合成生物学相关文章
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当前共找到 1128 篇文献，本页显示第 1041 - 1060 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1041 | 2024-08-07 |
In Silico Design, In Vitro Construction, and In Vivo Application of Synthetic Small Regulatory RNAs in Bacteria
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_27
PMID:38468105
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研究论文 | 本文介绍了一种计算预测和合成生物学方法，用于设计、构建和验证细菌中合成小调控RNA（sRNA）的功能 | 使用计算工具SEEDling匹配最佳种子区域与用户选择的sRNA骨架，以抑制目标mRNA，并通过Golden Gate克隆组装合成sRNA | 仅以acrA mRNA在Escherichia coli中的抑制为例，未涵盖所有可能的应用场景 | 开发一种用于设计、构建和验证细菌中合成sRNA功能的方法 | 小调控RNA（sRNA）在细菌中的功能 | 合成生物学 | NA | Golden Gate克隆 | NA | RNA | 以acrA mRNA在Escherichia coli中的抑制为例 | NA | NA | NA | NA |
| 1042 | 2024-08-07 |
In Vivo DNA Assembly Using the PEDA Method
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_24
PMID:38468102
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研究论文 | 本文介绍了PEDA方法，一种在多种微生物中直接体内组装DNA片段的新技术 | PEDA方法允许在体内组装具有短至5 bp同源序列的DNA片段，效率与体外DNA组装相当 | NA | 提供一种简单高效的DNA组装方法，促进合成生物学的发展 | 多种微生物如大肠杆菌、拉氏假单胞菌、假单胞菌、植物乳杆菌和亚罗利普酵母 | 合成生物学 | NA | PEDA方法 | NA | DNA片段 | 多种微生物 | NA | NA | NA | NA |
| 1043 | 2024-08-07 |
Machine Learning and Deep Learning in Synthetic Biology: Key Architectures, Applications, and Challenges
2024-Mar-05, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.3c05913
PMID:38463314
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综述 | 本文综述了机器学习（ML）和深度学习（DL）在合成生物学中的关键架构、应用和挑战 | 探讨了ML和DL在合成生物学中的协同作用，如利用DNA合成生成大数据集训练模型，以及利用ML/DL模型指导设计 | 描述了ML/DL和合成生物学发展中遇到的挑战及其解决方案 | 旨在探讨机器学习和深度学习在合成生物学中的应用及其面临的挑战 | 主要研究对象包括生物系统中的途径、酶和整个细胞 | 合成生物学 | NA | 机器学习（ML），深度学习（DL） | 人工神经网络（ANNs） | DNA数据，显微镜数据，蛋白质结构数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1044 | 2024-08-07 |
Synthetic biology approach revealed enhancement in haeme oxygenase-1 gene expression by codon pair optimization while reduction by codon deoptimization
2024-Mar, Annals of medicine and surgery (2012)
DOI:10.1097/MS9.0000000000001465
PMID:38463112
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研究论文 | 本研究通过操纵密码子和密码子对偏倚，重新编码血红素氧合酶-1（HO-1）基因，以减少和增强HO-1基因表达，并评估了这些构建体在不同组织中的基因表达效果。 | 本研究首次通过密码子对优化和密码子去优化策略，有效调节HO-1基因表达，为基因治疗提供了新的方法。 | 本研究仅在实验室条件下评估了HO-1基因表达的调节效果，尚未进行临床试验验证其治疗效果。 | 研究旨在通过密码子使用偏倚和密码子对偏倚的操纵，调节HO-1基因表达，以治疗与HO-1表达失调相关的疾病。 | 研究对象为血红素氧合酶-1（HO-1）基因及其在脑、心、胰腺和肝脏中的表达。 | 合成生物学 | NA | 密码子使用分析 | NA | 基因序列 | 四个组织（脑、心、胰腺和肝脏） | NA | NA | NA | NA |
| 1045 | 2024-08-07 |
Sustainable production of natural products using synthetic biology: Ginsenosides
2024-Mar, Journal of ginseng research
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.jgr.2023.12.006
PMID:38465212
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综述 | 本文综述了利用合成生物学方法在微生物中生产人参皂苷的最新进展 | 合成生物学为大规模可持续生产具有生物活性的天然产物提供了新途径 | NA | 探讨合成生物学在生产具有增强治疗特性的人参皂苷中的应用 | 人参皂苷及其在医药领域的应用 | 合成生物学 | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1046 | 2024-08-07 |
Dynamic plasmid copy number control for synthetic biology
2024-02, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2023.08.004
PMID:37689527
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research paper | 本文研究了用于合成生物学的动态质粒拷贝数控制 | 本文提出了一种动态控制质粒拷贝数的方法，该方法可以灵活调节质粒中基因或遗传电路的表达 | NA | 研究动态质粒拷贝数控制在合成生物学中的应用 | 质粒拷贝数的动态控制 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1047 | 2024-08-07 |
Anti-CRISPR with non-protein substances
2024-01, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2023.07.002
PMID:37482468
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research paper | 本文探讨了基于非蛋白质物质的反CRISPR研究进展，旨在开发有效的反CRISPR策略以减轻CRISPR-Cas系统的持久激活和脱靶效应问题 | 研究基于非蛋白质物质的反CRISPR策略，为解决CRISPR-Cas系统的潜在问题提供新思路 | NA | 开发有效的反CRISPR策略以减轻CRISPR-Cas系统的持久激活和脱靶效应 | 基于非蛋白质物质的反CRISPR策略 | 合成生物学 | NA | CRISPR | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1048 | 2024-08-07 |
Affinity-assisted covalent self-assembly of PduQ-SpyTag and Nox-SpyCatcher to construct multi-enzyme complexes on the surface of magnetic microsphere modified with chelated Ni2
2024-Mar, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.129365
PMID:38218263
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research paper | 研究了PduQ-SpyTag和Nox-SpyCatcher在磁性微球表面通过亲和力和共价键自组装形成多酶复合体的特性 | 提出了一种在磁性珠表面自组装SpyTag/SpyCatcher融合蛋白的简单有效策略，为体外快速构建固定化多酶复合体提供了新方法 | NA | 设计并构建用于体外合成生物学的固定化多酶复合体系统 | PduQ-SpyTag和Nox-SpyCatcher在磁性微球表面的自组装特性及多酶复合体的共催化特性 | NA | NA | SpyTag/SpyCatcher共价结合 | NA | 磁性微球 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1049 | 2024-08-07 |
Enhancing l-Malic Acid Production in Aspergillus niger via Natural Activation of sthA Gene Expression
2024-Mar-06, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.3c09321
PMID:38407053
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研究论文 | 本研究通过激活sthA基因表达，提高了Aspergillus niger中l-苹果酸的生产效率 | 利用PmfsA启动子在发酵阶段特异表达sthA基因，显著提升了l-苹果酸的生产效率并减少了副产物 | 激活sthA基因表达导致孢子形成缺陷，限制了工业应用的可行性 | 提高l-苹果酸的合成效率并减少副产物积累 | Aspergillus niger中的l-苹果酸生产 | NA | NA | 生物发酵 | NA | NA | 5 L发酵罐中的表现 | NA | NA | NA | NA |
| 1050 | 2024-08-07 |
Bacterial host adaptation through sequence and structural variations of a single type III effector gene
2024-Mar-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.109224
PMID:38439954
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研究论文 | 本研究揭示了单一III型效应基因序列和结构变异在细菌宿主适应中的分子机制 | 发现了XopJ6效应蛋白的自然变异体，该变异体通过单个残基替换破坏了与WRKY蛋白的相互作用，从而逃避免疫感知并保留部分毒力功能 | NA | 探讨病原体致病性数量变异的分子机制 | XopJ6效应蛋白及其在宿主适应中的作用 | NA | NA | 合成生物学 | NA | 基因序列 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1051 | 2024-08-07 |
Coiled-Coil Interaction Toolbox for Engineering Mammalian Cells
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3718-0_3
PMID:38441756
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研究论文 | 本文介绍了用于哺乳动物细胞工程的卷曲螺旋（CC）肽设计工具箱及其在构建哺乳动物细胞中CC介导的逻辑电路的协议 | 卷曲螺旋肽作为调节蛋白质-蛋白质相互作用的独特有效工具，其结合特异性和亲和力可以被设计和控制 | NA | 开发用于合成生物学工具的卷曲螺旋肽，以调节蛋白质相互作用 | 哺乳动物细胞 | 合成生物学 | NA | 卷曲螺旋肽设计 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1052 | 2024-08-07 |
Mechanistic Model-Driven Biodesign in Mammalian Synthetic Biology
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3718-0_6
PMID:38441759
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综述 | 本文综述了数学模型在哺乳动物合成生物学中的应用，包括设计优化电路和工程生物过程，预测行为，以及指导实验设计 | 讨论了基因组规模模型、机器学习和网络遗传学在扩展模型驱动哺乳动物细胞生物设计能力中的机会 | NA | 探讨数学模型在哺乳动物合成生物学中的应用及其未来发展 | 哺乳动物合成生物学中的数学模型 | 合成生物学 | NA | NA | 数学模型 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1053 | 2024-08-07 |
A Computational Modeling Approach for the Design of Genetic Control Systems that Respond to Transcriptional Activity
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3718-0_8
PMID:38441761
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研究论文 | 本文介绍了一种基于预测数学模型的系统方法，用于指导基于基因活性的传感器的设计和构建 | 该方法通过敏感性分析和参数扫描的迭代，实现用户驱动的电路优化，提供了一种通用的工程化方法来制造感应和响应细胞 | NA | 设计并优化能够响应转录活性的遗传控制系统 | 遗传电路在哺乳动物细胞中的实现 | 合成生物学 | NA | 预测数学建模 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1054 | 2024-08-07 |
A Mammalian-Based Synthetic Biology Toolbox to Engineer Membrane-Membrane Interfaces
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3718-0_4
PMID:38441757
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研究论文 | 本文介绍了一种基于哺乳动物的合成生物学平台，用于在细胞间区域工程化功能性膜-膜界面 | 开发了一种新的合成生物学平台，利用一对二聚化蛋白在无细胞和细胞环境中工程化功能性膜-膜界面 | NA | 旨在为合成生物学家提供一个工具，用于工程化新的细胞间信号传导和通信系统 | 细胞间膜-膜界面及其在细胞过程中的功能 | 合成生物学 | NA | 合成生物学 | 二聚化蛋白 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1055 | 2024-08-07 |
RNA Switches Using Cas Proteins
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3718-0_12
PMID:38441765
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研究论文 | 本文探讨了利用CRISPR-Cas系统中的Cas蛋白作为RNA结合蛋白（RBPs），通过在mRNA的5'UTR插入crRNA/sgRNA序列，实现基因翻译的可调控性 | 利用Cas蛋白的多样性作为触发蛋白，极大地扩展了合成生物学中的可用工具 | NA | 扩展哺乳动物细胞中可用的RNA结合蛋白数量，建立转录后调控电路 | CRISPR-Cas系统中的Cas蛋白及其在mRNA调控中的应用 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas系统 | NA | RNA | 使用HEK293FT细胞作为示例 | NA | NA | NA | NA |
| 1056 | 2024-08-07 |
Detection of MicroRNAs Using Synthetic Toehold Switch in Mammalian Cells
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3718-0_16
PMID:38441769
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研究论文 | 本文设计了一种新型合成脚趾开关，用于检测CHO、HeLa、HEK 293和MDA-MB-231乳腺癌细胞中表达的外源和内源miRNAs | 首次设计和利用miRNA基的脚趾开关，特别是在真核翻译控制方面 | NA | 开发基于RNA的开关平台，用于报告细胞发展和疾病中的动态细胞机制 | miR-155和miR-21的检测 | 合成生物学 | 乳腺癌 | 合成脚趾开关 | NA | RNA | CHO、HeLa、HEK 293和MDA-MB-231乳腺癌细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1057 | 2024-08-07 |
Advances in the Application of Single-Cell Transcriptomics in Plant Systems and Synthetic Biology
2024, Biodesign research
DOI:10.34133/bdr.0029
PMID:38435807
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综述 | 本文综述了单细胞转录组测序（scRNA-seq）在植物系统和合成生物学中的应用进展 | scRNA-seq技术能够揭示植物细胞层面上的高分辨率基因表达模式和细胞类型异质性，为植物系统设计和合成生物学提供新知识 | 目前scRNA-seq技术在植物中的应用仅限于少数物种，未来技术进步将降低成本并加速其在植物中的应用 | 探讨scRNA-seq在植物系统生物学和植物合成生物学研究中的应用，并讨论其挑战和机遇 | 植物系统和合成生物学 | 合成生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 已应用于有限数量的植物物种，包括模型植物、农作物和生物能源作物 | NA | NA | NA | NA |
| 1058 | 2024-08-07 |
Microbial production of N-acetyl-D-glucosamine (GlcNAc) for versatile applications: Biotechnological strategies for green process development
2024-Feb, Carbohydrate research
IF:2.4Q2
DOI:10.1016/j.carres.2024.109039
PMID:38277719
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综述 | 本文综述了利用微生物生产N-乙酰-D-氨基葡萄糖（GlcNAc）的生物技术策略，以及其在制药、食品、化妆品和生物燃料行业的广泛应用 | 介绍了利用代谢工程和合成生物学的新技术，如底物共利用策略、启动子工程和CRISPR干扰系统，来提高GlcNAc的产量和降低生产成本 | 需要进一步的过程优化、代谢通量优化和从培养基中高效回收GlcNAc，以实现高产品产量的目标 | 探讨微生物工程在生产重要药物中的潜在应用，并推动未来研究方向的发展 | N-乙酰-D-氨基葡萄糖（GlcNAc）的生产和应用 | 生物技术 | NA | 代谢工程，合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1059 | 2024-08-07 |
Highly-Adaptable Optothermal Nanotweezers for Trapping, Sorting, and Assembling across Diverse Nanoparticles
2024-Mar, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202309143
PMID:37944998
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研究论文 | 本文介绍了一种高度适应性的光热纳米镊子（HAONTs），通过精确调节扩散泳和热渗透流在光热响应金膜边界层中的流动，能够操纵小至亚10纳米的单个纳米粒子，并引入了一种新颖的光热环形涡旋（DSV）捕获策略，实现了细胞与纳米粒子之间的新型物理相互作用。 | 本文设计了高度适应性的光热纳米镊子（HAONTs），并引入了新颖的光热环形涡旋（DSV）捕获策略，实现了对多种纳米粒子的通用和生物相容性操纵。 | NA | 开发一种通用且生物相容的工具，用于操纵不同大小、电荷和材料的纳米粒子。 | 纳米粒子的捕获、分类和组装。 | 纳米光子学 | NA | 光热响应金膜 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1060 | 2024-08-07 |
Structure-function analysis of the cyclic β-1,2-glucan synthase from Agrobacterium tumefaciens
2024-Feb-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45415-8
PMID:38418509
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研究论文 | 研究了来自Agrobacterium tumefaciens的环状β-1,2-葡聚糖合酶（Cgs）的结构与功能 | 揭示了CβG合成的独特机制，使用酪氨酸连接的低聚糖中间体在葡聚糖链的聚合和加工循环中 | NA | 阐明CβG合成的机制并探索对抗依赖多糖毒力因子的病原体的可能性 | 环状β-1,2-葡聚糖合酶（Cgs）及其合成机制 | 微生物学 | NA | 冷冻电子显微镜（cryo-EM） | NA | 蛋白质结构 | NA | NA | NA | NA | NA |