合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-12-20	Diverting organic waste from landfills via insect biomanufacturing using engineered black soldier flies (Hermetia illucens) 2024-07-24, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06516-8 PMID:39048665	研究论文	本文探讨了利用工程化黑水虻（Hermetia illucens）进行昆虫生物制造，以减少有机废物进入垃圾填埋场，并将其转化为高价值产品	利用合成生物学开发黑水虻作为可持续的生物制造平台，将多种有机废物转化为增强的动物饲料、高价值生物分子和改良肥料	NA	实现循环经济，减少有机废物处理问题	黑水虻（Hermetia illucens）及其在有机废物转化中的应用	NA	NA	合成生物学	NA	NA	NA
2	2024-12-19	Efficient and markerless gene integration with SlugCas9-HF in Kluyveromyces marxianus 2024-07-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06487-w PMID:38956406	研究论文	本文介绍了一种基于CRISPR-Cas9的多位点基因整合方法，用于在非传统酵母Kluyveromyces marxianus中组装多个外源基因	使用高保真Cas9核酸酶SlugCas9-HF提高了基因编辑的精确度，并开发了一种CRISPR-based的生物合成工具包，能够实现大基因模块的基因组整合和多位点同时整合	NA	开发一种高效的基因整合方法，促进Kluyveromyces marxianus在工业生产中的应用	非传统酵母Kluyveromyces marxianus	合成生物学	NA	CRISPR-Cas9	NA	基因组	NA
3	2024-12-14	A directed enolization strategy enables by-product-free construction of contiguous stereocentres en route to complex amino acids 2024-Jul, Nature chemistry IF:19.2Q1 DOI:10.1038/s41557-024-01473-5 PMID:38565976	研究论文	本文展示了一种铱催化策略，通过直接上转换简单烯烃和甘氨酸衍生物，合成具有β-立体中心的α-氨基酸	该方法利用甘氨酸衍生的N-H单元的天然导向能力，促进铱催化的邻近羰基的烯醇化，从而实现高水平的区域和立体控制，且具有完全的原子经济性	NA	开发一种高效的合成方法，用于合成具有β-立体中心的α-氨基酸	具有β-立体中心的α-氨基酸	NA	NA	铱催化	NA	NA	NA
4	2024-10-27	Rhodopsin-based light-harvesting system for sustainable synthetic biology 2024-07, Microbial biotechnology IF:4.8Q1 DOI:10.1111/1751-7915.14521 PMID:38949508	评论	本文探讨了利用视紫红质在可持续合成生物学中的应用及其未来潜力	视紫红质具有显著的光化学特性，可用于开发可持续和节能的技术	NA	探索视紫红质在可持续工程中的应用	视紫红质及其在生物生产和可再生能源转换中的应用	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
5	2024-10-24	Leaky ribosomal scanning enables tunable translation of bicistronic ORFs in green algae 2024-Jul-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.24.605010 PMID:39091764	研究论文	本文研究了绿藻中双顺反子ORF的可调翻译机制	首次揭示了绿藻中双顺反子转录本的多肽翻译机制，并证明了泄漏性核糖体扫描在ORF 2翻译中的作用	仅限于两种绿藻的研究，可能需要进一步验证在其他物种中的适用性	探究绿藻中双顺反子转录本的多肽翻译机制	绿藻中的双顺反子基因	NA	NA	生物信息学分析和体内突变分析	NA	基因序列数据	两种不同绿藻的样本
6	2024-10-13	Engineering Synthetic Erythrocytes as Next-Generation Blood Substitutes 2024-Jul-10, Advanced functional materials IF:18.5Q1 DOI:10.1002/adfm.202315879 PMID:39386164	综述	本文综述了血液替代品领域的进展，特别是人工红细胞的开发	本文提出了合成工程红细胞作为最强大的方法，并从材料工程的角度描述了红细胞的生物结构和功能	NA	探讨血液替代品领域的不同策略及其在安全性和可扩展性方面的潜力	人工红细胞的开发和材料工程方法	NA	NA	NA	NA	NA	NA
7	2024-09-25	Blue valorization of lignin-derived monomers via reprogramming marine bacterium Roseovarius nubinhibens 2024-07-24, Applied and environmental microbiology IF:3.9Q2 DOI:10.1128/aem.00890-24 PMID:38940564	研究论文	研究通过重新编程海洋细菌Roseovarius nubinhibens，将木质素衍生的芳香碳转化为高附加值化学品	首次在海洋细菌中应用基于CRISPR的调控系统，实现了对目标基因的精确高效抑制	NA	探索利用海洋细菌进行木质素生物转化，实现碳和水的双重节约	木质素衍生的单体4-羟基苯甲酸和海洋细菌Roseovarius nubinhibens	生物技术	NA	CRISPR干扰系统	CRISPRi	NA	NA
8	2024-09-14	Limiting the Broadcast Range of a Secreting Cell during Intercellular Signaling Using Protease-Mediated Degradation 2024-07-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00042 PMID:38885472	研究论文	研究如何通过蛋白酶介导的降解来限制分泌细胞在细胞间信号传递中的广播范围	提出了一种通过添加barrierpepsin来限制细胞在二维多细胞网络中α-因子信号响应范围的方法	NA	探索如何通过蛋白酶限制细胞间信号传递的广播范围，以实现更复杂的细胞网络功能	分泌细胞在细胞间信号传递中的广播范围	合成生物学	NA	NA	NA	NA	二维多细胞网络中的细胞
9	2024-09-02	Physiological Roles of Eumelanin- and Melanogenesis-Associated Diseases: A Look at the Potentialities of Engineered and Microbial Eumelanin in Clinical Practice 2024-Jul-25, Bioengineering (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/bioengineering11080756 PMID:39199714	综述	本文旨在强调人体多个器官/组织中存在的真黑素所发挥的生理作用，并基于其独特性质合理化这一生物聚合物所扮演的常常相互冲突的功能角色	探讨了基于外源性真黑素的局部供应疗法的潜力，以及通过合成生物学生产的真黑素在重塑治疗和诊断应用中的机会	NA	分析真黑素的生理和病理作用，并深入探讨与黑色素生成相关的皮肤、眼睛、耳朵和大脑疾病	真黑素的生理和病理作用，以及与黑色素生成相关的疾病	NA	神经退行性疾病	NA	NA	NA	NA
10	2024-08-31	Lipid-Based Catalysis Demonstrated by Bilayer-Enabled Ester Hydrolysis 2024-Jul-30, Membranes IF:3.3Q2 DOI:10.3390/membranes14080168 PMID:39195420	研究论文	本文展示了脂质双层膜的疏水区域为催化反应提供适宜环境的能力，并通过酯水解反应验证了这一概念	首次展示了脂质双层膜在生物系统中作为催化剂的可能性	催化反应速度比酶催化慢，催化转化数在10-7到10-8 s之间	探索脂质及其聚集体在生物化学、药理学和合成生物学中的催化作用	脂质双层膜的催化能力及其在酯水解反应中的应用	NA	NA	H-NMR	NA	荧光	NA
11	2024-08-21	DeepEnzyme: a robust deep learning model for improved enzyme turnover number prediction by utilizing features of protein 3D-structures 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae409 PMID:39162313	研究论文	本文介绍了一种名为DeepEnzyme的深度学习模型，该模型结合Transformer和图卷积网络（GCN）来预测酶的转换数（kcat），通过利用蛋白质序列和三维结构信息提高预测的准确性和鲁棒性	DeepEnzyme模型通过整合蛋白质序列和三维结构特征，显著提高了对序列相似度较低的酶的kcat预测的鲁棒性	NA	提高酶转换数（kcat）预测的准确性和鲁棒性	酶的转换数（kcat）及其对催化活性的影响	机器学习	NA	深度学习	Transformer和图卷积网络（GCN）	蛋白质序列和三维结构	NA
12	2024-08-13	AI-Assisted Rational Design and Activity Prediction of Biological Elements for Optimizing Transcription-Factor-Based Biosensors 2024-Jul-26, Molecules (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/molecules29153512 PMID:39124917	综述	本文综述了人工智能算法在合成生物学中生物元素的合理设计、活性预测及转录因子基生物传感器响应性能调控中的应用	探讨了人工智能算法在分析生物数据中的强大潜力，并提出了针对该领域挑战的创新解决方案	NA	探索人工智能在合成生物学中的应用，以推动学术研究和生物技术的实际应用	生物元素的合理设计、活性预测及转录因子基生物传感器的调控	合成生物学	NA	机器学习、深度学习	AI算法	生物数据	NA
13	2024-08-12	CAPE: a deep learning framework with Chaos-Attention net for Promoter Evolution 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae398 PMID:39120645	研究论文	本文介绍了一种名为CAPE的深度学习框架，该框架采用混沌注意力网络用于启动子进化，旨在预测启动子强度并指导其定向进化	CAPE模型通过综合提取启动子内的进化信息，并使用改进的DenseNet和Transformer结构处理整体信息，实现了对原核生物启动子强度预测的最新成果	NA	预测启动子强度并指导其定向进化，以降低传统启动子工程中的实验成本	原核生物启动子	机器学习	NA	深度学习	DenseNet, Transformer	启动子序列信息	NA
14	2024-08-09	Pseudomonas putida KT2440: the long journey of a soil-dweller to become a synthetic biology chassis 2024-07-25, Journal of bacteriology IF:2.7Q3 DOI:10.1128/jb.00136-24 PMID:38975763	研究论文	本文总结了 Pseudomonas putida KT2440 从作为芳香化合物生物降解基础研究的系统，到成为代谢工程和合成生物学中首选底盘的逐步升级过程	KT2440 因其历史偶然性和内在特性，成为适用于重组 DNA 技术的环境微生物原型，并能降解化学污染物	KT2440 的分类学分类仍存在不确定性	探讨 Pseudomonas putida KT2440 在生物技术应用中的发展及其在代谢工程和合成生物学中的应用	Pseudomonas putida KT2440 菌株及其在生物技术中的应用	合成生物学	NA	重组 DNA 技术	NA	NA	NA
15	2024-08-09	Turn-on protein switches for controlling actin binding in cells 2024-Jul-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49934-2 PMID:38992021	research paper	本文介绍了一组可设计蛋白，即可控肌动蛋白结合开关工具（CASTs），这些蛋白的肌动蛋白结合行为可以通过外部刺激进行控制	CASTs蛋白可以通过外部输入响应不同的外部刺激，提供开启动力学选项，并实现正交性和多路复用	NA	开发一种新的方法来控制细胞内肌动蛋白的结合，以实现合成生物学目的	肌动蛋白结合蛋白（ABPs）及其在细胞活动中的影响	NA	NA	NA	NA	NA	NA
16	2024-08-05	Directed evolution of material-producing microorganisms 2024-Jul-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2403585121 PMID:39042685	研究论文	本文利用高通量定向进化平台增强微生物的物质生产能力	提出了一种新的高通量平台，通过选择压力促进微生物的进化，揭示了细胞纤维素生产能力与基因的关联	缺乏对其他微生物或材料生产的研究，可能限制了成果的广泛应用	研究微生物材料生产的能力，寻找基因型-表型的联系	以产纤维素的微生物为模型进行研究	合成生物学	NA	高通量定向进化	NA	基因组序列	40,000个随机突变体
17	2024-08-05	Advances in the development of synthetic biology tools for the bioproduction of natural product analogues 2024-07-01, Postepy biochemii DOI:10.18388/pb.2021_531 PMID:39083471	研究论文	本文介绍了自然产物及其衍生物在多个行业的应用以及合成生物学工具的进展	强调了合成生物学工具在生物生产生物活性二次代谢物方面的进展	NA	探讨合成生物学工具在自然产物生物生产中的应用	自然产物及其生物活性二次代谢物	合成生物学	NA	NA	NA	化学化合物	NA
18	2024-08-05	Engineering a Self-Assembled Protein Cage for Targeted Dual Functionalization 2024-Jul-31, Nano letters IF:9.6Q1 DOI:10.1021/acs.nanolett.4c01693 PMID:39017718	研究论文	本研究介绍了一种工程化的自组装蛋白质笼，能够独立招募两种不同的蛋白质。	该研究通过SpyCatcher/SpyTag和DogCatcher/DogTag化学反应，成功实现了对单一蛋白质笼的多种蛋白质的定向功能化。	研究集中于特定类型的蛋白质，可能无法广泛应用于所有POI的功能化。	旨在开发一种灵活的蛋白质笼平台，以实现双重功能化。	采用荧光蛋白作为模型，探索对两种不同POI的次序控制。	合成生物学	NA	NA	NA	荧光蛋白	NA
19	2024-08-05	An Enzymatic Prodrug-like Route to Thio and Selenoamides 2024-07-29, Angewandte Chemie (International ed. in English) DOI:10.1002/anie.202404243 PMID:38747847	研究论文	本文揭示了一种酶促的前药样途径，用于硫和硒酰胺的合成	首次系统阐明了6-硫鸟嘌呤的生物合成机制和相关酶的功能，并发现了前药样的硫结合物中间体	未充分探索硫转移机制中的所有潜在中间体	研究细菌中稀有硫酰胺的形成机制	关注Erwinia amylovorans产生的6-硫鸟嘌呤及其生物合成途径	合成生物学	肿瘤	酶促反应重组	NA	化学物质	使用多种底物进行反应，样本数量未详细说明
20	2024-08-05	Direct α-Hydroxy Acid Loading onto a Bacterial Thiotemplate Assembly Line via a Multienzyme Gateway 2024-07-22, Angewandte Chemie (International ed. in English) DOI:10.1002/anie.202405165 PMID:38728443	研究论文	本研究揭示了将α-羟基酸直接加载到细菌非核糖体肽合成酶模块的过程	首次报告了细菌中将α-羟基酸直接加载到非核糖体肽合成酶模块的专门通道，拓展了合成生物学工具箱	部分研究步骤依赖于突变分析和酶活性测定，可能限制了结果的普遍性	研究α-羟基酸在细菌非核糖体肽合成中作为构建块的加载机制	焦链酸的加载过程及相关酶的功能	合成生物学	NA	生物信息学，代谢组学，生化分析	NA	生物化学数据	NA