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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1001 | 2024-08-07 |
[Advances in fermentative production of L-tryptophan: a review]
2024-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.230404
PMID:38545968
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综述 | 本文综述了L-色氨酸的发酵生产及其生物合成代谢和调控机制的最新进展 | 介绍了通过实验室适应性进化等非理性设计方法改进L-色氨酸生产菌株性能的研究 | L-色氨酸在微生物细胞中的代谢途径长且调控机制复杂不明确,导致生产效率和菌株稳健性低 | 总结L-色氨酸生物合成代谢及其调控、生产菌株的构建与优化以及发酵生产的最新进展,并展望未来发展方向 | L-色氨酸及其生产菌株 | NA | NA | 代谢工程和合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1002 | 2024-08-07 |
[Reflections on the safety regulation of commercialization of synthetic biology products]
2024-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.230320
PMID:38545975
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评论 | 本文总结了合成生物产品在食品、医疗、农业、环境、能源和材料领域的应用情况,分析了其存在的安全风险,并梳理了欧美及中国在监管方面的现状,提出了加强安全监管的建议 | 提出了针对合成生物产品安全风险的全过程监管措施,包括分类审批、产品分类标识以及市场主体准入前的严格筛选和审批,以及入市后的安全监管和应急处理及事故责任调查 | NA | 探讨合成生物产品商业化过程中的安全监管问题 | 合成生物产品在多个领域的应用及其安全风险 | NA | NA | 合成生物技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1003 | 2024-08-07 |
Machine Learning to Predict Enzyme-Substrate Interactions in Elucidation of Synthesis Pathways: A Review
2024-Mar-07, Metabolites
IF:3.4Q2
DOI:10.3390/metabo14030154
PMID:38535315
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综述 | 本文综述了利用机器学习方法预测酶-底物相互作用以阐明合成途径的研究进展 | 采用基于人工智能的方法,如支持向量机、神经网络和决策树,显著减少了计算时间并覆盖了广泛的搜索空间 | 这些方法在处理大规模搜索空间时仍存在计算速度较慢的问题 | 探讨机器学习在预测酶-底物相互作用中的应用,以加速合成途径的阐明 | 酶-底物相互作用及其在合成生物学中的应用 | 机器学习 | NA | 支持向量机、神经网络、决策树 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1004 | 2024-08-07 |
A systems framework for investigating the roles of multiple transporters and their impact on drug resistance
2024-Jan-23, Integrative biology : quantitative biosciences from nano to macro
IF:1.5Q4
DOI:10.1093/intbio/zyae007
PMID:38537223
|
研究论文 | 本文开发了一个系统框架,用于研究多种转运蛋白在药物抗性中的作用及其相互作用 | 创新性地创建了一个结构化的系统框架,用于评估多种转运蛋白对药物外排和药物抗性的影响 | NA | 旨在深入理解转运蛋白在药物抗性中的系统级功能和作用 | 多种转运蛋白及其与药物的相互作用和调控机制 | 生物医学工程 | NA | 计算和分析方法 | 系统框架 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1005 | 2024-08-07 |
Enhancing 2-Pyrone Synthase Efficiency by High-Throughput Mass-Spectrometric Quantification and In Vitro/In Vivo Catalytic Performance Correlation
2024-03-01, Chembiochem : a European journal of chemical biology
IF:2.6Q3
DOI:10.1002/cbic.202300849
PMID:38116888
|
研究论文 | 本研究通过高通量质谱定量方法筛选2-吡喃酮合酶(2PS)的新突变体,以提高三乙酸内酯(TAL)的生物合成效率 | 发现了两个突变体,其产率分别比野生型2PS提高了46倍和44倍,这是文献中报道的最高改进 | NA | 提高生物催化剂的效率,以从可再生资源中生产有价值的生物产品 | 2-吡喃酮合酶(2PS)的突变体筛选及其在细胞内催化性能的优化 | 代谢工程 | NA | 质谱 | NA | 生物化学数据 | 大量突变体 | NA | NA | NA | NA |
| 1006 | 2024-08-07 |
Sugarcane breeding: a fantastic past and promising future driven by technology and methods
2024, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2024.1375934
PMID:38525140
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review | 本文从技术和方法的角度回顾了甘蔗育种的主要历史,指出了当前的状况和挑战,并对智能育种的前景进行了合理展望 | 本文提出了利用现代生物技术(如全基因组选择、转基因、基因编辑和合成生物学)和信息技术(如遥感和深度学习)来实现甘蔗育种的跨越式发展 | 由于遗传基础狭窄、品种退化严重、缺乏突破性品种以及育种周期长和基因聚合概率低等问题,甘蔗育种面临挑战 | 探讨如何利用新技术和方法推动甘蔗育种的发展,以应对未来世界人口爆炸、可耕种土地减少和各种生物及非生物胁迫的威胁 | 甘蔗育种 | NA | NA | 全基因组选择、转基因、基因编辑、合成生物学、遥感、深度学习 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1007 | 2024-08-07 |
Engineered microorganisms: A new direction in kidney stone prevention and treatment
2024-Jun, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2024.02.005
PMID:38510204
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综述 | 本文综述了利用合成生物学方法改造微生物在预防和治疗肾结石中的研究现状 | 利用合成生物学方法使益生菌获得新的表型或异源蛋白表达能力,通过直接降解促进结石生成的代谢物或间接调节菌群稳态来有效抑制肾结石的发展 | 目前存在的天然益生菌有局限性 | 提供预防和治疗肾结石的新有效思路 | 肠道和尿路中的微生物 | 合成生物学 | 肾结石 | 微生物工程 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1008 | 2024-08-07 |
Empowering Protein Engineering through Recombination of Beneficial Substitutions
2024-Mar-15, Chemistry (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/chem.202303889
PMID:38288640
|
综述 | 本文综述了通过重组有益替换来增强蛋白质工程潜力的实验和计算机辅助方法 | 强调了集成和机器学习引导策略在生成具有更好多样性、覆盖范围和大小的筛选库中的作用 | NA | 探讨如何通过重组方法实现单个有益替换的潜在增强 | 蛋白质工程中的重组方法 | 生物工程 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1009 | 2024-08-07 |
Engineering stringent genetic biocontainment of yeast with a protein stability switch
2024-Feb-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-44988-8
PMID:38316765
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研究论文 | 本文描述了一种基于条件性稳定必需蛋白质的遗传编码生物遏制系统 | 该系统基于条件性蛋白质稳定性,机制上与先前报道的遗传生物遏制系统正交 | NA | 开发一种遗传编码的生物遏制系统,以确保工程微生物在开放环境应用中的安全性 | 酵母菌的遗传生物遏制系统 | 合成生物学 | NA | 遗传编码生物遏制系统 | NA | 基因数据 | 775个必需基因 | NA | NA | NA | NA |
| 1010 | 2024-08-07 |
Flapjack: Data Management and Analysis for Genetic Circuit Characterization
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_23
PMID:38468101
|
research paper | Flapjack平台为合成基因电路工程的DBTL循环中的设计、构建、测试和学习阶段提供了一个全面的数据管理和分析解决方案 | Flapjack平台通过其用户友好的界面和与外部软件的兼容性,为合成生物学研究提供了一个实用的工具 | NA | 解决合成基因电路工程DBTL循环中的挑战,促进基因电路的表征和优化 | 合成基因电路的表征和优化 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 基因表达数据和相关元数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1011 | 2024-08-07 |
Mid-Long Chain Dicarboxylic Acid Production via Systems Metabolic Engineering: Progress and Prospects
2024-Mar-20, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.4c00002
PMID:38442481
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研究论文 | 本文探讨了通过系统代谢工程策略在不同底盘中合成中长链二羧酸的方法 | 利用系统生物学、合成生物学和进化工程的新工具,实现能源密集型生物燃料的可持续生产 | NA | 探索中长链二羧酸的可持续生产方法,并讨论该领域的未来挑战 | 中长链二羧酸的生产 | 合成生物学 | NA | 系统代谢工程 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1012 | 2024-08-07 |
EcoGenoRisk: Developing a computational ecological risk assessment tool for synthetic biology
2024-Apr-01, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987)
DOI:10.1016/j.envpol.2024.123647
PMID:38402941
|
研究论文 | 本文介绍了EcoGenoRisk,一个用于合成生物学生物入侵风险评估的新型计算工具 | EcoGenoRisk通过筛选与合成生物微生物基因相似的微生物栖息地,预测合成生物微生物可能建立种群的位置 | NA | 开发一个计算工具,用于评估合成生物学中修改微生物对非预期环境的潜在风险 | 合成生物学中的修改微生物及其对环境的潜在影响 | 合成生物学 | NA | 生物信息学 | NA | 基因组数据 | 520个古菌和32,828个细菌的完整基因组 | NA | NA | NA | NA |
| 1013 | 2024-08-07 |
Automated high-throughput DNA synthesis and assembly
2024-Mar-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e26967
PMID:38500977
|
综述 | 本文综述了DNA合成与组装技术的最新进展,重点介绍了自动化和高通量技术的发展及其在合成生物学中的应用 | 介绍了自动化液体处理工作站和集成实验设备的使用,提高了合成生物学领域的效率 | NA | 探讨DNA合成与组装技术的创新和改进 | DNA合成与组装技术 | 合成生物学 | NA | 自动化液体处理 | NA | DNA序列 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1014 | 2024-08-07 |
Engineered mRNA-ribosome fusions for facile biosynthesis of selenoproteins
2024-Mar-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2321700121
PMID:38442159
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研究论文 | 本研究通过将核糖体RNA(rRNA)与信使RNA(mRNA)进行功能性融合,开发了一种新型策略来改进核糖体工程,以促进硒蛋白的生物合成 | 本研究首次提出了一种基于mRNA-rRNA融合的新型核糖体工程策略,即RiboU,通过将16S rRNA与硒半胱氨酸插入序列(SECIS)共价结合,实现了硒半胱氨酸(Sec)在蛋白质中的特定位点插入 | NA | 开发一种新型核糖体工程策略,以促进硒蛋白的生物合成 | 核糖体RNA(rRNA)与信使RNA(mRNA)的功能性融合 | 合成生物学 | NA | mRNA-rRNA融合技术 | NA | RNA | 三种功能性目标硒蛋白 | NA | NA | NA | NA |
| 1015 | 2024-08-07 |
Design and optimization of ε-poly-l-lysine with specific functions for diverse applications
2024-Mar, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.129513
PMID:38262828
|
综述 | 本文综述了ε-聚-L-赖氨酸(ε-PL)的生产及其分子结构修饰的最新进展,重点讨论了提高ε-PL生产效率和多样性的挑战与解决方案 | 强调了ε-PL在食品保鲜和生物医学领域的应用潜力,并展望了通过合成生物学定制ε-PL分子结构的可能性 | 目前微生物合成ε-PL的效率受限于遗传工程和分子结构修饰的低效性 | 探讨ε-PL的生产优化及其在多领域应用中的分子结构修饰 | ε-聚-L-赖氨酸及其衍生物 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1016 | 2024-08-07 |
Bioelectricity and CO2-to-butyrate production using photobioelectrochemical cells with bio-hydrogel
2024-Apr, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2024.130530
PMID:38447619
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研究论文 | 本文介绍了一种利用光生物电化学电池(BPEC)通过生物水凝胶将太阳能转化为电能或化学物质的新技术 | 使用电活性细菌(Shewanella loihica PV-4)减少氧化石墨烯(rGO)纳米片并生产共装配的rGO/Shewanella生物水凝胶作为基本电极,结合合成生物学和纳米技术,提高了电子交换效率 | NA | 探索光生物电化学电池中高效生物电能和有价值化学物质的生产 | 光生物电化学电池中的生物水凝胶电极及其在CO2还原为丁酸中的应用 | 生物技术 | NA | 光生物电化学技术 | NA | 生物水凝胶 | 使用Shewanella loihica PV-4和基因编辑的Clostridium ljungdahlii进行共培养系统 | NA | NA | NA | NA |
| 1017 | 2024-08-07 |
Creating new-to-nature carbon fixation: A guide
2024-Mar, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2023.12.012
PMID:38160747
|
综述 | 本文提供了一种关于设计和实现新型自然碳固定途径的实用指南 | 介绍了合成CO固定途径,这些途径比自然途径(如CBB循环)更有效地捕获和转化CO | NA | 旨在设计新的生物功能并扩展自然解决方案空间 | 新型自然碳固定途径 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1018 | 2024-08-07 |
Engineering mammalian cell growth dynamics for biomanufacturing
2024-Mar, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2024.01.006
PMID:38325641
|
研究论文 | 本文介绍了一种多层次的细胞工程策略,用于可调节的哺乳动物细胞生长阶段的控制 | 开发了一种结合“油门”和“刹车”系统的双可控系统,实现了哺乳动物细胞生长动态的动态和精确协调 | NA | 精确控制哺乳动物细胞生长动态,以提高生物制药制造 | 哺乳动物细胞 | 生物工程 | NA | CRISPR/Cas9 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1019 | 2024-08-07 |
'Seeing' the electromagnetic spectrum: spotlight on the cryptochrome photocycle
2024, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2024.1340304
PMID:38495372
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review | 本文综述了植物隐花色素如何获得光感应功能的机制 | 讨论了隐花色素光循环中产生的反应性氧物种(ROS)及其在生物应激反应中的作用,以及隐花色素对电磁场的响应和在光遗传学中的应用 | NA | 探讨植物隐花色素如何获得光感应功能及其在生物学和医学中的潜在应用 | 植物隐花色素及其光循环机制 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1020 | 2024-08-07 |
High-throughput prediction of enzyme promiscuity based on substrate-product pairs
2024-Jan-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae089
PMID:38487850
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研究论文 | 本文开发了一种基于底物-产物对的酶混杂性预测模型SPEPP,利用迁移学习和变换器架构进行预测 | SPEPP模型通过迁移学习和变换器架构,无需先验反应知识,允许用户自定义候选酶库,具有较强的外推能力 | NA | 解决现有基于底物和反应相似性的工具在代谢工程和合成生物学中应用的局限性 | 酶混杂性预测及其在代谢工程、从头途径设计和有害物质降解中的应用 | 代谢工程 | NA | 迁移学习 | 变换器架构 | 底物-产物对数据 | NA | NA | NA | NA | NA |