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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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1121 | 2024-08-07 |
Towards a hybrid model-driven platform based on flux balance analysis and a machine learning pipeline for biosystem design
2024-Mar, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2023.12.004
PMID:38234412
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研究论文 | 本研究提出并严格评估了一种基于通量平衡分析和机器学习管道的混合模型驱动的生物系统设计平台 | 首次全面探索了代谢模型与机器学习框架的集成,并充分利用了通量组数据 | NA | 旨在揭示基因型、表型与环境之间复杂关系的下一代系统与合成生物学工具 | 代谢模型与机器学习技术的集成及其在生物系统设计中的应用 | 合成生物学 | NA | 机器学习 | 混合模型 | 通量组数据 | 涉及六个目标基因的过表达和七个目标基因的敲除实验 |
1122 | 2024-08-07 |
IMP: bridging the gap for medicinal plant genomics
2024-Jan-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad898
PMID:37870445
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研究论文 | 开发了一个名为IMP的综合平台,用于整合和分析药用植物的基因组和转录组数据 | IMP平台整合了大量药用植物的基因组和转录组数据,并提供了10个分析模块,便于用户一站式查询基因注释、序列、功能、分布和表达 | NA | 旨在解决药用植物基因组和转录组数据利用不足的问题,推动合成生物学和药物发现领域的发展 | 药用植物的基因组和转录组数据 | 基因组学 | NA | 基因组测序,转录组测序 | NA | 基因组数据,转录组数据 | 84个高质量基因组,2156个转录组测序样本 |
1123 | 2024-08-07 |
Regulation of genes encoding polysaccharide-degrading enzymes in Penicillium
2024-Dec, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-023-12892-8
PMID:38170318
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综述 | 本文综述了Penicillium真菌中植物多糖降解酶(PPDEs)的分布、功能及其生物合成调控机制,并介绍了通过分子育种提高PPDE产量Penicillium菌株的研究进展。 | 本文更新了关于PPDE生物合成调控机制和PPDE高产Penicillium菌株育种的最新研究进展。 | NA | 促进基于PPDE的工业生物炼制应用。 | Penicillium真菌中的植物多糖降解酶(PPDEs)及其调控机制。 | NA | NA | 分子育种 | NA | NA | NA |
1124 | 2024-08-07 |
Microbial host engineering for sustainable isobutanol production from renewable resources
2024-Dec, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-023-12821-9
PMID:38175234
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综述 | 本文综述了利用遗传工程技术提高微生物宿主从可再生资源生产异丁醇的策略和合成生物学方法 | 利用遗传工程技术增强微生物宿主生产异丁醇的能力 | 工程化微生物宿主面临的挑战,如有限的底物范围、对溶剂或抑制剂的低耐受性等 | 探讨提高从可再生资源生产异丁醇的效率 | 异丁醇作为生物燃料的生产 | 生物工程 | NA | 遗传工程技术 | NA | NA | NA |
1125 | 2024-08-07 |
Heterologous expression of Arabidopsis laccase2, laccase4 and peroxidase52 driven under developing xylem specific promoter DX15 improves saccharification in populus
2024-Jan-13, Biotechnology for biofuels and bioproducts
IF:3.3Q3
DOI:10.1186/s13068-023-02452-7
PMID:38218877
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研究论文 | 本研究通过异源表达拟南芥的Laccase2、Laccase4和Peroxidase52基因,并使用DX15启动子驱动其在杨树中的表达,以提高杨树的糖化效率。 | 首次在杨树中异源表达拟南芥的Laccase和Peroxidase基因,以优化木质纤维素生物质的糖化效率,为生物燃料生产提供可持续解决方案。 | NA | 研究特定Laccase和Peroxidase基因在杨树木材形成中的作用,并探讨其表达变化如何影响生物质抗性和植物生长。 | 拟南芥的Laccase2、Laccase4和Peroxidase52基因在杨树中的表达及其对生物质糖化效率的影响。 | 植物生物技术 | NA | 异源表达 | NA | 基因表达数据 | 转基因杨树株系 |
1126 | 2024-08-07 |
Engineering a Plant Polyketide Synthase for the Biosynthesis of Methylated Flavonoids
2024-Jan-10, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.3c06785
PMID:38109879
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研究论文 | 本研究通过工程化植物聚酮合酶,提高了O-甲基化黄酮类化合物的生物合成效率 | 通过构建突变体变异,成功提高了homoeriodictyol和hesperetin的产量,分别为之前的2倍和10倍 | NA | 提高O-甲基化黄酮类化合物的生物合成效率 | 植物聚酮合酶及其在微生物中的应用 | 生物工程 | NA | 晶体结构分析 | NA | 蛋白质结构 | 涉及多种酶和突变体变异 |
1127 | 2024-08-07 |
Recent progress in engineering Clostridium autoethanogenum to synthesize the biochemicals and biocommodities
2024-Mar, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2023.12.001
PMID:38205027
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综述 | 本文综述了利用合成生物学工具改进Clostridium autoethanogenum代谢能力,以通过气体发酵可持续生产生物化学品和生物燃料的最新进展 | 介绍了合成生物学工具在改进Clostridium autoethanogenum代谢能力方面的应用 | NA | 总结Clostridium autoethanogenum的生理机制和菌株工程的最新进展,并展望其基础生物学和工程生物学的未来发展 | Clostridium autoethanogenum的生理机制和菌株工程 | 生物工程 | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA |
1128 | 2024-08-07 |
Construction and characterization of a temperature-sensitive pRC4 replicon for Rhodococcus and Gordonia
2024-Feb-20, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2023.147990
PMID:37977321
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研究论文 | 本文报道了在Rhodococcus和Gordonia中构建并表征了一种温度敏感的pRC4复制子 | 首次在Gordonia中构建了温度敏感的pRC4复制子,并通过分子模拟验证了其温度敏感性 | NA | 开发适用于Rhodococcus和Gordonia的温度敏感质粒,用于基因组工程和合成生物学应用 | Rhodococcus和Gordonia的温度敏感pRC4复制子 | 合成生物学 | NA | 分子模拟 | NA | DNA | Gordonia sp. IITR100和Rhodococcus erythropolis |
1129 | 2024-08-07 |
Applications of synthetic yeast consortia for the production of native and non-native chemicals
2024-Feb, Critical reviews in biotechnology
IF:8.1Q1
DOI:10.1080/07388551.2022.2118569
PMID:36130800
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review | 本文综述了合成酵母共生体系在生产天然和非天然化学品中的应用 | 合成酵母共生体系通过成员间的合作和交叉喂养,实现了稳定的微生物交流,能够消耗多种底物,执行更复杂的功能,并以高滴度、速率和产量生产代谢物 | 由于合成共生体系的新研究背景,用于构建这些共生体系的酵母种类较少 | 探讨合成酵母共生体系在有效和稳健生产有价值代谢物方面的优势和瓶颈 | 合成酵母共生体系及其在生产如纤维素、木糖、甘油等生物资源中有价值代谢物的应用 | synthetic biology | NA | NA | NA | NA | NA |
1130 | 2024-08-07 |
Genomic imprints of unparalleled growth
2024-Feb, The New phytologist
DOI:10.1111/nph.19444
PMID:38072860
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研究论文 | 本文比较了快速生长的绿藻Chlorella ohadii的基因组与其他绿藻的基因组,揭示了其快速生长和抗逆性的基因组印记 | 发现了Chlorella ohadii中与快速生长相关的多个核糖体编码基因、高内含子丰度、增加的密码子偏倚和独特的代谢灵活性及抗光损伤基因 | NA | 研究Chlorella ohadii的基因组适应性和快速生长的基因组特征 | Chlorella ohadii的基因组与其他绿藻的基因组 | NA | NA | 基因组比较 | NA | 基因组数据 | 包括Chlorella ohadii和其近缘种Chlorella sorokiniana UTEX 1663 |
1131 | 2024-08-07 |
Eco-friendly approaches to phytochemical production: elicitation and beyond
2024-Jan-10, Natural products and bioprospecting
IF:4.8Q1
DOI:10.1007/s13659-023-00419-7
PMID:38195902
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综述 | 本文综述了植物次生代谢产物生产的生态友好方法,特别是激发子在提高植物细胞培养物中生物活性化合物合成和储存中的作用及现代代谢工程和合成生物学方法的应用 | 介绍了代谢工程和合成生物学等分子基础方法在植物次生代谢产物合成中的应用前景 | 需要深入了解植物细胞培养中对激发子的代谢响应,以实现生物活性化合物在商业水平上的合成突破 | 探讨可持续和生态友好的体外策略,以提高植物细胞培养物中次生代谢产物的产量 | 植物次生代谢产物及其在提高人类健康中的应用 | NA | NA | 代谢工程 | NA | NA | NA |
1132 | 2024-08-07 |
Organization of an Artificial Multicellular System with a Tunable DNA Patch on a Membrane Surface
2024-Jan-10, Nano letters
IF:9.6Q1
DOI:10.1021/acs.nanolett.3c04249
PMID:38112415
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研究论文 | 本文开发了一种基于DNA杂交链反应的膜表面DNA补丁策略,用于指导囊泡的互连,形成可调节的人工多细胞系统(AMS)。 | 通过调节DNA补丁产生异养粘附,实现了AMS的高阶结构直接且有效的生成,并成功构建了包含活细胞和囊泡的混合AMS。 | NA | 开发一种简便的策略,用于制造具有受控排列的人工多细胞系统。 | 人工多细胞系统(AMS)的构建和调控。 | 合成生物学 | NA | DNA杂交链反应 | NA | NA | NA |
1133 | 2024-08-07 |
Programmable synthetic receptors: the next-generation of cell and gene therapies
2024-01-03, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-023-01680-5
PMID:38167329
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综述 | 本文综述了合成受体系统在重编程治疗细胞及其在生物医学研究中的广泛应用 | 合成受体作为一种合成生物学工具,能够精确控制治疗细胞和遗传模块的功能,为细胞和基因治疗提供了强大的解决方案 | 当前合成受体系统在临床转化中仍面临挑战 | 探讨合成受体系统的设计、构建和改进策略,以及其在治疗应用中的扩展前景 | 合成受体系统,包括嵌合抗原受体(CARs)和合成Notch(synNotch)受体 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA |
1134 | 2024-08-07 |
Minimal aromatic aldehyde reduction (MARE) yeast platform for engineering vanillin production
2024-Jan-06, Biotechnology for biofuels and bioproducts
IF:3.3Q3
DOI:10.1186/s13068-023-02454-5
PMID:38184607
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研究论文 | 本文报道了一种通过系统性删除氧化还原酶来改进香兰素积累的工业酵母菌株Saccharomyces cerevisiae的工程化方法 | 开发了最小芳香醛还原(MARE)酵母平台,用于从葡萄糖中从头合成香兰素,并通过多维工程优化辅因子供应和酵母中心代谢重构,提高了香兰素的生产效率 | NA | 展示合成生物学在创造适合工业需求的生物催化剂方面的巨大潜力 | 香兰素的微生物合成 | 合成生物学 | NA | 基因编辑 | NA | 生物代谢数据 | 最终的酵母菌株进行了24项遗传修改,在摇瓶中产生了365.55 ± 7.42 mg/L的香兰素 |
1135 | 2024-08-07 |
Tailored bacteria tackling with environmental mercury: Inspired by natural mercuric detoxification operons
2024-Jan-15, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987)
DOI:10.1016/j.envpol.2023.123016
PMID:38008253
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综述 | 本文综述了基于mer操纵子的细菌在检测、吸收、生物积累和解毒环境汞中的作用 | 利用mer操纵子的四个组成部分(MerR调节因子、mer启动子、解毒因子MerA和MerB)构建合成细菌,以处理污染物汞 | NA | 探讨基于mer操纵子的设计细菌在环境汞生物修复中的潜力 | 环境中的汞及其对生态系统和人类健康的影响 | NA | NA | 合成生物学、蛋白质工程和代谢工程 | NA | NA | NA |
1136 | 2024-08-07 |
Genetic Engineering and Rebooting of Bacteriophages in L-Form Bacteria
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3523-0_16
PMID:38066374
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研究论文 | 本文详细介绍了生产无细胞壁的L型细菌及其在激活感染革兰氏阳性宿主物种的合成噬菌体基因组中的应用 | 本文开发了新型无标记基因组编辑方法,用于改进治疗性噬菌体,并详细介绍了合成生物学在体外组装改良噬菌体基因组的应用 | 在难以转化的革兰氏阳性细菌中激活合成噬菌体基因组可能具有挑战性 | 研究替代抗菌剂,特别是噬菌体,以治疗抗生素耐药性病原体感染 | L型细菌和合成噬菌体基因组 | NA | NA | 基因编辑 | NA | NA | NA |
1137 | 2024-08-07 |
Synthetic Biology to Engineer Bacteriophage Genomes
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3523-0_17
PMID:38066375
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研究论文 | 本文探讨了利用合成生物学技术开发新型分子生物学方法,以构建具有新功能的特化噬菌体 | 介绍了两种成功用于遗传工程噬菌体基因组的策略:噬菌体重组电穿孔DNA(BRED)和基于酵母的噬菌体工程平台 | NA | 开发新型分子生物学技术,以构建具有新功能的特化噬菌体 | 噬菌体及其在病原体控制、检测、靶向药物递送和新材料组装中的应用 | 合成生物学 | NA | 噬菌体重组电穿孔DNA(BRED)和基于酵母的噬菌体工程平台 | NA | NA | NA |
1138 | 2024-08-07 |
Characterization and optimization of 5´ untranslated region containing poly-adenine tracts in Kluyveromyces marxianus using machine-learning model
2024-Jan-03, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-023-02271-3
PMID:38172836
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研究论文 | 本文研究了Kluyveromyces marxianus中含多聚腺苷酸(poly(A))的5´非翻译区(5´ UTR)对蛋白质生产的影响,并利用机器学习模型对其进行优化 | 首次构建了包含5´ UTR poly(A)特征的机器学习模型,用于预测蛋白质产量 | 删除或减少poly(A)对mRNA水平的影响不一致,表明其对蛋白质生产的抑制作用可能与mRNA水平无关 | 构建机器学习模型,研究5´ UTR poly(A)对蛋白质生产的影响并进行优化 | Kluyveromyces marxianus中的5´ UTR poly(A)及其对蛋白质生产的影响 | 机器学习 | NA | 机器学习模型 | 多层感知器神经网络(MLP-NN) | 序列数据 | 207个含poly(A)的5´ UTR和34个不含poly(A)的5´ UTR |
1139 | 2024-08-07 |
Heterologous production of 3-hydroxypropionic acid in Methylorubrum extorquens by introducing the mcr gene via a multi-round chromosomal integration system based on cre-lox71/lox66 and transposon
2024-Jan-03, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-023-02275-z
PMID:38172868
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研究论文 | 本研究通过构建基于cre-lox71/lox66和转座子的多轮染色体整合系统,在Methylorubrum extorquens中异源生产3-羟基丙酸(3-HP)。 | 本研究开发了一种新的遗传工具,通过多轮染色体整合系统,实现了在M. extorquens中异源基因的高效表达。 | NA | 本研究旨在通过整合现有技术,如转座子介导的染色体整合和cre-lox介导的重组,实现目标基因在M. extorquens AM1中的多样化表达。 | Methylorubrum extorquens AM1 | 合成生物学 | NA | 转座子介导的染色体整合,cre-lox介导的重组 | NA | 基因表达 | 两个染色体整合拷贝 |
1140 | 2024-08-07 |
CO2-based production of phytase from highly stable expression plasmids in Cupriavidus necator H16
2024-Jan-03, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-023-02280-2
PMID:38172920
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研究论文 | 本研究介绍了一种新型表达质粒,通过电穿孔技术在Cupriavidus necator H16中高效生产源自大肠杆菌的AppA植酸酶。 | 该研究引入了一种新型表达质粒,包含分区系统以提高分离稳定性,无需选择压力,并成功在C. necator H16中生产了植酸酶。 | NA | 建立稳定的、高拷贝数质粒,支持利用C. necator从CO2生产单细胞蛋白,并探索其在饲料工业中利用CO2的潜力。 | Cupriavidus necator H16中的植酸酶生产。 | 合成生物学 | NA | 电穿孔技术 | NA | 蛋白质 | 在1升分批补料气体发酵系统中进行了放大实验。 |