合成生物学相关文章
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当前共找到 1126 篇文献，本页显示第 161 - 180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2025-10-05 |
GOLDBAR: A Framework for Combinatorial Biological Design
2024-09-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00296
PMID:39162314
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研究论文 | 提出名为GOLDBAR的组合生物设计框架，用于支持合成生物学中的自动化分析和机器学习 | 能够对生物设计类别进行交集和合并操作，提取共同设计模式并推断新设计，相比现有框架支持形式化设计比较 | NA | 开发支持合成生物学中组合设计形式化比较的框架 | 组合生物设计库和设计规则 | 合成生物学 | NA | DNA组装技术 | 基于文法的机器学习 | 生物设计数据 | NA | NA | NA | TetR同源转录逻辑电路、基因簇 | 工业生物技术 |
| 162 | 2025-10-05 |
Synthetic Biology of Natural Products Engineering: Recent Advances Across the Discover-Design-Build-Test-Learn Cycle
2024-09-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00391
PMID:39163395
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综述 | 本文系统总结了合成生物学在天然产物工程领域的最新进展，涵盖从发现到学习的完整生物工程周期 | 整合了AI辅助基因组挖掘、酶与途径工程、新型宿主系统等最新技术进展，并强调在工艺开发早期进行预期分析的重要性 | NA | 总结天然产物工程领域合成生物学技术的最新发展 | 天然产物生物合成工程 | 合成生物学 | NA | 基因组工程、AI辅助基因组挖掘、酶工程、途径工程 | NA | NA | NA | NA | 新型宿主系统 | 生物合成途径工程 | 医药, 工业生物技术 |
| 163 | 2025-10-05 |
MutaT7GDE: A Single Chimera for the Targeted, Balanced, Efficient, and Processive Installation of All Possible Transition Mutations In Vivo
2024-09-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00316
PMID:39190860
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研究论文 | 开发了一种名为MutaT7GDE的新型嵌合酶，能够在体内高效安装所有可能的转换突变 | 首次利用底物混杂性通用脱氨酶构建单一嵌合酶，可同时靶向脱氧腺苷和脱氧胞苷进行突变 | NA | 开发更高效的定向进化工具，实现目标基因的多样化 | MutaT7嵌合酶系统 | 合成生物学 | NA | 脱氨酶-T7 RNA聚合酶融合技术 | NA | 突变分析数据 | 四种不同的MutaT7构建体 | 蛋白质工程 | NA | 脱氨酶-T7 RNA聚合酶嵌合系统 | 工业生物技术 |
| 164 | 2025-10-05 |
Integrating Deep Learning and Synthetic Biology: A Co-Design Approach for Enhancing Gene Expression via N-Terminal Coding Sequences
2024-09-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00371
PMID:39229974
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研究论文 | 提出一种深度学习与合成生物学协同设计的少样本训练工作流程，用于优化N端编码序列以增强基因表达 | 开发了结合k近邻编码、word2vec、注意力机制和时间序列网络的深度学习模型，仅需六次迭代实验即可显著提升基因表达 | 仅使用GFP作为报告蛋白验证，在其他蛋白中的应用效果需进一步验证 | 优化N端编码序列以最大化基因表达 | 绿色荧光蛋白(GFP)和N-乙酰神经氨酸合成相关基因 | 机器学习 | NA | 深度学习，基因表达优化 | 注意力机制，时间序列网络，word2vec | 基因序列数据，荧光强度数据 | 少样本训练（六次迭代实验） | NA | 大肠杆菌 | 基因表达优化系统 | 工业生物技术，医药 |
| 165 | 2025-10-05 |
Multilevel Systematic Optimization To Achieve Efficient Integrated Expression of Escherichia coli
2024-09-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00280
PMID:39262282
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研究论文 | 通过多层级系统优化开发大肠杆菌高效整合表达系统 | 从整合位点筛选、启动子优化和T7 RNA聚合酶过表达三个层面系统优化，构建了无需抗生素和诱导剂的高效整合表达系统 | 研究仅针对大肠杆菌BL21(DE3)菌株，未在其他宿主中验证通用性 | 开发稳定高效的外源基因基因组整合表达系统 | 大肠杆菌BL21(DE3)基因组和外源基因表达元件 | 合成生物学 | NA | 基因组编辑、启动子工程、蛋白表达分析 | NA | 基因表达数据、酶活性数据 | 18个基因组整合位点、16个内源启动子 | CRISPR-Cas9 | 大肠杆菌 | 组成型高效整合表达系统，包含优化整合位点、Plpp-T7杂合启动子和T7 RNA聚合酶过表达模块 | 工业生物技术, 酶工程 |
| 166 | 2025-10-05 |
Evaluating the Contribution of Model Complexity in Predicting Robustness in Synthetic Genetic Circuits
2024-09-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00708
PMID:39264040
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研究论文 | 比较五种计算模型对三种实现相同逻辑功能的遗传电路进行预测能力评估 | 首次系统比较不同复杂度模型在预测合成遗传电路鲁棒性方面的表现差异 | 研究基于仿真分析，需要实际实验验证；模型参数获取仍存在挑战 | 评估模型复杂度对合成遗传电路鲁棒性预测能力的影响 | 三种实现相同逻辑功能的遗传电路和五种计算模型 | 合成生物学 | NA | 计算建模、仿真分析 | 多种复杂度计算模型 | 仿真数据 | 五种模型对三种电路设计的分析 | NA | NA | 实现相同逻辑功能的遗传电路 | 工业生物技术 |
| 167 | 2025-10-05 |
Yeast Surface-Displayed Quenchbody as a Novel Whole-Cell Biosensor for One-Step Detection of Influenza A (H1N1) Virus
2024-09-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00317
PMID:39256183
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研究论文 | 本研究开发了一种基于酵母表面展示淬灭体的新型全细胞生物传感器，用于一步检测甲型流感（H1N1）病毒 | 首次在酵母细胞表面展示VHH基淬灭体，创建了无需分析物跨膜运输即可检测病毒颗粒的全细胞生物传感器新设计 | 检测范围有限（H1N1-HA：0.5-16 μg/mL；H1N1病毒：2.4×10至1.5×10 PFU/mL），未在真实环境样本中进行验证 | 开发能够高效检测空气传播病毒的新型全细胞生物传感器 | 甲型流感（H1N1）病毒及其血凝素蛋白H1N1-HA | 合成生物学 | 流感 | 酵母表面展示技术、VHH抗体片段筛选、淬灭体技术 | NA | 荧光信号数据 | 17个VHH抗体片段 | 酵母表面展示系统 | 酵母 | 表面展示淬灭体生物传感器 | 医学诊断,环境监测 |
| 168 | 2025-10-05 |
Ten Years of the Synthetic Biology Summer Course at Cold Spring Harbor Laboratory
2024-09-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00276
PMID:39300908
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综述 | 本文回顾了冷泉港实验室合成生物学暑期课程十年来的发展历程、课程结构和教育成果 | 首次系统总结该旗舰课程的教学模式及其对合成生物学人才培养的深远影响 | NA | 分析合成生物学教育课程的设计理念与实际成效 | 冷泉港实验室合成生物学暑期课程 | 合成生物学教育 | NA | 无细胞转录翻译、DNA构建、基因回路计算建模、基因调控工程、CRISPR技术 | NA | NA | NA | CRISPR | NA | 基因回路 | 教育 |
| 169 | 2025-10-05 |
The BioRECIPE Knowledge Representation Format
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00096
PMID:39051984
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研究论文 | 介绍BioRECIPE知识表示格式，用于标准化和促进人类与机器在创建、验证和执行细胞内外信号传导可执行模型时的交互 | 开发了一种同时支持人类可读和机器可处理的新型知识表示格式，实现模型组件的便捷预览和修改 | NA | 为系统和合成生物学社区提供标准化的知识表示格式 | 细胞内外信号传导的可执行模型 | 合成生物学 | NA | 知识表示格式 | NA | 模型数据 | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 170 | 2025-10-05 |
ShuffleAnalyzer: A Comprehensive Tool to Visualize DNA Shuffling
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00251
PMID:38991172
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研究论文 | 开发了一个名为ShuffleAnalyzer的综合性工具，用于可视化DNA改组分析结果 | 首个提供直接图形化输出的DNA改组分析工具，同时支持肽插入的分析和可视化 | NA | 开发一个用户友好的DNA改组分析可视化工具 | DNA改组产生的嵌合序列和肽插入 | 合成生物学 | NA | DNA改组技术 | NA | DNA序列数据 | NA | NA | NA | NA | 基因治疗, 合成生物学 |
| 171 | 2025-10-05 |
Designing a Novel Temperature- and Noncanonical Amino Acid-Controlled Biological Logic Gate in Escherichia coli
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00423
PMID:39110782
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研究论文 | 本研究在大肠杆菌中设计了一种新型温度和非常规氨基酸控制的生物逻辑门 | 利用外源aaRS/tRNA对在高温下引起的温度敏感性，构建了响应BzF和低温的双输入AND逻辑门 | 对外源aaRS/tRNA对的潜在副作用了解有限 | 研究外源aaRS/tRNA对基因表达的影响并构建生物逻辑门 | 大肠杆菌DH10β Δ菌株 | 合成生物学 | NA | 遗传密码扩展技术、双杂交系统 | NA | 基因表达数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 大肠杆菌 | AND逻辑门、利用分支酸变位酶和腺苷酸环化酶分裂亚基构建的传感系统 | 工业生物技术 |
| 172 | 2025-10-05 |
Construction of a Calibration Curve for Lycopene on a Liquid-Handling Platform─Wider Lessons for the Development of Automated Dilution Protocols
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00031
PMID:39096303
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研究论文 | 本研究通过构建番茄红素在二甲基亚砜中的校准曲线，开发了自动化液体处理平台的稀释方案 | 开发了基于回归的实用框架来识别、评估和监控液体转移误差，并创建了可推广到其他自动化应用的灵活液体处理方法 | NA | 开发可靠的自动化液体处理方案，提高合成生物学实验的吞吐量和可重复性 | 番茄红素在二甲基亚砜中的校准曲线构建 | 合成生物学 | NA | 液体处理自动化 | 回归分析 | 实验数据 | NA | 液体处理平台 | NA | NA | 工业生物技术 |
| 173 | 2025-10-05 |
Towards Self-regeneration: Exploring the Limits of Protein Synthesis in the Protein Synthesis Using Recombinant Elements (PURE) Cell-free Transcription-Translation System
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00304
PMID:39066734
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研究论文 | 本研究通过优化PURE无细胞转录翻译系统，显著降低非核糖体蛋白浓度并提高蛋白质合成效率，实现了向蛋白质自我再生的重要突破 | 将非核糖体PURE蛋白浓度降低97.3%的同时提高蛋白质合成效率，并发现6%葡聚糖在高度稀释配方中能显著提升蛋白质合成速率和总产量 | 原始PURE配方中拥挤剂效果不佳，研究主要关注非核糖体蛋白的自我再生 | 探索PURE无细胞系统中蛋白质自我再生的极限，推动通用生化构建器和活体合成细胞的开发 | PURE无细胞转录翻译系统中的蛋白质合成过程 | 合成生物学 | NA | 无细胞转录翻译系统 | NA | 生化实验数据 | NA | PURE系统 | 无细胞系统 | 蛋白质自我再生系统 | 工业生物技术,医药 |
| 174 | 2025-10-05 |
Artificial Intelligence Methods and Models for Retro-Biosynthesis: A Scoping Review
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00091
PMID:39047143
|
综述 | 总结人工智能在逆生物合成路径设计中的方法和模型应用进展 | 系统梳理AI在逆生物合成领域的最新进展，涵盖基于反应模板和生成模型的多种技术路径 | 未明确说明具体数据规模或模型验证的局限性 | 促进符合绿色化学理念的生物生产路径规划 | 逆生物合成路径设计方法 | 合成生物学 | NA | 逆生物合成分析 | 生成模型 | 化学反应数据 | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术, 环境 |
| 175 | 2025-10-05 |
Toward Practical Applications of Engineered Living Materials with Advanced Fabrication Techniques
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00259
PMID:39002162
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综述 | 本文综述了工程活性材料（ELMs）的先进制造技术及其实际应用前景 | 系统整合了自下而上和自上而下的ELMs构建方法，强调合成生物学与材料科学的交叉融合 | NA | 探讨ELMs的制备方法、特性及其在医疗和环境保护等领域的实际应用 | 工程活性材料（ELMs）及其构建技术 | NA | NA | 3D生物打印、静电纺丝、内源性和外源性支架技术、活体组装 | NA | NA | NA | 合成生物学工具 | 工程化活细胞 | 具有环境响应能力的生物传感系统，能够响应压力、pH、湿度、温度和光照等刺激 | 医学, 环境保护, 制造业 |
| 176 | 2025-10-05 |
Development of a Recombineering System for the Acetogen Eubacterium limosum with Cas9 Counterselection for Markerless Genome Engineering
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00253
PMID:39033464
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研究论文 | 本研究开发了一种基于RecT重组酶和Cas9反选择的无标记基因组工程系统，用于乙酸杆菌Eubacterium limosum的精确基因编辑 | 开发了高效的寡核苷酸重组系统，结合Cas9反选择实现无疤痕、无标记的基因组点突变，解决了该菌株基因工程的主要瓶颈 | NA | 开发快速精确的基因组修饰工具，促进Eubacterium limosum的合成生物学和代谢工程应用 | 乙酸杆菌Eubacterium limosum及其基因组 | 合成生物学 | NA | 重组工程、Cas9反选择、基因组编辑 | NA | 基因组数据 | NA | CRISPR-Cas9, RecT重组酶 | Eubacterium limosum | 重组酶系统与Cas9反选择系统的组合设计 | 能源, 环境, 医学 |
| 177 | 2025-10-05 |
Chloroplast Cell-Free Systems from Different Plant Species as a Rapid Prototyping Platform
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00117
PMID:39028299
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研究论文 | 开发了一种从多种植物物种制备高活性叶绿体无细胞基因表达系统的通用方案 | 建立了首个源自多种植物物种的叶绿体无细胞表达系统，可同时使用T7 RNA聚合酶和内源性叶绿体聚合酶 | NA | 开发快速原型平台以加速植物合成生物学和叶绿体工程研究 | 小麦、菠菜和杨树等不同植物物种的叶绿体 | 合成生物学 | NA | 无细胞基因表达(CFE) | NA | 基因表达数据 | 23个5'UTR、10个3'UTR和6个叶绿体启动子 | NA | 小麦、菠菜、杨树 | 基因表达调控序列(启动子、UTR)的表征和原型设计 | 农业 |
| 178 | 2025-10-05 |
Engineering a Novel Probiotic Toolkit in Escherichia coli Nissle 1917 for Sensing and Mitigating Gut Inflammatory Diseases
2024-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00036
PMID:39115381
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研究论文 | 本研究开发了一种基于大肠杆菌Nissle 1917的模块化系统，用于检测和缓解肠道炎症疾病 | 首次在EcN中构建了包含NO传感器、分泌系统和抗TNFα纳米抗体库的集成系统，并建立了评估工程益生菌系统关键参数的数学模型 | 系统灵敏度有所降低 | 开发靶向特异性系统治疗炎症性肠病 | 工程化益生菌大肠杆菌Nissle 1917 | 合成生物学 | 炎症性肠病 | 酶联免疫吸附试验、体外试验 | 数学模型 | 实验数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 大肠杆菌 | 基于转录因子的NO生物传感器、1型溶血素分泌系统、抗TNFα纳米抗体治疗载体 | 医学 |
| 179 | 2025-10-05 |
Bioinformatic Prediction and High Throughput In Vivo Screening to Identify Cis-Regulatory Elements for the Development of Algal Synthetic Promoters
2024-07-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00199
PMID:38986010
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研究论文 | 本研究通过生物信息学预测和高通量体内筛选方法，开发了适用于藻类的合成启动子 | 结合POWRS、STREME和PhyloGibbs算法预测顺式调控元件，并通过高通量筛选验证合成启动子活性 | 需要目标藻类物种具有测序的基因组和转录组数据集 | 开发适用于藻类生物技术的合成生物学工具 | 六种不同藻类物种的启动子区域和顺式调控元件 | 合成生物学 | NA | 下一代测序、荧光激活细胞分选、生物信息学分析 | NA | 基因组序列、转录组数据 | 4533个合成启动子，数百个转基因株系 | 合成生物学方法 | 藻类 | 合成启动子设计，包含1-3个顺式调控元件拷贝 | 工业生物技术,能源 |
| 180 | 2025-10-05 |
Directed Evolution of Acoustic Reporter Genes Using High-Throughput Acoustic Screening
2024-07-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00283
PMID:38981096
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研究论文 | 本研究通过定向进化方法开发具有增强非线性超声散射信号的声学报告基因 | 建立了高通量半自动化声学筛选平台，首次将定向进化应用于声学报告基因的优化 | 研究主要针对细菌培养体系，在哺乳动物系统中的适用性需要进一步验证 | 开发性能更优的声学报告基因用于生物成像 | 气体囊泡(GVs)蛋白纳米结构及其编码基因 | 合成生物学 | NA | 定向进化、高通量声学筛选、非线性超声散射 | NA | 声学信号数据、蛋白质序列数据 | GvpA/B同源蛋白的扫描位点饱和突变库 | 定向进化 | 细菌 | 声学报告基因系统，基于气体囊泡的超声对比剂 | 医学成像、合成生物学 |