合成生物学相关文章
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当前共找到 88 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-06-19 |
A digital CRISPR-dCas9-based gene remodeling biocomputer programmed by dietary compounds in mammals
2024-10-16, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2024.09.002
PMID:39383861
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研究论文 | 开发了一种由膳食化合物编程的数字CRISPR-dCas9基因重塑生物计算机，用于哺乳动物体内外基因转录调控 | 首次利用白藜芦醇和原儿茶酸作为输入信号，构建了可编程的CRISPR介导基因重塑生物计算机（REPA），实现了对基因抑制和激活的逻辑控制，并建立了预测目标基因转录水平的数学模型 | 未提及具体局限性，但可能包括体内应用的长期稳定性和安全性待验证 | 开发一种基于CRISPR-dCas9的基因重塑生物计算机，实现精细化的内源基因转录调控，推动基因精准医学发展 | 哺乳动物体外细胞和体内小鼠模型中的内源基因 | 合成生物学 | NA | CRISPR-dCas9 | 数学模型 | 基因转录数据 | 体外细胞样本和体内小鼠模型（具体数量未提及） | CRISPR-dCas9 | 哺乳动物细胞，小鼠 | 逻辑门（AND逻辑门），基因抑制与激活逻辑控制回路 | 医学 |
| 2 | 2026-06-19 |
Transcriptional memory formation: Battles between transcription factors and repressive chromatin
2024-10-16, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2024.09.008
PMID:39419001
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研究论文 | 探讨转录记忆形成中转录因子与抑制性染色质的相互作用 | 利用合成生物学方法揭示了转录因子与抑制性染色质在巩固转录记忆中的关键对抗机制 | NA | 理解转录记忆形成的分子机制，特别是转录因子与抑制性染色质之间的动态交互 | 转录因子和抑制性染色质 | 分子生物学 | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3 | 2026-06-15 |
Modulating bacterial function utilizing A knowledge base of transcriptional regulatory modules
2024-10-14, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae742
PMID:39193902
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研究论文 | 本研究介绍了一种基于iModulon的工程方法，利用机器学习定义的共调控基因群作为设计元件，以实现细胞功能的可预测重编程 | 提出基于iModulon的工程策略，将机器学习定义的共调控基因群作为设计元件，通过发现未知iModulon、增强特定iModulon活性、重新平衡iModulon活性水平和基于iModulon的基因注释，实现细胞功能的系统性和可预测重编程 | 该方法可能仍受限于上下文依赖性能和复杂电路-宿主相互作用，且未对不同宿主系统的通用性进行讨论 | 开发一种基于iModulon的工程方法，提高合成生物学中细胞功能重编程的可扩展性和可预测性 | 细菌细胞中的共调控基因群（iModulon） | 机器学习 | NA | 机器学习、iModulon分析 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 细菌 | iModulon调控模块（包括蛋白生产、耐热性、果糖利用、渗透胁迫耐受、氧化胁迫耐受、自然感受态激活） | 工业生物技术、医学 |
| 4 | 2026-06-15 |
Development of a tightly regulated copper-inducible transient gene expression system in Nicotiana benthamiana incorporating a suicide exon and Cre recombinase
2024-10, The New phytologist
DOI:10.1111/nph.20021
PMID:39081031
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研究论文 | 开发了一种在本氏烟中利用自杀外显子和Cre重组酶的严格调控铜诱导瞬时基因表达系统 | 通过结合自杀外显子和Cre/LoxP系统增强了铜诱导系统的调控严谨性，有效控制了超敏细胞死亡反应 | 原始铜诱导系统在调控某些测试的超敏细胞死亡反应时不够严谨 | 开发一个能严格调控本氏烟转基因表达的化学诱导系统 | 本氏烟（Nicotiana benthamiana） | 功能基因组学 | NA | 农杆菌介导的瞬时表达 | NA | NA | NA | MoClo合成生物学方法 | 本氏烟（Nicotiana benthamiana） | 铜诱导系统结合自杀外显子HyP5SM/OsL5和Cre/LoxP调控元件 | 农业 |
| 5 | 2026-06-02 |
Evolution shapes and conserves genomic signatures in viruses
2024-10-30, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-07098-1
PMID:39478059
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研究论文 | 研究了2,768种真核病毒基因组的特征，揭示病毒基因组签名的特异性及其与宿主的关系 | 首次大规模系统分析病毒基因组签名，发现多数病毒具有高度特异性签名，且物种间差异显著，同时揭示了病毒与宿主基因组签名的差异及其进化选择压力 | NA | 探究病毒基因组签名的存在性、特异性及其在病毒基因组进化中的依赖性和选择性压力 | 来自105个病毒科的2,768种真核病毒 | 机器学习 | NA | NA | NA | 基因组序列 | 2,768种真核病毒物种 | NA | 真核宿主细胞 | NA | 医学, 合成生物学 |
| 6 | 2026-05-30 |
Intelligent guide RNA: dual toehold switches for modulating luciferase in the presence of trigger RNA
2024-10-17, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06988-8
PMID:39420075
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研究论文 | 开发了一种智能向导RNA，通过双toehold开关在触发RNA存在时调节荧光素酶表达 | 设计了cis抑制的gRNA合成回路，包含双toehold开关和抑制型CrRNA序列，实现高效特异识别触发RNA并释放CrRNA调控靶基因 | NA | 通过合成生物学平台实现RNA响应性CRISPR/Cas9功能调控 | 智能向导RNA双toehold开关回路 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas9 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | NA | 双toehold开关回路，cis抑制型gRNA，逻辑门 | 医学 |
| 7 | 2026-05-26 |
Microbial production of 5-epi-jinkoheremol, a plant-derived antifungal sesquiterpene
2024-10-23, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.01191-24
PMID:39283105
|
研究论文 | 利用微生物平台高效生产植物源抗真菌倍半萜5-epi-jinkoheremol | 首次构建高效微生物细胞工厂可持续生产该抗真菌倍半萜，通过蛋白质工程优化关键酶TPS18提升催化活性和稳定性 | 研究未评估大规模发酵的经济可行性和实际农业应用效果 | 构建微生物平台实现植物源抗真菌倍半萜的高水平生产 | 5-epi-jinkoheremol及其合成酶TPS18 | 合成生物学 | 作物真菌病害 | 代谢工程，蛋白质工程 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 酿酒酵母 | 甲羟戊酸和甾醇生物合成途径优化，转录因子Hac1和mA写入因子Ime4代谢工程策略 | 农业 |
| 8 | 2026-05-04 |
Steps Toward Recapitulating Endothelium: A Perspective on the Next Generation of Hemocompatible Coatings
2024-10, Macromolecular bioscience
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/mabi.202400152
PMID:39072925
|
综述 | 讨论如何通过合成生物学和涂层技术模拟内皮细胞功能，以改善血液接触医疗设备的血液相容性 | 提出将自下而上的合成生物学（特别是合成细胞）与被动和活性生物表面涂层相结合，协同模拟内皮细胞的三种关键功能，以克服血液相容性挑战 | 未具体说明当前技术的局限性，但隐含地指出了实现内皮功能模拟的复杂性及协同集成功能的必要性 | 开发新一代仿生内皮涂层，用于血液接触医疗设备以增强血液相容性 | 血液接触医疗设备及其表面的内皮模拟涂层 | 数字病理学 | 心血管疾病 | NA | NA | NA | NA | 自下而上的合成生物学（合成细胞） | 哺乳动物细胞 | 模拟内皮细胞的三重功能：保护血液成分、调节凝血和促进纤维蛋白溶解 | 医学 |
| 9 | 2026-05-01 |
Decoding biology with massively parallel reporter assays and machine learning
2024-10-16, Genes & development
IF:7.5Q1
DOI:10.1101/gad.351800.124
PMID:39362779
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综述 | 本文综述了大规模并行报告基因检测与机器学习在解码生物学中的应用 | 结合大规模并行报告基因检测和机器学习，系统解析调控基因表达的顺式调控密码 | 未详细讨论方法的计算复杂度和实验验证挑战 | 通过MPRA和机器学习量化序列变异对基因表达的影响，并预测新序列功能 | 顺式调控元件、基因表达调控机制 | 机器学习 | NA | 大规模并行报告基因检测、高通量测序 | 机器学习模型 | 序列数据 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学、mRNA和基因治疗 |
| 10 | 2026-04-22 |
A size filter at the Golgi regulates apical membrane protein sorting
2024-Oct, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-024-01500-0
PMID:39237743
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研究论文 | 本研究通过合成生物学方法探究高尔基体是否存在尺寸筛选机制，以调控顶端膜蛋白的排序 | 首次发现高尔基体存在尺寸筛选机制，并揭示Pals1蛋白的及时解离对Crb3正常分选的关键作用 | 研究主要基于三种代表性顶端蛋白（Crb3、Ace2、Muc1），尚未验证是否适用于所有顶端膜蛋白 | 探究顶端膜蛋白分选的分子机制，特别是细胞质结构域尺寸对分选的影响 | 上皮细胞膜蛋白（Crb3、Ace2、Muc1）及其与Pals1蛋白的相互作用 | 细胞生物学 | NA | 合成生物学方法、生物素触发释放系统、蛋白质定位追踪 | NA | 蛋白质定位图像、时间序列运输数据 | 三种代表性顶端膜蛋白（Crb3、Ace2、Muc1）及其修饰变体 | 链霉亲和素结合肽标记系统 | 哺乳动物细胞 | 内质网滞留-生物素触发释放系统，用于同步研究蛋白质从高尔基体到细胞皮层的运输 | 基础细胞生物学研究 |
| 11 | 2026-04-08 |
Route to Measure Exact Parameters of Bio-Nanostructures Self-Assembly
2024-10-31, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom14111388
PMID:39595566
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研究论文 | 本文介绍了一种新方法，用于测量生物纳米结构自组装的关键参数，首次实现了对自催化与自抑制参数的精确计算 | 首次提出一种能够精确计算生物纳米结构自组装过程中自催化与自抑制参数的方法 | NA | 研究生物纳米结构自组装机制，以优化其在纳米技术和合成生物学中的应用 | 蛋白质基生物纳米涂层 | NA | NA | 数学模型 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 药物递送, 生物传感, 生物活性表面制造 |
| 12 | 2026-03-02 |
Achievements and perspectives of synthetic biology in botanical insecticides
2024-10, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.30888
PMID:36183373
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综述 | 本文综述了合成生物学在植物源杀虫剂异源生产中的最新进展、当前挑战及可行策略 | 系统总结了植物源杀虫剂异源生产面临的挑战，并聚焦于阐明生物合成途径、酶工程、宿主工程和细胞毒性工程等策略进行深入讨论 | 许多植物源杀虫剂的生物合成途径尚未完全阐明，且其细胞毒性和在新宿主中酶的低效率仍是异源生产的挑战 | 探讨合成生物学在解决植物源杀虫剂生产问题中的应用前景 | 植物源杀虫剂 | 合成生物学 | NA | 合成生物学、酶工程、宿主工程 | NA | NA | NA | NA | 新宿主（具体未指定） | 生物合成途径 | 农业 |
| 13 | 2026-03-02 |
Phylogenetic analysis and functional characterization of norcoclaurine synthase involved in benzylisoquinoline alkaloids biosynthesis in Stephania tetrandra
2024-10, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.31065
PMID:37357496
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研究论文 | 本研究从防己科植物粉防己中分离并功能表征了去甲乌药碱合酶（NCS），揭示了其在苄基异喹啉生物碱生物合成中的作用，并成功在工程酵母中实现去甲乌药碱的生产 | 首次在防己科植物中鉴定并功能表征NCS基因，填补了该科植物中NCS基因研究的空白，并通过系统发育分析揭示了NCS的进化关系和结构功能关联 | 研究主要基于体外酶活性和酵母工程，未在植物体内验证NCS功能，且样本来源仅限于粉防己，可能缺乏对其他防己科植物的普适性分析 | 探究粉防己中NCS基因在苄基异喹啉生物碱生物合成中的功能，并利用合成生物学方法在酵母中生产去甲乌药碱 | 粉防己（Stephania tetrandra）中的去甲乌药碱合酶（NCS）基因 | 合成生物学 | NA | 系统发育分析、体外酶活性测定、酵母工程 | NA | 基因序列、酶活性数据 | 从粉防己中分离的NCS基因 | 酵母工程 | 酵母 | 将功能表征的StNCS基因整合到工程酵母中，构建去甲乌药碱生物合成途径 | 医药 |
| 14 | 2026-01-24 |
Templated Pluripotent Stem Cell Differentiation via Substratum-Guided Artificial Signaling
2024-10-14, ACS biomaterials science & engineering
IF:5.4Q2
DOI:10.1021/acsbiomaterials.4c00885
PMID:39352143
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研究论文 | 本文介绍了一种结合细胞工程与生物材料设计的平台PSC-MATRIX，用于通过基质引导的人工信号调控多能干细胞的分化 | 开发了PSC-MATRIX平台，首次将可编程生物材料与合成Notch工程化的人类多能干细胞结合，实现了时空控制转基因表达和人工信号引导的分化 | 研究仅进行了长达11天的培养，可能未覆盖长期分化效果；平台在多种分化协议中的应用潜力尚未完全验证 | 探究驱动多能干细胞分化的分子机制，并开发合成形态发生学工具以研究发育事件 | 人类多能干细胞 | 合成生物学 | NA | 合成Notch工程、正交信号、生物材料设计 | NA | NA | NA | 合成Notch | 人类多能干细胞 | 人工信号通路，用于时空控制转基因表达和分化事件 | 医学 |
| 15 | 2025-10-05 |
Distinct phases of cellular signaling revealed by time-resolved protein synthesis
2024-Oct, Nature chemical biology
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41589-024-01677-3
PMID:38977789
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研究论文 | 开发基于邻近触发蛋白质反式剪接技术的时控蛋白质合成方法，用于解析细胞信号传导的动态过程 | 利用邻近触发蛋白质反式剪接技术实现目标蛋白质的时控合成，可区分起始材料和产物的细胞定位及活性状态 | NA | 开发合成生物学工具以操纵细胞状态并解析细胞信号传导动态过程 | 多种蛋白质包括BCR-ABL和DNAJ-PKAc激酶融合蛋白 | 合成生物学 | 癌症 | 邻近触发蛋白质反式剪接技术 | NA | 蛋白质活性数据 | NA | 蛋白质反式剪接 | 哺乳动物细胞 | 蛋白质合成控制系统 | 医学 |
| 16 | 2025-10-05 |
Transcriptional regulation of living materials via extracellular electron transfer
2024-Oct, Nature chemical biology
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41589-024-01628-y
PMID:38783133
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研究论文 | 本研究通过胞外电子转移机制实现了活细胞代谢与合成材料性能的可编程调控 | 首次利用微生物胞外电子转移作为桥梁，通过基因电路设计控制合成聚合物网络的力学性能 | NA | 开发可编程的工程活材料，实现生物系统与合成材料的智能整合 | 希瓦氏菌(Shewanella oneidensis)和合成聚合物水凝胶 | 合成生物学 | NA | 胞外电子转移(EET)、荧光参数化、基因电路设计 | 布尔逻辑门 | NA | NA | 合成生物学 | Shewanella oneidensis | 转录布尔逻辑门、基因表达调控电路 | 材料科学 |
| 17 | 2025-10-05 |
De Novo Synthesis of Error-Free Long Oligos
2024-Oct, Current protocols
DOI:10.1002/cpz1.70028
PMID:39422193
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研究论文 | 介绍无错误长寡核苷酸从头合成的完整实验方案 | 结合CBP纯化方法与克隆测序筛选，首次实现长达401-mer无错误寡核苷酸的合成 | NA | 开发高精度长链寡核苷酸合成技术 | 寡核苷酸合成与纯化 | 合成生物学 | NA | 固相合成、CBP方法、克隆、Sanger测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 蛋白质工程,合成生物学 |
| 18 | 2025-10-05 |
Functionalized Protein Binders in Developmental Biology
2024-10, Annual review of cell and developmental biology
IF:11.4Q1
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综述 | 本文综述了功能化蛋白结合剂在发育生物学中用于直接解析蛋白质功能的应用与前景 | 系统总结了通过融合功能域（降解、重定位、可视化、翻译后修饰）的蛋白结合剂实现前所未有的发育蛋白质组研究 | NA | 探讨功能化蛋白结合剂在发育生物学研究中的应用价值与发展方向 | 纳米抗体和合成支架衍生的蛋白结合剂 | 发育生物学 | NA | 蛋白质计算设计、支架工程、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 基础研究 |
| 19 | 2025-10-05 |
Construction of Whole Cell Bacterial Biosensors as an Alternative Environmental Monitoring Technology to Detect Naphthenic Acids in Oil Sands Process-Affected Water
2024-10-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00260
PMID:39312753
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研究论文 | 本研究构建了用于检测油砂工艺影响水中环烷酸的全细胞细菌生物传感器 | 首次利用合成生物学方法构建针对环烷酸检测的生物传感器，并采用尾矿池分离的细菌作为宿主 | 检测限在1.5-15 mg/L之间，灵敏度有待进一步提高 | 开发替代性环境监测技术用于油砂采矿废水中的环烷酸检测 | 环烷酸及其混合物、油砂工艺影响水样品 | 环境生物技术 | NA | 合成生物学、转录报告系统 | NA | 基因表达数据、环境水样 | 多种环烷酸混合物和OSPW样品 | 质粒克隆、转录报告系统 | 尾矿池分离的细菌物种 | 基于环烷酸降解操纵子、抗性基因和假设基因启动子的生物传感器 | 环境监测 |
| 20 | 2025-10-05 |
Mining unique cysteine synthetases and computational study on thoroughly eliminating feedback inhibition through tunnel engineering
2024-Oct, Protein science : a publication of the Protein Society
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/pro.5160
PMID:39275998
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研究论文 | 通过数据库挖掘获得高催化活性OPSS酶并利用隧道工程策略彻底消除其产物反馈抑制 | 采用半理性设计与隧道分析相结合的策略，成功构建了完全消除产物抑制且不牺牲催化效率的AsOPSS变体 | NA | 开发高效的L-半胱氨酸生物合成途径 | 来自Acetobacterium sp.的O-磷酸丝氨酸硫化氢酶(AsOPSS) | 合成生物学 | NA | 数据库挖掘、分子对接、分子动力学模拟、随机加速分子动力学模拟、伞形采样模拟 | NA | 酶活性数据、分子模拟数据 | NA | 隧道工程 | Acetobacterium sp. | 代谢途径工程 | 医药, 农业 |