |
464 | 2024-10-06 |
Enhancement of tryptophan 2-monooxygenase thermostability by semi-rational enzyme engineering: a strategic design to minimize experimental investigation
2024-Oct-02, RSC chemical biology
IF:4.2Q2
DOI:10.1039/d4cb00102h
PMID:39363964
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研究论文 | 通过半理性酶工程策略提高色氨酸2-单加氧酶的热稳定性 | 结合计算工具的理性设计和位点饱和突变筛选出具有显著提高热稳定性和可溶性表达产量的色氨酸2-单加氧酶变体 | NA | 提高色氨酸2-单加氧酶的热稳定性和可溶性表达产量 | 色氨酸2-单加氧酶及其变体 | 生物工程 | NA | 位点饱和突变 | NA | 蛋白质结构 | 野生型酶及其两种变体(TMO-PWS和TMO-PWSNR) |
465 | 2024-10-05 |
From Knallgas Bacterium to Promising Biomanufacturing Host: The Evolution of Cupriavidus necator
2024-Oct-04, Advances in biochemical engineering/biotechnology
DOI:10.1007/10_2024_269
PMID:39363001
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review | 本文综述了Cupriavidus necator在合成生物学领域的技术进展及其在工业生物制造中的潜力 | 介绍了Cupriavidus necator作为新兴生物制造宿主的潜力,特别是在分子生物学工具、代谢工程和发酵策略方面的创新 | NA | 探讨Cupriavidus necator在可持续生物加工和生物产品开发中的关键作用 | Cupriavidus necator及其在分子生物学工具、代谢工程和发酵策略中的应用 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
466 | 2024-10-05 |
Strategies for developing phages into novel antimicrobial tailocins
2024-Oct, Trends in microbiology
IF:14.0Q1
DOI:10.1016/j.tim.2024.03.003
PMID:38580606
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综述 | 本文综述了利用噬菌体开发新型抗菌尾丝蛋白的三种策略 | 提出利用噬菌体作为支架开发新型尾丝蛋白,以解锁其抗菌潜力 | 自然存在的尾丝蛋白多样性有限 | 探讨利用噬菌体开发新型抗菌尾丝蛋白的方法 | 噬菌体和尾丝蛋白 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA |
467 | 2024-10-05 |
Engineering bacterial theranostics: from logic gates to in vivo applications
2024, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2024.1437301
PMID:39359265
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综述 | 本文综述了合成生物学在设计细菌治疗诊断学方面的最新进展,从逻辑门到体内应用 | 探讨了设计能够感知和响应内源性疾病相关信号的细菌,以创建用于人类健康的工程化治疗诊断学系统 | 讨论了治疗诊断学临床转化中的主要挑战,并提出了克服这些问题的策略 | 综述细菌治疗诊断学的设计、传递和动力学,以实现安全、稳健和可遗传操作的治疗方法 | 细菌治疗诊断学系统及其在疾病治疗中的应用 | 合成生物学 | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA |
468 | 2024-10-04 |
Engineered protein elastomeric materials
2024-Oct-03, Chemical communications (Cambridge, England)
DOI:10.1039/d4cc02905d
PMID:39258457
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综述 | 本文综述了基于重组弹性蛋白、重组弹性蛋白样蛋白和其他重组折叠蛋白的弹性材料合成及其在生物医学和高科技领域的应用进展 | 利用合成生物学设计的重组蛋白可以模仿天然蛋白的优势结构,无需高温和细胞毒性试剂即可生物合成,为制备基于蛋白的弹性材料提供了新机会 | 设计和制造能够通过仿生策略在人类社会中发挥作用的基于蛋白的弹性材料仍然具有挑战性 | 探讨基于重组蛋白的弹性材料的设计、合成及其在生物医学和高科技领域的应用 | 基于重组弹性蛋白、重组弹性蛋白样蛋白和其他重组折叠蛋白的弹性材料 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA |
469 | 2024-10-04 |
RDBSB: a database for catalytic bioparts with experimental evidence
2024-Oct-03, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae844
PMID:39360609
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研究论文 | 开发了一个名为RDBSB的数据库,包含83,193个经过实验验证的催化生物部件,提供详细的定性和定量催化信息 | RDBSB整合了分散在多个数据库和文献来源中的催化生物部件信息,提供了一个全面的资源平台 | NA | 开发一个综合数据库,以支持合成生物学中的途径设计 | 催化生物部件及其在特定代谢途径中的应用 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 数据库 | 83,193个经过实验验证的催化生物部件 |
470 | 2024-10-04 |
Functionalized Protein Binders in Developmental Biology
2024-Oct, Annual review of cell and developmental biology
IF:11.4Q1
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研究论文 | 本文探讨了在发育生物学中使用功能化蛋白质结合剂直接解析蛋白质功能的方法 | 介绍了使用纳米体和其他合成支架衍生的蛋白质结合剂,以及计算设计的蛋白质结合剂在发育过程中研究蛋白质组的新方法 | NA | 研究蛋白质结合剂在发育生物学中的应用,以更好地理解发育过程中分子复杂性的形成 | 功能化蛋白质结合剂及其在发育过程中对蛋白质组的研究 | 发育生物学 | NA | 蛋白质结合剂的计算设计和支架工程 | NA | 蛋白质组数据 | NA |
471 | 2024-10-04 |
Trading acyls and swapping sugars: metabolic innovations in Solanum trichomes
2024-Oct-01, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiae279
PMID:38748602
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研究论文 | 研究了茄科植物Solanum中特殊代谢产物acylsugar的多样性和进化 | 发现了八种含有肌醇或肌醇糖苷核心和羟基酰基链的不寻常结构,并鉴定了与已知acylsugar乙酰转移酶不同的SmASAT3-L1酶 | 仅分析了Solanum属中一小部分物种的acylsugar多样性 | 探讨Solanum属中acylsugar结构的多样性和进化,并为育种和合成生物学利用这种多样性提供基础 | Solanum属中的acylsugar代谢产物及其相关酶 | NA | NA | 液相色谱-质谱分析 | NA | 代谢产物 | 31个Solanum属物种 |
472 | 2024-10-04 |
Probing the orthogonality and robustness of the mammalian RNA-binding protein Musashi-1 in Escherichia coli
2024-Sep-30, Journal of biological engineering
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13036-024-00448-x
PMID:39350178
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研究论文 | 研究探讨了哺乳动物RNA结合蛋白Musashi-1在Escherichia coli中的正交性和鲁棒性 | 首次将哺乳动物Musashi蛋白作为翻译调控因子在Escherichia coli中进行功能研究,并揭示了其在转录后调控中的作用 | 研究中发现合成电路在约40代后失去功能,表明其稳定性有限 | 探索RNA识别基序(RRMs)在原核生物中的功能及其在生物技术和医学应用中的潜力 | Musashi-1蛋白及其在Escherichia coli中的表达对转录组和翻译组的影响 | 生物技术 | NA | 高通量RNA测序 | NA | RNA序列 | 约40代Escherichia coli |
473 | 2024-10-04 |
Data-Driven Design of Triple-Targeted Protein Nanoprobes for Multiplexed Imaging of Cancer Lymphatic Metastasis
2024-Sep, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202405877
PMID:38889909
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研究论文 | 本文介绍了一种基于数据驱动设计和合成生物学组装策略的三靶向蛋白质纳米探针,用于癌症淋巴转移的多重成像 | 本文创新性地设计了能够特异性结合三种靶点的蛋白质纳米探针,并通过数据驱动的方法和合成生物学策略实现了对癌症淋巴转移的多重成像 | 本文的研究主要集中在胃癌患者的淋巴结组织,未来需要进一步验证其在其他癌症类型中的适用性 | 开发一种有效的纳米探针,用于成像高度异质性的癌症淋巴转移 | 癌症淋巴转移的多重成像 | 生物医学工程 | 胃癌 | 合成生物学 | NA | 组织样本 | 19例新鲜切除的人类胃癌样本 |
474 | 2024-10-04 |
Engineering bacterial warriors: harnessing microbes to modulate animal physiology
2024-Jun, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2024.103113
PMID:38564969
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研究论文 | 本文探讨了利用微生物调节动物生理的合成生物学方法 | 利用微生物与动物的共生关系,通过工程化微生物有效操纵动物生理 | 多细胞动物的工程化仍具有挑战性,因其系统复杂性 | 重新编程活体系统以实现预定的生物功能 | 微生物与动物的共生关系 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
475 | 2024-10-04 |
Replacing manual operation with bio-automation: A high-throughput evolution strategy to construct an integrated whole-cell biosensor for the simultaneous detection of methylmercury and mercury ions without manual sample digestion
2024-03-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.133492
PMID:38227998
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研究论文 | 本研究设计了一种生物消化基因电路,并将其集成到汞离子全细胞生物传感器中,创建了一种新颖的现场甲基汞检测方法 | 首次开发了一种无需手动样品消化的甲基汞和汞离子同时检测的全细胞生物传感器 | NA | 开发一种用于现场检测甲基汞和汞离子的新型全细胞生物传感器 | 甲基汞和汞离子的检测 | 合成生物学 | NA | 生物信息学分析 | 全细胞生物传感器 | 基因数据 | 五种不同细菌基因组的烷基汞裂解酶 |
476 | 2024-10-02 |
Engineering quorum sensing-based genetic circuits enhances growth and productivity robustness of industrial E. coli at low pH
2024-Sep-28, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-024-02524-9
PMID:39342182
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研究论文 | 研究通过工程化群体感应基因电路,增强工业E. coli在低pH条件下的生长和生产力稳定性 | 利用Esa型群体感应电路动态调控酸抗性模块(DsrA-Hfq)的表达,实现按需和适量调控 | NA | 增强E. coli在工业发酵中低pH条件下的稳定性和生产力 | 工业E. coli菌株在低pH条件下的生长和生产力 | 合成生物学 | NA | 群体感应电路 | NA | NA | 工业E. coli菌株SCEcL3及其亲本菌株 |
477 | 2024-10-02 |
Immunometabolic Circuits in Infection for Advancing Host Directed Therapies
2024-Sep-13, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/66980
PMID:39345111
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研究论文 | 本文探讨了利用合成生物学方法开发基于四环素调控的合成电路,以递送琥珀酸脱氢酶作为治疗剂,消除细胞内利什曼原虫的研究 | 首次提出利用合成生物学方法开发基于四环素调控的合成电路,递送琥珀酸脱氢酶作为治疗剂,消除细胞内利什曼原虫 | 研究仅在鼠巨噬细胞系中进行,尚未在临床试验中验证 | 开发基于合成生物学的新疗法,靶向宿主相关因子,治疗利什曼病 | 利什曼原虫感染的鼠巨噬细胞 | 合成生物学 | 利什曼病 | 合成生物学 | NA | 细胞 | 鼠巨噬细胞系 |
478 | 2024-10-01 |
Enzymatic Characterization of SpPAL Genes in S. polyrhiza and Overexpression of the SpPAL3
2024-Sep-18, Plants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/plants13182607
PMID:39339582
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研究论文 | 研究了巨型浮萍中的PAL基因,并探讨了SpPAL3基因的过表达对植物生长的影响 | 首次在巨型浮萍中鉴定并克隆了三个PAL基因,并研究了其在植物生长和次生代谢中的作用 | NA | 研究巨型浮萍中PAL基因的功能及其在植物生长和次生代谢中的作用 | 巨型浮萍中的PAL基因及其编码蛋白 | NA | NA | qRT-PCR | NA | 基因表达数据 | NA |
479 | 2024-10-01 |
Production of Terpene Trilactones from Cell and Organ Cultures of Ginkgo biloba
2024-Sep-13, Plants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/plants13182575
PMID:39339550
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综述 | 本文综述了利用银杏细胞和器官培养生产萜三萜内酯的研究策略 | 介绍了通过代谢工程和合成生物学方法进行异源生产萜三萜内酯的创新 | 银杏生长缓慢,成熟期长,且萜三萜内酯的积累受年龄、性别、季节和地理因素影响 | 探讨利用细胞培养技术高效生产银杏中的萜三萜内酯 | 银杏细胞和器官培养中的萜三萜内酯生产 | NA | NA | 代谢工程和合成生物学 | NA | NA | NA |
480 | 2024-10-01 |
Integrated Review of Transcriptomic and Proteomic Studies to Understand Molecular Mechanisms of Rice's Response to Environmental Stresses
2024-Aug-25, Biology
DOI:10.3390/biology13090659
PMID:39336087
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综述 | 本文综述了转录组学和蛋白质组学研究在理解水稻对环境胁迫响应的分子机制中的应用 | 本文整合了转录组学和蛋白质组学的最新进展,提供了水稻对环境胁迫响应的分子细节 | NA | 解码水稻对环境胁迫响应的复杂机制,培育高产、高质量和抗逆品种 | 水稻对环境胁迫的响应机制 | NA | NA | 转录组学、蛋白质组学 | NA | NA | NA |