合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-07	Leveraging yeast sequestration to study and engineer posttranslational modification enzymes 2024-Mar, Biotechnology and bioengineering IF:3.5Q2 DOI:10.1002/bit.28621 PMID:38079116	综述	本文综述了利用酵母细胞器隔离技术研究与工程化蛋白质翻译后修饰酶（PTM-酶）的方法	首次详细讨论了酵母内质网隔离技术，并强调了不同系统的主要特点和局限性	NA	旨在全面利用PTM-酶的潜力，解码其酶学和生物学机制，开发探针和调节分子，并赋予其改进和新功能	蛋白质翻译后修饰酶（PTM-酶），包括蛋白酶、蛋白连接酶、氧化还原酶、激酶和其他转移酶	生物医学	NA	酵母细胞器隔离技术	NA	NA	NA
22	2024-08-07	Cell Culture Adaptive Amino Acid Substitutions in FMDV Structural Proteins: A Key Mechanism for Altered Receptor Tropism 2024-03-27, Viruses DOI:10.3390/v16040512 PMID:38675855	综述	本文综述了口蹄疫病毒结构蛋白中细胞培养适应性氨基酸替换的关键机制，及其在改变病毒受体嗜性中的作用	结合了病毒衣壳蛋白中常见的氨基酸替换，探讨了这些替换在病毒适应中的关键作用及其功能特征	NA	旨在通过逆向遗传工程和合成生物学革新口蹄疫病毒疫苗的研发	口蹄疫病毒及其结构蛋白中的氨基酸替换	分子病毒学	口蹄疫	NA	NA	NA	NA
23	2024-08-07	LanTERN: A Fluorescent Sensor That Specifically Responds to Lanthanides 2024-03-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00600 PMID:38377571	研究论文	介绍了一种名为LanTERN的镧系元素响应型荧光蛋白，该蛋白能够特异性地响应镧系元素	LanTERN是基于GCaMP设计的，通过基因工程改造使其从对钙的特异性转变为对镧系元素的特异性，能够直接将镧系元素的结合转化为显著增加的荧光	NA	开发新的合成生物学方法来测量镧系元素的结合	镧系元素响应型荧光蛋白LanTERN	合成生物学	NA	基因工程	荧光蛋白	蛋白质	10种镧系元素
24	2024-08-07	Development of the Static and Dynamic Gene Expression Regulation Toolkit in Pseudomonas chlororaphis 2024-03-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00714 PMID:38377538	研究论文	本研究构建了108个启动子-5'-UTR（PUTR）库，并通过荧光蛋白检测进行特征化，进而开发了静态和动态基因表达调控系统	本研究首次为非模式微生物Pseudomonas chlororaphis开发了静态和动态基因表达调控工具包，有助于精细调控基因表达和重编程代谢通量	NA	开发适用于Pseudomonas chlororaphis的基因表达精确调控工具包	Pseudomonas chlororaphis的基因表达调控	合成生物学	NA	荧光蛋白检测	NA	基因表达数据	108个启动子-5'-UTR（PUTR）
25	2024-08-07	Subunits of an E3 Ligase Complex as Degrons for Efficient Degradation of Cytosolic, Nuclear, and Membrane Proteins 2024-03-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00588 PMID:38404221	研究论文	本文系统分析了多蛋白E3泛素连接酶复合体的四个蛋白亚基作为设计降解子支架的功能，并展示了它们在不同细胞区室中对蛋白质降解的有效性。	本文创新性地利用E3泛素连接酶复合体的亚基作为设计降解子，实现了对细胞质、细胞核和膜蛋白的有效降解，并展示了其在合成生物学中的应用潜力。	文章中提到的E3连接酶亚基对膜和细胞质及细胞核蛋白的降解效率存在差异，需要进一步优化以提高一致性。	研究旨在探索和优化E3泛素连接酶复合体亚基作为设计降解子的应用，以实现对特定蛋白质的有效降解。	研究对象包括E3泛素连接酶复合体的四个蛋白亚基及其在不同细胞区室中对蛋白质降解的影响。	细胞生物学	NA	E3泛素连接酶	NA	蛋白质	不同细胞系中的多种蛋白质目标
26	2024-08-07	Comprehensive Parameter Space Mapping of Cell Cycle Dynamics under Network Perturbations 2024-03-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00631 PMID:38420905	研究论文	本文开发了一种基于液滴的合成细胞系统，用于在多维度上连续调节单细胞水平的参数，并系统性地扰动以细胞周期依赖性激酶（Cdk1）为中心的细胞周期振荡器，从而全面映射网络扰动下的周期景观。	本文提供了一个实验框架，用于全局参数空间扫描，并挑战现有模型，提出一个与观察到的响应相匹配的新模型。	NA	研究细胞周期动力学在网络扰动下的参数空间映射。	细胞周期振荡器及其在网络扰动下的响应。	合成生物学	NA	液滴为基础的合成细胞系统	细胞周期振荡器模型	细胞周期动力学数据	多个维度和全动态范围的单细胞参数调节
27	2024-08-07	An Efficient Method for the Production of High-Purity Bioinspired Large Unilamellar Vesicles 2024-03-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00540 PMID:38423534	研究论文	本文介绍了一种高效且简单的方法，用于生产高纯度的大型单层囊泡（LUVs），其直径范围在450-550 nm之间	本文优化了一种简单且高效的协议，用于生产高纯度的大型单层囊泡（LUVs），并详细研究了不同实验参数对囊泡浓度和大小的影响	NA	为了重现复杂的真核细胞区室化，合成生物学旨在从底层重建细胞膜包被的区室	大型单层囊泡（LUVs）的生产和特性	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
28	2024-08-07	Genetic Parts and Enabling Tools for Biocircuit Design 2024-03-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00691 PMID:38427821	综述	本文综述了用于设计生物电路的现有部件库及其在转录、翻译和翻译后水平的基因表达调控范式，并讨论了将这些部件整合到复杂设备和系统中的必要方面，以及当前对目录和标准化测量数据的努力。	建立了biopartsDB，一个经过精心策划的、具有详细定量数据的遗传部件和设备库数据库，这些数据已通过已发表文献验证。	NA	旨在综述当前用于设计生物电路的部件库及其基因表达调控范式，并讨论如何将这些部件整合到复杂设备和系统中。	遗传部件库及其在生物电路设计中的应用。	合成生物学	NA	NA	NA	数据库	NA
29	2024-08-07	Enzymatic Assembly of Small Synthetic Genes with Repetitive Elements 2024-03-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00665 PMID:38437525	研究论文	本文介绍了一种用于组装含有重复元素的小型合成基因的方法	该方法通过将目标基因分割成带有Golden-Gate兼容末端的小片段，然后通过oligo延伸和Golden Gate Assembly组装成合成基因，解决了重复序列合成效率低的问题	该方法主要针对含有重复元素的基因，对于其他类型的基因可能不适用	开发一种有效的方法来组装含有重复元素的合成基因，以促进合成生物学的发展	含有重复元素的合成基因	合成生物学	NA	Golden Gate Assembly	NA	DNA序列	八个含有重复元素的挑战性基因，大小从133到456个碱基对
30	2024-08-07	An Upstream G-Quadruplex DNA Structure Can Stimulate Gene Transcription 2024-03-15, ACS chemical biology IF:3.5Q2 DOI:10.1021/acschembio.3c00775 PMID:38417105	研究论文	研究通过合成生物学方法探讨G-四链体DNA结构如何影响基因转录	首次通过稳定整合G4形成序列到合成报告基因的启动子中，并插入人类细胞基因组，证明了G4结构在基因启动子内的形成可以刺激转录	NA	探究G-四链体DNA结构对基因转录的影响	G-四链体DNA结构及其对基因转录的作用	NA	NA	合成生物学方法	NA	DNA序列	人类细胞
31	2024-08-07	Models of Chemical Communication for Micro/Nanoparticles 2024-03-19, Accounts of chemical research IF:16.4Q1 DOI:10.1021/acs.accounts.3c00619 PMID:38427324	review	本文综述了微/纳米颗粒间化学通信的工程技术及其在多个领域的应用潜力	探讨了从简单线性通信到复杂交互通信的多种化学通信模型，并展示了这些模型在实验设计中的实现	文章未明确提及当前研究的局限性	总结实验室及其他研究者在微/纳米颗粒化学通信工程方面的进展，并为不同领域的研究人员提供设计未来微/纳米尺度通信网络的通用策略和基础	微/纳米系统间的化学通信	nanotechnology	NA	nanotechnology, synthetic biology	NA	NA	NA
32	2024-08-07	Probiotic-fermented edible herbs as functional foods: A review of current status, challenges, and strategies 2024-03, Comprehensive reviews in food science and food safety IF:12.0Q1 DOI:10.1111/1541-4337.13305 PMID:38379388	综述	本文综述了益生菌发酵食用草药作为功能性食品的当前研究状态、挑战和策略	强调了益生菌发酵食用草药中活性成分的生物转化及其健康益处	NA	探讨益生菌发酵食用草药在功能性食品中的应用及其健康益处	益生菌发酵食用草药及其功能性食品的应用	NA	慢性疾病	NA	NA	NA	NA
33	2024-08-07	Aspergillus oryzae as a Cell Factory: Research and Applications in Industrial Production 2024-Mar-26, Journal of fungi (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/jof10040248 PMID:38667919	综述	本文综述了利用Aspergillus oryzae作为细胞工厂在工业生产中的研究与应用进展	通过合成生物学和新型遗传工程技术，Aspergillus oryzae被认为是构建细胞工厂的理想候选	其复杂的分泌系统和蛋白质表达调控机制对表达多种异源产品构成挑战	探讨Aspergillus oryzae在工业生产中作为细胞工厂的应用	Aspergillus oryzae的酶分泌系统及其在合成次级代谢物中的应用	生物技术	NA	合成生物学，遗传工程	NA	NA	NA
34	2024-08-07	Machine learning-aided design and screening of an emergent protein function in synthetic cells 2024-Mar-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46203-0 PMID:38443351	研究论文	本文探讨了利用机器学习辅助设计和筛选合成细胞中新兴蛋白质功能的方法	本文首次描述了如何通过计算和体外实验筛选机器学习生成的蛋白质变体，这些变体能够在细胞内形成时空模式	本文仅展示了原理验证，尚未广泛应用于实际工业和生物医学应用	研究如何利用机器学习设计合成蛋白质，以工程化细胞功能	新兴蛋白质功能，如细胞内时空自组织能力	机器学习	NA	机器学习	条件生成模型	蛋白质结构数据	具体样本数量未在摘要中提及
35	2024-08-07	Characterization of CYP82 genes involved in the biosynthesis of structurally diverse benzylisoquinoline alkaloids in Corydalis yanhusuo 2024-Mar-07, Plant molecular biology IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s11103-023-01397-7 PMID:38453737	研究论文	本研究探讨了CYP82基因在Corydalis yanhusuo中苯并异喹啉生物碱（BIAs）生物合成中的催化功能	首次鉴定并表征了Corydalis yanhusuo中的CyCYP82基因，这些基因在BIAs的合成生物学中具有重要作用	NA	研究CYP82基因在苯并异喹啉生物碱生物合成中的作用	Corydalis yanhusuo中的CYP82基因及其在BIAs生物合成中的功能	生物化学	NA	基因克隆	NA	基因序列	20个CyCYP82编码基因
36	2024-08-07	CRISPRi-induced transcriptional regulation of IAH1 gene and its influence on volatile compounds profile in Kluyveromyces marxianus DU3 2024-Mar-05, World journal of microbiology & biotechnology IF:4.0Q2 DOI:10.1007/s11274-023-03811-0 PMID:38441729	研究论文	本研究利用CRISPR干扰技术下调Kluyveromyces marxianus DU3菌株中的IAH1基因表达，并分析其对挥发性化合物代谢谱的影响	首次在Kluyveromyces marxianus中应用CRISPRi技术进行基因表达的靶向调控，为代谢工程和合成生物学策略提供了新途径	NA	研究IAH1基因下调对Kluyveromyces marxianus中挥发性化合物代谢谱的影响	Kluyveromyces marxianus DU3菌株中的IAH1基因及其编码的酯酶	代谢工程	NA	CRISPR干扰技术	NA	基因表达数据	Kluyveromyces marxianus DU3菌株
37	2024-08-07	A general model for predicting enzyme functions based on enzymatic reactions 2024-Mar-31, Journal of cheminformatics IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13321-024-00827-y PMID:38556873	研究论文	本文介绍了一种基于BERT的多分类模型BEC-Pred，用于预测与反应相关的酶委员会（EC）编号	BEC-Pred模型利用迁移学习，通过分析底物和产物的SMILES序列，实现了对广泛酶委员会（EC）编号的精确预测	NA	开发一种高效准确的模型来预测酶的功能	酶的功能预测	机器学习	NA	BERT	BERT	文本	NA
38	2024-08-07	Design and assembly of the 117-kb Phaeodactylum tricornutum chloroplast genome 2024-Mar-29, Plant physiology IF:6.5Q1 DOI:10.1093/plphys/kiad670 PMID:38114089	研究论文	本文展示了两种高效克隆117 kb的Phaeodactylum tricornutum叶绿体基因组的方法	开发了两种新的叶绿体基因组克隆方法，效率高达90%至100%，并可稳定维持和传播于大肠杆菌中	方法可能仅适用于具有相似叶绿体基因组大小和结构的物种	开发新的叶绿体基因组克隆技术，以扩展合成生物学底盘的选择	Phaeodactylum tricornutum叶绿体基因组	合成生物学	NA	PCR扩增、酵母重组	NA	DNA	至少10个酵母菌落
39	2024-08-07	GraphKM: machine and deep learning for KM prediction of wildtype and mutant enzymes 2024-Mar-28, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05746-1 PMID:38549073	研究论文	本文提出了一种基于深度学习框架PaddlePaddle的机器和深度学习方法GraphKM，用于预测野生型和突变酶的Michaelis常数K	GraphKM结合了图神经网络（GNN）、全连接层和梯度提升框架，通过分子图和预训练的基于transformer的语言模型来表示底物和酶，以构建模型输入	现有的机器和深度学习模型仅限于特定酶，如少数酶或野生型酶	提高酶动力学研究的步伐，通过预测K值来替代耗时且困难的实验测量	野生型和突变酶的Michaelis常数K	机器学习	NA	深度学习	图神经网络（GNN）、全连接层、梯度提升框架	分子图、文本	独立K数据集HXKm
40	2024-08-07	The AP2/ERF Transcription Factor PgERF120 Regulates Ginsenoside Biosynthesis in Ginseng 2024-Mar-13, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14030345 PMID:38540764	研究论文	研究了AP2/ERF转录因子PgERF120在人参中对人参皂苷生物合成的影响	首次报道了AP2/ERF转录因子在调节药用植物主要活性成分合成及响应生物和非生物胁迫中的作用	NA	验证PgERF120基因在人参皂苷合成中的调控作用，为研究人参功能基因提供理论基础	人参中的AP2/ERF转录因子PgERF120及其对人参皂苷合成的影响	NA	NA	荧光定量PCR	NA	基因表达数据	使用了人参发根中的七个AP2/ERF基因和三个关键酶基因进行实验