合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
841	2024-08-07	A new mRNA structure prediction based approach to identifying improved signal peptides for bone morphogenetic protein 2 2024-May-23, BMC biotechnology IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12896-024-00858-1 PMID:38783306	研究论文	本文提出了一种基于mRNA结构预测的新方法，用于系统筛选候选信号肽序列，以改进骨形态发生蛋白2（BMP2）的生产	首次将mRNA结构预测应用于信号肽选择，结合多种计算工具进行信号肽活性、定位目标和mRNA结构的预测	mRNA结构预测的准确性有待提高，且实验结果显示在不同细胞系中信号肽活性的表现不一	开发一种系统筛选候选信号肽序列的方法，以提高BMP2的生产效率和降低成本	骨形态发生蛋白2（BMP2）的信号肽	生物信息学	NA	计算工具（SignalP, DeepLoc, MXFold2）	NA	氨基酸序列, mRNA结构	2,611个来自TGF-β超家族的信号肽序列
842	2024-08-07	ORBIT for E. coli: kilobase-scale oligonucleotide recombineering at high throughput and high efficiency 2024-May-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae227 PMID:38587185	研究论文	本文介绍了一种名为ORBIT的高效高通量方法，用于在E. coli中进行千碱基规模的基因组修饰	ORBIT方法使用DNA寡核苷酸指导非复制性质粒的整合，显著提高了效率并支持高吞吐量操作	NA	开发一种新的基因组修饰方法，以克服现有方法的低效率和难以规模化的问题	E. coli的基因组	合成生物学	NA	DNA寡核苷酸重组技术	NA	基因组数据	数千个独特的基因组条码（>30k）
843	2024-08-07	Computation-guided transcription factor biosensor specificity engineering for adipic acid detection 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.05.002 PMID:38817964	研究论文	本研究通过计算方法改进了转录因子（TF）的特异性，使其能够检测己二酸	首次应用生物分子建模方法改变BenM的特异性，并分析突变如何影响其结构动力学	NA	开发一种计算引导的方法来工程化转录因子的特异性，以检测特定的分子	转录因子BenM及其对己二酸的特异性	合成生物学	NA	分子对接，分子动力学	NA	蛋白质结构	单个氨基酸替换
844	2024-08-07	Recent advancements in mogrosides: A review on biological activities, synthetic biology, and applications in the food industry 2024-Aug-15, Food chemistry IF:8.5Q1 DOI:10.1016/j.foodchem.2024.139277 PMID:38608607	综述	本文综述了魔芋甘的生物活性、合成生物学进展及其在食品工业中的应用	探讨了合成生物学在降低魔芋甘生产成本方面的潜力，并介绍了最新的魔芋甘生物合成途径	主要挑战在于魔芋醇转化为多种魔芋甘的过程中，由于当前UDP-葡萄糖基转移酶（UGTs）的底物选择性差、产物特异性和催化效率低	综述魔芋甘的生物活性、合成生物学进展及其在食品工业中的应用	魔芋甘及其在食品工业中的应用	NA	糖尿病	合成生物学	NA	NA	NA
845	2024-08-07	Understanding and computational design of genetic circuits of metabolic networks 2024-Apr-30, Essays in biochemistry IF:5.6Q1 DOI:10.1042/EBC20230045 PMID:38662439	综述	本文综述了通过遗传电路设计实现代谢网络优化控制的方法	提出了一种新的方法来推断和设计遗传电路，以在动态条件下实现代谢网络的最大通量	NA	探讨如何通过遗传电路设计实现代谢网络的优化控制，并为合成生物学提供设计标准	遗传电路在代谢网络中的作用及其设计方法	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
846	2024-08-07	On the pursuit to reconstitute the Escherichia coli ribosome from purified components 2024-Apr-29, Journal of biochemistry IF:2.1Q4 DOI:10.1093/jb/mvad121 PMID:38236695	评论	本文讨论了从纯化组件中体外重建大肠杆菌核糖体的历史和最新进展	Aoyama等人最近报道了使用33种重组核糖体蛋白重建50S核糖体，这是向使用重组蛋白和体外转录rRNA完全重建全核糖体复合体迈出的新一步	本文未提及具体限制	探讨体外重建核糖体的意义及其在生物技术和合成生物学中的潜在应用	大肠杆菌的核糖体	NA	NA	重组核糖体蛋白和体外转录rRNA	NA	NA	33种重组核糖体蛋白
847	2024-08-07	Cell envelope and stress-responsive pathways underlie an evolved oleaginous Rhodotorula toruloides strain multi-stress tolerance 2024-May-28, Biotechnology for biofuels and bioproducts IF:3.3Q3 DOI:10.1186/s13068-024-02518-0 PMID:38807231	研究论文	本研究通过适应性实验室进化方法，从三倍体变为二倍体，产生了对多种抑制化合物和甲醇具有耐受性的红油酵母Rhodotorula toruloides菌株，并进行了基因组和转录组分析	本研究通过适应性实验室进化方法，成功提高了Rhodotorula toruloides菌株对多种压力的耐受性，并揭示了相关的基因和通路	NA	研究Rhodotorula toruloides菌株对多种压力的耐受性机制	红油酵母Rhodotorula toruloides菌株	NA	NA	适应性实验室进化、基因组分析、转录组分析	NA	基因组数据、转录组数据	21,489个突变和242个基因显示拷贝数变异
848	2024-08-07	The effect of pseudoknot base pairing on cotranscriptional structural switching of the fluoride riboswitch 2024-May-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae231 PMID:38567721	研究论文	研究了伪结碱基配对对转录过程中氟化物核开关结构转换的影响	发现了单个摆动碱基对在伪结功能中的关键作用，并通过分子动力学模拟支持了实验结果	NA	探讨RNA序列变化如何影响转录过程中动态构象变化	氟化物核开关，一种通过伪结适配子域和下游内在终止子表达平台协调折叠和重排的非编码RNA	生物学	NA	体外转录和细胞基因表达分析	NA	RNA序列	涉及中温和高温氟化物核开关变体
849	2024-08-07	Compartmentalized Terpenoid Production in Plants Using Agrobacterium-Mediated Transient Expression 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_2 PMID:38468080	研究论文	本文介绍了利用农杆菌介导的瞬时表达技术在烟草中快速开发萜类化合物合成途径并将其生物合成过程分隔在叶绿体、细胞质或脂滴表面的方法	本文采用农杆菌介导的瞬时表达技术，实现了重组和修饰酶的多重表达，并通过合成生物学方法在亚细胞水平上分隔萜类化合物的生物合成	NA	探索和工程化更复杂的途径以生产具有商业价值的化学品，如萜类化合物	植物中的萜类化合物生产	合成生物学	NA	农杆菌介导的瞬时表达	NA	NA	NA
850	2024-08-07	Towards consolidated bioprocessing of biomass and plastic substrates for semi-synthetic production of bio-poly(ethylene furanoate) (PEF) polymer using omics-guided construction of artificial microbial consortia 2024-Jun, Enzyme and microbial technology IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.enzmictec.2024.110429 PMID:38537325	综述	本文综述了利用整合废物生物精炼策略进行半生物合成生产聚乙烯呋喃酸酯（PEF）单体的最新进展，特别强调了使用组学驱动的系统生物学方法在酶发现和途径构建中的应用。	本文提出了使用人工生物工程微生物群落来提供流线型系统和合成生物学策略，以利用植物生物质和塑料衍生基质进行生物基PEF单体生产。	目前尚未提及具体的限制。	探讨半生物合成生产PEF单体的技术挑战和生物技术兴趣，以及如何通过微生物群落和系统生物学方法优化这一过程。	聚乙烯呋喃酸酯（PEF）单体的合成及其在生物基塑料生产中的应用。	生物技术	NA	组学技术	微生物群落	生物质和塑料废物	NA
851	2024-08-07	Harnessing iron‑sulfur enzymes for synthetic biology 2024-Jun, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research DOI:10.1016/j.bbamcr.2024.119718 PMID:38574823	review	本文综述了利用铁硫酶在合成生物学中的应用，并探讨了克服其活性限制的策略	强调了蛋白质结构预测和设计在解决铁硫酶应用挑战中的潜力	铁硫酶在工程代谢途径中的生产指标尚未达到工业应用要求	加速开发适用于工业的铁硫酶依赖性生物合成途径	铁硫酶及其在生物合成途径中的应用	合成生物学	NA	蛋白质结构预测和设计	NA	NA	NA
852	2024-08-07	A Gene-Switch Platform Interfacing with Reactive Oxygen Species Enables Transcription Fine-Tuning by Soluble and Volatile Pharmacologics and Food Additives 2024-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202306333 PMID:38526196	研究论文	本研究开发了一种基于活性氧物种（ROS）的哺乳动物基因开关平台，能够通过多种分子精细调控治疗基因的表达	该系统利用KEAP1作为ROS传感器，通过NRF2的核转位激活目标基因表达，扩展了可驱动治疗基因开关的小分子诱导剂种类	NA	旨在通过合成生物学方法，精确控制基于细胞的基因治疗中的治疗蛋白质表达	开发一种能够通过多种分子生成低毒性ROS来控制治疗基因表达的基因开关平台	合成生物学	糖尿病	NA	NA	NA	实验使用了患有1型糖尿病的小鼠模型
853	2024-08-07	Green horizons: how plant synthetic biology can enable space exploration and drive on Earth sustainability 2024-04, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2024.103069 PMID:38341984	研究论文	本文探讨了利用植物合成生物学技术在太空探索中实现资源高效利用和自给自足的可能性，并强调这些技术在地球可持续发展中的应用价值	利用合成生物学技术，将微生物系统的经验应用于碳效率更高的光合作用生物，以满足从燃料到材料和药物的各种需求	NA	探讨植物合成生物学在太空探索和地球可持续发展中的应用	植物合成生物学技术及其在太空和地球环境中的应用	合成生物学	NA	合成生物学	NA	NA	NA
854	2024-08-07	Carbon recycling with synthetic CO2 fixation pathways 2024-02, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2023.103023 PMID:38007984	综述	本文综述了构建合成CO2固定途径的最新进展，并讨论了设计原则及面临的挑战	结合自养生物和异养生物的优势，通过合成生物学和代谢工程在异养生物中实现合成碳固定	NA	探讨如何通过合成碳固定途径实现碳循环，以缓解全球气候变化并支持地球上的生命	合成CO2固定途径及其在不同CO浓度下的应用	合成生物学	NA	合成生物学和代谢工程	NA	NA	NA
855	2024-08-07	Pseudomonas putida as a synthetic biology chassis and a metabolic engineering platform 2024-02, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2023.103025 PMID:38061264	研究论文	本文探讨了土壤细菌Pseudomonas putida（特别是KT2440菌株）作为合成生物学底盘和代谢工程平台的应用	本文展示了Pseudomonas putida在生物转化中的应用，包括生产有价值的化学品和降解/增值环境污染物，推动了传统酶学向自然界未探索反应的边界扩展	NA	研究Pseudomonas putida作为合成生物学底盘和代谢工程平台的潜力	Pseudomonas putida KT2440菌株及其在生物转化中的应用	合成生物学	NA	遗传编程	NA	NA	NA
856	2024-08-07	Recent advances in the biological depolymerization and upcycling of polyethylene terephthalate 2024-02, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2023.103053 PMID:38128200	综述	本文综述了利用生物技术分解聚对苯二甲酸乙二醇酯（PET）并进行升级回收的最新进展	通过蛋白质工程策略提高PET水解酶的催化活性和效率，以及开发新型PET水解酶以实现大规模PET解聚	成本效益仍然是一个挑战，需要进一步研究以使PET升级回收在经济上可行	开发生物工具用于PET分解，并将其转化为有价值的平台化学品和材料	聚对苯二甲酸乙二醇酯（PET）及其分解产物	NA	NA	蛋白质工程	NA	NA	NA
857	2024-08-07	Repeated Decision Stumping Distils Simple Rules from Single-Cell Data 2024-01, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2021.0613 PMID:38170180	研究论文	本研究介绍了一种名为重复决策树桩（ReDX）的方法，用于从单细胞数据中提取简单模型	提出了一种新的方法重复决策树桩（ReDX），通过构建深度为一的决策树来识别驱动细胞命运转换的基因产物，无需先验知识	NA	开发一种方法从单细胞数据中提取简单模型，以识别关键的基因产物	单细胞数据中的基因产物	机器学习	NA	决策树	决策树桩	单细胞数据	不同子样本的实验数据
858	2024-08-07	Coupling protein scaffold and biosilicification: A sustainable and recyclable approach for d-mannitol production via one-step purification and immobilization of multienzymes 2024-Jun, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.132196 PMID:38723818	研究论文	本文介绍了一种结合蛋白质支架和生物硅化的系统，用于一步法纯化和固定化多酶，以生产d-甘露醇。	引入了一种新的蛋白质支架和生物硅化结合系统，实现了多酶的一步法纯化和固定化，提高了d-甘露醇的产量和酶的稳定性。	文章未明确提及该方法的局限性。	开发一种可持续且可回收的方法，用于通过一步法纯化和固定化多酶来生产d-甘露醇。	研究对象包括蛋白质支架、生物硅化过程以及d-甘露醇的酶法合成。	NA	NA	蛋白质支架和生物硅化技术	NA	NA	酶与支架的比例为1:8，进行了6个周期的反应。
859	2024-08-07	Concepts of a synthetic minimal cell: Information molecules, metabolic pathways, and vesicle reproduction 2024, Biophysics and physicobiology IF:1.6Q4 DOI:10.2142/biophysico.bppb-v21.0002 PMID:38803330	综述	本文探讨了如何从非生命分子组装中产生生命系统，并通过人工重构最小合成细胞系统展示了递归生长和分裂周期	作者开发了基于囊泡系统的合成最小细胞，避免了使用生物细胞复杂的分子机制，并尝试以最简单的形式重新设计细胞	NA	探讨生物细胞与合成最小细胞在细胞概念上的异同，为合成生物学、人工细胞和原细胞研究领域的读者提供分子组装的见解	生物细胞与合成最小细胞的比较	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
860	2024-08-07	Advancing Engineered Plant Living Materials through Tobacco BY-2 Cell Growth and Transfection within Tailored Granular Hydrogel Scaffolds 2024-May-22, ACS central science IF:12.7Q1 DOI:10.1021/acscentsci.4c00338 PMID:38799669	研究论文	本研究介绍了一种创新的方法，利用合成生物学和工程学的复杂相互作用，在定制的颗粒水凝胶支架内精确空间图案化和遗传转化烟草BY-2细胞系	本研究开发了一种3D生物打印技术，能够在定制的颗粒水凝胶支架内同时促进烟草BY-2细胞的生长和遗传转化，展示了EPLMs的独特结构和功能特性	NA	推动工程化植物活体材料的发展	烟草BY-2细胞系及其在定制水凝胶支架内的生长和转化	合成生物学	NA	3D生物打印技术	NA	细胞	NA