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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-10-05 |
Distinct phases of cellular signaling revealed by time-resolved protein synthesis
2024-Oct, Nature chemical biology
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41589-024-01677-3
PMID:38977789
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研究论文 | 开发基于邻近触发蛋白质反式剪接技术的时控蛋白质合成方法,用于解析细胞信号传导的动态过程 | 利用邻近触发蛋白质反式剪接技术实现目标蛋白质的时控合成,可区分起始材料和产物的细胞定位及活性状态 | NA | 开发合成生物学工具以操纵细胞状态并解析细胞信号传导动态过程 | 多种蛋白质包括BCR-ABL和DNAJ-PKAc激酶融合蛋白 | 合成生物学 | 癌症 | 邻近触发蛋白质反式剪接技术 | NA | 蛋白质活性数据 | NA | 蛋白质反式剪接 | 哺乳动物细胞 | 蛋白质合成控制系统 | 医学 |
| 2 | 2025-10-05 |
Transcriptional regulation of living materials via extracellular electron transfer
2024-Oct, Nature chemical biology
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41589-024-01628-y
PMID:38783133
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研究论文 | 本研究通过胞外电子转移机制实现了活细胞代谢与合成材料性能的可编程调控 | 首次利用微生物胞外电子转移作为桥梁,通过基因电路设计控制合成聚合物网络的力学性能 | NA | 开发可编程的工程活材料,实现生物系统与合成材料的智能整合 | 希瓦氏菌(Shewanella oneidensis)和合成聚合物水凝胶 | 合成生物学 | NA | 胞外电子转移(EET)、荧光参数化、基因电路设计 | 布尔逻辑门 | NA | NA | 合成生物学 | Shewanella oneidensis | 转录布尔逻辑门、基因表达调控电路 | 材料科学 |
| 3 | 2025-10-05 |
De Novo Synthesis of Error-Free Long Oligos
2024-Oct, Current protocols
DOI:10.1002/cpz1.70028
PMID:39422193
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研究论文 | 介绍无错误长寡核苷酸从头合成的完整实验方案 | 结合CBP纯化方法与克隆测序筛选,首次实现长达401-mer无错误寡核苷酸的合成 | NA | 开发高精度长链寡核苷酸合成技术 | 寡核苷酸合成与纯化 | 合成生物学 | NA | 固相合成、CBP方法、克隆、Sanger测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 蛋白质工程,合成生物学 |
| 4 | 2025-10-05 |
Functionalized Protein Binders in Developmental Biology
2024-10, Annual review of cell and developmental biology
IF:11.4Q1
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综述 | 本文综述了功能化蛋白结合剂在发育生物学中用于直接解析蛋白质功能的应用与前景 | 系统总结了通过融合功能域(降解、重定位、可视化、翻译后修饰)的蛋白结合剂实现前所未有的发育蛋白质组研究 | NA | 探讨功能化蛋白结合剂在发育生物学研究中的应用价值与发展方向 | 纳米抗体和合成支架衍生的蛋白结合剂 | 发育生物学 | NA | 蛋白质计算设计、支架工程、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 基础研究 |
| 5 | 2025-10-05 |
Construction of Whole Cell Bacterial Biosensors as an Alternative Environmental Monitoring Technology to Detect Naphthenic Acids in Oil Sands Process-Affected Water
2024-10-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00260
PMID:39312753
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研究论文 | 本研究构建了用于检测油砂工艺影响水中环烷酸的全细胞细菌生物传感器 | 首次利用合成生物学方法构建针对环烷酸检测的生物传感器,并采用尾矿池分离的细菌作为宿主 | 检测限在1.5-15 mg/L之间,灵敏度有待进一步提高 | 开发替代性环境监测技术用于油砂采矿废水中的环烷酸检测 | 环烷酸及其混合物、油砂工艺影响水样品 | 环境生物技术 | NA | 合成生物学、转录报告系统 | NA | 基因表达数据、环境水样 | 多种环烷酸混合物和OSPW样品 | 质粒克隆、转录报告系统 | 尾矿池分离的细菌物种 | 基于环烷酸降解操纵子、抗性基因和假设基因启动子的生物传感器 | 环境监测 |
| 6 | 2025-10-05 |
Mining unique cysteine synthetases and computational study on thoroughly eliminating feedback inhibition through tunnel engineering
2024-Oct, Protein science : a publication of the Protein Society
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/pro.5160
PMID:39275998
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研究论文 | 通过数据库挖掘获得高催化活性OPSS酶并利用隧道工程策略彻底消除其产物反馈抑制 | 采用半理性设计与隧道分析相结合的策略,成功构建了完全消除产物抑制且不牺牲催化效率的AsOPSS变体 | NA | 开发高效的L-半胱氨酸生物合成途径 | 来自Acetobacterium sp.的O-磷酸丝氨酸硫化氢酶(AsOPSS) | 合成生物学 | NA | 数据库挖掘、分子对接、分子动力学模拟、随机加速分子动力学模拟、伞形采样模拟 | NA | 酶活性数据、分子模拟数据 | NA | 隧道工程 | Acetobacterium sp. | 代谢途径工程 | 医药, 农业 |
| 7 | 2025-10-05 |
Orthogonalized human protease control of secreted signals
2024-Oct-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.18.576308
PMID:39484520
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研究论文 | 开发了一种基于人类蛋白酶调控细胞因子分泌的合成生物学平台hDIRECT | 首次使用全人类源蛋白质构建正交化细胞因子调控系统,避免非人类源蛋白的免疫原性风险 | 目前仅为概念验证阶段,尚未进行临床验证 | 开发用于细胞疗法的人类源合成生物学调控系统 | 人类细胞因子(IL-2、IL-6、IL-10)和人类蛋白酶 | 合成生物学 | 癌症免疫治疗、肌肉再生 | 蛋白质工程、蛋白酶调控 | NA | NA | NA | 蛋白质工程 | 人类细胞 | 蛋白酶调控的细胞因子激活/失活开关 | 医学 |
| 8 | 2025-10-05 |
Session commentaries: synthetic and constructive biology
2024-Oct, Biophysical reviews
IF:4.9Q1
DOI:10.1007/s12551-024-01219-0
PMID:39618793
|
评论 | 本文总结了IUPAB2024会议上关于体外合成生物学的专题讨论,重点探讨通过构建体外生物分子系统来理解生命细胞的知识 | 聚焦于体外合成生物学这一新兴分支,强调通过非生命细胞的体外重建来研究生命系统 | NA | 探讨合成生物学中“通过构建来学习”的核心理念及其在体外系统的应用 | 体外生物分子系统 | 合成生物学 | NA | 体外重建技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 基础研究 |
| 9 | 2025-10-05 |
Strategies for developing phages into novel antimicrobial tailocins
2024-10, Trends in microbiology
IF:14.0Q1
DOI:10.1016/j.tim.2024.03.003
PMID:38580606
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综述 | 本文综述了利用噬菌体作为支架开发新型尾蛋白抗生素的策略 | 提出通过合成生物学方法以具有收缩尾的噬菌体为支架开发尾蛋白,释放其抗菌潜力 | NA | 开发新型尾蛋白抗生素以解决天然尾蛋白多样性有限的问题 | 噬菌体尾部和尾蛋白的结构与功能 | 合成生物学 | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 细菌 | 尾蛋白生物合成途径 | 医药 |
| 10 | 2025-10-05 |
Architectural engineering of Cyborg Bacteria with intracellular hydrogel
2024-Oct, Materials today. Bio
DOI:10.1016/j.mtbio.2024.101226
PMID:39328785
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研究论文 | 本研究通过调控不同结构的水凝胶实现半机械细菌的物理和生化特性控制 | 首次展示了通过调控细胞内水凝胶组分(不同光引发剂、分子量PEG-DA、4臂PEG-DA和dsDNA-PEG)来调控半机械细菌功能与结构的新策略 | NA | 探索通过细胞内材料工程控制半机械细菌功能的新方法 | 半机械细菌(Cyborg Bacteria) | 合成生物学 | NA | 细胞内水凝胶工程 | NA | NA | NA | NA | 细菌 | 细胞内PEG基水凝胶架构 | 工业生物技术 |
| 11 | 2025-10-05 |
A robust synthetic biology toolkit to advance carboxysome study and redesign
2024-Oct-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.08.617227
PMID:39416180
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研究论文 | 本研究开发并验证了pXpressome工具包,用于稳健表达和改造α-羧酶体 | 开发了首个能够稳定表达完整功能性α-羧酶体的质粒工具包,并发现通过调节顶点和面形成蛋白比例可理性调控羧酶体形态 | NA | 开发合成生物学工具包以促进羧酶体研究和重新设计 | α-羧酶体及其组成蛋白 | 合成生物学 | NA | 质粒构建、荧光标记、蛋白质纯化 | NA | 蛋白质表达数据、形态学观察数据 | NA | Gibson Assembly, BioBrick | 大肠杆菌 | 羧酶体合成途径、纳米封装平台 | 环境, 能源, 工业生物技术 |
| 12 | 2025-10-05 |
Lipase activated endocytosis-like behavior of oil-in-water emulsion
2024-10-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52802-8
PMID:39353937
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研究论文 | 本研究揭示了水包油乳液中脂滴在酶促反应触发下表现出的内吞样行为及其功能应用 | 首次发现脂肪酶触发的人工脂滴内吞样行为,并阐明其由界面张力降低和膜压缩力增加驱动的机制 | NA | 探索人工脂滴的生物物理动态行为及其在合成生物学中的应用 | 水包油乳液脂滴 | 合成生物学 | NA | 酶促反应分析 | NA | 生物物理数据 | NA | NA | NA | 人工脂滴系统 | 工业生物技术,材料 |
| 13 | 2025-10-05 |
Current Technologies in Snake Venom Analysis and Applications
2024-10-25, Toxins
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/toxins16110458
PMID:39591213
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综述 | 本文全面探讨了蛇毒研究领域的最新技术进展,重点介绍了蛋白质组学、基因组学、转录组学和生物信息学的整合应用 | 整合合成生物学与多组学方法(统称为毒液组学),深入揭示毒液功能及其治疗潜力 | 毒素功能表征和低成本抗蛇毒血清开发仍面临挑战 | 探索蛇毒分析技术及其生物医学应用 | 蛇毒及其毒素 | 生物信息学 | NA | 蛋白质组学, 基因组学, 转录组学, 生物信息学, 合成生物学, 冷冻电镜, mRNA技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 14 | 2025-10-05 |
Rewiring native post-transcriptional global regulators to achieve designer, multi-layered genetic circuits
2024-10-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52976-1
PMID:39384772
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研究论文 | 通过重编程大肠杆菌碳储存调控网络,开发了可实现复杂转录后控制的多层遗传电路 | 利用天然Csr网络相互作用构建转录后逻辑门,实现了在三种工业相关细菌中的跨物种移植 | NA | 开发可编程的转录后调控工具以实现复杂细菌调控 | 大肠杆菌碳储存调控网络及其在工业细菌中的应用 | 合成生物学 | NA | RNA-蛋白质相互作用工程 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 大肠杆菌 | 缓冲门、非门、双向调节器、布尔逻辑门(或门、或非门、与门、与非门)和脉冲发生电路 | 工业生物技术 |
| 15 | 2025-10-05 |
Enhancers: A Focus on Synthetic Biology and Correlated Gene Expression
2024-10-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00244
PMID:39276360
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综述 | 本文聚焦合成生物学方法研究增强子功能及其与基因表达相关性的机制 | 系统阐述合成生物学方法在解析增强子功能机制中的应用,提出局部环境中多基因与增强子相互作用导致基因表达相关性的新观点 | 主要关注合成报告基因研究方法,未深入讨论天然基因组环境的完整复杂性 | 探讨增强子在基因调控中的作用机制及其与基因表达相关性的关系 | 增强子及其调控的基因表达 | 合成生物学 | NA | 合成报告基因分析,高通量报告基因检测 | NA | 基因表达数据 | NA | 合成报告基因构建 | 后生动物细胞 | 基因表达调控系统,增强子-报告基因回路 | 基础生物学研究 |
| 16 | 2025-10-05 |
Rational Design of High-Efficiency Synthetic Small Regulatory RNAs and Their Application in Robust Genetic Circuit Performance Through Tight Control of Leaky Gene Expression
2024-10-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00323
PMID:39294875
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研究论文 | 本研究开发了高效合成小RNA的理性设计策略,并通过其在遗传电路中的应用解决了基因表达泄漏问题 | 通过优化sRNA支架、mRNA结合亲和力、Hfq蛋白表达水平和mRNA二级结构等多个参数,显著提高了合成sRNA的效率 | NA | 开发高效合成小RNA的理性设计策略并应用于遗传电路性能优化 | 合成小RNA和细菌遗传电路 | 合成生物学 | NA | 合成sRNA设计 | 正反馈电路 | NA | NA | 合成sRNA | 细菌 | 正反馈电路,用于控制基因表达泄漏 | 工业生物技术, 代谢工程 |
| 17 | 2025-10-05 |
Modular Cloning Tools for Streptomyces spp. and Application to the De Novo Biosynthesis of Flavokermesic Acid
2024-10-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00412
PMID:39307986
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研究论文 | 本研究开发了适用于链霉菌的模块化克隆工具,并成功应用于黄酮红酸的全新生物合成 | 开发了首个针对链霉菌的模块化克隆系统,包含适配载体和遗传元件,能够构建完整遗传回路 | NA | 开发适用于链霉菌的合成生物学工具,实现多组分基因簇的从头组装 | 链霉菌及其天然产物生物合成途径 | 合成生物学 | NA | 模块化克隆系统、β-葡萄糖醛酸苷酶报告系统 | NA | NA | NA | MoClo | 链霉菌 | 黄酮红酸生物合成途径 | 工业生物技术 |
| 18 | 2025-10-05 |
Efficient Simulation of Viral Transduction and Propagation for Biomanufacturing
2024-10-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00227
PMID:39315883
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研究论文 | 开发了用于优化病毒转导和扩增生物制造平台的vitraPro软件工具包 | 提出了包含多尺度模型和高效数值技术的软件工具包,可同时模拟两种病毒的感染传播过程 | 模型验证仅限于杆状病毒表达载体系统和甲型流感悬浮培养案例 | 优化基于病毒转导的生物制造平台和病毒扩增过程 | 病毒转导和传播过程 | 合成生物学 | NA | 多尺度建模、数值模拟 | 多尺度模型 | NA | NA | NA | 悬浮培养细胞 | 病毒转导系统、病毒扩增过程 | 工业生物技术 |
| 19 | 2025-10-05 |
An Automated Cell-Free Workflow for Transcription Factor Engineering
2024-10-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00471
PMID:39373325
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研究论文 | 开发了一种自动化无细胞工作流程用于转录因子工程 | 创建了基于Echo声波液体处理器的通用化无细胞基因表达工作流程,可在48小时内完成数千种转录因子变体的高通量筛选 | NA | 优化自动化无细胞基因表达工作流程以加速合成生物学设计周期 | MerR和CadR转录因子变体 | 合成生物学 | NA | 无细胞基因表达(CFE) | NA | 生物传感器响应数据 | 127个MerR变体和134个CadR变体,共3682个无细胞反应 | Echo Acoustic Liquid Handler | 无细胞系统 | 转录因子生物传感器,用于汞和镉检测 | 环境监测 |
| 20 | 2025-10-05 |
Characterizing and Engineering Rhamnose-Inducible Regulatory Systems for Dynamic Control of Metabolic Pathways in Streptomyces
2024-10-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00626
PMID:39377938
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研究论文 | 本研究表征并构建了鼠李糖诱导型调控系统,用于在链霉菌中实现代谢途径的动态控制 | 通过生物信息学分析发现鼠李糖代谢途径,构建了无泄漏表达的鼠李糖诱导型调控系统RhaREG1和RhaREG2 | NA | 开发有效的基因诱导系统用于合成生物技术应用 | 链霉菌属及其天然产物生物合成途径 | 合成生物学 | NA | 生物信息学分析,电泳迁移率变动分析(EMSA),多序列比对 | NA | 基因组序列,蛋白质序列,启动子活性数据 | NA | 合成生物学策略 | 链霉菌 | 鼠李糖诱导型调控系统,通过将阻遏蛋白/操作子对RhaR/RhaO与组成型启动子组装构建 | 工业生物技术 |