合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-09-28	[mRNA vaccination, a model of transition from basic biology to medicine] 2024-03-29, Comptes rendus biologies IF:0.7Q4 DOI:10.5802/crbiol.129 PMID:38231390	研究论文	本文探讨了mRNA从基础生物学到医学应用的转变过程	介绍了mRNA疫苗在控制新冠疫情中的成功应用，并展望了其在应对新兴病原体方面的潜力	NA	探讨mRNA从基础研究到医学应用的转变及其在疫苗学中的新范式	mRNA疫苗及其在控制新冠疫情中的应用	生物医学	新冠	mRNA疫苗技术	NA	NA	NA
22	2024-09-26	Harnessing the endogenous Type I-C CRISPR-Cas system for genome editing in Bifidobacterium breve 2024-03-20, Applied and environmental microbiology IF:3.9Q2 DOI:10.1128/aem.02074-23 PMID:38319094	研究论文	本文研究了利用内源性I-C型CRISPR-Cas系统在双歧杆菌中进行基因编辑的可行性	首次利用内源性I-C型CRISPR-Cas系统在双歧杆菌中实现了基因删除、单碱基替换、基因插入和连续基因编辑	研究仅限于特定的双歧杆菌菌株，未涵盖所有双歧杆菌种类	开发新的基因编辑工具，以促进双歧杆菌的功能基因组编辑和分析	双歧杆菌中的I-C型CRISPR-Cas系统及其在基因编辑中的应用	基因编辑	NA	CRISPR-Cas系统	NA	基因序列	五种双歧杆菌菌株
23	2024-09-06	Cell reprogramming design by transfer learning of functional transcriptional networks 2024-Mar-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2312942121 PMID:38437548	研究论文	本文开发了一种基于转录组数据的迁移学习方法，用于控制细胞行为，并生成可转移到特定重编程目标的网络动力学模型	通过预训练的适应性模型，创新性地改进了现有方法，能够针对特定的重编程转换进行调整	需要进一步验证和优化以应对复杂的细胞网络和组合干预的挑战	利用合成生物学、下一代测序和机器学习的最新进展，合理设计基于基因扰动和药物反应的新疾病治疗方法	人类细胞命运相关的转录组数据，以及微阵列和RNA测序数据	机器学习	NA	下一代测序 (NGS), RNA测序 (RNA-seq)	迁移学习模型	转录组数据	超过9,000个微阵列数据和超过10,000个RNA测序数据，涵盖54种细胞类型和227种独特扰动
24	2024-08-05	Design and Thermodynamics Principles to Program the Cooperativity of Molecular Assemblies 2024-03-18, Angewandte Chemie (International ed. in English) DOI:10.1002/anie.202313944 PMID:37975629	研究论文	本研究探讨了合成DNA组装体的热力学基础，以编程分子组装的协作性	提出了通过融合相互作用域和优化其紧凑性来有效构建可编程的分子组装体	关于如何在所需浓度下和适当灵敏度下编程其组装动态的知识仍然有限	研究分子组装的设计和热力学原理	合成DNA组装体	合成生物学	NA	合成DNA组装	双突变循环分析	NA	NA
25	2024-08-05	Synthetic Biology-based Construction of Unnatural Perylenequinones with Improved Photodynamic Anticancer Activities 2024-03-11, Angewandte Chemie (International ed. in English) DOI:10.1002/anie.202317726 PMID:38258338	研究论文	本文探讨了通过合成生物学在真菌Cercospora中构建具有改善光动力抗癌活性的非天然苯并蒽醌的方法	本文首次通过合成生物学策略在Cercospora中生物合成结构复杂且多样的非天然苯并蒽醌	可能尚未全面验证所有合成的非天然产品的生物学特性	研究非天然苯并蒽醌的合成以改善其抗癌药物的有效性	研究真菌Cercospora及其合成的非天然苯并蒽醌	合成生物学	癌症	合成生物学	NA	实验数据	NA
26	2024-08-07	Light-Oxygen-Voltage (LOV)-sensing Domains: Activation Mechanism and Optogenetic Stimulation 2024-03-01, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2023.168356 PMID:37944792	研究论文	本文探讨了光氧电压（LOV）传感域的激活机制及其在光遗传学刺激中的应用	LOV域作为多功能的光感受器，能够非侵入性地感知和控制细胞内过程，具有高时空精度，适用于光遗传学领域	NA	研究LOV域的激活机制及其在光遗传学中的应用，推动生物系统研究和新型治疗策略的发展	LOV域及其在光遗传学中的应用	生物技术	NA	结构生物学、光谱学、计算方法和合成生物学	NA	NA	NA
27	2024-08-07	Discovery of a Fungal P450 with an Unusual Two-Step Mechanism for Constructing a Bicyclo[3.2.2]nonane Skeleton 2024-03-27, Journal of the American Chemical Society IF:14.4Q1 DOI:10.1021/jacs.4c01284 PMID:38484171	研究论文	本文发现了一种真菌P450酶BTG5，能够通过不寻常的两步机制催化形成双环[3.2.2]壬烷结构，用于生物合成beticolin 1。	BTG5-T318不仅决定了底物选择性，还改变了催化反应，使得反应分为两个独立步骤，揭示了P450酶催化反应的新机制。	NA	探索和理解P450酶催化的反应机制，为通过合成生物学扩展此类天然产物多样性铺平道路。	真菌P450酶BTG5及其在生物合成beticolin 1中的作用。	NA	NA	P450酶催化	NA	NA	NA
28	2024-08-07	Cell Culture Adaptive Amino Acid Substitutions in FMDV Structural Proteins: A Key Mechanism for Altered Receptor Tropism 2024-03-27, Viruses DOI:10.3390/v16040512 PMID:38675855	综述	本文综述了口蹄疫病毒结构蛋白中细胞培养适应性氨基酸替换的关键机制，及其在改变病毒受体嗜性中的作用	结合了病毒衣壳蛋白中常见的氨基酸替换，探讨了这些替换在病毒适应中的关键作用及其功能特征	NA	旨在通过逆向遗传工程和合成生物学革新口蹄疫病毒疫苗的研发	口蹄疫病毒及其结构蛋白中的氨基酸替换	分子病毒学	口蹄疫	NA	NA	NA	NA
29	2024-08-07	LanTERN: A Fluorescent Sensor That Specifically Responds to Lanthanides 2024-03-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00600 PMID:38377571	研究论文	介绍了一种名为LanTERN的镧系元素响应型荧光蛋白，该蛋白能够特异性地响应镧系元素	LanTERN是基于GCaMP设计的，通过基因工程改造使其从对钙的特异性转变为对镧系元素的特异性，能够直接将镧系元素的结合转化为显著增加的荧光	NA	开发新的合成生物学方法来测量镧系元素的结合	镧系元素响应型荧光蛋白LanTERN	合成生物学	NA	基因工程	荧光蛋白	蛋白质	10种镧系元素
30	2024-08-07	Development of the Static and Dynamic Gene Expression Regulation Toolkit in Pseudomonas chlororaphis 2024-03-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00714 PMID:38377538	研究论文	本研究构建了108个启动子-5'-UTR（PUTR）库，并通过荧光蛋白检测进行特征化，进而开发了静态和动态基因表达调控系统	本研究首次为非模式微生物Pseudomonas chlororaphis开发了静态和动态基因表达调控工具包，有助于精细调控基因表达和重编程代谢通量	NA	开发适用于Pseudomonas chlororaphis的基因表达精确调控工具包	Pseudomonas chlororaphis的基因表达调控	合成生物学	NA	荧光蛋白检测	NA	基因表达数据	108个启动子-5'-UTR（PUTR）
31	2024-08-07	Subunits of an E3 Ligase Complex as Degrons for Efficient Degradation of Cytosolic, Nuclear, and Membrane Proteins 2024-03-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00588 PMID:38404221	研究论文	本文系统分析了多蛋白E3泛素连接酶复合体的四个蛋白亚基作为设计降解子支架的功能，并展示了它们在不同细胞区室中对蛋白质降解的有效性。	本文创新性地利用E3泛素连接酶复合体的亚基作为设计降解子，实现了对细胞质、细胞核和膜蛋白的有效降解，并展示了其在合成生物学中的应用潜力。	文章中提到的E3连接酶亚基对膜和细胞质及细胞核蛋白的降解效率存在差异，需要进一步优化以提高一致性。	研究旨在探索和优化E3泛素连接酶复合体亚基作为设计降解子的应用，以实现对特定蛋白质的有效降解。	研究对象包括E3泛素连接酶复合体的四个蛋白亚基及其在不同细胞区室中对蛋白质降解的影响。	细胞生物学	NA	E3泛素连接酶	NA	蛋白质	不同细胞系中的多种蛋白质目标
32	2024-08-07	Comprehensive Parameter Space Mapping of Cell Cycle Dynamics under Network Perturbations 2024-03-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00631 PMID:38420905	研究论文	本文开发了一种基于液滴的合成细胞系统，用于在多维度上连续调节单细胞水平的参数，并系统性地扰动以细胞周期依赖性激酶（Cdk1）为中心的细胞周期振荡器，从而全面映射网络扰动下的周期景观。	本文提供了一个实验框架，用于全局参数空间扫描，并挑战现有模型，提出一个与观察到的响应相匹配的新模型。	NA	研究细胞周期动力学在网络扰动下的参数空间映射。	细胞周期振荡器及其在网络扰动下的响应。	合成生物学	NA	液滴为基础的合成细胞系统	细胞周期振荡器模型	细胞周期动力学数据	多个维度和全动态范围的单细胞参数调节
33	2024-08-07	An Efficient Method for the Production of High-Purity Bioinspired Large Unilamellar Vesicles 2024-03-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00540 PMID:38423534	研究论文	本文介绍了一种高效且简单的方法，用于生产高纯度的大型单层囊泡（LUVs），其直径范围在450-550 nm之间	本文优化了一种简单且高效的协议，用于生产高纯度的大型单层囊泡（LUVs），并详细研究了不同实验参数对囊泡浓度和大小的影响	NA	为了重现复杂的真核细胞区室化，合成生物学旨在从底层重建细胞膜包被的区室	大型单层囊泡（LUVs）的生产和特性	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
34	2024-08-07	Genetic Parts and Enabling Tools for Biocircuit Design 2024-03-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00691 PMID:38427821	综述	本文综述了用于设计生物电路的现有部件库及其在转录、翻译和翻译后水平的基因表达调控范式，并讨论了将这些部件整合到复杂设备和系统中的必要方面，以及当前对目录和标准化测量数据的努力。	建立了biopartsDB，一个经过精心策划的、具有详细定量数据的遗传部件和设备库数据库，这些数据已通过已发表文献验证。	NA	旨在综述当前用于设计生物电路的部件库及其基因表达调控范式，并讨论如何将这些部件整合到复杂设备和系统中。	遗传部件库及其在生物电路设计中的应用。	合成生物学	NA	NA	NA	数据库	NA
35	2024-08-07	Enzymatic Assembly of Small Synthetic Genes with Repetitive Elements 2024-03-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00665 PMID:38437525	研究论文	本文介绍了一种用于组装含有重复元素的小型合成基因的方法	该方法通过将目标基因分割成带有Golden-Gate兼容末端的小片段，然后通过oligo延伸和Golden Gate Assembly组装成合成基因，解决了重复序列合成效率低的问题	该方法主要针对含有重复元素的基因，对于其他类型的基因可能不适用	开发一种有效的方法来组装含有重复元素的合成基因，以促进合成生物学的发展	含有重复元素的合成基因	合成生物学	NA	Golden Gate Assembly	NA	DNA序列	八个含有重复元素的挑战性基因，大小从133到456个碱基对
36	2024-08-07	Models of Chemical Communication for Micro/Nanoparticles 2024-03-19, Accounts of chemical research IF:16.4Q1 DOI:10.1021/acs.accounts.3c00619 PMID:38427324	review	本文综述了微/纳米颗粒间化学通信的工程技术及其在多个领域的应用潜力	探讨了从简单线性通信到复杂交互通信的多种化学通信模型，并展示了这些模型在实验设计中的实现	文章未明确提及当前研究的局限性	总结实验室及其他研究者在微/纳米颗粒化学通信工程方面的进展，并为不同领域的研究人员提供设计未来微/纳米尺度通信网络的通用策略和基础	微/纳米系统间的化学通信	nanotechnology	NA	nanotechnology, synthetic biology	NA	NA	NA
37	2024-08-07	Probiotic-fermented edible herbs as functional foods: A review of current status, challenges, and strategies 2024-03, Comprehensive reviews in food science and food safety IF:12.0Q1 DOI:10.1111/1541-4337.13305 PMID:38379388	综述	本文综述了益生菌发酵食用草药作为功能性食品的当前研究状态、挑战和策略	强调了益生菌发酵食用草药中活性成分的生物转化及其健康益处	NA	探讨益生菌发酵食用草药在功能性食品中的应用及其健康益处	益生菌发酵食用草药及其功能性食品的应用	NA	慢性疾病	NA	NA	NA	NA
38	2024-08-07	Aspergillus oryzae as a Cell Factory: Research and Applications in Industrial Production 2024-Mar-26, Journal of fungi (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/jof10040248 PMID:38667919	综述	本文综述了利用Aspergillus oryzae作为细胞工厂在工业生产中的研究与应用进展	通过合成生物学和新型遗传工程技术，Aspergillus oryzae被认为是构建细胞工厂的理想候选	其复杂的分泌系统和蛋白质表达调控机制对表达多种异源产品构成挑战	探讨Aspergillus oryzae在工业生产中作为细胞工厂的应用	Aspergillus oryzae的酶分泌系统及其在合成次级代谢物中的应用	生物技术	NA	合成生物学，遗传工程	NA	NA	NA
39	2024-08-07	Machine learning-aided design and screening of an emergent protein function in synthetic cells 2024-Mar-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46203-0 PMID:38443351	研究论文	本文探讨了利用机器学习辅助设计和筛选合成细胞中新兴蛋白质功能的方法	本文首次描述了如何通过计算和体外实验筛选机器学习生成的蛋白质变体，这些变体能够在细胞内形成时空模式	本文仅展示了原理验证，尚未广泛应用于实际工业和生物医学应用	研究如何利用机器学习设计合成蛋白质，以工程化细胞功能	新兴蛋白质功能，如细胞内时空自组织能力	机器学习	NA	机器学习	条件生成模型	蛋白质结构数据	具体样本数量未在摘要中提及
40	2024-08-07	Characterization of CYP82 genes involved in the biosynthesis of structurally diverse benzylisoquinoline alkaloids in Corydalis yanhusuo 2024-Mar-07, Plant molecular biology IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s11103-023-01397-7 PMID:38453737	研究论文	本研究探讨了CYP82基因在Corydalis yanhusuo中苯并异喹啉生物碱（BIAs）生物合成中的催化功能	首次鉴定并表征了Corydalis yanhusuo中的CyCYP82基因，这些基因在BIAs的合成生物学中具有重要作用	NA	研究CYP82基因在苯并异喹啉生物碱生物合成中的作用	Corydalis yanhusuo中的CYP82基因及其在BIAs生物合成中的功能	生物化学	NA	基因克隆	NA	基因序列	20个CyCYP82编码基因