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当前共找到 1127 篇文献，本页显示第 1021 - 1040 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1021 | 2024-08-07 |
Genetic Network Design Automation with LOICA
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_22
PMID:38468100
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研究论文 | 介绍了一种名为LOICA的Python包，用于设计、建模和表征遗传网络，使用简单的面向对象设计抽象 | LOICA通过将不同的生物学和实验组件表示为类，并利用Flapjack实验数据管理平台进行参数化，实现了遗传网络的高效设计和模拟 | NA | 开发和应用遗传设计自动化工具，以实现更复杂的合成遗传网络的高通量设计 | 遗传网络的设计和模拟 | 生物工程 | NA | 遗传设计自动化 | 面向对象设计抽象 | 实验数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1022 | 2024-08-07 |
Multimodal Control of Bacterial Gene Expression by Red and Blue Light
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_26
PMID:38468104
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研究论文 | 本文详细介绍了使用pREDusk、pREDawn、pCrepusculo和pAurora光遗传电路通过红光和蓝光控制细菌基因表达的方法 | 利用光遗传技术实现对细胞事件和状态的光依赖性控制，具有可逆性、非侵入性和精细的时空精度 | NA | 探索光遗传技术在细胞生物学、合成生物学和生物技术中的创新应用 | 细菌基因表达的控制 | 合成生物学 | NA | 光遗传技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1023 | 2024-08-07 |
In Silico Design, In Vitro Construction, and In Vivo Application of Synthetic Small Regulatory RNAs in Bacteria
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_27
PMID:38468105
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研究论文 | 本文介绍了一种计算预测和合成生物学方法，用于设计、构建和验证细菌中合成小调控RNA（sRNA）的功能 | 使用计算工具SEEDling匹配最佳种子区域与用户选择的sRNA骨架，以抑制目标mRNA，并通过Golden Gate克隆组装合成sRNA | 仅以acrA mRNA在Escherichia coli中的抑制为例，未涵盖所有可能的应用场景 | 开发一种用于设计、构建和验证细菌中合成sRNA功能的方法 | 小调控RNA（sRNA）在细菌中的功能 | 合成生物学 | NA | Golden Gate克隆 | NA | RNA | 以acrA mRNA在Escherichia coli中的抑制为例 | NA | NA | NA | NA |
| 1024 | 2024-08-07 |
In Vivo DNA Assembly Using the PEDA Method
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_24
PMID:38468102
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研究论文 | 本文介绍了PEDA方法，一种在多种微生物中直接体内组装DNA片段的新技术 | PEDA方法允许在体内组装具有短至5 bp同源序列的DNA片段，效率与体外DNA组装相当 | NA | 提供一种简单高效的DNA组装方法，促进合成生物学的发展 | 多种微生物如大肠杆菌、拉氏假单胞菌、假单胞菌、植物乳杆菌和亚罗利普酵母 | 合成生物学 | NA | PEDA方法 | NA | DNA片段 | 多种微生物 | NA | NA | NA | NA |
| 1025 | 2024-08-07 |
Machine Learning and Deep Learning in Synthetic Biology: Key Architectures, Applications, and Challenges
2024-Mar-05, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.3c05913
PMID:38463314
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综述 | 本文综述了机器学习（ML）和深度学习（DL）在合成生物学中的关键架构、应用和挑战 | 探讨了ML和DL在合成生物学中的协同作用，如利用DNA合成生成大数据集训练模型，以及利用ML/DL模型指导设计 | 描述了ML/DL和合成生物学发展中遇到的挑战及其解决方案 | 旨在探讨机器学习和深度学习在合成生物学中的应用及其面临的挑战 | 主要研究对象包括生物系统中的途径、酶和整个细胞 | 合成生物学 | NA | 机器学习（ML），深度学习（DL） | 人工神经网络（ANNs） | DNA数据，显微镜数据，蛋白质结构数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1026 | 2024-08-07 |
Synthetic biology approach revealed enhancement in haeme oxygenase-1 gene expression by codon pair optimization while reduction by codon deoptimization
2024-Mar, Annals of medicine and surgery (2012)
DOI:10.1097/MS9.0000000000001465
PMID:38463112
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研究论文 | 本研究通过操纵密码子和密码子对偏倚，重新编码血红素氧合酶-1（HO-1）基因，以减少和增强HO-1基因表达，并评估了这些构建体在不同组织中的基因表达效果。 | 本研究首次通过密码子对优化和密码子去优化策略，有效调节HO-1基因表达，为基因治疗提供了新的方法。 | 本研究仅在实验室条件下评估了HO-1基因表达的调节效果，尚未进行临床试验验证其治疗效果。 | 研究旨在通过密码子使用偏倚和密码子对偏倚的操纵，调节HO-1基因表达，以治疗与HO-1表达失调相关的疾病。 | 研究对象为血红素氧合酶-1（HO-1）基因及其在脑、心、胰腺和肝脏中的表达。 | 合成生物学 | NA | 密码子使用分析 | NA | 基因序列 | 四个组织（脑、心、胰腺和肝脏） | NA | NA | NA | NA |
| 1027 | 2024-08-07 |
Sustainable production of natural products using synthetic biology: Ginsenosides
2024-Mar, Journal of ginseng research
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.jgr.2023.12.006
PMID:38465212
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综述 | 本文综述了利用合成生物学方法在微生物中生产人参皂苷的最新进展 | 合成生物学为大规模可持续生产具有生物活性的天然产物提供了新途径 | NA | 探讨合成生物学在生产具有增强治疗特性的人参皂苷中的应用 | 人参皂苷及其在医药领域的应用 | 合成生物学 | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1028 | 2024-08-07 |
Dynamic plasmid copy number control for synthetic biology
2024-02, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2023.08.004
PMID:37689527
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research paper | 本文研究了用于合成生物学的动态质粒拷贝数控制 | 本文提出了一种动态控制质粒拷贝数的方法，该方法可以灵活调节质粒中基因或遗传电路的表达 | NA | 研究动态质粒拷贝数控制在合成生物学中的应用 | 质粒拷贝数的动态控制 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1029 | 2024-08-07 |
Anti-CRISPR with non-protein substances
2024-01, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2023.07.002
PMID:37482468
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research paper | 本文探讨了基于非蛋白质物质的反CRISPR研究进展，旨在开发有效的反CRISPR策略以减轻CRISPR-Cas系统的持久激活和脱靶效应问题 | 研究基于非蛋白质物质的反CRISPR策略，为解决CRISPR-Cas系统的潜在问题提供新思路 | NA | 开发有效的反CRISPR策略以减轻CRISPR-Cas系统的持久激活和脱靶效应 | 基于非蛋白质物质的反CRISPR策略 | 合成生物学 | NA | CRISPR | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1030 | 2024-08-07 |
Cas9-assisted biological containment of a genetically engineered human commensal bacterium and genetic elements
2024-Mar-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45893-w
PMID:38453913
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研究论文 | 本文介绍了一种基于Cas9辅助的生化抑制系统，用于控制遗传工程改造的人类共生细菌的生物安全 | 开发了一种结合胸苷营养缺陷、工程化核糖调节器（ER）和CRISPR装置（CD）的Cas9辅助生化抑制系统，有效防止了遗传元素的横向转移和转基因的扩散 | NA | 旨在为遗传工程改造的细菌提供强大的生物抑制，确保其在生物医学中的安全应用 | 人类肠道共生细菌Bacteroides thetaiotaomicron | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1031 | 2024-08-07 |
Affinity-assisted covalent self-assembly of PduQ-SpyTag and Nox-SpyCatcher to construct multi-enzyme complexes on the surface of magnetic microsphere modified with chelated Ni2
2024-Mar, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.129365
PMID:38218263
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research paper | 研究了PduQ-SpyTag和Nox-SpyCatcher在磁性微球表面通过亲和力和共价键自组装形成多酶复合体的特性 | 提出了一种在磁性珠表面自组装SpyTag/SpyCatcher融合蛋白的简单有效策略，为体外快速构建固定化多酶复合体提供了新方法 | NA | 设计并构建用于体外合成生物学的固定化多酶复合体系统 | PduQ-SpyTag和Nox-SpyCatcher在磁性微球表面的自组装特性及多酶复合体的共催化特性 | NA | NA | SpyTag/SpyCatcher共价结合 | NA | 磁性微球 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1032 | 2024-08-07 |
Enhancing l-Malic Acid Production in Aspergillus niger via Natural Activation of sthA Gene Expression
2024-Mar-06, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.3c09321
PMID:38407053
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研究论文 | 本研究通过激活sthA基因表达，提高了Aspergillus niger中l-苹果酸的生产效率 | 利用PmfsA启动子在发酵阶段特异表达sthA基因，显著提升了l-苹果酸的生产效率并减少了副产物 | 激活sthA基因表达导致孢子形成缺陷，限制了工业应用的可行性 | 提高l-苹果酸的合成效率并减少副产物积累 | Aspergillus niger中的l-苹果酸生产 | NA | NA | 生物发酵 | NA | NA | 5 L发酵罐中的表现 | NA | NA | NA | NA |
| 1033 | 2024-08-07 |
A synthetic biology approach to assemble and reboot clinically relevant Pseudomonas aeruginosa tailed phages
2024-Mar-05, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.02897-23
PMID:38294230
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研究论文 | 本研究采用合成生物学方法构建并重启针对临床相关假单胞菌的尾状噬菌体 | 开发了一种合成生物学方法，能够构建和重启自然界中无法感染特定菌株的噬菌体 | 噬菌体重启效率受噬菌体种类和细菌菌株中抗病毒防御系统的影响 | 构建临床相关的工程噬菌体，以解决抗生素耐药性问题 | 假单胞菌的尾状噬菌体 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | 涉及两种噬菌体（JG024和DMS3）和两种不同的假单胞菌菌株 | NA | NA | NA | NA |
| 1034 | 2024-08-07 |
Bacterial host adaptation through sequence and structural variations of a single type III effector gene
2024-Mar-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.109224
PMID:38439954
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研究论文 | 本研究揭示了单一III型效应基因序列和结构变异在细菌宿主适应中的分子机制 | 发现了XopJ6效应蛋白的自然变异体，该变异体通过单个残基替换破坏了与WRKY蛋白的相互作用，从而逃避免疫感知并保留部分毒力功能 | NA | 探讨病原体致病性数量变异的分子机制 | XopJ6效应蛋白及其在宿主适应中的作用 | NA | NA | 合成生物学 | NA | 基因序列 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1035 | 2024-08-07 |
Coiled-Coil Interaction Toolbox for Engineering Mammalian Cells
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3718-0_3
PMID:38441756
|
研究论文 | 本文介绍了用于哺乳动物细胞工程的卷曲螺旋（CC）肽设计工具箱及其在构建哺乳动物细胞中CC介导的逻辑电路的协议 | 卷曲螺旋肽作为调节蛋白质-蛋白质相互作用的独特有效工具，其结合特异性和亲和力可以被设计和控制 | NA | 开发用于合成生物学工具的卷曲螺旋肽，以调节蛋白质相互作用 | 哺乳动物细胞 | 合成生物学 | NA | 卷曲螺旋肽设计 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1036 | 2024-08-07 |
Mechanistic Model-Driven Biodesign in Mammalian Synthetic Biology
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3718-0_6
PMID:38441759
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综述 | 本文综述了数学模型在哺乳动物合成生物学中的应用，包括设计优化电路和工程生物过程，预测行为，以及指导实验设计 | 讨论了基因组规模模型、机器学习和网络遗传学在扩展模型驱动哺乳动物细胞生物设计能力中的机会 | NA | 探讨数学模型在哺乳动物合成生物学中的应用及其未来发展 | 哺乳动物合成生物学中的数学模型 | 合成生物学 | NA | NA | 数学模型 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1037 | 2024-08-07 |
A Directed Evolution Protocol for Engineering Minimal Transcription Factors, Based on CIS Display
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3718-0_1
PMID:38441754
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研究论文 | 本文介绍了一种基于CIS展示的定向进化方法，用于从非结合蛋白池中高效筛选功能性DNA结合蛋白 | 首次使用CIS展示技术筛选DNA结合蛋白，该技术避免了传统的克隆步骤，允许更大的文库规模 | 目前仅在筛选最小转录因子Cro中进行了验证，尚未广泛应用于其他DNA结合蛋白或转录因子的工程化 | 开发一种新的定向进化方法，用于高效筛选和工程化DNA结合蛋白 | DNA结合蛋白和转录因子 | 生物技术 | NA | CIS展示技术 | NA | DNA | 从低起始频率（1 in 10）中筛选最小转录因子Cro | NA | NA | NA | NA |
| 1038 | 2024-08-07 |
A Computational Modeling Approach for the Design of Genetic Control Systems that Respond to Transcriptional Activity
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3718-0_8
PMID:38441761
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研究论文 | 本文介绍了一种基于预测数学模型的系统方法，用于指导基于基因活性的传感器的设计和构建 | 该方法通过敏感性分析和参数扫描的迭代，实现用户驱动的电路优化，提供了一种通用的工程化方法来制造感应和响应细胞 | NA | 设计并优化能够响应转录活性的遗传控制系统 | 遗传电路在哺乳动物细胞中的实现 | 合成生物学 | NA | 预测数学建模 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1039 | 2024-08-07 |
A Mammalian-Based Synthetic Biology Toolbox to Engineer Membrane-Membrane Interfaces
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3718-0_4
PMID:38441757
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研究论文 | 本文介绍了一种基于哺乳动物的合成生物学平台，用于在细胞间区域工程化功能性膜-膜界面 | 开发了一种新的合成生物学平台，利用一对二聚化蛋白在无细胞和细胞环境中工程化功能性膜-膜界面 | NA | 旨在为合成生物学家提供一个工具，用于工程化新的细胞间信号传导和通信系统 | 细胞间膜-膜界面及其在细胞过程中的功能 | 合成生物学 | NA | 合成生物学 | 二聚化蛋白 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1040 | 2024-08-07 |
RNA Switches Using Cas Proteins
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3718-0_12
PMID:38441765
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研究论文 | 本文探讨了利用CRISPR-Cas系统中的Cas蛋白作为RNA结合蛋白（RBPs），通过在mRNA的5'UTR插入crRNA/sgRNA序列，实现基因翻译的可调控性 | 利用Cas蛋白的多样性作为触发蛋白，极大地扩展了合成生物学中的可用工具 | NA | 扩展哺乳动物细胞中可用的RNA结合蛋白数量，建立转录后调控电路 | CRISPR-Cas系统中的Cas蛋白及其在mRNA调控中的应用 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas系统 | NA | RNA | 使用HEK293FT细胞作为示例 | NA | NA | NA | NA |