合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-09-27	Synthetic Biology of Natural Products Engineering: Recent Advances Across the Discover-Design-Build-Test-Learn Cycle 2024-Sep-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00391 PMID:39163395	研究论文	本文综述了合成生物学在天然产物工程中的最新进展，涵盖了从发现、设计、构建、测试到学习的生物工程循环	介绍了AI支持的基因挖掘、酶和途径工程以及化合物识别的计算工具的最新进展，以及提高生产水平的新宿主系统和新技术	未提及具体的研究局限性	探讨合成生物学在天然产物工程中的应用，强调负责任的研究和创新	基因工程、酶和途径工程、化合物识别、新宿主系统和生产技术	合成生物学	NA	基因工程、酶工程、途径工程	NA	基因组数据	未提及具体样本数量
42	2024-09-27	Optimized CRISPR Interference System for Investigating Pseudomonas alloputida Genes Involved in Rhizosphere Microbiome Assembly 2024-Sep-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00312 PMID:39163848	研究论文	描述了一种在KT2440中使用的CRISPR干扰系统，用于研究根际微生物群落中的微生物相互作用	开发了一种包含三种不同启动子系统和dCas9密码子优化的CRISPR干扰系统，适用于Pseudomonas alloputida，并展示了其在根际微生物群落中的功能	讨论了环境因素如培养基选择对CRISPR干扰成功率的影响	研究根际微生物群落中的微生物相互作用	KT2440中的基因及其在根际微生物群落中的功能	合成生物学	NA	CRISPR干扰	NA	基因表达数据	NA
43	2024-09-27	Engineering Microbial Consortia as Living Materials: Advances and Prospectives 2024-Sep-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00313 PMID:39174016	综述	本文综述了利用微生物群落作为活体材料的研究进展和前景	介绍了两种设计由微生物群落组成的活体材料的策略：自上而下的策略和自下而上的策略	基于微生物群落的活体材料仍处于发展阶段	探讨利用微生物群落作为活体材料的设计策略和技术，并讨论其面临的挑战和未来展望	微生物群落及其在活体材料中的应用	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
44	2024-09-27	Computational Synthetic Biology Enabled through JAX: A Showcase 2024-Sep-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00307 PMID:39230510	研究论文	本文展示了通过JAX库在计算合成生物学中的应用	本文首次展示了JAX在计算合成生物学中的应用，并提供了三个示例项目和相应的Jupyter笔记本	本文未详细讨论JAX在计算合成生物学中的局限性	展示JAX在计算合成生物学中的应用，并促进其在该领域的普及	JAX库在合成生物学和定向进化中的应用	计算生物学	NA	JAX	NA	NA	NA
45	2024-09-27	Ten Years of the Synthetic Biology Summer Course at Cold Spring Harbor Laboratory 2024-Sep-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00276 PMID:39300908	review	本文回顾了冷泉港实验室合成生物学夏季课程的历史、发展和结构	该课程整合了实验室实践、研究轮换和领域领袖的讲座，涵盖了合成生物学的多个关键主题	NA	探讨如何通过该课程影响其他合成生物学短期课程的开发	冷泉港实验室合成生物学夏季课程的结构和内容	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
46	2024-09-27	Effects of growth feedback on adaptive gene circuits: A dynamical understanding 2024-Sep-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.06.543915 PMID:37333159	研究论文	本文研究了生长反馈对适应性基因电路的影响，并揭示了电路故障的动态机制	发现了电路鲁棒性与生长反馈强度之间的缩放规律，并识别出在生长反馈下仍能保持最佳性能的电路	仅限于转录调控电路的适应性研究，未涵盖其他类型的基因电路	理解生长反馈对基因电路动态行为的影响，并识别出对生长反馈具有鲁棒性的电路拓扑结构	适应性基因电路及其在生长反馈下的动态行为	合成生物学	NA	NA	NA	NA	超过四百种拓扑结构
47	2024-09-26	From β-Carotene to Retinoids: A Review of Microbial Production of Vitamin A 2024-Sep-25, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.4c06851 PMID:39285668	综述	本文综述了从β-胡萝卜素到视黄醇的微生物生产维生素A的过程	介绍了利用合成生物学通过微生物细胞工厂进行维生素A生物合成的创新方法	仍面临挑战，如优化维生素A生物合成的策略和未来发展方向	探讨微生物生产维生素A的现状和未来发展方向	维生素A的生物合成过程及其在食品、制药和动物饲料行业的应用	NA	NA	合成生物学	NA	NA	NA
48	2024-09-26	[Developing a curriculum cluster in "Synthetic Biology" to cultivate inter-disciplinary and innovative talents for biomanufacturing] 2024-Sep-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology DOI:10.13345/j.cjb.230637 PMID:39319741	研究论文	本文介绍了华东理工大学在合成生物学领域建立的课程集群，旨在培养生物制造领域的跨学科和创新型人才	通过整合合成生物学的核心课程和相关学科，利用国内外知名教授的讲座和丰富的资源，提升学生的创新能力	NA	培养生物制造领域的跨学科和创新型人才	合成生物学课程集群及其对学生创新能力的提升	生物技术	NA	NA	NA	NA	NA
49	2024-09-26	[Design and practice of integrating artificial intelligence into the teaching of "Synthetic Biology" under the background of discipline crossing] 2024-Sep-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology DOI:10.13345/j.cjb.240317 PMID:39319740	研究论文	本文探讨了在学科交叉背景下，将人工智能融入合成生物学教学的设计与实践	提出了将人工智能与合成生物学教学内容相结合的系统设计，并介绍了在江南大学合成生物学课程中的具体实施路径	未详细说明具体的教学效果评估方法	探讨如何将人工智能融入合成生物学教学，以培养跨学科高水平人才和促进协同创新	合成生物学课程的教学内容和方法	合成生物学	NA	人工智能	NA	NA	NA
50	2024-09-26	Y-switch: a spring-loaded synthetic gene switch for robust DNA/RNA signal amplification and detection 2024-Sep-23, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae680 PMID:39149901	研究论文	介绍了一种名为Y-Switch的新型TMSD级联设计，用于增强DNA/RNA信号的检测和放大	Y-Switch设计基于一对热力学弹簧加载的DNA模块，能够在无正确触发器的情况下实现高灵敏度和零背景信号	NA	开发一种经济且高效的核酸检测方法，用于生物医学诊断	Zika病毒和严重急性呼吸综合征冠状病毒2的核酸序列	合成生物学	NA	toehold介导的链置换（TMSD）	NA	核酸序列	Zika病毒和严重急性呼吸综合征冠状病毒2的核酸序列
51	2024-09-26	Overexpression of RuBisCO form I and II genes in Rhodopseudomonas palustris TIE-1 augments polyhydroxyalkanoate production heterotrophically and autotrophically 2024-09-18, Applied and environmental microbiology IF:3.9Q2 DOI:10.1128/aem.01438-24 PMID:39162566	研究论文	本研究通过在Rhodopseudomonas palustris TIE-1中过表达RuBisCO I型和II型基因，增强了聚羟基脂肪酸酯（PHA）的异养和自养生产	开发了一种噬菌体整合系统，成功将RuBisCO I型和II型基因整合到TIE-1基因组中，显著提高了PHA产量	NA	通过基因工程手段提高微生物生产生物塑料的能力	Rhodopseudomonas palustris TIE-1及其PHA生产能力	合成生物学	NA	基因编辑	NA	基因组数据	多种代谢突变体和过表达菌株
52	2024-09-25	Treatment of neurologic pathology and inflammation in Machado-Joseph disease through in vivo self-assembled siRNA 2024-Sep-24, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awae304 PMID:39315766	研究论文	本研究开发了一种合成生物学策略，通过重新编程宿主肝脏作为组织底盘，诱导和传递体内自组装siRNA（IVSA-siRNA），以靶向ATXN3基因，治疗Machado-Joseph病（SCA3）	本研究创新性地利用合成生物学方法，通过重新编程肝脏产生并分泌包裹mATXN3-siRNA的小胞外囊泡（sEVs），成功跨越血脑屏障，抑制ATXN3基因表达，改善SCA3症状	本研究仅在YACMJD84.2转基因小鼠模型中验证了该策略的有效性，尚未进行临床试验	开发一种新的治疗策略，通过靶向ATXN3基因，治疗Machado-Joseph病（SCA3）	Machado-Joseph病（SCA3）患者和小鼠模型	基因治疗	神经退行性疾病	体内自组装siRNA（IVSA-siRNA）	NA	基因表达数据	YACMJD84.2转基因小鼠
53	2024-09-25	Accurately predicting enzyme functions through geometric graph learning on ESMFold-predicted structures 2024-Sep-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52533-w PMID:39294165	研究论文	提出了一种基于几何图学习的酶功能预测模型GraphEC，利用ESMFold预测的结构和预训练的蛋白质语言模型	首次将几何图学习应用于酶功能预测，并结合了酶活性位点和结构特征	NA	开发一种更准确的酶功能预测方法	酶的活性位点、EC编号和最适pH值	机器学习	NA	几何图学习	GraphEC	蛋白质结构	NA
54	2024-09-22	MutaT7GDE: A Single Chimera for the Targeted, Balanced, Efficient, and Processive Installation of All Possible Transition Mutations In Vivo 2024-Sep-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00316 PMID:39190860	研究论文	本文介绍了一种名为MutaT7GDE的单融合酶系统，用于在体内靶向、平衡、高效和连续地安装所有可能的转换突变	本文利用新设计的底物非特异性广义脱氨酶（GDE），建立了一个基于单一融合酶的简化系统，能够靶向脱氧腺苷和脱氧胞苷，实现更高效的突变安装	NA	开发一种新的合成生物学工具，用于在实验室进化过程中多样化目标基因	MutaT7融合蛋白及其在靶向突变中的应用	合成生物学	NA	脱氨酶-T7 RNA聚合酶融合技术	NA	基因序列	四种不同的MutaT7构建体
55	2024-09-22	Integrating Deep Learning and Synthetic Biology: A Co-Design Approach for Enhancing Gene Expression via N-Terminal Coding Sequences 2024-Sep-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00371 PMID:39229974	研究论文	本文介绍了一种结合深度学习和合成生物学的协同设计方法，用于通过N端编码序列优化基因表达	提出了一种新的深度学习/合成生物学协同设计流程，用于N端编码序列的优化，能够在有限训练数据下显著提高基因表达	仅在绿色荧光蛋白和N-乙酰神经氨酸的表达中进行了验证，尚未在更广泛的基因和生物系统中进行测试	开发一种高效的方法来优化N端编码序列，以提高基因表达	N端编码序列和基因表达	合成生物学	NA	深度学习	时间序列网络	序列数据	六个迭代实验
56	2024-09-22	SeqImprove: Machine-Learning-Assisted Curation of Genetic Circuit Sequence Information 2024-Sep-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00392 PMID:39230953	研究论文	开发了一种名为SeqImprove的机器学习辅助工具，用于基因电路序列信息的整理	SeqImprove利用命名实体识别、实体归一化和序列匹配技术，自动生成机器可访问的序列数据和元数据注释，简化了作者提交序列数据的过程	NA	解决合成生物学中因文献研究和复制不完整记录工作而导致的进度和实用性受限问题	基因电路序列信息	机器学习	NA	命名实体识别、实体归一化、序列匹配	NA	序列数据	NA
57	2024-09-22	Orthogonal Serine Integrases Enable Scalable Gene Storage Cascades in Bacterial Genome 2024-Sep-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00505 PMID:39238421	研究论文	介绍了一种利用正交丝氨酸整合酶在细菌基因组中实现可扩展基因存储级联的方法	首次提出了一种利用正交丝氨酸整合酶实现多基因稳定存储的方法，并展示了其在合成生物学中的应用潜力	NA	开发一种可扩展的基因存储工具，用于在细菌基因组中稳定存储异源DNA	利用正交丝氨酸整合酶在MG1655细菌染色体中稳定存储多个异源基因	合成生物学	NA	正交丝氨酸整合酶（TP901-1, Bxb1, PhiC31）	NA	DNA片段	MG1655细菌株
58	2024-09-21	A Simple and Effective Strategy for the Development of Robust Promoter-Centric Gene Expression Tools 2024-Sep-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00092 PMID:39120429	研究论文	本文介绍了一种简单有效的策略，用于开发基于启动子的基因表达工具	通过在启动子的原始-35区域上游引入额外的-35样基序，并结合在5'-UTR区域整合回文-元素，生成了一系列强效的组成型和诱导型基因表达工具	NA	开发强效的基因表达工具，以推动菌株工程和合成生物学研究	基因表达工具的开发和优化	合成生物学	NA	基因工程	NA	基因序列	NA
59	2024-09-21	GOLDBAR: A Framework for Combinatorial Biological Design 2024-Sep-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00296 PMID:39162314	研究论文	本文介绍了一种名为GOLDBAR的组合设计框架，用于支持合成生物学中的组合生物设计	GOLDBAR框架允许合成生物学家交叉和合并整个生物设计类别的规则，以提取共同的设计基序并推断新的设计	NA	开发一种支持生物设计组合的框架，以促进自动化分析和机器学习	TetR同源转录逻辑电路的设计空间、部分基因簇的组装以及rebeccamycin的生物合成	合成生物学	NA	组合设计	NA	生物设计规则	NA
60	2024-09-21	Multilevel Systematic Optimization To Achieve Efficient Integrated Expression of Escherichia coli 2024-Sep-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00280 PMID:39262282	研究论文	本文系统优化了大肠杆菌基因组整合表达系统，通过筛选最佳整合位点、评估内源启动子并结合T7启动子，以及过量表达T7 RNA聚合酶，实现了高效稳定的异源基因表达	开发了一种名为CEIES_Ecoli的稳定高效基因表达系统，无需抗生素或诱导剂，适用于合成生物学和酶工程等领域	NA	优化大肠杆菌基因组整合表达系统，提高异源基因的表达效率	大肠杆菌BL21 (DE3)基因组中的异源基因表达	合成生物学	NA	基因组编辑	NA	基因组数据	18个整合位点，16个内源启动子