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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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901 | 2024-08-07 |
A Point Mutation in Cassette Relieves the Repression Regulation of CcpA Resulting in an Increase in the Degradation of 2,3-Butanediol in Lactococcus lactis
2024-Apr-11, Microorganisms
IF:4.1Q2
DOI:10.3390/microorganisms12040773
PMID:38674718
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研究论文 | 本研究探讨了乳酸乳球菌中CcpA转录调控因子对2,3-丁二醇代谢的影响,发现一个点突变导致CcpA从应答元件解离,从而激活了2,3-丁二醇脱氢酶基因簇的表达 | 首次报道了乳酸菌中CcpA抑制效应的消除,改变了酶催化方向和碳代谢方向 | NA | 研究CcpA对乳酸乳球菌中2,3-丁二醇代谢的调控机制 | 乳酸乳球菌中的CcpA转录调控因子和2,3-丁二醇代谢 | NA | NA | 定量聚合酶链反应(Q-PCR),微量热泳动实验 | NA | 转录组数据 | N8-1和N8-2两种突变菌株 |
902 | 2024-08-07 |
Modification of the endoplasmic reticulum morphology enables improved recombinant antibody expression in Saccharomyces cerevisiae
2024-May-20, Journal of biotechnology
IF:4.1Q2
DOI:10.1016/j.jbiotec.2024.03.009
PMID:38555020
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研究论文 | 研究通过改变酵母内质网形态来提高重组抗体表达 | 通过删除Rtn1p、Rtn2p和Yop1p编码基因的不同组合,创建了具有不同内质网形态的酵母菌株,实现了抗体滴度高达2.2倍的提升 | NA | 探究内质网结构对细胞生产力的影响 | 酵母细胞内质网形态及其对抗体表达的影响 | 生物工程 | NA | 基因编辑 | NA | 细胞 | 不同组合的酵母菌株 |
903 | 2024-08-07 |
Biology System Description Language (BiSDL): a modeling language for the design of multicellular synthetic biological systems
2024-Apr-25, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05782-x
PMID:38664639
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研究论文 | 介绍了一种名为BiSDL的计算语言,用于设计和模拟多细胞合成生物系统 | BiSDL填补了现有技术中在表示多细胞设计中空间性和多层次细胞动态方面的空白 | NA | 开发一种易于使用的计算语言,用于设计和模拟多细胞合成生物系统 | 多细胞合成生物系统 | 合成生物学 | NA | NA | Nets-Within-Nets (NWNs) | NA | NA |
904 | 2024-08-07 |
Utilizing 5' UTR Engineering Enables Fine-Tuning of Multiple Genes within Operons to Balance Metabolic Flux in Bacillus subtilis
2024-Apr-19, Biology
DOI:10.3390/biology13040277
PMID:38666889
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研究论文 | 本研究利用高通量筛选策略,从168基因组中识别出一种5' UTR序列,该序列能够显著提高EGFP的表达水平,并通过调控操纵子中的基因表达,优化了枯草芽孢杆菌中的代谢通量,从而增加了核黄素的产量。 | 本研究首次利用5' UTR序列进行基因表达的精细调控,构建了一个5' UTR库,实现了对操纵子中基因表达的广泛调控,显著提高了核黄素的产量。 | NA | 通过合成生物学工具精细调控基因表达,优化代谢通量,提高目标产品的产量。 | 枯草芽孢杆菌中的基因表达和代谢通量调控。 | 合成生物学 | NA | 高通量筛选 | NA | 基因序列 | 涉及168基因组的5' UTR序列 |
905 | 2024-08-07 |
Aspergillus oryzae as a Cell Factory: Research and Applications in Industrial Production
2024-Mar-26, Journal of fungi (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/jof10040248
PMID:38667919
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综述 | 本文综述了利用Aspergillus oryzae作为细胞工厂在工业生产中的研究与应用进展 | 通过合成生物学和新型遗传工程技术,Aspergillus oryzae被认为是构建细胞工厂的理想候选 | 其复杂的分泌系统和蛋白质表达调控机制对表达多种异源产品构成挑战 | 探讨Aspergillus oryzae在工业生产中作为细胞工厂的应用 | Aspergillus oryzae的酶分泌系统及其在合成次级代谢物中的应用 | 生物技术 | NA | 合成生物学,遗传工程 | NA | NA | NA |
906 | 2024-08-07 |
High-throughput visualization mutation screening technology to enhance the specificity of CadR based whole-cell cadmium biosensor
2024-Jul-15, Biosensors & bioelectronics
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.bios.2024.116266
PMID:38636122
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研究论文 | 本研究通过设计邻位饱和突变策略,提高了基于转录因子CadR的全细胞镉生物传感器的特异性 | 采用邻位饱和突变策略构建特定饱和库,并通过两轮高通量可视化筛选,获得对镉响应良好且显著减弱汞干扰的全细胞生物传感器 | NA | 提高全细胞镉生物传感器的特异性 | 全细胞镉生物传感器的特异性 | 合成生物学 | NA | 邻位饱和突变 | 全细胞生物传感器 | NA | NA |
907 | 2024-08-07 |
The biosynthetic logic and enzymatic machinery of approved fungi-derived pharmaceuticals and agricultural biopesticides
2024-Apr-24, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/d3np00040k
PMID:37990930
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研究论文 | 本文探讨了真菌来源的药物和农业生物农药的生物合成逻辑和酶机制 | 介绍了通过合成生物学对现有药物进行合理设计和系统生产新化学结构的方法 | 开发新药物的时间和成本仍然很高 | 最大化现有药物的利用率,通过合成生物学设计新的化学结构 | 真菌来源的天然产物及其生物合成基因簇 | NA | NA | 代谢工程,途径重编程,细胞工厂开发 | NA | 基因组数据 | NA |
908 | 2024-08-07 |
Multiplex genetic manipulations in Clostridium butyricum and Clostridium sporogenes to secrete recombinant antigen proteins for oral-spore vaccination
2024-Apr-24, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-024-02389-y
PMID:38659027
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研究论文 | 本文通过基因工程手段改造梭状芽孢杆菌,使其能够分泌重组抗原蛋白,用于口服疫苗的研发 | 利用非典型翻译起始密码子AUU,成功克服了在E. coli中克隆困难蛋白的挑战,并实现了在梭状芽孢杆菌中的重组蛋白分泌 | NA | 探索利用梭状芽孢杆菌作为口服疫苗载体的可能性 | 梭状芽孢杆菌C. butyricum和C. sporogenes | 生物技术 | 癌症, 病毒性疾病 | 基因工程 | NA | 蛋白质 | 涉及多种梭状芽孢杆菌菌株和重组抗原蛋白 |
909 | 2024-08-07 |
A model-driven approach to upcycling recalcitrant feedstocks in Pseudomonas putida by decoupling PHA production from nutrient limitation
2024-Apr-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.113979
PMID:38517887
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研究论文 | 本研究通过模型驱动的方法,利用合成生物学技术重新引导碳流并解除调控限制,实现了在营养非限制条件下提高Pseudomonas putida中PHA产量 | 成功在生长阶段实现PHA生产,达到高达46%的PHA/细胞干重,并验证了使用酶解聚乙烯对苯二甲酸酯作为原料的上循环场景 | NA | 克服传统PHA生产生物过程的复杂性,推动PHA生产技术的发展 | Pseudomonas putida菌株及PHA生产 | 合成生物学 | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA |
910 | 2024-08-07 |
Chromosome-level Alstonia scholaris genome unveils evolutionary insights into biosynthesis of monoterpenoid indole alkaloids
2024-May-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.109599
PMID:38646178
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研究论文 | 本研究通过使用纳米孔和Hi-C数据组装了高质量的染色体水平Alstonia scholaris基因组,旨在深入了解单萜吲哚生物碱(MIAs)的生物合成 | 首次组装了Alstonia scholaris的高质量染色体水平基因组,并发现了与MIAs生物合成途径相关的基因簇 | NA | 探索Alstonia scholaris中单萜吲哚生物碱的生物合成及其进化起源 | Alstonia scholaris植物及其基因组 | 数字病理学 | 癌症 | 纳米孔测序,Hi-C | NA | 基因组数据 | 一个Alstonia scholaris样本 |
911 | 2024-08-07 |
Metal-Organic Framework-Mediated Delivery of Nucleic Acid across Intact Plant Cells
2024-Apr-17, ACS applied materials & interfaces
IF:8.3Q1
DOI:10.1021/acsami.3c19571
PMID:38564422
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research paper | 本研究探讨了利用金属有机框架(MOFs)通过渗透方式将核酸递送至完整植物细胞的方法 | 本研究采用了小尺寸的ZIF-8纳米颗粒(小于20 nm),有效实现了DNA/RNA向叶片和根部的递送,并展示了其在保护RNA免受RNase降解和通过递送siRNA沉默内源基因方面的应用 | NA | 解决植物细胞壁和完整细胞膜对基因递送的挑战 | 植物细胞和核酸递送 | NA | NA | 金属有机框架(MOFs) | NA | DNA/RNA | 叶片和根部 |
912 | 2024-08-07 |
Strategies for the efficient biosynthesis of β-carotene through microbial fermentation
2024-Apr-12, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-024-03955-7
PMID:38607448
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综述 | 本文综述了通过微生物发酵高效合成β-胡萝卜素的研究进展和策略 | 介绍了利用廉价碳源合成β-胡萝卜素以及提出进一步提高β-胡萝卜素产量的新策略 | NA | 总结天然类胡萝卜素产生菌和代谢工程策略在工程微生物异源合成β-胡萝卜素中的应用 | β-胡萝卜素的微生物发酵合成 | NA | 心血管疾病 | 微生物发酵 | NA | NA | NA |
913 | 2024-08-07 |
Machine learning-aided design and screening of an emergent protein function in synthetic cells
2024-Mar-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46203-0
PMID:38443351
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研究论文 | 本文探讨了利用机器学习辅助设计和筛选合成细胞中新兴蛋白质功能的方法 | 本文首次描述了如何通过计算和体外实验筛选机器学习生成的蛋白质变体,这些变体能够在细胞内形成时空模式 | 本文仅展示了原理验证,尚未广泛应用于实际工业和生物医学应用 | 研究如何利用机器学习设计合成蛋白质,以工程化细胞功能 | 新兴蛋白质功能,如细胞内时空自组织能力 | 机器学习 | NA | 机器学习 | 条件生成模型 | 蛋白质结构数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
914 | 2024-08-07 |
A synthetic biology approach for the treatment of pollutants with microalgae
2024, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2024.1379301
PMID:38646010
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综述 | 本文综述了利用合成生物学方法通过微藻处理污染物的最新进展 | 合成生物学有望通过扩大处理目标范围和提高污染物去除率来增强基于微藻的技术 | 需要扩展工具,包括开发通用克隆工具包和适应更广泛的微藻物种的遗传工程工具 | 探讨合成生物学在微藻污染物去除中的应用 | 微藻及其在污染物去除中的作用 | NA | NA | CRISPR/Cas9, TALENs | NA | NA | NA |
915 | 2024-08-07 |
[Development the agricultural synthesis biology course for postgraduates]
2024-Apr-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.230539
PMID:38658161
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research paper | 本文介绍了为研究生开设的农业合成生物学课程的开发 | 该课程强调跨学科合作、创新和新技术实际应用,旨在培养学生解决生物育种领域关键科技问题的能力 | NA | 旨在培养研究生在生物育种领域的科技创新能力 | 研究生 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
916 | 2024-08-07 |
Engineering a synthetic gene circuit for high-performance inducible expression in mammalian systems
2024-Apr-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-47592-y
PMID:38632224
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研究论文 | 本文介绍了一种用于哺乳动物系统中高表现诱导表达的合成基因电路CASwitch的设计与应用 | CASwitch结合了Coherent Feed-Forward Loop和Mutual Inhibition两种网络结构,以及CRISPR-Cas内切酶CasRx和Tet-On3G诱导基因系统,实现了在不修改转录因子或启动子的情况下,减少泄漏表达同时保持高表达 | NA | 设计并验证一种新的合成基因电路,用于在哺乳动物系统中实现高效诱导基因表达 | 合成基因电路CASwitch及其在不同生物技术应用中的性能 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas | 合成基因电路 | 基因表达数据 | NA |
917 | 2024-08-07 |
CRISPR-COPIES: an in silico platform for discovery of neutral integration sites for CRISPR/Cas-facilitated gene integration
2024-Apr-12, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae062
PMID:38346683
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研究论文 | 开发了一个名为CRISPR-COPIES的计算平台,用于发现CRISPR/Cas系统辅助基因整合的中性整合位点 | 利用ScaNN模型进行基于嵌入的最近邻搜索,快速准确地识别细菌和真菌基因组中的基因间位点 | NA | 解决CRISPR/Cas系统在基因整合中寻找最佳染色体位点的难题 | CRISPR/Cas系统的中性整合位点 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas系统 | ScaNN | 基因组数据 | 涉及三种不同物种:酿酒酵母、Cupriavidus necator和HEK293T细胞 |
918 | 2024-08-07 |
Peptide nucleic acid-assisted generation of targeted double-stranded DNA breaks with T7 endonuclease I
2024-Apr-12, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae148
PMID:38421613
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研究论文 | 本文利用γ-修饰的肽核酸(γPNAs)促进靶向特异性DNA入侵,并使用T7核酸内切酶I(T7EI)识别并切割γPNA入侵的DNA,实现双链DNA断裂(DSBs)的引入。 | 开发了一种新的PNA引导的T7EI(PG-T7EI)技术,该技术能够作为可编程核酸酶,在体外广泛条件下生成单个或多个特定的DSBs,并具有在大型基因组操作中应用的潜力。 | NA | 探索和扩展DNA操作技术,包括体外和体内的克隆、大片段DNA组装和基因编辑。 | γ-修饰的肽核酸(γPNAs)和T7核酸内切酶I(T7EI)在DNA操作中的应用。 | 生物技术 | NA | 肽核酸(PNA)和T7核酸内切酶I(T7EI) | NA | DNA | NA |
919 | 2024-08-07 |
Revealing the grammar of small RNA secretion using interpretable machine learning
2024-Apr-10, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2024.100522
PMID:38460515
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研究论文 | 本文介绍了ExoGRU机器学习模型,用于预测小RNA从初级RNA序列中的分泌概率,并通过实验验证了其性能 | 开发了ExoGRU模型和exoCLIP技术,揭示了小RNA分泌的cis和trans因子,包括已知和新发现的RNA结合蛋白 | NA | 揭示小RNA分泌的生物学机制,并探索其在治疗和合成生物学中的应用 | 小RNA的分泌机制及其相关的RNA结合蛋白 | 机器学习 | NA | 机器学习 | ExoGRU | RNA序列 | NA |
920 | 2024-08-07 |
Self-assembly of stabilized droplets from liquid-liquid phase separation for higher-order structures and functions
2024-Apr-09, Communications chemistry
IF:5.9Q1
DOI:10.1038/s42004-024-01168-5
PMID:38594355
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综述 | 本文综述了通过液-液相分离产生的动态微尺度液滴的稳定化策略及其在合成生物学和生物医学材料中的应用 | 探讨了如何通过自组装使稳定化的液滴形成更高阶结构,展示协同功能,以充分发挥其在自下而上合成生物学和生物医学应用中的潜力 | NA | 探讨液滴稳定化及其在合成生物学和生物医学材料中的应用 | 液-液相分离产生的动态微尺度液滴 | NA | NA | 液-液相分离 (LLPS) | NA | NA | NA |