合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-09-26	Overexpression of RuBisCO form I and II genes in Rhodopseudomonas palustris TIE-1 augments polyhydroxyalkanoate production heterotrophically and autotrophically 2024-09-18, Applied and environmental microbiology IF:3.9Q2 DOI:10.1128/aem.01438-24 PMID:39162566	研究论文	本研究通过在Rhodopseudomonas palustris TIE-1中过表达RuBisCO I型和II型基因，增强了聚羟基脂肪酸酯（PHA）的异养和自养生产	开发了一种噬菌体整合系统，成功将RuBisCO I型和II型基因整合到TIE-1基因组中，显著提高了PHA产量	NA	通过基因工程手段提高微生物生产生物塑料的能力	Rhodopseudomonas palustris TIE-1及其PHA生产能力	合成生物学	NA	基因编辑	NA	基因组数据	多种代谢突变体和过表达菌株
62	2024-09-25	Accurately predicting enzyme functions through geometric graph learning on ESMFold-predicted structures 2024-Sep-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52533-w PMID:39294165	研究论文	提出了一种基于几何图学习的酶功能预测模型GraphEC，利用ESMFold预测的结构和预训练的蛋白质语言模型	首次将几何图学习应用于酶功能预测，并结合了酶活性位点和结构特征	NA	开发一种更准确的酶功能预测方法	酶的活性位点、EC编号和最适pH值	机器学习	NA	几何图学习	GraphEC	蛋白质结构	NA
63	2024-09-22	MutaT7GDE: A Single Chimera for the Targeted, Balanced, Efficient, and Processive Installation of All Possible Transition Mutations In Vivo 2024-Sep-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00316 PMID:39190860	研究论文	本文介绍了一种名为MutaT7GDE的单融合酶系统，用于在体内靶向、平衡、高效和连续地安装所有可能的转换突变	本文利用新设计的底物非特异性广义脱氨酶（GDE），建立了一个基于单一融合酶的简化系统，能够靶向脱氧腺苷和脱氧胞苷，实现更高效的突变安装	NA	开发一种新的合成生物学工具，用于在实验室进化过程中多样化目标基因	MutaT7融合蛋白及其在靶向突变中的应用	合成生物学	NA	脱氨酶-T7 RNA聚合酶融合技术	NA	基因序列	四种不同的MutaT7构建体
64	2024-09-22	Integrating Deep Learning and Synthetic Biology: A Co-Design Approach for Enhancing Gene Expression via N-Terminal Coding Sequences 2024-Sep-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00371 PMID:39229974	研究论文	本文介绍了一种结合深度学习和合成生物学的协同设计方法，用于通过N端编码序列优化基因表达	提出了一种新的深度学习/合成生物学协同设计流程，用于N端编码序列的优化，能够在有限训练数据下显著提高基因表达	仅在绿色荧光蛋白和N-乙酰神经氨酸的表达中进行了验证，尚未在更广泛的基因和生物系统中进行测试	开发一种高效的方法来优化N端编码序列，以提高基因表达	N端编码序列和基因表达	合成生物学	NA	深度学习	时间序列网络	序列数据	六个迭代实验
65	2024-09-22	SeqImprove: Machine-Learning-Assisted Curation of Genetic Circuit Sequence Information 2024-Sep-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00392 PMID:39230953	研究论文	开发了一种名为SeqImprove的机器学习辅助工具，用于基因电路序列信息的整理	SeqImprove利用命名实体识别、实体归一化和序列匹配技术，自动生成机器可访问的序列数据和元数据注释，简化了作者提交序列数据的过程	NA	解决合成生物学中因文献研究和复制不完整记录工作而导致的进度和实用性受限问题	基因电路序列信息	机器学习	NA	命名实体识别、实体归一化、序列匹配	NA	序列数据	NA
66	2024-09-22	Orthogonal Serine Integrases Enable Scalable Gene Storage Cascades in Bacterial Genome 2024-Sep-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00505 PMID:39238421	研究论文	介绍了一种利用正交丝氨酸整合酶在细菌基因组中实现可扩展基因存储级联的方法	首次提出了一种利用正交丝氨酸整合酶实现多基因稳定存储的方法，并展示了其在合成生物学中的应用潜力	NA	开发一种可扩展的基因存储工具，用于在细菌基因组中稳定存储异源DNA	利用正交丝氨酸整合酶在MG1655细菌染色体中稳定存储多个异源基因	合成生物学	NA	正交丝氨酸整合酶（TP901-1, Bxb1, PhiC31）	NA	DNA片段	MG1655细菌株
67	2024-09-21	A Simple and Effective Strategy for the Development of Robust Promoter-Centric Gene Expression Tools 2024-Sep-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00092 PMID:39120429	研究论文	本文介绍了一种简单有效的策略，用于开发基于启动子的基因表达工具	通过在启动子的原始-35区域上游引入额外的-35样基序，并结合在5'-UTR区域整合回文-元素，生成了一系列强效的组成型和诱导型基因表达工具	NA	开发强效的基因表达工具，以推动菌株工程和合成生物学研究	基因表达工具的开发和优化	合成生物学	NA	基因工程	NA	基因序列	NA
68	2024-09-21	GOLDBAR: A Framework for Combinatorial Biological Design 2024-Sep-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00296 PMID:39162314	研究论文	本文介绍了一种名为GOLDBAR的组合设计框架，用于支持合成生物学中的组合生物设计	GOLDBAR框架允许合成生物学家交叉和合并整个生物设计类别的规则，以提取共同的设计基序并推断新的设计	NA	开发一种支持生物设计组合的框架，以促进自动化分析和机器学习	TetR同源转录逻辑电路的设计空间、部分基因簇的组装以及rebeccamycin的生物合成	合成生物学	NA	组合设计	NA	生物设计规则	NA
69	2024-09-21	Multilevel Systematic Optimization To Achieve Efficient Integrated Expression of Escherichia coli 2024-Sep-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00280 PMID:39262282	研究论文	本文系统优化了大肠杆菌基因组整合表达系统，通过筛选最佳整合位点、评估内源启动子并结合T7启动子，以及过量表达T7 RNA聚合酶，实现了高效稳定的异源基因表达	开发了一种名为CEIES_Ecoli的稳定高效基因表达系统，无需抗生素或诱导剂，适用于合成生物学和酶工程等领域	NA	优化大肠杆菌基因组整合表达系统，提高异源基因的表达效率	大肠杆菌BL21 (DE3)基因组中的异源基因表达	合成生物学	NA	基因组编辑	NA	基因组数据	18个整合位点，16个内源启动子
70	2024-09-21	Evaluating the Contribution of Model Complexity in Predicting Robustness in Synthetic Genetic Circuits 2024-Sep-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00708 PMID:39264040	研究论文	本文比较了三种不同遗传电路实现的五种计算模型，评估其在预测合成电路性能和噪声韧性方面的相对预测能力	探讨了在缺乏特征化部件或现有设计的情况下，简单模型是否能与复杂模型得出相似结论，并评估了不同模型在分析上的优势	当需要准确量化失败概率时，使用更精确的模型需要额外的努力	评估模型复杂性在预测合成遗传电路鲁棒性中的贡献	三种不同遗传电路实现的五种计算模型	合成生物学	NA	计算建模	NA	模拟数据	五种计算模型，三种遗传电路实现
71	2024-09-21	Yeast Surface-Displayed Quenchbody as a Novel Whole-Cell Biosensor for One-Step Detection of Influenza A (H1N1) Virus 2024-Sep-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00317 PMID:39256183	研究论文	开发了一种基于酵母表面展示的Quenchbody新型全细胞生物传感器，用于一步检测流感A（H1N1）病毒	提出了一种新的全细胞生物传感器设计，通过在酵母细胞表面展示VHH-based quenchbody，实现对流感A（H1N1）病毒的一步检测，避免了分析物进入生物传感器细胞的需求	NA	开发一种敏感、高效且成本效益高的方法来检测空气中的病毒，以防止传染病的传播并保障人类健康	流感A（H1N1）病毒及其血凝素蛋白H1N1-HA	生物传感器	流感	酵母表面展示技术	NA	生物分子	17种VHH抗体片段
72	2024-09-21	Exploring the potential of plant astrobiology: adapting flora for extra-terrestrial habitats: a review 2024-Sep-20, Biologia futura IF:1.8Q3 DOI:10.1007/s42977-024-00245-z PMID:39302628	综述	探讨植物天体生物学领域，研究地球植物适应外星环境的可能性及其在太空任务中的应用	结合植物学和天体生物学，探讨植物在太空和其他天体上生存和繁殖的适应机制	主要集中在理论探讨和现有研究的综述，缺乏实际实验数据	探讨植物天体生物学的潜力及其在太空探索中的应用	地球植物在外星环境中的适应性和生存机制	NA	NA	基因改造和合成生物学技术	NA	NA	NA
73	2024-09-21	Tunable cell differentiation via reprogrammed mating-type switching 2024-Sep-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52282-w PMID:39289346	研究论文	本研究通过合成生物学方法重新编程酵母的交配类型转换机制，实现可调节的细胞分化	引入了一种合成生物学方法，重新编程酵母的交配类型转换机制，用于可调节的细胞分化，促进合成微生物群落的形成和合作	NA	开发一种新的合成生物学方法，用于可调节的细胞分化和微生物群落合作	酵母的交配类型转换机制和微生物群落的合作	合成生物学	NA	遗传逻辑门工程	NA	NA	NA
74	2024-09-20	Pangenomic landscapes shape performances of a synthetic genetic circuit across Stutzerimonas species 2024-Sep-17, mSystems IF:5.0Q1 DOI:10.1128/msystems.00849-24 PMID:39166875	研究论文	研究探讨了基因电路在不同Stutzerimonas物种中的性能差异，揭示了基因组结构和功能对底盘效应的影响	通过泛基因组分析和基因表达定量测量，揭示了核心基因组的差异表达是影响基因电路性能的主要因素	研究仅限于六个密切相关的非模式细菌宿主，可能无法完全代表所有微生物的情况	研究基因组和生理环境如何影响基因电路在不同微生物中的性能，以改进跨多样微生物的生物设计策略	六个密切相关的Stutzerimonas物种中的基因电路性能	合成生物学	NA	泛基因组分析	NA	基因表达数据	六个密切相关的Stutzerimonas物种
75	2024-09-20	CRISPR/Cas9-based genome engineering in the filamentous fungus Rhizopus oryzae and its application to L-lactic acid production 2024-Sep, Biotechnology journal IF:3.2Q2 DOI:10.1002/biot.202400309 PMID:39295562	研究论文	开发了一种适用于丝状真菌Rhizopus oryzae的高效CRISPR-Cas9基因编辑系统，并应用于L-乳酸生产	首次开发了适用于Rhizopus oryzae的CRISPR-Cas9基因编辑系统，并成功应用于代谢工程调控和合成生物学改造	NA	开发适用于Rhizopus oryzae的基因编辑工具，并应用于提高L-乳酸产量	丝状真菌Rhizopus oryzae及其基因组编辑	合成生物学	NA	CRISPR/Cas9基因编辑	NA	基因组数据	NA
76	2024-09-19	Intracellular Construction of Organelle-like Compartments Facilitates Metabolic Flux in Escherichia coli 2024-Sep-18, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.4c06895 PMID:39230507	研究论文	本文利用Wnt信号通路中的DIX结构域构建了细菌内的合成隔室，以增强代谢通量	首次使用DIX结构域及其相互作用基序构建了细菌内的合成隔室，显著增强了代谢通量	NA	研究在细菌内构建稳定的合成隔室以增强代谢通量的方法	大肠杆菌内的合成隔室及其对代谢通量的影响	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
77	2024-09-19	Engineering Yarrowia lipolytica for Efficient Synthesis of Geranylgeraniol 2024-Sep-18, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.4c06749 PMID:39241196	研究论文	本文通过合成生物学方法改造Yarrowia lipolytica，高效合成Geranylgeraniol	通过表达异源磷酸酶基因、增强前体供应和下调角鲨烯合成途径，实现了Geranylgeraniol的高效合成，创下了摇瓶中Geranylgeraniol产量的新纪录	NA	提高Geranylgeraniol的合成效率	Yarrowia lipolytica	合成生物学	NA	合成生物学	NA	NA	NA
78	2024-09-19	RNA exon editing: Splicing the way to treat human diseases 2024-Sep-10, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2024.102311 PMID:39281698	综述	本文综述了RNA外显子编辑作为一种治疗策略，通过诱导合成RNA分子与内源性前mRNA目标之间的剪接，纠正致病突变，恢复功能性mRNA和蛋白质	本文介绍了RNA外显子编辑的新进展，包括在临床试验中的首次应用，以及如何利用现代合成生物学、下一代测序和生物信息学的进步，开发新的RNA外显子编辑分子	NA	探讨RNA外显子编辑在治疗人类疾病中的应用及其发展历程	RNA外显子编辑技术及其在治疗遗传性疾病中的应用	基因治疗	遗传性疾病	RNA剪接	NA	NA	NA
79	2024-09-19	Laws of thought in living cells 2024-Sep-05, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.08.005 PMID:39241745	研究论文	本文介绍了一种基于三态逻辑的生物计算平台TriLoS，旨在提高生物计算的复杂性	TriLoS平台提供了一种扩展生物计算复杂性的解决方案，超越了原理验证阶段	NA	开发一种能够扩展生物计算复杂性的新型平台	TriLoS三态逻辑合成平台	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
80	2024-09-19	Temporal epigenome modulation enables efficient bacteriophage engineering and functional analysis of phage DNA modifications 2024-Sep, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011384 PMID:39231196	研究论文	研究利用NgTET酶暂时减少噬菌体DNA修饰，提高CRISPR-Cas系统介导的突变效率，并分析了这些修饰对噬菌体感染的影响	首次利用NgTET酶暂时减少噬菌体DNA修饰，提高CRISPR-Cas系统介导的突变效率，并揭示了这些修饰对噬菌体感染的影响	NA	探索噬菌体感染机制，提高CRISPR-Cas系统介导的突变效率	噬菌体DNA修饰及其对感染机制的影响	NA	NA	CRISPR-Cas系统	NA	DNA	NA