合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
981	2024-08-07	Synthetic Biology Meets Ca2+ Release-Activated Ca2+ Channel-Dependent Immunomodulation 2024-Mar-07, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13060468 PMID:38534312	综述	本文综述了合成生物学工具如何精确控制CRAC通道途径及其对免疫反应下游信号事件的影响	介绍了合成生物学在精确控制分子接近度和下游信号过程中的应用	NA	总结合成生物学工具在控制CRAC通道途径及其对免疫反应影响方面的应用	CRAC通道及其在免疫反应中的作用	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
982	2024-08-07	Machine Learning to Predict Enzyme-Substrate Interactions in Elucidation of Synthesis Pathways: A Review 2024-Mar-07, Metabolites IF:3.4Q2 DOI:10.3390/metabo14030154 PMID:38535315	综述	本文综述了利用机器学习方法预测酶-底物相互作用以阐明合成途径的研究进展	采用基于人工智能的方法，如支持向量机、神经网络和决策树，显著减少了计算时间并覆盖了广泛的搜索空间	这些方法在处理大规模搜索空间时仍存在计算速度较慢的问题	探讨机器学习在预测酶-底物相互作用中的应用，以加速合成途径的阐明	酶-底物相互作用及其在合成生物学中的应用	机器学习	NA	支持向量机、神经网络、决策树	NA	NA	NA
983	2024-08-07	Triblock Proteins with Weakly Dimerizing Terminal Blocks and an Intrinsically Disordered Region for Rational Design of Condensate Properties 2024-Mar, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany) DOI:10.1002/smll.202306817 PMID:37964343	研究论文	本文研究了通过蛋白质工程设计的三嵌段蛋白质结构，其中两端为折叠蛋白质，中间为内在无序区域，用于调控凝聚物的形成及其性质	本文展示了弱相互作用在凝聚物形成中的重要性，并提出了一种蛋白质设计原则，有助于以可预测和合理的方式制造功能性凝聚物	NA	研究凝聚物的合理设计及其在生物合成材料、合成生物学和细胞生物学理解中的应用	三嵌段蛋白质结构及其对凝聚物形成和性质的影响	生物化学	NA	蛋白质工程	NA	蛋白质	一组适合用作终端块的蛋白质
984	2024-08-07	A systems framework for investigating the roles of multiple transporters and their impact on drug resistance 2024-Jan-23, Integrative biology : quantitative biosciences from nano to macro IF:1.5Q4 DOI:10.1093/intbio/zyae007 PMID:38537223	研究论文	本文开发了一个系统框架，用于研究多种转运蛋白在药物抗性中的作用及其相互作用	创新性地创建了一个结构化的系统框架，用于评估多种转运蛋白对药物外排和药物抗性的影响	NA	旨在深入理解转运蛋白在药物抗性中的系统级功能和作用	多种转运蛋白及其与药物的相互作用和调控机制	生物医学工程	NA	计算和分析方法	系统框架	NA	NA
985	2024-08-07	Enhancing 2-Pyrone Synthase Efficiency by High-Throughput Mass-Spectrometric Quantification and In Vitro/In Vivo Catalytic Performance Correlation 2024-03-01, Chembiochem : a European journal of chemical biology IF:2.6Q3 DOI:10.1002/cbic.202300849 PMID:38116888	研究论文	本研究通过高通量质谱定量方法筛选2-吡喃酮合酶（2PS）的新突变体，以提高三乙酸内酯（TAL）的生物合成效率	发现了两个突变体，其产率分别比野生型2PS提高了46倍和44倍，这是文献中报道的最高改进	NA	提高生物催化剂的效率，以从可再生资源中生产有价值的生物产品	2-吡喃酮合酶（2PS）的突变体筛选及其在细胞内催化性能的优化	代谢工程	NA	质谱	NA	生物化学数据	大量突变体
986	2024-08-07	Reconstitution of the Bacterial Glutamate Receptor Channel by Encapsulation of a Cell-Free Expression System 2024-Mar-08, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66595 PMID:38526087	研究论文	本文展示了一种在巨型单层脂质囊泡（GUVs）中重建细菌谷氨酸受体（GluR0）的方法，通过将无细胞表达系统封装并孵育在合成细胞内	本文创新性地利用无细胞表达系统，通过替换GluR0的N端信号肽为蛋白紫红质信号肽，成功实现了GluR0在混合GUVs膜中的共翻译转运	该方法目前仅限于模型膜蛋白GluR0的重建，未来需要验证其在其他膜蛋白重建中的适用性	旨在开发一种在合成细胞中重建膜蛋白的稳健方法	细菌谷氨酸受体（GluR0）及其在合成细胞膜中的重建	合成生物学	NA	无细胞表达系统	NA	NA	NA
987	2024-08-07	Sugarcane breeding: a fantastic past and promising future driven by technology and methods 2024, Frontiers in plant science IF:4.1Q1 DOI:10.3389/fpls.2024.1375934 PMID:38525140	review	本文从技术和方法的角度回顾了甘蔗育种的主要历史，指出了当前的状况和挑战，并对智能育种的前景进行了合理展望	本文提出了利用现代生物技术（如全基因组选择、转基因、基因编辑和合成生物学）和信息技术（如遥感和深度学习）来实现甘蔗育种的跨越式发展	由于遗传基础狭窄、品种退化严重、缺乏突破性品种以及育种周期长和基因聚合概率低等问题，甘蔗育种面临挑战	探讨如何利用新技术和方法推动甘蔗育种的发展，以应对未来世界人口爆炸、可耕种土地减少和各种生物及非生物胁迫的威胁	甘蔗育种	NA	NA	全基因组选择、转基因、基因编辑、合成生物学、遥感、深度学习	NA	NA	NA
988	2024-08-07	Rational evolution for altering the ligand preference of estrogen receptor alpha 2024-Apr, Protein science : a publication of the Protein Society IF:4.5Q1 DOI:10.1002/pro.4940 PMID:38511482	研究论文	本文通过结合理性蛋白质设计、多站点定向诱变和在酵母中稳定整合的变体的定向进化，成功改变了雌激素受体α的配体偏好	开发了一种新方法，通过理性设计和定向进化，成功将雌激素受体α的激活配体从雌激素转变为他莫昔芬，扩展了哺乳动物合成生物学工具箱	NA	改变雌激素受体α的配体偏好，以解决其激活配体干扰细胞过程的问题	雌激素受体α及其在合成生物学中的应用	合成生物学	乳腺癌	理性蛋白质设计、多站点定向诱变、定向进化	NA	NA	在酵母、哺乳动物细胞和小鼠中进行了实验
989	2024-08-07	An RNA origami robot that traps and releases a fluorescent aptamer 2024-Mar-22, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adk1250 PMID:38507482	研究论文	本文使用RNA折纸技术开发了一种名为“Traptamer”的RNA机器人设备，该设备能够机械地捕获并释放荧光适配体iSpinach	首次展示了RNA机器人设备能够作为布尔AND门，并通过可逆控制荧光适配体的荧光来实现对分子过程的增强控制	NA	开发先进的RNA机器人设备，用于在医学和合成生物学中的应用	RNA折纸机器人设备Traptamer及其对荧光适配体iSpinach的捕获和释放机制	合成生物学	NA	RNA折纸技术	NA	RNA	NA
990	2024-08-07	A universal molecular control for DNA, mRNA and protein expression 2024-Mar-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46456-9 PMID:38509097	研究论文	本文利用合成生物学原理，开发了一种名为pREF的多组学控制标准，可作为下一代测序和质谱方法的通用分子标准	pREF序列编码21个合成基因，可体外转录为插入mRNA控制，并体外翻译生成匹配的蛋白质控制，提供了DNA、RNA和肽检测的定性和定量准确性控制	NA	开发一种跨基因组学、转录组学和蛋白质组学方法的集成基因表达测量标准	DNA、mRNA和蛋白质表达的控制标准	基因组学	NA	下一代测序、质谱	NA	DNA、RNA、蛋白质	21个合成基因
991	2024-08-07	Engineered microorganisms: A new direction in kidney stone prevention and treatment 2024-Jun, Synthetic and systems biotechnology IF:4.4Q1 DOI:10.1016/j.synbio.2024.02.005 PMID:38510204	综述	本文综述了利用合成生物学方法改造微生物在预防和治疗肾结石中的研究现状	利用合成生物学方法使益生菌获得新的表型或异源蛋白表达能力，通过直接降解促进结石生成的代谢物或间接调节菌群稳态来有效抑制肾结石的发展	目前存在的天然益生菌有局限性	提供预防和治疗肾结石的新有效思路	肠道和尿路中的微生物	合成生物学	肾结石	微生物工程	NA	NA	NA
992	2024-08-07	Empowering Protein Engineering through Recombination of Beneficial Substitutions 2024-Mar-15, Chemistry (Weinheim an der Bergstrasse, Germany) DOI:10.1002/chem.202303889 PMID:38288640	综述	本文综述了通过重组有益替换来增强蛋白质工程潜力的实验和计算机辅助方法	强调了集成和机器学习引导策略在生成具有更好多样性、覆盖范围和大小的筛选库中的作用	NA	探讨如何通过重组方法实现单个有益替换的潜在增强	蛋白质工程中的重组方法	生物工程	NA	NA	NA	NA	NA
993	2024-08-07	teemi: An open-source literate programming approach for iterative design-build-test-learn cycles in bioengineering 2024-Mar, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1011929 PMID:38457467	研究论文	本文介绍了一个名为teemi的开源计算机辅助设计和分析平台，该平台采用文学编程用户界面，支持生物工程中的迭代设计-构建-测试-学习循环。	teemi平台遵循FAIR原则，支持用户友好的模拟、组织和指导，以及机器学习在代谢途径设计中的应用。	NA	开发一个支持生物工程迭代设计-构建-测试-学习循环的开源平台。	生物工程中的设计、模拟、数据集成和分析，以及代谢途径的机器学习设计。	生物工程	NA	机器学习	NA	多变量数据集	NA
994	2024-08-07	Engineering stringent genetic biocontainment of yeast with a protein stability switch 2024-Feb-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-44988-8 PMID:38316765	研究论文	本文描述了一种基于条件性稳定必需蛋白质的遗传编码生物遏制系统	该系统基于条件性蛋白质稳定性，机制上与先前报道的遗传生物遏制系统正交	NA	开发一种遗传编码的生物遏制系统，以确保工程微生物在开放环境应用中的安全性	酵母菌的遗传生物遏制系统	合成生物学	NA	遗传编码生物遏制系统	NA	基因数据	775个必需基因
995	2024-08-07	Flapjack: Data Management and Analysis for Genetic Circuit Characterization 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_23 PMID:38468101	research paper	Flapjack平台为合成基因电路工程的DBTL循环中的设计、构建、测试和学习阶段提供了一个全面的数据管理和分析解决方案	Flapjack平台通过其用户友好的界面和与外部软件的兼容性，为合成生物学研究提供了一个实用的工具	NA	解决合成基因电路工程DBTL循环中的挑战，促进基因电路的表征和优化	合成基因电路的表征和优化	合成生物学	NA	NA	NA	基因表达数据和相关元数据	NA
996	2024-08-07	Mid-Long Chain Dicarboxylic Acid Production via Systems Metabolic Engineering: Progress and Prospects 2024-Mar-20, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.4c00002 PMID:38442481	研究论文	本文探讨了通过系统代谢工程策略在不同底盘中合成中长链二羧酸的方法	利用系统生物学、合成生物学和进化工程的新工具，实现能源密集型生物燃料的可持续生产	NA	探索中长链二羧酸的可持续生产方法，并讨论该领域的未来挑战	中长链二羧酸的生产	合成生物学	NA	系统代谢工程	NA	NA	NA
997	2024-08-07	Model-guided metabolic rewiring to bypass pyruvate oxidation for pyruvate derivative synthesis by minimizing carbon loss 2024-Mar-19, mSystems IF:5.0Q1 DOI:10.1128/msystems.00839-23 PMID:38315666	研究论文	本文通过基因组规模的代谢模型和约束基流平衡分析、几何流平衡分析及流变量分析，设计了一种微生物宿主，通过引入双歧分流途径，绕过丙酮酸氧化，从而提高丙酮酸衍生物的合成效率。	本研究通过动态控制流分布和适应性实验室进化，建立了一种新的葡萄糖培养细菌的代谢模式，以在有氧条件下最小化碳损失，并为生产丙酮酸衍生物的细胞设计提供了有价值的见解。	NA	旨在通过代谢重编程，提高微生物宿主合成丙酮酸衍生物的效率，同时最小化碳损失。	微生物宿主的代谢途径和基因表达调控。	合成生物学	NA	基因组规模代谢模型、约束基流平衡分析、几何流平衡分析、流变量分析	NA	代谢数据	约3,000个基因编码库
998	2024-08-07	EcoGenoRisk: Developing a computational ecological risk assessment tool for synthetic biology 2024-Apr-01, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987) DOI:10.1016/j.envpol.2024.123647 PMID:38402941	研究论文	本文介绍了EcoGenoRisk，一个用于合成生物学生物入侵风险评估的新型计算工具	EcoGenoRisk通过筛选与合成生物微生物基因相似的微生物栖息地，预测合成生物微生物可能建立种群的位置	NA	开发一个计算工具，用于评估合成生物学中修改微生物对非预期环境的潜在风险	合成生物学中的修改微生物及其对环境的潜在影响	合成生物学	NA	生物信息学	NA	基因组数据	520个古菌和32,828个细菌的完整基因组
999	2024-08-07	Automated high-throughput DNA synthesis and assembly 2024-Mar-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e26967 PMID:38500977	综述	本文综述了DNA合成与组装技术的最新进展，重点介绍了自动化和高通量技术的发展及其在合成生物学中的应用	介绍了自动化液体处理工作站和集成实验设备的使用，提高了合成生物学领域的效率	NA	探讨DNA合成与组装技术的创新和改进	DNA合成与组装技术	合成生物学	NA	自动化液体处理	NA	DNA序列	NA
1000	2024-08-07	Engineered mRNA-ribosome fusions for facile biosynthesis of selenoproteins 2024-Mar-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2321700121 PMID:38442159	研究论文	本研究通过将核糖体RNA（rRNA）与信使RNA（mRNA）进行功能性融合，开发了一种新型策略来改进核糖体工程，以促进硒蛋白的生物合成	本研究首次提出了一种基于mRNA-rRNA融合的新型核糖体工程策略，即RiboU，通过将16S rRNA与硒半胱氨酸插入序列（SECIS）共价结合，实现了硒半胱氨酸（Sec）在蛋白质中的特定位点插入	NA	开发一种新型核糖体工程策略，以促进硒蛋白的生物合成	核糖体RNA（rRNA）与信使RNA（mRNA）的功能性融合	合成生物学	NA	mRNA-rRNA融合技术	NA	RNA	三种功能性目标硒蛋白