合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-07-03	Expression of microbial lipase in filamentous fungus Aspergillus niger: a review 2024-Jul, 3 Biotech IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s13205-024-03998-5 PMID:38841267	综述	本文综述了微生物脂肪酶在丝状真菌黑曲霉中的表达及其应用	总结了提高脂肪酶表达的各种策略，并探讨了CRISPR/Cas9基因编辑技术在构建工程化脂肪酶生产菌株中的应用	NA	综述微生物脂肪酶的来源、特性及其在黑曲霉中的表达优化策略	微生物脂肪酶及其在丝状真菌黑曲霉中的表达	合成生物学与系统生物学	NA	CRISPR/Cas9基因编辑技术	NA	文献数据	NA
2	2025-07-03	Context-dependent redesign of robust synthetic gene circuits 2024-Jul, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2024.01.003 PMID:38320912	综述	本文综述了合成基因电路设计中电路与宿主相互作用的动态影响及控制策略	总结了电路与宿主相互作用的最新进展，强调了宿主感知和资源感知的设计策略	未提及具体实验数据或案例研究	探讨合成基因电路设计中电路与宿主相互作用的动态影响及控制策略	合成基因电路及其与宿主细胞的相互作用	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
3	2025-06-18	Bioenergetic stress potentiates antimicrobial resistance and persistence 2024-Jul-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.12.603336 PMID:39026737	research paper	该研究探讨了生物能量应激如何通过增加ATP利用影响抗生素治疗效果，并揭示了其通过增强ROS产生、突变断裂修复和转录偶联修复促进抗菌素耐药性（AMR）进化的机制	首次利用合成生物学方法构建了组成性水解ATP或NADH的遗传系统，直接研究生物能量应激对抗生素效果的影响，并提出了统一的模型解释抗生素诱导的抗菌素耐药性和持久性	研究仅在大肠杆菌中进行，未在其他细菌中验证	理解生物能量应激对抗生素治疗效果的影响机制	大肠杆菌	合成生物学	细菌感染	合成生物学方法	遗传工程系统	NA	NA
4	2025-06-07	Accelerating Diverse Cell-Based Therapies Through Scalable Design 2024-Jul, Annual review of chemical and biomolecular engineering IF:7.6Q1 DOI:10.1146/annurev-chembioeng-100722-121610 PMID:38594944	综述	本文综述了通过基因工程改造原代细胞和干细胞以加速多样化细胞治疗的进展	整合合成生物学工具和先进基因组编写技术，提出加速创新细胞治疗转化的愿景	未提及具体临床试验数据或治疗效果验证	探讨规模化设计加速多样化细胞治疗的潜力	原代细胞和干细胞	合成生物学	NA	转基因方法、基因组编写技术	NA	NA	NA
5	2025-05-31	Bioinformatic Prediction and High Throughput In Vivo Screening to Identify Cis-Regulatory Elements for the Development of Algal Synthetic Promoters 2024-07-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00199 PMID:38986010	研究论文	本研究通过生物信息学预测和高通量体内筛选，识别顺式调控元件以开发藻类合成启动子	结合POWRS、STREME和PhyloGibbs算法预测1511个CREs，并通过高通量方法评估4533种合成启动子的转基因表达能力	需要具有测序基因组和转录组数据的藻类物种才能应用该流程	开发先进的遗传工具以促进藻类生物技术的发展	六种不同藻类物种中高表达基因的启动子区域	合成生物学	NA	下一代测序、荧光激活细胞分选	NA	基因组和转录组数据	4533种合成启动子，数百个转基因株系
6	2025-05-31	Directed Evolution of Acoustic Reporter Genes Using High-Throughput Acoustic Screening 2024-07-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00283 PMID:38981096	研究论文	本文描述了通过定向进化技术改进声学报告基因（ARGs）的过程，以提高其在超声成像中的应用效果	首次将定向进化技术应用于声学报告基因的优化，开发了高通量声学筛选方法，显著增强了气体囊泡（GVs）的非线性超声散射信号	研究目前仅限于细菌培养体系中的筛选，尚未在哺乳动物细胞或活体动物中进行验证	开发更高效的声学报告基因，用于生物成像和合成生物学领域	气体囊泡（GVs）蛋白纳米结构及其声学特性	合成生物学	NA	高通量声学筛选、定向进化	NA	超声信号数据	细菌培养物中的突变体文库
7	2025-05-11	Leaky ribosomal scanning enables tunable translation of bicistronic ORFs in green algae 2024-Jul-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.24.605010 PMID:39091764	研究论文	本研究通过生物信息学和体内突变分析，探讨了绿藻中多顺反子基因的翻译机制	揭示了绿藻中多顺反子转录本通过漏读核糖体扫描机制实现多ORF翻译的新机制	研究仅针对两种绿藻，结果在其他物种中的普适性有待验证	阐明绿藻中多顺反子基因的翻译调控机制	两种分歧绿藻(未指明具体物种)的多顺反子基因位点	分子生物学	NA	生物信息学分析、体内突变分析、双报告基因系统	NA	基因组序列数据、荧光报告基因数据	两种绿藻的高置信度手动注释双顺反子位点数据集
8	2025-04-26	A directed enolization strategy enables by-product-free construction of contiguous stereocentres en route to complex amino acids 2024-07, Nature chemistry IF:19.2Q1 DOI:10.1038/s41557-024-01473-5 PMID:38565976	研究论文	本文展示了一种铱催化的方法，能够直接将简单烯烃和甘氨酸衍生物转化为具有优异区域和立体选择性的β-取代α-氨基酸	利用甘氨酸衍生的N-H单元的本征导向能力，促进铱催化的相邻羰基烯醇化，实现了两个连续立体中心的构建	NA	开发一种合成具有β-立体中心的α-氨基酸的新方法	简单烯烃和甘氨酸衍生物	有机化学	NA	铱催化	NA	NA	NA
9	2025-03-08	DeepEnzyme: a robust deep learning model for improved enzyme turnover number prediction by utilizing features of protein 3D-structures 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae409 PMID:39162313	研究论文	本文介绍了一种名为DeepEnzyme的深度学习模型，该模型结合了Transformer和图卷积网络（GCN），通过利用蛋白质的序列和3D结构信息来提高酶周转数（kcat）的预测准确性	DeepEnzyme模型首次结合了Transformer和GCN，利用蛋白质的序列和3D结构信息进行kcat预测，显著提高了预测的准确性和鲁棒性，特别是在处理与训练数据集序列相似性低的酶时	尽管DeepEnzyme在kcat预测上取得了显著进展，但其在处理与训练数据集序列相似性极低的酶时，可能仍存在一定的预测误差	提高酶周转数（kcat）的预测准确性，以支持蛋白质工程和合成生物学等领域的研究	酶的周转数（kcat）	机器学习	NA	深度学习	Transformer, GCN	蛋白质序列和3D结构数据	NA
10	2025-02-13	Introducing carbon assimilation in yeasts using photosynthetic directed endosymbiosis 2024-Jul-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49585-3 PMID:39013857	研究论文	本文介绍了一种通过定向内共生方法在酵母中引入碳同化的技术	通过工程化光合作用蓝藻内共生体，使酵母细胞在光合条件下无需外部碳源即可生长，并能够生物合成天然产物	NA	研究如何将异养生物转化为部分或完全自养生物，以实现可持续生物技术和合成生物学的目标	酵母细胞和光合作用蓝藻内共生体	合成生物学	NA	定向内共生方法	NA	NA	NA
11	2024-12-20	Diverting organic waste from landfills via insect biomanufacturing using engineered black soldier flies (Hermetia illucens) 2024-07-24, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06516-8 PMID:39048665	研究论文	本文探讨了利用工程化黑水虻（Hermetia illucens）进行昆虫生物制造，以减少有机废物进入垃圾填埋场，并将其转化为高价值产品	利用合成生物学开发黑水虻作为可持续的生物制造平台，将多种有机废物转化为增强的动物饲料、高价值生物分子和改良肥料	NA	实现循环经济，减少有机废物处理问题	黑水虻（Hermetia illucens）及其在有机废物转化中的应用	NA	NA	合成生物学	NA	NA	NA
12	2024-12-19	Efficient and markerless gene integration with SlugCas9-HF in Kluyveromyces marxianus 2024-07-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06487-w PMID:38956406	研究论文	本文介绍了一种基于CRISPR-Cas9的多位点基因整合方法，用于在非传统酵母Kluyveromyces marxianus中组装多个外源基因	使用高保真Cas9核酸酶SlugCas9-HF提高了基因编辑的精确度，并开发了一种CRISPR-based的生物合成工具包，能够实现大基因模块的基因组整合和多位点同时整合	NA	开发一种高效的基因整合方法，促进Kluyveromyces marxianus在工业生产中的应用	非传统酵母Kluyveromyces marxianus	合成生物学	NA	CRISPR-Cas9	NA	基因组	NA
13	2024-10-27	Rhodopsin-based light-harvesting system for sustainable synthetic biology 2024-07, Microbial biotechnology IF:4.8Q1 DOI:10.1111/1751-7915.14521 PMID:38949508	评论	本文探讨了利用视紫红质在可持续合成生物学中的应用及其未来潜力	视紫红质具有显著的光化学特性，可用于开发可持续和节能的技术	NA	探索视紫红质在可持续工程中的应用	视紫红质及其在生物生产和可再生能源转换中的应用	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
14	2024-10-13	Engineering Synthetic Erythrocytes as Next-Generation Blood Substitutes 2024-Jul-10, Advanced functional materials IF:18.5Q1 DOI:10.1002/adfm.202315879 PMID:39386164	综述	本文综述了血液替代品领域的进展，特别是人工红细胞的开发	本文提出了合成工程红细胞作为最强大的方法，并从材料工程的角度描述了红细胞的生物结构和功能	NA	探讨血液替代品领域的不同策略及其在安全性和可扩展性方面的潜力	人工红细胞的开发和材料工程方法	NA	NA	NA	NA	NA	NA
15	2024-09-25	Blue valorization of lignin-derived monomers via reprogramming marine bacterium Roseovarius nubinhibens 2024-07-24, Applied and environmental microbiology IF:3.9Q2 DOI:10.1128/aem.00890-24 PMID:38940564	研究论文	研究通过重新编程海洋细菌Roseovarius nubinhibens，将木质素衍生的芳香碳转化为高附加值化学品	首次在海洋细菌中应用基于CRISPR的调控系统，实现了对目标基因的精确高效抑制	NA	探索利用海洋细菌进行木质素生物转化，实现碳和水的双重节约	木质素衍生的单体4-羟基苯甲酸和海洋细菌Roseovarius nubinhibens	生物技术	NA	CRISPR干扰系统	CRISPRi	NA	NA
16	2024-09-14	Limiting the Broadcast Range of a Secreting Cell during Intercellular Signaling Using Protease-Mediated Degradation 2024-07-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00042 PMID:38885472	研究论文	研究如何通过蛋白酶介导的降解来限制分泌细胞在细胞间信号传递中的广播范围	提出了一种通过添加barrierpepsin来限制细胞在二维多细胞网络中α-因子信号响应范围的方法	NA	探索如何通过蛋白酶限制细胞间信号传递的广播范围，以实现更复杂的细胞网络功能	分泌细胞在细胞间信号传递中的广播范围	合成生物学	NA	NA	NA	NA	二维多细胞网络中的细胞
17	2024-09-02	Physiological Roles of Eumelanin- and Melanogenesis-Associated Diseases: A Look at the Potentialities of Engineered and Microbial Eumelanin in Clinical Practice 2024-Jul-25, Bioengineering (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/bioengineering11080756 PMID:39199714	综述	本文旨在强调人体多个器官/组织中存在的真黑素所发挥的生理作用，并基于其独特性质合理化这一生物聚合物所扮演的常常相互冲突的功能角色	探讨了基于外源性真黑素的局部供应疗法的潜力，以及通过合成生物学生产的真黑素在重塑治疗和诊断应用中的机会	NA	分析真黑素的生理和病理作用，并深入探讨与黑色素生成相关的皮肤、眼睛、耳朵和大脑疾病	真黑素的生理和病理作用，以及与黑色素生成相关的疾病	NA	神经退行性疾病	NA	NA	NA	NA
18	2024-08-31	Lipid-Based Catalysis Demonstrated by Bilayer-Enabled Ester Hydrolysis 2024-Jul-30, Membranes IF:3.3Q2 DOI:10.3390/membranes14080168 PMID:39195420	研究论文	本文展示了脂质双层膜的疏水区域为催化反应提供适宜环境的能力，并通过酯水解反应验证了这一概念	首次展示了脂质双层膜在生物系统中作为催化剂的可能性	催化反应速度比酶催化慢，催化转化数在10-7到10-8 s之间	探索脂质及其聚集体在生物化学、药理学和合成生物学中的催化作用	脂质双层膜的催化能力及其在酯水解反应中的应用	NA	NA	H-NMR	NA	荧光	NA
19	2024-08-13	AI-Assisted Rational Design and Activity Prediction of Biological Elements for Optimizing Transcription-Factor-Based Biosensors 2024-Jul-26, Molecules (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/molecules29153512 PMID:39124917	综述	本文综述了人工智能算法在合成生物学中生物元素的合理设计、活性预测及转录因子基生物传感器响应性能调控中的应用	探讨了人工智能算法在分析生物数据中的强大潜力，并提出了针对该领域挑战的创新解决方案	NA	探索人工智能在合成生物学中的应用，以推动学术研究和生物技术的实际应用	生物元素的合理设计、活性预测及转录因子基生物传感器的调控	合成生物学	NA	机器学习、深度学习	AI算法	生物数据	NA
20	2024-08-12	CAPE: a deep learning framework with Chaos-Attention net for Promoter Evolution 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae398 PMID:39120645	研究论文	本文介绍了一种名为CAPE的深度学习框架，该框架采用混沌注意力网络用于启动子进化，旨在预测启动子强度并指导其定向进化	CAPE模型通过综合提取启动子内的进化信息，并使用改进的DenseNet和Transformer结构处理整体信息，实现了对原核生物启动子强度预测的最新成果	NA	预测启动子强度并指导其定向进化，以降低传统启动子工程中的实验成本	原核生物启动子	机器学习	NA	深度学习	DenseNet, Transformer	启动子序列信息	NA