合成生物学相关文章
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当前共找到 109 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2024-12-20 |
Broadening the application of Yarrowia lipolytica synthetic biology tools to explore the potential of Yarrowia clade diversity
2024-06, Microbiology (Reading, England)
DOI:10.1099/mic.0.001472
PMID:38913407
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研究论文 | 本研究展示了将Yarrowia lipolytica合成生物学工具应用于Yarrowia分支其他酵母菌株的潜力 | 首次将Yarrowia lipolytica的合成生物学工具应用于Yarrowia分支的其他酵母菌株，展示了这些工具的多功能性 | 研究仅限于表达荧光蛋白和类胡萝卜素途径，尚未全面评估其他潜在应用 | 探索Yarrowia分支多样性在工业应用中的潜力 | Yarrowia分支的其他酵母菌株 | 合成生物学 | NA | Golden Gate工具包 | NA | NA | 至少五个Yarrowia分支的成员 |
| 2 | 2024-12-18 |
Engineered bacteria that self-assemble "bioglass" polysilicate coatings display enhanced light focusing
2024-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.03.597164
PMID:38895271
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研究论文 | 本文通过合成生物学方法，利用细菌自组装形成生物玻璃多硅酸盐涂层，展示了增强的光聚焦能力 | 本文创新性地利用细菌表达来自海生海绵的硅酸盐生物矿化酶silicatein，使其自组装形成生物玻璃涂层，并展示了比未修饰细菌更强的光聚焦能力 | NA | 开发环境友好且具有可调结构特性的活体微透镜，并探索其在光学和光子技术中的应用潜力 | 表达silicatein酶的工程细菌及其自组装的生物玻璃涂层 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA |
| 3 | 2024-11-11 |
The elimination of two restriction enzyme genes allows for electroporation-based transformation and CRISPR-Cas9-based base editing in the non-competent Gram-negative bacterium Acinetobacter sp. Tol 5
2024-06-18, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.00400-24
PMID:38722179
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研究论文 | 本研究通过删除两种限制性酶基因，实现了非竞争性革兰氏阴性菌Acinetobacter sp. Tol 5的电穿孔转化和CRISPR-Cas9基础编辑 | 首次在Acinetobacter sp. Tol 5中实现了高效的电穿孔转化和CRISPR-Cas9基础编辑，为环境分离菌的基因改造提供了新策略 | NA | 开发环境分离菌Acinetobacter sp. Tol 5的基因改造方法，以促进其在合成生物学中的应用 | Acinetobacter sp. Tol 5菌株及其基因改造 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9基础编辑 | NA | DNA | NA |
| 4 | 2024-10-28 |
Regulatory RNAs in Bacillus subtilis: A review on regulatory mechanism and applications in synthetic biology
2024-Jun, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2024.01.013
PMID:38385150
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综述 | 本文综述了枯草芽孢杆菌中调控RNA的机制及其在合成生物学中的应用 | 本文首次系统总结了枯草芽孢杆菌中内源性调控RNA的机制和功能，并探讨了其在合成生物学领域的工程和实际应用 | 主要集中在枯草芽孢杆菌上，未涵盖其他细菌模型 | 总结枯草芽孢杆菌中调控RNA的机制及其在合成生物学中的应用 | 枯草芽孢杆菌中的调控RNA及其在合成生物学中的应用 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5 | 2024-10-27 |
Bacterial imaging in tumour diagnosis
2024-06, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.14474
PMID:38808743
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研究论文 | 本文探讨了利用细菌成像技术在肿瘤诊断中的应用 | 提出了将细菌与成像技术结合以实现肿瘤诊断的创新方法 | 细菌在肿瘤中的丰度较低且分布不均，空间数据维度高，成像标记工具有限 | 研究细菌成像技术在肿瘤诊断中的应用，并开发新的成像方法 | 肿瘤相关细菌及其在成像技术中的应用 | 数字病理学 | NA | 成像技术（光学技术、声学成像、磁共振成像、核医学成像） | NA | 图像 | NA |
| 6 | 2024-10-24 |
Iterative deep learning-design of human enhancers exploits condensed sequence grammar to achieve cell type-specificity
2024-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.14.599076
PMID:38915713
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研究论文 | 本文应用迭代深度学习设计具有细胞类型特异性的合成增强子 | 本文首次使用迭代深度学习方法设计合成增强子，并通过实验验证和优化，实现了增强子在不同细胞系中的特异性表达 | 本文仅在两个人类细胞系中验证了增强子的特异性，尚未在更多细胞类型中进行广泛验证 | 设计具有细胞类型特异性的合成增强子 | 合成增强子及其在不同细胞系中的特异性表达 | 合成生物学 | NA | 迭代深度学习 | NA | 序列数据 | 两个人类细胞系 |
| 7 | 2024-10-18 |
Controlling the expression of heterologous genes in Bdellovibrio bacteriovorus using synthetic biology strategies
2024-06, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.14517
PMID:38934530
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研究论文 | 本文研究了在Bdellovibrio bacteriovorus HD100中使用合成生物学策略控制异源基因表达的方法 | 首次将分层组装克隆技术Golden Standard (GS) 适应于B. bacteriovorus HD100，并结合Tn7转座子的移动元件进行染色体整合，系统地表征了一系列组成型和诱导型启动子，实现了对该细菌中异源基因表达的控制 | 缺乏适用于捕食者驯化的合成生物学工具 | 开发适用于B. bacteriovorus HD100的合成生物学工具，以实现其在微生物生物技术中的应用 | Bdellovibrio bacteriovorus HD100中的异源基因表达控制 | 合成生物学 | NA | 分层组装克隆技术Golden Standard (GS)，Tn7转座子 | NA | NA | NA |
| 8 | 2024-10-12 |
Bacterial microcompartments as a next-generation metabolic engineering tool: utilizing nature's solution for confining challenging catabolic pathways
2024-06-26, Biochemical Society transactions
IF:3.8Q2
DOI:10.1042/BST20230229
PMID:38813858
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研究论文 | 本文探讨了细菌微区室作为下一代代谢工程工具的潜力，通过利用自然界提供的解决方案来限制具有挑战性的分解代谢途径 | 本文介绍了细菌微区室（BMCs）作为一种自主催化模块，能够克服异源生产途径中的低通量、酶的杂乱性、有毒中间体的形成或中间体流失到竞争反应中的问题 | NA | 研究细菌微区室在代谢工程中的应用，以提高生物产品的合成效率 | 细菌微区室及其在异源代谢途径中的应用 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 9 | 2024-10-04 |
Engineering bacterial warriors: harnessing microbes to modulate animal physiology
2024-Jun, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2024.103113
PMID:38564969
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研究论文 | 本文探讨了利用微生物调节动物生理的合成生物学方法 | 利用微生物与动物的共生关系，通过工程化微生物有效操纵动物生理 | 多细胞动物的工程化仍具有挑战性，因其系统复杂性 | 重新编程活体系统以实现预定的生物功能 | 微生物与动物的共生关系 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10 | 2024-09-14 |
Partial RNA design
2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae222
PMID:38940170
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研究论文 | 本文提出了一种新的RNA设计范式——部分RNA设计，通过分离设计空间和目标，实现了对RNA序列和结构约束的精确控制 | 提出了部分RNA设计这一新范式，解决了现有RNA设计方法在搜索空间定义上的局限性 | NA | 开发一种新的RNA设计方法，以实现对RNA序列和结构约束的精确控制 | RNA序列和结构 | 生物技术 | NA | RNA设计 | libLEARNA算法 | RNA序列 | NA |
| 11 | 2024-09-14 |
RiboDiffusion: tertiary structure-based RNA inverse folding with generative diffusion models
2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae259
PMID:38940178
|
研究论文 | 本文提出了一种基于生成扩散模型的RNA逆折叠方法RiboDiffusion，用于从3D结构生成RNA序列 | RiboDiffusion利用图神经网络和Transformer模型，能够从3D RNA骨架结构生成RNA序列，并在序列恢复和多样性之间进行权衡 | NA | 解决RNA逆折叠问题，即从给定的结构约束中找到功能性RNA序列 | RNA序列和其3D结构 | 生物信息学 | NA | 生成扩散模型 | 图神经网络、Transformer | RNA序列和3D结构 | 不同长度和类型的RNA |
| 12 | 2024-08-24 |
Biophysical characterization of synthetic adhesins for predicting and tuning engineered living material properties
2024-Jun-05, Matter
IF:17.3Q1
DOI:10.1016/j.matt.2024.03.019
PMID:39165662
|
研究论文 | 本文通过多种生物物理方法对细菌合成粘附工具箱进行了定量表征 | 本文展示了通过关键参数对工程活体材料（ELM）宏观性质（拉伸强度）的预测和定量调节 | 合成粘附蛋白的表征和控制仍有待进一步发展 | 研究细菌合成多细胞系统的粘附特性，以优化工程活体材料的应用 | 细菌合成粘附工具箱及其在工程活体材料中的应用 | 生物工程 | NA | 生物物理方法 | NA | 生物数据 | NA |
| 13 | 2024-08-17 |
Enhancing Gene Synthesis Security: An Updated Framework for Synthetic Nucleic Acid Screening and the Responsible Use of Synthetic Biological Materials
2024-Jun, Applied biosafety : journal of the American Biological Safety Association
IF:0.5Q4
DOI:10.1089/apb.2023.0036
PMID:39144102
|
研究论文 | 本文介绍了2023年更新的合成核酸筛选框架及其对生命科学研究社区的影响 | 更新了2010年的合成双链DNA筛选框架，扩展了其范围和适用实体 | NA | 旨在增强基因合成安全性，推动合成生物材料的责任使用 | 合成核酸的筛选框架及其在生命科学研究中的应用 | 合成生物学 | NA | 合成生物技术 | NA | 文本 | 2020年收到15份回复共220页，2022年收到26份回复共79页 |
| 14 | 2024-08-14 |
Biosecurity Risk Assessment for the Use of Artificial Intelligence in Synthetic Biology
2024-Jun, Applied biosafety : journal of the American Biological Safety Association
IF:0.5Q4
DOI:10.1089/apb.2023.0031
PMID:39131181
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研究论文 | 本文提出了一种专门针对合成生物学中人工智能应用的生物安全风险评估流程 | 首次在文献中提供了生物安全风险评估工具和方法，有助于负责任地整合人工智能于合成生物学 | NA | 解决人工智能与合成生物学整合带来的复杂生物安全挑战 | 人工智能在合成生物学中的应用及其生物安全风险 | 合成生物学 | NA | 人工智能 | 语言模型 | NA | 以大型语言模型“ChatGPT 4.0”为例进行风险评估 |
| 15 | 2024-08-14 |
Developing a Common Global Baseline for Nucleic Acid Synthesis Screening
2024-Jun, Applied biosafety : journal of the American Biological Safety Association
IF:0.5Q4
DOI:10.1089/apb.2023.0034
PMID:39131178
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研究论文 | 本文介绍了开发用于核酸合成筛选的全球通用基准机制的过程和目的 | 提出了一个全球通用的核酸合成筛选机制，旨在解决当前的障碍并促进国际间的筛选实践 | 文章提到了在开发筛选实践中仍存在的挑战 | 确保合成核酸的安全和负责任使用，防止其滥用 | 核酸合成筛选的国际标准和机制 | 生物安全 | NA | 核酸合成筛选技术 | NA | NA | NA |
| 16 | 2024-08-08 |
Parsing patterns: Emerging roles of tissue self-organization in health and disease
2024-Jun-20, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.05.016
PMID:38906093
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综述 | 本文综述了组织自组织在胚胎和成体组织中的模式形成原理和机制，并探讨了其在健康和疾病中的作用。 | 提出基于组织自组织模式的设计，可以用于合成生物学和复杂模式器官的生成。 | NA | 探讨组织自组织在健康和疾病中的作用及其在生物学和医学中的应用潜力。 | 胚胎和成体组织中的自组织模式及其在健康和疾病中的作用。 | 生物学 | 炎症性皮肤病，肿瘤 | NA | NA | NA | NA |
| 17 | 2024-08-08 |
Expanding the capabilities of MuGENT for large-scale genetic engineering of the fastest-replicating species, Vibrio natriegens
2024-Jun-04, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.03964-23
PMID:38667341
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研究论文 | 本文扩展了多重基因组编辑自然转化技术（MuGENT）在快速复制细菌Vibrio natriegens中的应用 | 识别了中性插入位点，展示了两个选择标记在此位点的交换，开发了消除诱导自然转化所需质粒的稳健方法，并展示了MuGENT在细菌中创建大规模删除的能力 | NA | 扩展MuGENT技术在Vibrio natriegens中的应用，提高其作为合成生物学模型生物的实用性 | Vibrio natriegens细菌 | 合成生物学 | NA | 多重基因组编辑自然转化技术（MuGENT） | NA | NA | NA |
| 18 | 2024-08-07 |
Biodiversity as a firewall to engineered microbiomes for restoration and conservation
2024-Jun, Royal Society open science
IF:2.9Q1
DOI:10.1098/rsos.231526
PMID:39100153
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研究论文 | 本文通过数学模型模拟了合成生物学干预对生态系统的影响，探讨了其对生物多样性和生态网络的潜在影响。 | 本文首次通过数学模型展示了合成生物学干预如何通过抑制共享资源的衰减来增加生物多样性，并成功地将合成生物融入生态网络。 | 本文主要基于数学模型进行模拟，实际应用中的效果和影响可能有所不同。 | 探讨合成生物学在生态恢复和保护中的应用及其对生物多样性的影响。 | 生态系统中的生物多样性和合成生物学干预的效果。 | 生态学 | NA | 数学模型 | NA | NA | NA |
| 19 | 2024-08-05 |
Debottlenecking the L-DOPA 4,5-dioxygenase step with enhanced tyrosine supply boosts betalain production in Nicotiana benthamiana
2024-Jun-28, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiae166
PMID:38498597
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研究论文 | 本研究探讨了增强L-酪氨酸供应对烟草中甜菜素产生的影响 | 本研究首次揭示了L-DOPA 4,5-二氧化酶在甜菜素生物合成中扮演的关键限速角色 | 在共表达甜菜素途径基因时，甜菜素水平意外下降，未能高效转换为甜菜素 | 研究植物中如何通过增强前体供应来提高甜菜素的生产 | 研究对象为烟草植物(Nicotiana benthamiana)及其甜菜素生产 | 合成生物学 | NA | 基因表达 | NA | 化学成分 | 使用了烟草植物的叶子进行实验 |
| 20 | 2024-08-05 |
Removal of the large inverted repeat from the plastid genome reveals gene dosage effects and leads to increased genome copy number
2024-06, Nature plants
IF:15.8Q1
DOI:10.1038/s41477-024-01709-9
PMID:38802561
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研究论文 | 本研究揭示了去除叶绿体基因组中的大型倒置重复对基因剂量效应的影响及其导致基因组拷贝数增加的机制 | 本研究首次系统性地证明了叶绿体中的倒置重复区可以增强翻译能力，并探讨了基因组大小与拷贝数之间的关系 | 本研究主要基于烟草的叶绿体基因组，可能限制了结果的普遍适用性 | 探讨叶绿体基因组中倒置重复区的功能重要性及其对基因剂量效应的影响 | 烟草的叶绿体基因组及其功能特性 | 数字病理 | NA | 叶绿体转化技术 | NA | NA | 生成了具有显著减少叶绿体基因组大小的植物 |