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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 861 | 2024-08-07 |
Bacterial genome reduction for optimal chassis of synthetic biology: a review
2024-Jun, Critical reviews in biotechnology
IF:8.1Q1
DOI:10.1080/07388551.2023.2208285
PMID:37380345
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综述 | 本文综述了通过细菌基因组简化构建合成生物学最优底盘的进展 | 介绍了通过识别必需基因集和多种基因组删除技术来促进细菌基因组简化的方法 | 一些基因组简化菌株的生长减少和生理表型扰动可能限制其作为优化细胞工厂的应用 | 评估细菌基因组简化在构建合成生物学最优底盘方面的进展 | 细菌基因组简化的方法、特性及其在工业应用中的潜力 | 合成生物学 | NA | 基因组删除技术 | NA | 基因组数据 | 多种细菌 | NA | NA | NA | NA |
| 862 | 2024-08-07 |
Circular single-stranded DNA as a programmable vector for gene regulation in cell-free protein expression systems
2024-May-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49021-6
PMID:38821953
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研究论文 | 本文介绍了一种可编程的载体——环状单链DNA(CssDNA),用于在基于酵母的无细胞蛋白表达系统中进行基因表达调控 | CssDNA不仅可用于通过正义CssDNA和反义CssDNA的不同途径进行基因调控,还可构建为无细胞蛋白表达系统中的几种基因调控逻辑门 | NA | 探索CssDNA在基因表达和基因调控中的应用,丰富合成生物学工具箱 | 环状单链DNA(CssDNA)在无细胞蛋白表达系统中的应用 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 863 | 2024-08-07 |
ORBIT for E. coli: kilobase-scale oligonucleotide recombineering at high throughput and high efficiency
2024-May-08, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae227
PMID:38587185
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研究论文 | 本文介绍了一种名为ORBIT的高效高通量方法,用于在E. coli中进行千碱基规模的基因组修饰 | ORBIT方法使用DNA寡核苷酸指导非复制性质粒的整合,显著提高了效率并支持高吞吐量操作 | NA | 开发一种新的基因组修饰方法,以克服现有方法的低效率和难以规模化的问题 | E. coli的基因组 | 合成生物学 | NA | DNA寡核苷酸重组技术 | NA | 基因组数据 | 数千个独特的基因组条码(>30k) | NA | NA | NA | NA |
| 864 | 2024-08-07 |
Computation-guided transcription factor biosensor specificity engineering for adipic acid detection
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.05.002
PMID:38817964
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研究论文 | 本研究通过计算方法改进了转录因子(TF)的特异性,使其能够检测己二酸 | 首次应用生物分子建模方法改变BenM的特异性,并分析突变如何影响其结构动力学 | NA | 开发一种计算引导的方法来工程化转录因子的特异性,以检测特定的分子 | 转录因子BenM及其对己二酸的特异性 | 合成生物学 | NA | 分子对接,分子动力学 | NA | 蛋白质结构 | 单个氨基酸替换 | NA | NA | NA | NA |
| 865 | 2024-08-07 |
Recent advancements in mogrosides: A review on biological activities, synthetic biology, and applications in the food industry
2024-Aug-15, Food chemistry
IF:8.5Q1
DOI:10.1016/j.foodchem.2024.139277
PMID:38608607
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综述 | 本文综述了魔芋甘的生物活性、合成生物学进展及其在食品工业中的应用 | 探讨了合成生物学在降低魔芋甘生产成本方面的潜力,并介绍了最新的魔芋甘生物合成途径 | 主要挑战在于魔芋醇转化为多种魔芋甘的过程中,由于当前UDP-葡萄糖基转移酶(UGTs)的底物选择性差、产物特异性和催化效率低 | 综述魔芋甘的生物活性、合成生物学进展及其在食品工业中的应用 | 魔芋甘及其在食品工业中的应用 | NA | 糖尿病 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 866 | 2024-08-07 |
Understanding and computational design of genetic circuits of metabolic networks
2024-Apr-30, Essays in biochemistry
IF:5.6Q1
DOI:10.1042/EBC20230045
PMID:38662439
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综述 | 本文综述了通过遗传电路设计实现代谢网络优化控制的方法 | 提出了一种新的方法来推断和设计遗传电路,以在动态条件下实现代谢网络的最大通量 | NA | 探讨如何通过遗传电路设计实现代谢网络的优化控制,并为合成生物学提供设计标准 | 遗传电路在代谢网络中的作用及其设计方法 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 867 | 2024-08-07 |
On the pursuit to reconstitute the Escherichia coli ribosome from purified components
2024-Apr-29, Journal of biochemistry
IF:2.1Q4
DOI:10.1093/jb/mvad121
PMID:38236695
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评论 | 本文讨论了从纯化组件中体外重建大肠杆菌核糖体的历史和最新进展 | Aoyama等人最近报道了使用33种重组核糖体蛋白重建50S核糖体,这是向使用重组蛋白和体外转录rRNA完全重建全核糖体复合体迈出的新一步 | 本文未提及具体限制 | 探讨体外重建核糖体的意义及其在生物技术和合成生物学中的潜在应用 | 大肠杆菌的核糖体 | NA | NA | 重组核糖体蛋白和体外转录rRNA | NA | NA | 33种重组核糖体蛋白 | NA | NA | NA | NA |
| 868 | 2024-08-07 |
Cell envelope and stress-responsive pathways underlie an evolved oleaginous Rhodotorula toruloides strain multi-stress tolerance
2024-May-28, Biotechnology for biofuels and bioproducts
IF:3.3Q3
DOI:10.1186/s13068-024-02518-0
PMID:38807231
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研究论文 | 本研究通过适应性实验室进化方法,从三倍体变为二倍体,产生了对多种抑制化合物和甲醇具有耐受性的红油酵母Rhodotorula toruloides菌株,并进行了基因组和转录组分析 | 本研究通过适应性实验室进化方法,成功提高了Rhodotorula toruloides菌株对多种压力的耐受性,并揭示了相关的基因和通路 | NA | 研究Rhodotorula toruloides菌株对多种压力的耐受性机制 | 红油酵母Rhodotorula toruloides菌株 | NA | NA | 适应性实验室进化、基因组分析、转录组分析 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 21,489个突变和242个基因显示拷贝数变异 | NA | NA | NA | NA |
| 869 | 2024-08-07 |
The effect of pseudoknot base pairing on cotranscriptional structural switching of the fluoride riboswitch
2024-May-08, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae231
PMID:38567721
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研究论文 | 研究了伪结碱基配对对转录过程中氟化物核开关结构转换的影响 | 发现了单个摆动碱基对在伪结功能中的关键作用,并通过分子动力学模拟支持了实验结果 | NA | 探讨RNA序列变化如何影响转录过程中动态构象变化 | 氟化物核开关,一种通过伪结适配子域和下游内在终止子表达平台协调折叠和重排的非编码RNA | 生物学 | NA | 体外转录和细胞基因表达分析 | NA | RNA序列 | 涉及中温和高温氟化物核开关变体 | NA | NA | NA | NA |
| 870 | 2024-08-07 |
Towards consolidated bioprocessing of biomass and plastic substrates for semi-synthetic production of bio-poly(ethylene furanoate) (PEF) polymer using omics-guided construction of artificial microbial consortia
2024-Jun, Enzyme and microbial technology
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.enzmictec.2024.110429
PMID:38537325
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综述 | 本文综述了利用整合废物生物精炼策略进行半生物合成生产聚乙烯呋喃酸酯(PEF)单体的最新进展,特别强调了使用组学驱动的系统生物学方法在酶发现和途径构建中的应用。 | 本文提出了使用人工生物工程微生物群落来提供流线型系统和合成生物学策略,以利用植物生物质和塑料衍生基质进行生物基PEF单体生产。 | 目前尚未提及具体的限制。 | 探讨半生物合成生产PEF单体的技术挑战和生物技术兴趣,以及如何通过微生物群落和系统生物学方法优化这一过程。 | 聚乙烯呋喃酸酯(PEF)单体的合成及其在生物基塑料生产中的应用。 | 生物技术 | NA | 组学技术 | 微生物群落 | 生物质和塑料废物 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 871 | 2024-08-07 |
Green horizons: how plant synthetic biology can enable space exploration and drive on Earth sustainability
2024-04, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2024.103069
PMID:38341984
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研究论文 | 本文探讨了利用植物合成生物学技术在太空探索中实现资源高效利用和自给自足的可能性,并强调这些技术在地球可持续发展中的应用价值 | 利用合成生物学技术,将微生物系统的经验应用于碳效率更高的光合作用生物,以满足从燃料到材料和药物的各种需求 | NA | 探讨植物合成生物学在太空探索和地球可持续发展中的应用 | 植物合成生物学技术及其在太空和地球环境中的应用 | 合成生物学 | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 872 | 2024-08-07 |
Carbon recycling with synthetic CO2 fixation pathways
2024-02, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2023.103023
PMID:38007984
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综述 | 本文综述了构建合成CO2固定途径的最新进展,并讨论了设计原则及面临的挑战 | 结合自养生物和异养生物的优势,通过合成生物学和代谢工程在异养生物中实现合成碳固定 | NA | 探讨如何通过合成碳固定途径实现碳循环,以缓解全球气候变化并支持地球上的生命 | 合成CO2固定途径及其在不同CO浓度下的应用 | 合成生物学 | NA | 合成生物学和代谢工程 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 873 | 2024-08-07 |
Pseudomonas putida as a synthetic biology chassis and a metabolic engineering platform
2024-02, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2023.103025
PMID:38061264
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研究论文 | 本文探讨了土壤细菌Pseudomonas putida(特别是KT2440菌株)作为合成生物学底盘和代谢工程平台的应用 | 本文展示了Pseudomonas putida在生物转化中的应用,包括生产有价值的化学品和降解/增值环境污染物,推动了传统酶学向自然界未探索反应的边界扩展 | NA | 研究Pseudomonas putida作为合成生物学底盘和代谢工程平台的潜力 | Pseudomonas putida KT2440菌株及其在生物转化中的应用 | 合成生物学 | NA | 遗传编程 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 874 | 2024-08-07 |
Recent advances in the biological depolymerization and upcycling of polyethylene terephthalate
2024-02, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2023.103053
PMID:38128200
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综述 | 本文综述了利用生物技术分解聚对苯二甲酸乙二醇酯(PET)并进行升级回收的最新进展 | 通过蛋白质工程策略提高PET水解酶的催化活性和效率,以及开发新型PET水解酶以实现大规模PET解聚 | 成本效益仍然是一个挑战,需要进一步研究以使PET升级回收在经济上可行 | 开发生物工具用于PET分解,并将其转化为有价值的平台化学品和材料 | 聚对苯二甲酸乙二醇酯(PET)及其分解产物 | NA | NA | 蛋白质工程 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 875 | 2024-08-07 |
Repeated Decision Stumping Distils Simple Rules from Single-Cell Data
2024-01, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2021.0613
PMID:38170180
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研究论文 | 本研究介绍了一种名为重复决策树桩(ReDX)的方法,用于从单细胞数据中提取简单模型 | 提出了一种新的方法重复决策树桩(ReDX),通过构建深度为一的决策树来识别驱动细胞命运转换的基因产物,无需先验知识 | NA | 开发一种方法从单细胞数据中提取简单模型,以识别关键的基因产物 | 单细胞数据中的基因产物 | 机器学习 | NA | 决策树 | 决策树桩 | 单细胞数据 | 不同子样本的实验数据 | NA | NA | NA | NA |
| 876 | 2024-08-07 |
Coupling protein scaffold and biosilicification: A sustainable and recyclable approach for d-mannitol production via one-step purification and immobilization of multienzymes
2024-Jun, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.132196
PMID:38723818
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研究论文 | 本文介绍了一种结合蛋白质支架和生物硅化的系统,用于一步法纯化和固定化多酶,以生产d-甘露醇。 | 引入了一种新的蛋白质支架和生物硅化结合系统,实现了多酶的一步法纯化和固定化,提高了d-甘露醇的产量和酶的稳定性。 | 文章未明确提及该方法的局限性。 | 开发一种可持续且可回收的方法,用于通过一步法纯化和固定化多酶来生产d-甘露醇。 | 研究对象包括蛋白质支架、生物硅化过程以及d-甘露醇的酶法合成。 | NA | NA | 蛋白质支架和生物硅化技术 | NA | NA | 酶与支架的比例为1:8,进行了6个周期的反应。 | NA | NA | NA | NA |
| 877 | 2024-08-07 |
Advancing Engineered Plant Living Materials through Tobacco BY-2 Cell Growth and Transfection within Tailored Granular Hydrogel Scaffolds
2024-May-22, ACS central science
IF:12.7Q1
DOI:10.1021/acscentsci.4c00338
PMID:38799669
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研究论文 | 本研究介绍了一种创新的方法,利用合成生物学和工程学的复杂相互作用,在定制的颗粒水凝胶支架内精确空间图案化和遗传转化烟草BY-2细胞系 | 本研究开发了一种3D生物打印技术,能够在定制的颗粒水凝胶支架内同时促进烟草BY-2细胞的生长和遗传转化,展示了EPLMs的独特结构和功能特性 | NA | 推动工程化植物活体材料的发展 | 烟草BY-2细胞系及其在定制水凝胶支架内的生长和转化 | 合成生物学 | NA | 3D生物打印技术 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 878 | 2024-08-07 |
Enzyme-assisted high throughput sequencing of an expanded genetic alphabet at single base resolution
2024-May-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-48408-9
PMID:38744910
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研究论文 | 本文报道了一种酶辅助的扩展遗传字母序列(ESEGA)方法,用于在单碱基分辨率下测序六字母的AEGIS DNA | 开发了一种新的酶辅助序列方法ESEGA,用于测序扩展的遗传字母DNA,并展示了其在优化条件下的六核苷酸PCR中的应用 | NA | 开发适用于扩展DNA的分析工具,以支持其在生物技术中的进一步应用 | 扩展的遗传字母DNA(AEGIS DNA)及其在生物技术中的应用 | 合成生物学 | NA | 酶辅助序列方法(ESEGA) | NA | DNA序列 | 涉及六核苷酸PCR的优化条件及多种DNA聚合酶的保真性评估 | NA | NA | NA | NA |
| 879 | 2024-08-07 |
N-Terminal Amino Acid Affects the Translation Efficiency at Lower Temperatures in a Reconstituted Protein Synthesis System
2024-May-12, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25105264
PMID:38791303
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研究论文 | 研究了N端氨基酸序列对基于PURE系统的蛋白质合成效率的影响,特别是在低温条件下 | 发现N端单个氨基酸替换显著改变了PURE系统中的翻译效率,尤其是在低温条件下 | NA | 探讨N端氨基酸序列对蛋白质合成效率的影响 | N端氨基酸序列对蛋白质合成效率的影响 | 合成生物学 | NA | 细胞自由蛋白质合成系统 | NA | 氨基酸序列 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 880 | 2024-08-07 |
Is Life Binary or Gradual?
2024-Apr-27, Life (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/life14050564
PMID:38792586
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研究论文 | 本文探讨了生命本质的二元性和非二元性概念,特别是在微生物学、病毒学、合成生物学和系统化学等领域中,中间实体对生命与非生命简单分类的挑战 | 提出生命可能是一个渐进的光谱,而非简单的二元区分 | 目前科学状态下,是否存在一个明确的界限仍未确定 | 探索生命的定义及其在生命起源研究和天体生物学中的应用 | 生命的本质及其分类 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |