合成生物学相关文章
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当前共找到 82 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2024-09-04 |
Photosynthesis: Genetic Strategies Adopted to Gain Higher Efficiency
2024-Aug-16, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25168933
PMID:39201620
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综述 | 本文综述了通过遗传策略提高光合作用效率的方法 | 讨论了CRISPR-Cas9和合成生物学等基因编辑工具在精确调整光合作用途径中的最新成功案例 | 文章未明确指出具体的局限性 | 旨在识别光合作用的优化机会，讨论近期进展，并解决提高这一关键过程的挑战 | 光合作用的遗传方面及其在提高作物产量中的应用 | NA | NA | CRISPR-Cas9, 合成生物学 | NA | NA | NA |
| 22 | 2024-09-04 |
Identification, Design, and Application of Noncoding Cis-Regulatory Elements
2024-Aug-05, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom14080945
PMID:39199333
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研究论文 | 本文探讨了顺式调控元件（CREs）的识别、设计和应用，以及它们在生物学功能中的关键作用 | 本文利用深度学习算法和大语言模型来解析控制CRE功能的复杂核苷酸序列，并实现CRE活动的精确预测和从头设计 | NA | 深入理解CRE的操作动态，以利用其多样化的调控特性 | 顺式调控元件（CREs）及其在生物学功能中的作用 | 基因组学 | NA | 深度学习算法 | 大语言模型 | 功能基因组数据 | NA |
| 23 | 2024-09-04 |
The chromosome-scale assembly of the Notopterygium incisum genome provides insight into the structural diversity of coumarins
2024-Aug, Acta pharmaceutica Sinica. B
DOI:10.1016/j.apsb.2024.04.005
PMID:39220882
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研究论文 | 本文报道了Notopterygium incisum的染色体级别基因组组装，大小为1.64 Gb，包含60,021个注释的蛋白质编码基因，并鉴定了关键酶在香豆素结构多样性中的作用 | 首次鉴定了两种双功能酶，能够催化demethylsuberosin和osthenol，并提出了复杂香豆素生物合成途径的平行进化场景 | NA | 探究香豆素结构多样性的机制 | Notopterygium incisum的基因组及其香豆素生物合成途径 | NA | NA | 基因组组装 | NA | 基因组数据 | Notopterygium incisum的基因组 |
| 24 | 2024-09-02 |
Comprehensive Analysis of Allulose Production: A Review and Update
2024-Aug-17, Foods (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/foods13162572
PMID:39200499
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综述 | 本文综述了近年来D-阿洛酮糖生产技术的进展，重点介绍了酶转化方法的关键发展 | 包括传统固定化技术、新型酶的发现、定向进化研究以及通过代谢途径修饰的生物合成 | NA | 旨在提高D-阿洛酮糖的生产效率和成本效益，同时遵循可持续和经济可行的制造实践 | D-阿洛酮糖的生产技术 | 生物技术 | NA | 酶转化 | NA | NA | NA |
| 25 | 2024-09-01 |
Cultivation optimization promotes ginsenoside and universal triterpenoid production by engineered yeast
2024-Aug-22, New biotechnology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.nbt.2024.08.505
PMID:39181198
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research paper | 本文通过实验设计优化发酵条件，提高了工程酵母生产人参皂苷和通用三萜类化合物的产量 | 利用合成生物学、微生物工程和配方研究，实现了可持续生产高价值化合物，如三萜类合成 | NA | 优化发酵条件以提高工程酵母生产人参皂苷和三萜类化合物的产量 | 人参皂苷和三萜类化合物 | NA | NA | 发酵 | NA | NA | NA |
| 26 | 2024-08-30 |
Multi-modal deep learning enables efficient and accurate annotation of enzymatic active sites
2024-Aug-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51511-6
PMID:39187482
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研究论文 | 介绍了一种名为EasIFA的酶活性位点注释算法，该算法结合了蛋白质语言模型和3D结构编码器的潜在酶表示，并通过多模态交叉注意力框架将蛋白质级信息与酶反应知识对齐 | EasIFA算法在速度和准确性上均优于现有算法，实现了10倍的加速和显著的性能提升 | NA | 开发一种高效且准确的酶活性位点注释算法，以推动药物发现、疾病研究、酶工程和合成生物学等多个领域的发展 | 酶活性位点的自动注释 | 机器学习 | NA | 多模态深度学习 | 多模态交叉注意力框架 | 蛋白质结构数据 | NA |
| 27 | 2024-08-29 |
A Self-Assembling γPFD-SpyCatcher Hydrogel Scaffold for the Coimmobilization of SpyTag-Enzymes to Facilitate the Catalysis of Regulated Enzymes
2024-Aug-28, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.4c03403
PMID:39194331
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研究论文 | 本研究建立了一种能够自发组装的γPFD-SpyCatcher水凝胶支架，用于共固定化SpyTag-酶，以促进受调控酶的催化作用 | 该研究展示了γPFD-SpyCatcher水凝胶在提高酶的热稳定性和pH稳定性的同时，还能快速提供纯酶，并在体外实验中显著提高了酶的活性 | NA | 探索γPFD-SpyCatcher水凝胶在共固定化酶中的应用，以提高酶的稳定性和活性 | γPFD-SpyCatcher水凝胶、SpyTag-酶（如SpyTag-己糖激酶、SpyTag-磷酸果糖激酶和SpyTag-丙酮酸激酶） | 生物技术 | NA | 水凝胶技术 | NA | 酶活性数据 | NA |
| 28 | 2024-08-29 |
Polymerase-Based Signal Delay for Temporally Regulating DNA Involved Reactions, Programming Dynamic Molecular Systems, and Biomimetic Sensing
2024-Aug, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202400142
PMID:38676334
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research paper | 本研究首次通过分子动力学模拟分析和荧光测定法，表征了等温DNA聚合酶（DNAP）的催化活性，并探索了通过引入引物突出端、使用抑制剂和改变DNA模板长度等新策略来精确控制信号链释放延迟的方法。 | 本研究通过引入新策略，如引物突出端的引入、抑制剂的使用和DNA模板长度的改变，实现了对DNA聚合酶介导的引物延伸和DNA链置换反应的时间控制。 | 尽管生物模拟分子网络在细胞外成功构建，但精确操纵时间行为的能力仍然有限。 | 研究旨在探索和应用DNA聚合酶催化反应在时间调控下游DNA参与反应、建立动态分子信号和生成目标基因多重检测条形码中的应用。 | 研究对象包括DNA聚合酶的催化活性、时间调控的DNA参与反应、动态分子信号的建立以及目标基因的多重检测。 | 生物技术 | NA | 分子动力学模拟分析、荧光测定法 | NA | DNA | 信号链释放延迟时间从10秒到10分钟 |
| 29 | 2024-08-26 |
STRAIGHT-IN: a platform for rapidly generating panels of genetically modified human pluripotent stem cell lines
2024-Aug-23, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01039-2
PMID:39179886
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研究论文 | 本文介绍了一种名为STRAIGHT-IN的平台，用于快速生成遗传修饰的人类多能干细胞系 | STRAIGHT-IN平台通过精确插入或替换特定基因组区域，并利用Bxb1整合酶和Cre重组酶，实现了大DNA载体的靶向整合，提高了整合效率并减少了克隆变异性 | NA | 开发一种新的技术平台，用于快速生成遗传修饰的人类多能干细胞系，以应用于合成生物学、疾病模型和药物发现等领域 | 人类多能干细胞 | 生物技术 | NA | 基因编辑技术 | NA | 细胞系 | 多个遗传修饰的人类多能干细胞系 |
| 30 | 2024-08-26 |
Programming mammalian cell behaviors by physical cues
2024-Aug-22, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2024.07.014
PMID:39179464
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综述 | 本文综述了合成生物学领域中，通过物理刺激精确调控转基因开关和细胞行为的最新进展 | 探讨了用于感知物理刺激并产生相应输出的多样化遗传工具和合成策略 | 讨论了这些工具在精确性和效率方面的局限性 | 探索物理控制蛋白表达在工程化哺乳动物细胞中的前沿进展及其治疗应用潜力 | 工程化哺乳动物细胞 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 31 | 2024-08-26 |
Design of a self-regulating mRNA gene circuit
2024-08-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-70363-0
PMID:39169208
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研究论文 | 本文设计了一种基于噬菌体MS2的自我调节mRNA基因电路，通过计算工具模拟核糖体动力学和mRNA共翻译折叠，优化了下游基因的翻译和抑制效率 | 提出了一种新的自我调节mRNA设计方法，可用于疫苗和其他合成生物学应用，实现细胞内蛋白质水平的精确控制 | NA | 探索设计自我调节mRNA基因电路的可能性，以实现细胞内蛋白质合成的自我调节 | 自我调节mRNA的设计及其在蛋白质表达控制中的应用 | 合成生物学 | NA | 计算模拟 | NA | mRNA | NA |
| 32 | 2024-08-24 |
[Biomanufacturing of propionic acid]
2024-Aug-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.240097
PMID:39174476
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综述 | 本文综述了丙酸的生物制造过程，包括代谢工程和途径重构在异源宿主中的研究，以及通过合成生物学设计改良途径从L-苏氨酸或生物基1,2-丙二醇合成高纯度丙酸的最新进展 | 利用微生物转化可再生资源生产丙酸，减少环境污染并提高可持续性 | NA | 探讨丙酸的生物制造方法及其在食品、医药和化工领域的应用 | 丙酸的生物制造过程及其代谢途径 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA |
| 33 | 2024-08-24 |
[Construction of microbial cell factories for synthesizing value-added chemicals with xylose]
2024-Aug-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.240161
PMID:39174477
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研究论文 | 本文介绍了利用木糖合成高价值化学品的微生物细胞工厂的构建策略 | 深入理解微生物代谢机制和合成生物学的进步提高了微生物代谢木糖的效率并扩展了木糖衍生产品的范围 | 木糖的代谢效率低于葡萄糖，限制了其在大多数微生物中的应用 | 实现对木质纤维素的全利用，构建能高效代谢木糖的微生物细胞工厂 | 木质纤维素中的木糖 | 合成生物学 | NA | 合成生物学技术 | NA | NA | NA |
| 34 | 2024-08-24 |
The art of designed coiled-coils for the regulation of mammalian cells
2024-Aug-15, Cell chemical biology
IF:6.6Q1
DOI:10.1016/j.chembiol.2024.06.001
PMID:38971158
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综述 | 本文综述了卷曲螺旋（CC）二聚体形成模块在哺乳动物细胞调控中的应用及其设计规则 | 卷曲螺旋模块提供了高度特异性和正交的蛋白质-蛋白质相互作用，设计规则使其能够精确控制和调节这些相互作用 | NA | 探讨卷曲螺旋在哺乳动物细胞中的多样化应用及其在推进细胞过程理解和调控中的作用 | 卷曲螺旋模块在哺乳动物细胞中的应用，包括合成生物电路设计、转录和变构调控、细胞组装、嵌合抗原受体（CAR）T细胞调控和基因组编辑 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 35 | 2024-08-24 |
Design, modeling and in silico simulation of bacterial biosensors for detecting heavy metals in irrigation water for precision agriculture
2024-Aug-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e35050
PMID:39170417
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研究论文 | 本文提出了一种新的工作流程，用于设计、建模和模拟可重编程微生物，作为检测灌溉水中重金属的生物传感器 | 该工作流程基于合成生物学的两种技术：合成遗传电路设计和合成工程，允许使用软件和硬件开发理论模型，预测复杂生物系统的行为 | NA | 设计新型生物设备以替代目前用于精准农业中检测灌溉水重金属的传感器 | 设计、建模和模拟用于检测灌溉水中重金属（砷、汞和铅）的微生物生物传感器 | 合成生物学 | NA | 合成遗传电路设计、合成工程 | NA | 基因组数据（SBOL、GenBank和FASTA格式） | 三种全细胞重金属生物传感器 |
| 36 | 2024-08-23 |
Deciphering GB1's Single Mutational Landscape: Insights from MuMi Analysis
2024-Aug-22, The journal of physical chemistry. B
DOI:10.1021/acs.jpcb.4c04916
PMID:39115184
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研究论文 | 本研究通过计算机模拟突变扫描和分子动力学模拟，探讨了GB1与IgG-Fc结合的分子基础 | 本研究展示了MuMi作为一种可靠且计算高效的工具，用于预测蛋白质适应性景观，相较于传统方法具有显著优势 | NA | 研究GB1与IgG-Fc结合的分子机制，并评估MuMi在预测蛋白质适应性景观中的应用 | GB1蛋白与IgG-Fc的结合 | 生物信息学 | NA | 深度突变扫描（DMS），分子动力学（MD） | NA | 蛋白质结构 | 所有可能的单突变 |
| 37 | 2024-08-23 |
Degradable living plastics programmed by engineered spores
2024-Aug-21, Nature chemical biology
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41589-024-01713-2
PMID:39169270
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研究论文 | 本文报道了一种利用合成生物学和聚合物工程技术制备的可生物降解的活体塑料 | 通过工程化的枯草芽孢杆菌孢子携带木糖诱导分泌表达的伯克霍尔德菌脂酶（BC-脂酶）基因回路，实现了塑料的生物降解 | NA | 开发一种环境友好的塑料材料，能够在孢子休眠时保持功能，在孢子激活时进行降解 | 工程化的枯草芽孢杆菌孢子和聚己内酯 | 生物工程 | NA | 合成生物学和聚合物工程 | NA | 材料 | NA |
| 38 | 2024-08-23 |
Synthetic biology approaches and bioseparations in syngas fermentation
2024-Aug-20, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2024.07.008
PMID:39168757
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综述 | 本文综述了合成生物学方法和生物分离技术在合成气发酵中的应用 | 介绍了遗传工具和代谢工程的进展，以扩展产品范围，并强调了加速非模式生物和乙酸菌株开发的 enabling technologies | NA | 探讨合成气发酵的各个方面，包括微生物、气体组成的影响、分离技术、技术经济分析和商业化努力 | 合成气发酵中的微生物、气体组成、分离技术等 | 生物技术 | NA | 合成生物学方法、代谢工程 | NA | NA | NA |
| 39 | 2024-08-23 |
Construction of a Calibration Curve for Lycopene on a Liquid-Handling Platform─Wider Lessons for the Development of Automated Dilution Protocols
2024-Aug-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00031
PMID:39096303
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研究论文 | 本文在伦敦Biofoundry at SynbiCITE进行的研究中，探讨了液体处理及其可靠自动化的重要性，特别是通过构建番茄红素在二甲基亚砜（DMSO）中的校准曲线来实现 | 研究开发了适用于其他自动化应用的灵活液体处理方法，并通过番茄红素/DMSO混合物对自动化液体处理协议进行了压力测试 | 由于液体处理步骤的普遍存在，需要将错误控制在高标准，以避免错误传播到协议的其他部分 | 研究液体处理的自动化，以提高通量和可重复性 | 液体处理操作的自动化，特别是番茄红素在DMSO中的校准曲线的构建 | 合成生物学 | NA | 液体处理平台 | NA | 校准曲线 | NA |
| 40 | 2024-08-23 |
Artificial Intelligence Methods and Models for Retro-Biosynthesis: A Scoping Review
2024-Aug-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00091
PMID:39047143
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综述 | 本文综述了人工智能方法和模型在逆合成和逆生物合成路径设计中的最新进展 | 人工智能推动了合成规划和化学空间探索的新前沿，促进了与绿色化学相符的生物生产 | 讨论了该领域的局限性和有前景的研究方向 | 总结人工智能在逆合成和逆生物合成路径设计中的应用 | 逆合成和逆生物合成路径设计 | NA | NA | 人工智能 | 基于反应模板或生成模型 | NA | NA |