合成生物学相关文章
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当前共找到 82 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-08-28 |
Engineering bionanoreactor in bacteria for efficient hydrogen production
2024-07-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2404958121
PMID:38985767
|
研究论文 | 本研究通过整合纳米材料工程和合成生物学，在电活性细菌MR-1中构建周质空间生物纳米反应器，实现了高效产氢 | 首次将周质空间作为生物纳米反应器，结合还原氧化石墨烯涂层电极、自组装硫化铁纳米颗粒和光驱动质子泵，协同提升电子和质子传递效率，显著提高产氢速率 | 未提及具体局限性，可能包括光照条件依赖和规模化生产挑战 | 开发一种高效、可持续的微生物电合成产氢方法 | 电活性细菌MR-1及其周质空间生物纳米反应器 | 合成生物学，微生物电合成 | NA | 纳米材料工程（还原氧化石墨烯涂层、硫化铁纳米颗粒自组装），合成生物学（基因工程） | NA | 实验数据（产氢速率、法拉第效率等） | 多个基因工程菌株（表达GR、canthaxanthin、[FeFe]-氢化酶）各一个 | CRISPR-Cas9或基因过表达（未明确） | 希瓦氏菌MR-1 | 光驱动质子泵（GR和canthaxanthin）与[FeFe]-氢化酶协同电路 | 能源，环境 |
| 2 | 2026-08-27 |
Directed evolution of material-producing microorganisms
2024-07-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2403585121
PMID:39042685
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研究论文 | 本文利用高通量定向进化平台增强产生材料的微生物适应性，并识别提高材料生产能力的遗传途径，以纤维素产生微生物为模型，成功分离出纤维素过量生产菌株 | 利用液滴微流控平台实现全微生物高通量定向进化，无需预先了解基因型-表型关联，并能揭示意外的基因型-表型联系，如蛋白酶复合体基因与纤维素形成能力的关系 | 文中未明确提及局限性，但可能受限于模型微生物的特异性以及随机突变池的规模 | 提高天然微生物生产材料的能力，开发可持续制造的新菌株，并揭示基因型-表型关联 | 产生纤维素的微生物（模型生物）及其随机突变体 | 合成生物学 | NA | 高通量定向进化，液滴微流控，测序 | NA | 序列数据，表型数据 | 初始突变体池包含40,000个随机突变体，最终筛选出少量纤维素过量生产菌株 | NA | 产生纤维素的细菌（具体未指明） | NA | 可持续制造，材料生产 |
| 3 | 2026-08-12 |
CAPE: a deep learning framework with Chaos-Attention net for Promoter Evolution
2024-07-25, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae398
PMID:39120645
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研究论文 | 提出CAPE框架，结合混沌游戏表示和深度学习模型预测原核启动子强度，并支持计算机模拟定向进化 | 利用混沌游戏表示提取启动子进化信息，结合改进的DenseNet和Transformer结构，实现更准确的启动子强度预测 | 未明确提及局限性 | 预测启动子强度并指导其定向进化，以减少实验成本 | 原核启动子 | 机器学习 | NA | 深度学习 | DenseNet, Transformer | 序列数据 | NA | NA | 原核生物 | 启动子强度预测模型 | 合成生物学 |
| 4 | 2026-08-11 |
DeepEnzyme: a robust deep learning model for improved enzyme turnover number prediction by utilizing features of protein 3D-structures
2024-07-25, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae409
PMID:39162313
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研究论文 | 提出DeepEnzyme，一个结合Transformer和GCN的深度学习模型，利用蛋白质序列和三维结构特征预测酶周转数(kcat)，提高预测精度和鲁棒性 | 首次将Transformer和GCN结合用于kcat预测，利用高质量蛋白质三维结构特征增强低序列相似性酶的预测鲁棒性，并能评估点突变对催化活性的影响 | 摘要中未明确提及局限性，但可能依赖高质量三维结构数据，对缺乏结构的酶预测效果可能受限 | 改进酶周转数(kcat)预测的准确性和鲁棒性，特别是在处理低序列相似性酶时 | 酶蛋白及其kcat值，重点研究序列和三维结构特征 | 机器学习 | NA | 深度学习（Transformer和GCN） | Transformer, 图卷积网络(GCN) | 蛋白质序列和三维结构数据 | NA（摘要未提供具体样本数量） | NA | NA | NA | 蛋白质工程, 合成生物学 |
| 5 | 2026-08-04 |
Turn-on protein switches for controlling actin binding in cells
2024-07-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49934-2
PMID:38992021
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研究论文 | 本文介绍了一组名为可控肌动蛋白结合开关工具（CASTs）的蛋白质设计，可通过外部刺激调控其肌动蛋白结合行为，用于合成生物学和细胞形状控制。 | 开发了蛋白质开关工具，能够通过外部刺激调控肌动蛋白结合，具有开启动力学可调、正交性和多重性的特点，并可插入天然蛋白序列以局部控制F-肌动蛋白结合，或构建结构以控制细胞和组织形态。 | 未在摘要中明确提及具体局限性。 | 开发可控的肌动蛋白结合蛋白开关，以研究单个肌动蛋白结合蛋白的功能，并推动合成生物学在细胞骨架操控中的应用。 | 肌动蛋白结合蛋白开关工具（CASTs）及其在细胞中的功能。 | 合成生物学 | NA | 蛋白质工程 | NA | NA | NA | NA | 细胞 | 受控肌动蛋白结合开关 | 合成生物学, 医学 |
| 6 | 2026-07-28 |
Introducing carbon assimilation in yeasts using photosynthetic directed endosymbiosis
2024-07-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49585-3
PMID:39013857
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research paper | 利用光合定向内共生方法在酵母中引入碳同化能力 | 首次通过定向内共生方法将光合蓝细菌作为内共生体引入酵母细胞，构建可进行光合自养的酵母/蓝细菌嵌合体，减少对外源碳源的依赖 | NA | 将异养酵母转化为部分或完全自养生物，以促进可持续生物技术 | 酿酒酵母和光合蓝细菌 | 合成生物学 | NA | 定向共培养和工程化 | NA | NA | NA | NA | 酿酒酵母 | 光合内共生系统，包括蓝细菌碳同化和糖分泌通路 | 可持续生物技术, 工业生物技术, 合成生物学 |
| 7 | 2026-07-03 |
pLxIS-containing domains are biochemically flexible regulators of interferons and metabolism
2024-07-11, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2024.05.030
PMID:38925114
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研究论文 | 揭示含pLxIS基序的蛋白在干扰素信号传导和代谢调控中的多功能性 | 通过合成生物学平台鉴定出两个孤儿pLxIS蛋白，发现其通过独立于已知模式识别受体途径激活干扰素反应，并揭示pLxIS基序作为多基序信号实体的一部分，具有激活IRF3、TRAF6、IκB激酶、MAPK及代谢活动的灵活功能 | 未提及具体局限性 | 探索pLxIS基序在干扰素信号传导和代谢中的新功能及调控机制 | 含pLxIS基序的蛋白质 | 合成生物学 | 病毒感染 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学平台 | 人细胞 | pLxIS基序信号调控回路 | 医学, 免疫学 |
| 8 | 2026-06-18 |
Reversible Control of Gene Expression by Guest-Modified Adenosines in a Cell-Free System via Host-Guest Interaction
2024-07-10, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.4c04262
PMID:38941287
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研究论文 | 本研究通过宿主-客体相互作用，利用客修饰腺苷在无细胞系统中实现基因表达的可逆控制 | 首次将宿主-客体相互作用应用于无细胞基因表达系统，通过CB[7]与客修饰腺苷的结合实现可逆的基因表达调控 | 未明确说明，但可能涉及修饰效率、可逆性动力学精细调控的复杂性及体内应用的潜在挑战 | 开发一种可逆、可编程的基因表达控制方法，用于无细胞系统和合成生物学 | 客修饰腺苷、CB[7]宿主分子、T7启动子序列、无细胞基因表达系统 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 无细胞系统 | 逻辑门式可逆调控，基于CB[7]与客修饰腺苷的宿主-客体相互作用形成/解离DNA双链结构 | 合成生物学, 医学 |
| 9 | 2026-06-02 |
Revisiting the current and emerging concepts of postharvest fresh fruit and vegetable pathology for next-generation antifungal technologies
2024-07, Comprehensive reviews in food science and food safety
IF:12.0Q1
DOI:10.1111/1541-4337.13397
PMID:38924311
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综述 | 回顾当前和新兴的采后鲜果蔬菜病理学概念，为下一代抗真菌技术提供方向 | 提出基于微生物组和病理生物组的新概念，并强调利用合成生物学、sRNA技术、噬菌体、群体感应和群体猝灭策略等前沿技术调控微生物组以控制感染 | 未明确讨论这些新兴技术的实际应用挑战、成本效益或规模化可行性 | 探索采后鲜果蔬菜真菌感染控制的新策略，提升食品安全性 | 采后鲜果蔬菜及其微生物组和病理生物组 | 机器学习、数字农业 | 真菌感染相关疾病（如霉菌毒素中毒） | 基因组技术、小RNA技术、群体感应、群体猝灭、合成生物学 | 深度学习 | 基因组数据、数据库信息、微生物组数据 | NA | CRISPR-Cas9、合成生物学工具 | 鲜果蔬菜（如水果和蔬菜） | NA | 农业、食品 |
| 10 | 2026-05-30 |
Glutamine-derived peptides: Current progress and future directions
2024-07, Comprehensive reviews in food science and food safety
IF:12.0Q1
DOI:10.1111/1541-4337.13386
PMID:38847753
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综述 | 回顾谷氨酰胺衍生肽在临床、运动和肠内营养中的应用，比较其与单体的功能性效，并探讨基于人工智能的肽组学和合成生物学在新颖设计和规模化生产中的潜在应用 | 综合评估谷氨酰胺衍生肽的结构相关生物活性，并创新性地提出结合人工智能肽组学和合成生物学进行从头设计和规模化生产 | 对谷氨酰胺衍生肽结构-功能关系的理解仍处于探索阶段 | 为谷氨酰胺衍生肽在食品科学中的发现、功能验证和生物制造提供参考 | 谷氨酰胺衍生肽 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 食品科学, 功能性食品 |
| 11 | 2026-05-30 |
A comprehensive review on novel synthetic foods: Potential risk factors, detection strategies, and processing technologies
2024-07, Comprehensive reviews in food science and food safety
IF:12.0Q1
DOI:10.1111/1541-4337.13371
PMID:38853463
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综述 | 本文全面综述了新型合成食品的潜在风险因素、检测策略及加工技术 | 首次系统性地整合了四种新型合成食品（植物基食品、培养肉、发酵食品和微藻基食品）在风险因素、检测与加工技术方面的最新进展 | 未来需继续创新和发展新的检测与加工技术，以有效评估这些新型合成食品的安全性 | 为食品行业中新型合成食品的开发和管理提供见解 | 植物基食品、培养肉、发酵食品和微藻基食品 | NA | NA | 酶联免疫吸附测定、生物传感器、色谱法、聚合酶链式反应、等温扩增、微流控技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 食品 |
| 12 | 2026-04-11 |
Ion Signaling in Cell Motility and Development in Dictyostelium discoideum
2024-07-10, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom14070830
PMID:39062545
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综述 | 本文综述了离子信号在盘基网柄菌细胞运动和发育中的作用 | 系统整合了离子信号与cAMP信号在盘基网柄菌多细胞形成过程中的协同作用机制 | NA | 探讨细胞间通讯和离子信号在生物体组织形成与分化中的基本生物学过程 | 盘基网柄菌 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 发育生物学、进化生物学、生物医学研究、合成生物学 |
| 13 | 2026-02-21 |
Engineering Microorganisms for Cancer Immunotherapy
2024-07, Advanced healthcare materials
IF:10.0Q1
DOI:10.1002/adhm.202304649
PMID:38598792
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综述 | 本文综述了利用合成生物学和基因工程技术改造微生物（如细菌和病毒）用于癌症免疫治疗的最新进展 | 探讨了工程化微生物作为癌症免疫治疗新策略的潜力，强调了个性化治疗创新 | NA | 研究工程化微生物在癌症免疫治疗中的应用，以增强疗效并确保安全性和伦理考量 | 工程化微生物，包括细菌和病毒 | NA | 癌症 | 合成生物学和基因工程技术 | NA | NA | NA | NA | 细菌, 病毒 | NA | 医学 |
| 14 | 2026-01-17 |
Context-dependent redesign of robust synthetic gene circuits
2024-07, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2024.01.003
PMID:38320912
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综述 | 本文综述了合成基因电路在细胞环境中的上下文依赖性性能，以及如何通过宿主感知和资源感知设计来减轻不良影响 | 强调了新兴的电路-宿主相互作用（如生长反馈和资源竞争）对电路行为的影响，并总结了最新的控制策略 | NA | 理解合成基因电路与宿主细胞之间的复杂关系，并设计策略以优化电路性能 | 合成基因电路及其在细胞宿主中的行为 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 细胞（泛指，未指定具体生物体） | 合成基因电路，包括逻辑门、振荡器等，但未详细描述具体设计 | 工业生物技术 |
| 15 | 2025-12-18 |
Using Synthetic Biology to Understand the Function of Plant Specialized Metabolites
2024-07, Annual review of plant biology
IF:21.3Q1
|
综述 | 本文探讨了如何利用合成生物学技术来理解植物特异性代谢物的功能，特别是在生态和医学领域的应用 | 结合质谱代谢组学和分子生物学技术，通过合成生物学工作流程重新设计PSMs的运输、外部化、结构多样性和生产，以测试长期理论预测 | NA | 加速理解植物特异性代谢物在植物中的复杂生态角色和功能 | 植物特异性代谢物 | 合成生物学 | NA | 质谱代谢组学，分子生物学技术，合成生物学工作流程 | NA | 代谢物数据 | NA | NA | 植物 | 重新设计PSMs的运输、外部化、结构多样性和生产 | 医学，农业，环境 |
| 16 | 2025-10-05 |
CRISPR Tools for Engineering Prokaryotic Systems: Recent Advances and New Applications
2024-07, Annual review of chemical and biomolecular engineering
IF:7.6Q1
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综述 | 回顾CRISPR-Cas系统在原核生物工程中的最新进展与应用 | 从分子工程角度系统阐述CRISPR组件设计策略及在原核系统中的新型应用方向 | NA | 总结CRISPR技术在原核生物遗传工程中的应用现状与未来发展方向 | CRISPR-Cas系统组件及其在原核生物工程中的应用 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas系统 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 原核生物 | 基于调控gRNA表达的遗传电路 | 生物传感, 生物生产, 生物治疗 |
| 17 | 2025-10-05 |
Accelerating Diverse Cell-Based Therapies Through Scalable Design
2024-07, Annual review of chemical and biomolecular engineering
IF:7.6Q1
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综述 | 本文探讨如何通过可扩展设计加速多样化细胞疗法的开发 | 整合合成生物学工具与先进基因组编写技术，提出加速细胞疗法转化的新愿景 | NA | 促进基于细胞的疗法转化应用 | 原代细胞和干细胞 | 合成生物学 | NA | 转基因方法、基因组编写技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN | 哺乳动物细胞 | 转基因货物设计、生物传感器、逻辑门 | 医学 |
| 18 | 2025-10-05 |
Fitness Landscapes and Evolution of Catalytic RNA
2024-07, Annual review of biophysics
IF:10.4Q1
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综述 | 探讨RNA催化剂的适应度景观及其在进化与合成生物学中的意义 | 结合体外筛选与高通量测序技术绘制RNA完整和局部适应度景观，并提出利用机器学习进行序列空间插值和外推的新方向 | 序列空间的庞大规模限制了纯实验研究方法的有效性 | 解析基因型与表型关系（适应度景观）以推动合成生物学发展 | 催化RNA及其序列空间 | 合成生物学 | NA | 体外筛选、高通量测序 | 机器学习 | 序列数据 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学 |
| 19 | 2025-10-05 |
CRISPR/Cas Technology: The Unique Synthetic Biology Genome-Editing Tool Shifting the Paradigm in Viral Diagnostics, Defense, and Therapeutics
2024-07, Annual review of biomedical engineering
IF:12.8Q1
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综述 | 全面介绍CRISPR/Cas系统的基本原理及其在病毒检测、防御和治疗中的应用 | 系统评估了基于CRISPR/Cas的病毒诊断、疫苗开发、B细胞工程等创新技术的优势与局限 | 讨论了CRISPR/Cas系统使用中面临的挑战和生物伦理问题 | 推进生物技术方法以应对已知和未知生物威胁 | CRISPR/Cas系统及其在病毒领域的应用技术 | 合成生物学 | 病毒感染 | CRISPR/Cas系统 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | NA | NA | 医学 |
| 20 | 2025-10-05 |
Engineering a Self-Assembled Protein Cage for Targeted Dual Functionalization
2024-07-31, Nano letters
IF:9.6Q1
DOI:10.1021/acs.nanolett.4c01693
PMID:39017718
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研究论文 | 本研究开发了一种能够独立招募两种不同目标蛋白的自组装蛋白笼Mi3，实现了在体外和活细胞内的双重功能化 | 首次将SpyCatcher/SpyTag和DogCatcher/DogTag两种化学方法整合到单一蛋白笼中，实现了两种不同目标蛋白的独立可控定位 | NA | 开发能够同时负载多种功能蛋白的自组装蛋白笼平台 | 自组装蛋白笼Mi3及其双重功能化系统 | 合成生物学 | NA | SpyCatcher/SpyTag和DogCatcher/DogTag蛋白质连接技术 | NA | 蛋白质组装数据、荧光成像数据、酶活性数据 | NA | 蛋白质工程 | 活细胞 | 双重功能化蛋白笼系统，可同时负载膜靶向肽和酶蛋白 | 医学, 合成生物学 |