合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1021	2024-08-07	Self-driving laboratories to autonomously navigate the protein fitness landscape 2024-Jan, Nature chemical engineering DOI:10.1038/s44286-023-00002-4 PMID:38468718	研究论文	本文介绍了用于全自动蛋白质工程的自主驾驶机器平台SAMPLE，该平台通过智能代理学习蛋白质序列-功能关系，设计新蛋白质并通过自动化机器人系统进行实验测试	提出了SAMPLE平台，实现了蛋白质工程的自动化和加速，提高了蛋白质设计的效率	NA	旨在通过自主驾驶实验室平台加速蛋白质工程，特别是提高糖苷水解酶的热稳定性	糖苷水解酶酶	蛋白质工程	NA	自动化机器人系统	智能代理	蛋白质序列	四个SAMPLE代理
1022	2024-08-07	Applications of designer phage encoding recombinant gene payloads 2024-03, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2023.09.008 PMID:37833198	研究论文	本文讨论了通过基因工程将重组基因有效载荷编码到噬菌体基因组中，以在细菌宿主中表达，从而影响噬菌体与细菌相互作用的潜在结果	本文探讨了在噬菌体疗法中使用合成生物学和DNA测序技术的新应用，特别是在多药耐药感染的治疗方面	文中指出，异源基因有效载荷的识别及其在转化相关应用中对细菌或人类细胞的影响仍未得到充分探索	研究目的是探索和分类重组基因有效载荷在噬菌体基因工程中的潜在应用	研究对象包括噬菌体、细菌以及通过基因工程引入的重组基因有效载荷	合成生物学	NA	DNA测序	NA	基因组数据	NA
1023	2024-08-07	Intellectual property and funding: fueling Chinese synbio 2024-03, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2023.10.012 PMID:37980185	研究论文	本文探讨了中国合成生物学领域中知识产权与资金支持的相互作用及其对创新和商业化的推动作用	强调知识产权与资金支持在中国合成生物学发展中的关键作用	NA	分析中国合成生物学领域的知识产权与资金支持的现状及其政策影响	中国合成生物学领域的知识产权与资金支持	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
1024	2024-08-07	Developing Ganoderma lucidum as a next-generation cell factory for food and nutraceuticals 2024-02, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2023.07.008 PMID:37659953	综述	本文探讨了利用现代合成生物学工具，通过分子策略解决Ganoderma lucidum中基因调控网络和同源重组频率低的瓶颈问题，以促进其作为食品和营养补充品的高效细胞工厂的开发	利用现代合成生物学技术，加速精确的多基因靶向和编辑，解开G. lucidum的生物合成机制	Ganoderma lucidum中强大的调控网络和低频率的同源重组限制了分子工具和精确遗传标记的发展	将Ganoderma lucidum转化为高效的细胞工厂，用于食品和营养补充品的生产	Ganoderma lucidum的生物合成机制和分子调控策略	NA	NA	合成生物学	NA	NA	NA
1025	2024-08-07	Plant Engineering to Enable Platforms for Sustainable Bioproduction of Terpenoids 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_1 PMID:38468079	综述	本文综述了利用植物工程技术开发可持续生产萜类化合物的平台，并强调了优化已知途径、细胞内途径的区室化以及为复杂生物合成途径工程开发的遗传工具等策略。	本文介绍了利用植物作为可持续生产平台，通过代谢工程和合成生物学技术，提高萜类化合物的产量和生产效率。	NA	开发可持续的解决方案，通过工程化宿主生物中的生物合成途径来生产萜类化合物。	萜类化合物及其在工业中的应用，如绿色溶剂、香料和香精、营养补充品、着色剂和治疗药物。	合成生物学	NA	代谢工程	NA	NA	NA
1026	2024-08-07	Construction of Xylose-Utilizing Cyanobacterial Chassis for Bioproduction Under Photomixotrophic Conditions 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_4 PMID:38468082	研究论文	本文通过合成生物学方法，以快速生长的蓝细菌Synechococcus elongatus UTEX 2973为例，构建了一种新的能够利用木糖的蓝细菌底盘，以增加乙酰辅酶A用于生物生产	本文首次开发了一种合成生物学方法，用于构建能够利用木糖的蓝细菌底盘	NA	开发一种新的合成生物学方法，用于构建能够利用木糖的蓝细菌底盘	蓝细菌Synechococcus elongatus UTEX 2973	合成生物学	NA	合成生物学	NA	NA	NA
1027	2024-08-07	Multiplex Marker-Less Genome Integration in Pichia pastoris Using CRISPR/Cas9 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_10 PMID:38468088	研究论文	本文利用CRISPR/Cas9系统在Pichia pastoris中实现多基因无标记整合，构建细胞工厂	首次在Pichia pastoris中应用CRISPR/Cas9系统进行多基因整合，为C1生物转化提供平台	NA	开发Pichia pastoris中的合成生物学工具，特别是多基因路径的操作	Pichia pastoris细胞工厂的构建	合成生物学	NA	CRISPR/Cas9	NA	NA	NA
1028	2024-08-07	Genome Editing, Transcriptional Regulation, and Forward Genetic Screening Using CRISPR-Cas12a Systems in Yarrowia lipolytica 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_11 PMID:38468089	研究论文	本文介绍了在工业相关的油质酵母Yarrowia lipolytica中使用CRISPR-Cas12a系统进行基因编辑、转录调控和功能基因组筛选的方法	开发了一套CRISPR-Cas12a载体，用于简单多重基因敲除、抑制和激活，并构建了一个全基因组范围的引导库，用于功能基因组筛选	NA	扩展CRISPR-Cas12a系统在工业重要宿主中的合成生物学工具	Yarrowia lipolytica中的基因编辑、转录调控和功能基因组筛选	合成生物学	NA	CRISPR-Cas12a	机器学习算法	基因组数据	全基因组范围的引导库，每个基因有八倍覆盖
1029	2024-08-07	A Machine Learning Approach for Predicting Essentiality of Metabolic Genes 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_20 PMID:38468098	研究论文	本文描述了一种使用二元分类算法预测代谢基因必需性的策略	该方法结合了基因组规模代谢模型、有向图和机器学习，形成了一个可以在小规模敲除数据上训练的预测模型	NA	识别必需基因，特别是在将原料转化为有价值产品的代谢途径工程中	代谢基因的必需性	机器学习	NA	二元分类算法	NA	基因组规模代谢模型数据	小规模敲除数据
1030	2024-08-07	Programming Juxtacrine-Based Synthetic Signaling Networks in a Cellular Potts Framework 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_17 PMID:38468095	research paper	本文开发了一种计算框架，使用模拟细胞系（ISCL）来设计和测试合成信号网络，以促进组织形成和形态发生	提出了一个包含基本可修改特征（如粘附、运动、生长和分裂）的模拟细胞系（ISCL），并能在其中快速工程化定制遗传电路以测试和改进不同的信号网络设计	NA	旨在重新编程高等真核细胞以促进组织形成和形态发生	合成生物学领域的合成发展	synthetic biology	NA	cellular Potts modeling	NA	NA	NA
1031	2024-08-07	Genetic Network Design Automation with LOICA 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_22 PMID:38468100	研究论文	介绍了一种名为LOICA的Python包，用于设计、建模和表征遗传网络，使用简单的面向对象设计抽象	LOICA通过将不同的生物学和实验组件表示为类，并利用Flapjack实验数据管理平台进行参数化，实现了遗传网络的高效设计和模拟	NA	开发和应用遗传设计自动化工具，以实现更复杂的合成遗传网络的高通量设计	遗传网络的设计和模拟	生物工程	NA	遗传设计自动化	面向对象设计抽象	实验数据	NA
1032	2024-08-07	Multimodal Control of Bacterial Gene Expression by Red and Blue Light 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_26 PMID:38468104	研究论文	本文详细介绍了使用pREDusk、pREDawn、pCrepusculo和pAurora光遗传电路通过红光和蓝光控制细菌基因表达的方法	利用光遗传技术实现对细胞事件和状态的光依赖性控制，具有可逆性、非侵入性和精细的时空精度	NA	探索光遗传技术在细胞生物学、合成生物学和生物技术中的创新应用	细菌基因表达的控制	合成生物学	NA	光遗传技术	NA	NA	NA
1033	2024-08-07	In Silico Design, In Vitro Construction, and In Vivo Application of Synthetic Small Regulatory RNAs in Bacteria 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_27 PMID:38468105	研究论文	本文介绍了一种计算预测和合成生物学方法，用于设计、构建和验证细菌中合成小调控RNA（sRNA）的功能	使用计算工具SEEDling匹配最佳种子区域与用户选择的sRNA骨架，以抑制目标mRNA，并通过Golden Gate克隆组装合成sRNA	仅以acrA mRNA在Escherichia coli中的抑制为例，未涵盖所有可能的应用场景	开发一种用于设计、构建和验证细菌中合成sRNA功能的方法	小调控RNA（sRNA）在细菌中的功能	合成生物学	NA	Golden Gate克隆	NA	RNA	以acrA mRNA在Escherichia coli中的抑制为例
1034	2024-08-07	In Vivo DNA Assembly Using the PEDA Method 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_24 PMID:38468102	研究论文	本文介绍了PEDA方法，一种在多种微生物中直接体内组装DNA片段的新技术	PEDA方法允许在体内组装具有短至5 bp同源序列的DNA片段，效率与体外DNA组装相当	NA	提供一种简单高效的DNA组装方法，促进合成生物学的发展	多种微生物如大肠杆菌、拉氏假单胞菌、假单胞菌、植物乳杆菌和亚罗利普酵母	合成生物学	NA	PEDA方法	NA	DNA片段	多种微生物
1035	2024-08-07	Machine Learning and Deep Learning in Synthetic Biology: Key Architectures, Applications, and Challenges 2024-Mar-05, ACS omega IF:3.7Q2 DOI:10.1021/acsomega.3c05913 PMID:38463314	综述	本文综述了机器学习（ML）和深度学习（DL）在合成生物学中的关键架构、应用和挑战	探讨了ML和DL在合成生物学中的协同作用，如利用DNA合成生成大数据集训练模型，以及利用ML/DL模型指导设计	描述了ML/DL和合成生物学发展中遇到的挑战及其解决方案	旨在探讨机器学习和深度学习在合成生物学中的应用及其面临的挑战	主要研究对象包括生物系统中的途径、酶和整个细胞	合成生物学	NA	机器学习（ML），深度学习（DL）	人工神经网络（ANNs）	DNA数据，显微镜数据，蛋白质结构数据	NA
1036	2024-08-07	Synthetic biology approach revealed enhancement in haeme oxygenase-1 gene expression by codon pair optimization while reduction by codon deoptimization 2024-Mar, Annals of medicine and surgery (2012) DOI:10.1097/MS9.0000000000001465 PMID:38463112	研究论文	本研究通过操纵密码子和密码子对偏倚，重新编码血红素氧合酶-1（HO-1）基因，以减少和增强HO-1基因表达，并评估了这些构建体在不同组织中的基因表达效果。	本研究首次通过密码子对优化和密码子去优化策略，有效调节HO-1基因表达，为基因治疗提供了新的方法。	本研究仅在实验室条件下评估了HO-1基因表达的调节效果，尚未进行临床试验验证其治疗效果。	研究旨在通过密码子使用偏倚和密码子对偏倚的操纵，调节HO-1基因表达，以治疗与HO-1表达失调相关的疾病。	研究对象为血红素氧合酶-1（HO-1）基因及其在脑、心、胰腺和肝脏中的表达。	合成生物学	NA	密码子使用分析	NA	基因序列	四个组织（脑、心、胰腺和肝脏）
1037	2024-08-07	Sustainable production of natural products using synthetic biology: Ginsenosides 2024-Mar, Journal of ginseng research IF:6.8Q1 DOI:10.1016/j.jgr.2023.12.006 PMID:38465212	综述	本文综述了利用合成生物学方法在微生物中生产人参皂苷的最新进展	合成生物学为大规模可持续生产具有生物活性的天然产物提供了新途径	NA	探讨合成生物学在生产具有增强治疗特性的人参皂苷中的应用	人参皂苷及其在医药领域的应用	合成生物学	NA	合成生物学	NA	NA	NA
1038	2024-08-07	Dynamic plasmid copy number control for synthetic biology 2024-02, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2023.08.004 PMID:37689527	research paper	本文研究了用于合成生物学的动态质粒拷贝数控制	本文提出了一种动态控制质粒拷贝数的方法，该方法可以灵活调节质粒中基因或遗传电路的表达	NA	研究动态质粒拷贝数控制在合成生物学中的应用	质粒拷贝数的动态控制	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
1039	2024-08-07	Anti-CRISPR with non-protein substances 2024-01, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2023.07.002 PMID:37482468	research paper	本文探讨了基于非蛋白质物质的反CRISPR研究进展，旨在开发有效的反CRISPR策略以减轻CRISPR-Cas系统的持久激活和脱靶效应问题	研究基于非蛋白质物质的反CRISPR策略，为解决CRISPR-Cas系统的潜在问题提供新思路	NA	开发有效的反CRISPR策略以减轻CRISPR-Cas系统的持久激活和脱靶效应	基于非蛋白质物质的反CRISPR策略	合成生物学	NA	CRISPR	NA	NA	NA
1040	2024-08-07	Cas9-assisted biological containment of a genetically engineered human commensal bacterium and genetic elements 2024-Mar-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45893-w PMID:38453913	研究论文	本文介绍了一种基于Cas9辅助的生化抑制系统，用于控制遗传工程改造的人类共生细菌的生物安全	开发了一种结合胸苷营养缺陷、工程化核糖调节器（ER）和CRISPR装置（CD）的Cas9辅助生化抑制系统，有效防止了遗传元素的横向转移和转基因的扩散	NA	旨在为遗传工程改造的细菌提供强大的生物抑制，确保其在生物医学中的安全应用	人类肠道共生细菌Bacteroides thetaiotaomicron	合成生物学	NA	CRISPR-Cas9	NA	NA	NA