合成生物学相关文章
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当前共找到 1160 篇文献，本页显示第 501 - 520 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 501 | 2024-08-23 |
Artificial Intelligence Methods and Models for Retro-Biosynthesis: A Scoping Review
2024-Aug-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00091
PMID:39047143
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综述 | 本文综述了人工智能方法和模型在逆合成和逆生物合成路径设计中的最新进展 | 人工智能推动了合成规划和化学空间探索的新前沿，促进了与绿色化学相符的生物生产 | 讨论了该领域的局限性和有前景的研究方向 | 总结人工智能在逆合成和逆生物合成路径设计中的应用 | 逆合成和逆生物合成路径设计 | NA | NA | 人工智能 | 基于反应模板或生成模型 | NA | NA |
| 502 | 2024-08-23 |
The BioRECIPE Knowledge Representation Format
2024-Aug-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00096
PMID:39051984
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研究论文 | 介绍了一种名为BioRECIPE的知识表示格式，旨在标准化并促进创建、验证、评估、管理和扩展细胞内及细胞间信号的可执行模型时的人机交互 | BioRECIPE格式允许用户轻松预览和修改任何模型组件，同时可被机器读取并由一系列模型开发和分析工具处理 | NA | 开发一种标准化的知识表示格式，以促进生物系统模型的创建和管理 | 细胞内及细胞间信号的可执行模型 | 系统生物学 | NA | 自然语言处理 | NA | 模型 | NA |
| 503 | 2024-08-23 |
Functional Modification of Cyanobacterial Phycobiliprotein and Phycobilisomes through Bilin Metabolism Control
2024-Aug-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00094
PMID:39038807
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研究论文 | 研究通过控制胆色素代谢来修饰蓝细菌中的藻蓝蛋白和藻胆体 | 开发了一种新型7942 PEB1菌株，通过精细调控PEB生物合成，实现了藻胆体颜色从绿色到棕色和粉红色的可逆变化 | 遗传不稳定，且由PEB结合的藻胆体复合物的性质尚未被充分表征 | 探索藻胆体适应不同光环境的机制，并为生物工程、合成生物学和可再生能源领域的未来研究提供基础 | 蓝细菌中的藻蓝蛋白和藻胆体 | 生物工程 | NA | 胆色素代谢控制 | NA | NA | NA |
| 504 | 2024-08-23 |
Development of a Recombineering System for the Acetogen Eubacterium limosum with Cas9 Counterselection for Markerless Genome Engineering
2024-Aug-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00253
PMID:39033464
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研究论文 | 本文开发了一种基于病毒重组酶RecT的高效寡核苷酸重组系统，并结合Cas9反选择系统，实现了无标记基因组工程，用于乙酸菌Eubacterium limosum的精确基因组修饰。 | 本文首次开发了一种高效的重组系统，结合Cas9反选择系统，实现了无标记的基因组点突变，无需繁琐的同源臂克隆，可快速简单地应用于几乎任何基因组位点。 | NA | 开发一种新的基因组工程方法，用于乙酸菌Eubacterium limosum的合成生物学和代谢工程，以促进可持续的CO基生物燃料生产和人类肠道微生物群的研究。 | 乙酸菌Eubacterium limosum的基因组 | 合成生物学 | NA | 重组酶RecT，Cas9反选择系统 | NA | 基因组数据 | NA |
| 505 | 2024-08-23 |
Chloroplast Cell-Free Systems from Different Plant Species as a Rapid Prototyping Platform
2024-Aug-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00117
PMID:39028299
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研究论文 | 本文介绍了一种从不同植物物种中提取的叶绿体无细胞基因表达系统，用于快速原型设计和基因表达分析 | 开发了一种多功能的叶绿体无细胞基因表达系统，适用于多种植物物种，并能使用传统和内源性叶绿体聚合酶进行基因表达分析 | NA | 解决气候变化对全球农业的威胁，通过叶绿体工程提供创新解决方案 | 叶绿体无细胞基因表达系统在不同植物物种中的应用 | 植物合成生物学 | NA | 叶绿体无细胞基因表达 | NA | 基因表达数据 | 分析了23个5'UTR、10个3'UTR和6个叶绿体启动子 |
| 506 | 2024-08-23 |
Engineering a Novel Probiotic Toolkit in Escherichia coli Nissle 1917 for Sensing and Mitigating Gut Inflammatory Diseases
2024-Aug-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00036
PMID:39115381
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研究论文 | 本研究开发了一种针对炎症性肠病（IBD）的靶向治疗系统，通过工程化改造益生菌大肠杆菌Nissle 1917（EcN），构建了一个包含转录因子基传感器、I型溶血素分泌系统和治疗性纳米抗体库的模块化系统。 | 本研究首次在EcN中验证了纳米抗体库的治疗潜力，并首次在EcN中表征了分泌系统，为筛选和纯化感兴趣的蛋白质提供了一个平台。此外，提供了评估益生菌系统关键参数的数学框架。 | 尽管系统对一氧化氮（NO）的响应是浓度依赖性的，但灵敏度有所降低。 | 开发一种针对炎症性肠病（IBD）的靶向治疗系统。 | 益生菌大肠杆菌Nissle 1917（EcN）及其在肠道炎症疾病治疗中的应用。 | NA | 炎症性肠病 | 转录因子基传感器（NorR）、I型溶血素分泌系统、酶联免疫吸附测定 | NA | NA | NA |
| 507 | 2024-08-22 |
Single-round QuikChange PCR for engineering multiple site-directed mutations in plasmid DNA
2024-Nov, Analytical biochemistry
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.ab.2024.115621
PMID:39019205
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研究论文 | 本研究开发了一种简单且节省时间的方法，通过使用质粒作为模板和兼容的寡核苷酸引物，按照QuikChange策略，在一次聚合酶链反应中引入多个核苷酸插入、删除和替换 | 该方法能够在一次聚合酶链反应中实现多个位点的突变，提高了基因工程的效率 | 通常需要筛选5个克隆才能找到所有期望突变的成功克隆 | 开发一种新的突变研究方法，以促进蛋白质生物化学、正向遗传学和合成生物学的研究 | 质粒DNA中的多个位点定向突变 | 生物化学 | NA | 聚合酶链反应 | NA | DNA | 通常筛选5个克隆 |
| 508 | 2024-08-22 |
Therapeutic applications of synthetic gene/genetic circuits: a patent review
2024, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2024.1425529
PMID:39161351
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综述 | 本文综述了合成基因/遗传电路在治疗应用中的专利情况，展示了其在精确控制基因表达和细胞行为方面的潜力 | 合成基因电路能够定制精确控制治疗干预，实现个性化治疗，提高治疗效果并减少副作用 | 该技术面临商业盈利挑战，设计需针对特定应用调整，可能存在多重调控的毒性、同源重组、上下文依赖性、资源过度使用和环境变异性等缺点 | 探讨合成基因/遗传电路在治疗应用中的潜力和挑战 | 合成基因/遗传电路及其在治疗领域的应用 | 合成生物学 | NA | 合成基因/遗传电路 | NA | 专利 | 38项专利，15个最频繁的国际分类 |
| 509 | 2024-08-21 |
Production of pyrimidine nucleosides in microbial systems via metabolic engineering: Theoretical analysis research and prospects
2024-Oct, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2024.108419
PMID:39053562
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研究论文 | 本研究探讨通过代谢工程和合成生物学策略在微生物系统中生产嘧啶核苷的方法 | 利用微生物发酵合成嘧啶核苷，提供了一种更可持续的生产替代方案 | 微生物生产嘧啶核苷的复杂且严格调控的生物合成途径是一个重大挑战 | 旨在通过代谢工程和合成生物学策略提高嘧啶核苷的生产效率 | 嘧啶核苷的生产 | 代谢工程 | NA | 代谢工程 | NA | NA | NA |
| 510 | 2024-08-21 |
DeepEnzyme: a robust deep learning model for improved enzyme turnover number prediction by utilizing features of protein 3D-structures
2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae409
PMID:39162313
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DeepEnzyme的深度学习模型，该模型结合Transformer和图卷积网络（GCN）来预测酶的转换数（kcat），通过利用蛋白质序列和三维结构信息提高预测的准确性和鲁棒性 | DeepEnzyme模型通过整合蛋白质序列和三维结构特征，显著提高了对序列相似度较低的酶的kcat预测的鲁棒性 | NA | 提高酶转换数（kcat）预测的准确性和鲁棒性 | 酶的转换数（kcat）及其对催化活性的影响 | 机器学习 | NA | 深度学习 | Transformer和图卷积网络（GCN） | 蛋白质序列和三维结构 | NA |
| 511 | 2024-08-21 |
Controlled Supramolecular Polymerization via Bioinspired, Liquid-Liquid Phase Separation of Monomers
2024-May-08, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.4c01377
PMID:38683934
|
研究论文 | 本文介绍了一种通过模拟蛋白质中的液-液相分离（LLPS）来控制超分子聚合的新方法 | 提出了一种新颖的合成共沉淀物视角，通过π-共轭单体设计实现超分子聚合的结构控制 | NA | 探索超分子聚合的新途径，提供精确自组装结构的设计原则和控制合成方法 | 超分子聚合物及其在受限环境中的自组装结构 | 超分子化学 | NA | 液-液相分离（LLPS） | NA | NA | NA |
| 512 | 2024-08-21 |
Blue light-mediated gene expression as a promising strategy to reduce antibiotic resistance in Escherichia coli
2024-May, Biotechnology journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/biot.202400023
PMID:38719589
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研究论文 | 本文研究了利用蓝光调控基因表达系统来减少大肠杆菌对抗生素的耐药性 | 首次成功应用蓝光调控基因表达系统，有效降低了工程化大肠杆菌对氨苄西林和链霉素的耐药性 | NA | 开发新兴的非传统技术以应对抗生素耐药性的挑战 | 大肠杆菌的抗生素耐药性 | 合成生物学 | NA | 光遗传学 | NA | 基因表达数据 | 工程化大肠杆菌细胞 |
| 513 | 2024-08-21 |
Re-considering and designing microbiomes for future waste biorefinery
2024-01, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.14395
PMID:38206186
|
评论 | 本文重新考虑并设计微生物组，以支持未来废物生物精炼厂的可持续发展需求 | 提出了'可持续合成微生物组'的概念，结合自下而上和自上而下的微生物组构建方法，以从低价值废物中提供人类所需产品 | 目前微生物组设计在处理复杂废物方面面临困境 | 探讨如何将科学原理与技术和工程相结合，以实现未来废物生物精炼厂的目标导向设计 | 微生物组的设计及其在废物生物精炼厂中的应用 | 环境工程 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 514 | 2024-08-21 |
Expanding the genetic programmability of Lactiplantibacillus plantarum
2024-01, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.14335
PMID:37638848
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综述 | 本文综述了增强和控制乳酸菌能力的方法，特别是通过工程化遗传模块和电路来提升Lactiplantibacillus plantarum的应用性。 | 提出了针对L. plantarum的遗传工具包的改进策略，包括实时调控基因表达和增强生物安全性的方法。 | 目前用于提升L. plantarum应用性的遗传工具包仍然不足。 | 探讨如何通过遗传工程增强乳酸菌的功能，特别是在食品工业和医疗保健领域的应用。 | 主要研究对象是Lactiplantibacillus plantarum，一种广泛用于合成生物学应用的微生物底盘。 | 合成生物学 | NA | 遗传工程 | NA | 遗传数据 | NA |
| 515 | 2024-08-21 |
Bacterial tolerance and detoxification of cyanide, arsenic and heavy metals: Holistic approaches applied to bioremediation of industrial complex wastes
2024-01, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.14399
PMID:38206076
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研究论文 | 本文总结了细菌减轻氰化物、砷和重金属影响的策略，并分析了这些有毒化学物质之间的相互作用 | 本文探讨了系统生物学和合成生物学在复杂工业废物和共污染场地生物修复策略开发中的作用，并强调了元基因组学研究的重要性和进展 | 本文主要集中在微生物对每种环境危害的单独响应的表征上，对共污染废物对微生物代谢的影响讨论较少 | 开发针对工业复杂废物生物修复的策略 | 氰化物、砷和重金属的代谢过程及其对微生物的影响 | 环境科学 | NA | 系统生物学、合成生物学 | NA | NA | NA |
| 516 | 2024-08-20 |
TeaTFactor: a prediction tool for tea plant transcription factors based on BERT
2024-Aug-16, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3444466
PMID:39150804
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研究论文 | 本文介绍了一种基于BERT架构的茶树转录因子预测工具TeaTFactor | 利用预训练策略和BERT模型进行茶树转录因子的预测，相较于现有模型具有更高的准确性 | NA | 开发一种高效的计算方法来预测茶树转录因子 | 茶树转录因子 | 自然语言处理 | NA | BERT | BERT | 蛋白质数据 | 使用来自UniProt的蛋白质数据进行预训练，并使用收集的茶树转录因子数据进行微调 |
| 517 | 2024-08-20 |
Screening of broad-host expression promoters for shuttle expression vectors in non-conventional yeasts and bacteria
2024-Aug-16, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-024-02506-x
PMID:39152436
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研究论文 | 本研究选择了五种Yarrowia lipolytica和五种Kluyveromyces marxianus的组成型启动子，构建了启动子-报告载体，并在多种微生物宿主中系统地表征了这些启动子的强度 | 发现五种K. marxianus启动子能在Y. lipolytica中表达基因，五种Y. lipolytica启动子也能在K. marxianus中表达基因，且yl.TEF1和km.TEF1启动子在多种微生物宿主中表现出适应性 | NA | 开发具有广泛宿主适用性的非传统酵母启动子，以增强目标生物产品的合成 | Yarrowia lipolytica和Kluyveromyces marxianus的组成型启动子 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 基因表达 | 涉及Y. lipolytica、K. marxianus、Pichia pastoris、Escherichia coli和Corynebacterium glutamicum等多种微生物宿主 |
| 518 | 2024-08-20 |
Design and construction of light-regulated gene transcription and protein translation systems in yeast P. Pastoris
2024-Aug-06, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2024.08.008
PMID:39117107
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研究论文 | 本文设计并构建了在酵母P. pastoris中受光调控的基因转录和蛋白质翻译系统 | 开发了新的光调控转录和翻译系统，通过光感应元件和内源性启动子的嵌合设计，以及通过“稀有密码子刹车”设计的光抑制翻译系统 | NA | 解决传统诱导型启动子在发酵安全或表达能力上的缺陷，并优化细胞能量分布 | 酵母P. pastoris中的基因转录和蛋白质翻译 | 合成生物学 | NA | 光感应元件设计，稀有密码子刹车设计 | NA | 基因转录和蛋白质翻译数据 | 多种配置的转录因子/光响应元件对，以及不同的光响应元件位置和拷贝数 |
| 519 | 2024-08-17 |
Synthetic microbial communities: A gateway to understanding resistance, resilience, and functionality in spontaneously fermented food microbiomes
2024-Sep, Food research international (Ottawa, Ont.)
DOI:10.1016/j.foodres.2024.114780
PMID:39147468
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综述 | 本文综述了自发发酵食品微生物群落的复杂特性，这些特性有助于抵抗性、恢复力和功能性驱动因素 | 合成微生物群落（SMCs）作为机制洞察和微生物群落战略性重编程的门户，为发酵食品微生物群落提供了细致的理解和控制 | 在实现SMCs的稳定性和可重复性方面存在挑战，主要源于非标准化方法 | 探讨合成微生物群落在自发发酵食品微生物群落中的应用及其优化食品加工的潜力 | 自发发酵食品的微生物群落及其在食品加工中的应用 | 微生物学 | NA | 合成生物学 | NA | 微生物群落数据 | NA |
| 520 | 2024-08-17 |
Towards Self-regeneration: Exploring the Limits of Protein Synthesis in the Protein Synthesis Using Recombinant Elements (PURE) Cell-free Transcription-Translation System
2024-Aug-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00304
PMID:39066734
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研究论文 | 研究在PURE无细胞转录-翻译系统中蛋白质自再生的极限 | 成功将非核糖体PURE蛋白质浓度降低至97.3%，并提高了蛋白质合成效率 | 原文未明确提及 | 重现生命系统的自我再生功能，以创造合成细胞 | PURE无细胞转录-翻译系统中的蛋白质自再生 | 合成生物学 | NA | 无细胞转录-翻译系统 | NA | 蛋白质 | 涉及36种非核糖体蛋白质 |