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当前共找到 1128 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2026-08-20 |
teemi: An open-source literate programming approach for iterative design-build-test-learn cycles in bioengineering
2024-03, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011929
PMID:38457467
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研究论文 | 开发了一个名为teemi的开源Python计算机辅助设计与分析平台，采用文学编程界面，支持合成生物学中的设计-建造-测试-学习循环，并应用于代谢途径设计的预测工程。 | 提出了一个结合文学编程的开源平台，完全符合FAIR原则，集成了模拟、数据整合与机器学习，用于预测性工程化代谢途径设计。 | 未明确提及局限性，可能包括平台对特定生物系统的适用性有限或机器学习模型的预测准确性依赖数据质量。 | 旨在通过用户友好的模拟、组织和指导，促进生物系统的工程设计，并最大化设计-建造-测试-学习循环中的学习效率。 | 生物系统，特别是酵母中生产药用生物碱关键前体的代谢途径设计。 | 合成生物学 | NA | NA | 机器学习 | 多变量数据集 | NA | NA | 酿酒酵母 | 代谢途径设计 | 工业生物技术, 医学 |
| 62 | 2026-08-19 |
Nucleated synthetic cells with genetically driven intercompartment communication
2024-09-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2404790121
PMID:39186653
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研究论文 | 本文提出一种构建具有核样区室且能进行遗传驱动的区室间通信的合成细胞的方法 | 首次实现具有明确核样区室并可进行基因编程的区室间信号传导的合成细胞，支持原位膜蛋白表达和自主化学通信 | 尚不清楚该系统的长期稳定性和在更复杂生物环境中的适用性 | 增强合成细胞的复杂性，通过功能性区室化模拟真核细胞核与细胞质间的自主信号传导 | 合成细胞及其核样区室 | 合成生物学 | NA | 区室封装、原位蛋白表达 | NA | NA | NA | NA | NA | 核与细胞质区室间的膜蛋白介导的化学通信通路 | 生物技术 |
| 63 | 2026-08-19 |
Synonymous codon substitutions modulate transcription and translation of a divergent upstream gene by modulating antisense RNA production
2024-09-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2405510121
PMID:39190361
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研究论文 | 本文研究了质粒编码的氯霉素乙酰转移酶基因中的同义密码子替换如何通过调节反义RNA的产生来影响上游发散的四环素抗性基因的转录和翻译 | 首次证明同义密码子替换在基因编码区深处可显著影响相邻上游基因的表达，通过长反义RNA绕过天然转录抑制机制 | 未明确说明研究的局限性，但可能涉及样本量小或机制细节未完全解析 | 探究同义密码子替换对相邻基因表达的影响及其潜在机制 | 质粒编码的氯霉素乙酰转移酶基因和上游四环素抗性基因 | 分子生物学， 合成生物学 | NA | RNA测序， 基因表达分析 | NA | 基因表达数据， RNA序列 | 九个重新编码的序列中的四个表现出显著效应 | NA | 细菌 | NA | 医学， 工业生物技术 |
| 64 | 2026-08-13 |
Incompatibility in cell adhesion constitutes a barrier to interspecies chimerism
2024-10-03, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2024.07.010
PMID:39181131
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研究论文 | 该研究揭示了细胞粘附不相容性是种间嵌合形成的障碍，并开发了基于纳米抗体-抗原相互作用的合成生物学策略来增强种间细胞粘附，从而提高了人类多能干细胞在小鼠胚胎中的嵌合率 | 首次揭示细胞粘附不相容性是种间嵌合的限制因素，并创新性地利用纳米抗体-抗原相互作用增强种间细胞粘附，显著提高了人类多能干细胞在小鼠胚胎中的嵌合率 | 仅限于小鼠胚胎模型，人类细胞在更远缘动物宿主中的嵌合效果可能仍受其他异种屏障影响 | 探究种间嵌合形成中细胞粘附的障碍及克服方法，以提高人类器官在动物体内生长的可行性 | 人类多能干细胞和小鼠多能干细胞 | 合成生物学 | NA | 合成生物学技术、细胞培养、嵌合体分析 | NA | 实验数据（细胞粘附分析、嵌合率统计） | 未明确说明样本量，涉及人类和小鼠多能干细胞系 | 纳米抗体-抗原表达系统 | 小鼠胚胎 | 增强种间细胞粘附的合成生物电路（表达纳米抗体和对应抗原） | 医学 |
| 65 | 2026-08-13 |
Promoters and Synthetic Promoters in Trichoderma reesei
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4063-0_3
PMID:39068331
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综述 | 本文综述了里氏木霉中天然启动子和合成启动子的研究进展，重点介绍了可调控和组成型启动子对蛋白表达的影响、新启动子的发现以及未来优化蛋白表达的策略 | 系统总结了将强诱导型启动子如Pcbh1通过替换转录抑制因子与激活因子进行改造，以及将组成型启动子Pcdna1转化为合成杂合启动子的方法，并整合了多种合成表达系统 | 本文仅为综述，未包含新的实验数据，且指出仍需进一步研究以发现新启动子和制定新表达策略来提升工业规模蛋白产量 | 阐述里氏木霉中可调控和组成型启动子的研究、不同启动子对天然和异源蛋白表达的影响、新启动子的发现，以及未来优化蛋白表达的策略 | 里氏木霉（Trichoderma reesei）的启动子及合成启动子 | 合成生物学 | NA | 基因组分析、转录组分析、合成生物学方法 | NA | 基因组和转录组数据 | NA | 合成启动子、基因表达系统 | 里氏木霉 | 可诱导表达系统（如光响应、铜诱导、L-甲硫氨酸诱导、Tet-On系统）及合成杂合启动子 | 工业生物技术 |
| 66 | 2026-08-13 |
Chemical Reaction Models in Synthetic Promoter Design in Bacteria
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4063-0_1
PMID:39068329
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研究论文 | 本文讨论化学反应网络（CRN）作为计算机辅助设计界面，用于在细菌合成启动子设计中应用形式化方法，并以大肠杆菌双组分系统为例展示模型如何调谐启动子强度 | 将化学反应网络模型作为合成启动子设计的计算机辅助接口，通过形式化方法扫描和探索不同检测阈值的表型区域，为微调启动子强度提供新途径 | 基于已发表结果，未涉及实际实验验证 | 利用化学反应网络模型辅助合成启动子设计，以匹配特定规格 | 大肠杆菌双组分系统及合成启动子 | 合成生物学 | NA | 化学反应网络建模 | 化学反应网络（CRN）模型 | 模型数据 | NA | NA | 大肠杆菌 | 合成启动子 | 工业生物技术 |
| 67 | 2026-08-13 |
Genetic Engineering of Microorganisms with Electroactive Genes for the Fabrication of Electrochemical Microbial Biosensors
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4063-0_17
PMID:39068345
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研究论文 | 本文描述了一种利用电活性基因对微生物进行基因工程改造，并制造电化学微生物生物传感器的方法 | 通过整合电活性基因至工程化传感微生物中，将目标信息直接转换为电信号输出，省略传统传感策略中电信号转换步骤，简化生物传感器开发流程，并利用合成生物学方法创建新型基因电路，扩大生物传感器应用范围 | 未提及具体局限性 | 开发一种通过基因工程改造微生物以制造电化学微生物生物传感器的方法 | 微生物 | 合成生物学 | NA | 基因工程 | NA | NA | NA | 合成生物学方法 | 微生物 | 逻辑门、基因电路 | 生物传感 |
| 68 | 2026-08-13 |
Fine-Tuning Gene Expression in Bacteria by Synthetic Promoters
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4063-0_12
PMID:39068340
|
综述 | 本文综述了细菌中通过合成启动子微调基因表达的研究进展，包括启动子文库构建、表征方法以及机器学习模型的应用 | 概述了机器学习算法在启动子特征分析中的应用，并强调了合成启动子相比天然启动子在精细调控基因表达方面的优势 | 未提及具体局限性 | 探讨合成启动子在细菌基因表达精细调控中的应用和前景 | 细菌中的合成启动子，重点包括大肠杆菌、枯草芽孢杆菌和蓝藻中的启动子 | 合成生物学 | NA | 诱变、报告基因表达分析、机器学习建模 | 机器学习模型（未具体指明） | 序列数据、基因表达数据 | NA | NA | 大肠杆菌、枯草芽孢杆菌、集胞藻PCC 6803 | 合成启动子用于调控基因表达，未涉及具体电路 | 合成生物学 |
| 69 | 2026-08-12 |
Bacterial Metallostasis: Metal Sensing, Metalloproteome Remodeling, and Metal Trafficking
2024-12-25, Chemical reviews
IF:51.4Q1
DOI:10.1021/acs.chemrev.4c00264
PMID:39658019
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综述 | 本文综述了细菌金属稳态，涵盖金属感知、金属蛋白质组重塑和金属运输，并讨论了金属调节蛋白和核糖开关的多样性及其在合成生物学中的应用 | 全面概述了金属调节蛋白超家族和金属感知核糖开关的通用原则，并探讨了利用金属选择性进行下游合成生物学和生物技术应用 | 一些领域仍需更多研究以填补对金属稳态理解的空白 | 探讨细菌金属稳态的机制，包括金属感知、金属蛋白质组重塑和金属运输 | 细菌中的金属调节蛋白、金属感知核糖开关、金属伴侣蛋白 | 微生物学、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 细菌 | 金属感应生物传感器 | 生物技术、合成生物学 |
| 70 | 2026-08-12 |
Biomimetic Materials to Fabricate Artificial Cells
2024-12-11, Chemical reviews
IF:51.4Q1
DOI:10.1021/acs.chemrev.4c00241
PMID:39591535
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综述 | 本文综述了基于仿生材料构建人工细胞的研究进展，涵盖从细胞支架到多隔室系统、从功能模块到关键代谢行为模拟及通信网络仿生等方面，并分析了该领域的瓶颈和未来发展方向 | 从仿生材料角度系统总结自下而上构建人工细胞的策略，强调材料工程与生命科学的交叉融合，并展望了生命启发组装材料的发展 | 未具体指明实验验证或定量比较，仅对瓶颈进行粗略分析 | 综述人工细胞构建的研究进展，桥接材料工程与生命科学，为开发生命启发材料提供理论基础 | 人工细胞及其构建所用的仿生材料 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 生命科学、材料工程 |
| 71 | 2026-08-12 |
Posttranscriptional tuning of gene expression over a large dynamic range in synthetic tobacco chloroplast operons
2024-09, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.16930
PMID:39031552
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研究论文 | 本研究探索了在合成烟草叶绿体操纵子中，通过变体atpH 5' UTR和tRNA元件对报告基因表达进行转录后调控，实现跨大动态范围的精细调节 | 首次展示内源烟草PPR10蛋白与来自不同物种（烟草和玉米）的atpH 5' UTR结合时，能产生不同水平的报告基因激活，并发现tRNA介导的RNA快速降解可显著降低基因表达，从而提供了一种跨越0.02%-25%总可溶性蛋白的宽范围表达调控方法 | 研究仅在烟草叶绿体中验证，未在其它质体或物种中测试；对tRNA导致RNA降解的详细分子机制尚未完全阐明 | 开发并验证一套能够在合成叶绿体操纵子中对多基因表达水平进行精细调控的转录后调控元件工具箱 | 烟草叶绿体中的gfp报告基因表达系统 | 合成生物学 | 不适用 | 叶绿体转化、GFP荧光检测、RNA分析 | 不适用 | 基因表达数据（RNA和蛋白质水平） | 多种转基因烟草叶绿体株系，具体数量未明 | 叶绿体转化 | 烟草（Nicotiana tabacum） | 合成叶绿体操纵子，包含atpH 5' UTR变体、tRNA元件和gfp报告基因 | 合成生物学、植物生物技术 |
| 72 | 2026-08-12 |
CAPE: a deep learning framework with Chaos-Attention net for Promoter Evolution
2024-07-25, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae398
PMID:39120645
|
研究论文 | 提出CAPE框架，结合混沌游戏表示和深度学习模型预测原核启动子强度，并支持计算机模拟定向进化 | 利用混沌游戏表示提取启动子进化信息，结合改进的DenseNet和Transformer结构，实现更准确的启动子强度预测 | 未明确提及局限性 | 预测启动子强度并指导其定向进化，以减少实验成本 | 原核启动子 | 机器学习 | NA | 深度学习 | DenseNet, Transformer | 序列数据 | NA | NA | 原核生物 | 启动子强度预测模型 | 合成生物学 |
| 73 | 2026-08-12 |
Convenient synthesis and delivery of a megabase-scale designer accessory chromosome empower biosynthetic capacity
2024-04, Cell research
IF:28.1Q1
DOI:10.1038/s41422-024-00934-3
PMID:38332200
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研究论文 | 开发了一种基于CRISPR/Cas9介导的单倍化方法（HAnDy），实现了兆碱基规模合成辅助染色体的高效组装与传递，并增强了宿主生物合成能力 | 提出HAnDy方法，绕过减数分裂自然过程，无需体外操作即可高效组装和传递大DNA，并成功构建1.024 Mb的合成辅助染色体，显著促进宿主适应和代谢网络扩展 | 未提及具体局限性 | 实现大规模DNA的便捷合成与传递，以扩展宿主生物合成能力并解析复杂生物学功能 | 六种系统发育多样的酵母菌株 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas9介导的单倍化、DNA组装和传递 | NA | 基因组数据 | 六种酵母菌株 | CRISPR-Cas9 | 酿酒酵母、其他五种酵母 | 合成辅助染色体（synAC）编码542个外源基因 | 工业生物技术 |
| 74 | 2026-08-12 |
Rational evolution for altering the ligand preference of estrogen receptor alpha
2024-04, Protein science : a publication of the Protein Society
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/pro.4940
PMID:38511482
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研究论文 | 本研究通过理性蛋白质设计与多位点定向突变结合酿酒酵母中的定向进化，开发出雌激素受体α变体TERRA，其对雌激素无响应但能被他莫昔芬激活，并在哺乳动物细胞和小鼠中保持活性 | 将理性蛋白质设计、多位点定向突变和定向进化相结合，首次获得对他莫昔芬偏好而非雌激素的雌激素受体α变体，并证明其可转移至其他类固醇受体 | 摘要中未提及明显局限性，可能需要进一步验证通用性 | 改变雌激素受体α的配体偏好，以拓展其在合成生物学和基因编辑工具中的应用 | 雌激素受体α及其变体TERRA | 合成生物学 | 乳腺癌 | 多位点定向突变、定向进化 | NA | 基因序列和蛋白质功能数据 | 酿酒酵母中稳定整合的变体，哺乳动物细胞和小鼠 | NA | 酿酒酵母、哺乳动物细胞、小鼠 | 配体响应调控回路 | 医学、工业生物技术 |
| 75 | 2026-08-12 |
Precise integration of large DNA sequences in plant genomes using PrimeRoot editors
2024-Feb, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01769-w
PMID:37095350
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研究论文 | 本文介绍了一种名为PrimeRoot的基因组编辑方法，能够在植物中实现长达11.1千碱基的精确大片段DNA插入，并在水稻中成功应用以提高稻瘟病抗性。 | PrimeRoot方法结合了优化的prime editing guide RNA设计、增强的植物prime editor和高效重组酶，实现了植物基因组中高达11.1 kb的精确大片段DNA插入，这是以往技术难以达到的。 | 插入效率相对较低（6.3%），且该方法目前仅在特定水稻品种中验证，可能需进一步优化以适应其他植物物种。 | 开发一种在植物基因组中精确插入大片段DNA的技术，以促进作物性状改良和合成生物学应用。 | 水稻（Kitaake品种），包括基因调控元件插入和PigmR抗性基因整合。 | 基因组编辑 | 稻瘟病 | 基因组编辑 | NA | 基因组序列数据 | 水稻植株，具体数量未在摘要中提及 | PrimeRoot编辑器 | 水稻 | 基因调控元件和抗性基因表达盒的插入 | 农业，合成生物学 |
| 76 | 2026-08-11 |
DeepEnzyme: a robust deep learning model for improved enzyme turnover number prediction by utilizing features of protein 3D-structures
2024-07-25, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae409
PMID:39162313
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研究论文 | 提出DeepEnzyme，一个结合Transformer和GCN的深度学习模型，利用蛋白质序列和三维结构特征预测酶周转数(kcat)，提高预测精度和鲁棒性 | 首次将Transformer和GCN结合用于kcat预测，利用高质量蛋白质三维结构特征增强低序列相似性酶的预测鲁棒性，并能评估点突变对催化活性的影响 | 摘要中未明确提及局限性，但可能依赖高质量三维结构数据，对缺乏结构的酶预测效果可能受限 | 改进酶周转数(kcat)预测的准确性和鲁棒性，特别是在处理低序列相似性酶时 | 酶蛋白及其kcat值，重点研究序列和三维结构特征 | 机器学习 | NA | 深度学习（Transformer和GCN） | Transformer, 图卷积网络(GCN) | 蛋白质序列和三维结构数据 | NA（摘要未提供具体样本数量） | NA | NA | NA | 蛋白质工程, 合成生物学 |
| 77 | 2026-08-10 |
A hierarchy of metabolite exchanges in metabolic models of microbial species and communities
2024-09, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012472
PMID:39325831
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研究论文 | 本文通过路径枚举和通量采样方法，分析微生物物种和群落代谢模型中的代谢物交换，揭示不同路径定义之间的层级关系，并评估其对生物解释的鲁棒性 | 首次系统比较不同途径定义（如基本转换模式、基本通量模式和最小途径）在代谢物交换分析中的关系，提出它们之间存在层次结构，并展示该层次关系普遍适用于代谢网络和子网络 | 无偏方法（如路径枚举和通量采样）因组合爆炸在大规模网络可扩展性受限，且研究主要基于模型分析，未涉及实验验证 | 通过聚焦代谢子网络（如代谢物交换）提高无偏代谢网络分析方法（如途径分析）的可扩展性，并确保生物解释的稳健性 | 微生物物种和微生物群落的代谢模型，包括从中心碳代谢到全基因组规模的模型 | 计算生物学 | 不适用 | 约束型代谢模型、途径枚举、通量采样 | 约束型代谢模型（如FBA、通量采样） | 代谢模型数据（如基因组规模代谢模型） | 涉及多个微生物物种和微生物群落的代谢模型，但具体数量未在摘要中提及 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 代谢工程、合成生物学 |
| 78 | 2026-08-09 |
Nudix hydrolase WvNUDX24 is involved in borneol biosynthesis in Wurfbainia villosa
2024-05, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.16669
PMID:38323895
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研究论文 | 本研究通过体内外功能鉴定，发现Wurfbainia villosa中的Nudix水解酶WvNUDX24能够特异性地催化焦磷酸龙脑酯水解生成磷酸龙脑酯，进而转化为龙脑，阐明了龙脑生物合成途径中的关键酶。 | 首次鉴定出负责将焦磷酸龙脑酯水解为龙脑的Nudix水解酶WvNUDX24，并确定了四个关键氨基酸残基（R84、S96、P98和G99）对其水解活性至关重要。 | 研究仅关注了WvNUDX24在龙脑合成中的作用，未深入探讨其在植物体内的调控机制及与其他代谢途径的相互作用。 | 揭示龙脑生物合成途径中BPP水解为龙脑的关键酶及其机制，为植物代谢工程和合成生物学生产相关萜类化合物提供遗传元件。 | 研究对象为Wurfbainia villosa植物中的Nudix水解酶WvNUDX24及相关磷酸酶（如WvPAP5和WvPAP10）。 | 植物代谢工程 | NA | 体外酶活分析、体内功能鉴定、亚细胞定位实验、定点突变 | NA | 体外实验数据、体内功能数据 | 未明确说明，涉及多种酶蛋白及突变体，具体样本数量未提及。 | 定点突变 | NA | 龙脑生物合成途径，包括WvNUDX24催化的BPP水解为BP，及磷酸酶进一步水解为龙脑。 | 医药、食品、工业生物技术 |
| 79 | 2026-08-08 |
Combining systems and synthetic biology for in vivo enzymology
2024-Nov, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-024-00251-w
PMID:39322757
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研究论文 | 开发了一种结合合成生物学和系统生物学的通用方法，在体内测量酶动力学参数，并在酿酒酵母的合成类胡萝卜素通路中成功测定了八氢番茄红素合酶和三种八氢番茄红素脱氢酶的参数。 | 首次在体内直接测量酶动力学参数，避免了体外条件与细胞环境差异的问题，并利用合成生物学工具精确调控底物浓度来模拟变化。 | 未提及具体局限性，但可能需要依赖绝对代谢组学、通量组学和蛋白质组学数据的准确性。 | 开发一种通用的体内酶学参数测量方法，以评估酶在真实细胞条件下的动力学特性。 | 酿酒酵母中的八氢番茄红素合酶和三种八氢番茄红素脱氢酶。 | 合成生物学 | NA | 合成生物学和系统生物学方法，包括代谢组学、通量组学和蛋白质组学。 | NA | 代谢组学、通量组学、蛋白质组学数据。 | 多株酿酒酵母菌株（具体数量未提及）。 | 合成生物学工具（具体如启动子调控等）。 | 酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae） | 合成类胡萝卜素通路，涉及GGPP合酶、八氢番茄红素合酶和脱氢酶。 | 工业生物技术 |
| 80 | 2026-08-08 |
A novel nucleic acid linker for multi-gene expression enhances plant and animal synthetic biology
2024-06, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.16714
PMID:38470090
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研究论文 | 本文报道了一种来源于真菌Glarea lozoyensis的26核苷酸核酸连接子NAL1及其截短衍生物，可连接两个基因实现双顺反子独立翻译，并优化出9核苷酸NAL10连接子用于多基因表达，成功在转基因玉米中重建虾青素生物合成途径 | 首次报道来源于真菌的短核酸连接子NAL1/NAL10能作为双顺反子连接元件，支持独立翻译，且优化后的9核苷酸NAL10连接子可用于连接四个基因，在植物和动物细胞中均有效 | 未详细说明连接子在不同物种中的通用性及长期稳定性，且仅在玉米原生质体和人类293T细胞中验证，其他生物体中的应用效果未知 | 开发一种高效、紧凑的核酸连接子以促进动植物的多基因表达和合成生物学应用 | 核酸连接子NAL1及其衍生物，以及转基因玉米中的虾青素生物合成途径 | 合成生物学 | NA | 瞬时表达系统、基因堆叠 | NA | 序列数据 | 玉米原生质体和人类293T细胞（未给出具体数量） | NA | 玉米原生质体，人293T细胞，转基因玉米 | 多基因表达连接子设计，双顺反子结构，虾青素生物合成途径重建 | 农业、医药、工业生物技术 |