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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-08-07 |
Engineering pluripotent stem cells with synthetic biology for regenerative medicine
2024-Apr, Medical review (2021)
DOI:10.1515/mr-2023-0050
PMID:38680679
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综述 | 本文综述了利用合成生物学工具在多能干细胞工程领域的进展、挑战及其在再生医学中的应用 | 介绍了合成受体和遗传电路在精确控制细胞命运决策和功能重建中的作用 | 该领域仍处于初级阶段,部分原因是缺乏稳健和精确控制干细胞行为的策略 | 探讨合成生物学在多能干细胞工程中的应用,以推动再生医学的发展 | 多能干细胞及其衍生的细胞和多细胞系统,特别是类器官 | 再生医学 | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 42 | 2024-08-07 |
Unravelling and reconstructing the biosynthetic pathway of bergenin
2024-Apr-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-47502-2
PMID:38670975
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研究论文 | 本文阐明了Ardisia japonica中bergenin的生物合成途径,并通过代谢工程在E. coli中重建了其前体的从头生物合成途径,提高了bergenin的产量 | 首次阐明了bergenin的生物合成途径,并通过合成生物学方法在E. coli中重建了其前体的从头生物合成途径,显著提高了bergenin的产量 | NA | 阐明bergenin的生物合成途径并提高其产量,以解决其资源短缺问题 | bergenin的生物合成途径及其前体的从头生物合成 | 合成生物学 | 慢性气管炎 | 代谢工程 | NA | NA | 3升生物反应器 | NA | NA | NA | NA |
| 43 | 2024-08-07 |
A Point Mutation in Cassette Relieves the Repression Regulation of CcpA Resulting in an Increase in the Degradation of 2,3-Butanediol in Lactococcus lactis
2024-Apr-11, Microorganisms
IF:4.1Q2
DOI:10.3390/microorganisms12040773
PMID:38674718
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研究论文 | 本研究探讨了乳酸乳球菌中CcpA转录调控因子对2,3-丁二醇代谢的影响,发现一个点突变导致CcpA从应答元件解离,从而激活了2,3-丁二醇脱氢酶基因簇的表达 | 首次报道了乳酸菌中CcpA抑制效应的消除,改变了酶催化方向和碳代谢方向 | NA | 研究CcpA对乳酸乳球菌中2,3-丁二醇代谢的调控机制 | 乳酸乳球菌中的CcpA转录调控因子和2,3-丁二醇代谢 | NA | NA | 定量聚合酶链反应(Q-PCR),微量热泳动实验 | NA | 转录组数据 | N8-1和N8-2两种突变菌株 | NA | NA | NA | NA |
| 44 | 2024-08-07 |
Biology System Description Language (BiSDL): a modeling language for the design of multicellular synthetic biological systems
2024-Apr-25, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05782-x
PMID:38664639
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研究论文 | 介绍了一种名为BiSDL的计算语言,用于设计和模拟多细胞合成生物系统 | BiSDL填补了现有技术中在表示多细胞设计中空间性和多层次细胞动态方面的空白 | NA | 开发一种易于使用的计算语言,用于设计和模拟多细胞合成生物系统 | 多细胞合成生物系统 | 合成生物学 | NA | NA | Nets-Within-Nets (NWNs) | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 45 | 2024-08-07 |
Utilizing 5' UTR Engineering Enables Fine-Tuning of Multiple Genes within Operons to Balance Metabolic Flux in Bacillus subtilis
2024-Apr-19, Biology
DOI:10.3390/biology13040277
PMID:38666889
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研究论文 | 本研究利用高通量筛选策略,从168基因组中识别出一种5' UTR序列,该序列能够显著提高EGFP的表达水平,并通过调控操纵子中的基因表达,优化了枯草芽孢杆菌中的代谢通量,从而增加了核黄素的产量。 | 本研究首次利用5' UTR序列进行基因表达的精细调控,构建了一个5' UTR库,实现了对操纵子中基因表达的广泛调控,显著提高了核黄素的产量。 | NA | 通过合成生物学工具精细调控基因表达,优化代谢通量,提高目标产品的产量。 | 枯草芽孢杆菌中的基因表达和代谢通量调控。 | 合成生物学 | NA | 高通量筛选 | NA | 基因序列 | 涉及168基因组的5' UTR序列 | NA | NA | NA | NA |
| 46 | 2024-08-07 |
Multiplex genetic manipulations in Clostridium butyricum and Clostridium sporogenes to secrete recombinant antigen proteins for oral-spore vaccination
2024-Apr-24, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-024-02389-y
PMID:38659027
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研究论文 | 本文通过基因工程手段改造梭状芽孢杆菌,使其能够分泌重组抗原蛋白,用于口服疫苗的研发 | 利用非典型翻译起始密码子AUU,成功克服了在E. coli中克隆困难蛋白的挑战,并实现了在梭状芽孢杆菌中的重组蛋白分泌 | NA | 探索利用梭状芽孢杆菌作为口服疫苗载体的可能性 | 梭状芽孢杆菌C. butyricum和C. sporogenes | 生物技术 | 癌症, 病毒性疾病 | 基因工程 | NA | 蛋白质 | 涉及多种梭状芽孢杆菌菌株和重组抗原蛋白 | NA | NA | NA | NA |
| 47 | 2024-08-07 |
Metal-Organic Framework-Mediated Delivery of Nucleic Acid across Intact Plant Cells
2024-Apr-17, ACS applied materials & interfaces
IF:8.3Q1
DOI:10.1021/acsami.3c19571
PMID:38564422
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research paper | 本研究探讨了利用金属有机框架(MOFs)通过渗透方式将核酸递送至完整植物细胞的方法 | 本研究采用了小尺寸的ZIF-8纳米颗粒(小于20 nm),有效实现了DNA/RNA向叶片和根部的递送,并展示了其在保护RNA免受RNase降解和通过递送siRNA沉默内源基因方面的应用 | NA | 解决植物细胞壁和完整细胞膜对基因递送的挑战 | 植物细胞和核酸递送 | NA | NA | 金属有机框架(MOFs) | NA | DNA/RNA | 叶片和根部 | NA | NA | NA | NA |
| 48 | 2024-08-07 |
Strategies for the efficient biosynthesis of β-carotene through microbial fermentation
2024-Apr-12, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-024-03955-7
PMID:38607448
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综述 | 本文综述了通过微生物发酵高效合成β-胡萝卜素的研究进展和策略 | 介绍了利用廉价碳源合成β-胡萝卜素以及提出进一步提高β-胡萝卜素产量的新策略 | NA | 总结天然类胡萝卜素产生菌和代谢工程策略在工程微生物异源合成β-胡萝卜素中的应用 | β-胡萝卜素的微生物发酵合成 | NA | 心血管疾病 | 微生物发酵 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 49 | 2024-08-07 |
[Development the agricultural synthesis biology course for postgraduates]
2024-Apr-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.230539
PMID:38658161
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research paper | 本文介绍了为研究生开设的农业合成生物学课程的开发 | 该课程强调跨学科合作、创新和新技术实际应用,旨在培养学生解决生物育种领域关键科技问题的能力 | NA | 旨在培养研究生在生物育种领域的科技创新能力 | 研究生 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 50 | 2024-08-07 |
Engineering a synthetic gene circuit for high-performance inducible expression in mammalian systems
2024-Apr-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-47592-y
PMID:38632224
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研究论文 | 本文介绍了一种用于哺乳动物系统中高表现诱导表达的合成基因电路CASwitch的设计与应用 | CASwitch结合了Coherent Feed-Forward Loop和Mutual Inhibition两种网络结构,以及CRISPR-Cas内切酶CasRx和Tet-On3G诱导基因系统,实现了在不修改转录因子或启动子的情况下,减少泄漏表达同时保持高表达 | NA | 设计并验证一种新的合成基因电路,用于在哺乳动物系统中实现高效诱导基因表达 | 合成基因电路CASwitch及其在不同生物技术应用中的性能 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas | 合成基因电路 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 51 | 2024-08-07 |
CRISPR-COPIES: an in silico platform for discovery of neutral integration sites for CRISPR/Cas-facilitated gene integration
2024-Apr-12, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae062
PMID:38346683
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研究论文 | 开发了一个名为CRISPR-COPIES的计算平台,用于发现CRISPR/Cas系统辅助基因整合的中性整合位点 | 利用ScaNN模型进行基于嵌入的最近邻搜索,快速准确地识别细菌和真菌基因组中的基因间位点 | NA | 解决CRISPR/Cas系统在基因整合中寻找最佳染色体位点的难题 | CRISPR/Cas系统的中性整合位点 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas系统 | ScaNN | 基因组数据 | 涉及三种不同物种:酿酒酵母、Cupriavidus necator和HEK293T细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 52 | 2024-08-07 |
Peptide nucleic acid-assisted generation of targeted double-stranded DNA breaks with T7 endonuclease I
2024-Apr-12, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae148
PMID:38421613
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研究论文 | 本文利用γ-修饰的肽核酸(γPNAs)促进靶向特异性DNA入侵,并使用T7核酸内切酶I(T7EI)识别并切割γPNA入侵的DNA,实现双链DNA断裂(DSBs)的引入。 | 开发了一种新的PNA引导的T7EI(PG-T7EI)技术,该技术能够作为可编程核酸酶,在体外广泛条件下生成单个或多个特定的DSBs,并具有在大型基因组操作中应用的潜力。 | NA | 探索和扩展DNA操作技术,包括体外和体内的克隆、大片段DNA组装和基因编辑。 | γ-修饰的肽核酸(γPNAs)和T7核酸内切酶I(T7EI)在DNA操作中的应用。 | 生物技术 | NA | 肽核酸(PNA)和T7核酸内切酶I(T7EI) | NA | DNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 53 | 2024-08-07 |
Revealing the grammar of small RNA secretion using interpretable machine learning
2024-Apr-10, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2024.100522
PMID:38460515
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研究论文 | 本文介绍了ExoGRU机器学习模型,用于预测小RNA从初级RNA序列中的分泌概率,并通过实验验证了其性能 | 开发了ExoGRU模型和exoCLIP技术,揭示了小RNA分泌的cis和trans因子,包括已知和新发现的RNA结合蛋白 | NA | 揭示小RNA分泌的生物学机制,并探索其在治疗和合成生物学中的应用 | 小RNA的分泌机制及其相关的RNA结合蛋白 | 机器学习 | NA | 机器学习 | ExoGRU | RNA序列 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 54 | 2024-08-07 |
Self-assembly of stabilized droplets from liquid-liquid phase separation for higher-order structures and functions
2024-Apr-09, Communications chemistry
IF:5.9Q1
DOI:10.1038/s42004-024-01168-5
PMID:38594355
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综述 | 本文综述了通过液-液相分离产生的动态微尺度液滴的稳定化策略及其在合成生物学和生物医学材料中的应用 | 探讨了如何通过自组装使稳定化的液滴形成更高阶结构,展示协同功能,以充分发挥其在自下而上合成生物学和生物医学应用中的潜力 | NA | 探讨液滴稳定化及其在合成生物学和生物医学材料中的应用 | 液-液相分离产生的动态微尺度液滴 | NA | NA | 液-液相分离 (LLPS) | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 55 | 2024-08-07 |
Insights into the Impact of Trans-Zeatin Overproduction-Engineered Sinorhizobium meliloti on Alfalfa (Medicago sativa L.) Tolerance to Drought Stress
2024-Apr-17, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.4c00115
PMID:38564678
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研究论文 | 研究通过合成生物学方法改造根瘤菌,使其过量生产反式玉米素,以提高苜蓿对干旱胁迫的耐受性 | 首次通过基因工程改造植物促生长根瘤菌,增加细胞分裂素的产量,以增强苜蓿的干旱耐受性 | 在非干旱条件下,改造后的根瘤菌对苜蓿生物量和根瘤形成没有显著影响 | 研究如何通过基因工程提高苜蓿对干旱胁迫的耐受性 | 反式玉米素过量生产的根瘤菌和苜蓿 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | 两株改造后的根瘤菌 | NA | NA | NA | NA |
| 56 | 2024-08-07 |
Rainbow screening: Chromoproteins enable visualized molecular cloning
2024-Apr, Biotechnology journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/biot.202400114
PMID:38622790
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Rainbow Screening的新方法,通过结合Gibson Assembly和chromoproteins,实现无需额外遗传操作或成本的分子克隆可视化筛选 | Rainbow Screening方法简化了分子克隆的可视化过程,无需额外遗传操作或成本,通过肉眼即可区分大肠杆菌菌落 | NA | 开发一种简化的分子克隆可视化筛选方法 | 大肠杆菌菌落和插入片段(E. coli 16s rRNA和sfGFP表达模块) | 生物技术 | NA | Gibson Assembly | NA | 菌落 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 57 | 2024-08-07 |
Optogenetic and chemogenetic approaches for modeling neurological disorders in vivo
2024-Apr, Progress in neurobiology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.pneurobio.2024.102600
PMID:38548126
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综述 | 本文综述了基于光遗传学和化学遗传学的动物模型在人类神经退行性疾病研究中的应用 | 光遗传学和化学遗传学技术为研究人类神经退行性疾病提供了新的机会,能够在细胞水平上模拟多种病理状态 | NA | 探讨光遗传学和化学遗传学在模拟人类神经退行性疾病中的应用及未来发展方向 | 人类神经退行性疾病,包括与年龄相关的痴呆、阿尔茨海默病、帕金森病、肌萎缩侧索硬化症、癫痫和共济失调等 | NA | 神经退行性疾病 | 光遗传学和化学遗传学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 58 | 2024-08-07 |
Two Cytochrome P450 Enzymes Form the Tricyclic Nested Skeleton of Meroterpenoids by Sequential Oxidative Reactions
2024-Apr-11, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.4c01943
PMID:38602511
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研究论文 | 本文研究了两种细胞色素P450酶在形成三环嵌套骨架过程中的氧化反应作用 | 首次发现并证明了ClaR和ClaT两种酶在clavilactone生物合成中的关键作用,特别是ClaR作为大环酶催化非萜类部分的氧化环化 | NA | 探索并阐明在clavilactone生物合成中形成10/5/3三环嵌套骨架的自然酶机制 | clavilactone的生物合成机制及其在真菌中的基因簇 | NA | NA | 细胞色素P450单加氧酶 | NA | 基因簇 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 59 | 2024-08-07 |
Design of a Biohybrid Materials Circuit with Binary Decoder Functionality
2024-Apr, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202308092
PMID:38118057
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研究论文 | 本文设计了一种基于蛋白酶的生物混合材料电路,具有二进制解码功能 | 开发了一组可通过诱导或抑制其生物活性来调控的蛋白酶基生物混合模块,并将其应用于材料中进行信息处理 | NA | 将合成生物学中的计算功能转移到材料系统中,实现高级信息处理电路的实现 | 蛋白酶基生物混合模块及其在材料中的应用 | 生物技术 | NA | 生物工程 | NA | 生物分子 | 2输入/4输出二进制解码器 | NA | NA | NA | NA |
| 60 | 2024-08-07 |
The emerging tumor microbe microenvironment: From delineation to multidisciplinary approach-based interventions
2024-Apr, Acta pharmaceutica Sinica. B
DOI:10.1016/j.apsb.2023.11.018
PMID:38572104
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综述 | 本文综述了肿瘤微环境中的微生物群落,探讨了其在肿瘤发生、转移、免疫监视和预后中的作用,以及多学科方法在肿瘤微生物组干预中的应用。 | 强调了肿瘤微环境中微生物群落的新角色及其对传统肿瘤微环境的多样化影响。 | NA | 深入理解癌症-免疫-微生物的相互作用,并促进基于微生物的肿瘤特异性治疗的发展。 | 肿瘤微环境中的微生物群落及其在不同类型肿瘤中的异质性。 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |