合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-07-05	Transcriptional regulation of living materials via extracellular electron transfer 2024-Oct, Nature chemical biology IF:12.9Q1 DOI:10.1038/s41589-024-01628-y PMID:38783133	研究论文	本文展示了细胞外电子传递（EET）如何作为活细胞代谢与合成材料特性之间的可调桥梁	利用EET调控水凝胶交联，并通过转录布尔逻辑门控制EET基因表达，实现计算聚合物网络的机械响应	NA	探索基因电路设计如何模拟工程活材料中的生理行为	Shewanella oneidensis和合成聚合物网络	合成生物学	NA	细胞外电子传递（EET）	NA	NA	NA
2	2025-06-21	A robust synthetic biology toolkit to advance carboxysome study and redesign 2024-Oct-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.08.617227 PMID:39416180	研究论文	本文设计并验证了一个名为pXpressome的质粒工具包，用于稳健表达和纯化功能性α-羧酶体，并探索了通过基因突变调控羧酶体结构和性能的方法	开发了pXpressome工具包，实现了羧酶体的稳健表达和纯化，并通过基因突变调控其形态，提高了表达均匀性和细胞健康状态	NA	推进羧酶体的研究和重新设计，以增强碳固定能力或作为其他纳米封装目标的平台	α-羧酶体	合成生物学	NA	质粒构建、基因突变、荧光标记	NA	NA	NA
3	2025-06-18	Distinct phases of cellular signaling revealed by time-resolved protein synthesis 2024-Oct, Nature chemical biology IF:12.9Q1 DOI:10.1038/s41589-024-01677-3 PMID:38977789	research paper	该研究利用邻近触发的蛋白质反式剪接技术，实现了目标蛋白质的时间分辨合成，并应用于多种蛋白质的动态调控	开发了一种模块化的蛋白质反式剪接技术，能够时间分辨地合成目标蛋白质，并调控其细胞定位和活性状态	NA	开发合成生物学工具，用于调控蛋白质功能并研究细胞信号传导	多种蛋白质，包括激酶融合蛋白BCR-ABL和DNAJ-PKAc	合成生物学	癌症	邻近触发的蛋白质反式剪接技术	NA	蛋白质合成与调控数据	多种蛋白质样本，包括BCR-ABL和DNAJ-PKAc
4	2025-06-13	Lipase activated endocytosis-like behavior of oil-in-water emulsion 2024-10-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52802-8 PMID:39353937	research paper	该研究揭示了水包油乳液中脂滴的酶促反应触发的内吞样行为	首次展示了脂肪酶在乳滴膜上的热力学有利招募及其触发的内吞样行为	对人工脂滴的生物物理动态行为的理解仍不全面	探索水包油乳液中人工脂滴的动态行为并开发其功能化应用	水包油乳液中的脂滴	生物物理学	NA	酶促反应	NA	NA	NA
5	2025-06-10	Current Technologies in Snake Venom Analysis and Applications 2024-10-25, Toxins IF:3.9Q1 DOI:10.3390/toxins16110458 PMID:39591213	review	本文全面综述了蛇毒研究中的尖端技术进展，重点关注蛋白质组学、基因组学、转录组学和生物信息学的整合应用	介绍了合成生物学和多组学方法（统称为毒液组学）在蛇毒研究中的革命性应用，为毒液功能及其治疗潜力提供了更深入的见解	毒素功能表征和成本效益抗蛇毒血清开发等挑战仍然存在	探索蛇毒的分子组成、进化驱动力及其生物医学应用潜力	蛇毒及其毒素	生物医学研究	NA	蛋白质组学, 基因组学, 转录组学, 生物信息学, 合成生物学, 多组学方法, 冷冻电子显微镜	NA	分子数据	NA
6	2025-06-06	Rewiring native post-transcriptional global regulators to achieve designer, multi-layered genetic circuits 2024-10-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52976-1 PMID:39384772	研究论文	本文开发了一种通过重编程大肠杆菌的碳储存调控网络（Csr Network）来实现复杂转录后控制的方法	利用Csr Network的天然相互作用建立转录后逻辑门，实现复杂的细菌调控，并构建了12种BUFFER Gates和Csr调控的NOT Gate	NA	开发可编程的转录后调控工具，用于合成生物学	大肠杆菌的碳储存调控网络（Csr Network）	合成生物学	NA	RNA-蛋白质相互作用工程	BUFFER Gates, NOT Gate	NA	NA
7	2025-06-03	Enhancers: A Focus on Synthetic Biology and Correlated Gene Expression 2024-10-18, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00244 PMID:39276360	review	本文综述了增强子在转录调控中的作用，并探讨了合成生物学在研究增强子功能机制中的应用	重点介绍了合成报告基因在量化增强子生物学动态方面的应用，并提出了局部环境中基因和增强子相互作用导致基因表达相关性的观点	NA	探讨增强子在转录调控中的功能机制及其与基因表达的相关性	增强子及其在基因表达调控中的作用	合成生物学	NA	合成报告基因	NA	NA	NA
8	2025-06-03	Rational Design of High-Efficiency Synthetic Small Regulatory RNAs and Their Application in Robust Genetic Circuit Performance Through Tight Control of Leaky Gene Expression 2024-10-18, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00323 PMID:39294875	研究论文	本文研究了高效合成小调控RNA（sRNA）的合理设计策略，并应用于通过严格控制基因表达泄漏来增强遗传电路的稳健性能	通过优化sRNA支架、mRNA结合亲和力、Hfq蛋白表达水平和mRNA二级结构，显著提高了合成sRNA的效率，并成功解决了合成生物学中基因表达泄漏的长期挑战	NA	研究高效合成sRNA的设计策略，以增强遗传电路的稳健性能	合成小调控RNA（sRNA）和细菌遗传电路	合成生物学	NA	合成sRNA设计和遗传电路优化	NA	NA	NA
9	2025-06-03	Modular Cloning Tools for Streptomyces spp. and Application to the De Novo Biosynthesis of Flavokermesic Acid 2024-10-18, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00412 PMID:39307986	研究论文	本文介绍了一种用于链霉菌的模块化克隆工具（MoClo），并应用于黄酮酸（flavokermesic acid）的从头生物合成	开发了一种模块化克隆系统（MoClo），包括一套适配的载体和遗传元件，用于构建完整的遗传回路，并成功应用于黄酮酸的生物合成途径组装	目前该方法受限于可用于多组分基因簇从头组装的合成生物学工具的相对缺乏	开发适用于链霉菌的合成生物学工具，以促进天然和设计生物合成途径的异源表达	链霉菌及其生物合成途径	合成生物学	NA	模块化克隆系统（MoClo），β-葡萄糖醛酸酶（GusA）报告系统	NA	NA	NA
10	2025-06-03	Construction of Whole Cell Bacterial Biosensors as an Alternative Environmental Monitoring Technology to Detect Naphthenic Acids in Oil Sands Process-Affected Water 2024-10-18, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00260 PMID:39312753	研究论文	本研究构建了全细胞细菌生物传感器，用于检测油砂处理水中的环烷酸	首次利用合成生物学方法构建针对环烷酸的生物传感器，用于环境监测	检测限在1.5-15 mg/L之间，灵敏度有待提高	开发替代性环境监测技术用于油砂开采废水中的环烷酸检测	油砂处理水(OSPW)中的环烷酸(NA)	环境生物技术	NA	合成生物学方法	生物传感器	生物分子数据	多种环烷酸混合物和OSPW样品
11	2025-06-03	Efficient Simulation of Viral Transduction and Propagation for Biomanufacturing 2024-10-18, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00227 PMID:39315883	研究论文	本文介绍了vitraPro，一个用于优化基于病毒转导和扩增的生物制造平台的多尺度模型和高效数值技术的软件工具包	开发了vitraPro软件工具包，能够模拟两种病毒同时感染和传播的过程，并考虑病毒在裂解或溶原阶段的不同操作模式	模型目前仅能模拟最多两种病毒的同时感染和传播过程	优化基于病毒转导的生物制造平台和病毒扩增过程	病毒转导和传播过程	合成生物学与过程工程	NA	多尺度建模和数值技术	多尺度模型	NA	NA
12	2025-06-03	An Automated Cell-Free Workflow for Transcription Factor Engineering 2024-10-18, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00471 PMID:39373325	研究论文	本文提出了一种自动化的无细胞工作流程，用于转录因子工程，以优化代谢途径、遗传系统和工程蛋白的设计	开发了一种通用的自动化无细胞基因表达工作流程，相比体内检测具有更高的反应灵活性、控制性和数据获取速度	NA	优化和加速合成生物学中的设计工作流程	转录因子基的生物传感器	合成生物学	NA	无细胞基因表达(CFE)	NA	基因表达数据	127个MerR和134个CadR转录因子变体，共3682个独特的CFE反应
13	2025-06-03	Characterizing and Engineering Rhamnose-Inducible Regulatory Systems for Dynamic Control of Metabolic Pathways in Streptomyces 2024-10-18, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00626 PMID:39377938	research paper	该研究通过生物信息学分析和合成生物学策略，开发了鼠李糖诱导的调控系统，用于在链霉菌中动态控制代谢途径	发现了链霉菌中鼠李糖分解代谢途径的调控机制，并成功构建了无泄漏表达的鼠李糖诱导调控系统	研究仅针对链霉菌中的特定代谢途径，尚未在其他微生物中验证其广泛适用性	开发有效的基因诱导系统，用于合成生物技术应用	链霉菌中的鼠李糖分解代谢途径及其调控系统	合成生物学	NA	生物信息学分析、电泳迁移率变动分析(EMSA)、合成生物学策略	NA	基因序列数据、蛋白质-DNA相互作用数据	多种链霉菌物种及模型生物
14	2025-06-01	Development of a xylose-inducible and glucose-insensitive expression system for Parageobacillus thermoglucosidasius 2024-Oct-23, Applied microbiology and biotechnology IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s00253-024-13333-w PMID:39441395	研究论文	开发了一种木糖诱导且对葡萄糖不敏感的基因表达系统IExyl*，用于Parageobacillus thermoglucosidasius	通过结合xylA5p启动子及其调节因子XylR，并减少葡萄糖对木糖摄取的分解代谢抑制，开发了IExyl*系统	NA	开发一种高效且多功能的诱导表达系统，用于菌株工程和合成生物技术应用	Parageobacillus thermoglucosidasius DSM 2542	合成生物学	NA	基因表达调控	NA	NA	NA
15	2025-06-01	In vivo thrombin activity in the diatom Phaeodactylum tricornutum: biotechnological insights 2024-Oct-08, Applied microbiology and biotechnology IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s00253-024-13322-z PMID:39377797	research paper	本研究通过计算机模拟分析识别了三角褐指藻中可能编码类凝血酶蛋白的序列，并通过体内实验验证了其剪切效率	发现三角褐指藻中存在一种新型类凝血酶蛋白酶，并验证了其在融合蛋白上的剪切效率	NA	探索三角褐指藻中类凝血酶序列的功能及其在生物技术中的应用	三角褐指藻（Phaeodactylum tricornutum）	合成生物学	NA	计算机模拟分析、蛋白质结构预测、对接研究、Western blot分析	NA	蛋白质序列、蛋白质结构	NA
16	2025-05-29	Minimisation of metabolic networks defines a new functional class of genes 2024-10-31, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52816-2 PMID:39482321	研究论文	该研究通过构建最小代谢网络（MMNs）定义了一类新的功能基因——网络效率决定因子（NEDs）	提出了一种新的计算方法来构建最小代谢网络，并定义了一类新的功能基因NEDs	研究仅基于计算机模拟，尚未进行实验验证	理解代谢网络的起源并提高生物技术过程的效率	基因组尺度的代谢模型中的基因	合成生物学	NA	计算机模拟方法	NA	基因组数据	NA
17	2025-04-26	Engineering Plant Metabolism for Synthesizing Amino Acid Derivatives of Animal Origin Using a Synthetic Modular Approach 2024-Oct-16, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.4c05719 PMID:39356107	研究论文	该研究利用合成模块化方法在植物中合成动物来源的氨基酸衍生物，以增强植物性饮食的营养价值	利用合成模块化框架在植物中成功合成通常仅存在于动物中的肌酸、肌肽和牛磺酸，展示了植物作为可持续生物工厂的潜力	引入牛磺酸模块意外抑制了植物半胱氨酸的生物合成，揭示了引入外源途径可能导致的复杂代谢调整	开发可持续且环保的方法，通过植物合成动物来源的氨基酸衍生物以增强植物性饮食的营养价值	植物代谢途径及动物来源的氨基酸衍生物（肌酸、肌肽和牛磺酸）	合成生物学	NA	瞬时表达系统	NA	NA	NA
18	2025-04-11	Translational activation by a synthetic PPR protein elucidates control of psbA translation in Arabidopsis chloroplasts 2024-Oct-03, The Plant cell DOI:10.1093/plcell/koae112 PMID:38593198	研究论文	研究通过合成PPR蛋白在拟南芥叶绿体中激活psbA翻译的机制	使用合成PPR蛋白替代HCF173，验证了HCF173通过结合RNA片段激活psbA翻译的假说，并发现HCF173在光响应调控中的必要性	合成PPR蛋白激活的翻译未表现出光响应性	探究叶绿体psbA mRNA翻译起始的调控机制	拟南芥叶绿体中的psbA mRNA及其翻译调控蛋白HCF173	合成生物学	NA	合成PPR蛋白技术	NA	NA	NA
19	2025-04-05	DNA Origami - Lipid Membrane Interactions Controlled by Nanoscale Sterics 2024-10, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany) DOI:10.1002/smll.202404720 PMID:39162223	研究论文	研究DNA纳米结构与脂质膜之间的相互作用，探讨纳米尺度立体效应对其影响	首次揭示了DNA纳米结构锚定物的立体环境及局部纳米级双层形态对膜相互作用的影响，并展示了通过非脂化DNA区域实现50和200纳米囊泡尺寸区分的创新方法	研究仅针对四种特定立体环境下的DNA纳米结构，可能无法涵盖所有可能的相互作用情况	探索DNA纳米结构与脂质膜相互作用的机制，为合成生物学和生物传感应用提供理论基础	具有四种不同立体环境膜锚定物的3D DNA纳米结构与不同尺寸膜囊泡的相互作用	DNA纳米技术	NA	3D DNA纳米结构构建技术	NA	实验观测数据	不同尺寸的膜囊泡（特别展示了50nm和200nm囊泡的区分）
20	2025-03-20	Modified Tn7 transposon vectors for controlled chromosomal gene expression 2024-Oct-23, Applied and environmental microbiology IF:3.9Q2 DOI:10.1128/aem.01556-24 PMID:39291982	研究论文	本文介绍了一种改进的Tn7转座子载体，用于控制染色体基因的表达	通过添加诱导型和组成型启动子，增强了mini-Tn插入载体的功能，实现了染色体上基因的差异转录控制	研究主要针对革兰氏阴性菌，未涉及其他类型细菌或真核生物	开发一种更灵活的染色体基因表达控制系统，以替代质粒在基因互补中的应用	K-12菌株MG1655的染色体	合成生物学	NA	染色体整合技术	NA	NA	NA