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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 561 | 2024-10-24 |
Measuring the burden of hundreds of BioBricks defines an evolutionary limit on constructability in synthetic biology
2024-Apr-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.08.588465
PMID:38645188
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研究论文 | 研究了301个BioBricks在高拷贝质粒上对宿主细胞生长速率的影响 | 首次系统测量了大量BioBricks对宿主细胞生长速率的负担,并开发了一个交互式网络工具用于合成生物学教育 | 研究仅限于高拷贝质粒上的BioBricks,未涵盖其他类型的DNA序列 | 探讨合成生物学中工程化DNA对宿主细胞生长速率的影响及其进化限制 | 301个BioBricks及其对宿主细胞生长速率的影响 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 301个BioBricks | NA | NA | NA | NA |
| 562 | 2024-10-21 |
Diagnosis and mitigation of the systemic impact of genome reduction in Escherichia coli DGF-298
2024-Oct-16, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.00873-24
PMID:39207109
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研究论文 | 研究了基因组简化对大肠杆菌DGF-298的影响,并通过重建代谢模型和适应性实验室进化来减轻这些影响 | 通过系统级方法和适应性实验室进化相结合,修复和优化基因组工程菌株 | NA | 研究基因组简化对大肠杆菌DGF-298的系统性影响并提出缓解措施 | 大肠杆菌DGF-298及其基因组简化后的代谢和表达调控 | 系统生物学 | NA | 代谢模型重建、iModulon-based转录组分析、适应性实验室进化 | 代谢模型 | 转录组数据 | 单一菌株DGF-298 | NA | NA | NA | NA |
| 563 | 2024-10-21 |
Microalgae biofuels: illuminating the path to a sustainable future amidst challenges and opportunities
2024-Jan-23, Biotechnology for biofuels and bioproducts
IF:3.3Q3
DOI:10.1186/s13068-024-02461-0
PMID:38254224
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综述 | 本文综述了过去十年微藻生物燃料生产的研究成果,探讨了该行业面临的机遇和挑战 | 利用合成生物学减少转基因微藻的风险,提高其生物燃料生产的经济可行性 | 转基因微藻的大规模户外栽培存在风险,限制了其可行性 | 探讨微藻生物燃料在能源转型中的重要性及其大规模生产的可行性 | 微藻的选择、改造和培养 | NA | NA | 组学技术、基因编辑 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 564 | 2024-10-21 |
Engineering strategies for enhanced heterologous protein production by Saccharomyces cerevisiae
2024-Jan-22, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-024-02299-z
PMID:38247006
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综述 | 本文综述了利用酿酒酵母生产异源蛋白的工程策略 | 总结了最新的异源蛋白产量提高的技术进展,包括蛋白质超表达系统、蛋白质分泌工程、糖基化途径工程和系统代谢工程 | 构建一个通用的酵母底盘用于高效蛋白质生产仍然是一个挑战 | 探讨提高酿酒酵母异源蛋白产量的策略 | 酿酒酵母及其异源蛋白生产 | 生物工程 | NA | 合成生物学工具和代谢工程策略 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 565 | 2024-10-20 |
Revolutionizing Molecular Design for Innovative Therapeutic Applications through Artificial Intelligence
2024-Sep-29, Molecules (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/molecules29194626
PMID:39407556
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综述 | 本文综述了机器学习、人工智能和分子建模在计算蛋白质工程领域的最新进展及其在创新治疗应用中的革命性作用 | 本文介绍了深度学习、强化学习和迁移学习等技术在蛋白质结构预测、结合亲和力优化和酶设计方面的显著改进,以及这些创新如何简化了蛋白质工程流程 | 本文指出计算预测与实验验证之间的差距以及与AI驱动的蛋白质设计相关的伦理问题是当前面临的挑战 | 本文旨在全面概述计算方法在蛋白质工程中的当前状态和未来方向,强调其在创造下一代生物制剂和推进合成生物学方面的变革潜力 | 本文研究对象为计算蛋白质工程中的机器学习、人工智能和分子建模技术及其在生物技术和医学中的应用 | 机器学习 | NA | 深度学习、强化学习、迁移学习 | NA | 蛋白质结构 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 566 | 2024-10-20 |
Optogenetic spatial patterning of cooperation in yeast populations
2024-01-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44379-5
PMID:38168087
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研究论文 | 本文利用光遗传学技术控制酵母中的SUC2蔗糖酶生产,从而塑造合作者和欺骗者细胞的空间分布 | 首次使用光遗传学方法控制酵母细胞的合作和竞争行为,并展示了合作者在其领域大小受限时从其产生的己糖中获益最大 | 研究仅限于酵母细胞,尚未应用于其他微生物生态系统 | 探索通过光遗传学方法控制微生物群落中的代谢相互作用,以改进合成生物学应用中的微生物群落工程 | 酵母细胞的合作和竞争行为 | 合成生物学 | NA | 光遗传学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 567 | 2024-10-19 |
Biosynthesis of Natural and Unnatural Perylenequinones for Drug Development
2024-Oct-16, ChemMedChem
IF:3.6Q2
DOI:10.1002/cmdc.202400295
PMID:38943237
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综述 | 本文综述了天然和非天然苝醌的生物合成途径及其在药物开发中的应用 | 介绍了通过合成生物学策略进行结构修饰和大规模生物生产天然和非天然苝醌的最新进展 | 缺乏高效且成本效益高的方法来获得这些化合物并引入结构多样性和复杂性 | 促进苝醌类化合物在光动力疗法中的研究和应用 | 天然和非天然苝醌及其衍生物 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 568 | 2024-09-30 |
Advances in synthetic biology
2024-Oct, SLAS technology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.slast.2024.100197
PMID:39341458
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 569 | 2024-10-19 |
Identification and Characterization of an R-M System in Paracoccus denitrifican DYTN-1 to Improve the Plasmid Conjugation Transfer Efficiency
2024-Sep-28, Journal of microbiology and biotechnology
IF:2.5Q3
DOI:10.4014/jmb.2402.02041
PMID:39155392
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研究论文 | 本文研究了Paracoccus denitrifican DYTN-1菌株中的R-M系统,并通过人工改造质粒提高其接合转移效率 | 首次鉴定并表征了DYTN-1菌株中的R-M系统,开发了质粒人工改造方法显著提高了接合转移效率 | NA | 提高DYTN-1菌株的质粒接合转移效率,增强其基因编辑能力 | Paracoccus denitrifican DYTN-1菌株及其R-M系统 | 合成生物学 | NA | 质粒人工改造 | NA | DNA | 1株菌株 | NA | NA | NA | NA |
| 570 | 2024-10-17 |
An integrated engineering worldview of synthetic biology education through the lens of webinar based pedagogy
2024, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2024.1431374
PMID:39411056
|
研究论文 | 本文探讨了通过基于网络研讨会的教学方法,整合合成生物学教育的工程世界观 | 本文介绍了iGEM非营利组织在2020年COVID疫情期间启动的网络研讨会系列,该系列成功吸引了学生,并提供了全球可访问的教学方法 | NA | 探讨如何通过网络研讨会教学方法,促进合成生物学教育的发展 | 合成生物学教育及其教学方法 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 571 | 2024-10-18 |
An Effective DNA-Based File Storage System for Practical Archiving and Retrieval of Medical MRI Data
2024-Oct, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202301585
PMID:38807543
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研究论文 | 本文提出了一种基于DNA的文件存储系统,用于实际存档和检索医学MRI数据 | 本文提出了一个有效的DNA存储(EDS)方法,包括一种新的分段策略、基于规则的四进制转码方法和索引技术,以解决数据丢失和提高检索效率 | NA | 开发一种有效的基于DNA的医学数据存储系统,以解决长期、高密度数据存档的需求 | 医学MRI数据 | 计算生物学 | NA | DNA存储 | NA | MRI数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 572 | 2024-10-18 |
Leveraging artificial intelligence in vaccine development: A narrative review
2024-09, Journal of microbiological methods
IF:1.7Q4
DOI:10.1016/j.mimet.2024.106998
PMID:39019262
|
综述 | 本文综述了人工智能在疫苗开发中的应用,重点关注抗原选择、表位预测、佐剂识别和优化策略 | 人工智能算法利用基因组数据、蛋白质结构和免疫系统相互作用,预测抗原表位、评估免疫原性并优先选择抗原进行实验 | 数据异质性、模型可解释性和监管考虑是实现人工智能在疫苗开发中全部潜力的挑战 | 探讨人工智能在疫苗开发中的作用,加速安全有效疫苗的交付 | 抗原选择、表位预测、佐剂识别和优化策略 | 机器学习 | NA | 机器学习和深度学习 | NA | 基因组数据、蛋白质结构 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 573 | 2024-10-18 |
Exploring the secrets of marine microorganisms: Unveiling secondary metabolites through metagenomics
2024-08, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.14533
PMID:39075735
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综述 | 本文综述了通过宏基因组技术揭示海洋微生物次级代谢产物的研究进展 | 强调了宏基因组学在揭示次级代谢产物中的关键作用,并探讨了长读长测序技术和计算生物学工具的发展为BGC发现带来的新可能性 | 讨论了通过宏基因组学研究这些代谢产物时存在的当前限制,并指出长读长测序技术和计算生物学工具的发展为BGC发现提供了更多可能性 | 揭示海洋微生物次级代谢产物的秘密 | 海洋微生物及其次级代谢产物 | 宏基因组学 | NA | 宏基因组技术 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 574 | 2024-10-18 |
Controlling the expression of heterologous genes in Bdellovibrio bacteriovorus using synthetic biology strategies
2024-06, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.14517
PMID:38934530
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研究论文 | 本文研究了在Bdellovibrio bacteriovorus HD100中使用合成生物学策略控制异源基因表达的方法 | 首次将分层组装克隆技术Golden Standard (GS) 适应于B. bacteriovorus HD100,并结合Tn7转座子的移动元件进行染色体整合,系统地表征了一系列组成型和诱导型启动子,实现了对该细菌中异源基因表达的控制 | 缺乏适用于捕食者驯化的合成生物学工具 | 开发适用于B. bacteriovorus HD100的合成生物学工具,以实现其在微生物生物技术中的应用 | Bdellovibrio bacteriovorus HD100中的异源基因表达控制 | 合成生物学 | NA | 分层组装克隆技术Golden Standard (GS),Tn7转座子 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 575 | 2024-10-17 |
Versatility of threose nucleic acids: synthesis, properties, and applications in chemical biology and biomedical advancements
2024-Oct-15, Chemical communications (Cambridge, England)
DOI:10.1039/d4cc04443f
PMID:39318271
|
综述 | 本文深入探讨了α-L-苏糖核酸(TNA)的合成、性质及其在化学生物学和生物医学领域的应用 | TNA具有独特的四碳糖骨架,与天然核酸相比,具有更好的空间排列、稳定的Watson-Crick碱基配对、高结合亲和力、生物稳定性和生物相容性 | TNA研究仍面临合成方法的挑战,尤其是大规模合成和酶工程方面的改进 | 探讨TNA的潜在应用及其在化学生物学和生物医学领域的进展 | α-L-苏糖核酸(TNA)及其在分子检测、免疫治疗、基因治疗、合成生物学和分子计算等领域的应用 | 化学生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 576 | 2024-10-17 |
A comprehensive risk assessment of microplastics in soil, water, and atmosphere: Implications for human health and environmental safety
2024-Oct-15, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2024.117154
PMID:39378647
|
研究论文 | 本文对土壤、水和大气中的微塑料进行了全面的风险评估,并探讨了其对人类健康和环境安全的影响 | 提出了基于相关研究进展的微塑料风险评估方法,并建议开发新的评估模型 | 现有的风险评估模型无法很好地评估微塑料的风险 | 评估微塑料在土壤、水和大气中的风险,并提出改进的风险评估方法 | 土壤、水和大气中的微塑料 | 环境科学 | NA | 数据可视化和分析 | NA | 数据集 | 在中国收集了135组土壤、水和大气中的相关数据 | NA | NA | NA | NA |
| 577 | 2024-10-17 |
Artificial intelligence-based prediction of pathogen emergence and evolution in the world of synthetic biology
2024-10, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.70014
PMID:39364593
|
综述 | 本文探讨了人工智能在预测病原体出现和进化中的应用,特别是在合成生物学领域 | 提出了将生成式AI作为溯因推理的资源,以识别新技术(如合成生物学)带来的关键问题 | 本文仅限于动物病原体,未涵盖所有病原体类型 | 探讨人工智能在监测和控制病原体进化中的潜力 | 病原体的出现和进化,特别是由合成生物学引起的新技术 | 人工智能 | NA | 生成式AI | 生成式AI | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 578 | 2024-10-17 |
Escherichia coli on colorectal cancer: A two-edged sword
2024-10, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.70029
PMID:39400440
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综述 | 本文创新性地提出了大肠杆菌在结直肠癌中的双刃剑理论,探讨了如何利用大肠杆菌的矛盾性质进行结直肠癌的筛查和治疗 | 提出了大肠杆菌在结直肠癌中的双刃剑理论,并探讨了其在筛查和治疗中的潜在应用 | 肠道微生物群与结直肠癌之间的关系仍不明确,应用大肠杆菌时应考虑其与其他微生物、宿主和环境因素的相互作用及其自身的变化 | 探讨大肠杆菌在结直肠癌筛查和治疗中的潜在应用 | 大肠杆菌及其在结直肠癌中的作用 | NA | 结直肠癌 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 579 | 2024-10-17 |
Precision and efficacy of RNA-guided DNA integration in high-expressing muscle loci
2024-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.18.582796
PMID:38562818
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研究论文 | 研究评估了在骨骼肌中使用CRISPR-Cas9和同源独立靶向整合(HITI)技术将报告基因或治疗基因整合到高表达位点的精度和效果 | 利用骨骼肌中的内源性启动子,通过HITI技术将基因整合到高表达位点,为基因替换疗法提供了新的方法 | 研究主要在老鼠肌细胞中进行,尚未在人体中验证 | 开发一种在骨骼肌中实现高表达治疗基因的基因替换技术 | 骨骼肌中的肌酸激酶(Ckm)和肌红蛋白(Mb)启动子 | 基因治疗 | NA | CRISPR-Cas9, 同源独立靶向整合(HITI) | NA | 基因组, 转录组 | 老鼠肌细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 580 | 2024-10-17 |
Pseudomonas putida as a platform for medium-chain length α,ω-diol production: Opportunities and challenges
2024-03, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.14423
PMID:38528784
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综述 | 本文综述了利用Pseudomonas putida生产中链长度α,ω-二醇的进展,并提出了可持续生产二醇的四模块方法 | 提出了利用Pseudomonas putida作为微生物平台生产中链长度α,ω-二醇的四模块方法 | 尽管取得了进展,但仍存在挑战,如中间产物的毒性等问题 | 探讨利用Pseudomonas putida作为微生物细胞工厂生产中链长度α,ω-二醇的机会和挑战 | Pseudomonas putida和中链长度α,ω-二醇的生产 | NA | NA | 代谢工程和合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |