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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1061 | 2024-08-07 |
The dynamic-process characterization and prediction of synthetic gene circuits by dynamic delay model
2024-Mar-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.109142
PMID:38384832
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研究论文 | 本文提出了一种动态延迟模型(DDM),用于描述和预测合成基因电路的动态过程 | 首次提供了动态确定函数的详细公式,并提出了一种通过微流控系统测量合成元件参数的方法 | NA | 旨在通过动态延迟模型提高合成基因电路预测的准确性 | 合成基因电路的动态行为及其参数测量 | 合成生物学 | NA | 微流控系统 | 动态延迟模型 | NA | 包括8个激活子和5个抑制子 | NA | NA | NA | NA |
| 1062 | 2024-08-07 |
A MoClo-Compatible Toolbox of ECF Sigma Factor-Based Regulatory Switches for Proteobacterial Chassis
2024, Biodesign research
DOI:10.34133/bdr.0025
PMID:38384496
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研究论文 | 本文展示了alpha变形菌作为植物相关合成生物学底盘的潜力,并识别了一组可在两种细菌宿主中使用的正交ECF基调控因子,用于创建2步延迟电路。 | 本文首次在alpha变形菌中应用ECF sigma因子作为正交调控元件,并提供了一个与Golden Gate (MoClo)克隆标准兼容的工具箱,以促进ECF基电路在不同物种中的构建。 | NA | 构建一个上下文无关且跨物种的ECF基工具箱,用于合成生物学应用。 | alpha变形菌和gamma变形菌中的ECF sigma因子调控元件。 | 合成生物学 | NA | Golden Gate (MoClo)克隆 | NA | 基因电路 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1063 | 2024-08-07 |
A non-equilibrium dissipation system with tunable molecular fuel flux
2024-Feb-22, Nanoscale
IF:5.8Q1
DOI:10.1039/d3nr06136a
PMID:38334944
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研究论文 | 本文报道了一种基于动态DNA纳米技术的仿生耗散系统,该系统具有可调节的分子燃料通量 | 通过调节链置换和酶反应速率,控制燃料通量并进一步调节非平衡瞬态状态的强度,实现了对金纳米粒子动态组装和解组的调控 | NA | 展示一种具有可调节分子燃料通量的耗散系统,并探讨其在生物仿生学、合成生物学、智能材料、生物传感及人工细胞等领域的应用潜力 | 仿生耗散系统及其在金纳米粒子组装和解组中的应用 | 合成生物学 | NA | 动态DNA纳米技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1064 | 2024-08-07 |
Efficient assembly of a synthetic attenuated SARS-CoV-2 genome in Saccharomyces cerevisiae using multi-copy yeast vectors
2024, Journal of genetics
IF:1.4Q4
PMID:38379228
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研究论文 | 本文研究了在多拷贝酵母载体中高效组装合成减毒SARS-CoV-2基因组的方法 | 首次尝试在多拷贝载体中进行大型多片段组装,并开发了一套工具包,使研究人员能够在单拷贝和多拷贝载体之间无缝过渡 | NA | 评估在单拷贝和多拷贝载体系统中组装28 kb减毒SARS-CoV-2基因组的效率 | SARS-CoV-2减毒基因组的组装 | 合成生物学 | NA | 同源重组 | NA | DNA | 10个片段 | NA | NA | NA | NA |
| 1065 | 2024-08-07 |
All-in-one IQ toggle switches with high versatilities for fine-tuning of transgene expression in mammalian cells and tissues
2024-Mar-14, Molecular therapy. Methods & clinical development
DOI:10.1016/j.omtm.2024.101202
PMID:38374964
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研究论文 | 本文介绍了一种新型转基因开关SIQ,该开关将所有基因切换元素集成到一个单一载体中,具有高效率和避免转基因泄漏的特点 | SIQ开关具有高效率和避免转基因泄漏的特点,并且可以通过单一构建体进行瞬时转染、建立稳定细胞系以及同时生产用于细胞和哺乳动物组织转导的腺病毒 | NA | 开发一种新型的转基因开关,用于基因和细胞基础的生物学研究和精准医学 | 转基因表达在哺乳动物细胞和组织中的精细调控 | 基因工程 | NA | 转基因技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1066 | 2024-08-07 |
Strategies on biosynthesis and production of bioactive compounds in medicinal plants
2024-Jan, Chinese herbal medicines
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.chmed.2023.01.007
PMID:38375043
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综述 | 本文总结了药用植物中天然产物生物合成和生产的策略与方法 | 介绍了基于多种“OMICS”技术的遗传工程、植物细胞培养工程、代谢工程和合成生物学在药用植物天然产物生物合成中的应用 | NA | 促进药用植物的保护和可持续利用 | 药用植物中的天然产物 | NA | NA | 遗传工程、植物细胞培养工程、代谢工程、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1067 | 2024-08-07 |
Precise integration of large DNA sequences in plant genomes using PrimeRoot editors
2024-Feb, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01769-w
PMID:37095350
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研究论文 | 本文介绍了一种名为PrimeRoot的基因编辑方法,用于在植物基因组中精确插入大型DNA片段 | PrimeRoot编辑器采用了优化的引导RNA设计、增强的植物编辑器和先进的重组酶,能够实现高达11.1千碱基的精确DNA插入 | NA | 开发一种技术,用于在植物基因组中精确插入大型DNA片段,以促进农业特性和信号及代谢途径的引入 | 植物基因组和基因调控元件 | 基因编辑 | NA | PrimeRoot编辑器 | NA | DNA序列 | 在Kitaake水稻中进行了基因盒的整合,获得了含有预期插入的编辑植物,效率为6.3% | NA | NA | NA | NA |
| 1068 | 2024-08-07 |
A genetic toolbox to empower Paracoccus pantotrophus DSM 2944 as a metabolically versatile SynBio chassis
2024-Feb-15, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-024-02325-0
PMID:38360576
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研究论文 | 本研究旨在将Paracoccus pantotrophus DSM 2944转化为高效的合成生物学底盘,并开发了一套遗传工具箱以实现基因编辑和多种应用的可能性 | 成功开发了一套遗传工具箱,包括抗生素抗性分析、复制起点选择、基因转移方法评估、基因删除和整合技术,以及适应性实验室进化,以增强底盘的代谢多样性和应用潜力 | NA | 将Paracoccus pantotrophus DSM 2944发展为高效的合成生物学底盘 | Paracoccus pantotrophus DSM 2944的遗传改造和应用潜力 | 合成生物学 | NA | 基因编辑 | NA | 基因组数据 | 单个菌株Paracoccus pantotrophus DSM 2944 | NA | NA | NA | NA |
| 1069 | 2024-08-07 |
Choreographing root architecture and rhizosphere interactions through synthetic biology
2024-Feb-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45272-5
PMID:38355570
|
研究论文 | 本文探讨了通过合成生物学技术调控植物根系结构及其与根际微生物相互作用,以应对气候变化对全球粮食安全和生物能源的威胁 | 利用合成遗传电路技术控制植物根系结构和功能及其相关微生物群落,为培育适应气候变化的作物提供新策略 | NA | 通过合成生物学技术改善植物根系及其与根际微生物的相互作用,以增强作物对气候变化的适应性 | 植物根系结构、根系分泌物及根表微生物活性 | 合成生物学 | NA | 合成遗传电路 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1070 | 2024-08-07 |
Use of Cas9 Targeting and Red Recombination for Designer Phage Engineering
2024-Jan, Journal of microbiology (Seoul, Korea)
DOI:10.1007/s12275-024-00107-2
PMID:38300409
|
研究论文 | 本文报道了一种直接的基因组工程方法,用于在模型细菌病原体铜绿假单胞菌中高效获得工程噬菌体 | 利用Streptococcus pyogenes Cas9和λRed重组系统开发了一种新的设计噬菌体工程方法 | NA | 开发一种高效的基因组工程方法,用于创建设计噬菌体 | 铜绿假单胞菌中的工程噬菌体 | 合成生物学 | NA | Cas9靶向和Red重组 | NA | 基因组数据 | 使用了铜绿假单胞菌PAO1菌株和温和噬菌体MP29 | NA | NA | NA | NA |
| 1071 | 2024-08-07 |
An open-source, 3D printed inkjet DNA synthesizer
2024-02-14, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-53944-x
PMID:38355610
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研究论文 | 本文介绍了一种开源的3D打印喷墨DNA合成器(OpenIDS),该设备利用3D打印、Arduino和Raspberry Pi技术,实现了高密度寡核苷酸的合成,具有易于构建、快速部署和灵活扩展的特点。 | OpenIDS采用开源设计和3D打印技术,降低了生产成本,并允许用户根据研究需求自由修改结构和添加打印头。 | NA | 开发一种成本低廉、易于构建和操作的DNA合成设备,以支持生物学领域的研究。 | 开源喷墨DNA合成器的设计、构建和性能验证。 | 合成生物学 | NA | 3D打印, Arduino, Raspberry Pi | NA | 寡核苷酸 | 在15×25毫米的硅片上合成了144个点的寡核苷酸 | NA | NA | NA | NA |
| 1072 | 2024-08-07 |
Synthetic biology for combating leishmaniasis
2024, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2024.1338749
PMID:38362504
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research paper | 本文综述了合成生物学在开发针对利什曼病的疫苗、诊断工具和新疗法方面的最新进展 | 合成生物学作为一个快速发展的跨学科领域,为对抗利什曼病提供了新的有效策略 | NA | 探讨合成生物学在治疗利什曼病中的应用 | 利什曼病的疫苗、诊断工具和新疗法 | NA | neglected tropical disease | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1073 | 2024-08-07 |
Liquid-Liquid phase separation in bacteria
2024-Apr, Microbiological research
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.micres.2024.127627
PMID:38262205
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综述 | 本文综述了液体-液体相分离(LLPS)在细菌中的分子机制及其在合成生物学中的应用前景 | 发现细菌中的无膜细胞器通过液体-液体相分离(LLPS)机制进行组装,并在合成生物学中具有潜在应用 | NA | 探讨LLPS在细菌中的分子机制及其在合成生物学中的应用 | 细菌中的无膜细胞器及LLPS机制 | NA | NA | 液体-液体相分离(LLPS) | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1074 | 2024-08-07 |
A robust yeast chassis: comprehensive characterization of a fast-growing Saccharomyces cerevisiae
2024-Feb-14, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.03196-23
PMID:38214535
|
研究论文 | 本研究全面描述了一种新型快速生长酵母菌株XP的特性,并通过基因组、转录组和代谢组分析揭示了其快速生长的机制 | 开发了一种遗传可塑性强的快速生长酵母菌株XP,并构建了用于遗传操作的工具箱,用于高效生产l-乳酸 | NA | 探索和优化用于合成生物学的稳健底盘 | 新型快速生长酵母菌株XP及其遗传操作工具箱 | 合成生物学 | NA | 基因组分析、转录组分析、代谢组分析 | NA | 基因组数据、转录组数据、代谢组数据 | 一种新型酵母菌株XP | NA | NA | NA | NA |
| 1075 | 2024-08-07 |
Protein-Rich Rafts in Hybrid Polymer/Lipid Giant Unilamellar Vesicles
2024-Feb-12, Biomacromolecules
IF:5.5Q1
DOI:10.1021/acs.biomac.3c00972
PMID:38190609
|
研究论文 | 本文介绍了在混合聚合物/脂质巨型单层囊泡(GUVs)中共同重组质子泵氧化酶和质子消耗ATP合酶的方法 | 本文提出了一种新的重组方法,通过融合/电形成技术,允许定制重组协议和控制囊泡大小,并提供了蛋白质标记的合成机制,模拟自然界中的相分离和蛋白质隔离 | 目前该方法主要限于天然脂质,对复杂和敏感的膜蛋白的同时插入仍具有实验挑战性 | 研究脂质筏在细胞功能中的作用,并开发一种合成替代方法来模拟细胞行为 | 质子泵氧化酶和质子消耗ATP合酶在混合聚合物/脂质巨型单层囊泡中的重组 | NA | NA | 融合/电形成技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1076 | 2024-08-07 |
De novo design of modular protein hydrogels with programmable intra- and extracellular viscoelasticity
2024-Feb-06, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2309457121
PMID:38289949
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研究论文 | 本文利用计算设计方法,研究了蛋白质水凝胶的宏观粘弹性与其分子参数之间的关系 | 通过计算设计异二聚体可逆交联同寡聚体组件,实现了水凝胶在静止和低剪切下呈现流体特性,在高频率下呈现固体特性的独特行为 | NA | 探究蛋白质水凝胶的宏观粘弹性与其分子参数之间的关系 | 蛋白质水凝胶的分子参数及其宏观粘弹性 | 生物医学工程 | NA | 计算设计 | NA | 蛋白质水凝胶 | 涉及2、5、24或120个蛋白质组件的同寡聚体 | NA | NA | NA | NA |
| 1077 | 2024-08-07 |
Enhancing circuit stability under growth feedback with supplementary repressive regulation
2024-Feb-09, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad1233
PMID:38164993
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research paper | 本文提出了一种通过在生长敏感的双稳态电路中加入抑制边来增强电路稳定性的策略 | 通过模拟和体外实验,展示了这种额外的抑制节点如何稳定蛋白质水平并增强双稳态电路对生长反馈的鲁棒性 | NA | 实现电路性能的稳健性,稳定和隔离电路行为以抵抗生长变化 | 生长敏感的双稳态电路及其在生长反馈下的稳定性 | synthetic biology | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1078 | 2024-08-07 |
Efficient natural plasmid transformation of Vibrio natriegens enables zero-capital molecular biology
2024-Feb, PNAS nexus
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/pnasnexus/pgad444
PMID:38352175
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研究论文 | 本文介绍了一种高效的自然转化方法,用于在Vibrio natriegens中进行质粒转化,无需额外设备,实现了零成本分子生物学操作 | 开发了一种新的最小化竞争媒体(MCM),使用乙酸盐作为能源,使得细胞在同一媒体中完成创建、转化和恢复,无需更换或添加新鲜媒体 | NA | 探索Vibrio natriegens作为低成本和高可扩展性合成生物学底盘的潜力 | Vibrio natriegens的自然转化能力及其在合成生物学中的应用 | 合成生物学 | NA | 自然转化 | NA | DNA | 10 cfu/μg | NA | NA | NA | NA |
| 1079 | 2024-08-07 |
Minimizing endogenous cryptic plasmids to construct antibiotic-free expression systems for Escherichia coli Nissle 1917
2024-Mar, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2024.01.006
PMID:38348398
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研究论文 | 本研究通过工程化改造内源隐蔽性质粒pMUT1和pMUT2,构建了无需抗生素的表达系统,用于Nissle 1917大肠杆菌 | 本研究创新性地移除了非必需元素,并构建了合成启动子,实现了无需抗生素的表达系统 | NA | 解决Nissle 1917大肠杆菌依赖抗生素维持质粒基因的问题 | Nissle 1917大肠杆菌及其内源隐蔽性质粒pMUT1和pMUT2 | 合成生物学 | NA | 质粒工程化改造 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1080 | 2024-08-07 |
Transcriptomic and physiological analysis of the response of Spirodela polyrrhiza to sodium nitroprusside
2024-Feb-08, BMC plant biology
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12870-024-04766-6
PMID:38331719
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研究论文 | 研究了Spirodela polyrrhiza对硝普钠(SNP)的转录组和生理反应 | 揭示了SNP处理后S. polyrrhiza中代谢通量重新定向至淀粉合成和黄酮类化合物合成途径的机制 | NA | 探究SNP对S. polyrrhiza生长和代谢通量的影响及其分子机制 | Spirodela polyrrhiza对硝普钠的反应 | 合成生物学 | NA | 转录组分析 | NA | 转录组数据 | 2776个差异表达基因(1425个上调和1351个下调) | NA | NA | NA | NA |