合成生物学相关文章
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当前共找到 1128 篇文献，本页显示第 141 - 160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2026-05-26 |
Design and assembly of the 117-kb Phaeodactylum tricornutum chloroplast genome
2024-03-29, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiad670
PMID:38114089
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研究论文 | 展示两种方法克隆三角褐指藻117-kb叶绿体基因组，并通过酵母组装实现高效克隆和工程改造 | 首次实现了高效克隆117-kb藻类叶绿体基因组，并设计了可线性化和整合表达盒的SapI位点，为叶绿体合成生物学底盘开发提供了新方法 | 该方法可能仅适用于类似基因组大小和结构的物种（如假微型海链藻），且尚未验证在藻类叶绿体中的实际递送和表达效果 | 开发高效克隆和工程改造叶绿体基因组的技术，拓展光合真核生物的合成生物学底盘 | 三角褐指藻的叶绿体基因组 | 合成生物学 | NA | 酵母组装, 金门克隆, PCR扩增 | NA | DNA序列 | 10个酵母菌落 | 酵母组装, 金门克隆 | 酿酒酵母, 大肠杆菌 | NA | 工业生物技术, 农业 |
| 142 | 2026-05-22 |
A Linear Mixed Effects Model for Evaluating Synthetic Gene Circuits
2024-Dec-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.30.630778
PMID:39803539
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研究论文 | 提出使用线性混合效应模型评估合成基因电路性能，并验证固定效应β作为布尔逻辑门行为的统计描述符 | 首次将线性混合效应模型系统应用于合成基因电路的统计分析，引入固定效应β作为量化布尔逻辑门性能的通用指标，并结合蒙特卡洛模拟推荐实验样本量 | 未提及 | 标准化合成基因电路性能评估的统计方法，建立可预测的布尔逻辑门性能指标 | 已发表的144个布尔逻辑门及设计的嵌套抑制子OR门 | 合成生物学 | NA | 线性混合效应模型，无监督机器学习（k-means聚类），蒙特卡洛模拟 | 线性混合效应模型 | 基因表达数据 | 144个布尔逻辑门数据及模拟样本量 | NA | NA | 合成基因电路，布尔逻辑门（OR门等） | 计算、生物传感、人类健康 |
| 143 | 2026-05-21 |
A generic cell-based biosensor converts bacterial infection signals into chemoattractants for immune cells
2024-11-12, Biofabrication
IF:8.2Q1
DOI:10.1088/1758-5090/ad8bf4
PMID:39467389
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研究论文 | 设计了一种基于合成生物学的细胞生物传感器，将细菌感染信号转化为免疫细胞趋化因子 | 系统具有通用性，可感知多种感染类型并通过增强内源性免疫系统发挥作用，同时实现超敏检测和治疗蛋白输出 | NA | 开发一种通用的细胞基生物传感器/执行器，用于检测和对抗细菌感染 | 基因工程化的传感器/执行细胞 | 合成生物学 | 细菌感染 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 哺乳动物细胞 | 感应I型干扰素的合成电路，包含正反馈环路 | 医学 |
| 144 | 2026-05-20 |
Single-round QuikChange PCR for engineering multiple site-directed mutations in plasmid DNA
2024-11, Analytical biochemistry
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.ab.2024.115621
PMID:39019205
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研究论文 | 开发了一种简单省时的QuikChange PCR方法，用于在质粒DNA中引入多个位点的定向突变 | 在单轮PCR中同时实现多个位点的核苷酸插入、缺失和替换，最长插入28 bp、缺失16 bp，最多可在4个离散位点同时进行小规模替换，且通常筛选5个菌落即可获得成功克隆 | 未提及大规模位点突变或多轮PCR积累突变时的效率限制 | 开发高效的多位点定向诱变方法，以促进蛋白质生物化学、正向遗传学和合成生物学研究 | 质粒DNA和互补寡核苷酸引物 | 分子生物学 | NA | QuikChange PCR | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 蛋白质生物化学、正向遗传学、合成生物学 |
| 145 | 2026-05-11 |
Deciphering GB1's Single Mutational Landscape: Insights from MuMi Analysis
2024-08-22, The journal of physical chemistry. B
DOI:10.1021/acs.jpcb.4c04916
PMID:39115184
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研究论文 | 利用MuMi分析解读GB1蛋白单点突变景观及其对IgG-Fc结合的影响 | 提出MuMi（Mutation and Minimization）作为一种可靠且计算高效的蛋白质适应度景观预测工具，相比传统方法具有显著优势 | NA | 揭示GB1蛋白单点突变影响其与IgG-Fc结合亲和力的分子基础 | 链球菌蛋白G的C2片段（GB1）及其与人类IgG Fc域的结合 | 计算生物学 | NA | MuMi分析，分子动力学模拟（MD） | NA | 蛋白质序列与结构数据 | 所有可能的单点突变（数量未明确）及野生型GB1的2微秒分子动力学模拟 | NA | NA | NA | 药物设计，合成生物学 |
| 146 | 2026-05-09 |
Multi-modal deep learning enables efficient and accurate annotation of enzymatic active sites
2024-08-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51511-6
PMID:39187482
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研究论文 | 介绍了一种名为EasIFA的多模态深度学习算法，用于高效准确地注释酶活性位点 | 通过融合蛋白质语言模型和3D结构编码器的潜在酶表示，并使用多模态交叉注意力框架对齐蛋白质信息与酶反应知识，实现速度与精度的双重提升 | 未明确提及，但可能涉及对稀疏高质量数据库的建模能力依赖或泛化性验证不足 | 开发快速准确的酶活性位点注释方法，解决现有算法在速度和精度之间的权衡问题 | 酶的活性位点注释及其在药物发现、疾病研究、酶工程和合成生物学中的应用 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 多模态深度学习模型（包含蛋白质语言模型和3D结构编码器） | 序列和3D结构数据 | NA | NA | NA | NA | 医药, 工业生物技术 |
| 147 | 2026-05-04 |
Steps Toward Recapitulating Endothelium: A Perspective on the Next Generation of Hemocompatible Coatings
2024-10, Macromolecular bioscience
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/mabi.202400152
PMID:39072925
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综述 | 讨论如何通过合成生物学和涂层技术模拟内皮细胞功能，以改善血液接触医疗设备的血液相容性 | 提出将自下而上的合成生物学（特别是合成细胞）与被动和活性生物表面涂层相结合，协同模拟内皮细胞的三种关键功能，以克服血液相容性挑战 | 未具体说明当前技术的局限性，但隐含地指出了实现内皮功能模拟的复杂性及协同集成功能的必要性 | 开发新一代仿生内皮涂层，用于血液接触医疗设备以增强血液相容性 | 血液接触医疗设备及其表面的内皮模拟涂层 | 数字病理学 | 心血管疾病 | NA | NA | NA | NA | 自下而上的合成生物学（合成细胞） | 哺乳动物细胞 | 模拟内皮细胞的三重功能：保护血液成分、调节凝血和促进纤维蛋白溶解 | 医学 |
| 148 | 2026-05-01 |
Decoding biology with massively parallel reporter assays and machine learning
2024-10-16, Genes & development
IF:7.5Q1
DOI:10.1101/gad.351800.124
PMID:39362779
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综述 | 本文综述了大规模并行报告基因检测与机器学习在解码生物学中的应用 | 结合大规模并行报告基因检测和机器学习，系统解析调控基因表达的顺式调控密码 | 未详细讨论方法的计算复杂度和实验验证挑战 | 通过MPRA和机器学习量化序列变异对基因表达的影响，并预测新序列功能 | 顺式调控元件、基因表达调控机制 | 机器学习 | NA | 大规模并行报告基因检测、高通量测序 | 机器学习模型 | 序列数据 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学、mRNA和基因治疗 |
| 149 | 2026-04-18 |
Deciphering substrate promiscuity and specificity of indolethylamine N-methyltransferase family enzymes from amphibian toads
2024-12, Bioorganic chemistry
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.bioorg.2024.107950
PMID:39522428
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研究论文 | 本研究从两栖动物蟾蜍中鉴定出七种具有不同催化特性的吲哚乙胺N-甲基转移酶家族酶，并解析了其底物混杂性和特异性的分子机制 | 首次在蟾蜍中系统鉴定INMT家族酶，揭示了其底物混杂性与特异性的多样性，并通过分子对接和突变实验阐明了相关机制 | 研究主要基于体外酶学实验，未在活体系统中验证酶的功能；样本来源仅限于一种蟾蜍物种，可能缺乏普适性 | 探究INMT家族酶的底物混杂性和特异性机制，为天然产物生物合成和合成生物学应用提供基础 | 从Bufo gargarizan蟾蜍中鉴定的七种INMT家族酶（BNMT 1, 3, 4, 5, 6, 7, 11） | 合成生物学 | NA | 分子对接、定点突变、酶学活性测定 | NA | 酶学数据、分子模拟数据 | 七种酶蛋白 | NA | Bufo gargarizan（蟾蜍） | NA | 医药、工业生物技术 |
| 150 | 2026-04-16 |
Deconstructing synthetic biology across scales: a conceptual approach for training synthetic biologists
2024-Jun-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49626-x
PMID:38926339
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研究论文 | 本文提出了一种跨尺度解构合成生物学的概念框架，用于培训合成生物学家，以整合多学科概念并促进负责任的生物技术创新 | 开发了一个新颖的跨尺度（分子、电路/网络、细胞/无细胞系统、生物群落和社会）培训框架，强调整体工具包和负责任创新 | NA | 旨在通过跨学科整合，解决合成生物学教育中的挑战，培训下一代合成生物学家 | 合成生物学培训框架、教学材料和学生教育 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 151 | 2026-04-14 |
Advancements in the Application of Ribosomally Synthesized and Post-Translationally Modified Peptides (RiPPs)
2024-04-15, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom14040479
PMID:38672495
|
综述 | 本文综述了核糖体合成和翻译后修饰肽（RiPPs）在新型治疗应用方面的最新进展 | 系统总结了利用合成生物学和生物信息学新方法（如异源表达、遗传重构和利用修饰酶的底物耐受性）生产与工程化RiPPs，以及采用mRNA展示、表面展示和双杂交系统等前沿筛选技术加速具有药物潜力的RiPPs的发现 | NA | 探讨RiPPs作为新型治疗药物的潜力及其相关生产与工程化技术 | 核糖体合成和翻译后修饰肽（RiPPs） | NA | NA | 异源表达、遗传重构、mRNA展示、表面展示、双杂交系统 | NA | NA | NA | 合成生物学、基因工程 | NA | NA | 医药 |
| 152 | 2026-04-14 |
The AP2/ERF Transcription Factor PgERF120 Regulates Ginsenoside Biosynthesis in Ginseng
2024-03-13, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom14030345
PMID:38540764
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研究论文 | 本研究通过鉴定并功能验证AP2/ERF转录因子PgERF120在人参皂苷生物合成中的调控作用 | 首次在人参中报道AP2/ERF转录因子家族对人参皂苷合成的调控作用，并发现PgERF120基因对乙烯处理最为敏感 | 研究仍处于初步验证阶段，具体调控机制和下游靶基因尚未完全阐明 | 探究AP2/ERF转录因子在人参皂苷生物合成中的调控功能 | 人参毛状根及其中PgERF120基因 | 合成生物学 | NA | 荧光定量PCR、基因克隆、农杆菌介导转化 | NA | 基因表达数据、代谢物含量数据 | 转基因人参毛状根系 | 农杆菌介导转化 | 人参 | 人参皂苷生物合成途径调控 | 医药 |
| 153 | 2026-04-11 |
Ion Signaling in Cell Motility and Development in Dictyostelium discoideum
2024-07-10, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom14070830
PMID:39062545
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综述 | 本文综述了离子信号在盘基网柄菌细胞运动和发育中的作用 | 系统整合了离子信号与cAMP信号在盘基网柄菌多细胞形成过程中的协同作用机制 | NA | 探讨细胞间通讯和离子信号在生物体组织形成与分化中的基本生物学过程 | 盘基网柄菌 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 发育生物学、进化生物学、生物医学研究、合成生物学 |
| 154 | 2026-04-10 |
Genetic Engineering Approaches for the Microbial Production of Vanillin
2024-11-06, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom14111413
PMID:39595589
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综述 | 本文综述了利用基因工程和合成生物学方法提高微生物生产香兰素的研究进展 | 总结了通过基因工程和合成生物学在微生物中增强或构建香兰素生物合成途径的创新策略 | NA | 开发生物技术方法以替代化学合成，满足对天然香兰素的需求 | 香兰素生物合成途径、相关基因与酶、微生物底盘 | 合成生物学 | NA | 基因工程、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 天然产香兰素微生物、微生物底盘 | 香兰素生物合成途径 | 食品、工业生物技术 |
| 155 | 2026-04-10 |
Identification, Design, and Application of Noncoding Cis-Regulatory Elements
2024-08-05, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom14080945
PMID:39199333
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综述 | 本文综述了非编码顺式调控元件的识别、设计与应用，强调了其在生物功能调控中的核心作用及技术进展 | 整合了ENCODE项目、高通量检测技术（如大规模并行报告基因分析）和深度学习算法（特别是大型语言模型），用于顺式调控元件的预测与从头设计 | NA | 探讨顺式调控元件的识别、功能解析及其在基因治疗、育种和合成生物学中的应用 | 顺式调控元件及其与转录因子、RNA结合蛋白和非编码RNA的相互作用 | 计算生物学 | NA | 大规模并行报告基因分析、深度学习算法、大型语言模型 | 大型语言模型 | 功能基因组数据、核苷酸序列 | NA | NA | NA | NA | 医学、农业、工业生物技术 |
| 156 | 2026-04-09 |
Plasmid Stability Analysis with Open-Source Droplet Microfluidics
2024-12-27, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/67659
PMID:39803963
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研究论文 | 本研究介绍了一种基于开源硬件的微流控工作流程，用于分析质粒保留，通过培养单细胞于凝胶微滴中并使用荧光显微镜量化微菌落 | 采用开源硬件微流控技术，结合荧光蛋白表达和非特异性DNA染色，实现高通量质粒稳定性分析，相比传统平板计数具有更高统计能力 | 研究主要聚焦于大肠杆菌作为实验模型，方法虽具通用性但需进一步验证于其他生物体 | 开发一种开源微流控工作流程，用于分析质粒在无抗生素选择下的保留情况 | 质粒在单细胞中的表达和保留，以及微菌落的量化 | 合成生物学 | NA | 微流控技术、荧光显微镜、DNA染色 | NA | 图像数据 | NA | 开源硬件 | 大肠杆菌 | 质粒表达荧光蛋白，用于构建生物传感器或标记系统 | 工业生物技术、环境、医学 |
| 157 | 2026-04-08 |
Route to Measure Exact Parameters of Bio-Nanostructures Self-Assembly
2024-10-31, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom14111388
PMID:39595566
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研究论文 | 本文介绍了一种新方法，用于测量生物纳米结构自组装的关键参数，首次实现了对自催化与自抑制参数的精确计算 | 首次提出一种能够精确计算生物纳米结构自组装过程中自催化与自抑制参数的方法 | NA | 研究生物纳米结构自组装机制，以优化其在纳米技术和合成生物学中的应用 | 蛋白质基生物纳米涂层 | NA | NA | 数学模型 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 药物递送, 生物传感, 生物活性表面制造 |
| 158 | 2026-04-07 |
Transitions in development - an interview with Nika Shakiba
2024-03-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.202748
PMID:38421607
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访谈 | 本文是对加拿大英属哥伦比亚大学研究组长Nika Shakiba的访谈，探讨其如何运用合成生物学技术研究干细胞竞争的基础 | 通过工程学视角将干细胞视为可编程单元的研究方法，以及将合成生物学与干细胞生物学交叉融合的研究方向 | NA | 探索干细胞竞争的基础机制 | 干细胞 | 合成生物学 | NA | 合成生物学技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 159 | 2026-04-06 |
Immunometabolic Circuits in Infection for Advancing Host Directed Therapies
2024-09-13, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/66980
PMID:39345111
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研究论文 | 本研究开发了一种基于四环素诱导（TetON）的合成生物学回路，用于递送琥珀酸脱氢酶以消除细胞内利什曼原虫 | 首次将合成生物学回路设计与聚复合物纳米颗粒递送系统结合，靶向宿主免疫代谢通路治疗利什曼病 | 研究仅在鼠巨噬细胞系中进行验证，尚未开展体内动物模型实验 | 开发靶向宿主免疫代谢通路的合成生物学疗法以消除细胞内利什曼原虫 | 利什曼原虫感染的鼠巨噬细胞系 | 合成生物学 | 利什曼病 | 合成生物学回路设计、聚复合物纳米颗粒递送、四环素诱导系统 | TetON诱导表达系统 | 细胞实验数据、细胞因子表达数据 | 鼠巨噬细胞系（具体数量未明确说明） | TetON系统、质粒载体构建 | 鼠巨噬细胞系 | 四环素诱导的合成生物学回路，用于表达琥珀酸脱氢酶作为治疗剂 | 医学 |
| 160 | 2026-04-05 |
Engineering water exchange is a safe and effective method for magnetic resonance imaging in diverse cell types
2024-Apr-22, Journal of biological engineering
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13036-024-00424-5
PMID:38649904
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研究论文 | 本研究证明水通道蛋白Aqp1可作为安全的遗传报告基因，在不同细胞类型中产生强磁共振信号且不影响细胞生理功能 | 首次系统证明Aqp1过表达不会引起内质网应激，且不影响多种细胞固有生物学功能，解决了其作为深层组织报告基因的安全性质疑 | 研究主要基于体外细胞系实验，尚未在完整生物体内验证长期安全性 | 评估Aqp1作为遗传编码磁共振报告基因的安全性和有效性 | 小鼠和人类来源的多种细胞系 | 合成生物学 | NA | 磁共振成像 | NA | 影像数据 | 多种小鼠和人类细胞系 | 遗传编码 | 哺乳动物细胞 | 水通道蛋白生物传感器 | 医学 |