合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2024-09-06	Optimizing Promoters and Subcellular Localization for Constitutive Transgene Expression in Marchantia polymorpha 2024-Sep-03, Plant & cell physiology DOI:10.1093/pcp/pcae063 PMID:38822700	研究论文	研究优化了苔藓植物Marchantia polymorpha中的启动子和亚细胞定位，以实现持续的转基因表达	发现了新的启动子，这些启动子在所有组织中都能驱动高水平的基因表达，且不会对生长造成负担，并证明了细胞质是异源蛋白表达的最佳亚细胞定位	NA	优化Marchantia polymorpha中的启动子和亚细胞定位，以实现持续的转基因表达	Marchantia polymorpha中的启动子和亚细胞定位	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
502	2024-09-06	Zero-shot prediction of mutation effects with multimodal deep representation learning guides protein engineering 2024-Sep, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-024-00989-2 PMID:38969803	研究论文	本文介绍了一种名为ProMEP的多模态深度表示学习方法，用于零样本预测蛋白质突变效应，并指导蛋白质工程	ProMEP通过多模态深度学习模型，从约1.6亿个蛋白质中全面学习序列和结构上下文，实现了突变效应的零样本预测，显著提高了预测速度和准确性	NA	开发一种能够准确预测蛋白质突变效应并指导蛋白质工程的方法	蛋白质突变效应的预测和基因编辑酶TnpB和TadA的工程化	生物信息学	NA	多模态深度表示学习	多模态深度学习模型	蛋白质序列和结构数据	约1.6亿个蛋白质
503	2024-09-06	Cell reprogramming design by transfer learning of functional transcriptional networks 2024-Mar-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2312942121 PMID:38437548	研究论文	本文开发了一种基于转录组数据的迁移学习方法，用于控制细胞行为，并生成可转移到特定重编程目标的网络动力学模型	通过预训练的适应性模型，创新性地改进了现有方法，能够针对特定的重编程转换进行调整	需要进一步验证和优化以应对复杂的细胞网络和组合干预的挑战	利用合成生物学、下一代测序和机器学习的最新进展，合理设计基于基因扰动和药物反应的新疾病治疗方法	人类细胞命运相关的转录组数据，以及微阵列和RNA测序数据	机器学习	NA	下一代测序 (NGS), RNA测序 (RNA-seq)	迁移学习模型	转录组数据	超过9,000个微阵列数据和超过10,000个RNA测序数据，涵盖54种细胞类型和227种独特扰动
504	2024-09-05	Single-molecule force spectroscopy of toehold-mediated strand displacement 2024-Aug-31, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51813-9 PMID:39217165	研究论文	本文利用单分子力谱技术结合微流控增强的光阱和粗粒度模拟，研究了基于脚手架介导的链置换（TMSD）的动态DNA纳米技术中的单分子水平动力学。	首次在单分子水平上实时观察和调控TMSD过程，并分析了DNA和RNA入侵的动力学差异。	NA	探索脚手架介导的链置换过程在单分子水平上的动力学特性。	DNA和RNA的链置换过程。	DNA纳米技术	NA	单分子力谱技术	NA	NA	数千次正反入侵事件
505	2024-09-01	Highly flexible cell membranes are the key to efficient production of lipophilic compounds 2024-Aug, Journal of lipid research IF:5.0Q1 DOI:10.1016/j.jlr.2024.100597 PMID:39029799	综述	本文综述了利用细胞膜工程技术提高微生物细胞工厂生产脂溶性化合物效率的策略	提出了通过构建高度灵活的细胞膜来突破脂溶性化合物生产上限的有效策略	目前主要通过构建人工储存隔间和改造细胞膜结构来促进产品流出，仍存在挑战	探讨如何通过细胞膜工程技术提高脂溶性化合物的生产效率	脂溶性化合物的生产	合成生物学	NA	细胞膜工程技术	NA	NA	NA
506	2024-09-05	Computational tools for plant genomics and breeding 2024-Aug, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2578-6 PMID:38676814	研究论文	本文综述了植物基因组学和作物育种中计算工具的应用	文章介绍了基因组装、基因组注释、表观基因组分析和转录组分析等领域的最新进展	NA	探讨计算工具在植物基因组学和作物育种中的应用	植物基因组学和作物育种	生物信息学	NA	高通量测序、分子生物学、数据科学	深度学习	基因组数据	NA
507	2024-09-04	Synthetic biology toolkit of Ralstonia eutropha (Cupriavidus necator) 2024-Aug-29, Applied microbiology and biotechnology IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s00253-024-13284-2 PMID:39207499	review	本文综述了用于改造和增强Ralstonia eutropha（Cupriavidus necator）生物生产能力的合成生物学技术	开发了一个合成生物学工具包，允许用户友好设计，赋予R. eutropha新能力，用于新颖应用	NA	旨在通过合成生物学技术增强R. eutropha的生物生产能力	Ralstonia eutropha（Cupriavidus necator）	NA	NA	合成生物学技术	NA	NA	NA
508	2024-09-04	Wuhan Sequence-Based Recombinant Antigens Expressed in E. coli Elicit Antibodies Capable of Binding with Omicron S-Protein 2024-Aug-20, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25169016 PMID:39201702	研究论文	本文研究了基于武汉序列的重组抗原在E. coli中表达，并能引发与Omicron S蛋白结合的抗体	首次证明这些重组抗原能诱导产生与Omicron变种S蛋白相互作用的抗体，并展示了合成生物学方法在开发高度交叉反应疫苗中的潜力	NA	开发交叉反应疫苗，以应对SARS-CoV-2的持续变异和新变种的出现	重组冠状病毒抗原及其免疫原性	疫苗学	冠状病毒感染	细菌表达系统	NA	蛋白质	小鼠
509	2024-09-04	Photosynthesis: Genetic Strategies Adopted to Gain Higher Efficiency 2024-Aug-16, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25168933 PMID:39201620	综述	本文综述了通过遗传策略提高光合作用效率的方法	讨论了CRISPR-Cas9和合成生物学等基因编辑工具在精确调整光合作用途径中的最新成功案例	文章未明确指出具体的局限性	旨在识别光合作用的优化机会，讨论近期进展，并解决提高这一关键过程的挑战	光合作用的遗传方面及其在提高作物产量中的应用	NA	NA	CRISPR-Cas9, 合成生物学	NA	NA	NA
510	2024-09-04	Identification, Design, and Application of Noncoding Cis-Regulatory Elements 2024-Aug-05, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14080945 PMID:39199333	研究论文	本文探讨了顺式调控元件（CREs）的识别、设计和应用，以及它们在生物学功能中的关键作用	本文利用深度学习算法和大语言模型来解析控制CRE功能的复杂核苷酸序列，并实现CRE活动的精确预测和从头设计	NA	深入理解CRE的操作动态，以利用其多样化的调控特性	顺式调控元件（CREs）及其在生物学功能中的作用	基因组学	NA	深度学习算法	大语言模型	功能基因组数据	NA
511	2024-09-04	The chromosome-scale assembly of the Notopterygium incisum genome provides insight into the structural diversity of coumarins 2024-Aug, Acta pharmaceutica Sinica. B DOI:10.1016/j.apsb.2024.04.005 PMID:39220882	研究论文	本文报道了Notopterygium incisum的染色体级别基因组组装，大小为1.64 Gb，包含60,021个注释的蛋白质编码基因，并鉴定了关键酶在香豆素结构多样性中的作用	首次鉴定了两种双功能酶，能够催化demethylsuberosin和osthenol，并提出了复杂香豆素生物合成途径的平行进化场景	NA	探究香豆素结构多样性的机制	Notopterygium incisum的基因组及其香豆素生物合成途径	NA	NA	基因组组装	NA	基因组数据	Notopterygium incisum的基因组
512	2024-09-04	Revolutionizing Immunotherapy: Unveiling New Horizons, Confronting Challenges, and Navigating Therapeutic Frontiers in CAR-T Cell-Based Gene Therapies 2024, ImmunoTargets and therapy IF:6.2Q1 DOI:10.2147/ITT.S474659 PMID:39219644	综述	本文综述了CAR-T细胞疗法在癌症治疗和细胞工程技术中的新纪元，强调了阻碍治疗效率的挑战，并探讨了通过基因编辑和合成生物学等前沿技术提高CAR-T细胞功能的可能性。	本文介绍了通过基因编辑和合成生物学等前沿技术提高CAR-T细胞功能的新机会，以克服免疫逃逸机制。	文章指出CAR-T细胞疗法面临的挑战，如细胞毒性、免疫抑制性肿瘤环境和T细胞浸润减少。	旨在通过改进CAR-T细胞设计和选择潜在目标，提高患者的总体生存率和无事件生存率，从而增强CAR-T细胞治疗在血液恶性肿瘤和实体瘤中的韧性。	CAR-T细胞疗法在癌症治疗中的应用和挑战。	细胞工程	癌症	CAR-T细胞疗法	NA	NA	NA
513	2024-09-02	Comprehensive Analysis of Allulose Production: A Review and Update 2024-Aug-17, Foods (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/foods13162572 PMID:39200499	综述	本文综述了近年来D-阿洛酮糖生产技术的进展，重点介绍了酶转化方法的关键发展	包括传统固定化技术、新型酶的发现、定向进化研究以及通过代谢途径修饰的生物合成	NA	旨在提高D-阿洛酮糖的生产效率和成本效益，同时遵循可持续和经济可行的制造实践	D-阿洛酮糖的生产技术	生物技术	NA	酶转化	NA	NA	NA
514	2024-09-02	Physiological Roles of Eumelanin- and Melanogenesis-Associated Diseases: A Look at the Potentialities of Engineered and Microbial Eumelanin in Clinical Practice 2024-Jul-25, Bioengineering (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/bioengineering11080756 PMID:39199714	综述	本文旨在强调人体多个器官/组织中存在的真黑素所发挥的生理作用，并基于其独特性质合理化这一生物聚合物所扮演的常常相互冲突的功能角色	探讨了基于外源性真黑素的局部供应疗法的潜力，以及通过合成生物学生产的真黑素在重塑治疗和诊断应用中的机会	NA	分析真黑素的生理和病理作用，并深入探讨与黑色素生成相关的皮肤、眼睛、耳朵和大脑疾病	真黑素的生理和病理作用，以及与黑色素生成相关的疾病	NA	神经退行性疾病	NA	NA	NA	NA
515	2024-09-01	Engineering immune-evasive allogeneic cellular immunotherapies 2024-Sep, Nature reviews. Immunology DOI:10.1038/s41577-024-01022-8 PMID:38658708	研究论文	本文讨论了如何通过赋予同种异体T细胞和自然杀伤（NK）细胞内在的免疫逃避特性，来防止或延迟它们的免疫排斥，从而扩大治疗窗口	探讨了利用基因编辑和合成生物学设计基于细胞的精准免疫疗法的前景，超越了编程靶向特异性，需要仔细考虑受体中的先天和适应性反应	NA	旨在改善现成的同种异体细胞疗法的持久性，并设计基于细胞的精准免疫疗法	同种异体T细胞和NK细胞	免疫疗法	癌症	基因编辑和合成生物学	NA	NA	NA
516	2024-09-01	Cultivation optimization promotes ginsenoside and universal triterpenoid production by engineered yeast 2024-Aug-22, New biotechnology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.nbt.2024.08.505 PMID:39181198	research paper	本文通过实验设计优化发酵条件，提高了工程酵母生产人参皂苷和通用三萜类化合物的产量	利用合成生物学、微生物工程和配方研究，实现了可持续生产高价值化合物，如三萜类合成	NA	优化发酵条件以提高工程酵母生产人参皂苷和三萜类化合物的产量	人参皂苷和三萜类化合物	NA	NA	发酵	NA	NA	NA
517	2024-08-31	Lipid-Based Catalysis Demonstrated by Bilayer-Enabled Ester Hydrolysis 2024-Jul-30, Membranes IF:3.3Q2 DOI:10.3390/membranes14080168 PMID:39195420	研究论文	本文展示了脂质双层膜的疏水区域为催化反应提供适宜环境的能力，并通过酯水解反应验证了这一概念	首次展示了脂质双层膜在生物系统中作为催化剂的可能性	催化反应速度比酶催化慢，催化转化数在10-7到10-8 s之间	探索脂质及其聚集体在生物化学、药理学和合成生物学中的催化作用	脂质双层膜的催化能力及其在酯水解反应中的应用	NA	NA	H-NMR	NA	荧光	NA
518	2024-08-30	Multi-modal deep learning enables efficient and accurate annotation of enzymatic active sites 2024-Aug-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51511-6 PMID:39187482	研究论文	介绍了一种名为EasIFA的酶活性位点注释算法，该算法结合了蛋白质语言模型和3D结构编码器的潜在酶表示，并通过多模态交叉注意力框架将蛋白质级信息与酶反应知识对齐	EasIFA算法在速度和准确性上均优于现有算法，实现了10倍的加速和显著的性能提升	NA	开发一种高效且准确的酶活性位点注释算法，以推动药物发现、疾病研究、酶工程和合成生物学等多个领域的发展	酶活性位点的自动注释	机器学习	NA	多模态深度学习	多模态交叉注意力框架	蛋白质结构数据	NA
519	2024-08-29	Posttranscriptional tuning of gene expression over a large dynamic range in synthetic tobacco chloroplast operons 2024-Sep, The Plant journal : for cell and molecular biology DOI:10.1111/tpj.16930 PMID:39031552	研究论文	本研究探讨了烟草叶绿体中gfp报告基因的表达，通过使用叶绿体atpH 5' UTR的变体，揭示了内源性烟草PPR10在不同设计背景下与烟草和玉米atpH 5' UTR结合时对报告基因激活的不同水平	研究发现了PPR10通过一种独立于其稳定单顺反子转录本的机制激活翻译，并且引入tRNA上游的UTR几乎消除了gfp mRNA和GFP蛋白，这表明tRNA促进了RNA切割和5'外切核酸酶降解，导致PPR10没有足够时间结合和保护gfp RNA	NA	探索在合成烟草叶绿体操纵子中实现基因表达的转录后调控	gfp报告基因在烟草叶绿体中的表达	合成生物学	NA	NA	NA	RNA	不同设计的烟草和玉米atpH 5' UTR变体
520	2024-08-29	A Self-Assembling γPFD-SpyCatcher Hydrogel Scaffold for the Coimmobilization of SpyTag-Enzymes to Facilitate the Catalysis of Regulated Enzymes 2024-Aug-28, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.4c03403 PMID:39194331	研究论文	本研究建立了一种能够自发组装的γPFD-SpyCatcher水凝胶支架，用于共固定化SpyTag-酶，以促进受调控酶的催化作用	该研究展示了γPFD-SpyCatcher水凝胶在提高酶的热稳定性和pH稳定性的同时，还能快速提供纯酶，并在体外实验中显著提高了酶的活性	NA	探索γPFD-SpyCatcher水凝胶在共固定化酶中的应用，以提高酶的稳定性和活性	γPFD-SpyCatcher水凝胶、SpyTag-酶（如SpyTag-己糖激酶、SpyTag-磷酸果糖激酶和SpyTag-丙酮酸激酶）	生物技术	NA	水凝胶技术	NA	酶活性数据	NA