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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 981 | 2024-08-07 |
Sugarcane breeding: a fantastic past and promising future driven by technology and methods
2024, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2024.1375934
PMID:38525140
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review | 本文从技术和方法的角度回顾了甘蔗育种的主要历史,指出了当前的状况和挑战,并对智能育种的前景进行了合理展望 | 本文提出了利用现代生物技术(如全基因组选择、转基因、基因编辑和合成生物学)和信息技术(如遥感和深度学习)来实现甘蔗育种的跨越式发展 | 由于遗传基础狭窄、品种退化严重、缺乏突破性品种以及育种周期长和基因聚合概率低等问题,甘蔗育种面临挑战 | 探讨如何利用新技术和方法推动甘蔗育种的发展,以应对未来世界人口爆炸、可耕种土地减少和各种生物及非生物胁迫的威胁 | 甘蔗育种 | NA | NA | 全基因组选择、转基因、基因编辑、合成生物学、遥感、深度学习 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 982 | 2024-08-07 |
A universal molecular control for DNA, mRNA and protein expression
2024-Mar-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46456-9
PMID:38509097
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研究论文 | 本文利用合成生物学原理,开发了一种名为pREF的多组学控制标准,可作为下一代测序和质谱方法的通用分子标准 | pREF序列编码21个合成基因,可体外转录为插入mRNA控制,并体外翻译生成匹配的蛋白质控制,提供了DNA、RNA和肽检测的定性和定量准确性控制 | NA | 开发一种跨基因组学、转录组学和蛋白质组学方法的集成基因表达测量标准 | DNA、mRNA和蛋白质表达的控制标准 | 基因组学 | NA | 下一代测序、质谱 | NA | DNA、RNA、蛋白质 | 21个合成基因 | NA | NA | NA | NA |
| 983 | 2024-08-07 |
Engineered microorganisms: A new direction in kidney stone prevention and treatment
2024-Jun, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2024.02.005
PMID:38510204
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综述 | 本文综述了利用合成生物学方法改造微生物在预防和治疗肾结石中的研究现状 | 利用合成生物学方法使益生菌获得新的表型或异源蛋白表达能力,通过直接降解促进结石生成的代谢物或间接调节菌群稳态来有效抑制肾结石的发展 | 目前存在的天然益生菌有局限性 | 提供预防和治疗肾结石的新有效思路 | 肠道和尿路中的微生物 | 合成生物学 | 肾结石 | 微生物工程 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 984 | 2024-08-07 |
Empowering Protein Engineering through Recombination of Beneficial Substitutions
2024-Mar-15, Chemistry (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/chem.202303889
PMID:38288640
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综述 | 本文综述了通过重组有益替换来增强蛋白质工程潜力的实验和计算机辅助方法 | 强调了集成和机器学习引导策略在生成具有更好多样性、覆盖范围和大小的筛选库中的作用 | NA | 探讨如何通过重组方法实现单个有益替换的潜在增强 | 蛋白质工程中的重组方法 | 生物工程 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 985 | 2024-08-07 |
teemi: An open-source literate programming approach for iterative design-build-test-learn cycles in bioengineering
2024-Mar, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011929
PMID:38457467
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研究论文 | 本文介绍了一个名为teemi的开源计算机辅助设计和分析平台,该平台采用文学编程用户界面,支持生物工程中的迭代设计-构建-测试-学习循环。 | teemi平台遵循FAIR原则,支持用户友好的模拟、组织和指导,以及机器学习在代谢途径设计中的应用。 | NA | 开发一个支持生物工程迭代设计-构建-测试-学习循环的开源平台。 | 生物工程中的设计、模拟、数据集成和分析,以及代谢途径的机器学习设计。 | 生物工程 | NA | 机器学习 | NA | 多变量数据集 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 986 | 2024-08-07 |
Engineering stringent genetic biocontainment of yeast with a protein stability switch
2024-Feb-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-44988-8
PMID:38316765
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研究论文 | 本文描述了一种基于条件性稳定必需蛋白质的遗传编码生物遏制系统 | 该系统基于条件性蛋白质稳定性,机制上与先前报道的遗传生物遏制系统正交 | NA | 开发一种遗传编码的生物遏制系统,以确保工程微生物在开放环境应用中的安全性 | 酵母菌的遗传生物遏制系统 | 合成生物学 | NA | 遗传编码生物遏制系统 | NA | 基因数据 | 775个必需基因 | NA | NA | NA | NA |
| 987 | 2024-08-07 |
Flapjack: Data Management and Analysis for Genetic Circuit Characterization
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_23
PMID:38468101
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research paper | Flapjack平台为合成基因电路工程的DBTL循环中的设计、构建、测试和学习阶段提供了一个全面的数据管理和分析解决方案 | Flapjack平台通过其用户友好的界面和与外部软件的兼容性,为合成生物学研究提供了一个实用的工具 | NA | 解决合成基因电路工程DBTL循环中的挑战,促进基因电路的表征和优化 | 合成基因电路的表征和优化 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 基因表达数据和相关元数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 988 | 2024-08-07 |
Mid-Long Chain Dicarboxylic Acid Production via Systems Metabolic Engineering: Progress and Prospects
2024-Mar-20, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.4c00002
PMID:38442481
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研究论文 | 本文探讨了通过系统代谢工程策略在不同底盘中合成中长链二羧酸的方法 | 利用系统生物学、合成生物学和进化工程的新工具,实现能源密集型生物燃料的可持续生产 | NA | 探索中长链二羧酸的可持续生产方法,并讨论该领域的未来挑战 | 中长链二羧酸的生产 | 合成生物学 | NA | 系统代谢工程 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 989 | 2024-08-07 |
Model-guided metabolic rewiring to bypass pyruvate oxidation for pyruvate derivative synthesis by minimizing carbon loss
2024-Mar-19, mSystems
IF:5.0Q1
DOI:10.1128/msystems.00839-23
PMID:38315666
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研究论文 | 本文通过基因组规模的代谢模型和约束基流平衡分析、几何流平衡分析及流变量分析,设计了一种微生物宿主,通过引入双歧分流途径,绕过丙酮酸氧化,从而提高丙酮酸衍生物的合成效率。 | 本研究通过动态控制流分布和适应性实验室进化,建立了一种新的葡萄糖培养细菌的代谢模式,以在有氧条件下最小化碳损失,并为生产丙酮酸衍生物的细胞设计提供了有价值的见解。 | NA | 旨在通过代谢重编程,提高微生物宿主合成丙酮酸衍生物的效率,同时最小化碳损失。 | 微生物宿主的代谢途径和基因表达调控。 | 合成生物学 | NA | 基因组规模代谢模型、约束基流平衡分析、几何流平衡分析、流变量分析 | NA | 代谢数据 | 约3,000个基因编码库 | NA | NA | NA | NA |
| 990 | 2024-08-07 |
EcoGenoRisk: Developing a computational ecological risk assessment tool for synthetic biology
2024-Apr-01, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987)
DOI:10.1016/j.envpol.2024.123647
PMID:38402941
|
研究论文 | 本文介绍了EcoGenoRisk,一个用于合成生物学生物入侵风险评估的新型计算工具 | EcoGenoRisk通过筛选与合成生物微生物基因相似的微生物栖息地,预测合成生物微生物可能建立种群的位置 | NA | 开发一个计算工具,用于评估合成生物学中修改微生物对非预期环境的潜在风险 | 合成生物学中的修改微生物及其对环境的潜在影响 | 合成生物学 | NA | 生物信息学 | NA | 基因组数据 | 520个古菌和32,828个细菌的完整基因组 | NA | NA | NA | NA |
| 991 | 2024-08-07 |
Automated high-throughput DNA synthesis and assembly
2024-Mar-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e26967
PMID:38500977
|
综述 | 本文综述了DNA合成与组装技术的最新进展,重点介绍了自动化和高通量技术的发展及其在合成生物学中的应用 | 介绍了自动化液体处理工作站和集成实验设备的使用,提高了合成生物学领域的效率 | NA | 探讨DNA合成与组装技术的创新和改进 | DNA合成与组装技术 | 合成生物学 | NA | 自动化液体处理 | NA | DNA序列 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 992 | 2024-08-07 |
Engineered mRNA-ribosome fusions for facile biosynthesis of selenoproteins
2024-Mar-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2321700121
PMID:38442159
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研究论文 | 本研究通过将核糖体RNA(rRNA)与信使RNA(mRNA)进行功能性融合,开发了一种新型策略来改进核糖体工程,以促进硒蛋白的生物合成 | 本研究首次提出了一种基于mRNA-rRNA融合的新型核糖体工程策略,即RiboU,通过将16S rRNA与硒半胱氨酸插入序列(SECIS)共价结合,实现了硒半胱氨酸(Sec)在蛋白质中的特定位点插入 | NA | 开发一种新型核糖体工程策略,以促进硒蛋白的生物合成 | 核糖体RNA(rRNA)与信使RNA(mRNA)的功能性融合 | 合成生物学 | NA | mRNA-rRNA融合技术 | NA | RNA | 三种功能性目标硒蛋白 | NA | NA | NA | NA |
| 993 | 2024-08-07 |
Design and optimization of ε-poly-l-lysine with specific functions for diverse applications
2024-Mar, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.129513
PMID:38262828
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综述 | 本文综述了ε-聚-L-赖氨酸(ε-PL)的生产及其分子结构修饰的最新进展,重点讨论了提高ε-PL生产效率和多样性的挑战与解决方案 | 强调了ε-PL在食品保鲜和生物医学领域的应用潜力,并展望了通过合成生物学定制ε-PL分子结构的可能性 | 目前微生物合成ε-PL的效率受限于遗传工程和分子结构修饰的低效性 | 探讨ε-PL的生产优化及其在多领域应用中的分子结构修饰 | ε-聚-L-赖氨酸及其衍生物 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 994 | 2024-08-07 |
Bioelectricity and CO2-to-butyrate production using photobioelectrochemical cells with bio-hydrogel
2024-Apr, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2024.130530
PMID:38447619
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研究论文 | 本文介绍了一种利用光生物电化学电池(BPEC)通过生物水凝胶将太阳能转化为电能或化学物质的新技术 | 使用电活性细菌(Shewanella loihica PV-4)减少氧化石墨烯(rGO)纳米片并生产共装配的rGO/Shewanella生物水凝胶作为基本电极,结合合成生物学和纳米技术,提高了电子交换效率 | NA | 探索光生物电化学电池中高效生物电能和有价值化学物质的生产 | 光生物电化学电池中的生物水凝胶电极及其在CO2还原为丁酸中的应用 | 生物技术 | NA | 光生物电化学技术 | NA | 生物水凝胶 | 使用Shewanella loihica PV-4和基因编辑的Clostridium ljungdahlii进行共培养系统 | NA | NA | NA | NA |
| 995 | 2024-08-07 |
Advancing the scale of synthetic biology via cross-species transfer of cellular functions enabled by iModulon engraftment
2024-Mar-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46486-3
PMID:38490991
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研究论文 | 本研究通过机器学习分析大量转录组数据,识别出独立调节的基因集(iModulons),并展示了通过iModulon移植实现跨物种细胞功能的转移 | 首次通过iModulon移植实现了跨物种细胞功能的精确转移,包括生物转化和抗菌抵抗等复杂功能 | NA | 探索通过iModulon移植实现跨物种细胞功能转移的方法,并优化合成生物学中的菌株设计 | 细菌转录组数据和细胞功能转移 | 合成生物学 | NA | 机器学习 | NA | 转录组数据 | 涉及多种Pseudomonas物种和Escherichia coli | NA | NA | NA | NA |
| 996 | 2024-08-07 |
Creating new-to-nature carbon fixation: A guide
2024-Mar, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2023.12.012
PMID:38160747
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综述 | 本文提供了一种关于设计和实现新型自然碳固定途径的实用指南 | 介绍了合成CO固定途径,这些途径比自然途径(如CBB循环)更有效地捕获和转化CO | NA | 旨在设计新的生物功能并扩展自然解决方案空间 | 新型自然碳固定途径 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 997 | 2024-08-07 |
Engineering mammalian cell growth dynamics for biomanufacturing
2024-Mar, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2024.01.006
PMID:38325641
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研究论文 | 本文介绍了一种多层次的细胞工程策略,用于可调节的哺乳动物细胞生长阶段的控制 | 开发了一种结合“油门”和“刹车”系统的双可控系统,实现了哺乳动物细胞生长动态的动态和精确协调 | NA | 精确控制哺乳动物细胞生长动态,以提高生物制药制造 | 哺乳动物细胞 | 生物工程 | NA | CRISPR/Cas9 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 998 | 2024-08-07 |
Transitions in development - an interview with Nika Shakiba
2024-Mar-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.202748
PMID:38421607
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访谈 | 本文是对加拿大不列颠哥伦比亚大学Nika Shakiba的采访,她运用合成生物学技术研究干细胞竞争的基础 | NA | NA | 探讨Nika Shakiba的职业生涯及其如何将工程背景应用于干细胞研究 | 干细胞 | 合成生物学 | NA | 合成生物学技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 999 | 2024-08-07 |
'Seeing' the electromagnetic spectrum: spotlight on the cryptochrome photocycle
2024, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2024.1340304
PMID:38495372
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review | 本文综述了植物隐花色素如何获得光感应功能的机制 | 讨论了隐花色素光循环中产生的反应性氧物种(ROS)及其在生物应激反应中的作用,以及隐花色素对电磁场的响应和在光遗传学中的应用 | NA | 探讨植物隐花色素如何获得光感应功能及其在生物学和医学中的潜在应用 | 植物隐花色素及其光循环机制 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1000 | 2024-08-07 |
Edible mycelium bioengineered for enhanced nutritional value and sensory appeal using a modular synthetic biology toolkit
2024-Mar-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46314-8
PMID:38485948
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研究论文 | 开发了一种用于Aspergillus oryzae的可食用真菌的模块化合成生物学工具包,以提高其营养价值和感官吸引力 | 首次开发了用于可食用真菌Aspergillus oryzae的模块化合成生物学工具包,并成功提高了其内部营养素和风味分子的含量 | NA | 通过合成生物学技术增强真菌食品的营养价值和感官吸引力 | Aspergillus oryzae真菌 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9基因编辑技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |